Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3062
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3062, 217 aa
1>>>pF1KE3062 217 - 217 aa - 217 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0999+/-0.000909; mu= 15.0004+/- 0.055
mean_var=76.5637+/-15.282, 0's: 0 Z-trim(107.7): 195 B-trim: 255 in 1/50
Lambda= 0.146576
statistics sampled from 9535 (9760) to 9535 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.692), E-opt: 0.2 (0.3), width: 16
Scan time: 2.110
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 1471 320.2 6.3e-88
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 1144 251.0 4.1e-67
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 603 136.6 1.1e-32
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 600 136.0 1.8e-32
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 581 132.0 2.8e-31
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 562 127.9 4.5e-30
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 547 124.8 4e-29
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 533 121.8 3.1e-28
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 518 118.7 2.9e-27
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 509 116.7 1e-26
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 509 116.7 1.1e-26
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 506 116.1 1.7e-26
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 505 115.9 1.9e-26
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 503 115.5 2.6e-26
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 498 114.4 5.5e-26
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 495 113.8 8.4e-26
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 492 113.2 1.5e-25
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 486 111.9 3e-25
CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 483 111.2 4.4e-25
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 483 111.2 4.9e-25
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 480 110.6 6.9e-25
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 477 110.0 1.1e-24
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 476 109.8 1.4e-24
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 471 108.7 2.9e-24
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 469 108.3 4e-24
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 462 106.8 9.9e-24
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 462 106.8 1.1e-23
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 462 106.8 1.1e-23
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 455 105.3 3e-23
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 454 105.1 3.6e-23
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 453 105.0 4.4e-23
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 444 103.0 1.4e-22
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 438 101.7 3.6e-22
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 438 101.8 3.9e-22
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 435 101.1 5.5e-22
CCDS10153.1 RAB27A gene_id:5873|Hs108|chr15 ( 221) 431 100.3 1e-21
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 419 97.7 5.7e-21
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 417 97.3 7.6e-21
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 414 96.7 1.2e-20
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 407 95.2 3.4e-20
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 407 95.2 3.8e-20
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 406 95.0 3.9e-20
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 405 94.8 4.5e-20
CCDS54162.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 186) 403 94.3 5.4e-20
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 401 93.9 7.9e-20
CCDS14515.1 RAB9B gene_id:51209|Hs108|chrX ( 201) 400 93.7 9e-20
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 399 93.5 1e-19
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 395 92.5 1.5e-19
CCDS11958.1 RAB27B gene_id:5874|Hs108|chr18 ( 218) 394 92.4 2.3e-19
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 392 92.0 2.8e-19
>>CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 (217 aa)
initn: 1471 init1: 1471 opt: 1471 Z-score: 1692.0 bits: 320.2 E(32554): 6.3e-88
Smith-Waterman score: 1471; 100.0% identity (100.0% similar) in 217 aa overlap (1-217:1-217)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 METIWIYQFRLIVIGDSTVGKSCLLHRFTQGRFPGLRSPACDPTVGVDFFSRLLEIEPGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 METIWIYQFRLIVIGDSTVGKSCLLHRFTQGRFPGLRSPACDPTVGVDFFSRLLEIEPGK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RIKLQLWDTAGQERFRSITRSYYRNSVGGFLVFDITNRRSFEHVKDWLEEAKMYVQPFRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 RIKLQLWDTAGQERFRSITRSYYRNSVGGFLVFDITNRRSFEHVKDWLEEAKMYVQPFRI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VFLLVGHKCDLASQRQVTREEAEKLSADCGMKYIETSAKDATNVEESFTILTRDIYELIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VFLLVGHKCDLASQRQVTREEAEKLSADCGMKYIETSAKDATNVEESFTILTRDIYELIK
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KE3 KGEICIQDGWEGVKSGFVPNTVHSSEEAVKPRKECFC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 KGEICIQDGWEGVKSGFVPNTVHSSEEAVKPRKECFC
190 200 210
>>CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX (213 aa)
initn: 1156 init1: 963 opt: 1144 Z-score: 1318.4 bits: 251.0 E(32554): 4.1e-67
Smith-Waterman score: 1144; 77.0% identity (94.0% similar) in 217 aa overlap (1-217:1-213)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 METIWIYQFRLIVIGDSTVGKSCLLHRFTQGRFPGLRSPACDPTVGVDFFSRLLEIEPGK
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CCDS14 MEAIWLYQFRLIVIGDSTVGKSCLIRRFTEGRF----AQVSDPTVGVDFFSRLVEIEPGK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RIKLQLWDTAGQERFRSITRSYYRNSVGGFLVFDITNRRSFEHVKDWLEEAKMYVQPFRI
:::::.::::::::::::::.::::::::.:.:::::::::..:..::::.:..:::..:
CCDS14 RIKLQIWDTAGQERFRSITRAYYRNSVGGLLLFDITNRRSFQNVHEWLEETKVHVQPYQI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VFLLVGHKCDLASQRQVTREEAEKLSADCGMKYIETSAKDATNVEESFTILTRDIYELIK
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CCDS14 VFVLVGHKCDLDTQRQVTRHEAEKLAAAYGMKYIETSARDAINVEKAFTDLTRDIYELVK
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE3 KGEICIQDGWEGVKSGFVPNTVHSSEEAVKPRKECFC
.::: ::.::::::::::::.::::::.:: ...:.:
CCDS14 RGEITIQEGWEGVKSGFVPNVVHSSEEVVKSERRCLC
180 190 200 210
>>CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 (212 aa)
initn: 513 init1: 261 opt: 603 Z-score: 700.2 bits: 136.6 E(32554): 1.1e-32
Smith-Waterman score: 603; 49.0% identity (78.6% similar) in 192 aa overlap (5-196:3-188)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 METIWIYQFRLIVIGDSTVGKSCLLHRFTQGRFPGLRSPACDPTVGVDFFSRLLEIEPGK
. : :. :.:::. ::::::: .::. :: .:. : :.::.: .:.. :. ::
CCDS61 MAYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRF----QPVHDLTIGVEFGARMITID-GK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RIKLQLWDTAGQERFRSITRSYYRNSVGGFLVFDITNRRSFEHVKDWLEEAKMYVQPFRI
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CCDS61 QIKLQIWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRDTFNHLTTWLEDARQHSNS-NM
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VFLLVGHKCDLASQRQVTREEAEKLSADCGMKYIETSAKDATNVEESFTILTRDIYELIK
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CCDS61 VIMLIGNKSDLESRREVKKEEGEAFAREHGLIFMETSAKTASNVEEAFINTAKEIYEKIQ
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE3 KGEICIQDGWEGVKSGFVPNTVHSSEEAVKPRKECFC
.: . :.. .:.: :
CCDS61 EGVFDINNEANGIKIGPQHAATNATHAGNQGGQQAGGGCC
180 190 200 210
>>CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 (216 aa)
initn: 510 init1: 264 opt: 600 Z-score: 696.6 bits: 136.0 E(32554): 1.8e-32
Smith-Waterman score: 600; 48.4% identity (79.7% similar) in 192 aa overlap (5-196:3-188)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 METIWIYQFRLIVIGDSTVGKSCLLHRFTQGRFPGLRSPACDPTVGVDFFSRLLEIEPGK
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CCDS95 MTYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRF----QPVHDLTIGVEFGARMVNID-GK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RIKLQLWDTAGQERFRSITRSYYRNSVGGFLVFDITNRRSFEHVKDWLEEAKMYVQPFRI
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CCDS95 QIKLQIWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLTSWLEDARQHSSS-NM
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VFLLVGHKCDLASQRQVTREEAEKLSADCGMKYIETSAKDATNVEESFTILTRDIYELIK
:..:.:.: :: :.:.: :::.: .. . :. ..::::: : ::::.: ...::. :.
CCDS95 VIMLIGNKSDLESRRDVKREEGEAFAREHGLIFMETSAKTACNVEEAFINTAKEIYRKIQ
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE3 KGEICIQDGWEGVKSGFVPNTVHSSEEAVKPRKECFC
.: . ... .:.: :
CCDS95 QGLFDVHNEANGIKIGPQQSISTSVGPSASQRNSRDIGSNSGCC
180 190 200 210
>>CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 (215 aa)
initn: 558 init1: 244 opt: 581 Z-score: 674.9 bits: 132.0 E(32554): 2.8e-31
Smith-Waterman score: 581; 42.0% identity (73.1% similar) in 212 aa overlap (7-217:10-215)
10 20 30 40 50
pF1KE3 METIWIYQFRLIVIGDSTVGKSCLLHRFTQGRFPGLRSPACDPTVGVDFFSRLLEIE
: :. :.::: ::::::::.::. .: : :.::.: .:..:.
CCDS68 MATAPYNYSYIFKYIIIGDMGVGKSCLLHQFTEKKF----MADCPHTIGVEFGTRIIEVS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE3 PGKRIKLQLWDTAGQERFRSITRSYYRNSVGGFLVFDITNRRSFEHVKDWLEEAKMYVQP
:..::::.::::::::::..::::::...:...:.::: : ...:...:: .:. ..:
CCDS68 -GQKIKLQIWDTAGQERFRAVTRSYYRGAAGALMVYDITRRSTYNHLSSWLTDARNLTNP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE3 FRIVFLLVGHKCDLASQRQVTREEAEKLSADCGMKYIETSAKDATNVEESFTILTRDIYE
:..:.:.: :: .::.:: :::.... . :. ..:.::: . :::..: .. ::.
CCDS68 -NTVIILIGNKADLEAQRDVTYEEAKQFAEENGLLFLEASAKTGENVEDAFLEAAKKIYQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KE3 LIKKGEICIQDGWEGVK-SGFVPNTVHSSEEAVKPRKECFC
:. : . .. . ::. . .:. . . : :. : :
CCDS68 NIQDGSLDLNAAESGVQHKPSAPQGGRLTSEPQPQREGCGC
180 190 200 210
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 498 init1: 246 opt: 562 Z-score: 653.4 bits: 127.9 E(32554): 4.5e-30
Smith-Waterman score: 562; 45.9% identity (79.6% similar) in 181 aa overlap (1-181:1-175)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 METIWIYQFRLIVIGDSTVGKSCLLHRFTQGRFPGLRSPACDPTVGVDFFSRLLEIEPGK
: . : :.:..:::: :::.::: ::.. : . . :.:.:: : .:.. ::
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAF----NTTFISTIGIDFKIRTIELD-GK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RIKLQLWDTAGQERFRSITRSYYRNSVGGFLVFDITNRRSFEHVKDWLEEAKMYVQPFRI
.::::.::::::::::.:: .:::...: .::.::::..::...:.:... . ... .
CCDS10 KIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASS-DV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 VFLLVGHKCDLASQRQVTREEAEKLSADCGMKYIETSAKDATNVEESFTILTRDIYELIK
...:.:::. ..:::..:..:::. : :.:..:::::...::::.: :.:::. ..
CCDS10 ERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLN
120 130 140 150 160 170
190 200 210
pF1KE3 KGEICIQDGWEGVKSGFVPNTVHSSEEAVKPRKECFC
.
CCDS10 RKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
180 190 200
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 495 init1: 247 opt: 547 Z-score: 636.3 bits: 124.8 E(32554): 4e-29
Smith-Waterman score: 547; 44.9% identity (75.5% similar) in 196 aa overlap (1-194:1-190)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 METIWIYQFRLIVIGDSTVGKSCLLHRFTQGRFPGLRSPACDPTVGVDFFSRLLEIEPGK
: . : :.:..:::: :::.:.: ::.. : . . :.:.:: : .:.. ::
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAF----NSTFISTIGIDFKIRTIELD-GK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RIKLQLWDTAGQERFRSITRSYYRNSVGGFLVFDITNRRSFEHVKDWLEEAKMYVQPFRI
:::::.::::::::::.:: .:::...: .::.::::..::.....:... . ... .
CCDS12 RIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASA-DV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE3 VFLLVGHKCDLASQRQVTREEAEKLSADCGMKYIETSAKDATNVEESFTILTRDIY-ELI
...:.:::. ..:::..:..:::. : :.:..::::: :::..: :.::: ..
CCDS12 EKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KE3 KKGE-ICIQDGWEGVKSGFVPNTVHSSEEAVKPRKECFC
:: : : . .:::
CCDS12 KKLEGNSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
180 190 200
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 487 init1: 242 opt: 533 Z-score: 620.4 bits: 121.8 E(32554): 3.1e-28
Smith-Waterman score: 533; 45.1% identity (77.5% similar) in 182 aa overlap (1-182:1-174)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 METIWIYQFRLIVIGDSTVGKSCLLHRFTQGRFPGLRSPACDPTVGVDFFSRLLEIEPGK
: . . :.:..:::: :::.::. ::.. : . :.:.:: : ..:: ::
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYIS----TIGIDFKIRTVDIE-GK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 RIKLQLWDTAGQERFRSITRSYYRNSVGGFLVFDITNRRSFEHVKDWLEEAKMYVQPFRI
.::::.:::::::::..:: .:::...: .::.:::...:::....:.. : .. .
CCDS10 KIKLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASA-GV
60 70 80 90 100 110
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CCDS31 LNKIESGELDPERMGSGIQYGDAALRQLRSPRRAQAPNAQECGC
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CCDS46 -NVNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]