Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2760
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2760, 251 aa
1>>>pF1KE2760 251 - 251 aa - 251 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9486+/-0.000616; mu= 17.5220+/- 0.037
mean_var=67.1334+/-13.452, 0's: 0 Z-trim(111.6): 19 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.156533
statistics sampled from 12662 (12680) to 12662 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.379), width: 16
Scan time: 1.010
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS58807.1 APOBEC3B gene_id:9582|Hs109|chr22 ( 357) 1378 319.3 2.2e-87
CCDS13982.1 APOBEC3B gene_id:9582|Hs109|chr22 ( 382) 1378 319.4 2.3e-87
CCDS33648.1 APOBEC3F gene_id:200316|Hs109|chr22 ( 373) 1127 262.7 2.6e-70
CCDS46709.1 APOBEC3D gene_id:140564|Hs109|chr22 ( 386) 760 179.8 2.4e-45
CCDS13983.1 APOBEC3C gene_id:27350|Hs109|chr22 ( 190) 710 168.3 3.5e-42
CCDS13984.1 APOBEC3G gene_id:60489|Hs109|chr22 ( 384) 654 155.9 3.9e-38
CCDS87027.1 APOBEC3D gene_id:140564|Hs109|chr22 ( 202) 530 127.7 6.3e-30
CCDS41747.1 AICDA gene_id:57379|Hs109|chr12 ( 198) 413 101.2 5.6e-22
CCDS13981.1 APOBEC3A gene_id:200315|Hs109|chr22 ( 199) 379 93.6 1.1e-19
CCDS54531.1 APOBEC3H gene_id:164668|Hs109|chr22 ( 182) 336 83.8 9e-17
CCDS13985.1 APOBEC3H gene_id:164668|Hs109|chr22 ( 183) 336 83.8 9e-17
CCDS54530.1 APOBEC3H gene_id:164668|Hs109|chr22 ( 200) 336 83.8 9.6e-17
CCDS4848.1 APOBEC2 gene_id:10930|Hs109|chr6 ( 224) 335 83.7 1.2e-16
CCDS81662.1 AICDA gene_id:57379|Hs109|chr12 ( 188) 313 78.6 3.4e-15
CCDS8579.1 APOBEC1 gene_id:339|Hs109|chr12 ( 236) 310 78.0 6.4e-15
CCDS54532.1 APOBEC3H gene_id:164668|Hs109|chr22 ( 154) 249 64.1 6.5e-11
>>CCDS58807.1 APOBEC3B gene_id:9582|Hs109|chr22 (357 aa)
initn: 1378 init1: 1378 opt: 1378 Z-score: 1682.5 bits: 319.3 E(33420): 2.2e-87
Smith-Waterman score: 1378; 95.5% identity (97.0% similar) in 199 aa overlap (1-199:1-199)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWDTGVFRGQVY
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CCDS58 MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWDTGVFRGQVY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 FEPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFLSEHPNVTLTISA
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FKPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFLSEHPNVTLTISA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 ARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQFMPWYKFDENYAF
::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVTIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQFMPWYKFDENYAF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LHRTLKEILRLRIFSVAFTAAMRSCASWTWFLLCSWTRPRSTGSLGSSPGAPASPGAVPG
:::::::::: . .::
CCDS58 LHRTLKEILRYLMDPDTFTFNFNNDPLVLRRRQTYLCYEVERLDNGTWVLMDQHMGFLCN
190 200 210 220 230 240
>--
initn: 380 init1: 181 opt: 333 Z-score: 407.1 bits: 83.4 E(33420): 2.4e-16
Smith-Waterman score: 373; 39.9% identity (63.6% similar) in 173 aa overlap (20-190:201-353)
10 20 30 40
pF1KE2 MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLL
::.:.:.. : :.::::: .: .:
CCDS58 WYKFDENYAFLHRTLKEILRYLMDPDTFTFNFNNDPLVLRRRQTYLCYEV--ER-LDNGT
180 190 200 210 220
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 WDTGVFRGQVYFEPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPD--CVAKLAEF
: :. : .: :: : :.: . ...:::.::.:: . :.... :
CCDS58 W---VLMDQ---------HMGFL---C-NELDPAQIYRVTWFISWSPCFSWGCAGEVRAF
230 240 250 260 270
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 LSEHPNVTLTISAARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQ
:.:. .: : : :::.: : . :..:: : .:::.:.:: :.:: :::..::: .:
CCDS58 LQENTHVRLRIFAARIYDY-DPLYKEALQMLRDAGAQVSIMTYDEFEYCWDTFVYRQGCP
280 290 300 310 320 330
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 FMPWYKFDENYAFLHRTLKEILRLRIFSVAFTAAMRSCASWTWFLLCSWTRPRSTGSLGS
:.:: ..:. : :. ::.
CCDS58 FQPWDGLEEHSQALSGRLRAILQNQGN
340 350
>>CCDS13982.1 APOBEC3B gene_id:9582|Hs109|chr22 (382 aa)
initn: 1378 init1: 1378 opt: 1378 Z-score: 1682.1 bits: 319.4 E(33420): 2.3e-87
Smith-Waterman score: 1378; 95.5% identity (97.0% similar) in 199 aa overlap (1-199:1-199)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWDTGVFRGQVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWDTGVFRGQVY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 FEPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFLSEHPNVTLTISA
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FKPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFLSEHPNVTLTISA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 ARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQFMPWYKFDENYAF
::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVTIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQFMPWYKFDENYAF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LHRTLKEILRLRIFSVAFTAAMRSCASWTWFLLCSWTRPRSTGSLGSSPGAPASPGAVPG
:::::::::: . .::
CCDS13 LHRTLKEILRYLMDPDTFTFNFNNDPLVLRRRQTYLCYEVERLDNGTWVLMDQHMGFLCN
190 200 210 220 230 240
>--
initn: 352 init1: 181 opt: 392 Z-score: 478.7 bits: 96.7 E(33420): 2.5e-20
Smith-Waterman score: 392; 38.5% identity (65.4% similar) in 179 aa overlap (20-190:201-378)
10 20 30 40
pF1KE2 MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLL
::.:.:.. : :.:::::. . . .:
CCDS13 WYKFDENYAFLHRTLKEILRYLMDPDTFTFNFNNDPLVLRRRQTYLCYEVERLDNGTWVL
180 190 200 210 220 230
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 WDT--GVF--RGQVYFEPQY--HAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPD--CV
: : . ... . : :::. ::. . :: . ...:::.::.:: . :.
CCDS13 MDQHMGFLCNEAKNLLCGFYGRHAELRFLDLVPSLQLDPAQIYRVTWFISWSPCFSWGCA
240 250 260 270 280 290
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 AKLAEFLSEHPNVTLTISAARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFV
... ::.:. .: : : :::.: : . :..:: : .:::.:.:: :.:: :::..::
CCDS13 GEVRAFLQENTHVRLRIFAARIYDY-DPLYKEALQMLRDAGAQVSIMTYDEFEYCWDTFV
300 310 320 330 340
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 YNEGQQFMPWYKFDENYAFLHRTLKEILRLRIFSVAFTAAMRSCASWTWFLLCSWTRPRS
: .: :.:: ..:. : :. ::.
CCDS13 YRQGCPFQPWDGLEEHSQALSGRLRAILQNQGN
350 360 370 380
>>CCDS33648.1 APOBEC3F gene_id:200316|Hs109|chr22 (373 aa)
initn: 1125 init1: 952 opt: 1127 Z-score: 1375.9 bits: 262.7 E(33420): 2.6e-70
Smith-Waterman score: 1127; 82.6% identity (90.5% similar) in 190 aa overlap (1-190:1-189)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWDTGVFRGQVY
:.:..:: .:::::::: :: :.::: :. .::::::: : : : :. .::::::
CCDS33 MKPHFRNTVERMYRDTFSYNFYNRPILSRRNTVWLCYEVKTK-GPSRPRLDAKIFRGQVY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 FEPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFLSEHPNVTLTISA
.:..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::
CCDS33 SQPEHHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFLAEHPNVTLTISA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 ARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQFMPWYKFDENYAF
::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::.::: ::::::::.::::
CCDS33 ARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDDEEFAYCWENFVYSEGQPFMPWYKFDDNYAF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LHRTLKEILRLRIFSVAFTAAMRSCASWTWFLLCSWTRPRSTGSLGSSPGAPASPGAVPG
::::::::::
CCDS33 LHRTLKEILRNPMEAMYPHIFYFHFKNLRKAYGRNESWLCFTMEVVKHHSPVSWKRGVFR
180 190 200 210 220 230
>--
initn: 694 init1: 694 opt: 694 Z-score: 847.4 bits: 164.9 E(33420): 7.2e-41
Smith-Waterman score: 694; 50.3% identity (73.2% similar) in 183 aa overlap (7-189:190-372)
10 20 30
pF1KE2 MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLC
:::: :: :: .:.: :::. .:::
CCDS33 VYSEGQPFMPWYKFDDNYAFLHRTLKEILRNPMEAMYPHIFYFHFKNLRKAYGRNESWLC
160 170 180 190 200 210
40 50 60 70 80 90
pF1KE2 YEVKIKRGRSNLLWDTGVFRGQVYFEPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTP
. ... . .: . : ::::.:: : . ::: ::::::: . : ...::..::.:
CCDS33 FTMEVVKHHSPVSWKRGVFRNQVDPETHCHAERCFLSWFCDDILSPNTNYEVTWYTSWSP
220 230 240 250 260 270
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 CPDCVAKLAEFLSEHPNVTLTISAARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYC
::.:....::::..: ::.::: .:::::.:. ::...: ::: :: :.:: :..: ::
CCDS33 CPECAGEVAEFLARHSNVNLTIFTARLYYFWDTDYQEGLRSLSQEGASVEIMGYKDFKYC
280 290 300 310 320 330
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 WENFVYNEGQQFMPWYKFDENYAFLHRTLKEILRLRIFSVAFTAAMRSCASWTWFLLCSW
:::::::. . : :: . :. :: :.:::
CCDS33 WENFVYNDDEPFKPWKGLKYNFLFLDSKLQEILE
340 350 360 370
220 230 240 250
pF1KE2 TRPRSTGSLGSSPGAPASPGAVPGKCVRSFRRTHT
>>CCDS46709.1 APOBEC3D gene_id:140564|Hs109|chr22 (386 aa)
initn: 1076 init1: 749 opt: 760 Z-score: 927.8 bits: 179.8 E(33420): 2.4e-45
Smith-Waterman score: 1133; 71.1% identity (80.9% similar) in 235 aa overlap (1-213:1-235)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWDTGVFRG---
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWDTGVFRGPVL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KE2 ---------QVYFEPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFL
.:::. . :::::::::::::.::: . :::::::::.:: ::.:...::
CCDS46 PKRQSNHRQEVYFRFENHAEMCFLSWFCGNRLPANRRFQITWFVSWNPCLPCVVKVTKFL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 SEHPNVTLTISAARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQF
.::::::::::::::::: .::.: .: :: .:::::::::::.::::::::: :::: :
CCDS46 AEHPNVTLTISAARLYYYRDRDWRWVLLRLHKAGARVKIMDYEDFAYCWENFVCNEGQPF
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210
pF1KE2 MPWYKFDENYAFLHRTLKEILRL-------RIFSVAFTAAMRSCA---SWTWFLLCSWTR
:::::::.::: :::::::::: .:: : ...:. :: : .
CCDS46 MPWYKFDDNYASLHRTLKEILRNPMEAMYPHIFYFHFKNLLKACGRNESWLCFTMEVTKH
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250
pF1KE2 PRSTGSLGSSPGAPASPGAVPGKCVRSFRRTHT
CCDS46 HSAVFRKRGVFRNQVDPETHCHAERCFLSWFCDDILSPNTNYEVTWYTSWSPCPECAGEV
250 260 270 280 290 300
>--
initn: 587 init1: 558 opt: 564 Z-score: 688.6 bits: 135.5 E(33420): 5.1e-32
Smith-Waterman score: 564; 48.3% identity (76.8% similar) in 151 aa overlap (40-190:236-386)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 ERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWDTGVFRGQVYFEPQYHAEM
.. . .: .. ::::.:: : . :::
CCDS46 EAMYPHIFYFHFKNLLKACGRNESWLCFTMEVTKHHSAVFRKRGVFRNQVDPETHCHAER
210 220 230 240 250 260
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 CFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFLSEHPNVTLTISAARLYYYWER
::::::: . : ...::..::.:::.:....::::..: ::.::: .::: :.:.
CCDS46 CFLSWFCDDILSPNTNYEVTWYTSWSPCPECAGEVAEFLARHSNVNLTIFTARLCYFWDT
270 280 290 300 310 320
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 DYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQFMPWYKFDENYAFLHRTLKEIL
::...:: ::: :: :::: :..:. ::.::::.. . : :: .. :. .:.: :.:::
CCDS46 DYQEGLCSLSQEGASVKIMGYKDFVSCWKNFVYSDDEPFKPWKGLQTNFRLLKRRLREIL
330 340 350 360 370 380
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 RLRIFSVAFTAAMRSCASWTWFLLCSWTRPRSTGSLGSSPGAPASPGAVPGKCVRSFRRT
.
CCDS46 Q
>>CCDS13983.1 APOBEC3C gene_id:27350|Hs109|chr22 (190 aa)
initn: 676 init1: 676 opt: 710 Z-score: 871.0 bits: 168.3 E(33420): 3.5e-42
Smith-Waterman score: 710; 53.9% identity (74.3% similar) in 191 aa overlap (1-190:1-190)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVK-IKRGRSNLLWDTGVFRGQV
:::::::::. :: ::: .:.: :. ::::. :. ::: :: . : :::::.::
CCDS13 MNPQIRNPMKAMYPGTFYFQFKNLWEANDRNETWLCFTVEGIKR-RSVVSWKTGVFRNQV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 YFEPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFLSEHPNVTLTIS
: . ::: ::::::: . : .:.::..::.:::::....::::..: ::.:::
CCDS13 DSETHCHAERCFLSWFCDDILSPNTKYQVTWYTSWSPCPDCAGEVAEFLARHSNVNLTIF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 AARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQFMPWYKFDENYA
.:::::. :...: ::: :. :.:::::.: :::::::::... : :: . :.
CCDS13 TARLYYFQYPCYQEGLRSLSQEGVAVEIMDYEDFKYCWENFVYNDNEPFKPWKGLKTNFR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 FLHRTLKEILRLRIFSVAFTAAMRSCASWTWFLLCSWTRPRSTGSLGSSPGAPASPGAVP
.:.: :.: :.
CCDS13 LLKRRLRESLQ
180 190
>>CCDS13984.1 APOBEC3G gene_id:60489|Hs109|chr22 (384 aa)
initn: 513 init1: 355 opt: 654 Z-score: 798.4 bits: 155.9 E(33420): 3.9e-38
Smith-Waterman score: 654; 49.0% identity (69.6% similar) in 204 aa overlap (1-199:1-203)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWDTGVFRGQVY
:.:..:: .:::::::: :: :.::: :. .::::::: : : : :. .::::::
CCDS13 MKPHFRNTVERMYRDTFSYNFYNRPILSRRNTVWLCYEVKTK-GPSRPPLDAKIFRGQVY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE2 FEPQYHAEMCFLSWFCG-NQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFLSEHPNVTLTIS
: .:: :: :. :: .: . ...::..::.:: :. .: ::.: :.:::::
CCDS13 SELKYHPEMRFFHWFSKWRKLHRDQEYEVTWYISWSPCTKCTRDMATFLAEDPKVTLTIF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 AARLYYYWERDYRRALCRLSQA--GAR--VKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQFMPWYKFD
.:::::.:. ::..:: : : : : .:::.:.:: .:: .:::.. . : :: ..
CCDS13 VARLYYFWDPDYQEALRSLCQKRDGPRATMKIMNYDEFQHCWSKFVYSQRELFEPWNNLP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 ENYAFLHRTLKEILRLRIFSVAFTAAMRSCASWTWFLLCSWTRPRSTGSLGSSPGAPASP
. : .:: : :::: . .::
CCDS13 KYYILLHIMLGEILRHSMDPPTFTFNFNNEPWVRGRHETYLCYEVERMHNDTWVLLNQRR
180 190 200 210 220 230
>--
initn: 415 init1: 166 opt: 380 Z-score: 464.0 bits: 94.0 E(33420): 1.6e-19
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10 20 30 40
pF1KE2 MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLL
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CCDS13 WNNLPKYYILLHIMLGEILRHSMDPPTFTFNFNNEPWVRGRHETYLCYEVERMHNDTWVL
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50 60 70 80 90 100
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CCDS13 LNQRRGFLCNQAPHKHGFLEGRHAELCFLDVIPFWKLDLDQDYRVTCFTSWSPCFSCAQE
240 250 260 270 280 290
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 LAEFLSEHPNVTLTISAARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYN
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CCDS13 MAKFISKNKHVSLCIFTARIYDDQGR-CQEGLRTLAEAGAKISIMTYSEFKHCWDTFVDH
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CCDS13 QGCPFQPWDGLDEHSQDLSGRLRAILQNQEN
360 370 380
>>CCDS87027.1 APOBEC3D gene_id:140564|Hs109|chr22 (202 aa)
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10 20 30 40 50 60
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CCDS87 MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWDTGVFRGPVL
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.:. : :: ::::::: . : ...::..::.:::.:....::::
CCDS87 PKRQSNHRQEVDPETHCHAERCFLSWFCDDILSPNTNYEVTWYTSWSPCPECAGEVAEFL
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pF1KE2 SEHPNVTLTISAARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQF
..: ::.::: .::: :.:. ::...:: ::: :: :::: :..:. ::.::::.. . :
CCDS87 ARHSNVNLTIFTARLCYFWDTDYQEGLCSLSQEGASVKIMGYKDFVSCWKNFVYSDDEPF
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170 180 190 200 210 220
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CCDS87 KPWKGLQTNFRLLKRRLREILQ
190 200
>>CCDS41747.1 AICDA gene_id:57379|Hs109|chr12 (198 aa)
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CCDS41 MDSLLMNRRKFLYQFKNVRWAKGRRETYLCYVVKRRDSATSFSLDFGYLRNK--
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pF1KE2 FEPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCVAKLAEFLSEHPNVTLTISA
:.:. :: .. .: .:...:::.::.:: ::. ..:.:: .::..: : .
CCDS41 --NGCHVELLFLRYISDWDLDPGRCYRVTWFTSWSPCYDCARHVADFLRGNPNLSLRIFT
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pF1KE2 ARLYYYWERDYR-RALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQFMPWYKFDENYA
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CCDS41 ARLYFCEDRKAEPEGLRRLHRAGVQIAIMTFKDYFYCWNTFVENHERTFKAWEGLHENSV
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pF1KE2 FLHRTLKEILRLRIFSVAFTAAMRSCASWTWFLLCSWTRPRSTGSLGSSPGAPASPGAVP
: : :..::
CCDS41 RLSRQLRRILLPLYEVDDLRDAFRTLGL
180 190
>>CCDS13981.1 APOBEC3A gene_id:200315|Hs109|chr22 (199 aa)
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10 20 30 40 50
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: . : : .::.: :: :.::::: .. : : .. : ...
CCDS13 MEASPASGPRHLMDPHIFTSNFNNG---IGRHKTYLCYEVERLDNGTSVKMDQHRGFLHN
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pF1KE2 QV--YFEPQY--HAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPD--CVAKLAEFLSEH
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CCDS13 QAKNLLCGFYGRHAELRFLDLVPSLQLDPAQIYRVTWFISWSPCFSWGCAGEVRAFLQEN
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pF1KE2 PNVTLTISAARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEFAYCWENFVYNEGQQFMPW
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CCDS13 THVRLRIFAARIYDY-DPLYKEALQMLRDAGAQVSIMTYDEFKHCWDTFVDHQGCPFQPW
120 130 140 150 160 170
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.::. : :. ::.
CCDS13 DGLDEHSQALSGRLRAILQNQGN
180 190
>>CCDS54531.1 APOBEC3H gene_id:164668|Hs109|chr22 (182 aa)
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CCDS54 MALLTAETFRLQFNNKRRLR-RPYYPRKALLCYQLTPQNGSTPT-------R
10 20 30 40
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CCDS54 G--YFENKKKCHAEICFINEIKSMGLDETQCYQVTCYLTWSPCSSCAWELVDFIKAHDHL
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CCDS54 NLGIFASRLYYHWCKPQQKGLRLLCGSQVPVEVMGFPEFADCWENFVDHEKPLSFNPYKM
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CCDS54 LEELDKNSRAIKRRLERIKS
170 180
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18921897 residues in 33420 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]