Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2734
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2734, 313 aa
1>>>pF1KE2734 313 - 313 aa - 313 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3065+/-0.000889; mu= 15.6707+/- 0.053
mean_var=66.2990+/-13.024, 0's: 0 Z-trim(105.4): 72 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.157515
statistics sampled from 8418 (8492) to 8418 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.633), E-opt: 0.2 (0.254), width: 16
Scan time: 1.110
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS8926.1 SDR9C7 gene_id:121214|Hs109|chr12 ( 313) 2071 479.5 1.5e-135
CCDS41797.1 RDH16 gene_id:8608|Hs109|chr12 ( 317) 1127 265.0 5.6e-71
CCDS8925.1 HSD17B6 gene_id:8630|Hs109|chr12 ( 317) 1103 259.6 2.4e-69
CCDS31829.1 RDH5 gene_id:5959|Hs109|chr12 ( 318) 1004 237.1 1.4e-62
CCDS2231.1 DHRS9 gene_id:10170|Hs109|chr2 ( 319) 940 222.5 3.5e-58
CCDS74600.1 DHRS9 gene_id:10170|Hs109|chr2 ( 379) 940 222.6 4e-58
CCDS3328.1 BDH1 gene_id:622|Hs109|chr3 ( 343) 661 159.1 4.5e-39
CCDS10936.1 HSD17B2 gene_id:3294|Hs109|chr16 ( 387) 560 136.2 4e-32
CCDS10837.1 HSD11B2 gene_id:3291|Hs109|chr16 ( 405) 481 118.3 1.1e-26
CCDS11428.1 HSD17B1 gene_id:3292|Hs109|chr17 ( 328) 304 78.0 1.1e-14
CCDS82126.1 HSD17B1 gene_id:3292|Hs109|chr17 ( 329) 292 75.3 7.6e-14
CCDS12223.2 RDH8 gene_id:50700|Hs109|chr19 ( 331) 291 75.0 8.9e-14
CCDS9743.1 DHRS7 gene_id:51635|Hs109|chr14 ( 339) 251 66.0 5e-11
>>CCDS8926.1 SDR9C7 gene_id:121214|Hs109|chr12 (313 aa)
initn: 2071 init1: 2071 opt: 2071 Z-score: 2547.5 bits: 479.5 E(33420): 1.5e-135
Smith-Waterman score: 2071; 100.0% identity (100.0% similar) in 313 aa overlap (1-313:1-313)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAALTDLSFMYRWFKNCNLVGNLSEKYVFITGCDSGFGNLLAKQLVDRGMQVLAACFTEE
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CCDS89 MAALTDLSFMYRWFKNCNLVGNLSEKYVFITGCDSGFGNLLAKQLVDRGMQVLAACFTEE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GSQKLQRDTSYRLQTTLLDVTKSESIKAAAQWVRDKVGEQGLWALVNNAGVGLPSGPNEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 GSQKLQRDTSYRLQTTLLDVTKSESIKAAAQWVRDKVGEQGLWALVNNAGVGLPSGPNEW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 LTKDDFVKVINVNLVGLIEVTLHMLPMVKRARGRVVNMSSSGGRVAVIGGGYCVSKFGVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 LTKDDFVKVINVNLVGLIEVTLHMLPMVKRARGRVVNMSSSGGRVAVIGGGYCVSKFGVE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 AFSDSIRRELYYFGVKVCIIEPGNYRTAILGKENLESRMRKLWERLPQETRDSYGEDYFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 AFSDSIRRELYYFGVKVCIIEPGNYRTAILGKENLESRMRKLWERLPQETRDSYGEDYFR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 IYTDKLKNIMQVAEPRVRDVINSMEHAIVSRSPRIRYNPGLDAKLLYIPLAKLPTPVTDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 IYTDKLKNIMQVAEPRVRDVINSMEHAIVSRSPRIRYNPGLDAKLLYIPLAKLPTPVTDF
250 260 270 280 290 300
310
pF1KE2 ILSRYLPRPADSV
:::::::::::::
CCDS89 ILSRYLPRPADSV
310
>>CCDS41797.1 RDH16 gene_id:8608|Hs109|chr12 (317 aa)
initn: 1103 init1: 1083 opt: 1127 Z-score: 1388.0 bits: 265.0 E(33420): 5.6e-71
Smith-Waterman score: 1127; 51.8% identity (80.8% similar) in 313 aa overlap (1-313:5-317)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MAALTDLSFMYRWFKNCNLVGNLSEKYVFITGCDSGFGNLLAKQLVDRGMQVLAAC
.:... : .. .:... .....: .:::::::::::::.:::.:: ::..:::::
CCDS41 MWLYLAVFVGLYYLLHWYRERQVLSHLRDKYVFITGCDSGFGKLLARQLDARGLRVLAAC
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 FTEEGSQKLQRDTSYRLQTTLLDVTKSESIKAAAQWVRDKVGEQGLWALVNNAGVGLPSG
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CCDS41 LTEKGAEQLRGQTSDRLETVTLDVTKTESVAAAAQWVKECVRDKGLWGLVNNAGISLPTA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 PNEWLTKDDFVKVINVNLVGLIEVTLHMLPMVKRARGRVVNMSSSGGRVAVIGGGYCVSK
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CCDS41 PNELLTKQDFVTILDVNLLGVIDVTLSLLPLVRRARGRVVNVSSVMGRVSLFGGGYCISK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 FGVEAFSDSIRRELYYFGVKVCIIEPGNYRTAILGKENLESRMRKLWERLPQETRDSYGE
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CCDS41 YGVEAFSDSLRRELSYFGVKVAMIEPGYFKTAVTSKERFLKSFLEIWDRSSPEVKEAYGE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 DYFRIYTDKLKNIMQVAEPRVRDVINSMEHAIVSRSPRIRYNPGLDAKLLYIPLAKLPTP
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CCDS41 KFVADYKKSAEQMEQKCTQDLSLVTNCMEHALIACHPRTRYSAGWDAKLLYLPMSYMPTF
250 260 270 280 290 300
300 310
pF1KE2 VTDFILSRYLPRPADSV
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CCDS41 LVDAIMYWVSPSPAKAL
310
>>CCDS8925.1 HSD17B6 gene_id:8630|Hs109|chr12 (317 aa)
initn: 1073 init1: 1049 opt: 1103 Z-score: 1358.5 bits: 259.6 E(33420): 2.4e-69
Smith-Waterman score: 1103; 50.8% identity (80.2% similar) in 313 aa overlap (1-313:5-317)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MAALTDLSFMYRWFKNCNLVGNLSEKYVFITGCDSGFGNLLAKQLVDRGMQVLAAC
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CCDS89 MWLYLAAFVGLYYLLHWYRERQVVSHLQDKYVFITGCDSGFGNLLARQLDARGLRVLAAC
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 FTEEGSQKLQRDTSYRLQTTLLDVTKSESIKAAAQWVRDKVGEQGLWALVNNAGVGLPSG
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CCDS89 LTEKGAEQLRGQTSDRLETVTLDVTKMESIAAATQWVKEHVGDRGLWGLVNNAGILTPIT
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 PNEWLTKDDFVKVINVNLVGLIEVTLHMLPMVKRARGRVVNMSSSGGRVAVIGGGYCVSK
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CCDS89 LCEWLNTEDSMNMLKVNLIGVIQVTLSMLPLVRRARGRIVNVSSILGRVAFFVGGYCVSK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 FGVEAFSDSIRRELYYFGVKVCIIEPGNYRTAILGKENLESRMRKLWERLPQETRDSYGE
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CCDS89 YGVEAFSDILRREIQHFGVKISIVEPGYFRTGMTNMTQSLERMKQSWKEAPKHIKETYGQ
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 DYFRIYTDKLKNIMQVAEPRVRDVINSMEHAIVSRSPRIRYNPGLDAKLLYIPLAKLPTP
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CCDS89 QYFDALYNIMKEGLLNCSTNLNLVTDCMEHALTSVHPRTRYSAGWDAKFFFIPLSYLPTS
250 260 270 280 290 300
300 310
pF1KE2 VTDFILSRYLPRPADSV
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CCDS89 LADYILTRSWPKPAQAV
310
>>CCDS31829.1 RDH5 gene_id:5959|Hs109|chr12 (318 aa)
initn: 980 init1: 810 opt: 1004 Z-score: 1236.9 bits: 237.1 E(33420): 1.4e-62
Smith-Waterman score: 1004; 51.2% identity (77.0% similar) in 291 aa overlap (24-313:27-317)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MAALTDLSFMYRWFKNCNLVGNLSEKYVFITGCDSGFGNLLAKQLVDRGMQVLAACF
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CCDS31 MWLPLLLGALLWAVLWLLRDRQSLPASNAFVFITGCDSGFGRLLALQLDQRGFRVLASCL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 TEEGSQKLQRDTSYRLQTTLLDVTKSESIKAAAQWVRDKVGEQGLWALVNNAGVGLPSGP
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CCDS31 TPSGAEDLQRVASSRLHTTLLDITDPQSVQQAAKWVEMHVKEAGLFGLVNNAGVAGIIGP
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 NEWLTKDDFVKVINVNLVGLIEVTLHMLPMVKRARGRVVNMSSSGGRVAVIGGGYCVSKF
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CCDS31 TPWLTRDDFQRVLNVNTMGPIGVTLALLPLLQQARGRVINITSVLGRLAANGGGYCVSKF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 GVEAFSDSIRRELYYFGVKVCIIEPGNYRTAILGKENLESRMRKLWERLPQETRDSYGED
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CCDS31 GLEAFSDSLRRDVAHFGIRVSIVEPGFFRTPVTNLESLEKTLQACWARLPPATQAHYGGA
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 YFRIYTDKLKNIMQ-VAEPRVRDVINSMEHAIVSRSPRIRYNPGLDAKLLYIPLAKLPTP
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CCDS31 FLTKYLKMQQRIMNLICDPDLTKVSRCLEHALTARHPRTRYSPGWDAKLLWLPASYLPAS
250 260 270 280 290 300
300 310
pF1KE2 VTDFILSRYLPRPADSV
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CCDS31 LVDAVLTWVLPKPAQAVY
310
>>CCDS2231.1 DHRS9 gene_id:10170|Hs109|chr2 (319 aa)
initn: 946 init1: 924 opt: 940 Z-score: 1158.3 bits: 222.5 E(33420): 3.5e-58
Smith-Waterman score: 940; 46.8% identity (77.1% similar) in 293 aa overlap (11-302:14-306)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MAALTDLSFMYRWFKNCNL-VGNLSEKYVFITGCDSGFGNLLAKQLVDRGMQVLAAC
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CCDS22 MLFWVLGLLILCGFLWTRKGKLKIEDITDKYIFITGCDSGFGNLAARTFDKKGFHVIAAC
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 FTEEGSQKLQRDTSYRLQTTLLDVTKSESIKAAAQWVRDKVGEQGLWALVNNAGVGLPSG
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CCDS22 LTESGSTALKAETSERLRTVLLDVTDPENVKRTAQWVKNQVGEKGLWGLINNAGVPGVLA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 PNEWLTKDDFVKVINVNLVGLIEVTLHMLPMVKRARGRVVNMSSSGGRVAVIGGGYCVSK
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CCDS22 PTDWLTLEDYREPIEVNLFGLISVTLNMLPLVKKAQGRVINVSSVGGRLAIVGGGYTPSK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 FGVEAFSDSIRRELYYFGVKVCIIEPGNYRTAILGKENLESRMRKLWERLPQETRDSYGE
..::.:.::.::.. :::.: :::: ..: . .. . .::.: . ...:::
CCDS22 YAVEGFNDSLRRDMKAFGVHVSCIEPGLFKTNLADPVKVIEKKLAIWEQLSPDIKQQYGE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 DYFRIYTDKLKNIMQVAEPRVRDVINSMEHAIVSRSPRIRYNPGLDAKLLYIPLAKLPTP
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CCDS22 GYIEKSLDKLKGNKSYVNMDLSPVVECMDHALTSLFPKTHYAAGKDAKIFWIPLSHMPAA
250 260 270 280 290 300
300 310
pF1KE2 VTDFILSRYLPRPADSV
. ::.:
CCDS22 LQDFLLLKQKAELANPKAV
310
>>CCDS74600.1 DHRS9 gene_id:10170|Hs109|chr2 (379 aa)
initn: 946 init1: 924 opt: 940 Z-score: 1157.2 bits: 222.6 E(33420): 4e-58
Smith-Waterman score: 940; 46.8% identity (77.1% similar) in 293 aa overlap (11-302:74-366)
10 20 30
pF1KE2 MAALTDLSFMYRWFKNCNL-VGNLSEKYVFITGCDSGFGN
. : .. .: . ....::.:::::::::::
CCDS74 LLVLYKKGVYLSHTGGKMLFWVLGLLILCGFLWTRKGKLKIEDITDKYIFITGCDSGFGN
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80 90
pF1KE2 LLAKQLVDRGMQVLAACFTEEGSQKLQRDTSYRLQTTLLDVTKSESIKAAAQWVRDKVGE
: :. . .:..:.:::.:: :: :. .:: ::.:.::::: :..: .::::...:::
CCDS74 LAARTFDKKGFHVIAACLTESGSTALKAETSERLRTVLLDVTDPENVKRTAQWVKNQVGE
110 120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 QGLWALVNNAGVGLPSGPNEWLTKDDFVKVINVNLVGLIEVTLHMLPMVKRARGRVVNMS
.:::.:.::::: .:..::: .:. . :.::: ::: :::.:::.::.:.:::.:.:
CCDS74 KGLWGLINNAGVPGVLAPTDWLTLEDYREPIEVNLFGLISVTLNMLPLVKKAQGRVINVS
170 180 190 200 210 220
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 SSGGRVAVIGGGYCVSKFGVEAFSDSIRRELYYFGVKVCIIEPGNYRTAILGKENLESRM
: :::.:..:::: ::..::.:.::.::.. :::.: :::: ..: . .. .
CCDS74 SVGGRLAIVGGGYTPSKYAVEGFNDSLRRDMKAFGVHVSCIEPGLFKTNLADPVKVIEKK
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 RKLWERLPQETRDSYGEDYFRIYTDKLKNIMQVAEPRVRDVINSMEHAIVSRSPRIRYNP
.::.: . ...::: :.. ::::. . .. . :.. :.::..: :. .:
CCDS74 LAIWEQLSPDIKQQYGEGYIEKSLDKLKGNKSYVNMDLSPVVECMDHALTSLFPKTHYAA
290 300 310 320 330 340
280 290 300 310
pF1KE2 GLDAKLLYIPLAKLPTPVTDFILSRYLPRPADSV
: :::...:::...:. . ::.:
CCDS74 GKDAKIFWIPLSHMPAALQDFLLLKQKAELANPKAV
350 360 370
>>CCDS3328.1 BDH1 gene_id:622|Hs109|chr3 (343 aa)
initn: 552 init1: 175 opt: 661 Z-score: 815.2 bits: 159.1 E(33420): 4.5e-39
Smith-Waterman score: 661; 38.6% identity (70.3% similar) in 290 aa overlap (26-304:56-343)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MAALTDLSFMYRWFKNCNLVGNLSEKYVFITGCDSGFGNLLAKQLVDRGMQVLAA
: :..:::::::: :::.: ..:. :.:.
CCDS33 GARRPLLLGSTSFIPIGRRTYASAAEPVGSKAVLVTGCDSGFGFSLAKHLHSKGFLVFAG
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100
pF1KE2 CFTEE----GSQKLQRDTSYRLQTTLLDVTKSESIKAAAQWVRD--KVGEQGLWALVNNA
:. .. : ..:. .: ::.:. :.: .:: .. ... ::. : :.:.:.:::::
CCDS33 CLMKDKGHDGVKELDSLNSDRLRTVQLNVCSSEEVEKVVEIVRSSLKDPEKGMWGLVNNA
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 GVGLPSGPNEWLTKDDFVKVINVNLVGLIEVTLHMLPMVKRARGRVVNMSSSGGRVAVIG
:.. : :. . . . .: .::: : ...: .::...::.:::::.:: ::.: .
CCDS33 GIST-FGEVEFTSLETYKQVAEVNLWGTVRMTKSFLPLIRRAKGRVVNISSMLGRMANPA
150 160 170 180 190 200
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 -GGYCVSKFGVEAFSDSIRRELYYFGVKVCIIEPGNY--RTAILGKENLESRMRKLWERL
. ::..::::::::: .: :.: .:::: ..::::. :.. . :.... .:.::.:
CCDS33 RSPYCITKFGVEAFSDCLRYEMYPLGVKVSVVEPGNFIAATSLYSPESIQAIAKKMWEEL
210 220 230 240 250 260
230 240 250 260 270 280
pF1KE2 PQETRDSYGEDYFRIYTDKLKNIMQVAEPRVRDVINSMEHAIVSRSPRIRYNPGLDAK--
:. .: .::. :: :... . . . ::... ::... .: ::.: .:
CCDS33 PEVVRKDYGKKYFDEKIAKMETYCSSGSTDTSPVIDAVTHALTATTPYTRYHP-MDYYWW
270 280 290 300 310 320
290 300 310
pF1KE2 LLYIPLAKLPTPVTDFILSRYLPRPADSV
: . ...:: ..:.: :
CCDS33 LRMQIMTHLPGAISDMIYIR
330 340
>>CCDS10936.1 HSD17B2 gene_id:3294|Hs109|chr16 (387 aa)
initn: 366 init1: 252 opt: 560 Z-score: 690.4 bits: 136.2 E(33420): 4e-32
Smith-Waterman score: 560; 35.2% identity (67.1% similar) in 304 aa overlap (9-306:67-367)
10 20 30
pF1KE2 MAALTDLSFMYRWFKNCNLVGNLSEKYVFITGCDSGFG
.:: .... .:. ...: :..:: : :.:
CCDS10 WMVCLAGLCAVCLLILSPFWGLILFSVSCFLMYTYLSGQELLP-VDQKAVLVTGGDCGLG
40 50 60 70 80 90
40 50 60 70 80 90
pF1KE2 NLLAKQLVDRGMQVLAACFTEEG--SQKLQRDTSYRLQTTLLDVTKSESIKAAAQWVRDK
. : : : . :. :.:. ..:.: ...:.: : ::.. .:.:: .:: : . :
CCDS10 HALCKYLDELGFTVFAGVLNENGPGAEELRRTCSPRLSVLQMDITKPVQIKDAYSKVAAM
100 110 120 130 140 150
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 VGEQGLWALVNNAGV-GLPSGPNEWLTKDDFVKVINVNLVGLIEVTLHMLPMVKRARGRV
. ..::::..::::: :.:. .: : :. . . ::. : .::: .::......::.
CCDS10 LQDRGLWAVINNAGVLGFPTD-GELLLMTDYKQCMAVNFFGTVEVTKTFLPLLRKSKGRL
160 170 180 190 200 210
160 170 180 190 200 210
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...: . ..:: :....::.::. . : : ..: :. ...:::...::
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