Result of FASTA (omim) for
pFN21AE2696
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2696, 307 aa
1>>>pF1KE2696 307 - 307 aa - 307 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
62035967 residues in 87258 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2516+/-0.000352; mu= 15.9350+/- 0.022
mean_var=70.8941+/-15.010, 0's: 0 Z-trim(114.5): 68 B-trim: 1490 in 2/47
Lambda= 0.152324
statistics sampled from 24533 (24614) to 24533 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.668), E-opt: 0.2 (0.282), width: 16
Scan time: 7.050
The best scores are: opt bits E(87258)
NP_005105 (OMIM: 603244) heparan sulfate glucosami ( 307) 2109 472.5 4.6e-133
XP_011512215 (OMIM: 603244) PREDICTED: heparan sul ( 307) 2109 472.5 4.6e-133
XP_006715442 (OMIM: 609407) PREDICTED: heparan sul ( 346) 1014 231.9 1.4e-60
XP_016865962 (OMIM: 609407) PREDICTED: heparan sul ( 346) 1014 231.9 1.4e-60
XP_016865963 (OMIM: 609407) PREDICTED: heparan sul ( 346) 1014 231.9 1.4e-60
XP_016865961 (OMIM: 609407) PREDICTED: heparan sul ( 346) 1014 231.9 1.4e-60
XP_011533890 (OMIM: 609407) PREDICTED: heparan sul ( 346) 1014 231.9 1.4e-60
XP_016865960 (OMIM: 609407) PREDICTED: heparan sul ( 346) 1014 231.9 1.4e-60
XP_016865959 (OMIM: 609407) PREDICTED: heparan sul ( 346) 1014 231.9 1.4e-60
NP_705840 (OMIM: 609407) heparan sulfate glucosami ( 346) 1014 231.9 1.4e-60
NP_006031 (OMIM: 604059) heparan sulfate glucosami ( 456) 789 182.6 1.3e-45
NP_006034 (OMIM: 604056) heparan sulfate glucosami ( 367) 784 181.4 2.4e-45
NP_006032 (OMIM: 604058) heparan sulfate glucosami ( 390) 773 179.0 1.4e-44
NP_006033 (OMIM: 604057) heparan sulfate glucosami ( 406) 766 177.5 4.1e-44
XP_011522416 (OMIM: 604057) PREDICTED: heparan sul ( 207) 551 130.0 4e-30
XP_016880968 (OMIM: 604058) PREDICTED: heparan sul ( 203) 550 129.8 4.5e-30
XP_016864035 (OMIM: 615039) PREDICTED: bifunctiona ( 493) 398 96.7 1e-19
XP_016864034 (OMIM: 615039) PREDICTED: bifunctiona ( 493) 398 96.7 1e-19
NP_072091 (OMIM: 615039) bifunctional heparan sulf ( 872) 398 96.8 1.7e-19
XP_016864331 (OMIM: 603950) PREDICTED: bifunctiona ( 493) 385 93.8 7.6e-19
NP_004775 (OMIM: 603950) bifunctional heparan sulf ( 873) 385 94.0 1.2e-18
XP_006714479 (OMIM: 603950) PREDICTED: bifunctiona ( 873) 385 94.0 1.2e-18
XP_016864332 (OMIM: 603950) PREDICTED: bifunctiona ( 484) 371 90.7 6.3e-18
XP_016864333 (OMIM: 603950) PREDICTED: bifunctiona ( 519) 371 90.8 6.7e-18
XP_016864330 (OMIM: 603950) PREDICTED: bifunctiona ( 519) 371 90.8 6.7e-18
XP_016864328 (OMIM: 603950) PREDICTED: bifunctiona ( 899) 371 90.9 1e-17
XP_016864329 (OMIM: 603950) PREDICTED: bifunctiona ( 899) 371 90.9 1e-17
XP_016872346 (OMIM: 603268) PREDICTED: bifunctiona ( 406) 357 87.6 4.6e-17
XP_005270313 (OMIM: 603268) PREDICTED: bifunctiona ( 509) 357 87.7 5.5e-17
XP_011538612 (OMIM: 603268) PREDICTED: bifunctiona ( 883) 357 87.8 8.6e-17
NP_003626 (OMIM: 603268) bifunctional heparan sulf ( 883) 357 87.8 8.6e-17
NP_001317036 (OMIM: 603268) bifunctional heparan s ( 815) 229 59.7 2.4e-08
XP_016880969 (OMIM: 604057) PREDICTED: heparan sul ( 231) 221 57.6 2.9e-08
XP_011544304 (OMIM: 604056) PREDICTED: heparan sul ( 194) 214 56.0 7.4e-08
XP_005268499 (OMIM: 600853,616116) PREDICTED: bifu ( 471) 215 56.4 1.3e-07
XP_011544303 (OMIM: 604056) PREDICTED: heparan sul ( 204) 210 55.1 1.4e-07
XP_016864922 (OMIM: 600853,616116) PREDICTED: bifu ( 553) 215 56.5 1.5e-07
XP_016864921 (OMIM: 600853,616116) PREDICTED: bifu ( 566) 215 56.5 1.5e-07
XP_011535940 (OMIM: 600853,616116) PREDICTED: bifu ( 566) 215 56.5 1.5e-07
XP_016864917 (OMIM: 600853,616116) PREDICTED: bifu ( 882) 215 56.6 2.1e-07
NP_001534 (OMIM: 600853,616116) bifunctional hepar ( 882) 215 56.6 2.1e-07
XP_016864918 (OMIM: 600853,616116) PREDICTED: bifu ( 882) 215 56.6 2.1e-07
XP_016864920 (OMIM: 600853,616116) PREDICTED: bifu ( 882) 215 56.6 2.1e-07
XP_006714846 (OMIM: 600853,616116) PREDICTED: bifu ( 882) 215 56.6 2.1e-07
XP_016864919 (OMIM: 600853,616116) PREDICTED: bifu ( 882) 215 56.6 2.1e-07
XP_005268494 (OMIM: 600853,616116) PREDICTED: bifu ( 895) 215 56.6 2.2e-07
XP_016864916 (OMIM: 600853,616116) PREDICTED: bifu ( 895) 215 56.6 2.2e-07
XP_006714845 (OMIM: 600853,616116) PREDICTED: bifu ( 895) 215 56.6 2.2e-07
XP_005268492 (OMIM: 600853,616116) PREDICTED: bifu ( 895) 215 56.6 2.2e-07
XP_005268493 (OMIM: 600853,616116) PREDICTED: bifu ( 895) 215 56.6 2.2e-07
>>NP_005105 (OMIM: 603244) heparan sulfate glucosamine 3 (307 aa)
initn: 2109 init1: 2109 opt: 2109 Z-score: 2510.0 bits: 472.5 E(87258): 4.6e-133
Smith-Waterman score: 2109; 99.7% identity (99.7% similar) in 307 aa overlap (1-307:1-307)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAALLLGAVLLVAQPQLVPSRTAELGQQELLRKAGTLQDDVRDGVAPNGSAQQLPQTIII
::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MAALLLGAVLLVAQPQLVPSRPAELGQQELLRKAGTLQDDVRDGVAPNGSAQQLPQTIII
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GVRKGGTRALLEMLSLHPDVAAAENEVHFFDWEEHYSHGLGWYLSQMPFSWPHQLTVEKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GVRKGGTRALLEMLSLHPDVAAAENEVHFFDWEEHYSHGLGWYLSQMPFSWPHQLTVEKT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 PAYFTSPKVPERVYSMNPSIRLLLILRDPSERVLSDYTQVFYNHMQKHKPYPSIEEFLVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 PAYFTSPKVPERVYSMNPSIRLLLILRDPSERVLSDYTQVFYNHMQKHKPYPSIEEFLVR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 DGRLNVDYKALNRSLYHVHMQNWLRFFPLRHIHIVDGDRLIRDPFPEIQKVERFLKLSPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 DGRLNVDYKALNRSLYHVHMQNWLRFFPLRHIHIVDGDRLIRDPFPEIQKVERFLKLSPQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 INASNFYFNKTKGFYCLRDSGRDRCLHESKGRAHPQVDPKLLNKLHEYFHEPNKKFFELV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 INASNFYFNKTKGFYCLRDSGRDRCLHESKGRAHPQVDPKLLNKLHEYFHEPNKKFFELV
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 GRTFDWH
:::::::
NP_005 GRTFDWH
>>XP_011512215 (OMIM: 603244) PREDICTED: heparan sulfate (307 aa)
initn: 2109 init1: 2109 opt: 2109 Z-score: 2510.0 bits: 472.5 E(87258): 4.6e-133
Smith-Waterman score: 2109; 99.7% identity (99.7% similar) in 307 aa overlap (1-307:1-307)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAALLLGAVLLVAQPQLVPSRTAELGQQELLRKAGTLQDDVRDGVAPNGSAQQLPQTIII
::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MAALLLGAVLLVAQPQLVPSRPAELGQQELLRKAGTLQDDVRDGVAPNGSAQQLPQTIII
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GVRKGGTRALLEMLSLHPDVAAAENEVHFFDWEEHYSHGLGWYLSQMPFSWPHQLTVEKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GVRKGGTRALLEMLSLHPDVAAAENEVHFFDWEEHYSHGLGWYLSQMPFSWPHQLTVEKT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 PAYFTSPKVPERVYSMNPSIRLLLILRDPSERVLSDYTQVFYNHMQKHKPYPSIEEFLVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PAYFTSPKVPERVYSMNPSIRLLLILRDPSERVLSDYTQVFYNHMQKHKPYPSIEEFLVR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 DGRLNVDYKALNRSLYHVHMQNWLRFFPLRHIHIVDGDRLIRDPFPEIQKVERFLKLSPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DGRLNVDYKALNRSLYHVHMQNWLRFFPLRHIHIVDGDRLIRDPFPEIQKVERFLKLSPQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 INASNFYFNKTKGFYCLRDSGRDRCLHESKGRAHPQVDPKLLNKLHEYFHEPNKKFFELV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 INASNFYFNKTKGFYCLRDSGRDRCLHESKGRAHPQVDPKLLNKLHEYFHEPNKKFFELV
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 GRTFDWH
:::::::
XP_011 GRTFDWH
>>XP_006715442 (OMIM: 609407) PREDICTED: heparan sulfate (346 aa)
initn: 1039 init1: 534 opt: 1014 Z-score: 1208.8 bits: 231.9 E(87258): 1.4e-60
Smith-Waterman score: 1014; 49.8% identity (79.8% similar) in 297 aa overlap (20-306:50-345)
10 20 30 40
pF1KE2 MAALLLGAVLLVAQPQLVPSRT-AELGQQELLRKAGTLQDDVRDGVAPN
.:: ::. . : : : :.. : : : .
XP_006 AVGSLLYLVARVGSLDRLQPICPIEGRLGGARTQAEFPLRALQFKRGLLHE-FRKGNASK
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 GSA------QQLPQTIIIGVRKGGTRALLEMLSLHPDVAAAENEVHFFDWEEHYSHGLGW
.. ::::..:::::::::::::::::.::: :. : .:.:::: .:.:..:. :
XP_006 EQVRLHDLVQQLPKAIIIGVRKGGTRALLEMLNLHPAVVKASQEIHFFDNDENYGKGIEW
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 YLSQMPFSWPHQLTVEKTPAYFTSPKVPERVYSMNPSIRLLLILRDPSERVLSDYTQVFY
: ..::::.:.:.:.::.:::: . .::::.:.:: ::.::.:.:.:. :..::::::.
XP_006 YRKKMPFSYPQQITIEKSPAYFITEEVPERIYKMNSSIKLLIIVREPTTRAISDYTQVLE
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 NHMQKHKPYPSIEEFLVRDG--RLNVDYKALNRSLYHVHMQNWLRFFPLRHIHIVDGDRL
.. .:.: : ..:.. . . ..:. :::. :.: :.. ::..::....:.::::::
XP_006 GKERKNKTYYKFEKLAIDPNTCEVNTKYKAVRTSIYTKHLERWLKYFPIEQFHVVDGDRL
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270
pF1KE2 IRDPFPEIQKVERFLKLSPQINASNFYFNKTKGFYCLR-DSGRDRCLHESKGRAHPQVDP
: .:.::.: ::.::.: :.:. :.::: :.:::::: . ..:: :::: ::.:::
XP_006 ITEPLPELQLVEKFLNLPPRISQYNLYFNATRGFYCLRFNIIFNKCLAGSKGRIHPEVDP
260 270 280 290 300 310
280 290 300
pF1KE2 KLLNKLHEYFHEPNKKFFELVGRTFDWH
....::...:: :.::....:::..:
XP_006 SVITKLRKFFHPFNQKFYQITGRTLNWP
320 330 340
>>XP_016865962 (OMIM: 609407) PREDICTED: heparan sulfate (346 aa)
initn: 1039 init1: 534 opt: 1014 Z-score: 1208.8 bits: 231.9 E(87258): 1.4e-60
Smith-Waterman score: 1014; 49.8% identity (79.8% similar) in 297 aa overlap (20-306:50-345)
10 20 30 40
pF1KE2 MAALLLGAVLLVAQPQLVPSRT-AELGQQELLRKAGTLQDDVRDGVAPN
.:: ::. . : : : :.. : : : .
XP_016 AVGSLLYLVARVGSLDRLQPICPIEGRLGGARTQAEFPLRALQFKRGLLHE-FRKGNASK
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 GSA------QQLPQTIIIGVRKGGTRALLEMLSLHPDVAAAENEVHFFDWEEHYSHGLGW
.. ::::..:::::::::::::::::.::: :. : .:.:::: .:.:..:. :
XP_016 EQVRLHDLVQQLPKAIIIGVRKGGTRALLEMLNLHPAVVKASQEIHFFDNDENYGKGIEW
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 YLSQMPFSWPHQLTVEKTPAYFTSPKVPERVYSMNPSIRLLLILRDPSERVLSDYTQVFY
: ..::::.:.:.:.::.:::: . .::::.:.:: ::.::.:.:.:. :..::::::.
XP_016 YRKKMPFSYPQQITIEKSPAYFITEEVPERIYKMNSSIKLLIIVREPTTRAISDYTQVLE
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 NHMQKHKPYPSIEEFLVRDG--RLNVDYKALNRSLYHVHMQNWLRFFPLRHIHIVDGDRL
.. .:.: : ..:.. . . ..:. :::. :.: :.. ::..::....:.::::::
XP_016 GKERKNKTYYKFEKLAIDPNTCEVNTKYKAVRTSIYTKHLERWLKYFPIEQFHVVDGDRL
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270
pF1KE2 IRDPFPEIQKVERFLKLSPQINASNFYFNKTKGFYCLR-DSGRDRCLHESKGRAHPQVDP
: .:.::.: ::.::.: :.:. :.::: :.:::::: . ..:: :::: ::.:::
XP_016 ITEPLPELQLVEKFLNLPPRISQYNLYFNATRGFYCLRFNIIFNKCLAGSKGRIHPEVDP
260 270 280 290 300 310
280 290 300
pF1KE2 KLLNKLHEYFHEPNKKFFELVGRTFDWH
....::...:: :.::....:::..:
XP_016 SVITKLRKFFHPFNQKFYQITGRTLNWP
320 330 340
>>XP_016865963 (OMIM: 609407) PREDICTED: heparan sulfate (346 aa)
initn: 1039 init1: 534 opt: 1014 Z-score: 1208.8 bits: 231.9 E(87258): 1.4e-60
Smith-Waterman score: 1014; 49.8% identity (79.8% similar) in 297 aa overlap (20-306:50-345)
10 20 30 40
pF1KE2 MAALLLGAVLLVAQPQLVPSRT-AELGQQELLRKAGTLQDDVRDGVAPN
.:: ::. . : : : :.. : : : .
XP_016 AVGSLLYLVARVGSLDRLQPICPIEGRLGGARTQAEFPLRALQFKRGLLHE-FRKGNASK
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 GSA------QQLPQTIIIGVRKGGTRALLEMLSLHPDVAAAENEVHFFDWEEHYSHGLGW
.. ::::..:::::::::::::::::.::: :. : .:.:::: .:.:..:. :
XP_016 EQVRLHDLVQQLPKAIIIGVRKGGTRALLEMLNLHPAVVKASQEIHFFDNDENYGKGIEW
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 YLSQMPFSWPHQLTVEKTPAYFTSPKVPERVYSMNPSIRLLLILRDPSERVLSDYTQVFY
: ..::::.:.:.:.::.:::: . .::::.:.:: ::.::.:.:.:. :..::::::.
XP_016 YRKKMPFSYPQQITIEKSPAYFITEEVPERIYKMNSSIKLLIIVREPTTRAISDYTQVLE
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 NHMQKHKPYPSIEEFLVRDG--RLNVDYKALNRSLYHVHMQNWLRFFPLRHIHIVDGDRL
.. .:.: : ..:.. . . ..:. :::. :.: :.. ::..::....:.::::::
XP_016 GKERKNKTYYKFEKLAIDPNTCEVNTKYKAVRTSIYTKHLERWLKYFPIEQFHVVDGDRL
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270
pF1KE2 IRDPFPEIQKVERFLKLSPQINASNFYFNKTKGFYCLR-DSGRDRCLHESKGRAHPQVDP
: .:.::.: ::.::.: :.:. :.::: :.:::::: . ..:: :::: ::.:::
XP_016 ITEPLPELQLVEKFLNLPPRISQYNLYFNATRGFYCLRFNIIFNKCLAGSKGRIHPEVDP
260 270 280 290 300 310
280 290 300
pF1KE2 KLLNKLHEYFHEPNKKFFELVGRTFDWH
....::...:: :.::....:::..:
XP_016 SVITKLRKFFHPFNQKFYQITGRTLNWP
320 330 340
>>XP_016865961 (OMIM: 609407) PREDICTED: heparan sulfate (346 aa)
initn: 1039 init1: 534 opt: 1014 Z-score: 1208.8 bits: 231.9 E(87258): 1.4e-60
Smith-Waterman score: 1014; 49.8% identity (79.8% similar) in 297 aa overlap (20-306:50-345)
10 20 30 40
pF1KE2 MAALLLGAVLLVAQPQLVPSRT-AELGQQELLRKAGTLQDDVRDGVAPN
.:: ::. . : : : :.. : : : .
XP_016 AVGSLLYLVARVGSLDRLQPICPIEGRLGGARTQAEFPLRALQFKRGLLHE-FRKGNASK
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 GSA------QQLPQTIIIGVRKGGTRALLEMLSLHPDVAAAENEVHFFDWEEHYSHGLGW
.. ::::..:::::::::::::::::.::: :. : .:.:::: .:.:..:. :
XP_016 EQVRLHDLVQQLPKAIIIGVRKGGTRALLEMLNLHPAVVKASQEIHFFDNDENYGKGIEW
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 YLSQMPFSWPHQLTVEKTPAYFTSPKVPERVYSMNPSIRLLLILRDPSERVLSDYTQVFY
: ..::::.:.:.:.::.:::: . .::::.:.:: ::.::.:.:.:. :..::::::.
XP_016 YRKKMPFSYPQQITIEKSPAYFITEEVPERIYKMNSSIKLLIIVREPTTRAISDYTQVLE
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 NHMQKHKPYPSIEEFLVRDG--RLNVDYKALNRSLYHVHMQNWLRFFPLRHIHIVDGDRL
.. .:.: : ..:.. . . ..:. :::. :.: :.. ::..::....:.::::::
XP_016 GKERKNKTYYKFEKLAIDPNTCEVNTKYKAVRTSIYTKHLERWLKYFPIEQFHVVDGDRL
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270
pF1KE2 IRDPFPEIQKVERFLKLSPQINASNFYFNKTKGFYCLR-DSGRDRCLHESKGRAHPQVDP
: .:.::.: ::.::.: :.:. :.::: :.:::::: . ..:: :::: ::.:::
XP_016 ITEPLPELQLVEKFLNLPPRISQYNLYFNATRGFYCLRFNIIFNKCLAGSKGRIHPEVDP
260 270 280 290 300 310
280 290 300
pF1KE2 KLLNKLHEYFHEPNKKFFELVGRTFDWH
....::...:: :.::....:::..:
XP_016 SVITKLRKFFHPFNQKFYQITGRTLNWP
320 330 340
>>XP_011533890 (OMIM: 609407) PREDICTED: heparan sulfate (346 aa)
initn: 1039 init1: 534 opt: 1014 Z-score: 1208.8 bits: 231.9 E(87258): 1.4e-60
Smith-Waterman score: 1014; 49.8% identity (79.8% similar) in 297 aa overlap (20-306:50-345)
10 20 30 40
pF1KE2 MAALLLGAVLLVAQPQLVPSRT-AELGQQELLRKAGTLQDDVRDGVAPN
.:: ::. . : : : :.. : : : .
XP_011 AVGSLLYLVARVGSLDRLQPICPIEGRLGGARTQAEFPLRALQFKRGLLHE-FRKGNASK
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 GSA------QQLPQTIIIGVRKGGTRALLEMLSLHPDVAAAENEVHFFDWEEHYSHGLGW
.. ::::..:::::::::::::::::.::: :. : .:.:::: .:.:..:. :
XP_011 EQVRLHDLVQQLPKAIIIGVRKGGTRALLEMLNLHPAVVKASQEIHFFDNDENYGKGIEW
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 YLSQMPFSWPHQLTVEKTPAYFTSPKVPERVYSMNPSIRLLLILRDPSERVLSDYTQVFY
: ..::::.:.:.:.::.:::: . .::::.:.:: ::.::.:.:.:. :..::::::.
XP_011 YRKKMPFSYPQQITIEKSPAYFITEEVPERIYKMNSSIKLLIIVREPTTRAISDYTQVLE
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 NHMQKHKPYPSIEEFLVRDG--RLNVDYKALNRSLYHVHMQNWLRFFPLRHIHIVDGDRL
.. .:.: : ..:.. . . ..:. :::. :.: :.. ::..::....:.::::::
XP_011 GKERKNKTYYKFEKLAIDPNTCEVNTKYKAVRTSIYTKHLERWLKYFPIEQFHVVDGDRL
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270
pF1KE2 IRDPFPEIQKVERFLKLSPQINASNFYFNKTKGFYCLR-DSGRDRCLHESKGRAHPQVDP
: .:.::.: ::.::.: :.:. :.::: :.:::::: . ..:: :::: ::.:::
XP_011 ITEPLPELQLVEKFLNLPPRISQYNLYFNATRGFYCLRFNIIFNKCLAGSKGRIHPEVDP
260 270 280 290 300 310
280 290 300
pF1KE2 KLLNKLHEYFHEPNKKFFELVGRTFDWH
....::...:: :.::....:::..:
XP_011 SVITKLRKFFHPFNQKFYQITGRTLNWP
320 330 340
>>XP_016865960 (OMIM: 609407) PREDICTED: heparan sulfate (346 aa)
initn: 1039 init1: 534 opt: 1014 Z-score: 1208.8 bits: 231.9 E(87258): 1.4e-60
Smith-Waterman score: 1014; 49.8% identity (79.8% similar) in 297 aa overlap (20-306:50-345)
10 20 30 40
pF1KE2 MAALLLGAVLLVAQPQLVPSRT-AELGQQELLRKAGTLQDDVRDGVAPN
.:: ::. . : : : :.. : : : .
XP_016 AVGSLLYLVARVGSLDRLQPICPIEGRLGGARTQAEFPLRALQFKRGLLHE-FRKGNASK
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 GSA------QQLPQTIIIGVRKGGTRALLEMLSLHPDVAAAENEVHFFDWEEHYSHGLGW
.. ::::..:::::::::::::::::.::: :. : .:.:::: .:.:..:. :
XP_016 EQVRLHDLVQQLPKAIIIGVRKGGTRALLEMLNLHPAVVKASQEIHFFDNDENYGKGIEW
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 YLSQMPFSWPHQLTVEKTPAYFTSPKVPERVYSMNPSIRLLLILRDPSERVLSDYTQVFY
: ..::::.:.:.:.::.:::: . .::::.:.:: ::.::.:.:.:. :..::::::.
XP_016 YRKKMPFSYPQQITIEKSPAYFITEEVPERIYKMNSSIKLLIIVREPTTRAISDYTQVLE
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 NHMQKHKPYPSIEEFLVRDG--RLNVDYKALNRSLYHVHMQNWLRFFPLRHIHIVDGDRL
.. .:.: : ..:.. . . ..:. :::. :.: :.. ::..::....:.::::::
XP_016 GKERKNKTYYKFEKLAIDPNTCEVNTKYKAVRTSIYTKHLERWLKYFPIEQFHVVDGDRL
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270
pF1KE2 IRDPFPEIQKVERFLKLSPQINASNFYFNKTKGFYCLR-DSGRDRCLHESKGRAHPQVDP
: .:.::.: ::.::.: :.:. :.::: :.:::::: . ..:: :::: ::.:::
XP_016 ITEPLPELQLVEKFLNLPPRISQYNLYFNATRGFYCLRFNIIFNKCLAGSKGRIHPEVDP
260 270 280 290 300 310
280 290 300
pF1KE2 KLLNKLHEYFHEPNKKFFELVGRTFDWH
....::...:: :.::....:::..:
XP_016 SVITKLRKFFHPFNQKFYQITGRTLNWP
320 330 340
>>XP_016865959 (OMIM: 609407) PREDICTED: heparan sulfate (346 aa)
initn: 1039 init1: 534 opt: 1014 Z-score: 1208.8 bits: 231.9 E(87258): 1.4e-60
Smith-Waterman score: 1014; 49.8% identity (79.8% similar) in 297 aa overlap (20-306:50-345)
10 20 30 40
pF1KE2 MAALLLGAVLLVAQPQLVPSRT-AELGQQELLRKAGTLQDDVRDGVAPN
.:: ::. . : : : :.. : : : .
XP_016 AVGSLLYLVARVGSLDRLQPICPIEGRLGGARTQAEFPLRALQFKRGLLHE-FRKGNASK
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 GSA------QQLPQTIIIGVRKGGTRALLEMLSLHPDVAAAENEVHFFDWEEHYSHGLGW
.. ::::..:::::::::::::::::.::: :. : .:.:::: .:.:..:. :
XP_016 EQVRLHDLVQQLPKAIIIGVRKGGTRALLEMLNLHPAVVKASQEIHFFDNDENYGKGIEW
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 YLSQMPFSWPHQLTVEKTPAYFTSPKVPERVYSMNPSIRLLLILRDPSERVLSDYTQVFY
: ..::::.:.:.:.::.:::: . .::::.:.:: ::.::.:.:.:. :..::::::.
XP_016 YRKKMPFSYPQQITIEKSPAYFITEEVPERIYKMNSSIKLLIIVREPTTRAISDYTQVLE
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 NHMQKHKPYPSIEEFLVRDG--RLNVDYKALNRSLYHVHMQNWLRFFPLRHIHIVDGDRL
.. .:.: : ..:.. . . ..:. :::. :.: :.. ::..::....:.::::::
XP_016 GKERKNKTYYKFEKLAIDPNTCEVNTKYKAVRTSIYTKHLERWLKYFPIEQFHVVDGDRL
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270
pF1KE2 IRDPFPEIQKVERFLKLSPQINASNFYFNKTKGFYCLR-DSGRDRCLHESKGRAHPQVDP
: .:.::.: ::.::.: :.:. :.::: :.:::::: . ..:: :::: ::.:::
XP_016 ITEPLPELQLVEKFLNLPPRISQYNLYFNATRGFYCLRFNIIFNKCLAGSKGRIHPEVDP
260 270 280 290 300 310
280 290 300
pF1KE2 KLLNKLHEYFHEPNKKFFELVGRTFDWH
....::...:: :.::....:::..:
XP_016 SVITKLRKFFHPFNQKFYQITGRTLNWP
320 330 340
>>NP_705840 (OMIM: 609407) heparan sulfate glucosamine 3 (346 aa)
initn: 1039 init1: 534 opt: 1014 Z-score: 1208.8 bits: 231.9 E(87258): 1.4e-60
Smith-Waterman score: 1014; 49.8% identity (79.8% similar) in 297 aa overlap (20-306:50-345)
10 20 30 40
pF1KE2 MAALLLGAVLLVAQPQLVPSRT-AELGQQELLRKAGTLQDDVRDGVAPN
.:: ::. . : : : :.. : : : .
NP_705 AVGSLLYLVARVGSLDRLQPICPIEGRLGGARTQAEFPLRALQFKRGLLHE-FRKGNASK
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 GSA------QQLPQTIIIGVRKGGTRALLEMLSLHPDVAAAENEVHFFDWEEHYSHGLGW
.. ::::..:::::::::::::::::.::: :. : .:.:::: .:.:..:. :
NP_705 EQVRLHDLVQQLPKAIIIGVRKGGTRALLEMLNLHPAVVKASQEIHFFDNDENYGKGIEW
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 YLSQMPFSWPHQLTVEKTPAYFTSPKVPERVYSMNPSIRLLLILRDPSERVLSDYTQVFY
: ..::::.:.:.:.::.:::: . .::::.:.:: ::.::.:.:.:. :..::::::.
NP_705 YRKKMPFSYPQQITIEKSPAYFITEEVPERIYKMNSSIKLLIIVREPTTRAISDYTQVLE
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 NHMQKHKPYPSIEEFLVRDG--RLNVDYKALNRSLYHVHMQNWLRFFPLRHIHIVDGDRL
.. .:.: : ..:.. . . ..:. :::. :.: :.. ::..::....:.::::::
NP_705 GKERKNKTYYKFEKLAIDPNTCEVNTKYKAVRTSIYTKHLERWLKYFPIEQFHVVDGDRL
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270
pF1KE2 IRDPFPEIQKVERFLKLSPQINASNFYFNKTKGFYCLR-DSGRDRCLHESKGRAHPQVDP
: .:.::.: ::.::.: :.:. :.::: :.:::::: . ..:: :::: ::.:::
NP_705 ITEPLPELQLVEKFLNLPPRISQYNLYFNATRGFYCLRFNIIFNKCLAGSKGRIHPEVDP
260 270 280 290 300 310
280 290 300
pF1KE2 KLLNKLHEYFHEPNKKFFELVGRTFDWH
....::...:: :.::....:::..:
NP_705 SVITKLRKFFHPFNQKFYQITGRTLNWP
320 330 340
307 residues in 1 query sequences
62035967 residues in 87258 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Jun 29 17:40:37 2017 done: Thu Jun 29 17:40:38 2017
Total Scan time: 7.050 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]