Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2609
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2609, 265 aa
1>>>pF1KE2609 265 - 265 aa - 265 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9414+/-0.000916; mu= 11.1620+/- 0.055
mean_var=100.0577+/-20.086, 0's: 0 Z-trim(106.9): 119 B-trim: 2 in 1/50
Lambda= 0.128218
statistics sampled from 9107 (9242) to 9107 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.666), E-opt: 0.2 (0.284), width: 16
Scan time: 1.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12583.1 CEACAM7 gene_id:1087|Hs108|chr19 ( 265) 1761 336.3 1.3e-92
CCDS54272.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 368) 1111 216.2 2.7e-56
CCDS54273.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 430) 1111 216.2 3e-56
CCDS54274.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 461) 1111 216.3 3.2e-56
CCDS46089.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 464) 1111 216.3 3.2e-56
CCDS12609.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 ( 526) 1111 216.3 3.5e-56
CCDS12585.1 CEACAM6 gene_id:4680|Hs108|chr19 ( 344) 1065 207.6 9.2e-54
CCDS77302.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 ( 701) 1064 207.7 1.8e-53
CCDS12584.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19 ( 702) 1064 207.7 1.8e-53
CCDS12610.1 CEACAM8 gene_id:1088|Hs108|chr19 ( 349) 1056 206.0 3e-53
CCDS12617.1 PSG5 gene_id:5673|Hs108|chr19 ( 335) 823 162.9 2.7e-40
CCDS82360.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 326) 815 161.4 7.4e-40
CCDS77314.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 333) 803 159.2 3.5e-39
CCDS12618.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 426) 803 159.3 4.2e-39
CCDS33038.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19 ( 424) 799 158.5 7e-39
CCDS12613.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19 ( 435) 799 158.5 7.2e-39
CCDS62695.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 326) 797 158.1 7.4e-39
CCDS12614.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 ( 335) 793 157.3 1.3e-38
CCDS12616.1 PSG2 gene_id:5670|Hs108|chr19 ( 335) 792 157.1 1.4e-38
CCDS33039.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 326) 791 156.9 1.6e-38
CCDS77312.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 333) 789 156.6 2.1e-38
CCDS46087.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 292) 716 143.0 2.2e-34
CCDS46086.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19 ( 293) 705 141.0 9.1e-34
CCDS62685.1 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19 ( 212) 628 126.6 1.4e-29
CCDS12586.2 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19 ( 252) 628 126.7 1.6e-29
CCDS77311.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19 ( 240) 499 102.8 2.3e-22
CCDS33033.1 CEACAM4 gene_id:1089|Hs108|chr19 ( 244) 454 94.5 7.5e-20
CCDS54278.1 CEACAM16 gene_id:388551|Hs108|chr19 ( 425) 445 93.0 3.6e-19
CCDS59392.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 417) 399 84.5 1.3e-16
CCDS54275.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 419) 399 84.5 1.3e-16
CCDS12612.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 426) 399 84.5 1.3e-16
CCDS74380.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19 ( 428) 399 84.5 1.3e-16
CCDS77310.1 PSG7 gene_id:5676|Hs108|chr19 ( 297) 396 83.8 1.5e-16
CCDS12611.1 PSG3 gene_id:5671|Hs108|chr19 ( 428) 391 83.0 3.7e-16
CCDS46090.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 297) 388 82.4 4.1e-16
CCDS46091.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 419) 388 82.5 5.4e-16
CCDS33037.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19 ( 426) 388 82.5 5.4e-16
CCDS46093.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19 ( 419) 385 81.9 7.9e-16
CCDS12615.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19 ( 213) 368 78.5 4.2e-15
>>CCDS12583.1 CEACAM7 gene_id:1087|Hs108|chr19 (265 aa)
initn: 1761 init1: 1761 opt: 1761 Z-score: 1776.0 bits: 336.3 E(32554): 1.3e-92
Smith-Waterman score: 1761; 100.0% identity (100.0% similar) in 265 aa overlap (1-265:1-265)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGSPSACPYRVCIPWQGLLLTASLLTFWNLPNSAQTNIDVVPFNVAEGKEVLLVVHNESQ
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CCDS12 MGSPSACPYRVCIPWQGLLLTASLLTFWNLPNSAQTNIDVVPFNVAEGKEVLLVVHNESQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NLYGYNWYKGERVHANYRIIGYVKNISQENAPGPAHNGRETIYPNGTLLIQNVTHNDAGI
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CCDS12 NLYGYNWYKGERVHANYRIIGYVKNISQENAPGPAHNGRETIYPNGTLLIQNVTHNDAGI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 YTLHVIKENLVNEEVTRQFYVFSEPPKPSITSNNFNPVENKDIVVLTCQPETQNTTYLWW
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CCDS12 YTLHVIKENLVNEEVTRQFYVFSEPPKPSITSNNFNPVENKDIVVLTCQPETQNTTYLWW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 VNNQSLLVSPRLLLSTDNRTLVLLSATKNDIGPYECEIQNPVGASRSDPVTLNVRYESVQ
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CCDS12 VNNQSLLVSPRLLLSTDNRTLVLLSATKNDIGPYECEIQNPVGASRSDPVTLNVRYESVQ
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KE2 ASSPDLSAGTAVSIMIGVLAGMALI
:::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ASSPDLSAGTAVSIMIGVLAGMALI
250 260
>>CCDS54272.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (368 aa)
initn: 1184 init1: 742 opt: 1111 Z-score: 1124.2 bits: 216.2 E(32554): 2.7e-56
Smith-Waterman score: 1111; 69.9% identity (88.6% similar) in 236 aa overlap (1-236:1-235)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGSPSACPYRVCIPWQGLLLTASLLTFWNLPNSAQTNIDVVPFNVAEGKEVLLVVHNESQ
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CCDS54 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NLYGYNWYKGERVHANYRIIGYVKNISQENAPGPAHNGRETIYPNGTLLIQNVTHNDAGI
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CCDS54 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIG-TQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGF
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 YTLHVIKENLVNEEVTRQFYVFSEPPKPSITSNNFNPVENKDIVVLTCQPETQNTTYLWW
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CCDS54 YTLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWW
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190 200 210 220 230 240
pF1KE2 VNNQSLLVSPRLLLSTDNRTLVLLSATKNDIGPYECEIQNPVGASRSDPVTLNVRYESVQ
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CCDS54 INNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDT
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KE2 ASSPDLSAGTAVSIMIGVLAGMALI
CCDS54 PTISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTC
240 250 260 270 280 290
>>CCDS54273.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (430 aa)
initn: 1184 init1: 742 opt: 1111 Z-score: 1123.3 bits: 216.2 E(32554): 3e-56
Smith-Waterman score: 1111; 69.9% identity (88.6% similar) in 236 aa overlap (1-236:1-235)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGSPSACPYRVCIPWQGLLLTASLLTFWNLPNSAQTNIDVVPFNVAEGKEVLLVVHNESQ
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CCDS54 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
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pF1KE2 NLYGYNWYKGERVHANYRIIGYVKNISQENAPGPAHNGRETIYPNGTLLIQNVTHNDAGI
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CCDS54 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIG-TQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGF
70 80 90 100 110
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pF1KE2 YTLHVIKENLVNEEVTRQFYVFSEPPKPSITSNNFNPVENKDIVVLTCQPETQNTTYLWW
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CCDS54 YTLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWW
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190 200 210 220 230 240
pF1KE2 VNNQSLLVSPRLLLSTDNRTLVLLSATKNDIGPYECEIQNPVGASRSDPVTLNVRYESVQ
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CCDS54 INNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDT
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KE2 ASSPDLSAGTAVSIMIGVLAGMALI
CCDS54 PTISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTC
240 250 260 270 280 290
>>CCDS54274.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (461 aa)
initn: 1184 init1: 742 opt: 1111 Z-score: 1122.9 bits: 216.3 E(32554): 3.2e-56
Smith-Waterman score: 1111; 69.9% identity (88.6% similar) in 236 aa overlap (1-236:1-235)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGSPSACPYRVCIPWQGLLLTASLLTFWNLPNSAQTNIDVVPFNVAEGKEVLLVVHNESQ
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CCDS54 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
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pF1KE2 NLYGYNWYKGERVHANYRIIGYVKNISQENAPGPAHNGRETIYPNGTLLIQNVTHNDAGI
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CCDS54 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIG-TQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGF
70 80 90 100 110
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pF1KE2 YTLHVIKENLVNEEVTRQFYVFSEPPKPSITSNNFNPVENKDIVVLTCQPETQNTTYLWW
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CCDS54 YTLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWW
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 VNNQSLLVSPRLLLSTDNRTLVLLSATKNDIGPYECEIQNPVGASRSDPVTLNVRYESVQ
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CCDS54 INNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDT
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KE2 ASSPDLSAGTAVSIMIGVLAGMALI
CCDS54 PTISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTC
240 250 260 270 280 290
>>CCDS46089.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (464 aa)
initn: 1393 init1: 742 opt: 1111 Z-score: 1122.9 bits: 216.3 E(32554): 3.2e-56
Smith-Waterman score: 1111; 69.9% identity (88.6% similar) in 236 aa overlap (1-236:1-235)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGSPSACPYRVCIPWQGLLLTASLLTFWNLPNSAQTNIDVVPFNVAEGKEVLLVVHNESQ
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CCDS46 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
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pF1KE2 NLYGYNWYKGERVHANYRIIGYVKNISQENAPGPAHNGRETIYPNGTLLIQNVTHNDAGI
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CCDS46 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIG-TQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGF
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 YTLHVIKENLVNEEVTRQFYVFSEPPKPSITSNNFNPVENKDIVVLTCQPETQNTTYLWW
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CCDS46 YTLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWW
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 VNNQSLLVSPRLLLSTDNRTLVLLSATKNDIGPYECEIQNPVGASRSDPVTLNVRYESVQ
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CCDS46 INNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDT
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KE2 ASSPDLSAGTAVSIMIGVLAGMALI
CCDS46 PTISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTC
240 250 260 270 280 290
>>CCDS12609.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19 (526 aa)
initn: 1393 init1: 742 opt: 1111 Z-score: 1122.1 bits: 216.3 E(32554): 3.5e-56
Smith-Waterman score: 1111; 69.9% identity (88.6% similar) in 236 aa overlap (1-236:1-235)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGSPSACPYRVCIPWQGLLLTASLLTFWNLPNSAQTNIDVVPFNVAEGKEVLLVVHNESQ
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CCDS12 MGHLSAPLHRVRVPWQGLLLTASLLTFWNPPTTAQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NLYGYNWYKGERVHANYRIIGYVKNISQENAPGPAHNGRETIYPNGTLLIQNVTHNDAGI
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CCDS12 QLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIG-TQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGF
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 YTLHVIKENLVNEEVTRQFYVFSEPPKPSITSNNFNPVENKDIVVLTCQPETQNTTYLWW
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CCDS12 YTLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQDTTYLWW
120 130 140 150 160 170
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pF1KE2 VNNQSLLVSPRLLLSTDNRTLVLLSATKNDIGPYECEIQNPVGASRSDPVTLNVRYESVQ
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CCDS12 INNQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDTGPYECEIQNPVSANRSDPVTLNVTYGPDT
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KE2 ASSPDLSAGTAVSIMIGVLAGMALI
CCDS12 PTISPSDTYYRPGANLSLSCYAASNPPAQYSWLINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYTC
240 250 260 270 280 290
>>CCDS12585.1 CEACAM6 gene_id:4680|Hs108|chr19 (344 aa)
initn: 1156 init1: 704 opt: 1065 Z-score: 1078.7 bits: 207.6 E(32554): 9.2e-54
Smith-Waterman score: 1065; 66.1% identity (85.3% similar) in 245 aa overlap (1-244:1-244)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGSPSACPYRVCIPWQGLLLTASLLTFWNLPNSAQTNIDVVPFNVAEGKEVLLVVHNESQ
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CCDS12 MGPPSAPPCRLHVPWKEVLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLAHNLPQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NLYGYNWYKGERVHANYRIIGYVKNISQENAPGPAHNGRETIYPNGTLLIQNVTHNDAGI
: ::.::::::: .: :.::: . .:. .::::..::::::::..:::::::.::.:.
CCDS12 NRIGYSWYKGERVDGNSLIVGYVIG-TQQATPGPAYSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGF
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 YTLHVIKENLVNEEVTRQFYVFSEPPKPSITSNNFNPVENKDIVVLTCQPETQNTTYLWW
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CCDS12 YTLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPEVQNTTYLWW
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE2 VNNQSLLVSPRLLLSTDNRTLVLLSATKNDIGPYECEIQNPVGASRSDPVTLNVRY-ESV
::.::: ::::: ::. : ::.:::. .:: : ::::::::..:.::::::::: : .:
CCDS12 VNGQSLPVSPRLQLSNGNMTLTLLSVKRNDAGSYECEIQNPASANRSDPVTLNVLYGPDV
180 190 200 210 220 230
240 250 260
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