Result of FASTA (omim) for
pFN21AE2573
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2573, 775 aa
1>>>pF1KE2573 775 - 775 aa - 775 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8943+/-0.000319; mu= 19.7806+/- 0.020
mean_var=112.4541+/-22.425, 0's: 0 Z-trim(118.8): 64 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.120945
statistics sampled from 32151 (32217) to 32151 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.713), E-opt: 0.2 (0.378), width: 16
Scan time: 14.280
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_078812 (OMIM: 610405) chondroitin sulfate synth ( 775) 5265 929.8 0
NP_001182660 (OMIM: 610405) chondroitin sulfate sy ( 613) 4179 740.2 6e-213
XP_011510140 (OMIM: 610405) PREDICTED: chondroitin ( 484) 3224 573.5 7.4e-163
NP_001271224 (OMIM: 608037) chondroitin sulfate gl ( 764) 2330 417.7 9.3e-116
NP_061888 (OMIM: 608037) chondroitin sulfate glucu ( 772) 2330 417.7 9.3e-116
NP_055733 (OMIM: 605282,608183) chondroitin sulfat ( 802) 470 93.2 4.8e-18
XP_011541667 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 397) 249 54.3 1.2e-06
XP_016864923 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 520) 250 54.6 1.3e-06
XP_011541666 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 520) 250 54.6 1.3e-06
XP_011541665 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 573) 250 54.6 1.4e-06
XP_011519666 (OMIM: 605282,608183) PREDICTED: chon ( 830) 252 55.1 1.4e-06
NP_787052 (OMIM: 609963) chondroitin sulfate synth ( 882) 250 54.8 1.8e-06
XP_016864924 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 449) 246 53.8 1.8e-06
XP_005272040 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 363) 239 52.5 3.7e-06
XP_005272039 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 377) 239 52.5 3.8e-06
NP_061060 (OMIM: 616616) chondroitin sulfate N-ace ( 542) 236 52.2 7.1e-06
XP_016877500 (OMIM: 605282,608183) PREDICTED: chon ( 530) 219 49.2 5.4e-05
XP_006720498 (OMIM: 605282,608183) PREDICTED: chon ( 530) 219 49.2 5.4e-05
XP_016869128 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 284) 213 47.9 7.2e-05
XP_011542887 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 284) 213 47.9 7.2e-05
XP_011542884 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_006716422 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_006716426 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869117 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
NP_060841 (OMIM: 616615) chondroitin sulfate N-ace ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869119 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_011542880 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869124 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_006716424 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869127 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869115 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_006716423 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869123 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_006716421 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869121 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869120 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869126 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_011542886 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_011542885 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869125 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869116 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869113 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_011542881 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_006716425 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869118 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_006716427 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
NP_001123990 (OMIM: 616615) chondroitin sulfate N- ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869114 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869112 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
XP_016869122 (OMIM: 616615) PREDICTED: chondroitin ( 532) 213 48.1 0.00011
>>NP_078812 (OMIM: 610405) chondroitin sulfate synthase (775 aa)
initn: 5265 init1: 5265 opt: 5265 Z-score: 4966.9 bits: 929.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5265; 100.0% identity (100.0% similar) in 775 aa overlap (1-775:1-775)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRASLLLSVLRPAGPVAVGISLGFTLSLLSVTWVEEPCGPGPPQPGDSELPPRGNTNAAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 MRASLLLSVLRPAGPVAVGISLGFTLSLLSVTWVEEPCGPGPPQPGDSELPPRGNTNAAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 RPNSVQPGAEREKPGAGEGAGENWEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQRLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 RPNSVQPGAEREKPGAGEGAGENWEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQRLL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VAVLTSQTTLPTLGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 VAVLTSQTTLPTLGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 LRHLLEQHGDDFDWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIGGEPTPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 LRHLLEQHGDDFDWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIGGEPTPG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 RYCHGGFGVLLSRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 RYCHGGFGVLLSRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SHLELSPGEPVQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 SHLELSPGEPVQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 NTSHLAVDGDRAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 NTSHLAVDGDRAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 DVADVLGTALEELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 DVADVLGTALEELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 LTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 LTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 AALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 AALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 LSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGPGPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 LSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGPGPP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 ELGRDTGRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 ELGRDTGRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770
pF1KE2 RAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_078 RAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST
730 740 750 760 770
>>NP_001182660 (OMIM: 610405) chondroitin sulfate syntha (613 aa)
initn: 4179 init1: 4179 opt: 4179 Z-score: 3944.1 bits: 740.2 E(85289): 6e-213
Smith-Waterman score: 4179; 100.0% identity (100.0% similar) in 613 aa overlap (163-775:1-613)
140 150 160 170 180 190
pF1KE2 LGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLALRHLLEQHGDDF
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAVVTLGEERPIGHLHLALRHLLEQHGDDF
10 20 30
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 DWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIGGEPTPGRYCHGGFGVLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIGGEPTPGRYCHGGFGVLLS
40 50 60 70 80 90
260 270 280 290 300 310
pF1KE2 RMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHYSHLELSPGEPVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHYSHLELSPGEPVQ
100 110 120 130 140 150
320 330 340 350 360 370
pF1KE2 EGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGDRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGDRA
160 170 180 190 200 210
380 390 400 410 420 430
pF1KE2 AAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRADVADVLGTALEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRADVADVLGTALEE
220 230 240 250 260 270
440 450 460 470 480 490
pF1KE2 LNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRPLTRRVQLLRPLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRPLTRRVQLLRPLS
280 290 300 310 320 330
500 510 520 530 540 550
pF1KE2 RVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAAAALTLLLLYEPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAAAALTLLLLYEPR
340 350 360 370 380 390
560 570 580 590 600 610
pF1KE2 QAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTLFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTLFL
400 410 420 430 440 450
620 630 640 650 660 670
pF1KE2 LAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGPGPPELGRDTGRFDRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGPGPPELGRDTGRFDRQ
460 470 480 490 500 510
680 690 700 710 720 730
pF1KE2 AASEACFYNSDYVAARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AASEACFYNSDYVAARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYR
520 530 540 550 560 570
740 750 760 770
pF1KE2 AQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST
580 590 600 610
>>XP_011510140 (OMIM: 610405) PREDICTED: chondroitin sul (484 aa)
initn: 3224 init1: 3224 opt: 3224 Z-score: 3044.8 bits: 573.5 E(85289): 7.4e-163
Smith-Waterman score: 3224; 99.6% identity (100.0% similar) in 480 aa overlap (296-775:5-484)
270 280 290 300 310 320
pF1KE2 CRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHYSHLELSPGEPVQEGDPHFRSALTAH
.:::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MLEIQGVHYSHLELSPGEPVQEGDPHFRSALTAH
10 20 30
330 340 350 360 370 380
pF1KE2 PVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGDRAAAWPVGIPAPSRP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
XP_011 PVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGDQAAAWPVGIPAPSRP
40 50 60 70 80 90
390 400 410 420 430 440
pF1KE2 ASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRADVADVLGTALEELNRRYHPALRLQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRADVADVLGTALEELNRRYHPALRLQK
100 110 120 130 140 150
450 460 470 480 490 500
pF1KE2 QQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRPLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRPLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEA
160 170 180 190 200 210
510 520 530 540 550 560
pF1KE2 SRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAAAALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAAAALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAP
220 230 240 250 260 270
570 580 590 600 610 620
pF1KE2 VKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFL
280 290 300 310 320 330
630 640 650 660 670 680
pF1KE2 NRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGPGPPELGRDTGRFDRQAASEACFYNSDYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGPGPPELGRDTGRFDRQAASEACFYNSDYV
340 350 360 370 380 390
690 700 710 720 730 740
pF1KE2 AARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLY
400 410 420 430 440 450
750 760 770
pF1KE2 HRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST
460 470 480
>>NP_001271224 (OMIM: 608037) chondroitin sulfate glucur (764 aa)
initn: 2574 init1: 1003 opt: 2330 Z-score: 2199.2 bits: 417.7 E(85289): 9.3e-116
Smith-Waterman score: 2798; 56.2% identity (78.1% similar) in 790 aa overlap (6-775:1-764)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRASLLLSVLRPAGPVAVGISLGFTLSLLSVTWVEEPCGPGPPQPGDSELPPRGNTNAAR
.::. :: : . .: .:::: :.:.. : : : . :. .. .
NP_001 MLSLARPPLPPT---GLRTSLSLLRVSWIQ---GEGE----DPCVEAVGERGGPQ
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 RPNSVQPGAEREKPGAGEGAGENWEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQRLL
:.: : . . . :...::..::. .:.. ::..:::::.:::: :.:::
NP_001 NPDS------RARL---DQSDEDFKPRIVPYY-RDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLL
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VAVLTSQTTLPTLGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLA
::::::..:: ::.::::::..:.. :....:: :: ::: :: ::. :.::: . .
NP_001 VAVLTSRATLSTLAVAVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSET
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KE2 LRHLLEQHGDDFDWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIG-GEPTP
:::: . : :.::::.. : ::..: :: :.::::. . ::::: ..::: ::
NP_001 LRHLHTHFGADYDWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQ--DLYLGRAEEFIGAGEQ--
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 GRYCHGGFGVLLSRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVH
.:::::::: :::: :: .:::::.:::.::.:::::::::::..:. ::::...:.: .
NP_001 ARYCHGGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 YSHLELSPG-EPVQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWE
: .::. . .: .::. : ::...::: . . ::.::: :. ::::.:.::..:: .
NP_001 YRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQ
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 IQNTSHLAVDGDRAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGAD
:.: . :. .:. . .::::.::: : :::::: ::::::::.::::::.:.:::.::.
NP_001 IRNLTVLTPEGEAGLSWPVGLPAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGAS
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 RADVADVLGTALEELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGR
::::.:.: ::::.:::::.: ::.:::.:.:::::::::::::::::: :: .: .: :
NP_001 RADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHR
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 RPLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGD
: :.:::.::::::::::::.::::::.:. ..::: .:: ::.::::::. .::: .
NP_001 RALARRVSLLRPLSRVEILPMPYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPRE
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 AAAALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLM
: :::::.: ::.. : : : : ::: .::::::.::.:. ::.:.. ::: .:::
NP_001 HAL-LTLLLVYGPREGGRGA-PDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLM
520 530 540 550 560
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 DLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP-
:..:::::.::::.:. : :. ::::::.::::::::::.::: :.::..: ..:
NP_001 DVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPP
570 580 590 600 610 620
660 670 680 690 700
pF1KE2 GPPELGRDT---------------GRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAA--ASEQEEE
::: : : :::::::..:.::::.::.:::.:::. :...:::
NP_001 GPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEE
630 640 650 660 670 680
710 720 730 740 750 760
pF1KE2 LLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRT
::.:.:...::.::.::..:::::.:.:.. . :: ::::.::::: : :::::.:.
NP_001 ALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRA
690 700 710 720 730 740
770
pF1KE2 QLAMLLFEQEQGNST
:::: ::::::.:::
NP_001 QLAMALFEQEQANST
750 760
>>NP_061888 (OMIM: 608037) chondroitin sulfate glucurony (772 aa)
initn: 2695 init1: 1003 opt: 2330 Z-score: 2199.2 bits: 417.7 E(85289): 9.3e-116
Smith-Waterman score: 2869; 56.9% identity (78.7% similar) in 795 aa overlap (1-775:1-772)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MRASLLLSVLRPAGPVAVGISLGFTLSLLSVTWVEEPCGPGPPQPGDSELPPRGNTNAAR
:: : ::..:::: :. .:.::: .:::: :.:.. : : : . :. .. .
NP_061 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQ---GEGE----DPCVEAVGERGGPQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 RPNSVQPGAEREKPGAGEGAGENWEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQRLL
:.: : . .. :...::..::. .:.. ::..:::::.:::: :.:::
NP_061 NPDS------RARLDQSD---EDFKPRIVPYY-RDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLL
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VAVLTSQTTLPTLGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLA
::::::..:: ::.::::::..:.. :....:: :: ::: :: ::. :.::: . .
NP_061 VAVLTSRATLSTLAVAVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSET
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KE2 LRHLLEQHGDDFDWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIG-GEPTP
:::: . : :.::::.. : ::..: :: :.::::. . ::::: ..::: :: .
NP_061 LRHLHTHFGADYDWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQ--DLYLGRAEEFIGAGEQA-
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 GRYCHGGFGVLLSRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVH
:::::::: :::: :: .:::::.:::.::.:::::::::::..:. ::::...:.: .
NP_061 -RYCHGGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 YSHLELSPG-EPVQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWE
: .::. . .: .::. : ::...::: . . ::.::: :. ::::.:.::..:: .
NP_061 YRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQ
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 IQNTSHLAVDGDRAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGAD
:.: . :. .:. . .::::.::: : :::::: ::::::::.::::::.:.:::.::.
NP_061 IRNLTVLTPEGEAGLSWPVGLPAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGAS
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 RADVADVLGTALEELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGR
::::.:.: ::::.:::::.: ::.:::.:.:::::::::::::::::: :: .: .: :
NP_061 RADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHR
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 RPLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGD
: :.:::.::::::::::::.::::::.:. ..::: .:: ::.::::::. .::: .
NP_061 RALARRVSLLRPLSRVEILPMPYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPRE
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 AAAALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLM
: :::::.: ::.. : : : : ::: .::::::.::.:. ::.:.. ::: .:::
NP_061 HAL-LTLLLVYGPREGGRGA-PDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLM
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 DLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP-
:..:::::.::::.:. : :. ::::::.::::::::::.::: :.::..: ..:
NP_061 DVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPP
580 590 600 610 620 630
660 670 680 690 700
pF1KE2 GPPELGRDT---------------GRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAA--ASEQEEE
::: : : :::::::..:.::::.::.:::.:::. :...:::
NP_061 GPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEE
640 650 660 670 680 690
710 720 730 740 750 760
pF1KE2 LLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRT
::.:.:...::.::.::..:::::.:.:.. . :: ::::.::::: : :::::.:.
NP_061 ALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRA
700 710 720 730 740 750
770
pF1KE2 QLAMLLFEQEQGNST
:::: ::::::.:::
NP_061 QLAMALFEQEQANST
760 770
>>NP_055733 (OMIM: 605282,608183) chondroitin sulfate sy (802 aa)
initn: 395 init1: 150 opt: 470 Z-score: 445.0 bits: 93.2 E(85289): 4.8e-18
Smith-Waterman score: 648; 25.5% identity (54.7% similar) in 717 aa overlap (114-768:80-783)
90 100 110 120 130 140
pF1KE2 WEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQR--LLVAVLTSQTTLPTLGVAVNRTL
: :.: :.:.:.:.: : : .::. ::
NP_055 SGQAAASQAGGARGDARGAQLWPPGSDPDGGPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAVAAYRTW
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190
pF1KE2 GHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTL-GEER---PIGHLHLALRHLLEQHGDDFDWFFL
.. . : . ...: . . :: : : . : . . :... ... : ..::.
NP_055 SKTIPGKVQFFSSEGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKYMHDHYLDKYEWFMR
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 VPDTTYTEAHGLARLTGHL-SLASAAHLYLGRP----QDFIGGEPT-PGR-YCHGGFGVL
. : .: .. :: . : :: :. :.::. . .: ::. .: :: ::.
NP_055 ADDDVYIKGD---RLENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCMGGPGVI
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300
pF1KE2 LSRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHE--GVHYSHLELSPG
.:: .:... ::. : .. ... : .:::. .:: :. ..: . : . : .
NP_055 MSREVLRRMVPHIGKCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYENYEQNKK
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 EPVQE-GDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAV
... . ....:.: :: ..: ..:.::. . .. . .. .:. :: :. .
NP_055 GYIRDLHNSKIHQAITLHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSN
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 DGDRAAAWPVGIPAPS----RPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRAD--
. .::: :: .: .: :.:.:...: .. .: .::.: : :: : :.
NP_055 TEIHKEDLQLGIP-PSFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQP--PRRGMDSAQRE
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470
pF1KE2 -VADVLGTALEELNRRYHPALRLQK-QQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRR
. :.. ..: .: . :. ... :::: .: : :: ::: : .: .
NP_055 ALDDIVMQVMEMINANAKTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKM
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 --PLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTE---ASRLT----VLLPLAAAERDLAPGFLEAFA
:. :.. : . .:..... . :.:.. : :. . . :.: : .
NP_055 TVPVRRHAYLQQTFSKIQFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSK
470 480 490 500 510 520
540 550 560
pF1KE2 TAALEPGDAAAALTLLLL------------YE-----PRQAQRVA----HADVFAPVKAH
. :: : . . : .: : : ... ..: : ::.
NP_055 SEHKEPKDKKINILIPLSGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSDS-NPDKAK
530 540 550 560 570 580
570 580 590 600 610 620
pF1KE2 VAELER----RFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFL
.:: : ..: : . : :. : : .. :.. ..:... : :.: .::
NP_055 QVELMRDYRIKYPKADMQILPVSGEFSRALAL-EVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFL
590 600 610 620 630 640
630 640 650 660 670 680
pF1KE2 NRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGPGPPE----LGRDTGRFDRQAASEACFYN
.::: ... : : .::. :. . : .. .: : . . . :: . . . .:.:.
NP_055 QRCRANTVLGQQIYFPIIFSQYDPKIVY-SGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGITCIYK
650 660 670 680 690 700
690 700 710 720 730 740
pF1KE2 SDYVAARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARLS
.: : . : .. . ::..:... .. ..:...:. : .... .. :. :.
NP_055 GDLVRVGGFDVSIQGWG---LEDVDLFNKVVQ-AGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLD
710 720 730 740 750
750 760 770
pF1KE2 EDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST
:. :: : :: ::: . .:
NP_055 PKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWLEKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
760 770 780 790 800
>>XP_011541667 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin sul (397 aa)
initn: 174 init1: 106 opt: 249 Z-score: 240.5 bits: 54.3 E(85289): 1.2e-06
Smith-Waterman score: 281; 25.6% identity (52.4% similar) in 332 aa overlap (14-329:85-392)
10 20 30 40
pF1KE2 MRASLLLSVLRPAGPVAVGISLGFTLSLLSVTWVEEPCGPGPP
:: . :.: :. : : . : :
XP_011 PRAGAQQPLPQPQSRPRQEQSPPPARQDLQGPPLPEAAPGIT-SFRSSPWQQPP----PL
60 70 80 90 100
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 QPGDSELPPRGNTNAARRPNSVQPGAEREKPGAGEGAGENWEPRVLPYHPAQPGQAAKKA
: :.: :. : . : .:. :.. : .. .: .. . : :: .
XP_011 QQRRRGREPEGATGLPGAPAA--EGEPEEEDGGAAGQRRDGRPGS-SHNGSGDGGAAAPS
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150
pF1KE2 VRTRYISTELGIRQRLLVAVLTSQTTLPTLGVAVNRTLGHRLE-RVVFLTGARGRRA---
.: : . : :.:.:.: : . ..:..:: .. . :: :... . :
XP_011 ARPRDF---------LYVGVMTAQKYLGSRALAAQRTWARFIPGRVEFFSSQQPPNAGQP
170 180 190 200 210
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 PPGMAVVTL-GEER---PIGHLHLALRHLLEQHGDDFDWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGH
:: . :..: : . : . . .... ... : ..::. . : .: .. : ..
XP_011 PPPLPVIALPGVDDSYPPQKKSFMMIKYMHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDKLEEFL--
220 230 240 250 260 270
220 230 240 250 260
pF1KE2 LSLASAAHLYLGRP-----QDF--IGGEPTPGRYCHGGFGVLLSRMLLQQLRPHLEGCRN
:: :. ::::. ... .: :: . .: :: :...:: .:... ::. :
XP_011 RSLNSSKPLYLGQTGLGNIEELGKLGLEPGEN-FCMGGPGMIFSREVLRRMVPHIGECLR
280 290 300 310 320 330
270 280 290 300 310 320
pF1KE2 DIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHYSHLELSPGEPVQEGDPHFRSALTAHPV-
.. ... : .:::. :. :. ..: .: ::: . .: : . :.
XP_011 EMYTTHEDVEVGRCVRRFGGTQCVWSYE---MSFHELSVHTAI-DGHSHSSCSAWCSPID
340 350 360 370 380 390
330 340 350 360 370 380
pF1KE2 RDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGDRAAAWPVGIPAPSRPAS
::
XP_011 RDATTVP
>>XP_016864923 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin sul (520 aa)
initn: 295 init1: 138 opt: 250 Z-score: 239.9 bits: 54.6 E(85289): 1.3e-06
Smith-Waterman score: 412; 25.3% identity (54.3% similar) in 510 aa overlap (315-772:22-512)
290 300 310 320 330 340
pF1KE2 DATGVGCTGDHEGVHYSHLELSPGEPVQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHK-AFARA
. ....:.: :: . :...:.::. ..:
XP_016 MQQLFHENYEHNRKGYIQDLHNSKIHAAITLHPNKRPAYQYRLHNYMLSRK
10 20 30 40 50
350 360 370 380 390
pF1KE2 ELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGDRAAAWPVGIPAPS----RPASRFEVLRWDYFTE
: :. :: :. : :.:. .:. :: .: : ::..:...:
XP_016 ISELRYRTIQ-LHRESALMSKLSNTEVSKEDQQLGV-IPSFNHFQPRERNEVIEWEFLTG
60 70 80 90 100
400 410 420 430 440 450
pF1KE2 QHAFSCADGSP-RCPLRGADRADVADVLGTALEELNRRYHPALRLQK-QQLVNGYRRFDP
. .: :...: : : . :. . :.. ..: .:. . :: ... :::: .:
XP_016 KLLYSAAENQPPRQSLSSILRTALDDTVLQVMEMINENAKSRGRLIDFKEIQYGYRRVNP
110 120 130 140 150 160
460 470 480 490 500
pF1KE2 ARGMEYTLDLQLEALTPQGGRR---PLTRRV---QLL-RPLSR-VEILPVPYVTEA----
.:.:: ::: : . ::. :. :.. ::. .:. : .: : : ..:.
XP_016 MHGVEYILDLLL-LYKRHKGRKLTVPVRRHAYLQQLFSKPFFRETEELDVNSLVESINSE
170 180 190 200 210 220
510 520 530
pF1KE2 ----------------------------SRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPG
... .:.:: . . :. :.: : . : :
XP_016 TQSFSFISNSLKILSSFQGAKEMGGHNEKKVHILVPLIG-RYDIFLRFMENFENMCLIPK
230 240 250 260 270 280
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 DAAAALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRL
. . :...:. . . : .. .:.. . ..: :.. . .. : :
XP_016 QNVK-LVIILFSRDSGQDSSKHIEL---IKGY----QNKYPKAEMTLIPMKGEFSRGLGL
290 300 310 320 330
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 MDLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP
.. : . :::.:. : .. :::.::: ..:.: :...:. :. . : :. .:
XP_016 -EMASAQFDNDTLLLFCDVDLIFREDFLQRCRDNTIQGQQVYYPIIFSQYDPKVT--NGG
340 350 360 370 380 390
660 670 680 690 700 710
pF1KE2 GPPE-----LGRDTGRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFL
.:: ... :: . . . .:.:.:: ..: : .. . ::..:.:. .
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.:.:. .:. : .... .. :. :. :. :: : ..: ::: : .:.. :
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520
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. ....:.: :: . :...:.::. ..:
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: :. :: :. : :.:. .:. :: .: : ::..:...:
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. .: :...: : : . :. . :.. ..: .:. . :: ... :::: .:
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.:.:: ::: : . ::. :. :.. ::. .:. : .: : : ..:.
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... .:.:: . . :. :.: : . : :
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. . :...:. . . : .. .:.. . ..: :.. . .. : :
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.. : . :::.:. : .. :::.::: ..:.: :...:. :. . : :. .:
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.:: ... :: . . . .:.:.:: ..: : .. . ::..:.:. .
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.:.:. .:. : .... .. :. :. :. :: : ..: ::: : .:.. :
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520
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:: :...:: .:... ::. : .. ...
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..:.::. ..: : :. :: :. : :.:. .:. :: .:
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: ::..:...: . .: :...: : : . :. . :.. ..: .:. . ::
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: : ..:. ... .:.:: . . :.
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60827320 residues in 85289 library sequences
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start: Fri Nov 4 19:02:25 2016 done: Fri Nov 4 19:02:27 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]