Result of FASTA (omim) for
pFN21AE2411
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2411, 570 aa
1>>>pF1KE2411 570 - 570 aa - 570 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4174+/-0.000416; mu= 18.7096+/- 0.026
mean_var=79.5038+/-16.365, 0's: 0 Z-trim(112.2): 35 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.143840
statistics sampled from 21079 (21097) to 21079 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.591), E-opt: 0.2 (0.247), width: 16
Scan time: 7.820
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_060712 (OMIM: 609832) multidrug and toxin extru ( 570) 3719 781.9 0
NP_001093116 (OMIM: 609833) multidrug and toxin ex ( 566) 1846 393.2 1.2e-108
NP_001243592 (OMIM: 609833) multidrug and toxin ex ( 580) 1269 273.5 1.3e-72
NP_690872 (OMIM: 609833) multidrug and toxin extru ( 602) 1116 241.7 4.9e-63
XP_016879715 (OMIM: 609833) PREDICTED: multidrug a ( 351) 750 165.6 2.4e-40
XP_016879714 (OMIM: 609833) PREDICTED: multidrug a ( 384) 750 165.7 2.5e-40
XP_016879713 (OMIM: 609833) PREDICTED: multidrug a ( 415) 750 165.7 2.7e-40
XP_016879712 (OMIM: 609833) PREDICTED: multidrug a ( 438) 750 165.7 2.8e-40
XP_016879710 (OMIM: 609833) PREDICTED: multidrug a ( 616) 750 165.8 3.7e-40
XP_016879711 (OMIM: 609833) PREDICTED: multidrug a ( 567) 680 151.3 8.1e-36
>>NP_060712 (OMIM: 609832) multidrug and toxin extrusion (570 aa)
initn: 3719 init1: 3719 opt: 3719 Z-score: 4172.3 bits: 781.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3719; 100.0% identity (100.0% similar) in 570 aa overlap (1-570:1-570)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MEAPEEPAPVRGGPEATLEVRGSRCLRLSAFREELRALLVLAGPAFLVQLMVFLISFISS
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NP_060 MEAPEEPAPVRGGPEATLEVRGSRCLRLSAFREELRALLVLAGPAFLVQLMVFLISFISS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 VFCGHLGKLELDAVTLAIAVINVTGVSVGFGLSSACDTLISQTYGSQNLKHVGVILQRSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 VFCGHLGKLELDAVTLAIAVINVTGVSVGFGLSSACDTLISQTYGSQNLKHVGVILQRSA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 LVLLLCCFPCWALFLNTQHILLLFRQDPDVSRLTQTYVTIFIPALPATFLYMLQVKYLLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 LVLLLCCFPCWALFLNTQHILLLFRQDPDVSRLTQTYVTIFIPALPATFLYMLQVKYLLN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 QGIVLPQIVTGVAANLVNALANYLFLHQLHLGVIGSALANLISQYTLALLLFLYILGKKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 QGIVLPQIVTGVAANLVNALANYLFLHQLHLGVIGSALANLISQYTLALLLFLYILGKKL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 HQATWGGWSLECLQDWASFLRLAIPSMLMLCMEWWAYEVGSFLSGILGMVELGAQSIVYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 HQATWGGWSLECLQDWASFLRLAIPSMLMLCMEWWAYEVGSFLSGILGMVELGAQSIVYE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 LAIIVYMVPAGFSVAASVRVGNALGAGDMEQARKSSTVSLLITVLFAVAFSVLLLSCKDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 LAIIVYMVPAGFSVAASVRVGNALGAGDMEQARKSSTVSLLITVLFAVAFSVLLLSCKDH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 VGYIFTTDRDIINLVAQVVPIYAVSHLFEALACTSGGVLRGSGNQKVGAIVNTIGYYVVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 VGYIFTTDRDIINLVAQVVPIYAVSHLFEALACTSGGVLRGSGNQKVGAIVNTIGYYVVG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 LPIGIALMFATTLGVMGLWSGIIICTVFQAVCFLGFIIQLNWKKACQQAQVHANLKVNNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 LPIGIALMFATTLGVMGLWSGIIICTVFQAVCFLGFIIQLNWKKACQQAQVHANLKVNNV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 PRSGNSALPQDPLHPGCPENLEGILTNDVGKTGEPQSDQQMRQEEPLPEHPQDGAKLSRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 PRSGNSALPQDPLHPGCPENLEGILTNDVGKTGEPQSDQQMRQEEPLPEHPQDGAKLSRK
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KE2 QLVLRRGLLLLGVFLILLVGILVRFYVRIQ
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 QLVLRRGLLLLGVFLILLVGILVRFYVRIQ
550 560 570
>>NP_001093116 (OMIM: 609833) multidrug and toxin extrus (566 aa)
initn: 1814 init1: 1814 opt: 1846 Z-score: 2071.7 bits: 393.2 E(85289): 1.2e-108
Smith-Waterman score: 1846; 51.3% identity (78.1% similar) in 556 aa overlap (22-564:13-560)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MEAPEEPAPVRGGPEATLEVRGSRCLRLS-----AFREELRALLVLAGPAFLVQLMVFLI
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NP_001 MDSLQDTVALDHGGCCPALSRLVPRGFGTEMWTLFALSGPLFLFQVLTFMI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 SFISSVFCGHLGKLELDAVTLAIAVINVTGVSVGFGLSSACDTLISQTYGSQNLKHVGVI
..:.::::::::.:: .::::.: .:: ::::: :::::::::.::..:: : ::::::
NP_001 YIVSTVFCGHLGKVELASVTLAVAFVNVCGVSVGVGLSSACDTLMSQSFGSPNKKHVGVI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 LQRSALVLLLCCFPCWALFLNTQHILLLFRQDPDVSRLTQTYVTIFIPALPATFLYMLQV
:::.::::::::.::::::::::::::::::::::::::: :: ::::.::. ::: : .
NP_001 LQRGALVLLLCCLPCWALFLNTQHILLLFRQDPDVSRLTQDYVMIFIPGLPVIFLYNLLA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 KYLLNQGIVLPQIVTGVAANLVNALANYLFLHQLHLGVIGSALANLISQYTLALLLFLYI
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NP_001 KYLQNQKITWPQVLSGVVGNCVNGVANYALVSVLNLGVRGSAYANIISQFAQTVFLLLYI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 LGKKLHQATWGGWSLECLQDWASFLRLAIPSMLMLCMEWWAYEVGSFLSGILGMVELGAQ
. :::: ::.::: .:::::. :. ::.:::::.:.::::::.:::: :.:..:.:.::
NP_001 VLKKLHLETWAGWSSQCLQDWGPFFSLAVPSMLMICVEWWAYEIGSFLMGLLSVVDLSAQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 SIVYELAIIVYMVPAGFSVAASVRVGNALGAGDMEQARKSSTVSLLITVLFAVAFSVLLL
...::.: ..::.: :.:... :::: ::::.: ::..:.. ..: : .......:.
NP_001 AVIYEVATVTYMIPLGLSIGVCVRVGMALGAADTVQAKRSAVSGVLSIVGISLVLGTLIS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 SCKDHVGYIFTTDRDIINLVAQVVPIYAVSHLFEALACTSGGVLRGSGNQKVGAIVNTIG
:...:.:::.:.:.: ::.::.:.:.: :.:::. :. ::::::.:.: :: ::.:
NP_001 ILKNQLGHIFTNDEDVIALVSQVLPVYSVFHVFEAICCVYGGVLRGTGKQAFGAAVNAIT
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 YYVVGLPIGIALMFATTLGVMGLWSGIIICTVFQAVCFLGFIIQLNWKKACQQAQVHANL
::..:::.:: : :.. . .:::: :.. :. . .. :... .:.:: : ..:. :..
NP_001 YYIIGLPLGILLTFVVRMRIMGLWLGMLACVFLATAAFVAYTARLDWKLAAEEAKKHSGR
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520
pF1KE2 KVNNVPRSGNSALPQDPLHPGCPEN--LEGILTNDV-GKTGEPQSDQQMRQE---EPLPE
. .. :. ..: .:: ::. : .. :.. : : : .. . . :
NP_001 QQQQ--RAESTAT-----RPG-PEKAVLSSVATGSSPGITLTTYSRSECHVDFFRTPEEA
480 490 500 510 520
530 540 550 560 570
pF1KE2 HPQDG--AKLSRKQLVLRRGLLLLGVFLILLVGILVRFYVRIQ
: .. ..:: ::::.::: : .. :.::. ::
NP_001 HALSAPTSRLSVKQLVIRRGAALGAASATLMVGLTVRILATRH
530 540 550 560
>>NP_001243592 (OMIM: 609833) multidrug and toxin extrus (580 aa)
initn: 1319 init1: 1266 opt: 1269 Z-score: 1424.5 bits: 273.5 E(85289): 1.3e-72
Smith-Waterman score: 1808; 50.0% identity (76.1% similar) in 570 aa overlap (22-564:13-574)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MEAPEEPAPVRGGPEATLEVRGSRCLRLS-----AFREELRALLVLAGPAFLVQLMVFLI
:. : :: .: :. .:..:.:: :: :...:.:
NP_001 MDSLQDTVALDHGGCCPALSRLVPRGFGTEMWTLFALSGPLFLFQVLTFMI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 SFISSVFCGHLGKLELDAVTLAIAVINVTGVSVGFGLSSACDTLISQTYGSQNLKHVGVI
..:.::::::::.:: .::::.: .:: ::::: :::::::::.::..:: : ::::::
NP_001 YIVSTVFCGHLGKVELASVTLAVAFVNVCGVSVGVGLSSACDTLMSQSFGSPNKKHVGVI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 LQRSALVLLLCCFPCWALFLNTQHILLLFRQDPDVSRLTQTYVTIFIPALPATFLYMLQV
:::.::::::::.::::::::::::::::::::::::::: :: ::::.::. ::: : .
NP_001 LQRGALVLLLCCLPCWALFLNTQHILLLFRQDPDVSRLTQDYVMIFIPGLPVIFLYNLLA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 KYLLNQGIVLPQIVTGVAANLVNALANYLFLHQLHLGVIGSALANLISQYTLALLLFLYI
::: :: :. ::...::..: ::..::: .. :.::: ::: ::.:::.. ...:.:::
NP_001 KYLQNQKITWPQVLSGVVGNCVNGVANYALVSVLNLGVRGSAYANIISQFAQTVFLLLYI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 LGKKLHQATWGGWSLECLQDWASFLRLAIPSMLMLCMEWWAYEVGSFLSGILGMVELGAQ
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NP_001 VLKKLHLETWAGWSSQCLQDWGPFFSLAVPSMLMICVEWWAYEIGSFLMGLLSVVDLSAQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KE2 SIVYELAIIVYM--------------VPAGFSVAASVRVGNALGAGDMEQARKSSTVSLL
...::.: ..:: .: :.:... :::: ::::.: ::..:.. ..:
NP_001 AVIYEVATVTYMRHSHRLAYAAHVTRIPLGLSIGVCVRVGMALGAADTVQAKRSAVSGVL
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE2 ITVLFAVAFSVLLLSCKDHVGYIFTTDRDIINLVAQVVPIYAVSHLFEALACTSGGVLRG
: .......:. :...:.:::.:.:.: ::.::.:.:.: :.:::. :. ::::::
NP_001 SIVGISLVLGTLISILKNQLGHIFTNDEDVIALVSQVLPVYSVFHVFEAICCVYGGVLRG
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE2 SGNQKVGAIVNTIGYYVVGLPIGIALMFATTLGVMGLWSGIIICTVFQAVCFLGFIIQLN
.:.: :: ::.: ::..:::.:: : :.. . .:::: :.. :. . .. :... .:.
NP_001 TGKQAFGAAVNAITYYIIGLPLGILLTFVVRMRIMGLWLGMLACVFLATAAFVAYTARLD
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
pF1KE2 WKKACQQAQVHANLKVNNVPRSGNSALPQDPLHPGCPEN--LEGILTNDV-GKTGEPQSD
:: : ..:. :.. . .. :. ..: .:: ::. : .. :.. : : :
NP_001 WKLAAEEAKKHSGRQQQQ--RAESTAT-----RPG-PEKAVLSSVATGSSPGITLTTYSR
480 490 500 510 520
520 530 540 550 560 570
pF1KE2 QQMRQE---EPLPEHPQDG--AKLSRKQLVLRRGLLLLGVFLILLVGILVRFYVRIQ
.. . . : : .. ..:: ::::.::: : .. :.::. ::
NP_001 SECHVDFFRTPEEAHALSAPTSRLSVKQLVIRRGAALGAASATLMVGLTVRILATRH
530 540 550 560 570 580
>>NP_690872 (OMIM: 609833) multidrug and toxin extrusion (602 aa)
initn: 1085 init1: 1085 opt: 1116 Z-score: 1252.6 bits: 241.7 E(85289): 4.9e-63
Smith-Waterman score: 1774; 48.3% identity (73.5% similar) in 592 aa overlap (22-564:13-596)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MEAPEEPAPVRGGPEATLEVRGSRCLRLS-----AFREELRALLVLAGPAFLVQLMVFLI
:. : :: .: :. .:..:.:: :: :...:.:
NP_690 MDSLQDTVALDHGGCCPALSRLVPRGFGTEMWTLFALSGPLFLFQVLTFMI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 SFISSVFCGHLGKLELDAVTLAIAVINVTGVSVGFGLSSACDTLISQTYGSQNLKHVGVI
..:.::::::::.:: .::::.: .:: ::::: :::::::::.::..:: : ::::::
NP_690 YIVSTVFCGHLGKVELASVTLAVAFVNVCGVSVGVGLSSACDTLMSQSFGSPNKKHVGVI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 LQRSALVLLLCCFPCWALFLNTQHILLLFRQDPDVSRLTQTYVTIFIPALPATFLYMLQV
:::.::::::::.::::::::::::::::::::::::::: :: ::::.::. ::: : .
NP_690 LQRGALVLLLCCLPCWALFLNTQHILLLFRQDPDVSRLTQDYVMIFIPGLPVIFLYNLLA
120 130 140 150 160 170
180 190
pF1KE2 KYLLNQG------------------------------------IVLPQIVTGVAANLVNA
::: ::: :. ::...::..: ::.
NP_690 KYLQNQGWLKGQEEESPFQTPGLSILHPSHSHLSRASFHLFQKITWPQVLSGVVGNCVNG
180 190 200 210 220 230
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 LANYLFLHQLHLGVIGSALANLISQYTLALLLFLYILGKKLHQATWGGWSLECLQDWASF
.::: .. :.::: ::: ::.:::.. ...:.:::. :::: ::.::: .:::::. :
NP_690 VANYALVSVLNLGVRGSAYANIISQFAQTVFLLLYIVLKKLHLETWAGWSSQCLQDWGPF
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300 310
pF1KE2 LRLAIPSMLMLCMEWWAYEVGSFLSGILGMVELGAQSIVYELAIIVYMVPAGFSVAASVR
. ::.:::::.:.::::::.:::: :.:..:.:.::...::.: ..::.: :.:... ::
NP_690 FSLAVPSMLMICVEWWAYEIGSFLMGLLSVVDLSAQAVIYEVATVTYMIPLGLSIGVCVR
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360 370
pF1KE2 VGNALGAGDMEQARKSSTVSLLITVLFAVAFSVLLLSCKDHVGYIFTTDRDIINLVAQVV
:: ::::.: ::..:.. ..: : .......:. :...:.:::.:.:.: ::.::.
NP_690 VGMALGAADTVQAKRSAVSGVLSIVGISLVLGTLISILKNQLGHIFTNDEDVIALVSQVL
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420 430
pF1KE2 PIYAVSHLFEALACTSGGVLRGSGNQKVGAIVNTIGYYVVGLPIGIALMFATTLGVMGLW
:.:.: :.:::. :. ::::::.:.: :: ::.: ::..:::.:: : :.. . .::::
NP_690 PVYSVFHVFEAICCVYGGVLRGTGKQAFGAAVNAITYYIIGLPLGILLTFVVRMRIMGLW
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KE2 SGIIICTVFQAVCFLGFIIQLNWKKACQQAQVHANLKVNNVPRSGNSALPQDPLHPGCPE
:.. :. . .. :... .:.:: : ..:. :.. . .. :. ..: .:: ::
NP_690 LGMLACVFLATAAFVAYTARLDWKLAAEEAKKHSGRQQQQ--RAESTAT-----RPG-PE
480 490 500 510 520
500 510 520 530 540 550
pF1KE2 N--LEGILTNDV-GKTGEPQSDQQMRQE---EPLPEHPQDG--AKLSRKQLVLRRGLLLL
. : .. :.. : : : .. . . : : .. ..:: ::::.::: :
NP_690 KAVLSSVATGSSPGITLTTYSRSECHVDFFRTPEEAHALSAPTSRLSVKQLVIRRGAALG
530 540 550 560 570 580
560 570
pF1KE2 GVFLILLVGILVRFYVRIQ
.. :.::. ::
NP_690 AASATLMVGLTVRILATRH
590 600
>>XP_016879715 (OMIM: 609833) PREDICTED: multidrug and t (351 aa)
initn: 749 init1: 749 opt: 750 Z-score: 845.4 bits: 165.6 E(85289): 2.4e-40
Smith-Waterman score: 1195; 56.6% identity (76.1% similar) in 327 aa overlap (22-307:13-339)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MEAPEEPAPVRGGPEATLEVRGSRCLRLS-----AFREELRALLVLAGPAFLVQLMVFLI
:. : :: .: :. .:..:.:: :: :...:.:
XP_016 MDSLQDTVALDHGGCCPALSRLVPRGFGTEMWTLFALSGPLFLFQVLTFMI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 SFISSVFCGHLGKLELDAVTLAIAVINVTGVSVGFGLSSACDTLISQTYGSQNLKHVGVI
..:.::::::::.:: .::::.: .:: ::::: :::::::::.::..:: : ::::::
XP_016 YIVSTVFCGHLGKVELASVTLAVAFVNVCGVSVGVGLSSACDTLMSQSFGSPNKKHVGVI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 LQRSALVLLLCCFPCWALFLNTQHILLLFRQDPDVSRLTQTYVTIFIPALPATFLYMLQV
:::.::::::::.::::::::::::::::::::::::::: :: ::::.::. ::: : .
XP_016 LQRGALVLLLCCLPCWALFLNTQHILLLFRQDPDVSRLTQDYVMIFIPGLPVIFLYNLLA
120 130 140 150 160 170
180 190
pF1KE2 KYLLNQG------------------------------------IVLPQIVTGVAANLVNA
::: ::: :. ::...::..: ::.
XP_016 KYLQNQGWLKGQEEESPFQTPGLSILHPSHSHLSRASFHLFQKITWPQVLSGVVGNCVNG
180 190 200 210 220 230
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 LANYLFLHQLHLGVIGSALANLISQYTLALLLFLYILGKKLHQATWGGWSLECLQDWASF
.::: .. :.::: ::: ::.:::.. ...:.:::. :::: ::.::: .:::::. :
XP_016 VANYALVSVLNLGVRGSAYANIISQFAQTVFLLLYIVLKKLHLETWAGWSSQCLQDWGPF
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300 310
pF1KE2 LRLAIPSMLMLCMEWWAYEVGSFLSGILGMVELGAQSIVYELAIIVYMVPAGFSVAASVR
. ::.:::::.:.::::::.:::: :.:..:.:.::...::.: ..::
XP_016 FSLAVPSMLMICVEWWAYEIGSFLMGLLSVVDLSAQAVIYEVATVTYMGAFLGLRPQSPL
300 310 320 330 340 350
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XP_016 TNDE
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XP_016 TNDEDVIALVSQVLPVYSVFHVFEAI-C
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pF1KE2 YVRIQ
XP_016 LATRH
570 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 19:44:42 2016 done: Sat Nov 5 19:44:44 2016
Total Scan time: 7.820 Total Display time: 0.090
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]