Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2402
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2402, 694 aa
1>>>pF1KE2402 694 - 694 aa - 694 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7814+/-0.000877; mu= -2.4876+/- 0.053
mean_var=364.7954+/-75.004, 0's: 0 Z-trim(118.1): 20 B-trim: 205 in 1/54
Lambda= 0.067151
statistics sampled from 18900 (18920) to 18900 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.837), E-opt: 0.2 (0.581), width: 16
Scan time: 5.100
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45465.1 FBXL19 gene_id:54620|Hs108|chr16 ( 694) 4972 495.6 1e-139
CCDS73873.1 FBXL19 gene_id:54620|Hs108|chr16 ( 382) 2679 273.2 5e-73
CCDS41849.1 KDM2B gene_id:84678|Hs108|chr12 (1265) 1337 143.7 1.6e-33
CCDS41850.1 KDM2B gene_id:84678|Hs108|chr12 (1336) 1289 139.0 4.2e-32
CCDS58148.1 KDM2A gene_id:22992|Hs108|chr11 ( 723) 1016 112.3 2.5e-24
CCDS44657.1 KDM2A gene_id:22992|Hs108|chr11 (1162) 1016 112.5 3.5e-24
>>CCDS45465.1 FBXL19 gene_id:54620|Hs108|chr16 (694 aa)
initn: 4972 init1: 4972 opt: 4972 Z-score: 2621.8 bits: 495.6 E(32554): 1e-139
Smith-Waterman score: 4972; 100.0% identity (100.0% similar) in 694 aa overlap (1-694:1-694)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGMKVPGKGESGPSALLTPPMSSSSRGPGAGARRRRTRCRRCRACVRTECGDCHFCRDMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MGMKVPGKGESGPSALLTPPMSSSSRGPGAGARRRRTRCRRCRACVRTECGDCHFCRDMK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 KFGGPGRMKQSCLLRQCTAPVLPHTAVCLLCGEAGKEDTVEGEEEKFGLSLMECTICNEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KFGGPGRMKQSCLLRQCTAPVLPHTAVCLLCGEAGKEDTVEGEEEKFGLSLMECTICNEI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 VHPGCLKMGKAEGVINAEIPNCWECPRCTQEGRTSKDSGEGPGRRRADNGEEGASLGSGW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VHPGCLKMGKAEGVINAEIPNCWECPRCTQEGRTSKDSGEGPGRRRADNGEEGASLGSGW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 KLTEEPPLPPPPPRRKGPLPAGPPPEDVPGPPKRKEREAGNEPPTPRKKVKGGRERHLKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KLTEEPPLPPPPPRRKGPLPAGPPPEDVPGPPKRKEREAGNEPPTPRKKVKGGRERHLKK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 VGGDACLLRGSDPGGPGLLPPRVLNPSQAFSSCHPGLPPENWEKPKPPLASAEGPAVPSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VGGDACLLRGSDPGGPGLLPPRVLNPSQAFSSCHPGLPPENWEKPKPPLASAEGPAVPSP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SPQREKLERFKRMCQLLERVPDTSSSSSDSDSDSDSSGTSLSEDEAPGEARNGRRPARGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SPQREKLERFKRMCQLLERVPDTSSSSSDSDSDSDSSGTSLSEDEAPGEARNGRRPARGS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 SGEKENRGGRRAVRPGSGGPLLSWPLGPAPPPRPPQLERHVVRPPPRSPEPDTLPLAAGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SGEKENRGGRRAVRPGSGGPLLSWPLGPAPPPRPPQLERHVVRPPPRSPEPDTLPLAAGS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 DHPLPRAAWLRVFQHLGPRELCICMRVCRTWSRWCYDKRLWPRMDLSRRKSLTPPMLSGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DHPLPRAAWLRVFQHLGPRELCICMRVCRTWSRWCYDKRLWPRMDLSRRKSLTPPMLSGV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 VRRQPRALDLSWTGVSKKQLMWLLNRLQGLQELVLSGCSWLSVSALGSAPLPALRLLDLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VRRQPRALDLSWTGVSKKQLMWLLNRLQGLQELVLSGCSWLSVSALGSAPLPALRLLDLR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 WIEDVKDSQLRELLLPPPDTKPGQTESRGRLQGVAELRLAGLELTDASLRLLLRHAPQLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 WIEDVKDSQLRELLLPPPDTKPGQTESRGRLQGVAELRLAGLELTDASLRLLLRHAPQLS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 ALDLSHCAHVGDPSVHLLTAPTSPLRETLVHLNLAGCHRLTDHCLPLFRRCPRLRRLDLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ALDLSHCAHVGDPSVHLLTAPTSPLRETLVHLNLAGCHRLTDHCLPLFRRCPRLRRLDLR
610 620 630 640 650 660
670 680 690
pF1KE2 SCRQLSPEACARLAAAGPPGPFRCPEEKLLLKDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SCRQLSPEACARLAAAGPPGPFRCPEEKLLLKDS
670 680 690
>>CCDS73873.1 FBXL19 gene_id:54620|Hs108|chr16 (382 aa)
initn: 2679 init1: 2679 opt: 2679 Z-score: 1424.6 bits: 273.2 E(32554): 5e-73
Smith-Waterman score: 2679; 100.0% identity (100.0% similar) in 382 aa overlap (313-694:1-382)
290 300 310 320 330 340
pF1KE2 EKPKPPLASAEGPAVPSPSPQREKLERFKRMCQLLERVPDTSSSSSDSDSDSDSSGTSLS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MCQLLERVPDTSSSSSDSDSDSDSSGTSLS
10 20 30
350 360 370 380 390 400
pF1KE2 EDEAPGEARNGRRPARGSSGEKENRGGRRAVRPGSGGPLLSWPLGPAPPPRPPQLERHVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 EDEAPGEARNGRRPARGSSGEKENRGGRRAVRPGSGGPLLSWPLGPAPPPRPPQLERHVV
40 50 60 70 80 90
410 420 430 440 450 460
pF1KE2 RPPPRSPEPDTLPLAAGSDHPLPRAAWLRVFQHLGPRELCICMRVCRTWSRWCYDKRLWP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 RPPPRSPEPDTLPLAAGSDHPLPRAAWLRVFQHLGPRELCICMRVCRTWSRWCYDKRLWP
100 110 120 130 140 150
470 480 490 500 510 520
pF1KE2 RMDLSRRKSLTPPMLSGVVRRQPRALDLSWTGVSKKQLMWLLNRLQGLQELVLSGCSWLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 RMDLSRRKSLTPPMLSGVVRRQPRALDLSWTGVSKKQLMWLLNRLQGLQELVLSGCSWLS
160 170 180 190 200 210
530 540 550 560 570 580
pF1KE2 VSALGSAPLPALRLLDLRWIEDVKDSQLRELLLPPPDTKPGQTESRGRLQGVAELRLAGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VSALGSAPLPALRLLDLRWIEDVKDSQLRELLLPPPDTKPGQTESRGRLQGVAELRLAGL
220 230 240 250 260 270
590 600 610 620 630 640
pF1KE2 ELTDASLRLLLRHAPQLSALDLSHCAHVGDPSVHLLTAPTSPLRETLVHLNLAGCHRLTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ELTDASLRLLLRHAPQLSALDLSHCAHVGDPSVHLLTAPTSPLRETLVHLNLAGCHRLTD
280 290 300 310 320 330
650 660 670 680 690
pF1KE2 HCLPLFRRCPRLRRLDLRSCRQLSPEACARLAAAGPPGPFRCPEEKLLLKDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 HCLPLFRRCPRLRRLDLRSCRQLSPEACARLAAAGPPGPFRCPEEKLLLKDS
340 350 360 370 380
>>CCDS41849.1 KDM2B gene_id:84678|Hs108|chr12 (1265 aa)
initn: 2054 init1: 1232 opt: 1337 Z-score: 715.2 bits: 143.7 E(32554): 1.6e-33
Smith-Waterman score: 2086; 46.3% identity (69.7% similar) in 707 aa overlap (8-675:555-1247)
10 20 30
pF1KE2 MGMKVPGKGESGPSALLTPPMSSSSRGPGAGARRRRT
::. ::.. . . .. ::::::::
CCDS41 ADDDPSLAITGVPVVTWPKKTPKNRAVGRPKGKLGPASAVKLAANRTT----AGARRRRT
530 540 550 560 570 580
40 50 60 70 80 90
pF1KE2 RCRRCRACVRTECGDCHFCRDMKKFGGPGRMKQSCLLRQCTAPVLPHTAVCLLCGEAGKE
:::.:.::.:::::.::::.:::::::::::::::..::: :::::::::::.:::::::
CCDS41 RCRKCEACLRTECGECHFCKDMKKFGGPGRMKQSCIMRQCIAPVLPHTAVCLVCGEAGKE
590 600 610 620 630 640
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 DTVEGEEEKFGLSLMECTICNEIVHPGCLKMGKAEGVINAEIPNCWECPRCTQEGRTSKD
:::: :: ::.: ::::.:::::.::::::. ..:::.: :.:::::::.:.. :.:.:.
CCDS41 DTVEEEEGKFNLMLMECSICNEIIHPGCLKIKESEGVVNDELPNCWECPKCNHAGKTGKQ
650 660 670 680 690 700
160 170 180 190 200
pF1KE2 SGEGPGRRRADNGEEGASLGSGWKLTEEPPLPPPPPRRKGPLPAGP------PPEDVP--
. .::: . :.: .:: . :.... : .:.. .: . ::
CCDS41 K-RGPGFKYASNLP--GSLLKEQKMNRDNKEGQEPAKRRSECEEAPRRRSDEHSKKVPPD
710 720 730 740 750
210 220 230 240 250 260
pF1KE2 GPPKRK------EREAGNEPP---TPRKKVKGGRERHLKKVGGDACLLRGSDPGGPGLLP
: .:: ... : : . ::..: :.: .: . . : . . :
CCDS41 GLLRRKSDDVHLRKKRKYEKPQELSGRKRLKPGKEDKLFR-KKRRSWKNAEDRMALANKP
760 770 780 790 800 810
270 280 290 300 310
pF1KE2 PRVLNPSQAFSSCHPGLPPENWEKPK---------PPLASAEGPAVPSPSPQREKLERF-
: .. : . : ::.. :. . : .:::: . .:.: .:.
CCDS41 LRRFK--QEPEDELPEAPPKTRESDHSRSSSPTAGPSTEGAEGPEEKKKVKMRRK-RRLP
820 830 840 850 860 870
320 330 340 350 360
pF1KE2 -KRMCQLLERVPDTSSSSSDSDSDSDSSGTSLSEDEAPGEARN---G--RRPARGSSGEK
:.. . : . . . .... .... :: :. :: . : .:: : :.: .
CCDS41 NKELSRELSKELNHEIQRTENSLANENQQPIKSEPESEGEEPKRPPGICERPHRFSKGLN
880 890 900 910 920 930
370 380 390 400 410
pF1KE2 ENRGGRRAVRPGSGGPLLSWP-LGPAPPPR--PP---QLERHVVRPPPRSPEPDTLPLAA
: : .: : : : : . ::: :: :.::::.:::: :: ::.:::
CCDS41 ---GTPRELRHQLGPSLRSPPRVISRPPPSVSPPKCIQMERHVIRPPPISPPPDSLPLDD
940 950 960 970 980 990
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 GSDHPLPRAAWLRVFQHLGPRELCICMRVCRTWSRWCYDKRLWPRMDLSRRKSLTPPMLS
:. : . : .:. ::..:. ..::.::::::::.::: ::::: :.::.. ::.:: :::
CCDS41 GAAHVMHREVWMAVFSYLSHQDLCVCMRVCRTWNRWCCDKRLWTRIDLNHCKSITPLMLS
1000 1010 1020 1030 1040 1050
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 GVVRRQPRALDLSWTGVSKKQLMWLLNRLQGLQELVLSGCSWLSVSALGSAPLPALRLLD
:..:::: .::::::..::::: ::.::: ::..::::::::..:::: :. : :: ::
CCDS41 GIIRRQPVSLDLSWTNISKKQLSWLINRLPGLRDLVLSGCSWIAVSALCSSSCPLLRTLD
1060 1070 1080 1090 1100 1110
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 LRWIEDVKDSQLRELLLPPPDTKPGQTESRGRLQGVAELRLAGLELTDASLRLLLRHAPQ
..:.: .::.:.:.:: :: :..::: ..:..:....:::::::..:::::::..:: :
CCDS41 VQWVEGLKDAQMRDLLSPPTDNRPGQMDNRSKLRNIVELRLAGLDITDASLRLIIRHMPL
1120 1130 1140 1150 1160 1170
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 LSALDLSHCAHVGDPSVHLLTAPTSPLRETLVHLNLAGCHRLTDHCLPLFRRCPRLRRLD
:: : ::.: :: : :..:::: . :..:...::. :...::.:: .:.:: . ..:
CCDS41 LSKLHLSYCNHVTDQSINLLTAVGTTTRDSLTEINLSDCNKVTDQCLSFFKRCGNICHID
1180 1190 1200 1210 1220 1230
660 670 680 690
pF1KE2 LRSCRQLSPEACARLAAAGPPGPFRCPEEKLLLKDS
:: :.:.. :.: .. :
CCDS41 LRYCKQVTKEGCEQFIAEMSSFQGRSCSTTRLGDE
1240 1250 1260
>>CCDS41850.1 KDM2B gene_id:84678|Hs108|chr12 (1336 aa)
initn: 2017 init1: 1232 opt: 1289 Z-score: 689.8 bits: 139.0 E(32554): 4.2e-32
Smith-Waterman score: 2019; 44.9% identity (65.9% similar) in 735 aa overlap (36-694:610-1336)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 PGKGESGPSALLTPPMSSSSRGPGAGARRRRTRCRRCRACVRTECGDCHFCRDMKKFGGP
:::::.:.::.:::::.::::.::::::::
CCDS41 RAVGRPKGKLGPASAVKLAANRTTAGARRRRTRCRKCEACLRTECGECHFCKDMKKFGGP
580 590 600 610 620 630
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 GRMKQSCLLRQCTAPVLPHTAVCLLCGEAGKEDTVEGEEEKFGLSLMECTICNEIVHPGC
:::::::..::: :::::::::::.::::::::::: :: ::.: ::::.:::::.::::
CCDS41 GRMKQSCIMRQCIAPVLPHTAVCLVCGEAGKEDTVEEEEGKFNLMLMECSICNEIIHPGC
640 650 660 670 680 690
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 LKMGKAEGVINAEIPNCWECPRCTQEGRTSKDSGEGPGRRRADNGEEGASLGSGWKLTEE
::. ..:::.: :.:::::::.:.. :.:.:.. .::: . :.: .:: . :....
CCDS41 LKIKESEGVVNDELPNCWECPKCNHAGKTGKQK-RGPGFKYASNLP--GSLLKEQKMNRD
700 710 720 730 740 750
190 200 210 220 230
pF1KE2 PPLPPPPPRRKGPLPAGP----PPEDVPGPPKRKEREAGNEPPTPRKKVK-------GGR
: .:.. .: .. :: :. ... ::: : .::
CCDS41 NKEGQEPAKRRSECEEAPRRRSDEHSKKVPPDGLLRRKSDDVHL-RKKRKYEKPQELSGR
760 770 780 790 800 810
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 ER--HLKKVGGDACLLRGSDPGGPGLLPPRVLNPSQAFSSCHPGLPPENWEKPKPPLASA
.: :. :.. : : : .: : . . .. .:: . ..: . .:
CCDS41 KRASSLQTSPGSSSHLSPRPPLGSSLSPWWRSSLTYFQQQLKPGKEDKLFRKKRRSWKNA
820 830 840 850 860 870
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 EGPAVPSPSPQREKLERFKRMCQ-LLERVPDTSSSSSDSDSDSDSSGTSLSEDEAPGEA-
: . . .: :.:::. . : ..: . :. : :.: ..: : :.: :
CCDS41 EDRMALANKP----LRRFKQEPEDELPEAPPKTRESDHSRSSSPTAGPSTEGAEGPEEKK
880 890 900 910 920 930
360 370
pF1KE2 ----RNGRR-------------------------------PARG---SSGEKENRGGRRA
: :: : .. : ::. .:
CCDS41 KVKMRRKRRLPNKELSRELSKELNHEIQRTENSLANENQQPIKSEPESEGEEPKRPPGIC
940 950 960 970 980 990
380 390 400 410
pF1KE2 VRPG------SGGPL-LSWPLGPA----------PPPR--PP---QLERHVVRPPPRSPE
:: .: : : :::. ::: :: :.::::.:::: ::
CCDS41 ERPHRFSKGLNGTPRELRHQLGPSLRSPPRVISRPPPSVSPPKCIQMERHVIRPPPISPP
1000 1010 1020 1030 1040 1050
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 PDTLPLAAGSDHPLPRAAWLRVFQHLGPRELCICMRVCRTWSRWCYDKRLWPRMDLSRRK
::.::: :. : . : .:. ::..:. ..::.::::::::.::: ::::: :.::.. :
CCDS41 PDSLPLDDGAAHVMHREVWMAVFSYLSHQDLCVCMRVCRTWNRWCCDKRLWTRIDLNHCK
1060 1070 1080 1090 1100 1110
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 SLTPPMLSGVVRRQPRALDLSWTGVSKKQLMWLLNRLQGLQELVLSGCSWLSVSALGSAP
:.:: ::::..:::: .::::::..::::: ::.::: ::..::::::::..:::: :.
CCDS41 SITPLMLSGIIRRQPVSLDLSWTNISKKQLSWLINRLPGLRDLVLSGCSWIAVSALCSSS
1120 1130 1140 1150 1160 1170
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 LPALRLLDLRWIEDVKDSQLRELLLPPPDTKPGQTESRGRLQGVAELRLAGLELTDASLR
: :: ::..:.: .::.:.:.:: :: :..::: ..:..:....:::::::..::::::
CCDS41 CPLLRTLDVQWVEGLKDAQMRDLLSPPTDNRPGQMDNRSKLRNIVELRLAGLDITDASLR
1180 1190 1200 1210 1220 1230
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 LLLRHAPQLSALDLSHCAHVGDPSVHLLTAPTSPLRETLVHLNLAGCHRLTDHCLPLFRR
:..:: : :: : ::.: :: : :..:::: . :..:...::. :...::.:: .:.:
CCDS41 LIIRHMPLLSKLHLSYCNHVTDQSINLLTAVGTTTRDSLTEINLSDCNKVTDQCLSFFKR
1240 1250 1260 1270 1280 1290
660 670 680 690
pF1KE2 CPRLRRLDLRSCRQLSPEACARLAAAGPPG-PFRCPEEKLLLKDS
: . ..::: :.:.. :.: .. : . : ::::: : :
CCDS41 CGNICHIDLRYCKQVTKEGCEQFIAEMSVSVQFGQVEEKLLQKLS
1300 1310 1320 1330
>>CCDS58148.1 KDM2A gene_id:22992|Hs108|chr11 (723 aa)
initn: 1528 init1: 600 opt: 1016 Z-score: 550.3 bits: 112.3 E(32554): 2.5e-24
Smith-Waterman score: 1615; 38.9% identity (63.5% similar) in 687 aa overlap (13-694:106-723)
10 20 30 40
pF1KE2 MGMKVPGKGESGPSALLTPPMSSSSRGPGAGARRRRTRCRRC
:. ::: ... .::::::.:::.:
CCDS58 QWPKRDKLKFPTRPKVRVPTIPITKPHTMKPAPRLTPVRPAAASPIVSGARRRRVRCRKC
80 90 100 110 120 130
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 RACVRTECGDCHFCRDMKKFGGPGRMKQSCLLRQCTAPVLPHTAVCLLCGEAGKEDTVEG
.:::. ::: ::.:::::::::::::::::.:::: :: :::...: ::::. ... ..
CCDS58 KACVQGECGVCHYCRDMKKFGGPGRMKQSCVLRQCLAPRLPHSVTCSLCGEVDQNEETQD
140 150 160 170 180 190
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 EEEKFGLSLMECTICNEIVHPGCLKMGKAEGVINAEIPNCWECPRCTQEGRTSKDSGEGP
:.: :::: :::::::::::.: .::..: :.:::::::.: :: ::.:
CCDS58 FEKK----LMECCICNEIVHPGCLQMD-GEGLLNEELPNCWECPKCYQE-----DSSEKA
200 210 220 230 240
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 GRRRADNGEEGASLGSGWK--LTEEPPLPPPPPRRKGPLPAGPPPEDVPGPPKRKEREAG
.:. ....: : .. . . . :: ::: . : : . : :. ::
CCDS58 QKRKMEESDEEAVQAKVLRPLRSCDEPLTPPPHSPTSMLQLIHDPVSPRGMVTRSSPGAG
250 260 270 280 290 300
230 240 250 260 270
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]