Result of FASTA (omim) for
pFN21AE2312
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2312, 2136 aa
1>>>pF1KE2312 2136 - 2136 aa - 2136 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9635+/-0.000643; mu= 16.6773+/- 0.040
mean_var=105.0397+/-20.235, 0's: 0 Z-trim(107.1): 95 B-trim: 19 in 1/48
Lambda= 0.125140
statistics sampled from 15092 (15183) to 15092 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.495), E-opt: 0.2 (0.178), width: 16
Scan time: 21.060
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_054733 (OMIM: 601664,610359) U5 small nuclear r (2136) 14015 2543.1 0
XP_016859092 (OMIM: 601664,610359) PREDICTED: U5 s (2136) 14015 2543.1 0
XP_011533697 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (2104) 5032 921.3 0
XP_016865694 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (2104) 5032 921.3 0
XP_011533698 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (2104) 5032 921.3 0
NP_006819 (OMIM: 614217) activating signal cointeg (2202) 5032 921.3 0
XP_011533696 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (2207) 5032 921.3 0
XP_016865695 (OMIM: 614217) PREDICTED: activating (1729) 4891 895.8 0
XP_011539159 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1294) 1119 214.7 5.4e-54
XP_011539157 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1393) 1119 214.7 5.8e-54
XP_011539152 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1435) 1119 214.7 5.9e-54
NP_001017975 (OMIM: 615684,615724) probable ATP-de (1435) 1119 214.7 5.9e-54
XP_011539154 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1435) 1119 214.7 5.9e-54
XP_011539151 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1435) 1119 214.7 5.9e-54
XP_011539153 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1435) 1119 214.7 5.9e-54
NP_001271200 (OMIM: 614217) activating signal coin ( 731) 1043 200.9 4.4e-50
XP_016855980 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1391) 1043 201.0 7.8e-50
XP_016855981 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1114) 993 191.9 3.3e-47
XP_016855983 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob ( 876) 983 190.1 9.5e-47
XP_016855984 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob ( 816) 954 184.9 3.4e-45
XP_016855985 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob ( 816) 954 184.9 3.4e-45
XP_016855979 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1408) 881 171.8 5e-41
XP_011539161 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob (1044) 856 167.2 8.8e-40
XP_016855982 (OMIM: 615684,615724) PREDICTED: prob ( 878) 682 135.8 2.2e-30
XP_011510654 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2183) 284 64.1 2.1e-08
XP_016861054 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2201) 284 64.1 2.1e-08
XP_011510650 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2420) 284 64.1 2.2e-08
XP_011510645 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2545) 284 64.1 2.3e-08
NP_955452 (OMIM: 604419) DNA polymerase theta [Hom (2590) 284 64.1 2.4e-08
XP_011510649 (OMIM: 604419) PREDICTED: DNA polymer (2591) 284 64.1 2.4e-08
XP_006714139 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO ( 950) 252 58.1 5.4e-07
NP_001284686 (OMIM: 606769) helicase POLQ-like iso ( 557) 248 57.3 5.6e-07
XP_005262770 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO ( 995) 252 58.1 5.7e-07
XP_005262768 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO (1064) 252 58.2 6e-07
NP_001284685 (OMIM: 606769) helicase POLQ-like iso ( 604) 248 57.3 6.1e-07
XP_016863171 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO ( 604) 248 57.3 6.1e-07
XP_016863172 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO ( 604) 248 57.3 6.1e-07
NP_598375 (OMIM: 606769) helicase POLQ-like isofor (1101) 252 58.2 6.2e-07
XP_016863169 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO ( 928) 248 57.4 8.8e-07
XP_016863168 (OMIM: 606769) PREDICTED: helicase PO ( 997) 248 57.4 9.4e-07
NP_001284684 (OMIM: 606769) helicase POLQ-like iso (1034) 248 57.4 9.7e-07
XP_011513117 (OMIM: 600478,614602) PREDICTED: heli (1033) 239 55.8 3e-06
NP_008860 (OMIM: 600478,614602) helicase SKI2W [Ho (1246) 239 55.8 3.5e-06
XP_016865707 (OMIM: 174050,608648,617004) PREDICTE ( 394) 228 53.6 5.1e-06
XP_011533701 (OMIM: 174050,608648,617004) PREDICTE ( 704) 228 53.8 8.5e-06
NP_009145 (OMIM: 174050,608648,617004) translocati ( 760) 228 53.8 9e-06
XP_016863873 (OMIM: 613974) PREDICTED: probable AT (1015) 222 52.7 2.5e-05
XP_016863872 (OMIM: 613974) PREDICTED: probable AT (1024) 222 52.7 2.5e-05
XP_011530406 (OMIM: 613974) PREDICTED: probable AT (1136) 222 52.8 2.7e-05
XP_011530405 (OMIM: 613974) PREDICTED: probable AT (1682) 222 52.8 3.8e-05
>>NP_054733 (OMIM: 601664,610359) U5 small nuclear ribon (2136 aa)
initn: 14015 init1: 14015 opt: 14015 Z-score: 13669.7 bits: 2543.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 14015; 100.0% identity (100.0% similar) in 2136 aa overlap (1-2136:1-2136)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MADVTARSLQYEYKANSNLVLQADRSLIDRTRRDEPTGEVLSLVGKLEGTRMGDKAQRTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 MADVTARSLQYEYKANSNLVLQADRSLIDRTRRDEPTGEVLSLVGKLEGTRMGDKAQRTK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 PQMQEERRAKRRKRDEDRHDINKMKGYTLLSEGIDEMVGIIYKPKTKETRETYEVLLSFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 PQMQEERRAKRRKRDEDRHDINKMKGYTLLSEGIDEMVGIIYKPKTKETRETYEVLLSFI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 QAALGDQPRDILCGAADEVLAVLKNEKLRDKERRKEIDLLLGQTDDTRYHVLVNLGKKIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 QAALGDQPRDILCGAADEVLAVLKNEKLRDKERRKEIDLLLGQTDDTRYHVLVNLGKKIT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 DYGGDKEIQNMDDNIDETYGVNVQFESDEEEGDEDVYGEVREEASDDDMEGDEAVVRCTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 DYGGDKEIQNMDDNIDETYGVNVQFESDEEEGDEDVYGEVREEASDDDMEGDEAVVRCTL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 SANLVASGELMSSKKKDLHPRDIDAFWLQRQLSRFYDDAIVSQKKADEVLEILKTASDDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 SANLVASGELMSSKKKDLHPRDIDAFWLQRQLSRFYDDAIVSQKKADEVLEILKTASDDR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 ECENQLVLLLGFNTFDFIKVLRQHRMMILYCTLLASAQSEAEKERIMGKMEADPELSKFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 ECENQLVLLLGFNTFDFIKVLRQHRMMILYCTLLASAQSEAEKERIMGKMEADPELSKFL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 YQLHETEKEDLIREERSRRERVRQSRMDTDLETMDLDQGGEALAPRQVLDLEDLVFTQGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 YQLHETEKEDLIREERSRRERVRQSRMDTDLETMDLDQGGEALAPRQVLDLEDLVFTQGS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 HFMANKRCQLPDGSFRRQRKGYEEVHVPALKPKPFGSEEQLLPVEKLPKYAQAGFEGFKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 HFMANKRCQLPDGSFRRQRKGYEEVHVPALKPKPFGSEEQLLPVEKLPKYAQAGFEGFKT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 LNRIQSKLYRAALETDENLLLCAPTGAGKTNVALMCMLREIGKHINMDGTINVDDFKIIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 LNRIQSKLYRAALETDENLLLCAPTGAGKTNVALMCMLREIGKHINMDGTINVDDFKIIY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 IAPMRSLVQEMVGSFGKRLATYGITVAELTGDHQLCKEEISATQIIVCTPEKWDIITRKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 IAPMRSLVQEMVGSFGKRLATYGITVAELTGDHQLCKEEISATQIIVCTPEKWDIITRKG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 GERTYTQLVRLIILDEIHLLHDDRGPVLEALVARAIRNIEMTQEDVRLIGLSATLPNYED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 GERTYTQLVRLIILDEIHLLHDDRGPVLEALVARAIRNIEMTQEDVRLIGLSATLPNYED
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 VATFLRVDPAKGLFYFDNSFRPVPLEQTYVGITEKKAIKRFQIMNEIVYEKIMEHAGKNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 VATFLRVDPAKGLFYFDNSFRPVPLEQTYVGITEKKAIKRFQIMNEIVYEKIMEHAGKNQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 VLVFVHSRKETGKTARAIRDMCLEKDTLGLFLREGSASTEVLRTEAEQCKNLELKDLLPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 VLVFVHSRKETGKTARAIRDMCLEKDTLGLFLREGSASTEVLRTEAEQCKNLELKDLLPY
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 GFAIHHAGMTRVDRTLVEDLFADKHIQVLVSTATLAWGVNLPAHTVIIKGTQVYSPEKGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 GFAIHHAGMTRVDRTLVEDLFADKHIQVLVSTATLAWGVNLPAHTVIIKGTQVYSPEKGR
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 WTELGALDILQMLGRAGRPQYDTKGEGILITSHGELQYYLSLLNQQLPIESQMVSKLPDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 WTELGALDILQMLGRAGRPQYDTKGEGILITSHGELQYYLSLLNQQLPIESQMVSKLPDM
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE2 LNAEIVLGNVQNAKDAVNWLGYAYLYIRMLRSPTLYGISHDDLKGDPLLDQRRLDLVHTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 LNAEIVLGNVQNAKDAVNWLGYAYLYIRMLRSPTLYGISHDDLKGDPLLDQRRLDLVHTA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE2 ALMLDKNNLVKYDKKTGNFQVTELGRIASHYYITNDTVQTYNQLLKPTLSEIELFRVFSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 ALMLDKNNLVKYDKKTGNFQVTELGRIASHYYITNDTVQTYNQLLKPTLSEIELFRVFSL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE2 SSEFKNITVREEEKLELQKLLERVPIPVKESIEEPSAKINVLLQAFISQLKLEGFALMAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 SSEFKNITVREEEKLELQKLLERVPIPVKESIEEPSAKINVLLQAFISQLKLEGFALMAD
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE2 MVYVTQSAGRLMRAIFEIVLNRGWAQLTDKTLNLCKMIDKRMWQSMCPLRQFRKLPEEVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 MVYVTQSAGRLMRAIFEIVLNRGWAQLTDKTLNLCKMIDKRMWQSMCPLRQFRKLPEEVV
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KE2 KKIEKKNFPFERLYDLNHNEIGELIRMPKMGKTIHKYVHLFPKLELSVHLQPITRSTLKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 KKIEKKNFPFERLYDLNHNEIGELIRMPKMGKTIHKYVHLFPKLELSVHLQPITRSTLKV
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KE2 ELTITPDFQWDEKVHGSSEAFWILVEDVDSEVILHHEYFLLKAKYAQDEHLITFFVPVFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 ELTITPDFQWDEKVHGSSEAFWILVEDVDSEVILHHEYFLLKAKYAQDEHLITFFVPVFE
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KE2 PLPPQYFIRVVSDRWLSCETQLPVSFRHLILPEKYPPPTELLDLQPLPVSALRNSAFESL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 PLPPQYFIRVVSDRWLSCETQLPVSFRHLILPEKYPPPTELLDLQPLPVSALRNSAFESL
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KE2 YQDKFPFFNPIQTQVFNTVYNSDDNVFVGAPTGSGKTICAEFAILRMLLQSSEGRCVYIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 YQDKFPFFNPIQTQVFNTVYNSDDNVFVGAPTGSGKTICAEFAILRMLLQSSEGRCVYIT
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KE2 PMEALAEQVYMDWYEKFQDRLNKKVVLLTGETSTDLKLLGKGNIIISTPEKWDILSRRWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 PMEALAEQVYMDWYEKFQDRLNKKVVLLTGETSTDLKLLGKGNIIISTPEKWDILSRRWK
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KE2 QRKNVQNINLFVVDEVHLIGGENGPVLEVICSRMRYISSQIERPIRIVALSSSLSNAKDV
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NP_054 QRKNVQNINLFVVDEVHLIGGENGPVLEVICSRMRYISSQIERPIRIVALSSSLSNAKDV
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KE2 AHWLGCSATSTFNFHPNVRPVPLELHIQGFNISHTQTRLLSMAKPVYHAITKHSPKKPVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 AHWLGCSATSTFNFHPNVRPVPLELHIQGFNISHTQTRLLSMAKPVYHAITKHSPKKPVI
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KE2 VFVPSRKQTRLTAIDILTTCAADIQRQRFLHCTEKDLIPYLEKLSDSTLKETLLNGVGYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 VFVPSRKQTRLTAIDILTTCAADIQRQRFLHCTEKDLIPYLEKLSDSTLKETLLNGVGYL
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KE2 HEGLSPMERRLVEQLFSSGAIQVVVASRSLCWGMNVAAHLVIIMDTQYYNGKIHAYVDYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 HEGLSPMERRLVEQLFSSGAIQVVVASRSLCWGMNVAAHLVIIMDTQYYNGKIHAYVDYP
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KE2 IYDVLQMVGHANRPLQDDEGRCVIMCQGSKKDFFKKFLYEPLPVESHLDHCMHDHFNAEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 IYDVLQMVGHANRPLQDDEGRCVIMCQGSKKDFFKKFLYEPLPVESHLDHCMHDHFNAEI
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KE2 VTKTIENKQDAVDYLTWTFLYRRMTQNPNYYNLQGISHRHLSDHLSELVEQTLSDLEQSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 VTKTIENKQDAVDYLTWTFLYRRMTQNPNYYNLQGISHRHLSDHLSELVEQTLSDLEQSK
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KE2 CISIEDEMDVAPLNLGMIAAYYYINYTTIELFSMSLNAKTKVRGLIEIISNAAEYENIPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 CISIEDEMDVAPLNLGMIAAYYYINYTTIELFSMSLNAKTKVRGLIEIISNAAEYENIPI
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KE2 RHHEDNLLRQLAQKVPHKLNNPKFNDPHVKTNLLLQAHLSRMQLSAELQSDTEEILSKAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 RHHEDNLLRQLAQKVPHKLNNPKFNDPHVKTNLLLQAHLSRMQLSAELQSDTEEILSKAI
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KE2 RLIQACVDVLSSNGWLSPALAAMELAQMVTQAMWSKDSYLKQLPHFTSEHIKRCTDKGVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 RLIQACVDVLSSNGWLSPALAAMELAQMVTQAMWSKDSYLKQLPHFTSEHIKRCTDKGVE
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KE2 SVFDIMEMEDEERNALLQLTDSQIADVARFCNRYPNIELSYEVVDKDSIRSGGPVVVLVQ
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NP_054 SVFDIMEMEDEERNALLQLTDSQIADVARFCNRYPNIELSYEVVDKDSIRSGGPVVVLVQ
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