Result of FASTA (omim) for
pFN21AE2302
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2302, 2174 aa
1>>>pF1KE2302 2174 - 2174 aa - 2174 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0340+/-0.000432; mu= 3.2100+/- 0.027
mean_var=233.0949+/-47.689, 0's: 0 Z-trim(117.9): 9 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.084006
statistics sampled from 30253 (30262) to 30253 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.676), E-opt: 0.2 (0.355), width: 16
Scan time: 23.150
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005112 (OMIM: 603808) mediator of RNA polymeras (2174) 14845 1813.9 0
XP_011523854 (OMIM: 603808) PREDICTED: mediator of (1992) 13544 1656.2 0
XP_011523855 (OMIM: 603808) PREDICTED: mediator of (1951) 13259 1621.7 0
XP_011523853 (OMIM: 603808) PREDICTED: mediator of (2121) 12797 1565.7 0
XP_016874579 (OMIM: 608771,608808,616789) PREDICTE (2209) 4253 530.2 1e-148
NP_056150 (OMIM: 608771,608808,616789) mediator of (2210) 4157 518.6 3.2e-145
XP_011536384 (OMIM: 608771,608808,616789) PREDICTE (2212) 2890 365.0 5.4e-99
XP_011536383 (OMIM: 608771,608808,616789) PREDICTE (2221) 2890 365.0 5.4e-99
XP_011536382 (OMIM: 608771,608808,616789) PREDICTE (2222) 2890 365.0 5.4e-99
>>NP_005112 (OMIM: 603808) mediator of RNA polymerase II (2174 aa)
initn: 14845 init1: 14845 opt: 14845 Z-score: 9728.8 bits: 1813.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 14845; 100.0% identity (100.0% similar) in 2174 aa overlap (1-2174:1-2174)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MSASFVPNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKKYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MSASFVPNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKKYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 LKADVLGVWRRDQRPGRRELWIFWWGEDPSFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LKADVLGVWRRDQRPGRRELWIFWWGEDPSFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 KAVHNLLERCLMNRNFVRIGKWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KAVHNLLERCLMNRNFVRIGKWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 NQHQPVYLLSEEHITLAQQSNSPFQVILCPFGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 NQHQPVYLLSEEHITLAQQSNSPFQVILCPFGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 PISCCLKEMSEEKQEDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPACFVLVPQSDIPTPSPVGSTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 PISCCLKEMSEEKQEDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPACFVLVPQSDIPTPSPVGSTH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 CSSSCLGVHQVPASTRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSVQKWVKFSSVSDGFNSDST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 CSSSCLGVHQVPASTRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSVQKWVKFSSVSDGFNSDST
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 SHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRAQNKRKYSASSGGLCEEATAAKVASWDFVEATQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRAQNKRKYSASSGGLCEEATAAKVASWDFVEATQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 RTNCSCLRHKNLKSRNAGQQGQAPSLGQQQQILPKHKTNEKQEKSEKPQKRPLTPFHHRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 RTNCSCLRHKNLKSRNAGQQGQAPSLGQQQQILPKHKTNEKQEKSEKPQKRPLTPFHHRV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 SVSDDVGMDADSASQRLVISAPDSQVRFSNIRTNDVAKTPQMHGTEMANSPQPPPLSPHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SVSDDVGMDADSASQRLVISAPDSQVRFSNIRTNDVAKTPQMHGTEMANSPQPPPLSPHP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 CDVVDEGVTKTPSTPQSQHFYQMPTPDPLVPSKPMEDRIDSLSQSFPPQYQEAVEPTVYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 CDVVDEGVTKTPSTPQSQHFYQMPTPDPLVPSKPMEDRIDSLSQSFPPQYQEAVEPTVYV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 GTAVNLEEDEANIAWKYYKFPKKKDVEFLPPQLPSDKFKDDPVGPFGQESVTSVTELMVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GTAVNLEEDEANIAWKYYKFPKKKDVEFLPPQLPSDKFKDDPVGPFGQESVTSVTELMVQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 CKKPLKVSDELVQQYQIKNQCLSAIASDAEQEPKIDPYAFVEGDEEFLFPDKKDRQNSER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 CKKPLKVSDELVQQYQIKNQCLSAIASDAEQEPKIDPYAFVEGDEEFLFPDKKDRQNSER
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 EAGKKHKVEDGTSSVTVLSHEEDAMSLFSPSIKQDAPRPTSHARPPSTSLIYDSDLAVSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EAGKKHKVEDGTSSVTVLSHEEDAMSLFSPSIKQDAPRPTSHARPPSTSLIYDSDLAVSY
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 TDLDNLFNSDEDELTPGSKKSANGSDDKASCKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 TDLDNLFNSDEDELTPGSKKSANGSDDKASCKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPSL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 EQHIMGFSPMNMNNKEYGSMDTTPGGTVLEGNSSSIGAQFKIEVDEGFCSPKPSEIKDFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EQHIMGFSPMNMNNKEYGSMDTTPGGTVLEGNSSSIGAQFKIEVDEGFCSPKPSEIKDFS
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE2 YVYKPENCQILVGCSMFAPLKTLPSQYLPPIKLPEECIYRQSWTVGKLELLSSGPSMPFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 YVYKPENCQILVGCSMFAPLKTLPSQYLPPIKLPEECIYRQSWTVGKLELLSSGPSMPFI
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE2 KEGDGSNMDQEYGTAYTPQTHTSFGMPPSSAPPSNSGAGILPSPSTPRFPTPRTPRTPRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KEGDGSNMDQEYGTAYTPQTHTSFGMPPSSAPPSNSGAGILPSPSTPRFPTPRTPRTPRT
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE2 PRGAGGPASAQGSVKYENSDLYSPASTPSTCRPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSES
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NP_005 PRGAGGPASAQGSVKYENSDLYSPASTPSTCRPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSES
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE2 VMNLFKDCNFDSCCICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYRCTCGFSAVMNRKFGNNSGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VMNLFKDCNFDSCCICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYRCTCGFSAVMNRKFGNNSGL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KE2 FLEDELDIIGRNTDCGKEAEKRFEALRATSAEHVNGGLKESEKLSDDLILLLQDQCTNLF
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NP_005 FLEDELDIIGRNTDCGKEAEKRFEALRATSAEHVNGGLKESEKLSDDLILLLQDQCTNLF
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KE2 SPFGAADQDPFPKSGVISNWVRVEERDCCNDCYLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVKSSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SPFGAADQDPFPKSGVISNWVRVEERDCCNDCYLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVKSSC
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KE2 LHPWSKRNDVSMQCSQDILRMLLSLQPVLQDAIQKKRTVRPWGVQGPLTWQQFHKMAGRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LHPWSKRNDVSMQCSQDILRMLLSLQPVLQDAIQKKRTVRPWGVQGPLTWQQFHKMAGRG
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KE2 SYGTDESPEPLPIPTFLLGYDYDYLVLSPFALPYWERLMLEPYGSQRDIAYVVLCPENEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SYGTDESPEPLPIPTFLLGYDYDYLVLSPFALPYWERLMLEPYGSQRDIAYVVLCPENEA
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KE2 LLNGAKSFFRDLTAIYESCRLGQHRPVSRLLTDGIMRVGSTASKKLSEKLVAEWFSQAAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LLNGAKSFFRDLTAIYESCRLGQHRPVSRLLTDGIMRVGSTASKKLSEKLVAEWFSQAAD
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KE2 GNNEAFSKLKLYAQVCRYDLGPYLASLPLDSSLLSQPNLVAPTSQSLITPPQMTNTGNAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GNNEAFSKLKLYAQVCRYDLGPYLASLPLDSSLLSQPNLVAPTSQSLITPPQMTNTGNAN
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KE2 TPSATLASAASSTMTVTSGVAISTSVATANSTLTTASTSSSSSSNLNSGVSSNKLPSFPP
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NP_005 TPSATLASAASSTMTVTSGVAISTSVATANSTLTTASTSSSSSSNLNSGVSSNKLPSFPP
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KE2 FGSMNSNAAGSMSTQANTVQSGQLGGQQTSALQTAGISGESSSLPTQPHPDVSESTMDRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 FGSMNSNAAGSMSTQANTVQSGQLGGQQTSALQTAGISGESSSLPTQPHPDVSESTMDRD
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KE2 KVGIPTDGDSHAVTYPPAIVVYIIDPFTYENTDESTNSSSVWTLGLLRCFLEMVQTLPPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KVGIPTDGDSHAVTYPPAIVVYIIDPFTYENTDESTNSSSVWTLGLLRCFLEMVQTLPPH
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KE2 IKSTVSVQIIPCQYLLQPVKHEDREIYPQHLKSLAFSAFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 IKSTVSVQIIPCQYLLQPVKHEDREIYPQHLKSLAFSAFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGP
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KE2 GLAMETALRSPDRPECIRLYAPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GLAMETALRSPDRPECIRLYAPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQ
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KE2 RWILASCTDLYGELLETCIINIDVPNRARRKKSSARKFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 RWILASCTDLYGELLETCIINIDVPNRARRKKSSARKFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRV
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KE2 VIGRLGRIGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRLKDMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VIGRLGRIGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRLKDMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQ
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KE2 GSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTSQLNTPQDTSCTHILVFPTSASVQVASATYTTEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTSQLNTPQDTSCTHILVFPTSASVQVASATYTTEN
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KE2 LDLAFNPNNDGADGMGIFDLLDTGDDLDPDIINILPASPTGSPVHSPGSHYPHGGDAGKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LDLAFNPNNDGADGMGIFDLLDTGDDLDPDIINILPASPTGSPVHSPGSHYPHGGDAGKG
1990 2000 2010 2020 2030 2040
2050 2060 2070 2080 2090 2100
pF1KE2 QSTDRLLSTEPHEEVPNILQQPLALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QSTDRLLSTEPHEEVPNILQQPLALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASL
2050 2060 2070 2080 2090 2100
2110 2120 2130 2140 2150 2160
pF1KE2 HLHVPSVQSDELLHSKHSHPLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPATQDRRSCLPIHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 HLHVPSVQSDELLHSKHSHPLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPATQDRRSCLPIHF
2110 2120 2130 2140 2150 2160
2170
pF1KE2 VVLNQLYNFIMNML
::::::::::::::
NP_005 VVLNQLYNFIMNML
2170
>>XP_011523854 (OMIM: 603808) PREDICTED: mediator of RNA (1992 aa)
initn: 13544 init1: 13544 opt: 13544 Z-score: 8877.2 bits: 1656.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 13544; 100.0% identity (100.0% similar) in 1989 aa overlap (1-1989:1-1989)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MSASFVPNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKKYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSASFVPNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKKYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 LKADVLGVWRRDQRPGRRELWIFWWGEDPSFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LKADVLGVWRRDQRPGRRELWIFWWGEDPSFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 KAVHNLLERCLMNRNFVRIGKWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KAVHNLLERCLMNRNFVRIGKWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 NQHQPVYLLSEEHITLAQQSNSPFQVILCPFGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NQHQPVYLLSEEHITLAQQSNSPFQVILCPFGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 PISCCLKEMSEEKQEDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPACFVLVPQSDIPTPSPVGSTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PISCCLKEMSEEKQEDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPACFVLVPQSDIPTPSPVGSTH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 CSSSCLGVHQVPASTRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSVQKWVKFSSVSDGFNSDST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CSSSCLGVHQVPASTRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSVQKWVKFSSVSDGFNSDST
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 SHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRAQNKRKYSASSGGLCEEATAAKVASWDFVEATQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRAQNKRKYSASSGGLCEEATAAKVASWDFVEATQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 RTNCSCLRHKNLKSRNAGQQGQAPSLGQQQQILPKHKTNEKQEKSEKPQKRPLTPFHHRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RTNCSCLRHKNLKSRNAGQQGQAPSLGQQQQILPKHKTNEKQEKSEKPQKRPLTPFHHRV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 SVSDDVGMDADSASQRLVISAPDSQVRFSNIRTNDVAKTPQMHGTEMANSPQPPPLSPHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SVSDDVGMDADSASQRLVISAPDSQVRFSNIRTNDVAKTPQMHGTEMANSPQPPPLSPHP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 CDVVDEGVTKTPSTPQSQHFYQMPTPDPLVPSKPMEDRIDSLSQSFPPQYQEAVEPTVYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CDVVDEGVTKTPSTPQSQHFYQMPTPDPLVPSKPMEDRIDSLSQSFPPQYQEAVEPTVYV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 GTAVNLEEDEANIAWKYYKFPKKKDVEFLPPQLPSDKFKDDPVGPFGQESVTSVTELMVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GTAVNLEEDEANIAWKYYKFPKKKDVEFLPPQLPSDKFKDDPVGPFGQESVTSVTELMVQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 CKKPLKVSDELVQQYQIKNQCLSAIASDAEQEPKIDPYAFVEGDEEFLFPDKKDRQNSER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CKKPLKVSDELVQQYQIKNQCLSAIASDAEQEPKIDPYAFVEGDEEFLFPDKKDRQNSER
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 EAGKKHKVEDGTSSVTVLSHEEDAMSLFSPSIKQDAPRPTSHARPPSTSLIYDSDLAVSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EAGKKHKVEDGTSSVTVLSHEEDAMSLFSPSIKQDAPRPTSHARPPSTSLIYDSDLAVSY
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 TDLDNLFNSDEDELTPGSKKSANGSDDKASCKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TDLDNLFNSDEDELTPGSKKSANGSDDKASCKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPSL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 EQHIMGFSPMNMNNKEYGSMDTTPGGTVLEGNSSSIGAQFKIEVDEGFCSPKPSEIKDFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EQHIMGFSPMNMNNKEYGSMDTTPGGTVLEGNSSSIGAQFKIEVDEGFCSPKPSEIKDFS
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE2 YVYKPENCQILVGCSMFAPLKTLPSQYLPPIKLPEECIYRQSWTVGKLELLSSGPSMPFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YVYKPENCQILVGCSMFAPLKTLPSQYLPPIKLPEECIYRQSWTVGKLELLSSGPSMPFI
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE2 KEGDGSNMDQEYGTAYTPQTHTSFGMPPSSAPPSNSGAGILPSPSTPRFPTPRTPRTPRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KEGDGSNMDQEYGTAYTPQTHTSFGMPPSSAPPSNSGAGILPSPSTPRFPTPRTPRTPRT
970 980 990 1000 1010 1020
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pF1KE2 PRGAGGPASAQGSVKYENSDLYSPASTPSTCRPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PRGAGGPASAQGSVKYENSDLYSPASTPSTCRPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSES
1030 1040 1050 1060 1070 1080
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pF1KE2 VMNLFKDCNFDSCCICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYRCTCGFSAVMNRKFGNNSGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VMNLFKDCNFDSCCICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYRCTCGFSAVMNRKFGNNSGL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
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pF1KE2 FLEDELDIIGRNTDCGKEAEKRFEALRATSAEHVNGGLKESEKLSDDLILLLQDQCTNLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FLEDELDIIGRNTDCGKEAEKRFEALRATSAEHVNGGLKESEKLSDDLILLLQDQCTNLF
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pF1KE2 SPFGAADQDPFPKSGVISNWVRVEERDCCNDCYLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVKSSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SPFGAADQDPFPKSGVISNWVRVEERDCCNDCYLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVKSSC
1210 1220 1230 1240 1250 1260
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pF1KE2 LHPWSKRNDVSMQCSQDILRMLLSLQPVLQDAIQKKRTVRPWGVQGPLTWQQFHKMAGRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LHPWSKRNDVSMQCSQDILRMLLSLQPVLQDAIQKKRTVRPWGVQGPLTWQQFHKMAGRG
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pF1KE2 SYGTDESPEPLPIPTFLLGYDYDYLVLSPFALPYWERLMLEPYGSQRDIAYVVLCPENEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SYGTDESPEPLPIPTFLLGYDYDYLVLSPFALPYWERLMLEPYGSQRDIAYVVLCPENEA
1330 1340 1350 1360 1370 1380
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pF1KE2 LLNGAKSFFRDLTAIYESCRLGQHRPVSRLLTDGIMRVGSTASKKLSEKLVAEWFSQAAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LLNGAKSFFRDLTAIYESCRLGQHRPVSRLLTDGIMRVGSTASKKLSEKLVAEWFSQAAD
1390 1400 1410 1420 1430 1440
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pF1KE2 GNNEAFSKLKLYAQVCRYDLGPYLASLPLDSSLLSQPNLVAPTSQSLITPPQMTNTGNAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GNNEAFSKLKLYAQVCRYDLGPYLASLPLDSSLLSQPNLVAPTSQSLITPPQMTNTGNAN
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pF1KE2 TPSATLASAASSTMTVTSGVAISTSVATANSTLTTASTSSSSSSNLNSGVSSNKLPSFPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TPSATLASAASSTMTVTSGVAISTSVATANSTLTTASTSSSSSSNLNSGVSSNKLPSFPP
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pF1KE2 FGSMNSNAAGSMSTQANTVQSGQLGGQQTSALQTAGISGESSSLPTQPHPDVSESTMDRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FGSMNSNAAGSMSTQANTVQSGQLGGQQTSALQTAGISGESSSLPTQPHPDVSESTMDRD
1570 1580 1590 1600 1610 1620
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pF1KE2 KVGIPTDGDSHAVTYPPAIVVYIIDPFTYENTDESTNSSSVWTLGLLRCFLEMVQTLPPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KVGIPTDGDSHAVTYPPAIVVYIIDPFTYENTDESTNSSSVWTLGLLRCFLEMVQTLPPH
1630 1640 1650 1660 1670 1680
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pF1KE2 IKSTVSVQIIPCQYLLQPVKHEDREIYPQHLKSLAFSAFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IKSTVSVQIIPCQYLLQPVKHEDREIYPQHLKSLAFSAFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGP
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KE2 GLAMETALRSPDRPECIRLYAPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GLAMETALRSPDRPECIRLYAPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQ
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pF1KE2 RWILASCTDLYGELLETCIINIDVPNRARRKKSSARKFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RWILASCTDLYGELLETCIINIDVPNRARRKKSSARKFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRV
1810 1820 1830 1840 1850 1860
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pF1KE2 VIGRLGRIGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRLKDMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VIGRLGRIGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRLKDMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQ
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pF1KE2 GSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTSQLNTPQDTSCTHILVFPTSASVQVASATYTTEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTSQLNTPQDTSCTHILVFPTSASVQVASATYTTEN
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
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:::::::::
XP_011 LDLAFNPNNGPL
1990
>>XP_011523855 (OMIM: 603808) PREDICTED: mediator of RNA (1951 aa)
initn: 13259 init1: 13259 opt: 13259 Z-score: 8690.7 bits: 1621.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 13259; 100.0% identity (100.0% similar) in 1951 aa overlap (224-2174:1-1951)
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 ITLAQQSNSPFQVILCPFGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFYPISCCLKEMSEEK
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSDSATKKLIGEWKQFYPISCCLKEMSEEK
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pF1KE2 QEDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPACFVLVPQSDIPTPSPVGSTHCSSSCLGVHQVPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QEDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPACFVLVPQSDIPTPSPVGSTHCSSSCLGVHQVPA
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pF1KE2 STRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSVQKWVKFSSVSDGFNSDSTSHHGGKIPRKLAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 STRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSVQKWVKFSSVSDGFNSDSTSHHGGKIPRKLAN
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pF1KE2 HVVDRVWQECNMNRAQNKRKYSASSGGLCEEATAAKVASWDFVEATQRTNCSCLRHKNLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HVVDRVWQECNMNRAQNKRKYSASSGGLCEEATAAKVASWDFVEATQRTNCSCLRHKNLK
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pF1KE2 SRNAGQQGQAPSLGQQQQILPKHKTNEKQEKSEKPQKRPLTPFHHRVSVSDDVGMDADSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SRNAGQQGQAPSLGQQQQILPKHKTNEKQEKSEKPQKRPLTPFHHRVSVSDDVGMDADSA
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pF1KE2 SQRLVISAPDSQVRFSNIRTNDVAKTPQMHGTEMANSPQPPPLSPHPCDVVDEGVTKTPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SQRLVISAPDSQVRFSNIRTNDVAKTPQMHGTEMANSPQPPPLSPHPCDVVDEGVTKTPS
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pF1KE2 TPQSQHFYQMPTPDPLVPSKPMEDRIDSLSQSFPPQYQEAVEPTVYVGTAVNLEEDEANI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TPQSQHFYQMPTPDPLVPSKPMEDRIDSLSQSFPPQYQEAVEPTVYVGTAVNLEEDEANI
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pF1KE2 AWKYYKFPKKKDVEFLPPQLPSDKFKDDPVGPFGQESVTSVTELMVQCKKPLKVSDELVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AWKYYKFPKKKDVEFLPPQLPSDKFKDDPVGPFGQESVTSVTELMVQCKKPLKVSDELVQ
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pF1KE2 QYQIKNQCLSAIASDAEQEPKIDPYAFVEGDEEFLFPDKKDRQNSEREAGKKHKVEDGTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QYQIKNQCLSAIASDAEQEPKIDPYAFVEGDEEFLFPDKKDRQNSEREAGKKHKVEDGTS
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pF1KE2 SVTVLSHEEDAMSLFSPSIKQDAPRPTSHARPPSTSLIYDSDLAVSYTDLDNLFNSDEDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SVTVLSHEEDAMSLFSPSIKQDAPRPTSHARPPSTSLIYDSDLAVSYTDLDNLFNSDEDE
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pF1KE2 LTPGSKKSANGSDDKASCKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPSLEQHIMGFSPMNMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LTPGSKKSANGSDDKASCKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPSLEQHIMGFSPMNMN
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pF1KE2 NKEYGSMDTTPGGTVLEGNSSSIGAQFKIEVDEGFCSPKPSEIKDFSYVYKPENCQILVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NKEYGSMDTTPGGTVLEGNSSSIGAQFKIEVDEGFCSPKPSEIKDFSYVYKPENCQILVG
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pF1KE2 CSMFAPLKTLPSQYLPPIKLPEECIYRQSWTVGKLELLSSGPSMPFIKEGDGSNMDQEYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CSMFAPLKTLPSQYLPPIKLPEECIYRQSWTVGKLELLSSGPSMPFIKEGDGSNMDQEYG
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pF1KE2 TAYTPQTHTSFGMPPSSAPPSNSGAGILPSPSTPRFPTPRTPRTPRTPRGAGGPASAQGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TAYTPQTHTSFGMPPSSAPPSNSGAGILPSPSTPRFPTPRTPRTPRTPRGAGGPASAQGS
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pF1KE2 VKYENSDLYSPASTPSTCRPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSESVMNLFKDCNFDSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VKYENSDLYSPASTPSTCRPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSESVMNLFKDCNFDSC
820 830 840 850 860 870
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pF1KE2 CICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYRCTCGFSAVMNRKFGNNSGLFLEDELDIIGRNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYRCTCGFSAVMNRKFGNNSGLFLEDELDIIGRNT
880 890 900 910 920 930
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pF1KE2 DCGKEAEKRFEALRATSAEHVNGGLKESEKLSDDLILLLQDQCTNLFSPFGAADQDPFPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DCGKEAEKRFEALRATSAEHVNGGLKESEKLSDDLILLLQDQCTNLFSPFGAADQDPFPK
940 950 960 970 980 990
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pF1KE2 SGVISNWVRVEERDCCNDCYLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVKSSCLHPWSKRNDVSMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SGVISNWVRVEERDCCNDCYLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVKSSCLHPWSKRNDVSMQ
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pF1KE2 CSQDILRMLLSLQPVLQDAIQKKRTVRPWGVQGPLTWQQFHKMAGRGSYGTDESPEPLPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 CSQDILRMLLSLQPVLQDAIQKKRTVRPWGVQGPLTWQQFHKMAGRGSYGTDESPEPLPI
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pF1KE2 PTFLLGYDYDYLVLSPFALPYWERLMLEPYGSQRDIAYVVLCPENEALLNGAKSFFRDLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PTFLLGYDYDYLVLSPFALPYWERLMLEPYGSQRDIAYVVLCPENEALLNGAKSFFRDLT
1120 1130 1140 1150 1160 1170
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pF1KE2 AIYESCRLGQHRPVSRLLTDGIMRVGSTASKKLSEKLVAEWFSQAADGNNEAFSKLKLYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AIYESCRLGQHRPVSRLLTDGIMRVGSTASKKLSEKLVAEWFSQAADGNNEAFSKLKLYA
1180 1190 1200 1210 1220 1230
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pF1KE2 QVCRYDLGPYLASLPLDSSLLSQPNLVAPTSQSLITPPQMTNTGNANTPSATLASAASST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QVCRYDLGPYLASLPLDSSLLSQPNLVAPTSQSLITPPQMTNTGNANTPSATLASAASST
1240 1250 1260 1270 1280 1290
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pF1KE2 MTVTSGVAISTSVATANSTLTTASTSSSSSSNLNSGVSSNKLPSFPPFGSMNSNAAGSMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MTVTSGVAISTSVATANSTLTTASTSSSSSSNLNSGVSSNKLPSFPPFGSMNSNAAGSMS
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pF1KE2 TQANTVQSGQLGGQQTSALQTAGISGESSSLPTQPHPDVSESTMDRDKVGIPTDGDSHAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TQANTVQSGQLGGQQTSALQTAGISGESSSLPTQPHPDVSESTMDRDKVGIPTDGDSHAV
1360 1370 1380 1390 1400 1410
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pF1KE2 TYPPAIVVYIIDPFTYENTDESTNSSSVWTLGLLRCFLEMVQTLPPHIKSTVSVQIIPCQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TYPPAIVVYIIDPFTYENTDESTNSSSVWTLGLLRCFLEMVQTLPPHIKSTVSVQIIPCQ
1420 1430 1440 1450 1460 1470
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pF1KE2 YLLQPVKHEDREIYPQHLKSLAFSAFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGPGLAMETALRSPDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YLLQPVKHEDREIYPQHLKSLAFSAFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGPGLAMETALRSPDR
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pF1KE2 PECIRLYAPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQRWILASCTDLYGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PECIRLYAPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQRWILASCTDLYGE
1540 1550 1560 1570 1580 1590
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pF1KE2 LLETCIINIDVPNRARRKKSSARKFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRVVIGRLGRIGHGEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LLETCIINIDVPNRARRKKSSARKFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRVVIGRLGRIGHGEL
1600 1610 1620 1630 1640 1650
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pF1KE2 KDWSCLLSRRNLQSLSKRLKDMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVIMPDSVSTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KDWSCLLSRRNLQSLSKRLKDMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVIMPDSVSTG
1660 1670 1680 1690 1700 1710
1940 1950 1960 1970 1980 1990
pF1KE2 SVFGRSTTLNMQTSQLNTPQDTSCTHILVFPTSASVQVASATYTTENLDLAFNPNNDGAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SVFGRSTTLNMQTSQLNTPQDTSCTHILVFPTSASVQVASATYTTENLDLAFNPNNDGAD
1720 1730 1740 1750 1760 1770
2000 2010 2020 2030 2040 2050
pF1KE2 GMGIFDLLDTGDDLDPDIINILPASPTGSPVHSPGSHYPHGGDAGKGQSTDRLLSTEPHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GMGIFDLLDTGDDLDPDIINILPASPTGSPVHSPGSHYPHGGDAGKGQSTDRLLSTEPHE
1780 1790 1800 1810 1820 1830
2060 2070 2080 2090 2100 2110
pF1KE2 EVPNILQQPLALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASLHLHVPSVQSDELL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EVPNILQQPLALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASLHLHVPSVQSDELL
1840 1850 1860 1870 1880 1890
2120 2130 2140 2150 2160 2170
pF1KE2 HSKHSHPLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPATQDRRSCLPIHFVVLNQLYNFIMNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HSKHSHPLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPATQDRRSCLPIHFVVLNQLYNFIMNM
1900 1910 1920 1930 1940 1950
pF1KE2 L
:
XP_011 L
>>XP_011523853 (OMIM: 603808) PREDICTED: mediator of RNA (2121 aa)
initn: 12797 init1: 12797 opt: 12797 Z-score: 8387.5 bits: 1565.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 14364; 97.6% identity (97.6% similar) in 2174 aa overlap (1-2174:1-2121)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MSASFVPNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKKYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSASFVPNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKKYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRC
10 20 30 40 50 60
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pF1KE2 LKADVLGVWRRDQRPGRRELWIFWWGEDPSFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LKADVLGVWRRDQRPGRRELWIFWWGEDPSFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 KAVHNLLERCLMNRNFVRIGKWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KAVHNLLERCLMNRNFVRIGKWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEI
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]