Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2236
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2236, 476 aa
1>>>pF1KE2236 476 - 476 aa - 476 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1102+/-0.000737; mu= 13.9651+/- 0.045
mean_var=73.9318+/-14.499, 0's: 0 Z-trim(110.2): 37 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.149162
statistics sampled from 11385 (11422) to 11385 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.715), E-opt: 0.2 (0.351), width: 16
Scan time: 3.020
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8321.1 MMP10 gene_id:4319|Hs108|chr11 ( 476) 3286 716.2 1.9e-206
CCDS8323.1 MMP3 gene_id:4314|Hs108|chr11 ( 477) 2651 579.5 2.6e-165
CCDS73375.1 MMP12 gene_id:4321|Hs108|chr11 ( 470) 1633 360.4 2.3e-99
CCDS8318.1 MMP20 gene_id:9313|Hs108|chr11 ( 483) 1442 319.3 5.6e-87
CCDS8324.1 MMP13 gene_id:4322|Hs108|chr11 ( 471) 1009 226.2 6.1e-59
CCDS8322.1 MMP1 gene_id:4312|Hs108|chr11 ( 469) 967 217.1 3.2e-56
CCDS8320.1 MMP8 gene_id:4317|Hs108|chr11 ( 467) 909 204.6 1.8e-52
CCDS13816.1 MMP11 gene_id:4320|Hs108|chr22 ( 488) 880 198.4 1.4e-50
CCDS8895.1 MMP19 gene_id:4327|Hs108|chr12 ( 508) 848 191.5 1.8e-48
CCDS8317.1 MMP7 gene_id:4316|Hs108|chr11 ( 267) 835 188.6 6.8e-48
CCDS8319.1 MMP27 gene_id:64066|Hs108|chr11 ( 513) 742 168.7 1.3e-41
CCDS10752.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 660) 638 146.4 8.9e-35
CCDS45487.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 610) 619 142.3 1.4e-33
CCDS7752.1 MMP26 gene_id:56547|Hs108|chr11 ( 261) 600 138.1 1.1e-32
CCDS13390.1 MMP9 gene_id:4318|Hs108|chr20 ( 707) 603 138.8 1.8e-32
CCDS76869.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 584) 599 137.9 2.7e-32
CCDS46593.1 MMP24 gene_id:10893|Hs108|chr20 ( 645) 590 136.0 1.1e-31
CCDS9577.1 MMP14 gene_id:4323|Hs108|chr14 ( 582) 544 126.1 9.8e-29
CCDS31927.1 MMP17 gene_id:4326|Hs108|chr12 ( 603) 544 126.1 1e-28
CCDS7647.1 MMP21 gene_id:118856|Hs108|chr10 ( 569) 455 107.0 5.6e-23
CCDS76996.1 MMP28 gene_id:79148|Hs108|chr17 ( 393) 449 105.6 9.8e-23
CCDS74036.1 MMP28 gene_id:79148|Hs108|chr17 ( 520) 449 105.7 1.3e-22
CCDS10792.1 MMP15 gene_id:4324|Hs108|chr16 ( 669) 411 97.5 4.6e-20
CCDS6246.1 MMP16 gene_id:4325|Hs108|chr8 ( 607) 403 95.8 1.4e-19
CCDS7763.1 HPX gene_id:3263|Hs108|chr11 ( 462) 302 74.0 3.8e-13
CCDS61146.1 MMP19 gene_id:4327|Hs108|chr12 ( 305) 290 71.4 1.5e-12
>>CCDS8321.1 MMP10 gene_id:4319|Hs108|chr11 (476 aa)
initn: 3286 init1: 3286 opt: 3286 Z-score: 3819.8 bits: 716.2 E(32554): 1.9e-206
Smith-Waterman score: 3286; 100.0% identity (100.0% similar) in 476 aa overlap (1-476:1-476)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MMHLAFLVLLCLPVCSAYPLSGAAKEEDSNKDLAQQYLEKYYNLEKDVKQFRRKDSNLIV
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CCDS83 MMHLAFLVLLCLPVCSAYPLSGAAKEEDSNKDLAQQYLEKYYNLEKDVKQFRRKDSNLIV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 KKIQGMQKFLGLEVTGKLDTDTLEVMRKPRCGVPDVGHFSSFPGMPKWRKTHLTYRIVNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 KKIQGMQKFLGLEVTGKLDTDTLEVMRKPRCGVPDVGHFSSFPGMPKWRKTHLTYRIVNY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TPDLPRDAVDSAIEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVKEHGDFYSFDGPGHSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 TPDLPRDAVDSAIEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVKEHGDFYSFDGPGHSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 AHAYPPGPGLYGDIHFDDDEKWTEDASGTNLFLVAAHELGHSLGLFHSANTEALMYPLYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 AHAYPPGPGLYGDIHFDDDEKWTEDASGTNLFLVAAHELGHSLGLFHSANTEALMYPLYN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 SFTELAQFRLSQDDVNGIQSLYGPPPASTEEPLVPTKSVPSGSEMPAKCDPALSFDAIST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 SFTELAQFRLSQDDVNGIQSLYGPPPASTEEPLVPTKSVPSGSEMPAKCDPALSFDAIST
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 LRGEYLFFKDRYFWRRSHWNPEPEFHLISAFWPSLPSYLDAAYEVNSRDTVFIFKGNEFW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LRGEYLFFKDRYFWRRSHWNPEPEFHLISAFWPSLPSYLDAAYEVNSRDTVFIFKGNEFW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 AIRGNEVQAGYPRGIHTLGFPPTIRKIDAAVSDKEKKKTYFFAADKYWRFDENSQSMEQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 AIRGNEVQAGYPRGIHTLGFPPTIRKIDAAVSDKEKKKTYFFAADKYWRFDENSQSMEQG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE2 FPRLIADDFPGVEPKVDAVLQAFGFFYFFSGSSQFEFDPNARMVTHILKSNSWLHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 FPRLIADDFPGVEPKVDAVLQAFGFFYFFSGSSQFEFDPNARMVTHILKSNSWLHC
430 440 450 460 470
>>CCDS8323.1 MMP3 gene_id:4314|Hs108|chr11 (477 aa)
initn: 2726 init1: 2443 opt: 2651 Z-score: 3081.2 bits: 579.5 E(32554): 2.6e-165
Smith-Waterman score: 2651; 78.2% identity (92.0% similar) in 477 aa overlap (1-476:1-477)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MMHLAFLVLLCLPVCSAYPLSGAAKEEDSNKDLAQQYLEKYYNLEKDVKQF-RRKDSNLI
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CCDS83 MKSLPILLLLCVAVCSAYPLDGAARGEDTSMNLVQKYLENYYDLKKDVKQFVRRKDSGPV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 VKKIQGMQKFLGLEVTGKLDTDTLEVMRKPRCGVPDVGHFSSFPGMPKWRKTHLTYRIVN
::::. ::::::::::::::.::::::::::::::::::: .:::.::::::::::::::
CCDS83 VKKIREMQKFLGLEVTGKLDSDTLEVMRKPRCGVPDVGHFRTFPGIPKWRKTHLTYRIVN
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 YTPDLPRDAVDSAIEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVKEHGDFYSFDGPGHS
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CCDS83 YTPDLPKDAVDSAVEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVREHGDFYPFDGPGNV
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 LAHAYPPGPGLYGDIHFDDDEKWTEDASGTNLFLVAAHELGHSLGLFHSANTEALMYPLY
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CCDS83 LAHAYAPGPGINGDAHFDDDEQWTKDTTGTNLFLVAAHEIGHSLGLFHSANTEALMYPLY
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 NSFTELAQFRLSQDDVNGIQSLYGPPPASTEEPLVPTKSVPSGSEMPAKCDPALSFDAIS
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CCDS83 HSLTDLTRFRLSQDDINGIQSLYGPPPDSPETPLVPTEPVPPEPGTPANCDPALSFDAVS
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 TLRGEYLFFKDRYFWRRSHWNPEPEFHLISAFWPSLPSYLDAAYEVNSRDTVFIFKGNEF
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CCDS83 TLRGEILIFKDRHFWRKSLRKLEPELHLISSFWPSLPSGVDAAYEVTSKDLVFIFKGNQF
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 WAIRGNEVQAGYPRGIHTLGFPPTIRKIDAAVSDKEKKKTYFFAADKYWRFDENSQSMEQ
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CCDS83 WAIRGNEVRAGYPRGIHTLGFPPTVRKIDAAISDKEKNKTYFFVEDKYWRFDEKRNSMEP
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 GFPRLIADDFPGVEPKVDAVLQAFGFFYFFSGSSQFEFDPNARMVTHILKSNSWLHC
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CCDS83 GFPKQIAEDFPGIDSKIDAVFEEFGFFYFFTGSSQLEFDPNAKKVTHTLKSNSWLNC
430 440 450 460 470
>>CCDS73375.1 MMP12 gene_id:4321|Hs108|chr11 (470 aa)
initn: 1672 init1: 794 opt: 1633 Z-score: 1897.4 bits: 360.4 E(32554): 2.3e-99
Smith-Waterman score: 1633; 49.6% identity (76.2% similar) in 478 aa overlap (2-476:1-470)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MMHLAFLVLLCLPVCSAYPLSGAAKEEDSNKDLAQQYLEKYYNLEKD-VKQFRRKDS-NL
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CCDS73 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYSGNL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 IVKKIQGMQKFLGLEVTGKLDTDTLEVMRKPRCGVPDVGHFSSFPGMPKWRKTHLTYRIV
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CCDS73 MKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGPVWRKHYITYRIN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 NYTPDLPRDAVDSAIEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVKEHGDFYSFDGPGH
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CCDS73 NYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDFHAFDGKGG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 SLAHAYPPGPGLYGDIHFDDDEKWTEDASGTNLFLVAAHELGHSLGLFHSANTEALMYPL
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CCDS73 ILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMFPT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 YNSFTELAQFRLSQDDVNGIQSLYGPPPASTEEPLVPTKSVPSGSEMPAKCDPALSFDAI
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CCDS73 YK-YVDINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLP------NPDNSE-PALCDPNLSFDAV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 STLRGEYLFFKDRYFWRRSHWNPEPEFHLISAFWPSLPSYLDAAYEVNSRDTVFIFKGNE
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CCDS73 TTVGNKIFFFKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 FWAIRGNEVQAGYPRGIHTLGFPPTIRKIDAAVSDKEKKKTYFFAADKYWRFDENSQSME
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CCDS73 YWLISNLRPEPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMMD
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 QGFPRLIADDFPGVEPKVDAVLQAFG-FFYFFSGSSQFEFDPNARMVTHILKSNSWLHC
:.:.::. .: :. ::.:::. . . ..:::.::.:::.: . .:. ::::::. :
CCDS73 PGYPKLITKNFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
420 430 440 450 460 470
>>CCDS8318.1 MMP20 gene_id:9313|Hs108|chr11 (483 aa)
initn: 1326 init1: 764 opt: 1442 Z-score: 1675.1 bits: 319.3 E(32554): 5.6e-87
Smith-Waterman score: 1442; 45.6% identity (71.5% similar) in 478 aa overlap (4-476:9-483)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MMHLAFLVLLCLPVCSAYP--LSGAAKEEDSNKDLAQQYLEKYY-NLE-KDVKQF
:: .... : .: : .... . .: ::: ::.::: : : ... ..
CCDS83 MKVLPASGLAVFLIMALKFSTAAPSLVAASPRTWRNNYRLAQAYLDKYYTNKEGHQIGEM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 RRKDSNLIVKKIQGMQKFLGLEVTGKLDTDTLEVMRKPRCGVPDVGHFSSFPGMPKWRKT
. :: ...::. .: :.::.:::::: :..:..:::::::::... ::: :::.:.
CCDS83 VARGSNSMIRKIKELQAFFGLQVTGKLDQTTMNVIKKPRCGVPDVANYRLFPGEPKWKKN
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 HLTYRIVNYTPDLPRDAVDSAIEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVKEHGDFY
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CCDS83 TLTYRISKYTPSMSSVEVDKAVEMALQAWSSAVPLSFVRINSGEADIMISFENGDHGDSY
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 SFDGPGHSLAHAYPPGPGLYGDIHFDDDEKWTEDASGTNLFLVAAHELGHSLGLFHSANT
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CCDS83 PFDGPRGTLAHAFAPGEGLGGDTHFDNAEKWTMGTNGFNLFTVAAHEFGHALGLAHSTDP
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 EALMYPLYNSFTELAQFRLSQDDVNGIQSLYGPPPASTEEPLVPTKSVPSGSEMPAKCDP
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CCDS83 SALMYPTYK-YKNPYGFHLPKDDVKGIQALYGPRKVFLGKPTLPHAPHHKPS-IPDLCDS
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 ALSFDAISTLRGEYLFFKDRYFWRRS-HWNPEPEFHLISAFWPSLPSYLDAAYEVNSRDT
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CCDS83 SSSFDAVTMLGKELLLFKDRIFWRRQVHLRTGIRPSTITSSFPQLMSNVDAAYEVAERGT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 VFIFKGNEFWAIRGNEVQAGYPRGIHTLGFPPTIRKIDAAVSDKEKKKTYFFAADKYWRF
...::: ..: :: ..: : :: :. .::: ...::::: .: .:: ::..:.:. .
CCDS83 AYFFKGPHYWITRGFQMQ-GPPRTIYDFGFPRHVQQIDAAVYLREPQKTLFFVGDEYYSY
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 DENSQSMEQGFPRLIADDFPGVEPKVDAVLQAFGFFYFFSGSSQFEFDPNARMVTHILKS
:: ...::. .:. ..: ::. ..::... :..::::: . ...: . . :. ..::
CCDS83 DERKRKMEKDYPKNTEEEFSGVNGQIDAAVELNGYIYFFSGPKTYKYDTEKEDVVSVVKS
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 NSWLHC
.::. :
CCDS83 SSWIGC
480
>>CCDS8324.1 MMP13 gene_id:4322|Hs108|chr11 (471 aa)
initn: 1638 init1: 865 opt: 1009 Z-score: 1171.7 bits: 226.2 E(32554): 6.1e-59
Smith-Waterman score: 1637; 49.7% identity (76.3% similar) in 481 aa overlap (2-476:1-471)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MMH---LAFLVLLCLPVCSAYPLSGAAKEED-SNKDL--AQQYLEKYYNLEKDVKQFRRK
:: :: ...: : : :: ... :.: :..:: :..::..::. . . ....
CCDS83 MHPGVLAAFLFLSWTHCRALPLPSGGDEDDLSEEDLQFAERYLRSYYHPTNLAGILKEN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 DSNLIVKKIQGMQKFLGLEVTGKLDTDTLEVMRKPRCGVPDVGHFSSFPGMPKWRKTHLT
.. ...... ::.:.::::::::: .::.::.::::::::::... :: :: : .::
CCDS83 AASSMTERLREMQSFFGLEVTGKLDDNTLDVMKKPRCGVPDVGEYNVFPRTLKWSKMNLT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 YRIVNYTPDLPRDAVDSAIEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVKEHGDFYSFD
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CCDS83 YRIVNYTPDMTHSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDFYPFD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 GPGHSLAHAYPPGPGLYGDIHFDDDEKWTEDASGTNLFLVAAHELGHSLGLFHSANTEAL
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CCDS83 GPSGLLAHAFPPGPNYGGDAHFDDDETWTSSSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKDPGAL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 MYPLYNSFTELAQFRLSQDDVNGIQSLYGPPPASTEEPLVPTKSVPSGSEMPAKCDPALS
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CCDS83 MFPIY-TYTGKSHFMLPDDDVQGIQSLYGP---GDEDP------NPKHPKTPDKCDPSLS
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 FDAISTLRGEYLFFKDRYFWRRSHWNPEPEFHLISAFWPSLPSYLDAAYEVNSRDTVFIF
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CCDS83 LDAITSLRGETMIFKDRFFWRLHPQQVDAELFLTKSFWPELPNRIDAAYEHPSHDLIFIF
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 KGNEFWAIRGNEVQAGYPRGIHTLGFPPTIRKIDAAVSDKEKKKTYFFAADKYWRFDENS
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CCDS83 RGRKFWALNGYDILEGYPKKISELGLPKEVKKISAAVHFEDTGKTLLFSGNQVWRYDDTN
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:
CCDS83 WC
470
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CCDS83 RKN
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CCDS83 NQYWALSGYDILQGYPKDISNYGFPSSVQAIDAAVF--YRSKTYFFVNDQFWRYDNQRQF
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CCDS83 RYG
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..:::
CCDS13 WKFDPVKVKALEGFPRLVGPDFFGCAEPANTFL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]