Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2192
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2192, 574 aa
1>>>pF1KE2192 574 - 574 aa - 574 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9518+/-0.000895; mu= 15.7269+/- 0.054
mean_var=83.8371+/-16.349, 0's: 0 Z-trim(106.7): 33 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.140074
statistics sampled from 9090 (9116) to 9090 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.28), width: 16
Scan time: 3.120
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS63768.1 MBD4 gene_id:8930|Hs108|chr3 ( 574) 3845 787.2 0
CCDS3058.1 MBD4 gene_id:8930|Hs108|chr3 ( 580) 3823 782.7 0
CCDS63766.1 MBD4 gene_id:8930|Hs108|chr3 ( 572) 3639 745.6 3.9e-215
CCDS63767.1 MBD4 gene_id:8930|Hs108|chr3 ( 540) 3505 718.5 5.3e-207
CCDS63769.1 MBD4 gene_id:8930|Hs108|chr3 ( 262) 1267 266.0 4e-71
>>CCDS63768.1 MBD4 gene_id:8930|Hs108|chr3 (574 aa)
initn: 3845 init1: 3845 opt: 3845 Z-score: 4200.8 bits: 787.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3845; 100.0% identity (100.0% similar) in 574 aa overlap (1-574:1-574)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGTTGLESLSLGDRGAAPTVTSSERLVPDPPNDLRKEDVAMELERVGEDEEQMMIKRSSE
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CCDS63 MGTTGLESLSLGDRGAAPTVTSSERLVPDPPNDLRKEDVAMELERVGEDEEQMMIKRSSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 CNPLLQEPIASAQFGATAGTECRKSVPCGWERVVKQRLFGKTAGRFDVYFISPQGLKFRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 CNPLLQEPIASAQFGATAGTECRKSVPCGWERVVKQRLFGKTAGRFDVYFISPQGLKFRS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 KSSLANYLHKNGETSLKPEDFDFTVLSKRGIKSRYKDCSMAALTSHLQNQSNNSNWNLRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 KSSLANYLHKNGETSLKPEDFDFTVLSKRGIKSRYKDCSMAALTSHLQNQSNNSNWNLRT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 RSKCKKDVFMPPSSSSELQESRGLSNFTSTHLLLKEDEGVDDVNFRKVRKPKGKVTILKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 RSKCKKDVFMPPSSSSELQESRGLSNFTSTHLLLKEDEGVDDVNFRKVRKPKGKVTILKG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 IPIKKTKKGCRKSCSGFVQSDSKRESVCNKADAESEPVAQKSQLDRTVCISDAGACGETL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 IPIKKTKKGCRKSCSGFVQSDSKRESVCNKADAESEPVAQKSQLDRTVCISDAGACGETL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SVTSEENSLVKKKERSLSSGSNFCSEQKTSGIINKFCSAKDSEHNEKYEDTFLESEEIGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SVTSEENSLVKKKERSLSSGSNFCSEQKTSGIINKFCSAKDSEHNEKYEDTFLESEEIGT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 KVEVVERKEHLHTDILKRGSEMDNNCSPTRKDFTEDTIPRTQIERRKTSLYFSSKYNKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 KVEVVERKEHLHTDILKRGSEMDNNCSPTRKDFTEDTIPRTQIERRKTSLYFSSKYNKEA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 LSPPRRKAFKKWTPPRSPFNLVQETLFHDPWKLLIATIFLNRTSGKMAIPVLWKFLEKYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 LSPPRRKAFKKWTPPRSPFNLVQETLFHDPWKLLIATIFLNRTSGKMAIPVLWKFLEKYP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 SAEVARTADWRDVSELLKPLGLYDLRAKTIVKFSDEYLTKQWKYPIELHGIGKYGNDSYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SAEVARTADWRDVSELLKPLGLYDLRAKTIVKFSDEYLTKQWKYPIELHGIGKYGNDSYR
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KE2 IFCVNEWKQVHPEDHKLNKYHDWLWENHEKLSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 IFCVNEWKQVHPEDHKLNKYHDWLWENHEKLSLS
550 560 570
>>CCDS3058.1 MBD4 gene_id:8930|Hs108|chr3 (580 aa)
initn: 2598 init1: 2598 opt: 3823 Z-score: 4176.7 bits: 782.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3823; 99.0% identity (99.0% similar) in 580 aa overlap (1-574:1-580)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGTTGLESLSLGDRGAAPTVTSSERLVPDPPNDLRKEDVAMELERVGEDEEQMMIKRSSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MGTTGLESLSLGDRGAAPTVTSSERLVPDPPNDLRKEDVAMELERVGEDEEQMMIKRSSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 CNPLLQEPIASAQFGATAGTECRKSVPCGWERVVKQRLFGKTAGRFDVYFISPQGLKFRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 CNPLLQEPIASAQFGATAGTECRKSVPCGWERVVKQRLFGKTAGRFDVYFISPQGLKFRS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 KSSLANYLHKNGETSLKPEDFDFTVLSKRGIKSRYKDCSMAALTSHLQNQSNNSNWNLRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 KSSLANYLHKNGETSLKPEDFDFTVLSKRGIKSRYKDCSMAALTSHLQNQSNNSNWNLRT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 RSKCKKDVFMPPSSSSELQESRGLSNFTSTHLLLKEDEGVDDVNFRKVRKPKGKVTILKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RSKCKKDVFMPPSSSSELQESRGLSNFTSTHLLLKEDEGVDDVNFRKVRKPKGKVTILKG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 IPIKKTKKGCRKSCSGFVQSDSKRESVCNKADAESEPVAQKSQLDRTVCISDAGACGETL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 IPIKKTKKGCRKSCSGFVQSDSKRESVCNKADAESEPVAQKSQLDRTVCISDAGACGETL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SVTSEENSLVKKKERSLSSGSNFCSEQKTSGIINKFCSAKDSEHNEKYEDTFLESEEIGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SVTSEENSLVKKKERSLSSGSNFCSEQKTSGIINKFCSAKDSEHNEKYEDTFLESEEIGT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE2 KVEVVERKEHLHTDILKRGSEMDNNCSPTRKDFT------EDTIPRTQIERRKTSLYFSS
:::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS30 KVEVVERKEHLHTDILKRGSEMDNNCSPTRKDFTGEKIFQEDTIPRTQIERRKTSLYFSS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 KYNKEALSPPRRKAFKKWTPPRSPFNLVQETLFHDPWKLLIATIFLNRTSGKMAIPVLWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 KYNKEALSPPRRKAFKKWTPPRSPFNLVQETLFHDPWKLLIATIFLNRTSGKMAIPVLWK
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 FLEKYPSAEVARTADWRDVSELLKPLGLYDLRAKTIVKFSDEYLTKQWKYPIELHGIGKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 FLEKYPSAEVARTADWRDVSELLKPLGLYDLRAKTIVKFSDEYLTKQWKYPIELHGIGKY
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570
pF1KE2 GNDSYRIFCVNEWKQVHPEDHKLNKYHDWLWENHEKLSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GNDSYRIFCVNEWKQVHPEDHKLNKYHDWLWENHEKLSLS
550 560 570 580
>>CCDS63766.1 MBD4 gene_id:8930|Hs108|chr3 (572 aa)
initn: 2598 init1: 2598 opt: 3639 Z-score: 3975.8 bits: 745.6 E(32554): 3.9e-215
Smith-Waterman score: 3639; 98.9% identity (98.9% similar) in 556 aa overlap (1-550:1-556)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGTTGLESLSLGDRGAAPTVTSSERLVPDPPNDLRKEDVAMELERVGEDEEQMMIKRSSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 MGTTGLESLSLGDRGAAPTVTSSERLVPDPPNDLRKEDVAMELERVGEDEEQMMIKRSSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 CNPLLQEPIASAQFGATAGTECRKSVPCGWERVVKQRLFGKTAGRFDVYFISPQGLKFRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 CNPLLQEPIASAQFGATAGTECRKSVPCGWERVVKQRLFGKTAGRFDVYFISPQGLKFRS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 KSSLANYLHKNGETSLKPEDFDFTVLSKRGIKSRYKDCSMAALTSHLQNQSNNSNWNLRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 KSSLANYLHKNGETSLKPEDFDFTVLSKRGIKSRYKDCSMAALTSHLQNQSNNSNWNLRT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 RSKCKKDVFMPPSSSSELQESRGLSNFTSTHLLLKEDEGVDDVNFRKVRKPKGKVTILKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 RSKCKKDVFMPPSSSSELQESRGLSNFTSTHLLLKEDEGVDDVNFRKVRKPKGKVTILKG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 IPIKKTKKGCRKSCSGFVQSDSKRESVCNKADAESEPVAQKSQLDRTVCISDAGACGETL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 IPIKKTKKGCRKSCSGFVQSDSKRESVCNKADAESEPVAQKSQLDRTVCISDAGACGETL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SVTSEENSLVKKKERSLSSGSNFCSEQKTSGIINKFCSAKDSEHNEKYEDTFLESEEIGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SVTSEENSLVKKKERSLSSGSNFCSEQKTSGIINKFCSAKDSEHNEKYEDTFLESEEIGT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE2 KVEVVERKEHLHTDILKRGSEMDNNCSPTRKDFT------EDTIPRTQIERRKTSLYFSS
:::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS63 KVEVVERKEHLHTDILKRGSEMDNNCSPTRKDFTGEKIFQEDTIPRTQIERRKTSLYFSS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 KYNKEALSPPRRKAFKKWTPPRSPFNLVQETLFHDPWKLLIATIFLNRTSGKMAIPVLWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 KYNKEALSPPRRKAFKKWTPPRSPFNLVQETLFHDPWKLLIATIFLNRTSGKMAIPVLWK
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 FLEKYPSAEVARTADWRDVSELLKPLGLYDLRAKTIVKFSDEYLTKQWKYPIELHGIGKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 FLEKYPSAEVARTADWRDVSELLKPLGLYDLRAKTIVKFSDEYLTKQWKYPIELHGIGKY
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570
pF1KE2 GNDSYRIFCVNEWKQVHPEDHKLNKYHDWLWENHEKLSLS
::::::::::::::::
CCDS63 GNDSYRIFCVNEWKQVRLTPIHNSAHLVSEAK
550 560 570
>>CCDS63767.1 MBD4 gene_id:8930|Hs108|chr3 (540 aa)
initn: 2598 init1: 2598 opt: 3505 Z-score: 3829.8 bits: 718.5 E(32554): 5.3e-207
Smith-Waterman score: 3505; 98.9% identity (98.9% similar) in 538 aa overlap (1-532:1-538)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGTTGLESLSLGDRGAAPTVTSSERLVPDPPNDLRKEDVAMELERVGEDEEQMMIKRSSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 MGTTGLESLSLGDRGAAPTVTSSERLVPDPPNDLRKEDVAMELERVGEDEEQMMIKRSSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 CNPLLQEPIASAQFGATAGTECRKSVPCGWERVVKQRLFGKTAGRFDVYFISPQGLKFRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 CNPLLQEPIASAQFGATAGTECRKSVPCGWERVVKQRLFGKTAGRFDVYFISPQGLKFRS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 KSSLANYLHKNGETSLKPEDFDFTVLSKRGIKSRYKDCSMAALTSHLQNQSNNSNWNLRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 KSSLANYLHKNGETSLKPEDFDFTVLSKRGIKSRYKDCSMAALTSHLQNQSNNSNWNLRT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 RSKCKKDVFMPPSSSSELQESRGLSNFTSTHLLLKEDEGVDDVNFRKVRKPKGKVTILKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 RSKCKKDVFMPPSSSSELQESRGLSNFTSTHLLLKEDEGVDDVNFRKVRKPKGKVTILKG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 IPIKKTKKGCRKSCSGFVQSDSKRESVCNKADAESEPVAQKSQLDRTVCISDAGACGETL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 IPIKKTKKGCRKSCSGFVQSDSKRESVCNKADAESEPVAQKSQLDRTVCISDAGACGETL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SVTSEENSLVKKKERSLSSGSNFCSEQKTSGIINKFCSAKDSEHNEKYEDTFLESEEIGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SVTSEENSLVKKKERSLSSGSNFCSEQKTSGIINKFCSAKDSEHNEKYEDTFLESEEIGT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE2 KVEVVERKEHLHTDILKRGSEMDNNCSPTRKDFT------EDTIPRTQIERRKTSLYFSS
:::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS63 KVEVVERKEHLHTDILKRGSEMDNNCSPTRKDFTGEKIFQEDTIPRTQIERRKTSLYFSS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 KYNKEALSPPRRKAFKKWTPPRSPFNLVQETLFHDPWKLLIATIFLNRTSGKMAIPVLWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 KYNKEALSPPRRKAFKKWTPPRSPFNLVQETLFHDPWKLLIATIFLNRTSGKMAIPVLWK
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 FLEKYPSAEVARTADWRDVSELLKPLGLYDLRAKTIVKFSDEYLTKQWKYPIELHGIGKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 FLEKYPSAEVARTADWRDVSELLKPLGLYDLRAKTIVKFSDEYLTKQWKYPIELHGIGAP
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570
pF1KE2 GNDSYRIFCVNEWKQVHPEDHKLNKYHDWLWENHEKLSLS
>>CCDS63769.1 MBD4 gene_id:8930|Hs108|chr3 (262 aa)
initn: 1272 init1: 1246 opt: 1267 Z-score: 1390.3 bits: 266.0 E(32554): 4e-71
Smith-Waterman score: 1267; 80.8% identity (87.6% similar) in 234 aa overlap (341-574:29-262)
320 330 340 350 360 370
pF1KE2 KKKERSLSSGSNFCSEQKTSGIINKFCSAKDSEHNEKYEDTFLESEEIGTKVEVVERKEH
: .. . ::. .: :..: : . :.
CCDS63 MGTTGLESLSLGDRGAAPTVTSSERLVPDPPNDLRKEDVAMELERVGEDEEQMMIKRS
10 20 30 40 50
380 390 400 410 420 430
pF1KE2 LHTDILKRGSEMDNNCSPTRKDFTEDTIPRTQIERRKTSLYFSSKYNKEALSPPRRKAFK
. . : . . . . : .:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SECNPLLQEPIASAQFGATAGTECQDTIPRTQIERRKTSLYFSSKYNKEALSPPRRKAFK
60 70 80 90 100 110
440 450 460 470 480 490
pF1KE2 KWTPPRSPFNLVQETLFHDPWKLLIATIFLNRTSGKMAIPVLWKFLEKYPSAEVARTADW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 KWTPPRSPFNLVQETLFHDPWKLLIATIFLNRTSGKMAIPVLWKFLEKYPSAEVARTADW
120 130 140 150 160 170
500 510 520 530 540 550
pF1KE2 RDVSELLKPLGLYDLRAKTIVKFSDEYLTKQWKYPIELHGIGKYGNDSYRIFCVNEWKQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 RDVSELLKPLGLYDLRAKTIVKFSDEYLTKQWKYPIELHGIGKYGNDSYRIFCVNEWKQV
180 190 200 210 220 230
560 570
pF1KE2 HPEDHKLNKYHDWLWENHEKLSLS
::::::::::::::::::::::::
CCDS63 HPEDHKLNKYHDWLWENHEKLSLS
240 250 260
574 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 16:16:52 2016 done: Mon Nov 7 16:16:52 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]