Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2154
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2154, 347 aa
1>>>pF1KE2154 347 - 347 aa - 347 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4613+/-0.000834; mu= 16.1088+/- 0.050
mean_var=95.3602+/-19.959, 0's: 0 Z-trim(110.4): 208 B-trim: 453 in 2/50
Lambda= 0.131338
statistics sampled from 11303 (11549) to 11303 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.723), E-opt: 0.2 (0.355), width: 16
Scan time: 2.260
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12130.1 LRG1 gene_id:116844|Hs108|chr19 ( 347) 2317 449.1 2.5e-126
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CCDS46346.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 590) 383 82.9 7.4e-16
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CCDS5799.1 LRRC4 gene_id:64101|Hs108|chr7 ( 653) 343 75.3 1.5e-13
CCDS8057.1 FLRT1 gene_id:23769|Hs108|chr11 ( 674) 336 74.0 3.9e-13
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CCDS46984.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 587) 333 73.4 5.3e-13
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CCDS3307.1 GP5 gene_id:2814|Hs108|chr3 ( 560) 304 67.9 2.3e-11
CCDS10514.1 VASN gene_id:114990|Hs108|chr16 ( 673) 305 68.2 2.3e-11
CCDS47272.1 LRRTM2 gene_id:26045|Hs108|chr5 ( 516) 299 66.9 4.2e-11
CCDS13777.1 RTN4R gene_id:65078|Hs108|chr22 ( 473) 293 65.7 8.6e-11
>>CCDS12130.1 LRG1 gene_id:116844|Hs108|chr19 (347 aa)
initn: 2317 init1: 2317 opt: 2317 Z-score: 2381.6 bits: 449.1 E(32554): 2.5e-126
Smith-Waterman score: 2317; 99.7% identity (99.7% similar) in 347 aa overlap (1-347:1-347)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MSSWSRQRPKSPGGIQPHVSRTLFLLLLLAASAWGVTLSPKDCQVFRSDHGSSISCQPPA
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CCDS12 MSSWSRQRPKSPGGIQPHVSRTLFLLLLLAASAWGVTLSPKDCQVFRSDHGSSISCQPPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 EIPGYLPADTVHLAVEFFNLTHLPANLLQGASKLQELHLSSNGLESLSPEFLRPVPQLRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EIPGYLPADTVHLAVEFFNLTHLPANLLQGASKLQELHLSSNGLESLSPEFLRPVPQLRV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 LDLTRNALTGLPSGLFQASATLDTLVLKENQLEVLEVSWLHGLKALGHLDLSGNRLRKLP
:::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LDLTRNALTGLPPGLFQASATLDTLVLKENQLEVLEVSWLHGLKALGHLDLSGNRLRKLP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 PGLLANFTLLRTLDLGENQLETLPPDLLRGPLQLERLHLEGNKLQVLGKDLLLPQPDLRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PGLLANFTLLRTLDLGENQLETLPPDLLRGPLQLERLHLEGNKLQVLGKDLLLPQPDLRY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 LFLNGNKLARVAAGAFQGLRQLDMLDLSNNSLASVPEGLWASLGQPNWDMRDGFDISGNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LFLNGNKLARVAAGAFQGLRQLDMLDLSNNSLASVPEGLWASLGQPNWDMRDGFDISGNP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KE2 WICDQNLSDLYRWLQAQKDKMFSQNDTRCAGPEAVKGQTLLAVAKSQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 WICDQNLSDLYRWLQAQKDKMFSQNDTRCAGPEAVKGQTLLAVAKSQ
310 320 330 340
>>CCDS7270.1 LRRTM3 gene_id:347731|Hs108|chr10 (581 aa)
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Smith-Waterman score: 393; 29.8% identity (63.6% similar) in 275 aa overlap (73-346:90-357)
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 CQVFRSDHGSSISCQPPAEIPGYLPADTVHLAVEFFNLTHLPANLLQGASKLQELHLSSN
: .. ..... : ..: .:.:: ::::
CCDS72 SAGCLGLSLRYNSLQKLKYNQFKGLNQLTWLYLDHNHISNIDENAFNGIRRLKELILSSN
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110 120 130 140 150 160
pF1KE2 GLESLSPEFLRPVPQLRVLDLTRNALTGLPSGLFQASATLDTLVLKENQLEVLEVSWLHG
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CCDS72 RISYFLNNTFRPVTNLRNLDLSYNQLHSLGSEQFRGLRKLLSLHLRSNSLRTIPVRIFQD
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 LKALGHLDLSGNRLRKLPPGLLANFTLLRTLDLGENQLETLPPDLLRGPLQLERLHLEGN
. : :::. ::.:.: ...:.. :. : : .::. : :. ..:. :.:. :
CCDS72 CRNLELLDLGYNRIRSLARNVFAGMIRLKELHLEHNQFSKLNLALFPRLVSLQNLYLQWN
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE2 KLQVLGKDLLLPQPDLRYLFLNGNKL-ARVAAGAFQGLRQLDMLDLSNNSLASVPEGLWA
:..:.:. . .:. : :.::.. : . ..:: . .:. :.:..:.:. . . .
CCDS72 KISVIGQTMSWTWSSLQRLDLSGNEIEAFSGPSVFQCVPNLQRLNLDSNKLTFIGQEILD
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE2 SLGQPNWDMRDGFDISGNPWICDQNLSDLYRWLQAQKDKMFSQNDTRCAGPEAVKGQTLL
: : . ....:: : :..:. .: ::.. : . .: ::.:. ..: ...
CCDS72 S-----WISLNDISLAGNIWECSRNICSLVNWLKSFKG--LRENTIICASPKELQGVNVI
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 AVAKSQ
..:.
CCDS72 DAVKNYSICGKSTTERFDLARALPKPTFKPKLPRPKHESKPPLPPTVGATEPGPETDADA
360 370 380 390 400 410
>>CCDS46347.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 (518 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MSSWSRQRPKSPGGIQPHVSRTLFLLLLLAASAWGVTLSPKDCQVFRSDHGSSISCQPPA
::.:..: .:. ::.: : : :. . :. :
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70 80 90 100 110
pF1KE2 --EIPGYLPADTVHLAVEFFNLTHLPANLLQGASKLQELHLSSNGLESLSPEFLRPVPQL
.:: . . . :...: .. .: .: . : ..: :.:. : . :.. . .. . .:
CCDS46 FADIPENISGGSQGLSLRFNSIQKLKSNQFAGLNQLIWLYLDHNYISSVDEDAFQGIRRL
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120 130 140 150 160 170
pF1KE2 RVLDLTRNALTGLPSGLFQASATLDTLVLKENQLEVLEVSWLHGLKALGHLDLSGNRLRK
. : :. : .: : . :. .: .: :. :.:..:. ..::. : : : .: :.
CCDS46 KELILSSNKITYLHNKTFHPVPNLRNLDLSYNKLQTLQSEQFKGLRKLIILHLRSNSLKT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 LPPGLLANFTLLRTLDLGENQLETLPPDLLRGPLQLERLHLEGNKLQVLGKDLLLPQPDL
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180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE2 RYLFLNGNKLARVAAGAFQGLRQLDMLDLSNNSLASVPEGLWASLGQPN-----------
: ..:. :.. .. : .: ::::.:.. .. : . : ::
CCDS46 RSIYLQWNRIRSISQGLTWTWSSLHNLDLSGNDIQGIEPGTFKCL--PNLQKLNLDSNKL
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290 300 310 320 330
pF1KE2 ----------WDMRDGFDISGNPWICDQNLSDLYRWLQAQKDKMFSQNDTRCAGPEAVKG
: .. .::: : :.... :. ::. : . ... ::::. ..:
CCDS46 TNISQETVNAWISLISITLSGNMWECSRSICPLFYWLKNFKGN--KESTMICAGPKHIQG
290 300 310 320 330 340
340
pF1KE2 QTLLAVAKSQ
.
CCDS46 EKVSDAVETYNICSEVQVVNTERSHLVPQTPQKPLIIPRPTIFKPDVTQSTFETPSPSPG
350 360 370 380 390 400
>>CCDS74530.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 (519 aa)
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Smith-Waterman score: 392; 27.1% identity (56.5% similar) in 340 aa overlap (22-338:22-349)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MSSWSRQRPKSPGGIQPHVSRTLFLLLLLAASAWGVTLSPKDCQVFRSDHGSSISCQPPA
::.:..: .:. ::.: : : :. . :. :
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70 80 90 100 110
pF1KE2 --EIPGYLPADTVHLAVEFFNLTHLPANLLQGASKLQELHLSSNGLESLSPEFLRPVPQL
.:: . . . :...: .. .: .: . : ..: :.:. : . :.. . .. . .:
CCDS74 FADIPENISGGSQGLSLRFNSIQKLKSNQFAGLNQLIWLYLDHNYISSVDEDAFQGIRRL
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120 130 140 150 160 170
pF1KE2 RVLDLTRNALTGLPSGLFQASATLDTLVLKENQLEVLEVSWLHGLKALGHLDLSGNRLRK
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CCDS74 KELILSSNKITYLHNKTFHPVPNLRNLDLSYNKLQTLQSEQFKGLRKLIILHLRSNSLKT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 LPPGLLANFTLLRTLDLGENQLETLPPDLLRGPLQLERLHLEGNKLQVLGKDLLLPQPDL
.: .. . : :::: :.:..: . . : :.:..:::: :... .. . .:
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240 250 260 270 280
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: ..:. :.. .. : .: ::::.:.. .. : . : ::
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290 300 310 320 330
pF1KE2 ----------WDMRDGFDISGNPWICDQNLSDLYRWLQAQKDKMFSQNDTRCAGPEAVKG
: .. .::: : :.... :. ::. : . ... ::::. ..:
CCDS74 TNISQETVNAWISLISITLSGNMWECSRSICPLFYWLKNFKGN--KESTMICAGPKHIQG
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340
pF1KE2 QTLLAVAKSQ
.
CCDS74 EKVSDAVETYNICSEVQVVNTERSHLVPQTPQKPLIIPRPTIFKPDVTQSTFETPSPSPG
350 360 370 380 390 400
>>CCDS46346.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 (590 aa)
initn: 336 init1: 299 opt: 383 Z-score: 398.1 bits: 82.9 E(32554): 7.4e-16
Smith-Waterman score: 392; 27.1% identity (56.5% similar) in 340 aa overlap (22-338:21-348)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MSSWSRQRPKSPGGIQPHVSRTLFLLLLLAASAWGVTLSPKDCQVFRSDHGSSISCQPPA
::.:..: .:. ::.: : : :. . :. :
CCDS46 MGFHLITQLKGMSVVLVLLPTLLLVMLTGAQ----RACPKNC---RCD-GKIVYCESHA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE2 --EIPGYLPADTVHLAVEFFNLTHLPANLLQGASKLQELHLSSNGLESLSPEFLRPVPQL
.:: . . . :...: .. .: .: . : ..: :.:. : . :.. . .. . .:
CCDS46 FADIPENISGGSQGLSLRFNSIQKLKSNQFAGLNQLIWLYLDHNYISSVDEDAFQGIRRL
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120 130 140 150 160 170
pF1KE2 RVLDLTRNALTGLPSGLFQASATLDTLVLKENQLEVLEVSWLHGLKALGHLDLSGNRLRK
. : :. : .: : . :. .: .: :. :.:..:. ..::. : : : .: :.
CCDS46 KELILSSNKITYLHNKTFHPVPNLRNLDLSYNKLQTLQSEQFKGLRKLIILHLRSNSLKT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 LPPGLLANFTLLRTLDLGENQLETLPPDLLRGPLQLERLHLEGNKLQVLGKDLLLPQPDL
.: .. . : :::: :.:..: . . : :.:..:::: :... .. . .:
CCDS46 VPIRVFQDCRNLDFLDLGYNRLRSLSRNAFAGLLKLKELHLEHNQFSKINFAHFPRLFNL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
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CCDS46 RSIYLQWNRIRSISQGLTWTWSSLHNLDLSGNDIQGIEPGTFKCL--PNLQKLNLDSNKL
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pF1KE2 ----------WDMRDGFDISGNPWICDQNLSDLYRWLQAQKDKMFSQNDTRCAGPEAVKG
: .. .::: : :.... :. ::. : . ... ::::. ..:
CCDS46 TNISQETVNAWISLISITLSGNMWECSRSICPLFYWLKNFKGN--KESTMICAGPKHIQG
290 300 310 320 330 340
340
pF1KE2 QTLLAVAKSQ
.
CCDS46 EKVSDAVETYNICSEVQVVNTERSHLVPQTPQKPLIIPRPTIFKPDVTQSTFETPSPSPG
350 360 370 380 390 400
>>CCDS82475.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 (591 aa)
initn: 336 init1: 299 opt: 383 Z-score: 398.1 bits: 82.9 E(32554): 7.5e-16
Smith-Waterman score: 392; 27.1% identity (56.5% similar) in 340 aa overlap (22-338:22-349)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MSSWSRQRPKSPGGIQPHVSRTLFLLLLLAASAWGVTLSPKDCQVFRSDHGSSISCQPPA
::.:..: .:. ::.: : : :. . :. :
CCDS82 MPGFHLITQLKGMSVVLVLLPTLLLVMLTGAQ----RACPKNC---RCD-GKIVYCESHA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE2 --EIPGYLPADTVHLAVEFFNLTHLPANLLQGASKLQELHLSSNGLESLSPEFLRPVPQL
.:: . . . :...: .. .: .: . : ..: :.:. : . :.. . .. . .:
CCDS82 FADIPENISGGSQGLSLRFNSIQKLKSNQFAGLNQLIWLYLDHNYISSVDEDAFQGIRRL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 RVLDLTRNALTGLPSGLFQASATLDTLVLKENQLEVLEVSWLHGLKALGHLDLSGNRLRK
. : :. : .: : . :. .: .: :. :.:..:. ..::. : : : .: :.
CCDS82 KELILSSNKITYLHNKTFHPVPNLRNLDLSYNKLQTLQSEQFKGLRKLIILHLRSNSLKT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 LPPGLLANFTLLRTLDLGENQLETLPPDLLRGPLQLERLHLEGNKLQVLGKDLLLPQPDL
.: .. . : :::: :.:..: . . : :.:..:::: :... .. . .:
CCDS82 VPIRVFQDCRNLDFLDLGYNRLRSLSRNAFAGLLKLKELHLEHNQFSKINFAHFPRLFNL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE2 RYLFLNGNKLARVAAGAFQGLRQLDMLDLSNNSLASVPEGLWASLGQPN-----------
: ..:. :.. .. : .: ::::.:.. .. : . : ::
CCDS82 RSIYLQWNRIRSISQGLTWTWSSLHNLDLSGNDIQGIEPGTFKCL--PNLQKLNLDSNKL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KE2 ----------WDMRDGFDISGNPWICDQNLSDLYRWLQAQKDKMFSQNDTRCAGPEAVKG
: .. .::: : :.... :. ::. : . ... ::::. ..:
CCDS82 TNISQETVNAWISLISITLSGNMWECSRSICPLFYWLKNFKGN--KESTMICAGPKHIQG
300 310 320 330 340
340
pF1KE2 QTLLAVAKSQ
.
CCDS82 EKVSDAVETYNICSEVQVVNTERSHLVPQTPQKPLIIPRPTIFKPDVTQSTFETPSPSPG
350 360 370 380 390 400
>>CCDS54068.1 GP1BA gene_id:2811|Hs108|chr17 (652 aa)
initn: 501 init1: 229 opt: 371 Z-score: 385.3 bits: 80.7 E(32554): 3.9e-15
Smith-Waterman score: 371; 34.8% identity (66.1% similar) in 233 aa overlap (91-322:26-244)
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 EIPGYLPADTVHLAVEFFNLTHLPANLLQGASKLQELHLSSNGLESLSPEFLRPVPQLRV
::.: :.. .. .: .: :.. . . .
CCDS54 MPLLLLLLLLPSPLHPHPICEVSKVASHL-EVNCDKRNLTALPPDLPKDTT---I
10 20 30 40 50
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pF1KE2 LDLTRNALTGLPSGLFQASATLDTLVLKENQLEVLEVSWLHGLKALGHLDLSGNRLRKLP
: :..: : . . .. . : : : . .: :.:. : .:: :::: :.:..::
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::.. . : .::.. :.: .:: ::: .:..:.:.::.:..: :: : : :.
CCDS54 --LLGQTLPALTVLDVSFNRLTSLPLGALRGLGELQELYLKGNELKTLPPGLLTPTPKLE
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: : .:.:... :: ..::..:: : :..::: ..:.:...: : .: . ::
CCDS54 KLSLANNNLTELPAGLLNGLENLDTLLLQENSLYTIPKGFFGSHLLPF-----AF-LHGN
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::.:. .. . :::: . ....
CCDS54 PWLCNCEILYFRRWLQDNAENVYVWKQGVDVKAMTSNVASVQCDNSDKFPVYKYPGKGCP
230 240 250 260 270 280
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:.. .: .: . :.: :..: ...: : . .: .
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: : : :. . : :. .:. : : .:. :. :: . ..::. : : : .: .:
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: ... ... :. : : ::.: : ::. .: .: :.::.:..: . .. .:
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:: :: :. :.: . :..:. :: : .:. : :.
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..: . : : ..:.:: . ..::::. :...... . : .: :. : : :..
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CCDS13 QDNHINRVPPNAFSYLRQLYRLDMSNNNLSNLPQGIFDDL-----DNITQLILRNNPWYC
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CCDS13 GCKMKWVRDWLQSLPVKV-NVRGLMCQAPEKVRGMAIKDLNAELFDCKDSGIVSTIQITT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]