Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2153
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2153, 613 aa
1>>>pF1KE2153 613 - 613 aa - 613 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5892+/-0.000788; mu= 14.3604+/- 0.048
mean_var=110.4935+/-22.297, 0's: 0 Z-trim(111.5): 18 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.122013
statistics sampled from 12441 (12454) to 12441 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.714), E-opt: 0.2 (0.383), width: 16
Scan time: 3.650
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1195.1 IGSF8 gene_id:93185|Hs108|chr1 ( 613) 4127 737.2 1.4e-212
CCDS30814.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1214) 587 114.3 9.6e-25
CCDS30813.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1194) 530 104.2 9.9e-22
CCDS891.1 CD101 gene_id:9398|Hs108|chr1 (1021) 514 101.4 6.1e-21
CCDS890.1 PTGFRN gene_id:5738|Hs108|chr1 ( 879) 503 99.4 2.1e-20
>>CCDS1195.1 IGSF8 gene_id:93185|Hs108|chr1 (613 aa)
initn: 4127 init1: 4127 opt: 4127 Z-score: 3929.7 bits: 737.2 E(32554): 1.4e-212
Smith-Waterman score: 4127; 100.0% identity (100.0% similar) in 613 aa overlap (1-613:1-613)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGALRPTLLPPSLPLLLLLMLGMGCWAREVLVPEGPLYRVAGTAVSISCNVTGYEGPAQQ
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CCDS11 MGALRPTLLPPSLPLLLLLMLGMGCWAREVLVPEGPLYRVAGTAVSISCNVTGYEGPAQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NFEWFLYRPEAPDTALGIVSTKDTQFSYAVFKSRVVAGEVQVQRLQGDAVVLKIARLQAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 NFEWFLYRPEAPDTALGIVSTKDTQFSYAVFKSRVVAGEVQVQRLQGDAVVLKIARLQAQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 DAGIYECHTPSTDTRYLGSYSGKVELRVLPDVLQVSAAPPGPRGRQAPTSPPRMTVHEGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DAGIYECHTPSTDTRYLGSYSGKVELRVLPDVLQVSAAPPGPRGRQAPTSPPRMTVHEGQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 ELALGCLARTSTQKHTHLAVSFGRSVPEAPVGRSTLQEVVGIRSDLAVEAGAPYAERLAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ELALGCLARTSTQKHTHLAVSFGRSVPEAPVGRSTLQEVVGIRSDLAVEAGAPYAERLAA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 GELRLGKEGTDRYRMVVGGAQAGDAGTYHCTAAEWIQDPDGSWAQIAEKRAVLAHVDVQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GELRLGKEGTDRYRMVVGGAQAGDAGTYHCTAAEWIQDPDGSWAQIAEKRAVLAHVDVQT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 LSSQLAVTVGPGERRIGPGEPLELLCNVSGALPPAGRHAAYSVGWEMAPAGAPGPGRLVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LSSQLAVTVGPGERRIGPGEPLELLCNVSGALPPAGRHAAYSVGWEMAPAGAPGPGRLVA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 QLDTEGVGSLGPGYEGRHIAMEKVASRTYRLRLEAARPGDAGTYRCLAKAYVRGSGTRLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QLDTEGVGSLGPGYEGRHIAMEKVASRTYRLRLEAARPGDAGTYRCLAKAYVRGSGTRLR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 EAASARSRPLPVHVREEGVVLEAVAWLAGGTVYRGETASLLCNISVRGGPPGLRLAASWW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EAASARSRPLPVHVREEGVVLEAVAWLAGGTVYRGETASLLCNISVRGGPPGLRLAASWW
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 VERPEDGELSSVPAQLVGGVGQDGVAELGVRPGGGPVSVELVGPRSHRLRLHSLGPEDEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VERPEDGELSSVPAQLVGGVGQDGVAELGVRPGGGPVSVELVGPRSHRLRLHSLGPEDEG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 VYHCAPSAWVQHADYSWYQAGSARSGPVTVYPYMHALDTLFVPLLVGTGVALVTGATVLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VYHCAPSAWVQHADYSWYQAGSARSGPVTVYPYMHALDTLFVPLLVGTGVALVTGATVLG
550 560 570 580 590 600
610
pF1KE2 TITCCFMKRLRKR
:::::::::::::
CCDS11 TITCCFMKRLRKR
610
>>CCDS30814.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1214 aa)
initn: 873 init1: 526 opt: 587 Z-score: 557.7 bits: 114.3 E(32554): 9.6e-25
Smith-Waterman score: 982; 33.2% identity (60.1% similar) in 584 aa overlap (13-570:5-558)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MGALRPTLLPPSLPLL-LLLMLGMGCWAREVLVPEGPLYRVAGTAVSISCNVTGYEGPAQ
.:.: : .::. :.: : ::::::. :. ..: :::.::.::..
CCDS30 MKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEGSHITIWCNVSGYQGPSE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 QNFEWFLYRPEAPDTALGIVSTKDTQFSYAVFKSRVVAGEVQVQRLQGDAVVLKIARLQA
:::.: .: : .:. . :::: :..: ::.. .:: .:.. ..:.::....:.:. :::
CCDS30 QNFQWSIYLPSSPEREVQIVSTMDSSFPYAIYTQRVRGGKIFIERVQGNSTLLHITDLQA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 QDAGIYECHTPSTDTRYLGSYSGKVELRVLPDVLQVSAAPPGPRGRQAPTSPPRMTVH--
.::: ::::::::: .:.::::.:..: :.:: ::..: : .:.:
CCDS30 RDAGEYECHTPSTDKQYFGSYSAKMNLVVIPDSLQTTAMP--------------QTLHRV
120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 EGQELALGCLARTSTQKHTHLAVSFGRS-VPEAPVGRSTLQEVVGIRSDLAVEAGAPYAE
: . : : : . . : .:.::.:.. :. : : :: ::... :. ..... ::.
CCDS30 EQDPLELTCEVASETIQHSHLSVAWLRQKVGEKPV------EVISLSRDFMLHSSSEYAQ
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 RLAAGELRLGKEGTDRYRMVVGGAQAGDAGTYHCTAAEWIQDPDGSWAQIAEKRAVLAHV
: . ::.:: : : .:... : .: : ..: :::::::::::: ...::. : :
CCDS30 RQSLGEVRLDKLGRTTFRLTIFHLQPSDQGEFYCEAAEWIQDPDGSWYAMTRKRSEGAVV
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 DVQTLSSQLAVTVGPGERRIGPGEPLELLCNVSGALPPAGRHAAYSVGWEMAPAGAPGPG
.:: .....: . .: :::.:. : . . : :. : : ... . .. ::.
CCDS30 NVQPTDKEFTVRLETEKRLHTVGEPVEFRCILEAQNVP-DRYFAVSWAFNSSLIATMGPN
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 RLVAQLDTEGVGSLGPGYEGRHIAMEKVASRTYRLRLEAARPGDAGTYRCLAKAYVRGSG
: :..: . . : .. . : .. .. :.. : :.: : : . .
CCDS30 A-VPVLNSEFAHREARG----QLKVAKESDSVFVLKIYHLRQEDSGKYNCRVTEREKTVT
340 350 360 370 380
420 430 440 450
pF1KE2 TRLREAASARSRPLPVHV---REEGVV-------------LEAVAWLA----GGTVYRGE
.. . : : . .:. : .. :: ::. . .... .::
CCDS30 GEFIDKESKRPKNIPIIVLPLTDNWVVKVPQHHQLLSQGHLESSISVEVASNASVILEGE
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KE2 TASLLCNISVRGGPPGLRLAASWW-VERPEDGELSSVPAQLVGGVGQDGVAELGVRPGGG
. :.. . : : : :... : :.: ... :.. :. : : . : . :
CCDS30 DLRFSCSVRTAGRPQG-RFSVIWQLVDR--QNRRSNIMWLDRDGTVQPG-SSYWERSSFG
450 460 470 480 490 500
520 530 540 550 560 570
pF1KE2 PVSVELVGPRSHRLRLHSLGPEDEGVYHCAPSAWVQHADYSWYQAGSAR-SGPVTVYPYM
:..: : : : : . . :::: :.: . ::. .: : .: : : :...
CCDS30 GVQMEQVQPNSFSLGIFNSRKEDEGQYECHVTEWVRAVDGEWQIVGERRASTPISITALE
510 520 530 540 550 560
580 590 600 610
pF1KE2 HALDTLFVPLLVGTGVALVTGATVLGTITCCFMKRLRKR
CCDS30 MGFAVTAISRTPGVTYSDSFDLQCIIKPHYPAWVPVSVTWRFQPVGTVEFHDLVTFTRDG
570 580 590 600 610 620
>>CCDS30813.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1194 aa)
initn: 873 init1: 526 opt: 530 Z-score: 503.6 bits: 104.2 E(32554): 9.9e-22
Smith-Waterman score: 1017; 33.7% identity (61.3% similar) in 564 aa overlap (13-570:5-538)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MGALRPTLLPPSLPLL-LLLMLGMGCWAREVLVPEGPLYRVAGTAVSISCNVTGYEGPAQ
.:.: : .::. :.: : ::::::. :. ..: :::.::.::..
CCDS30 MKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEGSHITIWCNVSGYQGPSE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 QNFEWFLYRPEAPDTALGIVSTKDTQFSYAVFKSRVVAGEVQVQRLQGDAVVLKIARLQA
:::.: .: : .:. . :::: :..: ::.. .:: .:.. ..:.::....:.:. :::
CCDS30 QNFQWSIYLPSSPEREVQIVSTMDSSFPYAIYTQRVRGGKIFIERVQGNSTLLHITDLQA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 QDAGIYECHTPSTDTRYLGSYSGKVELRVLPDVLQVSAAPPGPRGRQAPTSPPRMTVH--
.::: ::::::::: .:.::::.:..: :.:: ::..: : .:.:
CCDS30 RDAGEYECHTPSTDKQYFGSYSAKMNLVVIPDSLQTTAMP--------------QTLHRV
120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 EGQELALGCLARTSTQKHTHLAVSFGRS-VPEAPVGRSTLQEVVGIRSDLAVEAGAPYAE
: . : : : . . : .:.::.:.. :. : : :: ::... :. ..... ::.
CCDS30 EQDPLELTCEVASETIQHSHLSVAWLRQKVGEKPV------EVISLSRDFMLHSSSEYAQ
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 RLAAGELRLGKEGTDRYRMVVGGAQAGDAGTYHCTAAEWIQDPDGSWAQIAEKRAVLAHV
: . ::.:: : : .:... : .: : ..: :::::::::::: ...::. : :
CCDS30 RQSLGEVRLDKLGRTTFRLTIFHLQPSDQGEFYCEAAEWIQDPDGSWYAMTRKRSEGAVV
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 DVQTLSSQLAVTVGPGERRIGPGEPLELLCNVSGALPPAGRHAAYSVGWEMAPAGAPGPG
.:: .....: . .: :::.:. : . . : :. : : ... . .. ::.
CCDS30 NVQPTDKEFTVRLETEKRLHTVGEPVEFRCILEAQNVP-DRYFAVSWAFNSSLIATMGPN
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 RLVAQLDTEGVGSLGPGYEGRHIAMEKVASRTYRLRLEAARPGDAGTYRCLAKAYVRGSG
: :..: . . : .. . : .. .. :.. : :.: : : . .
CCDS30 A-VPVLNSEFAHREARG----QLKVAKESDSVFVLKIYHLRQEDSGKYNCRVTEREKTVT
340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 TRLREAASARSRPLPVHVREEGVVLEAVAWLAGGTVYRGETASLLCNISVRGGPPGLRLA
.. . : : . .:. : . . . .... .:: . :.. . : : : :..
CCDS30 GEFIDKESKRPKNIPIIVLPLKSSISVEVASNASVILEGEDLRFSCSVRTAGRPQG-RFS
390 400 410 420 430 440
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 ASWW-VERPEDGELSSVPAQLVGGVGQDGVAELGVRPGGGPVSVELVGPRSHRLRLHSLG
. : :.: ... :.. :. : : . : . : :..: : : : : . .
CCDS30 VIWQLVDR--QNRRSNIMWLDRDGTVQPG-SSYWERSSFGGVQMEQVQPNSFSLGIFNSR
450 460 470 480 490 500
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 PEDEGVYHCAPSAWVQHADYSWYQAGSAR-SGPVTVYPYMHALDTLFVPLLVGTGVALVT
:::: :.: . ::. .: : .: : : :...
CCDS30 KEDEGQYECHVTEWVRAVDGEWQIVGERRASTPISITALEMGFAVTAISRTPGVTYSDSF
510 520 530 540 550 560
600 610
pF1KE2 GATVLGTITCCFMKRLRKR
CCDS30 DLQCIIKPHYPAWVPVSVTWRFQPVGTVEFHDLVTFTRDGGVQWGDRSSSFRTRTAIEKA
570 580 590 600 610 620
>>CCDS891.1 CD101 gene_id:9398|Hs108|chr1 (1021 aa)
initn: 865 init1: 510 opt: 514 Z-score: 489.4 bits: 101.4 E(32554): 6.1e-21
Smith-Waterman score: 987; 34.6% identity (61.9% similar) in 561 aa overlap (15-559:11-528)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGALRPTLLPPSLPLLLLLMLGMGCWAREVLVPEGPLYRVAGTAVSISCNVTGYEGPAQQ
.::: :..: ::: : .:::.:. : :::.:::::..::..:
CCDS89 MAGISYVASFFLLLTKLSIG--QREVTVQKGPLFRAEGYPVSIGCNVTGHQGPSEQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NFEWFLYRPEAPDTALGIVSTKDTQFSYAVFKSRVVAGEVQVQRLQGDAVVLKIARLQAQ
.:.: .: : : . :.::::. :::::. .:: .:.: :.:.::..:.:.:..:: .
CCDS89 HFQWSVYLPTNPTQEVQIISTKDAAFSYAVYTQRVRSGDVYVERVQGNSVLLHISKLQMK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 DAGIYECHTPSTDTRYLGSYSGKVELRVLPDVLQVSAAPPGPRGRQAPTSPPRMTVHEGQ
::: ::::::.:: .: ::::.:..: :.::.:. : : . .::.
CCDS89 DAGEYECHTPNTDEKYYGSYSAKTNLIVIPDTLS------------ATMSSQTLGKEEGE
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 ELALGCLARTSTQKHTHLAVSFGRSVPEAPVGRSTLQEVVGIRSDLAVEAGAPYAERLAA
::: : : .: .::::.:.. . : : :.... .:. . : :.::.::
CCDS89 PLALTCEASKATAQHTHLSVTWYLT---QDGGGSQATEIISLSKDFILVPGPLYTERFAA
170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 GELRLGKEGTDRYRMVVGGAQAGDAGTYHCTAAEWIQDPDGSWAQIAEKRAVLAHVDVQT
....:.: : .:. . :..: : : :.::::::: .: :..:.. . . .:
CCDS89 SDVQLNKLGPTTFRLSIERLQSSDQGQLFCEATEWIQDPDETWMFITKKQTDQTTLRIQP
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 LSSQLAVTVGPGERRIGPGEPLELLCNVSGALPPAGRHAAYSVGWEMAPAGAPGPGRLVA
... :.. .. .. :.::::.: : .. :: . : . : .:
CCDS89 AVKDFQVNI-TADSLFAEGKPLELVCLVVSS----GRDPQLQGIWFFN-------GTEIA
280 290 300 310 320
370 380 390 400 410
pF1KE2 QLDTEGVGSLGPGYEGR----HIAMEKVASRTYRLRLEAARPGDAGTYRCLAKAYVR---
..:. :: .: :. : .. . :.. ... :.. . : : :.:::.. ..
CCDS89 HIDAGGVLGLKNDYKERASQGELQVSKLGPKAFSLKIFSLGPEDEGAYRCVVAEVMKTRT
330 340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 GSGTRLREAASARSRPLPVHVRE---EGVVLEAVAWLAGGTVYRGETASLLCNISVRGGP
:: :.. : :. ::.:. ..::. . .:..::: ..::. ::
CCDS89 GSWQVLQRKQSPDSH---VHLRKPAARSVVMSTKN--KQQVVWEGETLAFLCKA---GGA
390 400 410 420 430
480 490 500 510 520
pF1KE2 PGLRLAASWWVERPEDGELSSVPAQLVGGVGQDGVAELGVRPG----GGPVSVELVGPRS
. :..::: . :.: .. : ..:.:.::::...::. : : . .: . .
CCDS89 ES-PLSVSWW-HIPRD---QTQP-EFVAGMGQDGIVQLGASYGVPSYHGNTRLEKMDWAT
440 450 460 470 480 490
530 540 550 560 570 580
pF1KE2 HRLRLHSLGPEDEGVYHCAPS--AWVQHADYSWYQAGSARSGPVTVYPYMHALDTLFVPL
.:.. . : :.:.: : . : : :: :
CCDS89 FQLEITFTAITDSGTYECRVSEKSRNQARDLSWTQKISVTVKSLESSLQVSLMSRQPQVM
500 510 520 530 540 550
590 600 610
pF1KE2 LVGTGVALVTGATVLGTITCCFMKRLRKR
CCDS89 LTNTFDLSCVVRAGYSDLKVPLTVTWQFQPASSHIFHQLIRITHNGTIEWGNFLSRFQKK
560 570 580 590 600 610
>>CCDS890.1 PTGFRN gene_id:5738|Hs108|chr1 (879 aa)
initn: 925 init1: 292 opt: 503 Z-score: 479.9 bits: 99.4 E(32554): 2.1e-20
Smith-Waterman score: 585; 36.5% identity (62.8% similar) in 288 aa overlap (12-299:6-275)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGALRPTLLPPSLPLLLLLMLGMGCWAREVLVPEGPLYRVAGTAVSISCNVTGYEGPAQQ
: :::: :. : .: : :: . : ::.:: . : :::. :.::..:
CCDS89 MGRLASRPLLLALLSLALCRGRVVRVPTATLVRVVGTELVIPCNVSDYDGPSEQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NFEWFLYRPEAPDTALGIVSTKDTQFSYAVFKSRVVAGEVQVQRLQGDAVVLKIARLQAQ
::.: . .. . ..:: .. : ... :. ::. ..: .::: :.: .: .
CCDS89 NFDWSF--SSLGSSFVELASTWEVGFPAQLYQERLQRGEILLRRTANDAVELHIKNVQPS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 DAGIYECHTPSTDTRYLGSYSGKVELRVLPDVLQVSAAPPGPRGRQAPTSPPRMTVHEGQ
: : :.: :::::. :.: :...:: : :.: :: .: : :: ....::.
CCDS89 DQGHYKCSTPSTDATVQGNYEDTVQVKVLADSLHV-----GPSAR--P--PPSLSLREGE
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 ELALGCLARTSTQKHTHLAVSFGRSVPEAPVGRSTLQEVVGIRSDLAVEAGAPYAERLAA
. : : : ... :::::. . : ..:. :: :... . . : : .: .
CCDS89 PFELRCTAASASPLHTHLALLW--EVHRGPARRS----VLALTHEGRFHPGLGYEQRYHS
170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 GELRLGKEGTDRYRMVVGGAQAGDAGTYHCTAAEWIQDPDGSWAQIAEKRAVLAHVDVQT
:..:: :.: ::. :. : ..: :.:.: ..::: . .:.: .: :: . .: : .:
CCDS89 GDVRLDTVGSDAYRLSVSRALSADQGSYRCIVSEWIAE-QGNWQEIQEKAVEVATVVIQP
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
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