FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2132, 863 aa
1>>>pF1KE2132 863 - 863 aa - 863 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9165+/-0.00114; mu= 9.0427+/- 0.069
mean_var=140.6135+/-28.617, 0's: 0 Z-trim(106.9): 27 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.108159
statistics sampled from 9213 (9228) to 9213 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.632), E-opt: 0.2 (0.283), width: 16
Scan time: 3.390
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS63226.1 MCM8 gene_id:84515|Hs108|chr20 ( 793) 478 87.0 1.5e-16
>>CCDS6143.1 MCM4 gene_id:4173|Hs108|chr8 (863 aa)
initn: 5601 init1: 5601 opt: 5601 Z-score: 4730.4 bits: 886.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5601; 99.9% identity (100.0% similar) in 863 aa overlap (1-863:1-863)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MSSPASTPSRRGSRRGRATPAQTPRSEDARSSPSQRRRGEDSTSTGELQPMPTSPGVDLQ
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CCDS61 MSSPASTPSRRGSRRGRATPAQTPRSEDARSSPSQRRRGEDSTSTGELQPMPTSPGVDLQ
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 SPAAQDVLFSSPPQMHSSAIPLDFDVSSPLTYGTPSSRVEGTPRSGVRGTPVRQRPDLGS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 AQKGLQVDLQSDGAAAEDIVASEQSLGQKLVIWGTDVNVAACKENFQRFLQRFIDPLAKE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 EENVGIDITEPLYMQRLGEINVIGEPFLNVNCEHIKSFDKNLYRQLISYPQEVIPTFDMA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 VNEIFFDRYPDSILEHQIQVRPFNALKTKNMRNLNPEDIDQLITISGMVIRTSQLIPEMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 VNEIFFDRYPDSILEHQIQVRPFNALKTKNMRNLNPEDIDQLITISGMVIRTSQLIPEMQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 EAFFQCQVCAHTTRVEMDRGRIAEPSVCGRCHTTHSMALIHNRSLFSDKQMIKLQESPED
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 MPAGQTPHTVILFAHNDLVDKVQPGDRVNVTGIYRAVPIRVNPRVSNVKSVYKTHIDVIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 MPAGQTPHTVILFAHNDLVDKVQPGDRVNVTGIYRAVPIRVNPRVSNVKSVYKTHIDVIH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 YRKTDAKRLHGLDEEAEQKLFSEKRVELLKELSRKPDIYERLASALAPSIYEHEDIKKGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 YRKTDAKRLHGLDEEAEQKLFSEKRVELLKELSRKPDIYERLASALAPSIYEHEDIKKGI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 LLQLFGGTRKDFSHTGRGKFRAEINILLCGDPGTSKSQLLQYVYNLVPRGQYTSGKGSSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 LLQLFGGTRKDFSHTGRGKFRAEINILLCGDPGTSKSQLLQYVYNLVPRGQYTSGKGSSA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 VGLTAYVMKDPETRQLVLQTGALVLSDNGICCIDEFDKMNESTRSVLHEVMEQQTLSIAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 VGLTAYVMKDPETRQLVLQTGALVLSDNGICCIDEFDKMNESTRSVLHEVMEQQTLSIAK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 AGIICQLNARTSVLAAANPIESQWNPKKTTIENIQLPHTLLSRFDLIFLMLDPQDEAYDR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS61 AGIICQLNARTSVLAAANPIESQWNPKKTTIENIQLPHTLLSRFDLIFLLLDPQDEAYDR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 RLAHHLVALYYQSEEQAEEELLDMAVLKDYIAYAHSTIMPRLSEEASQALIEAYVDMRKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 RLAHHLVALYYQSEEQAEEELLDMAVLKDYIAYAHSTIMPRLSEEASQALIEAYVDMRKI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 GSSRGMVSAYPRQLESLIRLAEAHAKVRLSNKVEAIDVEEAKRLHREALKQSATDPRTGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 GSSRGMVSAYPRQLESLIRLAEAHAKVRLSNKVEAIDVEEAKRLHREALKQSATDPRTGI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 VDISILTTGMSATSRKRKEELAEALKKLILSKGKTPALKYQQLFEDIRGQSDIAITKDMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 VDISILTTGMSATSRKRKEELAEALKKLILSKGKTPALKYQQLFEDIRGQSDIAITKDMF
790 800 810 820 830 840
850 860
pF1KE2 EEALRALADDDFLTVTGKTVRLL
:::::::::::::::::::::::
CCDS61 EEALRALADDDFLTVTGKTVRLL
850 860
>>CCDS13915.1 MCM5 gene_id:4174|Hs108|chr22 (734 aa)
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Smith-Waterman score: 1134; 34.7% identity (61.9% similar) in 680 aa overlap (161-808:26-679)
140 150 160 170 180 190
pF1KE2 SDGAAAEDIVASEQSLGQKLVIWGTDVNVAACKENFQRFLQRFIDPLAKEEENVGIDITE
: : ..:: ...:. .. :: : :
CCDS13 MSGFDDPGIFYSDSFGGDAQADEGQARKSQLQRRFKEFL-----RQYRVGTDRTG
10 20 30 40 50
200 210 220 230 240
pF1KE2 PLYMQR--LGEINVIGEPFLNVNCEHIKSFDKNLYRQLISYPQEVIPTFDMAV----NEI
. : : . .:: ...:. : . :::..: : . : : . .. :. .:.
CCDS13 FTFKYRDELKRHYNLGEYWIEVEMEDLASFDEDLADYLYKQPAEHLQLLEEAAKEVADEV
60 70 80 90 100 110
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 FFDRYPDSILEHQIQVRPFNALKTKNMRNLNPEDIDQLITISGMVIRTSQLIPEMQEAFF
: . ..::: . . ...:.:. . ...:. : :..: .: . . . .
CCDS13 TRPRPSGEEVLQDIQVMLKSDASPSSIRSLKSDMMSHLVKIPGIIIAASAVRAKATRISI
120 130 140 150 160 170
310 320 330 340 350
pF1KE2 QCQVCAHT-TRVEMDRGR--IAEPSVC-----GR--CHTTHSMALIHNRSLFSDKQMIKL
::. : .: : . : : : : : :: : . .. .. : : .::
CCDS13 QCRSCRNTLTNIAMRPGLEGYALPRKCNTDQAGRPKC-PLDPYFIMPDKCKCVDFQTLKL
180 190 200 210 220
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 QESPEDMPAGQTPHTVILFAHNDLVDKVQPGDRVNVTGIYRAVPIRVNPRVSNVKSVYKT
:: :. .: :. :. . :. : ::: ::.::.. ::: . ... .. ..
CCDS13 QELPDAVPHGEMPRHMQLYCDRYLCDKVVPGNRVTIMGIYSIKKF----GLTTSRGRDRV
230 240 250 260 270 280
420 430 440 450 460
pF1KE2 HIDVIHYRKTDAKRLHGL--DEEAEQKLF----SEKRVELLKELSRKPDIYERLASALAP
. . ... :. :. : .. . : : .. : ...:. :..:: .....::
CCDS13 GVGI----RSSYIRVLGIQVDTDGSGRSFAGAVSPQEEEEFRRLAALPNVYEVISKSIAP
290 300 310 320 330 340
470 480 490 500 510 520
pF1KE2 SIYEHEDIKKGILLQLFGGTRKDFSHTGRGKFRAEINILLCGDPGTSKSQLLQYVYNLVP
::. :.::.: ::::.:: . : . :..::.:. :::::.:::::..: . :
CCDS13 SIFGGTDMKKAIACLLFGGSRKRLPD-GLTR-RGDINLLMLGDPGTAKSQLLKFVEKCSP
350 360 370 380 390
530 540 550 560 570 580
pF1KE2 RGQYTSGKGSSAVGLTAYVMKDPETRQLVLQTGALVLSDNGICCIDEFDKMNESTRSVLH
: :::::::::.:::: ::.:: .:..... ::.::.:.:. :::::::: :. : ..:
CCDS13 IGVYTSGKGSSAAGLTASVMRDPSSRNFIMEGGAMVLADGGVVCIDEFDKMREDDRVAIH
400 410 420 430 440 450
590 600 610 620 630 640
pF1KE2 EVMEQQTLSIAKAGIICQLNARTSVLAAANPIESQWNPKKTTIENIQLPHTLLSRFDLIF
:.:::::.::::::: ::.: ::::::: . ..:. : .::.. :.:::::.::
CCDS13 EAMEQQTISIAKAGITTTLNSRCSVLAAANSVFGRWDETKGE-DNIDFMPTILSRFDMIF
460 470 480 490 500 510
650 660 670 680 690 700
pF1KE2 LMLDPQDEAYDRRLAHHLVALYYQ--SEEQAEEELLDMAVLKDYIAYAHSTIMPRLSEEA
.. : ..: : ::.:...:. . .. :: : .:.: :: .::: . :::: ::
CCDS13 IVKDEHNEERDVMLAKHVITLHVSALTQTQAVEGEIDLAKLKKFIAYCRVKCGPRLSAEA
520 530 540 550 560 570
710 720 730 740 750
pF1KE2 SQALIEAYVDMR-------KIGSSRGMVSAYPRQLESLIRLAEAHAKVRLSNKVEAIDVE
.. : . :. :: . .. :. . ::::...:.::: .:..:. . :::
CCDS13 AEKLKNRYIIMRSGARQHERDSDRRSSIPITVRQLEAIVRIAEALSKMKLQPFATEADVE
580 590 600 610 620 630
760 770 780 790 800 810
pF1KE2 EAKRLHREALKQSATDPRTGIVDISILTTGMSA-TSRKRKEELAEALKKLILSKGKTPAL
:: :: . . ..: .: .:. . ::.. .: :.. :.:
CCDS13 EALRLFQVSTLDAA---------LSGTLSGVEGFTSQEDQEMLSRIEKQLKRRFAIGSQV
640 650 660 670 680
820 830 840 850 860
pF1KE2 KYQQLFEDIRGQSDIAITKDMFEEALRALADDDFLTVTGKTVRLL
CCDS13 SEHSIIKDFTKQKYPEHAIHKVLQLMLRRGEIQHRMQRKVLYRLK
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>>CCDS5683.1 MCM7 gene_id:4176|Hs108|chr7 (719 aa)
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Smith-Waterman score: 1175; 34.2% identity (64.7% similar) in 720 aa overlap (158-826:5-700)
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pF1KE2 DLQSDGAAAEDIVASEQSLGQKLVIWGTDVNVAACKENFQRFLQRFI--DPLAKEEENVG
. : ::. ..:::.: : :.:.. . :
CCDS56 MALKDYALEKEKVKKFLQEFYQDDELGKKQFKYG
10 20 30
190 200 210 220 230
pF1KE2 IDITEPLYMQRLG---EINVIGE--PFL-NVNCEHIKSFDKNLYRQLISYPQEVIPTFDM
.... . .... ... ..: : : . ::. . . : :. . . ::..: .
CCDS56 NQLVRLAHREQVALYVDLDDVAEDDPELVDSICENARRYAK-LFADAV---QELLPQYKE
40 50 60 70 80 90
240 250 260 270
pF1KE2 --AVNEIFFDRY-------------PDSILEHQIQ-----VRPF-------NALKTKNMR
.::. .: : : . : : .: : .. : . .:
CCDS56 REVVNKDVLDVYIEHRLMMEQRSRDPGMVRSPQNQYPAELMRRFELYFQGPSSNKPRVIR
100 110 120 130 140 150
280 290 300 310 320 330
pF1KE2 NLNPEDIDQLITISGMVIRTSQLIPEMQEAFFQCQVCAHTTRVEMDRGRIAEPSVCG--R
.. ... .:.:. :.: :.:.. :.: : . :. :. : .. . .: .
CCDS56 EVRADSVGKLVTVRGIVTRVSEVKPKMVVATYTCDQCGAETYQPIQSPTFMPLIMCPSQE
160 170 180 190 200 210
340 350 360 370 380
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:.:..: . : : : : .:.:: ...:.:. :... ...... . .::::.
CCDS56 CQTNRSGGRLYLQTRGSRFIKFQEMKMQEHSDQVPVGNIPRSITVLVEGENTRIAQPGDH
220 230 240 250 260 270
390 400 410 420 430 440
pF1KE2 VNVTGIYRAVPIRVNPRVSNVKSVYKTHID-VIHYRKTDAKRLHGLDE-EAEQKLFSEKR
:.::::. .:: ... .. .. .. .:.:. ... : ... .:
CCDS56 VSVTGIF--LPI--------LRTGFRQVVQGLLSETYLEAHRIVKMNKSEDDESGAGELT
280 290 300 310 320
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pF1KE2 VELLKELSRKPDIYERLASALAPSIYEHEDIKKGILLQLFGGTRKDFSHTGRGKFRAEIN
: :...... :.::.::...:: :: :::.::..:: : ::. : : : :.:..::
CCDS56 REELRQIAEE-DFYEKLAASIAPEIYGHEDVKKALLLLLVGGV--DQSPRGM-KIRGNIN
330 340 350 360 370
510 520 530 540 550 560
pF1KE2 ILLCGDPGTSKSQLLQYVYNLVPRGQYTSGKGSSAVGLTAYVMKDPETRQLVLQTGALVL
: : ::::..:::::.:. :.::.:::.:.:::.::::: :..: . .:.:. :::::
CCDS56 ICLMGDPGVAKSQLLSYIDRLAPRSQYTTGRGSSGVGLTAAVLRDSVSGELTLEGGALVL
380 390 400 410 420 430
570 580 590 600 610 620
pF1KE2 SDNGICCIDEFDKMNESTRSVLHEVMEQQTLSIAKAGIICQLNARTSVLAAANPIESQWN
.:.:.::::::::: :. :...::::::::.:::::::. :::: :.:::::: ...:
CCDS56 ADQGVCCIDEFDKMAEADRTAIHEVMEQQTISIAKAGILTTLNARCSILAAANPAYGRYN
440 450 460 470 480 490
630 640 650 660 670 680
pF1KE2 PKKTTIENIQLPHTLLSRFDLIFLMLDPQDEAYDRRLAHHLVALYYQSEEQAEE-ELLDM
:... .::::: .:::::::..:. : :. : :::.:.. .. .:.. . : :::
CCDS56 PRRSLEQNIQLPAALLSRFDLLWLIQDRPDRDNDLRLAQHITYVHQHSRQPPSQFEPLDM
500 510 520 530 540 550
690 700 710 720 730 740
pF1KE2 AVLKDYIAYAHSTIMPRLSEEASQALIEAYVDMRKIG-SSRGMVSAYPRQLESLIRLAEA
... :::. . .: . : .. . :::.::. . .:. . . : : ...::. :
CCDS56 KLMRRYIAMCREK-QPMVPESLADYITAAYVEMRREAWASKDATYTSARTLLAILRLSTA
560 570 580 590 600 610
750 760 770 780 790
pF1KE2 HAKVRLSNKVEAIDVEEAKRLH---REAL----KQSATDPRTGIVDISILTTGMSATSRK
:..:. . :: ::.:: :: ...: :.: : . :. :..: .:
CCDS56 LARLRMVDVVEKEDVNEAIRLMEMSKDSLLGDKGQTARTQRPA--DV-IFATVRELVSGG
620 630 640 650 660 670
800 810 820 830 840 850
pF1KE2 RKEELAEALKKLILSKGKTPALKYQQLFEDIRGQSDIAITKDMFEEALRALADDDFLTVT
:. ...:: .. . :.: ::: ..: ...
CCDS56 RSVRFSEAEQRCV-SRGFTPA-QFQAALDEYEELNVWQVNASRTRITFV
680 690 700 710
>>CCDS5684.1 MCM7 gene_id:4176|Hs108|chr7 (543 aa)
initn: 934 init1: 696 opt: 967 Z-score: 825.6 bits: 163.2 E(32554): 1.1e-39
Smith-Waterman score: 1079; 37.8% identity (68.6% similar) in 545 aa overlap (299-826:1-524)
270 280 290 300 310 320
pF1KE2 KNMRNLNPEDIDQLITISGMVIRTSQLIPEMQEAFFQCQVCAHTTRVEMDRGRIAEPSVC
: : . :. :. : .. . .:
CCDS56 MVVATYTCDQCGAETYQPIQSPTFMPLIMC
10 20 30
330 340 350 360 370 380
pF1KE2 G--RCHTTHS---MALIHNRSLFSDKQMIKLQESPEDMPAGQTPHTVILFAHNDLVDKVQ
.:.:..: . : : : : .:.:: ...:.:. :... ...... . .:
CCDS56 PSQECQTNRSGGRLYLQTRGSRFIKFQEMKMQEHSDQVPVGNIPRSITVLVEGENTRIAQ
40 50 60 70 80 90
390 400 410 420 430 440
pF1KE2 PGDRVNVTGIYRAVPIRVNPRVSNVKSVYKTHID-VIHYRKTDAKRLHGLDE-EAEQKLF
:::.:.::::. .:: ... .. .. .. .:.:. ... : ...
CCDS56 PGDHVSVTGIF--LPI--------LRTGFRQVVQGLLSETYLEAHRIVKMNKSEDDESGA
100 110 120 130 140
450 460 470 480 490 500
pF1KE2 SEKRVELLKELSRKPDIYERLASALAPSIYEHEDIKKGILLQLFGGTRKDFSHTGRG-KF
.: : :...... :.::.::...:: :: :::.::..:: : ::. ... :: :.
CCDS56 GELTREELRQIAEE-DFYEKLAASIAPEIYGHEDVKKALLLLLVGGV----DQSPRGMKI
150 160 170 180 190
510 520 530 540 550 560
pF1KE2 RAEINILLCGDPGTSKSQLLQYVYNLVPRGQYTSGKGSSAVGLTAYVMKDPETRQLVLQT
:..::: : ::::..:::::.:. :.::.:::.:.:::.::::: :..: . .:.:.
CCDS56 RGNINICLMGDPGVAKSQLLSYIDRLAPRSQYTTGRGSSGVGLTAAVLRDSVSGELTLEG
200 210 220 230 240 250
570 580 590 600 610 620
pF1KE2 GALVLSDNGICCIDEFDKMNESTRSVLHEVMEQQTLSIAKAGIICQLNARTSVLAAANPI
:::::.:.:.::::::::: :. :...::::::::.:::::::. :::: :.::::::
CCDS56 GALVLADQGVCCIDEFDKMAEADRTAIHEVMEQQTISIAKAGILTTLNARCSILAAANPA
260 270 280 290 300 310
630 640 650 660 670
pF1KE2 ESQWNPKKTTIENIQLPHTLLSRFDLIFLMLDPQDEAYDRRLAHHLVALYYQSEEQAEE-
...::... .::::: .:::::::..:. : :. : :::.:.. .. .:.. .
CCDS56 YGRYNPRRSLEQNIQLPAALLSRFDLLWLIQDRPDRDNDLRLAQHITYVHQHSRQPPSQF
320 330 340 350 360 370
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860
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CCDS13 PHQLLRKYIGYARQYVYPRLSTEAARVLQDFYLELRKQSQRLNSSPITTRQLESLIRLTE
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:.:...: ... :.:. .. . .. . .: . : .:. : . ..:. ...
CCDS13 ARARLELREEATKEDAEDIVEIMKYSMLGTYSD-EFGNLDFERSQHGSGMSNRSTAKRFI
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::.. . . . ....:: ..: . .: .. ::. . .: :. .: : :
CCDS13 SALNN-VAERTYNNIFQFHQL-RQIAKELNIQVAD--FENFIGSLNDQGYLLKKGPKVYQ
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pF1KE2 L
:
CCDS13 LQTM
840
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CCDS21 LEEF-------QSSDG----EIKYLQLAEELIRPERNTLVVSFVDLEQFNQQLSTTIQEE
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CCDS21 EVDEGAGGINGHADSPAPVNGINGYNEDINQESAPKASLRLGFSEYCRISNLIVLHLRKV
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CCDS75 TLIRLATAHAKARMSKTVDLQDAEEAVELVQYAYFKKVLEKEKKRKKRSEDESETEDEEE
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CCDS49 MLPRSPPLPRGN-LWWREEFGSFRAGVE----
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CCDS49 SSWEPPRDFGGGSSLAAGMAGTVVLDDVELREAQRDYLDFLD--------DEEDQGI---
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CCDS49 ---YQSKVRELISDNQYRLIVNVNDLRRKNEKRANRLLNNAFEELVAFQRALKDFVASID
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CCDS49 ATYAKQYEEFYVGLEGSFGSKHVSPRTLTSCFLSCVVCVEGIVTKCSLVRPKVVRSVHYC
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CCDS49 PATKKTIERRYSDLTTLVAFPSSSVYPTKDEENNPLETEYGLSVYKDHQTITIQEMPEKA
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CCDS49 PAGQLPRSVDVILDDDLVDKAKPGDRVQVVGTYRCLPGKKGGYTSGTFRTVLIACNVKQM
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CCDS49 SK-DAQPSFSAEDIAKIKKFSK---------TRSKDIFDQLAKSLAPSIHGHDYVKKAIL
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CCDS49 CLLLGGVERDLENGSH--IRGDINILLIGDPSVAKSQLLRYVLCTAPRAIPTTGRGSSGV
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CCDS49 GLTAAVTTDQETGERRLEAGAMVLADRGVVCIDEFDKMSDMDRTAIHEVMEQGRVTIAKA
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CCDS49 GIHARLNARCSVLAAANPVYGRYDQYKTPMENIGLQDSLLSRFDLLFIMLDQMDPEQDRE
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CCDS49 ISDHVLRMHRYRAPGEQDGDAMPLGSAVDILATDDPNFSQEDQQDTQIYEKHDNLLHGTK
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CCDS49 KKKEKMVSAAFMKKYIHVAK-IIKPVLTQESATYIAEEYSRLRSQDSMSSDTARTSPVTA
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