Result of FASTA (omim) for
pFN21AE2074
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2074, 737 aa
1>>>pF1KE2074 737 - 737 aa - 737 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4849+/-0.000376; mu= 10.3521+/- 0.024
mean_var=128.1546+/-25.933, 0's: 0 Z-trim(116.6): 5 B-trim: 371 in 1/53
Lambda= 0.113294
statistics sampled from 27951 (27956) to 27951 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.672), E-opt: 0.2 (0.328), width: 16
Scan time: 11.490
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002094 (OMIM: 138570,611556) glycogen [starch] ( 737) 5013 831.1 0
NP_001155059 (OMIM: 138570,611556) glycogen [starc ( 673) 3879 645.7 1.8e-184
NP_068776 (OMIM: 138571,240600) glycogen [starch] ( 703) 3543 590.8 6.2e-168
XP_006719126 (OMIM: 138571,240600) PREDICTED: glyc ( 626) 3149 526.4 1.4e-148
XP_016874734 (OMIM: 138571,240600) PREDICTED: glyc ( 392) 1976 334.6 4.8e-91
>>NP_002094 (OMIM: 138570,611556) glycogen [starch] synt (737 aa)
initn: 5013 init1: 5013 opt: 5013 Z-score: 4434.1 bits: 831.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5013; 100.0% identity (100.0% similar) in 737 aa overlap (1-737:1-737)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MPLNRTLSMSSLPGLEDWEDEFDLENAVLFEVAWEVANKVGGIYTVLQTKAKVTGDEWGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MPLNRTLSMSSLPGLEDWEDEFDLENAVLFEVAWEVANKVGGIYTVLQTKAKVTGDEWGD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NYFLVGPYTEQGVRTQVELLEAPTPALKRTLDSMNSKGCKVYFGRWLIEGGPLVVLLDVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NYFLVGPYTEQGVRTQVELLEAPTPALKRTLDSMNSKGCKVYFGRWLIEGGPLVVLLDVG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 ASAWALERWKGELWDTCNIGVPWYDREANDAVLFGFLTTWFLGEFLAQSEEKPHVVAHFH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ASAWALERWKGELWDTCNIGVPWYDREANDAVLFGFLTTWFLGEFLAQSEEKPHVVAHFH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 EWLAGVGLCLCRARRLPVATIFTTHATLLGRYLCAGAVDFYNNLENFNVDKEAGERQIYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EWLAGVGLCLCRARRLPVATIFTTHATLLGRYLCAGAVDFYNNLENFNVDKEAGERQIYH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 RYCMERAAAHCAHVFTTVSQITAIEAQHLLKRKPDIVTPNGLNVKKFSAMHEFQNLHAQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RYCMERAAAHCAHVFTTVSQITAIEAQHLLKRKPDIVTPNGLNVKKFSAMHEFQNLHAQS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 KARIQEFVRGHFYGHLDFNLDKTLYFFIAGRYEFSNKGADVFLEALARLNYLLRVNGSEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KARIQEFVRGHFYGHLDFNLDKTLYFFIAGRYEFSNKGADVFLEALARLNYLLRVNGSEQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 TVVAFFIMPARTNNFNVETLKGQAVRKQLWDTANTVKEKFGRKLYESLLVGSLPDMNKML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TVVAFFIMPARTNNFNVETLKGQAVRKQLWDTANTVKEKFGRKLYESLLVGSLPDMNKML
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 DKEDFTMMKRAIFATQRQSFPPVCTHNMLDDSSDPILTTIRRIGLFNSSADRVKVIFHPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DKEDFTMMKRAIFATQRQSFPPVCTHNMLDDSSDPILTTIRRIGLFNSSADRVKVIFHPE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 FLSSTSPLLPVDYEEFVRGCHLGVFPSYYEPWGYTPAECTVMGIPSISTNLSGFGCFMEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FLSSTSPLLPVDYEEFVRGCHLGVFPSYYEPWGYTPAECTVMGIPSISTNLSGFGCFMEE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 HIADPSAYGIYILDRRFRSLDDSCSQLTSFLYSFCQQSRRQRIIQRNRTERLSDLLDWKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 HIADPSAYGIYILDRRFRSLDDSCSQLTSFLYSFCQQSRRQRIIQRNRTERLSDLLDWKY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 LGRYYMSARHMALSKAFPEHFTYEPNEADAAQGYRYPRPASVPPSPSLSRHSSPHQSEDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LGRYYMSARHMALSKAFPEHFTYEPNEADAAQGYRYPRPASVPPSPSLSRHSSPHQSEDE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 EDPRNGPLEEDGERYDEDEEAAKDRRNIRAPEWPRRASCTSSTSGSKRNSVDTATSSSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EDPRNGPLEEDGERYDEDEEAAKDRRNIRAPEWPRRASCTSSTSGSKRNSVDTATSSSLS
670 680 690 700 710 720
730
pF1KE2 TPSEPLSPTSSLGEERN
:::::::::::::::::
NP_002 TPSEPLSPTSSLGEERN
730
>>NP_001155059 (OMIM: 138570,611556) glycogen [starch] s (673 aa)
initn: 3879 init1: 3879 opt: 3879 Z-score: 3433.0 bits: 645.7 E(85289): 1.8e-184
Smith-Waterman score: 4407; 91.3% identity (91.3% similar) in 737 aa overlap (1-737:1-673)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MPLNRTLSMSSLPGLEDWEDEFDLENAVLFEVAWEVANKVGGIYTVLQTKAKVTGDEWGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MPLNRTLSMSSLPGLEDWEDEFDLENAVLFEVAWEVANKVGGIYTVLQTKAKVTGDEWGD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 NYFLVGPYTEQGVRTQVELLEAPTPALKRTLDSMNSKGCKVYFGRWLIEGGPLVVLLDVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NYFLVGPYTEQGVRTQVELLEAPTPALKRTLDSMNSKGCK--------------------
70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 ASAWALERWKGELWDTCNIGVPWYDREANDAVLFGFLTTWFLGEFLAQSEEKPHVVAHFH
::::::::::::::::
NP_001 --------------------------------------------FLAQSEEKPHVVAHFH
110
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 EWLAGVGLCLCRARRLPVATIFTTHATLLGRYLCAGAVDFYNNLENFNVDKEAGERQIYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EWLAGVGLCLCRARRLPVATIFTTHATLLGRYLCAGAVDFYNNLENFNVDKEAGERQIYH
120 130 140 150 160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 RYCMERAAAHCAHVFTTVSQITAIEAQHLLKRKPDIVTPNGLNVKKFSAMHEFQNLHAQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RYCMERAAAHCAHVFTTVSQITAIEAQHLLKRKPDIVTPNGLNVKKFSAMHEFQNLHAQS
180 190 200 210 220 230
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 KARIQEFVRGHFYGHLDFNLDKTLYFFIAGRYEFSNKGADVFLEALARLNYLLRVNGSEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KARIQEFVRGHFYGHLDFNLDKTLYFFIAGRYEFSNKGADVFLEALARLNYLLRVNGSEQ
240 250 260 270 280 290
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 TVVAFFIMPARTNNFNVETLKGQAVRKQLWDTANTVKEKFGRKLYESLLVGSLPDMNKML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TVVAFFIMPARTNNFNVETLKGQAVRKQLWDTANTVKEKFGRKLYESLLVGSLPDMNKML
300 310 320 330 340 350
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 DKEDFTMMKRAIFATQRQSFPPVCTHNMLDDSSDPILTTIRRIGLFNSSADRVKVIFHPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DKEDFTMMKRAIFATQRQSFPPVCTHNMLDDSSDPILTTIRRIGLFNSSADRVKVIFHPE
360 370 380 390 400 410
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 FLSSTSPLLPVDYEEFVRGCHLGVFPSYYEPWGYTPAECTVMGIPSISTNLSGFGCFMEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FLSSTSPLLPVDYEEFVRGCHLGVFPSYYEPWGYTPAECTVMGIPSISTNLSGFGCFMEE
420 430 440 450 460 470
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 HIADPSAYGIYILDRRFRSLDDSCSQLTSFLYSFCQQSRRQRIIQRNRTERLSDLLDWKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HIADPSAYGIYILDRRFRSLDDSCSQLTSFLYSFCQQSRRQRIIQRNRTERLSDLLDWKY
480 490 500 510 520 530
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 LGRYYMSARHMALSKAFPEHFTYEPNEADAAQGYRYPRPASVPPSPSLSRHSSPHQSEDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LGRYYMSARHMALSKAFPEHFTYEPNEADAAQGYRYPRPASVPPSPSLSRHSSPHQSEDE
540 550 560 570 580 590
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 EDPRNGPLEEDGERYDEDEEAAKDRRNIRAPEWPRRASCTSSTSGSKRNSVDTATSSSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EDPRNGPLEEDGERYDEDEEAAKDRRNIRAPEWPRRASCTSSTSGSKRNSVDTATSSSLS
600 610 620 630 640 650
730
pF1KE2 TPSEPLSPTSSLGEERN
:::::::::::::::::
NP_001 TPSEPLSPTSSLGEERN
660 670
>>NP_068776 (OMIM: 138571,240600) glycogen [starch] synt (703 aa)
initn: 3534 init1: 2723 opt: 3543 Z-score: 3135.9 bits: 590.8 E(85289): 6.2e-168
Smith-Waterman score: 3543; 72.4% identity (91.7% similar) in 688 aa overlap (5-691:5-684)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MPLNRTLSMSSLPGLEDWE-DEFDLENAVLFEVAWEVANKVGGIYTVLQTKAKVTGDEWG
:.::..:: :: .:: .:. .:. .::::::::.:::::::::.:::::.:.::::
NP_068 MLRGRSLSVTSLGGLPQWEVEELPVEELLLFEVAWEVTNKVGGIYTVIQTKAKTTADEWG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 DNYFLVGPYTEQGVRTQVELLEAPTPALKRTLDSMNSKGCKVYFGRWLIEGGPLVVLLDV
.::::.::: :....:::: : . :..:..:.::..::.:.::::::::.: :::.:.
NP_068 ENYFLIGPYFEHNMKTQVEQCEPVNDAVRRAVDAMNKHGCQVHFGRWLIEGSPYVVLFDI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 GASAWALERWKGELWDTCNIGVPWYDREANDAVLFGFLTTWFLGEFLAQSEEKPHVVAHF
: ::: :.::::.::..:..:.:..:::::: ..:: ::.::: : ... : .:::.:
NP_068 GYSAWNLDRWKGDLWEACSVGIPYHDREANDMLIFGSLTAWFLKEVTDHADGK-YVVAQF
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 HEWLAGVGLCLCRARRLPVATIFTTHATLLGRYLCAGAVDFYNNLENFNVDKEAGERQIY
::: ::.:: : :::.::.:::::::::::::::::. .::::.:..::.::::::::::
NP_068 HEWQAGIGLILSRARKLPIATIFTTHATLLGRYLCAANIDFYNHLDKFNIDKEAGERQIY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 HRYCMERAAAHCAHVFTTVSQITAIEAQHLLKRKPDIVTPNGLNVKKFSAMHEFQNLHAQ
::::::::..::::::::::.::::::.:.::::::.:::::::::::::.::::::::.
NP_068 HRYCMERASVHCAHVFTTVSEITAIEAEHMLKRKPDVVTPNGLNVKKFSAVHEFQNLHAM
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 SKARIQEFVRGHFYGHLDFNLDKTLYFFIAGRYEFSNKGADVFLEALARLNYLLRVNGSE
:::::.::::::::::::.:.:::..::::::::::::::.:::.:.:::.:::.. :.
NP_068 YKARIQDFVRGHFYGHLDFDLEKTLFLFIAGRYEFSNKGADIFLESLSRLNFLLRMHKSD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 QTVVAFFIMPARTNNFNVETLKGQAVRKQLWDTANTVKEKFGRKLYESLLVGSLPDMNKM
::..::::::.::::::::::::::::::::.:..::::::.:::..:: : .::.: .
NP_068 ITVMVFFIMPAKTNNFNVETLKGQAVRKQLWDVAHSVKEKFGKKLYDALLRGEIPDLNDI
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 LDKEDFTMMKRAIFATQRQSFPPVCTHNMLDDSSDPILTTIRRIGLFNSSADRVKVIFHP
::..:.:.::::::.:::::.::: ::::.:::.::::.:::::::::. .::::::.::
NP_068 LDRDDLTIMKRAIFSTQRQSLPPVTTHNMIDDSTDPILSTIRRIGLFNNRTDRVKVILHP
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 EFLSSTSPLLPVDYEEFVRGCHLGVFPSYYEPWGYTPAECTVMGIPSISTNLSGFGCFME
:::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::..::::::::::.
NP_068 EFLSSTSPLLPMDYEEFVRGCHLGVFPSYYEPWGYTPAECTVMGIPSVTTNLSGFGCFMQ
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KE2 EHIADPSAYGIYILDRRFRSLDDSCSQLTSFLYSFCQQSRRQRIIQRNRTERLSDLLDWK
::.:::.::::::.:::::: ::::.:::.:::.::.::::::::::::::::::::::.
NP_068 EHVADPTAYGIYIVDRRFRSPDDSCNQLTKFLYGFCKQSRRQRIIQRNRTERLSDLLDWR
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KE2 YLGRYYMSARHMALSKAFPEHFTYEPNEADAAQGYRYPRPASVPPSPSLSRHSSPHQSED
::::::. :::..::.:::..: : . ...:..::::.::::::: :. ::: :: :
NP_068 YLGRYYQHARHLTLSRAFPDKFHVELTSPPTTEGFKYPRPSSVPPSPSGSQASSP-QSSD
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KE2 EEDPRNGPLEEDGERYDEDEEAAKDRRNIRAPEWPRRASCTSSTSGSKRNSVDTATSSSL
:: : . :::::.::: .:: ::..:
NP_068 VED------EVEDERYDEEEEAERDRLNIKSPFSLSHVPHGKKKLHGEYKN
660 670 680 690 700
720 730
pF1KE2 STPSEPLSPTSSLGEERN
>>XP_006719126 (OMIM: 138571,240600) PREDICTED: glycogen (626 aa)
initn: 3134 init1: 2723 opt: 3149 Z-score: 2788.6 bits: 526.4 E(85289): 1.4e-148
Smith-Waterman score: 3149; 72.6% identity (90.7% similar) in 613 aa overlap (88-691:3-607)
60 70 80 90 100
pF1KE2 WGDNYFLVGPYTEQGVRTQVELLEAPTPALKRTLDSMNSK---------GCKVYFGRWLI
:.:. .:::. . .:.::::::
XP_006 MGKKTVTNMNSQEKTIHLLKENFQVHFGRWLI
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE2 EGGPLVVLLDVGASAWALERWKGELWDTCNIGVPWYDREANDAVLFGFLTTWFLGEFLAQ
::.: :::.:.: ::: :.::::.::..:..:.:..:::::: ..:: ::.::: : .
XP_006 EGSPYVVLFDIGYSAWNLDRWKGDLWEACSVGIPYHDREANDMLIFGSLTAWFLKEVTDH
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 SEEKPHVVAHFHEWLAGVGLCLCRARRLPVATIFTTHATLLGRYLCAGAVDFYNNLENFN
.. : .:::.:::: ::.:: : :::.::.:::::::::::::::::. .::::.:..::
XP_006 ADGK-YVVAQFHEWQAGIGLILSRARKLPIATIFTTHATLLGRYLCAANIDFYNHLDKFN
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KE2 VDKEAGERQIYHRYCMERAAAHCAHVFTTVSQITAIEAQHLLKRKPDIVTPNGLNVKKFS
.::::::::::::::::::..::::::::::.::::::.:.::::::.::::::::::::
XP_006 IDKEAGERQIYHRYCMERASVHCAHVFTTVSEITAIEAEHMLKRKPDVVTPNGLNVKKFS
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KE2 AMHEFQNLHAQSKARIQEFVRGHFYGHLDFNLDKTLYFFIAGRYEFSNKGADVFLEALAR
:.::::::::. :::::.::::::::::::.:.:::..::::::::::::::.:::.:.:
XP_006 AVHEFQNLHAMYKARIQDFVRGHFYGHLDFDLEKTLFLFIAGRYEFSNKGADIFLESLSR
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KE2 LNYLLRVNGSEQTVVAFFIMPARTNNFNVETLKGQAVRKQLWDTANTVKEKFGRKLYESL
::.:::.. :. ::..::::::.::::::::::::::::::::.:..::::::.:::..:
XP_006 LNFLLRMHKSDITVMVFFIMPAKTNNFNVETLKGQAVRKQLWDVAHSVKEKFGKKLYDAL
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
pF1KE2 LVGSLPDMNKMLDKEDFTMMKRAIFATQRQSFPPVCTHNMLDDSSDPILTTIRRIGLFNS
: : .::.: .::..:.:.::::::.:::::.::: ::::.:::.::::.:::::::::.
XP_006 LRGEIPDLNDILDRDDLTIMKRAIFSTQRQSLPPVTTHNMIDDSTDPILSTIRRIGLFNN
340 350 360 370 380 390
470 480 490 500 510 520
pF1KE2 SADRVKVIFHPEFLSSTSPLLPVDYEEFVRGCHLGVFPSYYEPWGYTPAECTVMGIPSIS
.::::::.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::..
XP_006 RTDRVKVILHPEFLSSTSPLLPMDYEEFVRGCHLGVFPSYYEPWGYTPAECTVMGIPSVT
400 410 420 430 440 450
530 540 550 560 570 580
pF1KE2 TNLSGFGCFMEEHIADPSAYGIYILDRRFRSLDDSCSQLTSFLYSFCQQSRRQRIIQRNR
::::::::::.::.:::.::::::.:::::: ::::.:::.:::.::.::::::::::::
XP_006 TNLSGFGCFMQEHVADPTAYGIYIVDRRFRSPDDSCNQLTKFLYGFCKQSRRQRIIQRNR
460 470 480 490 500 510
590 600 610 620 630 640
pF1KE2 TERLSDLLDWKYLGRYYMSARHMALSKAFPEHFTYEPNEADAAQGYRYPRPASVPPSPSL
::::::::::.::::::. :::..::.:::..: : . ...:..::::.:::::::
XP_006 TERLSDLLDWRYLGRYYQHARHLTLSRAFPDKFHVELTSPPTTEGFKYPRPSSVPPSPSG
520 530 540 550 560 570
650 660 670 680 690 700
pF1KE2 SRHSSPHQSEDEEDPRNGPLEEDGERYDEDEEAAKDRRNIRAPEWPRRASCTSSTSGSKR
:. ::: :: : :: : . :::::.::: .:: ::..:
XP_006 SQASSP-QSSDVED------EVEDERYDEEEEAERDRLNIKSPFSLSHVPHGKKKLHGEY
580 590 600 610 620
710 720 730
pF1KE2 NSVDTATSSSLSTPSEPLSPTSSLGEERN
XP_006 KN
>>XP_016874734 (OMIM: 138571,240600) PREDICTED: glycogen (392 aa)
initn: 1951 init1: 1238 opt: 1976 Z-score: 1755.6 bits: 334.6 E(85289): 4.8e-91
Smith-Waterman score: 1976; 71.6% identity (92.5% similar) in 387 aa overlap (5-390:5-390)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MPLNRTLSMSSLPGLEDWE-DEFDLENAVLFEVAWEVANKVGGIYTVLQTKAKVTGDEWG
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