Result of FASTA (omim) for
pFN21AE2033
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2033, 624 aa
1>>>pF1KE2033 624 - 624 aa - 624 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8554+/-0.000428; mu= -4.0836+/- 0.027
mean_var=398.3942+/-82.368, 0's: 0 Z-trim(122.2): 52 B-trim: 0 in 0/61
Lambda= 0.064257
statistics sampled from 39906 (39962) to 39906 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.757), E-opt: 0.2 (0.469), width: 16
Scan time: 11.710
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_038472 (OMIM: 300264,300857) ubiquilin-2 [Homo ( 624) 4079 392.5 2.3e-108
NP_038466 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 1 [Ho ( 589) 2617 257.0 1.4e-67
NP_444295 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 2 [Ho ( 561) 2174 215.9 3.1e-55
XP_005252005 (OMIM: 605046) PREDICTED: ubiquilin-1 ( 449) 2157 214.2 7.8e-55
NP_001291271 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 2 ( 581) 1624 164.9 7e-40
NP_064516 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 1 [Ho ( 601) 1614 164.0 1.4e-39
XP_005245405 (OMIM: 605440) PREDICTED: ubiquilin-4 ( 427) 1233 128.5 4.6e-29
NP_059509 (OMIM: 605473) ubiquilin-3 [Homo sapiens ( 655) 1146 120.7 1.7e-26
XP_011518446 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 ( 655) 1146 120.7 1.7e-26
XP_011518447 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 ( 502) 1135 119.5 2.8e-26
>>NP_038472 (OMIM: 300264,300857) ubiquilin-2 [Homo sapi (624 aa)
initn: 4079 init1: 4079 opt: 4079 Z-score: 2066.6 bits: 392.5 E(85289): 2.3e-108
Smith-Waterman score: 4079; 100.0% identity (100.0% similar) in 624 aa overlap (1-624:1-624)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPSNAAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPSNAAG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 TNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 MMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 MMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 PAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 PAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAAANYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 SGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAAANYV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNSPLFTANP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNSPLFTANP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 QLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 QLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 GVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGGPTGPTVSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 GVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGGPTGPTVSS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 AAPSETTSPTSESGPNQQFIQQMVQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQLNAMGFLNREAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 AAPSETTSPTSESGPNQQFIQQMVQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQLNAMGFLNREAN
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KE2 LQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
::::::::::::::::::::::::
NP_038 LQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
610 620
>>NP_038466 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 1 [Homo s (589 aa)
initn: 3022 init1: 1826 opt: 2617 Z-score: 1334.4 bits: 257.0 E(85289): 1.4e-67
Smith-Waterman score: 2976; 74.8% identity (87.2% similar) in 635 aa overlap (1-624:1-589)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGS----AAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
:::.:::.::: . . :.:.:. ::: :::::.:::::::::::::::::::::::
NP_038 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 FKEAISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPS
::: :::::::.::::::::::::::::::: :::::::::::::::.::::: .:.: .
NP_038 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 NAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLM
:.::.:.:..::: :::: :..:::::::.::::::::::::..:::::::::::.::.
NP_038 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 ASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLE
..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::
NP_038 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 IARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVG
.::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::.
NP_038 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 SSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAA
:..:::::.::::::::::::::::: . .:::...:....:. .:...:...:....:
NP_038 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 ANYV----ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
: : ::.:.:::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 SPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGL
.:::..::::::::: :::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::
NP_038 NPLFAGNPQLQEQMRQQLPTFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 IPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGG
::.::::.: :.: .: ::.:..:
NP_038 IPGFTPGLG------ALGSTG--------------------------------GSSGTNG
490 500
540 550 560 570 580
pF1KE2 PTGPTVSSAAPSETTSPT---SESGPNQQFIQQMVQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQL
:.:.:::.:::: .: : .:::::::.:::::.: ::: :::::::::::::
NP_038 ------SNATPSENTSPTAGTTEPG-HQQFIQQMLQALAGVN-PQLQNPEVRFQQQLEQL
510 520 530 540 550
590 600 610 620
pF1KE2 NAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
.::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_038 SAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
560 570 580
>>NP_444295 (OMIM: 605046) ubiquilin-1 isoform 2 [Homo s (561 aa)
initn: 2556 init1: 1826 opt: 2174 Z-score: 1112.7 bits: 215.9 E(85289): 3.1e-55
Smith-Waterman score: 2749; 71.2% identity (83.0% similar) in 635 aa overlap (1-624:1-561)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGS----AAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
:::.:::.::: . . :.:.:. ::: :::::.:::::::::::::::::::::::
NP_444 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 FKEAISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPS
::: :::::::.::::::::::::::::::: :::::::::::::::.::::: .:.: .
NP_444 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 NAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLM
:.::.:.:..::: :::: :..:::::::.::::::::::::..:::::::::::.::.
NP_444 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 ASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLE
..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::
NP_444 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 IARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVG
.::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::.
NP_444 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 SSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAA
:..:::::.::::::::::::::::: . .:::...:....:. .:...:...:....:
NP_444 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 ANYV----ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
: : ::.:.:::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
NP_444 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQM---
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 SPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGL
::::::::::::::::::.::::::::::::::::
NP_444 -------------------------QNPDTLSAMSNPRAMQALLQIQQGLQTLATEAPGL
420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KE2 IPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGG
::.::::.: :.: .: ::.:..:
NP_444 IPGFTPGLG------ALGSTG--------------------------------GSSGTNG
460 470
540 550 560 570 580
pF1KE2 PTGPTVSSAAPSETTSPT---SESGPNQQFIQQMVQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQL
:.:.:::.:::: .: : .:::::::.:::::.: ::: :::::::::::::
NP_444 ------SNATPSENTSPTAGTTEPG-HQQFIQQMLQALAGVN-PQLQNPEVRFQQQLEQL
480 490 500 510 520
590 600 610 620
pF1KE2 NAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
.::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_444 SAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
530 540 550 560
>>XP_005252005 (OMIM: 605046) PREDICTED: ubiquilin-1 iso (449 aa)
initn: 1983 init1: 1819 opt: 2157 Z-score: 1105.4 bits: 214.2 E(85289): 7.8e-55
Smith-Waterman score: 2157; 79.1% identity (93.3% similar) in 416 aa overlap (1-408:1-416)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGS----AAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
:::.:::.::: . . :.:.:. ::: :::::.:::::::::::::::::::::::
XP_005 MAESGESGGPPGSQDSAAGAEGAGAPAAAASAEPKIMKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 FKEAISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPS
::: :::::::.::::::::::::::::::: :::::::::::::::.::::: .:.: .
XP_005 FKEEISKRFKSHTDQLVLIFAGKILKDQDTLSQHGIHDGLTVHLVIKTQNRPQDHSAQQT
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 NAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLM
:.::.:.:..::: :::: :..:::::::.::::::::::::..:::::::::::.::.
XP_005 NTAGSNVTTSSTPNSNSTSGSATSNPFGLGGLGGLAGLSSLGLNTTNFSELQSQMQRQLL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 ASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLE
..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::
XP_005 SNPEMMVQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHMLNNPDIMRQTLE
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 IARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVG
.::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::.
XP_005 LARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLSAAQEQFGGNPFASLV
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 SSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAA
:..:::::.::::::::::::::::: . .:::...:....:. .:...:...:....:
XP_005 SNTSSGEGSQPSRTENRDPLPNPWAPQTSQSSSASSGTASTVGGTTGSTASGTSGQSTTA
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 ANYV----ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLN
: : ::.:.:::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
XP_005 PNLVPGVGASMFNTPGMQSLLQQITENPQLMQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQRPQL
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 SPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGL
XP_005 RKLGILMLAEHSGSLGKLYRQYRWLGPHP
430 440
>>NP_001291271 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 2 [Hom (581 aa)
initn: 2169 init1: 1429 opt: 1624 Z-score: 837.0 bits: 164.9 E(85289): 7e-40
Smith-Waterman score: 2287; 60.4% identity (80.4% similar) in 623 aa overlap (20-624:2-581)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA
:. :.: : :.:::::::.:::... . .::..:::
NP_001 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEE
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQG---------Q
::.:::.: :::::::::::::: ::: ::::.::::::::::. .. : .
NP_001 ISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPS
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KE2 STQPSNAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGS------LGGLAGLSSLGLSSTNFS
. .:..: .:. .: .:: . :: :..:. : :: .::. ::.::::.:.::
NP_001 TPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDA-GSGSRRSSAGFGGILGLGSLGLGSANFM
110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KE2 ELQSQMQQQLMASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLL
:::.:::.:::..:::. ::::::.::.:.:::::::..::::::::::..:::::::.:
NP_001 ELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIMANPQMQQLMERNPEISHML
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KE2 NNPDIMRQTLEIARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQE
:::..::::.:.::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::..::.:
NP_001 NNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMFSAARE
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KE2 QFGGNPFASVGSSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNS
:::.:::.:....:.:. ..:: :::::.::::::.: : : :.: : .:: :::.:
NP_001 QFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSPSPPT-SQAPGSGGEGTG-GSGTS
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KE2 SSNATGNT---VAAANYVASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQN
. . : .. . ::. ...:..: ::.:::::.:::::.::..::::::::::.:.::
NP_001 QVHPTVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLMQNVISAPYMRSMMQTLAQN
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KE2 PDLAAQMMLNSPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGL
::.:::::.: :::..:::::::.: :::.::::::::..:: ..::::::::.::::::
NP_001 PDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESLSILTNPRAMQALLQIQQGL
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KE2 QTLATEAPGLIPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIGPIGPIGPTGPA
::: ::::::.:: .: .: . :: .:.
NP_001 QTLQTEAPGLVPS----------------------LGSFG--ISRTP----------APS
460 470 480
530 540 550 560 570 580
pF1KE2 APPGSTGSGGPTGPTVSSAAPSETTSPTSESGPNQQFIQQMVQALAGANAPQLPNPEVRF
: ::.... : .:: : :.:. :.:::. :. .::..:::.: :::.. :. .:::::
NP_001 A--GSNAGSTPEAPTSSPATPA-TSSPTGASSAQQQLMQQMIQLLAGSGNSQVQTPEVRF
490 500 510 520 530
590 600 610 620
pF1KE2 QQQLEQLNAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::::: :
NP_001 QQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQLS
540 550 560 570 580
>>NP_064516 (OMIM: 605440) ubiquilin-4 isoform 1 [Homo s (601 aa)
initn: 2174 init1: 1434 opt: 1614 Z-score: 831.8 bits: 164.0 E(85289): 1.4e-39
Smith-Waterman score: 2249; 58.7% identity (78.2% similar) in 642 aa overlap (20-624:2-601)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA
:. :.: : :.:::::::.:::... . .::..:::
NP_064 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEE
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQG---------Q
::.:::.: :::::::::::::: ::: ::::.::::::::::. .. : .
NP_064 ISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPS
50 60 70 80 90 100
120 130 140
pF1KE2 STQPSNAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSN------------PF---GLGS---------
. .:..: .:. .: .:: . :: :..:. : : ::
NP_064 TPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILS
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KE2 -LGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIM
.::. ::.::::.:.:: :::.:::.:::..:::. ::::::.::.:.:::::::..::
NP_064 GFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIM
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KE2 ANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYN
::::::::..:::::::.::::..::::.:.::::::::::::::: :::::::::::::
NP_064 ANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYN
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KE2 ALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPAT
:::::::::::::..::.::::.:::.:....:.:. ..:: :::::.::::::.: : :
NP_064 ALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSPSPPT
290 300 310 320 330
330 340 350 360 370 380
pF1KE2 QSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNT---VAAANYVASIFSTPGMQSLLQQITENPQLI
:.: : .:: :::.:. . : .. . ::. ...:..: ::.:::::.:::::.
NP_064 -SQAPGSGGEGTG-GSGTSQVHPTVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLM
340 350 360 370 380 390
390 400 410 420 430 440
pF1KE2 QNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNSPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTL
::..::::::::::.:.::::.:::::.: :::..:::::::.: :::.::::::::..:
NP_064 QNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQMMVNVPLFAGNPQLQEQLRLQLPVFLQQMQNPESL
400 410 420 430 440 450
450 460 470 480 490 500
pF1KE2 SAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGP
: ..::::::::.::::::::: ::::::.:: .: .:
NP_064 SILTNPRAMQALLQIQQGLQTLQTEAPGLVPS----------------------LGSFG-
460 470 480 490
510 520 530 540 550 560
pF1KE2 IVPFTPIGPIGPIGPTGPAAPPGSTGSGGPTGPTVSSAAPSETTSPTSESGPNQQFIQQM
. :: .:.: ::.... : .:: : :.:. :.:::. :. .::..:::
NP_064 -ISRTP----------APSA--GSNAGSTPEAPTSSPATPA-TSSPTGASSAQQQLMQQM
500 510 520 530 540
570 580 590 600 610 620
pF1KE2 VQALAGANAPQLPNPEVRFQQQLEQLNAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQP
.: :::.. :. .:::::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::
NP_064 IQLLAGSGNSQVQTPEVRFQQQLEQLNSMGFINREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQL
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 S
:
NP_064 S
>>XP_005245405 (OMIM: 605440) PREDICTED: ubiquilin-4 iso (427 aa)
initn: 1415 init1: 1068 opt: 1233 Z-score: 642.8 bits: 128.5 E(85289): 4.6e-29
Smith-Waterman score: 1529; 59.2% identity (80.0% similar) in 426 aa overlap (20-408:2-422)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA
:. :.: : :.:::::::.:::... . .::..:::
XP_005 MAEPSGAETRPP--IRVTVKTPKDKEEIVICDRASVKEFKEE
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQG---------Q
::.:::.: :::::::::::::: ::: ::::.::::::::::. .. : .
XP_005 ISRRFKAQQDQLVLIFAGKILKDGDTLNQHGIKDGLTVHLVIKTPQKAQDPAAATASSPS
50 60 70 80 90 100
120 130 140
pF1KE2 STQPSNAAGTNTTSASTPRSNSTPISTNSN------------PF---GLGS---------
. .:..: .:. .: .:: . :: :..:. : : ::
XP_005 TPDPASAPSTTPASPATPAQPSTSGSASSDAGSGSRRSSGGGPSPGAGEGSPSATASILS
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KE2 -LGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPEMMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIM
.::. ::.::::.:.:: :::.:::.:::..:::. ::::::.::.:.:::::::..::
XP_005 GFGGILGLGSLGLGSANFMELQQQMQRQLMSNPEMLSQIMENPLVQDMMSNPDLMRHMIM
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KE2 ANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARNPAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYN
::::::::..:::::::.::::..::::.:.::::::::::::::: :::::::::::::
XP_005 ANPQMQQLMERNPEISHMLNNPELMRQTMELARNPAMMQEMMRNQDRALSNLESIPGGYN
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KE2 ALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSSSGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPAT
:::::::::::::..::.::::.:::.:....:.:. ..:: :::::.::::::.: : :
XP_005 ALRRMYTDIQEPMFSAAREQFGNNPFSSLAGNSDSS-SSQPLRTENREPLPNPWSPSPPT
290 300 310 320 330
330 340 350 360 370 380
pF1KE2 QSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNT---VAAANYVASIFSTPGMQSLLQQITENPQLI
:.: : .:: :::.:. . : .. . ::. ...:..: ::.:::::.:::::.
XP_005 -SQAPGSGGEGTG-GSGTSQVHPTVSNPFGINAASLGSGMFNSPEMQALLQQISENPQLM
340 350 360 370 380 390
390 400 410 420 430 440
pF1KE2 QNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNSPLFTANPQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTL
::..::::::::::.:.::::.:::
XP_005 QNVISAPYMRSMMQTLAQNPDFAAQAFRIL
400 410 420
>>NP_059509 (OMIM: 605473) ubiquilin-3 [Homo sapiens] (655 aa)
initn: 1206 init1: 750 opt: 1146 Z-score: 596.8 bits: 120.7 E(85289): 1.7e-26
Smith-Waterman score: 1348; 40.0% identity (60.7% similar) in 682 aa overlap (16-608:5-642)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA
: : ::: : .:..:::::::::.::.:.: .. ..::.::
NP_059 MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQLKEE
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPSNAAG
::.:::.. :::::::::::::: :.: : :..:::::::::: :.: .:. ...
NP_059 ISQRFKAHPDQLVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAASVPT
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPE
. . .: :. .: : ..: .. ::: :.::: :::. .: . :....: .. ::
NP_059 QGPSPGSLPQPSS--IYPADGPPAF-SLGLLTGLSRLGLAYRGFPDQPSSLMRQHVSVPE
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 MMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARN
.. :....::. ..::: :.:::.. ::.::::::.::::.:.::::.:::::::. ::
NP_059 FVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQHNPEIGHILNNPEIMRQTLEFLRN
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 PAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSS
:::::::.:.:: .::::::::::::.: :::::..:::::.::::::::::.. ....
NP_059 PAMMQEMIRSQDRVLSNLESIPGGYNVLCTMYTDIMDPMLNAVQEQFGGNPFATATTDNA
230 240 250 260 270 280
310 320
pF1KE2 SGEGTQPSRTENRDPLPNPW-------------------AP-------------------
. .:::: :: ::::::: ::
NP_059 TTTTSQPSRMENCDPLPNPWTSTHGGSGSRQGRQDGDQDAPDIRNRFPNFLGIIRLYDYL
290 300 310 320 330 340
330 340 350
pF1KE2 --------------------------PPATQSSATTSTTTSTGSGSGNS----SSNATGN
:: . . . :. .: :::. : :
NP_059 QQLHENPQSLGTYLQGTASALSQSQEPPPSVNRVPPSSPSSQEPGSGQPLPEESVAIKGR
350 360 370 380 390 400
360 370 380 390 400
pF1KE2 TVAAANYVASIFSTPGM--------QSLLQQITENPQLIQNMLSA----PYMRSMMQSLS
. : .. :. .: . :. :.:.... .. :. .. .
NP_059 SSCPAFLRYPTENSTGQGGDQDGAGKSSTGHSTNLPDLVSGLGDSANRVPFAPLSFSPTA
410 420 430 440 450 460
410 420 430 440 450
pF1KE2 QNPDLAAQMMLNSPLFTAN---------PQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRA
: . : :: . . ::::....:::: .:...: .::.::::
NP_059 AIPGIPEPPWLPSPAYPRSLRPDGMNPAPQLQDEIQPQLP-LLMHLQ-----AAMANPRA
470 480 490 500 510 520
460 470 480 490 500 510
pF1KE2 MQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIG
.::: ::.::::.:::::: :. : : .. :. :.. : . :.. :.
NP_059 LQALRQIEQGLQVLATEAPRLLLWFMPCLA-GT-GSVAGGIESRED-----PLMSEDPL-
530 540 550 560 570
520 530 540 550 560 570
pF1KE2 PIGPIGPTGPAAPPGSTGSGGPTGPTVSSAAPSETTSPTSESGPNQQFIQQMVQALAGAN
: :: . :...:: . . : :.. :.: :...:
NP_059 ---------PNPPP-------EVFPALDSAELGFLSPP---------FLH-MLQDLVSTN
580 590 600
580 590 600 610 620
pF1KE2 APQLPNPEVRFQQQLEQLNAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
:: .::..:: ::::: .:::::::::::::::::
NP_059 -PQQLQPEAHFQVQLEQLRSMGFLNREANLQALIATGGDVDAAVEKLRQS
610 620 630 640 650
>>XP_011518446 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 iso (655 aa)
initn: 1206 init1: 750 opt: 1146 Z-score: 596.8 bits: 120.7 E(85289): 1.7e-26
Smith-Waterman score: 1348; 40.0% identity (60.7% similar) in 682 aa overlap (16-608:5-642)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA
: : ::: : .:..:::::::::.::.:.: .. ..::.::
XP_011 MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQLKEE
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPSNAAG
::.:::.. :::::::::::::: :.: : :..:::::::::: :.: .:. ...
XP_011 ISQRFKAHPDQLVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAASVPT
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPE
. . .: :. .: : ..: .. ::: :.::: :::. .: . :....: .. ::
XP_011 QGPSPGSLPQPSS--IYPADGPPAF-SLGLLTGLSRLGLAYRGFPDQPSSLMRQHVSVPE
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 MMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARN
.. :....::. ..::: :.:::.. ::.::::::.::::.:.::::.:::::::. ::
XP_011 FVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQHNPEIGHILNNPEIMRQTLEFLRN
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 PAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSS
:::::::.:.:: .::::::::::::.: :::::..:::::.::::::::::.. ....
XP_011 PAMMQEMIRSQDRVLSNLESIPGGYNVLCTMYTDIMDPMLNAVQEQFGGNPFATATTDNA
230 240 250 260 270 280
310 320
pF1KE2 SGEGTQPSRTENRDPLPNPW-------------------AP-------------------
. .:::: :: ::::::: ::
XP_011 TTTTSQPSRMENCDPLPNPWTSTHGGSGSRQGRQDGDQDAPDIRNRFPNFLGIIRLYDYL
290 300 310 320 330 340
330 340 350
pF1KE2 --------------------------PPATQSSATTSTTTSTGSGSGNS----SSNATGN
:: . . . :. .: :::. : :
XP_011 QQLHENPQSLGTYLQGTASALSQSQEPPPSVNRVPPSSPSSQEPGSGQPLPEESVAIKGR
350 360 370 380 390 400
360 370 380 390 400
pF1KE2 TVAAANYVASIFSTPGM--------QSLLQQITENPQLIQNMLSA----PYMRSMMQSLS
. : .. :. .: . :. :.:.... .. :. .. .
XP_011 SSCPAFLRYPTENSTGQGGDQDGAGKSSTGHSTNLPDLVSGLGDSANRVPFAPLSFSPTA
410 420 430 440 450 460
410 420 430 440 450
pF1KE2 QNPDLAAQMMLNSPLFTAN---------PQLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRA
: . : :: . . ::::....:::: .:...: .::.::::
XP_011 AIPGIPEPPWLPSPAYPRSLRPDGMNPAPQLQDEIQPQLP-LLMHLQ-----AAMANPRA
470 480 490 500 510 520
460 470 480 490 500 510
pF1KE2 MQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGVGVGVLGTAIGPVGPVTPIGPIGPIVPFTPIG
.::: ::.::::.:::::: :. : : .. :. :.. : . :.. :.
XP_011 LQALRQIEQGLQVLATEAPRLLLWFMPCLA-GT-GSVAGGIESRED-----PLMSEDPL-
530 540 550 560 570
520 530 540 550 560 570
pF1KE2 PIGPIGPTGPAAPPGSTGSGGPTGPTVSSAAPSETTSPTSESGPNQQFIQQMVQALAGAN
: :: . :...:: . . : :.. :.: :...:
XP_011 ---------PNPPP-------EVFPALDSAELGFLSPP---------FLH-MLQDLVSTN
580 590 600
580 590 600 610 620
pF1KE2 APQLPNPEVRFQQQLEQLNAMGFLNREANLQALIATGGDINAAIERLLGSQPS
:: .::..:: ::::: .:::::::::::::::::
XP_011 -PQQLQPEAHFQVQLEQLRSMGFLNREANLQALIATGGDVDAAVEKLRQS
610 620 630 640 650
>>XP_011518447 (OMIM: 605473) PREDICTED: ubiquilin-3 iso (502 aa)
initn: 1154 init1: 750 opt: 1135 Z-score: 592.8 bits: 119.5 E(85289): 2.8e-26
Smith-Waterman score: 1442; 45.8% identity (66.0% similar) in 603 aa overlap (16-618:5-499)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MAENGESSGPPRPSRGPAAAQGSAAAPAEPKIIKVTVKTPKEKEEFAVPENSSVQQFKEA
: : ::: : .:..:::::::::.::.:.: .. ..::.::
XP_011 MAKGGEALPQGSPAPVQDPHLIKVTVKTPKDKEDFSVTDTCTIQQLKEE
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 ISKRFKSQTDQLVLIFAGKILKDQDTLIQHGIHDGLTVHLVIKSQNRPQGQSTQPSNAAG
::.:::.. :::::::::::::: :.: : :..:::::::::: :.: .:. ...
XP_011 ISQRFKAHPDQLVLIFAGKILKDPDSLAQCGVRDGLTVHLVIKRQHRAMGNECPAASVPT
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 TNTTSASTPRSNSTPISTNSNPFGLGSLGGLAGLSSLGLSSTNFSELQSQMQQQLMASPE
. . .: :. .: : ..: .. ::: :.::: :::. .: . :....: .. ::
XP_011 QGPSPGSLPQPSS--IYPADGPPAF-SLGLLTGLSRLGLAYRGFPDQPSSLMRQHVSVPE
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 MMIQIMENPFVQSMLSNPDLMRQLIMANPQMQQLIQRNPEISHLLNNPDIMRQTLEIARN
.. :....::. ..::: :.:::.. ::.::::::.::::.:.::::.:::::::. ::
XP_011 FVTQLIDDPFIPGLLSNTGLVRQLVLDNPHMQQLIQHNPEIGHILNNPEIMRQTLEFLRN
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 PAMMQEMMRNQDLALSNLESIPGGYNALRRMYTDIQEPMLNAAQEQFGGNPFASVGSSSS
:::::::.:.:: .::::::::::::.: :::::..:::::.::::::::::.. ....
XP_011 PAMMQEMIRSQDRVLSNLESIPGGYNVLCTMYTDIMDPMLNAVQEQFGGNPFATATTDNA
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 SGEGTQPSRTENRDPLPNPWAPPPATQSSATTSTTTSTGSGSGNSSSNATGNTVAAANYV
. .:::: :: ::::::: ::: .::
XP_011 TTTTSQPSRMENCDPLPNPW---------------TSTHGGS------------------
290 300 310
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 ASIFSTPGMQSLLQQITENPQLIQNMLSAPYMRSMMQSLSQNPDLAAQMMLNSPLFTANP
. :: : : : : : : ::. :: .: : :
XP_011 ----AIPG-------IPEPPWLP----SPAYPRSL------RPD-----GMN-P----AP
320 330 340
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pF1KE2 QLQEQMRPQLPAFLQQMQNPDTLSAMSNPRAMQALMQIQQGLQTLATEAPGLIPSFTPGV
:::....:::: .:...: .::.::::.::: ::.::::.:::::: :. : : .
XP_011 QLQDEIQPQLP-LLMHLQ-----AAMANPRALQALRQIEQGLQVLATEAPRLLLWFMPCL
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