Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1980
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1980, 557 aa
1>>>pF1KE1980 557 - 557 aa - 557 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1824+/-0.000461; mu= 1.3023+/- 0.029
mean_var=285.6895+/-58.306, 0's: 0 Z-trim(117.9): 179 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.075880
statistics sampled from 30113 (30310) to 30113 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.686), E-opt: 0.2 (0.355), width: 16
Scan time: 11.330
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_006074 (OMIM: 600549) protein Red [Homo sapiens ( 557) 3700 419.1 1.8e-116
XP_011535347 (OMIM: 612427) PREDICTED: RNA-binding ( 638) 273 44.0 0.0017
XP_011535346 (OMIM: 612427) PREDICTED: RNA-binding ( 843) 273 44.1 0.0021
NP_067062 (OMIM: 612427) RNA-binding protein 25 [H ( 843) 273 44.1 0.0021
NP_055885 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domain-c (1564) 266 43.6 0.0054
XP_005266369 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1564) 266 43.6 0.0054
NP_001317494 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1668) 266 43.7 0.0057
NP_001317496 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1668) 266 43.7 0.0057
NP_001317495 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1668) 266 43.7 0.0057
XP_016875968 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 266 43.7 0.0057
NP_001070256 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1669) 266 43.7 0.0057
XP_016875969 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 266 43.7 0.0057
XP_005266367 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 266 43.7 0.0057
XP_016875967 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 266 43.7 0.0057
NP_001317493 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domai (1669) 266 43.7 0.0057
XP_016875966 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger (1669) 266 43.7 0.0057
XP_016866788 (OMIM: 154040) PREDICTED: negative el ( 320) 244 40.5 0.0095
XP_011513215 (OMIM: 154040) PREDICTED: negative el ( 325) 244 40.5 0.0096
>>NP_006074 (OMIM: 600549) protein Red [Homo sapiens] (557 aa)
initn: 3700 init1: 3700 opt: 3700 Z-score: 2212.0 bits: 419.1 E(85289): 1.8e-116
Smith-Waterman score: 3700; 100.0% identity (100.0% similar) in 557 aa overlap (1-557:1-557)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MPERDSEPFSNPLAPDGHDVDDPHSFHQSKLTNEDFRKLLMTPRAAPTSAPPSKSRHHEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MPERDSEPFSNPLAPDGHDVDDPHSFHQSKLTNEDFRKLLMTPRAAPTSAPPSKSRHHEM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 PREYNEDEDPAARRRKKKSYYAKLRQQEIERERELAEKYRDRAKERRDGVNKDYEETELI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 PREYNEDEDPAARRRKKKSYYAKLRQQEIERERELAEKYRDRAKERRDGVNKDYEETELI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 STTANYRAVGPTAEADKSAAEKRRQLIQESKFLGGDMEHTHLVKGLDFALLQKVRAEIAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 STTANYRAVGPTAEADKSAAEKRRQLIQESKFLGGDMEHTHLVKGLDFALLQKVRAEIAS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 KEKEEEELMEKPQKETKKDEDPENKIEFKTRLGRNVYRMLFKSKAYERNELFLPGRMAYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 KEKEEEELMEKPQKETKKDEDPENKIEFKTRLGRNVYRMLFKSKAYERNELFLPGRMAYV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 VDLDDEYADTDIPTTLIRSKADCPTMEAQTTLTTNDIVISKLTQILSYLRQGTRNKKLKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 VDLDDEYADTDIPTTLIRSKADCPTMEAQTTLTTNDIVISKLTQILSYLRQGTRNKKLKK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 KDKGKLEEKKPPEADMNIFEDIGDYVPSTTKTPRDKERERYRERERDRERDRDRDRERER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 KDKGKLEEKKPPEADMNIFEDIGDYVPSTTKTPRDKERERYRERERDRERDRDRDRERER
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 ERDRERERERDREREEEKKRHSYFEKPKVDDEPMDVDKGPGSTKELIKSINEKFAGSAGW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 ERDRERERERDREREEEKKRHSYFEKPKVDDEPMDVDKGPGSTKELIKSINEKFAGSAGW
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 EGTESLKKPEDKKQLGDFFGMSNSYAECYPATMDDMAVDSDEEVDYSKMDQGNKKGPLGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 EGTESLKKPEDKKQLGDFFGMSNSYAECYPATMDDMAVDSDEEVDYSKMDQGNKKGPLGR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 WDFDTQEEYSEYMNNKEALPKAAFQYGIKMSEGRKTRRFKETNDKAELDRQWKKISAIIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 WDFDTQEEYSEYMNNKEALPKAAFQYGIKMSEGRKTRRFKETNDKAELDRQWKKISAIIE
490 500 510 520 530 540
550
pF1KE1 KRKKMEADGVEVKRPKY
:::::::::::::::::
NP_006 KRKKMEADGVEVKRPKY
550
>>XP_011535347 (OMIM: 612427) PREDICTED: RNA-binding pro (638 aa)
initn: 466 init1: 247 opt: 273 Z-score: 183.7 bits: 44.0 E(85289): 0.0017
Smith-Waterman score: 276; 29.7% identity (54.9% similar) in 246 aa overlap (332-555:170-406)
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 DKGKLEEKKPPEADMNIFEDIGDYVPSTTKTPRDKERERYRERERDRERDRDRDRERERE
. :.:.: : ::. :::::.:.:.::::::
XP_011 RERDRDRDRTKERDRDRDRERDRDRDRERSSDRNKDRSRSREKSRDRERERERERERERE
140 150 160 170 180 190
370 380 390 400 410
pF1KE1 RDRERERERDREREEEKKRHSYFEKPKVDDEPMDVDKGPGSTKELIKSINEKFAGSA---
:.:::::::.::::.:..:. :: : :. : .. ..: ... :: :.
XP_011 RERERERERERERERERERER--EKDKKRDREED-EEDAYERRKLERKLREKEAAYQERL
200 210 220 230 240 250
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 -GWEGTESLKKPEDKKQLGDFFGMSNSYAECYPATMDDMAVDSDEEVDYSKMDQG-----
.:: : : : .:. .:. . .. : :.. : :. .:
XP_011 KNWEIRERKKTREYEKEAEREEERRREMAK-EAKRLKEFLEDYDDDRDDPKYYRGSALQK
260 270 280 290 300 310
480 490 500 510 520
pF1KE1 ---NKKGPLGRWDFDTQEEYSEYMNNKEAL-------PKAAFQYGIKMSEGRKTRRFKET
... . . : ..: : . .. : : : .: . .: :. ..:.
XP_011 RLRDREKEMEADERDRKREKEELEEIRQRLLAEGHPDPDAELQRMEQEAERRRQPQIKQE
320 330 340 350 360 370
530 540 550
pF1KE1 --NDKAELDRQWKKISAIIEKRKK-MEADGVEVKRPKY
... : ..: :. :::.. :: . ..:
XP_011 PESEEEEEEKQEKE-----EKREEPMEEEEEPEQKPCLKPTLRPISSAPSVSSASGNATP
380 390 400 410 420 430
XP_011 NTPGDESPCGIIIPHENSPDQQQPEEHRPKIGLSLKLGASNSPGQPNSVKRKKLPVDSVF
440 450 460 470 480 490
>>XP_011535346 (OMIM: 612427) PREDICTED: RNA-binding pro (843 aa)
initn: 466 init1: 247 opt: 273 Z-score: 182.2 bits: 44.1 E(85289): 0.0021
Smith-Waterman score: 276; 29.7% identity (54.9% similar) in 246 aa overlap (332-555:375-611)
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 DKGKLEEKKPPEADMNIFEDIGDYVPSTTKTPRDKERERYRERERDRERDRDRDRERERE
. :.:.: : ::. :::::.:.:.::::::
XP_011 RERDRDRDRTKERDRDRDRERDRDRDRERSSDRNKDRSRSREKSRDRERERERERERERE
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400 410
pF1KE1 RDRERERERDREREEEKKRHSYFEKPKVDDEPMDVDKGPGSTKELIKSINEKFAGSA---
:.:::::::.::::.:..:. :: : :. : .. ..: ... :: :.
XP_011 RERERERERERERERERERER--EKDKKRDREED-EEDAYERRKLERKLREKEAAYQERL
410 420 430 440 450 460
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 -GWEGTESLKKPEDKKQLGDFFGMSNSYAECYPATMDDMAVDSDEEVDYSKMDQG-----
.:: : : : .:. .:. . .. : :.. : :. .:
XP_011 KNWEIRERKKTREYEKEAEREEERRREMAK-EAKRLKEFLEDYDDDRDDPKYYRGSALQK
470 480 490 500 510 520
480 490 500 510 520
pF1KE1 ---NKKGPLGRWDFDTQEEYSEYMNNKEAL-------PKAAFQYGIKMSEGRKTRRFKET
... . . : ..: : . .. : : : .: . .: :. ..:.
XP_011 RLRDREKEMEADERDRKREKEELEEIRQRLLAEGHPDPDAELQRMEQEAERRRQPQIKQE
530 540 550 560 570 580
530 540 550
pF1KE1 --NDKAELDRQWKKISAIIEKRKK-MEADGVEVKRPKY
... : ..: :. :::.. :: . ..:
XP_011 PESEEEEEEKQEKE-----EKREEPMEEEEEPEQKPCLKPTLRPISSAPSVSSASGNATP
590 600 610 620 630
XP_011 NTPGDESPCGIIIPHENSPDQQQPEEHRPKIGLSLKLGASNSPGQPNSVKRKKLPVDSVF
640 650 660 670 680 690
>>NP_067062 (OMIM: 612427) RNA-binding protein 25 [Homo (843 aa)
initn: 466 init1: 247 opt: 273 Z-score: 182.2 bits: 44.1 E(85289): 0.0021
Smith-Waterman score: 276; 29.7% identity (54.9% similar) in 246 aa overlap (332-555:375-611)
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 DKGKLEEKKPPEADMNIFEDIGDYVPSTTKTPRDKERERYRERERDRERDRDRDRERERE
. :.:.: : ::. :::::.:.:.::::::
NP_067 RERDRDRDRTKERDRDRDRERDRDRDRERSSDRNKDRSRSREKSRDRERERERERERERE
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400 410
pF1KE1 RDRERERERDREREEEKKRHSYFEKPKVDDEPMDVDKGPGSTKELIKSINEKFAGSA---
:.:::::::.::::.:..:. :: : :. : .. ..: ... :: :.
NP_067 RERERERERERERERERERER--EKDKKRDREED-EEDAYERRKLERKLREKEAAYQERL
410 420 430 440 450 460
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 -GWEGTESLKKPEDKKQLGDFFGMSNSYAECYPATMDDMAVDSDEEVDYSKMDQG-----
.:: : : : .:. .:. . .. : :.. : :. .:
NP_067 KNWEIRERKKTREYEKEAEREEERRREMAK-EAKRLKEFLEDYDDDRDDPKYYRGSALQK
470 480 490 500 510 520
480 490 500 510 520
pF1KE1 ---NKKGPLGRWDFDTQEEYSEYMNNKEAL-------PKAAFQYGIKMSEGRKTRRFKET
... . . : ..: : . .. : : : .: . .: :. ..:.
NP_067 RLRDREKEMEADERDRKREKEELEEIRQRLLAEGHPDPDAELQRMEQEAERRRQPQIKQE
530 540 550 560 570 580
530 540 550
pF1KE1 --NDKAELDRQWKKISAIIEKRKK-MEADGVEVKRPKY
... : ..: :. :::.. :: . ..:
NP_067 PESEEEEEEKQEKE-----EKREEPMEEEEEPEQKPCLKPTLRPISSAPSVSSASGNATP
590 600 610 620 630
NP_067 NTPGDESPCGIIIPHENSPDQQQPEEHRPKIGLSLKLGASNSPGQPNSVKRKKLPVDSVF
640 650 660 670 680 690
>>NP_055885 (OMIM: 616453) zinc finger CCCH domain-conta (1564 aa)
initn: 1251 init1: 239 opt: 266 Z-score: 174.7 bits: 43.6 E(85289): 0.0054
Smith-Waterman score: 291; 23.8% identity (49.4% similar) in 551 aa overlap (5-546:449-925)
10 20 30
pF1KE1 MPERDSEPFSNPLAPDGHDVDDPHSFHQSKLTNE
: :: .. :..:. : . ...:. .
NP_055 DTRGKRDREKDSREEREYEQDQSSSRDHRDDREPRDGRDRRDARDTRDRRELRDSR-DMR
420 430 440 450 460 470
40 50 60 70 80
pF1KE1 DFRKLLMTPRAAPTSAPPSKSRHHEMPREYNEDEDPAARRRK------KKSY-YAKLRQQ
: :.. : . : : :: . ..: . : ..:.. ..:: .::..
NP_055 DSREMRDYSRDTKESRDPRDSRSTRDAHDYRDREGRDTHRKEDTYPEESRSYGRNHLREE
480 490 500 510 520 530
90 100 110 120 130 140
pF1KE1 EIERERELAEKYRDRAKERRDGVNKDYEETELISTTANYRAVGPTAEADKSAAEKRRQLI
. : . . ..:.. : : .... .. . .. . : .. .: .. . .
NP_055 SSRTEIRNESRNESRSEIRNDRMGRSRGRVPELPEKGSRGSRGSQIDSHSSNSNYHDSWE
540 550 560 570 580 590
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 QESKFLGGDMEHTHLVKGLDFALLQKVRAEIASKEKEEEELMEKPQKETKKDEDPENKIE
.:.. : . : .. .:. .: :... : .. ..: .:. : . :.
NP_055 TRSSYPERDRYPER-----D----NRDQARDSSFERRHGERDRRDNRE--RDQRPSSPIR
600 610 620 630 640
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 FKTRLGRNVYRMLFKSKAYERNELFLPGRMAYVVDLDDEYA-DTDIPTTLIRSKADCPTM
. ::: ::.: :. : : :: : . : : .
NP_055 HQ---GRN--------DELERDERREERRVDRVDDRRDERARERD------RERERDRER
650 660 670 680
270 280 290 300 310 320
pF1KE1 EAQTTLTTNDIVISKLTQILSYLRQGTRNKKLKKKDKGKLEEKKPPEADMNIFEDIGDYV
: . . :. ....:... . :... : : . .:
NP_055 ERERERERD--------------REREKERELERERAREREREREKERDRERDRD-----
690 700 710 720 730
330 340 350 360 370 380
pF1KE1 PSTTKTPRDKERERYRERERDRERDRDRDRE-RERERDRERERERDREREEEKKRHSYFE
::..::: ::::::::..:.:.:: :::::.:::::::.::::.:. :. :
NP_055 -------RDHDRERERERERDREKEREREREERERERERERERERERERERERARERDKE
740 750 760 770 780
390 400 410 420 430 440
pF1KE1 KPKVDDEPMDVDKGPGSTKELIKSINEKFAGSAGWEGTESLKKPEDKKQLGDFFGMSNSY
. . : : ::: . .: . : : : . .: :. ... ..
NP_055 RERQRDWE-DKDKGRDDRREKREEIREDRNPRDGHDERKSKKRYRNE---------GSPS
790 800 810 820 830
450 460 470 480 490 500
pF1KE1 AECYPATMDDMAVDSDEEVDYSKMDQGNKKGPLGRWDFDTQEEYSEYMNNKEALPKAAFQ
. : . . ::: :.. :. :.: : :: : .. : . .
NP_055 PRQSPKRRREHSPDSDA---YNSGDDKNEKHRLLSQVVRPQESRSLSPSH---LTED--R
840 850 860 870 880
510 520 530 540 550
pF1KE1 YGIKMSEGRKTRRFKETNDKAELDRQWKKISAIIEKRKKMEADGVEVKRPKY
: : :: .: ::.. . : .. .:.:.. ..:.. :
NP_055 QGRWKEEDRKPER-KESSRRYEEQELKEKVSSVDKQREQTEILESSRMRAQDIIGHHQSE
890 900 910 920 930 940
NP_055 DRETSDRAHDENKKKAKIQKKPIKKKKEDDVGIERGNIETTSEDGQVFSPKKGQKKKSIE
950 960 970 980 990 1000
>>XP_005266369 (OMIM: 616453) PREDICTED: zinc finger CCC (1564 aa)
initn: 1251 init1: 239 opt: 266 Z-score: 174.7 bits: 43.6 E(85289): 0.0054
Smith-Waterman score: 291; 23.8% identity (49.4% similar) in 551 aa overlap (5-546:449-925)
10 20 30
pF1KE1 MPERDSEPFSNPLAPDGHDVDDPHSFHQSKLTNE
: :: .. :..:. : . ...:. .
XP_005 DTRGKRDREKDSREEREYEQDQSSSRDHRDDREPRDGRDRRDARDTRDRRELRDSR-DMR
420 430 440 450 460 470
40 50 60 70 80
pF1KE1 DFRKLLMTPRAAPTSAPPSKSRHHEMPREYNEDEDPAARRRK------KKSY-YAKLRQQ
: :.. : . : : :: . ..: . : ..:.. ..:: .::..
XP_005 DSREMRDYSRDTKESRDPRDSRSTRDAHDYRDREGRDTHRKEDTYPEESRSYGRNHLREE
480 490 500 510 520 530
90 100 110 120 130 140
pF1KE1 EIERERELAEKYRDRAKERRDGVNKDYEETELISTTANYRAVGPTAEADKSAAEKRRQLI
. : . . ..:.. : : .... .. . .. . : .. .: .. . .
XP_005 SSRTEIRNESRNESRSEIRNDRMGRSRGRVPELPEKGSRGSRGSQIDSHSSNSNYHDSWE
540 550 560 570 580 590
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 QESKFLGGDMEHTHLVKGLDFALLQKVRAEIASKEKEEEELMEKPQKETKKDEDPENKIE
.:.. : . : .. .:. .: :... : .. ..: .:. : . :.
XP_005 TRSSYPERDRYPER-----D----NRDQARDSSFERRHGERDRRDNRE--RDQRPSSPIR
600 610 620 630 640
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 FKTRLGRNVYRMLFKSKAYERNELFLPGRMAYVVDLDDEYA-DTDIPTTLIRSKADCPTM
. ::: ::.: :. : : :: : . : : .
XP_005 HQ---GRN--------DELERDERREERRVDRVDDRRDERARERD------RERERDRER
650 660 670 680
270 280 290 300 310 320
pF1KE1 EAQTTLTTNDIVISKLTQILSYLRQGTRNKKLKKKDKGKLEEKKPPEADMNIFEDIGDYV
: . . :. ....:... . :... : : . .:
XP_005 ERERERERD--------------REREKERELERERAREREREREKERDRERDRD-----
690 700 710 720 730
330 340 350 360 370 380
pF1KE1 PSTTKTPRDKERERYRERERDRERDRDRDRE-RERERDRERERERDREREEEKKRHSYFE
::..::: ::::::::..:.:.:: :::::.:::::::.::::.:. :. :
XP_005 -------RDHDRERERERERDREKEREREREERERERERERERERERERERERARERDKE
740 750 760 770 780
390 400 410 420 430 440
pF1KE1 KPKVDDEPMDVDKGPGSTKELIKSINEKFAGSAGWEGTESLKKPEDKKQLGDFFGMSNSY
. . : : ::: . .: . : : : . .: :. ... ..
XP_005 RERQRDWE-DKDKGRDDRREKREEIREDRNPRDGHDERKSKKRYRNE---------GSPS
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