Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1966
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1966, 524 aa
1>>>pF1KE1966 524 - 524 aa - 524 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2658+/-0.00157; mu= 1.2203+/- 0.094
mean_var=344.5112+/-69.961, 0's: 0 Z-trim(108.0): 194 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.069099
statistics sampled from 9791 (9961) to 9791 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.651), E-opt: 0.2 (0.306), width: 16
Scan time: 3.230
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13265.1 RBM39 gene_id:9584|Hs108|chr20 ( 524) 3400 353.6 3.1e-97
CCDS13266.1 RBM39 gene_id:9584|Hs108|chr20 ( 530) 3378 351.5 1.4e-96
CCDS56186.1 RBM39 gene_id:9584|Hs108|chr20 ( 508) 2778 291.6 1.4e-78
CCDS41920.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 ( 423) 1553 169.4 7.3e-42
CCDS41921.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 ( 439) 1529 167.0 3.9e-41
CCDS41919.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 ( 405) 1393 153.4 4.5e-37
CCDS76658.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 ( 269) 1217 135.7 6.6e-32
>>CCDS13265.1 RBM39 gene_id:9584|Hs108|chr20 (524 aa)
initn: 3400 init1: 3400 opt: 3400 Z-score: 1859.1 bits: 353.6 E(32554): 3.1e-97
Smith-Waterman score: 3400; 100.0% identity (100.0% similar) in 524 aa overlap (1-524:1-524)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MADDIDIEAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERKRSRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MADDIDIEAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERKRSRD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 RERKKSKSRERKRSRSKERRRSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGPKFNSAIRGKIGLPHSIKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RERKKSKSRERKRSRSKERRRSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGPKFNSAIRGKIGLPHSIKL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 SRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFSTVGKVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFSTVGKVR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 DVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRAAAMAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRAAAMAN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 NLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTGRLQLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTGRLQLM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 ARLAEGTGLQIPPAAQQALQMSGSLAFGAVADLQTRLSQQTEASALAAAASVQPLATQCF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ARLAEGTGLQIPPAAQQALQMSGSLAFGAVADLQTRLSQQTEASALAAAASVQPLATQCF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 QLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIAAAIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIAAAIA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KE1 AVNALHGRWFAGKMITAAYVPLPTYHNLFPDSMTATQLLVPSRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AVNALHGRWFAGKMITAAYVPLPTYHNLFPDSMTATQLLVPSRR
490 500 510 520
>>CCDS13266.1 RBM39 gene_id:9584|Hs108|chr20 (530 aa)
initn: 2726 init1: 2538 opt: 3378 Z-score: 1847.2 bits: 351.5 E(32554): 1.4e-96
Smith-Waterman score: 3378; 98.9% identity (98.9% similar) in 530 aa overlap (1-524:1-530)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MADDIDIEAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERKRSRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MADDIDIEAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERKRSRD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 RERKKSKSRERKRSRSKERRRSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGPKFNSAIRGKIGLPHSIKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RERKKSKSRERKRSRSKERRRSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGPKFNSAIRGKIGLPHSIKL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 SRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFSTVGKVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFSTVGKVR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 DVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRAAAMAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRAAAMAN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 NLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTGRLQLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTGRLQLM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE1 ARLAEGTGLQIPPAAQQALQMSGSLAFGAVA------DLQTRLSQQTEASALAAAASVQP
::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::
CCDS13 ARLAEGTGLQIPPAAQQALQMSGSLAFGAVAEFSFVIDLQTRLSQQTEASALAAAASVQP
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 LATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPS
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520
pF1KE1 IAAAIAAVNALHGRWFAGKMITAAYVPLPTYHNLFPDSMTATQLLVPSRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IAAAIAAVNALHGRWFAGKMITAAYVPLPTYHNLFPDSMTATQLLVPSRR
490 500 510 520 530
>>CCDS56186.1 RBM39 gene_id:9584|Hs108|chr20 (508 aa)
initn: 2380 init1: 1756 opt: 2778 Z-score: 1524.2 bits: 291.6 E(32554): 1.4e-78
Smith-Waterman score: 3180; 94.7% identity (94.7% similar) in 530 aa overlap (1-524:1-508)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MADDIDIEAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERKRSRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MADDIDIEAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERKRSRD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 RERKKSKSRERKRSRSKERRRSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGPKFNSAIRGKIGLPHSIKL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RERKKSKSRERKRSRSKERRRSRSRSRDRRFRGRYRSPY---------------------
70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 SRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFSTVGKVR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 -RRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFSTVGKVR
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 DVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRAAAMAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRAAAMAN
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 NLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 NLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSD
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTGRLQLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTGRLQLM
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KE1 ARLAEGTGLQIPPAAQQALQMSGSLAFGAVA------DLQTRLSQQTEASALAAAASVQP
::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::
CCDS56 ARLAEGTGLQIPPAAQQALQMSGSLAFGAVAEFSFVIDLQTRLSQQTEASALAAAASVQP
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 LATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPS
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520
pF1KE1 IAAAIAAVNALHGRWFAGKMITAAYVPLPTYHNLFPDSMTATQLLVPSRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IAAAIAAVNALHGRWFAGKMITAAYVPLPTYHNLFPDSMTATQLLVPSRR
460 470 480 490 500
>>CCDS41920.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 (423 aa)
initn: 1535 init1: 1227 opt: 1553 Z-score: 865.1 bits: 169.4 E(32554): 7.3e-42
Smith-Waterman score: 1567; 59.6% identity (77.9% similar) in 453 aa overlap (2-430:3-422)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MADDIDI--EAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRS---KSKE
.::.:: ::::::::::.:.. . . ... .. .: : : .. : ....
CCDS41 MASDDFDIVIEAMLEAPYKKEEDEQQRKEVKKDYPSNTTSSTSNSGNETSGSSTIGETSN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KE1 RKRSRDRERKK-SKSRE-----RKRSRSKERRR-SRSRSRDRRFRGR--YRSPYSGPKFN
:.:.::: :.. :.:: :.:::: .::. :.:::::.: . : :::: :
CCDS41 RSRDRDRYRRRNSRSRSPGRQCRHRSRSWDRRHGSESRSRDHRREDRVHYRSP---P---
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 SAIRGKIGLPHSIKLSRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIR
. . : ..:::: ..:::::::.:::.:::::::::::::::::::
CCDS41 ------------LATGYRYGHSKSPHFREKSPVREPVDNLSPEERDARTVFCMQLAARIR
120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 PRDLEEFFSTVGKVRDVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIV
:::::.:::.::::::::.::::::::::::::::: ...::::::::::::.:::::::
CCDS41 PRDLEDFFSAVGKVRDVRIISDRNSRRSKGIAYVEFCEIQSVPLAIGLTGQRLLGVPIIV
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 QASQAEKNRAAAMANNLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDS
::::::::: ::::::::::..:::::::::::::::::::::::::::.:..: :: ::
CCDS41 QASQAEKNRLAAMANNLQKGNGGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGKIDNIVLMKDS
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 ETGRSKGYGFITFSDSECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTERTDASSASSFLDSDELE
.::::::::::::::::::..:::::::::::::::.::::::: :... .: :.:.
CCDS41 DTGRSKGYGFITFSDSECARRALEQLNGFELAGRPMRVGHVTERLDGGTDITFPDGDQE-
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE1 RTGIDLGTTG-RLQLMARLAEGTGLQIPP-------AAQQA--LQMSGSLAFGAVADLQT
.:::..: :.::::.::::.:.:.: :: :: ::..:.. .::.
CCDS41 ---LDLGSAGGRFQLMAKLAEGAGIQLPSTAAAAAAAAAQAAALQLNGAVPLGAL-----
350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 RLSQQTEASALAAAASVQPLATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTEIKDDVIEECNKHGGVI
. .::.: . . ::.::::::..:.:::
CCDS41 ------NPAALTALSPALNLASQCFQLSSLFTPQTM
400 410 420
460 470 480 490 500 510
pF1KE1 HIYVDKNSAQGNVYVKCPSIAAAIAAVNALHGRWFAGKMITAAYVPLPTYHNLFPDSMTA
>>CCDS41921.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 (439 aa)
initn: 1522 init1: 1227 opt: 1529 Z-score: 852.0 bits: 167.0 E(32554): 3.9e-41
Smith-Waterman score: 1601; 59.3% identity (77.4% similar) in 469 aa overlap (2-430:3-438)
10 20 30
pF1KE1 MADDIDI--EAMLEAPYKKDENKL---------------SSANGHEERS--------KK
.::.:: ::::::::::.:.. :..:. .: : .:
CCDS41 MASDDFDIVIEAMLEAPYKKEEDEQQRKEVKKDYPSNTTSSTSNSGNETSGSSTIGETSK
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 RKKSKSRSRSHERKRSKSKERKRSRDRE-RKKSKSRE-RKRSRSKERRR-SRSRSRDRRF
.:.:.:...:..::::.:..: : : :. :..: .:. :.:::: .::. :.:::::.:
CCDS41 KKRSRSHNKSRDRKRSRSRDRDRYRRRNSRSRSPGRQCRHRSRSWDRRHGSESRSRDHRR
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
pF1KE1 RGR--YRSPYSGPKFNSAIRGKIGLPHSIKLSRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEE
. : :::: : . . : ..:::: ..:::::::.:::.:::
CCDS41 EDRVHYRSP---P---------------LATGYRYGHSKSPHFREKSPVREPVDNLSPEE
130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 RDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFSTVGKVRDVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPL
:::::::::::::::::::::.:::.::::::::.::::::::::::::::: ...::::
CCDS41 RDARTVFCMQLAARIRPRDLEDFFSAVGKVRDVRIISDRNSRRSKGIAYVEFCEIQSVPL
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 AIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRAAAMANNLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGI
::::::::.:::::::::::::::: ::::::::::..::::::::::::::::::::::
CCDS41 AIGLTGQRLLGVPIIVQASQAEKNRLAAMANNLQKGNGGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGI
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KE1 FEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVTER
:::::.:..: :: ::.::::::::::::::::::..:::::::::::::::.:::::::
CCDS41 FEPFGKIDNIVLMKDSDTGRSKGYGFITFSDSECARRALEQLNGFELAGRPMRVGHVTER
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370
pF1KE1 TDASSASSFLDSDELERTGIDLGTTG-RLQLMARLAEGTGLQIPP-------AAQQA--L
:... .: :.:. .:::..: :.::::.::::.:.:.: :: :: :
CCDS41 LDGGTDITFPDGDQE----LDLGSAGGRFQLMAKLAEGAGIQLPSTAAAAAAAAAQAAAL
350 360 370 380 390
380 390 400 410 420 430
pF1KE1 QMSGSLAFGAVADLQTRLSQQTEASALAAAASVQPLATQCFQLSNMFNPQTEEEVGWDTE
:..:.. .::. . .::.: . . ::.::::::..:.:::
CCDS41 QLNGAVPLGAL-----------NPAALTALSPALNLASQCFQLSSLFTPQTM
400 410 420 430
440 450 460 470 480 490
pF1KE1 IKDDVIEECNKHGGVIHIYVDKNSAQGNVYVKCPSIAAAIAAVNALHGRWFAGKMITAAY
>>CCDS41919.1 RBM23 gene_id:55147|Hs108|chr14 (405 aa)
initn: 1428 init1: 1161 opt: 1393 Z-score: 779.1 bits: 153.4 E(32554): 4.5e-37
Smith-Waterman score: 1477; 58.2% identity (75.6% similar) in 443 aa overlap (2-430:3-404)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MADDIDI--EAMLEAPYKKDENKLSSANGHEERSKKRKKSKSRSRSHERKRSKSKERK-
.::.:: ::::::::::.:.. . . ... .. .: : : .. : : .
CCDS41 MASDDFDIVIEAMLEAPYKKEEDEQQRKEVKKDYPSNTTSSTSNSGNETSGSSTIGETSN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 RSRDRERKKSKSRERKRSRSKERR-RSRSRSRDRRFRGRYRSPYSGPKFNSAIRGKIGLP
:::::.: . :. .:::: :. : :::: ::: .. ::
CCDS41 RSRDRDRYR---RRNSRSRSPGRQCRHRSRSWDRRHGSESRS------------------
70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 HSIKLSRRRSRSKSPFRKDKSPVREPIDNLTPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEEFFST
. ::..: . .:. . ::.:::.::::::::::::::::::::::::.:::.
CCDS41 ---RDHRREDRVH--YRSPPLATGEPVDNLSPEERDARTVFCMQLAARIRPRDLEDFFSA
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 VGKVRDVRMISDRNSRRSKGIAYVEFVDVSSVPLAIGLTGQRVLGVPIIVQASQAEKNRA
::::::::.::::::::::::::::: ...::::::::::::.::::::::::::::::
CCDS41 VGKVRDVRIISDRNSRRSKGIAYVEFCEIQSVPLAIGLTGQRLLGVPIIVQASQAEKNRL
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 AAMANNLQKGSAGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGF
::::::::::..:::::::::::::::::::::::::::.:..: :: ::.:::::::::
CCDS41 AAMANNLQKGNGGPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGKIDNIVLMKDSDTGRSKGYGF
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
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