FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE1961, 524 aa
  1>>>pF1KE1961 524 - 524 aa - 524 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5436+/-0.00105; mu= 11.9116+/- 0.063
 mean_var=82.3049+/-16.412, 0's: 0 Z-trim(105.0): 22  B-trim: 163 in 1/49
 Lambda= 0.141371
 statistics sampled from 8190 (8194) to 8190 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.613), E-opt: 0.2 (0.252), width:  16
 Scan time:  3.320

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS883.1 VANGL1 gene_id:81839|Hs108|chr1          ( 524) 3413 706.2 2.3e-203
CCDS53350.1 VANGL1 gene_id:81839|Hs108|chr1        ( 522) 3387 700.9 9.1e-202
CCDS30915.1 VANGL2 gene_id:57216|Hs108|chr1        ( 521) 2544 529.0 5.2e-150


>>CCDS883.1 VANGL1 gene_id:81839|Hs108|chr1               (524 aa)
 initn: 3413 init1: 3413 opt: 3413  Z-score: 3764.5  bits: 706.2 E(32554): 2.3e-203
Smith-Waterman score: 3413; 100.0% identity (100.0% similar) in 524 aa overlap (1-524:1-524)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE1 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE1 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE1 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE1 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE1 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE1 RAAKHMAGLKVYNVDGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRKAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 RAAKHMAGLKVYNVDGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRKAR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE1 LVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYHSM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 LVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYHSM
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE1 ESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDGIV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 ESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDGIV
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520    
pF1KE1 FVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 FVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV
              490       500       510       520    

>>CCDS53350.1 VANGL1 gene_id:81839|Hs108|chr1             (522 aa)
 initn: 2964 init1: 2964 opt: 3387  Z-score: 3735.9  bits: 700.9 E(32554): 9.1e-202
Smith-Waterman score: 3387; 99.6% identity (99.6% similar) in 524 aa overlap (1-524:1-522)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE1 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE1 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG
       ::::::  ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 STRTEE--DDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG
                 70        80        90       100       110        

              130       140       150       160       170       180
pF1KE1 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP
      120       130       140       150       160       170        

              190       200       210       220       230       240
pF1KE1 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL
      180       190       200       210       220       230        

              250       260       270       280       290       300
pF1KE1 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF
      240       250       260       270       280       290        

              310       320       330       340       350       360
pF1KE1 RAAKHMAGLKVYNVDGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRKAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RAAKHMAGLKVYNVDGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRKAR
      300       310       320       330       340       350        

              370       380       390       400       410       420
pF1KE1 LVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYHSM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYHSM
      360       370       380       390       400       410        

              430       440       450       460       470       480
pF1KE1 ESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDGIV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDGIV
      420       430       440       450       460       470        

              490       500       510       520    
pF1KE1 FVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 FVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV
      480       490       500       510       520  

>>CCDS30915.1 VANGL2 gene_id:57216|Hs108|chr1             (521 aa)
 initn: 1741 init1: 1271 opt: 2544  Z-score: 2806.7  bits: 529.0 E(32554): 5.2e-150
Smith-Waterman score: 2544; 72.8% identity (90.7% similar) in 526 aa overlap (1-524:1-521)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE1 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND
       ::::: :::::: :.::..:... .: :.::.:     ::: .:::::: : ::::: :.
CCDS30 MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDR-RDRHRSKSRDGGRG-DKSVTIQAP-GEPLLDNE
               10        20         30        40          50       

               70        80        90       100       110       120
pF1KE1 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG
       ::: .: .:::::::::..:::::::::..:..::.::::::: :::.:.::..... :.
CCDS30 STRGDE-RDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLA
        60         70        80        90       100       110      

              130       140       150       160       170       180
pF1KE1 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP
       :: ::::.::.::::.:::.::::::: :::::::.::::::::.:.::::::. .:..:
CCDS30 LLSFLTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLP
        120       130       140       150       160       170      

              190       200       210       220       230       240
pF1KE1 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL
       ::::.::::.::.::.::::::::::::::.:.:.:::.::.::::::::::.::::.::
CCDS30 RVFVLRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVL
        180       190       200       210       220       230      

              250       260       270       280       290       300
pF1KE1 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF
       ::::::::.:::.::::::: ::::..:::::::.:. .::.::.:: .::: ::.  : 
CCDS30 LELRQLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKS
        240       250       260       270       280       290      

              310         320       330       340       350        
pF1KE1 RAAKHMAGLKVYNV--DGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRK
         ::...:.:::..  .. .::.::::::.:::::::::.:::: :::::::::::.::.
CCDS30 VLAKKVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRR
        300       310       320       330       340       350      

      360       370       380       390       400       410        
pF1KE1 ARLVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYH
       ::::::::::: ::.::: ::.:: : ::::::::::::: :::::.::::: :.:: ::
CCDS30 ARLVVAVEEAFTHIKRLQ-EEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYH
        360       370        380       390       400       410     

      420       430       440       450       460       470        
pF1KE1 SMESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDG
       .:::::::: ::::. :::::::::::.::::.:: :.:::. :: :::.: :::::.::
CCDS30 TMESILQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDG
         420       430       440       450       460       470     

      480       490       500       510       520    
pF1KE1 IVFVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV
       :::.::  ::::::..::.::. :::::.::::::::.::::::::
CCDS30 IVFLLKRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
         480       490       500       510       520 




524 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sun Nov  6 18:59:01 2016 done: Sun Nov  6 18:59:02 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]