Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1942
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1942, 496 aa
1>>>pF1KE1942 496 - 496 aa - 496 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3293+/-0.000541; mu= 12.3807+/- 0.033
mean_var=124.7106+/-25.311, 0's: 0 Z-trim(110.9): 281 B-trim: 248 in 1/50
Lambda= 0.114848
statistics sampled from 18931 (19340) to 18931 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.582), E-opt: 0.2 (0.227), width: 16
Scan time: 7.730
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002370 (OMIM: 115437) cartilage matrix protein ( 496) 3190 540.9 3.2e-153
NP_085095 (OMIM: 603897) matrilin-4 isoform 3 prec ( 499) 1571 272.6 1.8e-72
XP_016883604 (OMIM: 603897) PREDICTED: matrilin-4 ( 493) 1544 268.1 4e-71
NP_002372 (OMIM: 140600,602109,607078,608728) matr ( 486) 931 166.6 1.5e-40
XP_016883602 (OMIM: 603897) PREDICTED: matrilin-4 ( 575) 859 154.7 6.5e-37
XP_005260654 (OMIM: 603897) PREDICTED: matrilin-4 ( 581) 859 154.7 6.6e-37
NP_003824 (OMIM: 603897) matrilin-4 isoform 1 prec ( 581) 859 154.7 6.6e-37
XP_016883603 (OMIM: 603897) PREDICTED: matrilin-4 ( 534) 823 148.7 3.9e-35
NP_085080 (OMIM: 603897) matrilin-4 isoform 2 prec ( 540) 823 148.7 3.9e-35
XP_016868907 (OMIM: 602108) PREDICTED: matrilin-2 ( 799) 805 145.9 4.1e-34
XP_005250977 (OMIM: 602108) PREDICTED: matrilin-2 ( 818) 805 145.9 4.2e-34
XP_016868906 (OMIM: 602108) PREDICTED: matrilin-2 ( 896) 805 145.9 4.4e-34
NP_001304677 (OMIM: 602108) matrilin-2 isoform c p ( 915) 805 145.9 4.5e-34
NP_085072 (OMIM: 602108) matrilin-2 isoform b prec ( 937) 805 146.0 4.6e-34
NP_002371 (OMIM: 602108) matrilin-2 isoform a prec ( 956) 805 146.0 4.7e-34
XP_006715286 (OMIM: 610002) PREDICTED: collagen al ( 945) 506 96.4 3.8e-19
NP_001305681 (OMIM: 610002) collagen alpha-1(XXI) ( 954) 506 96.4 3.8e-19
XP_011513227 (OMIM: 610002) PREDICTED: collagen al ( 957) 506 96.4 3.8e-19
XP_011513228 (OMIM: 610002) PREDICTED: collagen al ( 957) 506 96.4 3.8e-19
NP_110447 (OMIM: 610002) collagen alpha-1(XXI) cha ( 957) 506 96.4 3.8e-19
NP_001305680 (OMIM: 610002) collagen alpha-1(XXI) ( 957) 506 96.4 3.8e-19
XP_011513226 (OMIM: 610002) PREDICTED: collagen al ( 957) 506 96.4 3.8e-19
XP_011513229 (OMIM: 610002) PREDICTED: collagen al ( 957) 506 96.4 3.8e-19
XP_011533737 (OMIM: 120320,616470,616471) PREDICTE (3027) 490 94.2 5.5e-18
NP_004361 (OMIM: 120320,616470,616471) collagen al (3063) 490 94.2 5.6e-18
XP_016865741 (OMIM: 120320,616470,616471) PREDICTE (3106) 490 94.2 5.6e-18
XP_011533736 (OMIM: 120320,616470,616471) PREDICTE (3118) 490 94.2 5.7e-18
XP_005251116 (OMIM: 120324) PREDICTED: collagen al (1780) 481 92.5 1.1e-17
NP_066933 (OMIM: 120324) collagen alpha-1(XIV) cha (1796) 481 92.5 1.1e-17
XP_006716714 (OMIM: 120324) PREDICTED: collagen al (1796) 481 92.5 1.1e-17
XP_016869298 (OMIM: 120324) PREDICTED: collagen al (1796) 481 92.5 1.1e-17
NP_542376 (OMIM: 120320,616470,616471) collagen al (1899) 472 91.1 3.1e-17
XP_011533738 (OMIM: 120320,616470,616471) PREDICTE (1954) 472 91.1 3.2e-17
XP_011515190 (OMIM: 610026) PREDICTED: collagen al (1195) 447 86.7 3.9e-16
XP_016868640 (OMIM: 610026) PREDICTED: collagen al (1552) 447 86.8 4.8e-16
XP_011515187 (OMIM: 610026) PREDICTED: collagen al (1588) 447 86.8 4.8e-16
XP_011515186 (OMIM: 610026) PREDICTED: collagen al (1593) 447 86.8 4.8e-16
XP_011515185 (OMIM: 610026) PREDICTED: collagen al (1606) 447 86.8 4.9e-16
NP_690848 (OMIM: 610026) collagen alpha-1(XXII) ch (1626) 447 86.9 4.9e-16
XP_016861181 (OMIM: 120120,131705,131750,131850,13 (2452) 421 82.7 1.3e-14
XP_016861180 (OMIM: 120120,131705,131750,131850,13 (2466) 421 82.7 1.3e-14
XP_016861179 (OMIM: 120120,131705,131750,131850,13 (2470) 421 82.7 1.3e-14
XP_016861178 (OMIM: 120120,131705,131750,131850,13 (2609) 421 82.7 1.4e-14
XP_016861177 (OMIM: 120120,131705,131750,131850,13 (2924) 421 82.8 1.5e-14
NP_000085 (OMIM: 120120,131705,131750,131850,13200 (2944) 421 82.8 1.5e-14
XP_011531639 (OMIM: 120120,131705,131750,131850,13 (2944) 421 82.8 1.5e-14
XP_016876562 (OMIM: 601369,603196) PREDICTED: coch ( 340) 395 77.6 6.2e-14
XP_011513664 (OMIM: 609996) PREDICTED: collagen al ( 742) 374 74.4 1.2e-12
XP_016867620 (OMIM: 609996) PREDICTED: collagen al (1125) 374 74.6 1.6e-12
XP_011513660 (OMIM: 609996) PREDICTED: collagen al (1125) 374 74.6 1.6e-12
>>NP_002370 (OMIM: 115437) cartilage matrix protein prec (496 aa)
initn: 3190 init1: 3190 opt: 3190 Z-score: 2871.8 bits: 540.9 E(85289): 3.2e-153
Smith-Waterman score: 3190; 100.0% identity (100.0% similar) in 496 aa overlap (1-496:1-496)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MRVLSGTSLMLCSLLLLLQALCSPGLAPQSRGHLCRTRPTDLVFVVDSSRSVRPVEFEKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MRVLSGTSLMLCSLLLLLQALCSPGLAPQSRGHLCRTRPTDLVFVVDSSRSVRPVEFEKV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 KVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQPLSTGTMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQPLSTGTMT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 GLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASGVELFAIGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASGVELFAIGV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 GSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDHDCEQVCIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDHDCEQVCIS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 SPGSYTCACHEGFTLNSDGKTCNVCSGGGGSSATDLVFLIDGSKSVRPENFELVKKFISQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SPGSYTCACHEGFTLNSDGKTCNVCSGGGGSSATDLVFLIDGSKSVRPENFELVKKFISQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 IVDTLDVSDKLAQVGLVQYSSSVRQEFPLGRFHTKKDIKAAVRNMSYMEKGTMTGAALKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IVDTLDVSDKLAQVGLVQYSSSVRQEFPLGRFHTKKDIKAAVRNMSYMEKGTMTGAALKY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 LIDNSFTVSSGARPGAQKVGIVFTDGRSQDYINDAAKKAKDLGFKMFAVGVGNAVEDELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LIDNSFTVSSGARPGAQKVGIVFTDGRSQDYINDAAKKAKDLGFKMFAVGVGNAVEDELR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 EIASEPVAEHYFYTADFKTINQIGKKLQKKICVEEDPCACESLVKFQAKVEGLLQALTRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EIASEPVAEHYFYTADFKTINQIGKKLQKKICVEEDPCACESLVKFQAKVEGLLQALTRK
430 440 450 460 470 480
490
pF1KE1 LEAVSKRLAILENTVV
::::::::::::::::
NP_002 LEAVSKRLAILENTVV
490
>>NP_085095 (OMIM: 603897) matrilin-4 isoform 3 precurso (499 aa)
initn: 1421 init1: 643 opt: 1571 Z-score: 1422.0 bits: 272.6 E(85289): 1.8e-72
Smith-Waterman score: 1571; 51.2% identity (73.3% similar) in 498 aa overlap (10-493:4-493)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRVLSGTSLMLC--SLLLLLQALCSPGLAPQSRGHLCRTRPTDLVFVVDSSRSVRPVEFE
.:: :::::: . : : :.: : :::::.:::::::: :::
NP_085 MRGLLCWPVLLLLLQPWETQ---LQLTGPRCHTGPLDLVFVIDSSRSVRPFEFE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 KVKVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQPLSTGT
.. :: ....:.:::::::::...:.: :.. : ::: . . .:.: . ::. ::
NP_085 TMRQFLMGLLRGLNVGPNATRVGVIQYSSQVQSVFPLRAFSRREDMERAIRDLVPLAQGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 MTGLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASGVELFAI
:::::::.:.. ::. :::.: . .:...:::::::: : .:.:.::: :.:..:.
NP_085 MTGLAIQYAMNVAFSVAEGARPPEERVPRVAVIVTDGRPQDRVAEVAAQARARGIEIYAV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GVGSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDHDCEQVC
:: .: ..:: .:: : :::: :::...:.... .:: .:: ::: :: :: :
NP_085 GVQRADVGSLRAMASPPLDEHVFLVESFDLIQEFGLQFQSRLCV-RDLCNGVDHGCEFQC
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 ISSPGSYTCACHEGFTLNSDGKTCNVCSGGGGSSATDLVFLIDGSKSVRPENFELVKKFI
.: :: : : :: :..:::.:: : : .:::.:.::::::::.::::::.:.
NP_085 VSEGLSYRCLCPEGRQLQADGKSCNRCREGH----VDLVLLVDGSKSVRPQNFELVKRFV
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 SQIVDTLDVSDKLAQVGLVQYSSSVRQEFPLGRFHTKKDIKAAVRNMSYMEKGTMTGAAL
.:::: :::: . ..:::::.:: :: ::::::. : ..: :: . :::.::::: ::
NP_085 NQIVDFLDVSPEGTRVGLVQFSSRVRTEFPLGRYGTAAEVKQAVLAVEYMERGTMTGLAL
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 KYLIDNSFTVSSGARPGA---QKVGIVFTDGRSQDYINDAAKKAKDLGFKMFAVGVGNAV
......::. ..:::: : .::.::::::::: :. : .::. :. :.:::::.::
NP_085 RHMVEHSFSEAQGARPRALNVPRVGLVFTDGRSQDDISVWAARAKEEGIVMYAVGVGKAV
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KE1 EDELREIASEPVAEHYFYTADFKTINQIGKKLQKKICVEE---------DPCACESLVKF
: :::::::::. : :. :: :.... ..:. .:: :: .:: :::::.:
NP_085 EAELREIASEPAELHVSYAPDFGTMTHLLENLRGSICPEEGISAGTELRSPCECESLVEF
410 420 430 440 450 460
470 480 490
pF1KE1 QAKVEGLLQALTRKLEAVSKRLAILENTVV
:... : :..:: .: .. :: :::
NP_085 QGRTLGALESLTLNLAQLTARLEDLENQLANQK
470 480 490
>>XP_016883604 (OMIM: 603897) PREDICTED: matrilin-4 isof (493 aa)
initn: 1394 init1: 643 opt: 1544 Z-score: 1397.9 bits: 268.1 E(85289): 4e-71
Smith-Waterman score: 1544; 51.6% identity (73.7% similar) in 483 aa overlap (10-478:4-478)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRVLSGTSLMLC--SLLLLLQALCSPGLAPQSRGHLCRTRPTDLVFVVDSSRSVRPVEFE
.:: :::::: . : : :.: : :::::.:::::::: :::
XP_016 MRGLLCWPVLLLLLQPWET---QLQLTGPRCHTGPLDLVFVIDSSRSVRPFEFE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 KVKVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQPLSTGT
.. :: ....:.:::::::::...:.: :.. : ::: . . .:.: . ::. ::
XP_016 TMRQFLMGLLRGLNVGPNATRVGVIQYSSQVQSVFPLRAFSRREDMERAIRDLVPLAQGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 MTGLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASGVELFAI
:::::::.:.. ::. :::.: . .:...:::::::: : .:.:.::: :.:..:.
XP_016 MTGLAIQYAMNVAFSVAEGARPPEERVPRVAVIVTDGRPQDRVAEVAAQARARGIEIYAV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GVGSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDHDCEQVC
:: .: ..:: .:: : :::: :::...:.... .:: .:: ::: :: :: :
XP_016 GVQRADVGSLRAMASPPLDEHVFLVESFDLIQEFGLQFQSRLCV-RDLCNGVDHGCEFQC
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 ISSPGSYTCACHEGFTLNSDGKTCNVCSGGGGSSATDLVFLIDGSKSVRPENFELVKKFI
.: :: : : :: :..:::.:: : : .:::.:.::::::::.::::::.:.
XP_016 VSEGLSYRCLCPEGRQLQADGKSCNRCREG----HVDLVLLVDGSKSVRPQNFELVKRFV
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 SQIVDTLDVSDKLAQVGLVQYSSSVRQEFPLGRFHTKKDIKAAVRNMSYMEKGTMTGAAL
.:::: :::: . ..:::::.:: :: ::::::. : ..: :: . :::.::::: ::
XP_016 NQIVDFLDVSPEGTRVGLVQFSSRVRTEFPLGRYGTAAEVKQAVLAVEYMERGTMTGLAL
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 KYLIDNSFTVSSGARPGA---QKVGIVFTDGRSQDYINDAAKKAKDLGFKMFAVGVGNAV
......::. ..:::: : .::.::::::::: :. : .::. :. :.:::::.::
XP_016 RHMVEHSFSEAQGARPRALNVPRVGLVFTDGRSQDDISVWAARAKEEGIVMYAVGVGKAV
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KE1 EDELREIASEPVAEHYFYTADFKTINQIGKKLQKKICVEE---------DPCACESLVKF
: :::::::::. : :. :: :.... ..:. .:: :: .:: :::::.:
XP_016 EAELREIASEPAELHVSYAPDFGTMTHLLENLRGSICPEEGISAGTELRSPCECESLVEF
410 420 430 440 450 460
470 480 490
pF1KE1 QAKVEGLLQALTRKLEAVSKRLAILENTVV
:... : :..::
XP_016 QGRTLGALESLTLNHILWGWWRGLEGK
470 480 490
>>NP_002372 (OMIM: 140600,602109,607078,608728) matrilin (486 aa)
initn: 1200 init1: 827 opt: 931 Z-score: 849.1 bits: 166.6 E(85289): 1.5e-40
Smith-Waterman score: 931; 54.0% identity (79.2% similar) in 274 aa overlap (24-292:68-335)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRVLSGTSLMLCSLLLLLQALCSPGLAPQSRGH-LCRTRPTDLVFVVDSSRSV
:: : :: .:..:: ::::..::::::
NP_002 RLETRGPGGSPGRRPSPAAPDGAPASGTSEPGRA---RGAGVCKSRPLDLVFIIDSSRSV
40 50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 RPVEFEKVKVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQ
::.:: :::.:.:..:..::.:: :::..:::::::: ::.:.:...: .: ::: ::
NP_002 RPLEFTKVKTFVSRIIDTLDIGPADTRVAVVNYASTVKIEFQLQAYTDKQSLKQAVGRIT
100 110 120 130 140 150
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 PLSTGTMTGLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASG
:::::::.::::: :. .:: :.: : .: ::.:.::::::::.:..:.:::.:::
NP_002 PLSTGTMSGLAIQTAMDEAFTVEAGAREPSSNIPKVAIIVTDGRPQDQVNEVAARAQASG
160 170 180 190 200 210
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 VELFAIGVGSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDH
.::.:.:: .: :.:...:::: .::: :::.:.:::::: .:::.::.. : :. : :
NP_002 IELYAVGVDRADMASLKMMASEPLEEHVFYVETYGVIEKLSSRFQETFCAL-DPCVLGTH
220 230 240 250 260 270
240 250 260 270 280
pF1KE1 DCEQVCISS-PGSYTCACHEGFTLNSDGKTCNV---CSGGGGSSATDLVFLIDGSKSVRP
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: .:
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