Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1932
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1932, 470 aa
1>>>pF1KE1932 470 - 470 aa - 470 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2344+/-0.000912; mu= 18.0935+/- 0.055
mean_var=64.8272+/-13.101, 0's: 0 Z-trim(105.6): 36 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.159293
statistics sampled from 8480 (8515) to 8480 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.627), E-opt: 0.2 (0.262), width: 16
Scan time: 2.960
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS73375.1 MMP12 gene_id:4321|Hs108|chr11 ( 470) 3235 752.4 2.3e-217
CCDS8323.1 MMP3 gene_id:4314|Hs108|chr11 ( 477) 1690 397.3 1.8e-110
CCDS8321.1 MMP10 gene_id:4319|Hs108|chr11 ( 476) 1633 384.2 1.6e-106
CCDS8322.1 MMP1 gene_id:4312|Hs108|chr11 ( 469) 1567 369.1 5.7e-102
CCDS8319.1 MMP27 gene_id:64066|Hs108|chr11 ( 513) 1528 360.1 3e-99
CCDS8320.1 MMP8 gene_id:4317|Hs108|chr11 ( 467) 1526 359.7 3.9e-99
CCDS8324.1 MMP13 gene_id:4322|Hs108|chr11 ( 471) 1459 344.3 1.7e-94
CCDS8318.1 MMP20 gene_id:9313|Hs108|chr11 ( 483) 1380 326.1 5e-89
CCDS8317.1 MMP7 gene_id:4316|Hs108|chr11 ( 267) 817 196.6 2.7e-50
CCDS7752.1 MMP26 gene_id:56547|Hs108|chr11 ( 261) 644 156.8 2.5e-38
CCDS10752.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 660) 628 153.4 6.9e-37
CCDS45487.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 610) 625 152.7 1e-36
CCDS8895.1 MMP19 gene_id:4327|Hs108|chr12 ( 508) 607 148.5 1.6e-35
CCDS10792.1 MMP15 gene_id:4324|Hs108|chr16 ( 669) 606 148.3 2.3e-35
CCDS76869.1 MMP2 gene_id:4313|Hs108|chr16 ( 584) 599 146.7 6.3e-35
CCDS13816.1 MMP11 gene_id:4320|Hs108|chr22 ( 488) 538 132.6 9e-31
CCDS31927.1 MMP17 gene_id:4326|Hs108|chr12 ( 603) 526 129.9 7.3e-30
CCDS13390.1 MMP9 gene_id:4318|Hs108|chr20 ( 707) 520 128.6 2.2e-29
CCDS46593.1 MMP24 gene_id:10893|Hs108|chr20 ( 645) 481 119.6 1e-26
CCDS6246.1 MMP16 gene_id:4325|Hs108|chr8 ( 607) 477 118.6 1.8e-26
CCDS76996.1 MMP28 gene_id:79148|Hs108|chr17 ( 393) 468 116.5 5.2e-26
CCDS74036.1 MMP28 gene_id:79148|Hs108|chr17 ( 520) 468 116.5 6.6e-26
CCDS9577.1 MMP14 gene_id:4323|Hs108|chr14 ( 582) 467 116.3 8.5e-26
CCDS10492.1 MMP25 gene_id:64386|Hs108|chr16 ( 562) 412 103.7 5.3e-22
CCDS7647.1 MMP21 gene_id:118856|Hs108|chr10 ( 569) 393 99.3 1.1e-20
CCDS7763.1 HPX gene_id:3263|Hs108|chr11 ( 462) 266 70.1 5.6e-12
CCDS61146.1 MMP19 gene_id:4327|Hs108|chr12 ( 305) 251 66.5 4.3e-11
>>CCDS73375.1 MMP12 gene_id:4321|Hs108|chr11 (470 aa)
initn: 3235 init1: 3235 opt: 3235 Z-score: 4015.9 bits: 752.4 E(32554): 2.3e-217
Smith-Waterman score: 3235; 100.0% identity (100.0% similar) in 470 aa overlap (1-470:1-470)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYSGNLM
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CCDS73 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYSGNLM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 KEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGPVWRKHYITYRINN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGPVWRKHYITYRINN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 YTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDFHAFDGKGGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 YTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDFHAFDGKGGI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 LAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMFPTY
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CCDS73 LAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMFPTY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 KYVDINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLPNPDNSEPALCDPNLSFDAVTTVGNKIFF
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CCDS73 KYVDINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLPNPDNSEPALCDPNLSFDAVTTVGNKIFF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 FKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDKYWLISNLRP
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CCDS73 FKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDKYWLISNLRP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 EPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMMDPGYPKLITK
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CCDS73 EPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMMDPGYPKLITK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE1 NFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
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CCDS73 NFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
430 440 450 460 470
>>CCDS8323.1 MMP3 gene_id:4314|Hs108|chr11 (477 aa)
initn: 1514 init1: 807 opt: 1690 Z-score: 2096.9 bits: 397.3 E(32554): 1.8e-110
Smith-Waterman score: 1690; 51.4% identity (77.7% similar) in 479 aa overlap (1-470:1-477)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MKFLLILLLQATA-SGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYSGNL
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CCDS83 MKSLPILLLLCVAVCSAYPLDGAARGEDTSMNLVQKYLENYYDLKKDVKQFVRRKDSGPV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 MKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGPVWRKHYITYRIN
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CCDS83 VK-KIREMQKFLGLEVTGKLDSDTLEVMRKPRCGVPDVGHFRTFPGIPKWRKTHLTYRIV
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 NYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDFHAFDGKGG
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CCDS83 NYTPDLPKDAVDSAVEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVREHGDFYPFDGPGN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 ILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMFPT
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CCDS83 VLAHAYAPGPGINGDAHFDDDEQWTKDTTGTNLFLVAAHEIGHSLGLFHSANTEALMYPL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 YKYV-DINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLP-------NPDNSEPALCDPNLSFDAV
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CCDS83 YHSLTDLTRFRLSQDDINGIQSLYGPPPDSPETPLVPTEPVPPEPGTPANCDPALSFDAV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 TTVGNKIFFFKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDK
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CCDS83 STLRGEILIFKDRHFWRKSLRKLEPELHLISSFWPSLPSGVDAAYEVTSKDLVFIFKGNQ
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 YWLISNLRPEPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMMD
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CCDS83 FWAIRGNEVRAGYPRGIHTLGFPPTVRKIDAAISDKEKNKTYFFVEDKYWRFDEKRNSME
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 PGYPKLITKNFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
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CCDS83 PGFPKQIAEDFPGIDSKIDAVF-EEFGFFYFFTGSSQLEFDPNAKKVTHTLKSNSWLNC
420 430 440 450 460 470
>>CCDS8321.1 MMP10 gene_id:4319|Hs108|chr11 (476 aa)
initn: 1672 init1: 794 opt: 1633 Z-score: 2026.1 bits: 384.2 E(32554): 1.6e-106
Smith-Waterman score: 1633; 49.3% identity (76.4% similar) in 479 aa overlap (1-470:2-476)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYS-GN
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CCDS83 MMHLAFLVLLCLPVCSAYPLSGAAKEEDSNKDLAQQYLEKYYNLEKD---VKQFRRKDSN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LMKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGPVWRKHYITYRI
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CCDS83 LIVKKIQGMQKFLGLEVTGKLDTDTLEVMRKPRCGVPDVGHFSSFPGMPKWRKTHLTYRI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 NNYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDFHAFDGKG
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CCDS83 VNYTPDLPRDAVDSAIEKALKVWEEVTPLTFSRLYEGEADIMISFAVKEHGDFYSFDGPG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMFP
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CCDS83 HSLAHAYPPGPGLYGDIHFDDDEKWTEDASGTNLFLVAAHELGHSLGLFHSANTEALMYP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 TYK-YVDINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLP------NPDNSE-PALCDPNLSFDA
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CCDS83 LYNSFTELAQFRLSQDDVNGIQSLYGPPPASTEEPLVPTKSVPSGSEMPAKCDPALSFDA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 VTTVGNKIFFFKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDD
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CCDS83 ISTLRGEYLFFKDRYFWRRSHWNPEPEFHLISAFWPSLPSYLDAAYEVNSRDTVFIFKGN
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 KYWLISNLRPEPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMM
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CCDS83 EFWAIRGNEVQAGYPRGIHTLGFPPTIRKIDAAVSDKEKKKTYFFAADKYWRFDENSQSM
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 DPGYPKLITKNFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
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CCDS83 EQGFPRLIADDFPGVEPKVDAVLQAFG-FFYFFSGSSQFEFDPNARMVTHILKSNSWLHC
420 430 440 450 460 470
>>CCDS8322.1 MMP1 gene_id:4312|Hs108|chr11 (469 aa)
initn: 1389 init1: 738 opt: 1567 Z-score: 1944.2 bits: 369.1 E(32554): 5.7e-102
Smith-Waterman score: 1567; 49.1% identity (75.6% similar) in 468 aa overlap (4-470:7-466)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYSG
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CCDS83 MHSFPPLLLLLFWGVVSHSFP--ATLETQEQDVDLVQKYLEKYYNLKNDGRQVEKRRNSG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 NLMKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHFREMPGGPVWRKHYITYR
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CCDS83 PVV-EKLKQMQEFFGLKVTGKPDAETLKVMKQPRCGVPDVAQFVLTEGNPRWEQTHLTYR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 INNYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDFHAFDGK
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CCDS83 IENYTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISFVRGDHRDNSPFDGP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GGILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMF
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CCDS83 GGNLAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGALMY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 PTYKYVDINTFRLSADDIRGIQSLYGDPKENQRLPNPDNSEPALCDPNLSFDAVTTVGNK
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CCDS83 PSYTFS--GDVQLAQDDIDGIQAIYGRSQNPVQPIGPQT--PKACDSKLTFDAITTIRGE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 IFFFKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDKYWLISN
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CCDS83 VMFFKDRFYMRTNPFYPEVELNFISVFWPQLPNGLEAAYEFADRDEVRFFKGNKYWAVQG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 LRPEPNYPKSIHS-FGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMMDPGYPK
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CCDS83 QNVLHGYPKDIYSSFGFPRTVKHIDAALSEENTGKTYFFVANKYWRYDEYKRSMDPGYPK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE1 LITKNFQGIGPKIDAVFYSKNKYYYFFQGSNQFEYDFLLQRITKTLKSNSWFGC
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CCDS83 MIAHDFPGIGHKVDAVFM-KDGFFYFFHGTRQYKFDPKTKRILTLQKANSWFNCRKN
420 430 440 450 460
>>CCDS8319.1 MMP27 gene_id:64066|Hs108|chr11 (513 aa)
initn: 1071 init1: 390 opt: 1528 Z-score: 1895.2 bits: 360.1 E(32554): 3e-99
Smith-Waterman score: 1528; 48.3% identity (75.0% similar) in 472 aa overlap (2-470:3-465)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MKFLLILLLQATASGALPLNSSTSLEKNNVLFGERYLEKFYGLEINKLPVTKMKYSGNL
..::..:. : :.:.:: : :.: . ... ::..::.:::. ... : . .:
CCDS83 MKRLLLLFLFFITFSSAFPLVRMTENEEN-MQLAQAYLNQFYSLEIEGNHLVQSK-NRSL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 MKEKIQEMQHFLGLKVTGQLDTSTLEMMHAPRCGVPDVHHF-REMPGGPVWRKHYITYRI
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CCDS83 IDDKIREMQAFFGLTVTGKLDSNTLEIMKTPRCGVPDVGQYGYTLPG---WRKYNLTYRI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 NNYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDF-HAFDGK
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CCDS83 INYTPDMARAAVDEAIQEGLEVWSKVTPLKFTKISKGIADIMIAFRTRVHGRCPRYFDGP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GGILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMF
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CCDS83 LGVLGHAFPPGPGLGGDTHFDEDENWTKDGAGFNLFLVAAHEFGHALGLSHSNDQTALMF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 PTYKYVDINTFRLSADDIRGIQSLYGD-PKENQRLPNPDNSEPALCDPNLSFDAVTTVGN
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CCDS83 PNYVSLDPRKYPLSQDDINGIQSIYGGLPKEPAKPKEP--TIPHACDPDLTFDAITTFRR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 KIFFFKDRFFWLKVSERPKTSVNLISSLWPTLPSGIEAAYEIEARNQVFLFKDDKYWLIS
...::: : .: . . .::.:.::.::. ..:::: . :.....:::...:.:
CCDS83 EVMFFKGRHLWRIYYDITDVEFELIASFWPSLPADLQAAYE-NPRDKILVFKDENFWMIR
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 NLRPEPNYPKSIHSFGFPNFVKKIDAAVFNPRFYRTYFFVDNQYWRYDERRQMMDPGYPK
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CCDS83 GYAVLPDYPKSIHTLGFPGRVKKIDAAVCDKTTRKTYFFVGIWCWRFDEMTQTMDKGFPQ
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CCDS83 NAASSMTERLREMQSFFGLEVTGKLDDNTLDVMKKPRCGVPDVGEYNVFPRTLKWSKMNL
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CCDS83 LRGETMIFKDRFFWRLHPQQVDAELFLTKSFWPELPNRIDAAYEHPSHDLIFIFRGRKFW
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480
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]