Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1928
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1928, 466 aa
1>>>pF1KE1928 466 - 466 aa - 466 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4433+/-0.00143; mu= -10.1107+/- 0.084
mean_var=393.8407+/-82.991, 0's: 0 Z-trim(108.9): 118 B-trim: 82 in 1/52
Lambda= 0.064627
statistics sampled from 10444 (10546) to 10444 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.655), E-opt: 0.2 (0.324), width: 16
Scan time: 2.960
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7120.1 VIM gene_id:7431|Hs108|chr10 ( 466) 2916 286.5 4.2e-77
CCDS33383.1 DES gene_id:1674|Hs108|chr2 ( 470) 1817 184.0 2.9e-46
CCDS8783.1 PRPH gene_id:5630|Hs108|chr12 ( 470) 1613 165.0 1.6e-40
CCDS11491.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 ( 432) 1608 164.5 2e-40
CCDS45708.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 ( 431) 1489 153.4 4.4e-37
CCDS59296.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 ( 438) 1470 151.6 1.5e-36
CCDS7545.1 INA gene_id:9118|Hs108|chr10 ( 499) 1229 129.2 9.8e-30
CCDS75712.1 NEFL gene_id:4747|Hs108|chr8 ( 543) 1161 122.9 8.4e-28
CCDS6046.1 NEFM gene_id:4741|Hs108|chr8 ( 916) 1142 121.3 4.2e-27
CCDS13858.1 NEFH gene_id:4744|Hs108|chr22 (1020) 964 104.7 4.5e-22
CCDS8841.1 KRT8 gene_id:3856|Hs108|chr12 ( 483) 859 94.7 2.3e-19
CCDS58234.1 KRT8 gene_id:3856|Hs108|chr12 ( 511) 859 94.7 2.4e-19
CCDS8827.1 KRT75 gene_id:9119|Hs108|chr12 ( 551) 803 89.5 9.5e-18
CCDS8822.1 KRT7 gene_id:3855|Hs108|chr12 ( 469) 793 88.5 1.6e-17
CCDS8830.1 KRT5 gene_id:3852|Hs108|chr12 ( 590) 795 88.8 1.7e-17
CCDS8829.1 KRT6C gene_id:286887|Hs108|chr12 ( 564) 791 88.4 2.1e-17
CCDS8836.1 KRT1 gene_id:3848|Hs108|chr12 ( 644) 792 88.5 2.2e-17
CCDS8828.1 KRT6B gene_id:3854|Hs108|chr12 ( 564) 786 87.9 2.9e-17
CCDS41786.1 KRT6A gene_id:3853|Hs108|chr12 ( 564) 777 87.1 5.2e-17
CCDS8825.1 KRT84 gene_id:3890|Hs108|chr12 ( 600) 774 86.8 6.6e-17
CCDS8839.1 KRT79 gene_id:338785|Hs108|chr12 ( 535) 767 86.1 9.5e-17
CCDS44895.1 KRT3 gene_id:3850|Hs108|chr12 ( 628) 765 86.0 1.2e-16
CCDS41787.2 KRT4 gene_id:3851|Hs108|chr12 ( 520) 750 84.5 2.8e-16
CCDS8834.1 KRT73 gene_id:319101|Hs108|chr12 ( 540) 745 84.1 4e-16
CCDS8838.1 KRT76 gene_id:51350|Hs108|chr12 ( 638) 743 84.0 5.1e-16
CCDS8831.1 KRT71 gene_id:112802|Hs108|chr12 ( 523) 738 83.4 6.1e-16
CCDS8832.1 KRT74 gene_id:121391|Hs108|chr12 ( 529) 733 83.0 8.5e-16
CCDS41785.1 KRT86 gene_id:3892|Hs108|chr12 ( 486) 732 82.8 8.5e-16
CCDS8833.1 KRT72 gene_id:140807|Hs108|chr12 ( 511) 731 82.8 9.4e-16
CCDS8823.1 KRT83 gene_id:3889|Hs108|chr12 ( 493) 729 82.6 1e-15
CCDS31805.1 KRT81 gene_id:3887|Hs108|chr12 ( 505) 728 82.5 1.1e-15
CCDS8837.1 KRT77 gene_id:374454|Hs108|chr12 ( 578) 728 82.5 1.3e-15
CCDS8824.1 KRT85 gene_id:3891|Hs108|chr12 ( 507) 724 82.1 1.5e-15
CCDS8835.1 KRT2 gene_id:3849|Hs108|chr12 ( 639) 723 82.1 1.9e-15
CCDS8826.1 KRT82 gene_id:3888|Hs108|chr12 ( 513) 714 81.2 2.8e-15
CCDS8840.1 KRT78 gene_id:196374|Hs108|chr12 ( 520) 692 79.1 1.2e-14
CCDS41784.1 KRT80 gene_id:144501|Hs108|chr12 ( 422) 681 78.0 2.1e-14
CCDS31809.1 KRT18 gene_id:3875|Hs108|chr12 ( 430) 677 77.7 2.7e-14
CCDS8821.2 KRT80 gene_id:144501|Hs108|chr12 ( 452) 674 77.4 3.4e-14
CCDS11402.1 KRT17 gene_id:3872|Hs108|chr17 ( 432) 647 74.9 1.9e-13
CCDS11400.1 KRT14 gene_id:3861|Hs108|chr17 ( 472) 646 74.8 2.2e-13
CCDS11396.1 KRT13 gene_id:3860|Hs108|chr17 ( 458) 643 74.5 2.6e-13
CCDS11397.1 KRT13 gene_id:3860|Hs108|chr17 ( 420) 641 74.3 2.7e-13
CCDS11399.1 KRT19 gene_id:3880|Hs108|chr17 ( 400) 637 73.9 3.4e-13
CCDS11398.1 KRT15 gene_id:3866|Hs108|chr17 ( 456) 637 74.0 3.8e-13
CCDS11377.1 KRT10 gene_id:3858|Hs108|chr17 ( 584) 636 74.0 4.8e-13
CCDS11401.1 KRT16 gene_id:3868|Hs108|chr17 ( 473) 627 73.0 7.4e-13
CCDS11395.1 KRT36 gene_id:8689|Hs108|chr17 ( 467) 606 71.1 2.8e-12
CCDS11394.2 KRT35 gene_id:3886|Hs108|chr17 ( 455) 598 70.3 4.7e-12
CCDS11379.1 KRT20 gene_id:54474|Hs108|chr17 ( 424) 596 70.1 5.1e-12
>>CCDS7120.1 VIM gene_id:7431|Hs108|chr10 (466 aa)
initn: 2916 init1: 2916 opt: 2916 Z-score: 1497.8 bits: 286.5 E(32554): 4.2e-77
Smith-Waterman score: 2916; 100.0% identity (100.0% similar) in 466 aa overlap (1-466:1-466)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSPGGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSPGGV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 YATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYIDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 YATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYIDK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 VRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERDNLAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 VRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERDNLAE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 DIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKKLHEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 DIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKKLHEE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 EIQELQAQIQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKFADLSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 EIQELQAQIQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKFADLSE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 AANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEAANYQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 AANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEAANYQD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 TIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLPLPNFSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 TIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLPLPNFSS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KE1 LNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 LNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
430 440 450 460
>>CCDS33383.1 DES gene_id:1674|Hs108|chr2 (470 aa)
initn: 1836 init1: 1653 opt: 1817 Z-score: 944.0 bits: 184.0 E(32554): 2.9e-46
Smith-Waterman score: 1817; 62.7% identity (84.7% similar) in 464 aa overlap (9-465:12-470)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSTRSVSSSSYRRMFGG-PGTA-----SRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRS
::::: ::: :: : : :. .. . :. : . . :
CCDS33 MSQAYSSSQRVSSYRRTFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVSRTS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LYASSPGGVYATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELN
:.. :.. :.: ...: :: . .:: :::::::.: :: .:::::::::::::
CCDS33 GGAGGLGSLRASRLGTTRTPSSYGAGELL----DFSLADAVNQEFLTTRTNEKVELQELN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 DRFANYIDKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARV
:::::::.::::::::: : ::...:::. .:...:::::.:::::::. :::..:::
CCDS33 DRFANYIEKVRFLEQQNAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLTNQRARV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 EVERDNLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEI
.:::::: .:..::. :::::. .:::::.: .:: ::: :.:::.::::..:::.:::
CCDS33 DVERDNLLDDLQRLKAKLQEEIQLKEEAENNLAAFRADVDAATLARIDLERRIESLNEEI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 AFLKKLHEEEIQELQAQIQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWY
:::::.:::::.:::::.:::.::...:.:::::::::::.: :::..::::..::::::
CCDS33 AFLKKVHEEEIRELQAQLQEQQVQVEMDMSKPDLTAALRDIRAQYETIAAKNISEAEEWY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 KSKFADLSEAANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENF
::: .::..:::.::::::::::: :::.:.:: :::.:::::::.:: :::::.:. :
CCDS33 KSKVSDLTQAANKNNDALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQMRELEDRF
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 AVEAANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRI
: ::..:::.:.::..::...:.::::::::::::::::::::.::::::::::::::::
CCDS33 ASEASGYQDNIARLEEEIRHLKDEMARHLREYQDLLNVKMALDVEIATYRKLLEGEESRI
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE1 SLPLPNFSSLNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINE-TSQHHDDLE
.::. ..:.::.:::. .. ..:.:.:..:::.:::::.:..: :.:.:. :
CCDS33 NLPIQTYSALNFRETSPEQRG-SEVHTKKTVMIKTIETRDGEVVSEATQQQHEVL
420 430 440 450 460 470
>>CCDS8783.1 PRPH gene_id:5630|Hs108|chr12 (470 aa)
initn: 1600 init1: 924 opt: 1613 Z-score: 841.2 bits: 165.0 E(32554): 1.6e-40
Smith-Waterman score: 1650; 58.1% identity (82.5% similar) in 458 aa overlap (7-462:13-458)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYA
::.:::: :: : . : . : : . . . :::: ::.: :
CCDS87 MSHHPSGLRAGFSSTSYRRTFGPPPSLSPGAFSYSSSSRFSSSRLLGSA-SPSSSVRL--
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 SSPGGVYATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRF
:. . :..: : .:: .. .:::.:.:.: :: ::.::: :::::::::
CCDS87 ---GSFRSPRAGAGAL------LRLPSERLDFSMAEALNQEFLATRSNEKQELQELNDRF
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 ANYIDKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVE
::.:.::::::::: : .:: : .:: .: .: ..:.:::::... : .. ::.::
CCDS87 ANFIEKVRFLEQQNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQELRELRRELELLGRERDRVQVE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 RDNLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFL
::.::::. :...:.:: .::.::..: ::.:::.:.:.::.::::.:::..:: ::
CCDS87 RDGLAEDLAALKQRLEEETRKREDAEHNLVLFRKDVDDATLSRLELERKIESLMDEIEFL
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 KKLHEEEIQELQAQIQEQHVQ-IDVDVS-KPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYK
:::::::...::.... :.:: ..:... ::.:::::::.: ::::.:::::::::::::
CCDS87 KKLHEEELRDLQVSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRDIRAQYESIAAKNLQEAEEWYK
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 SKFADLSEAANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFA
::.::::.:::::..:::::::: .: :::.::::::::.:.::::.: ::.::.::.::
CCDS87 SKYADLSDAANRNHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVDGLRGTNEALLRQLRELEEQFA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 VEAANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRIS
.::..:: .::..:....::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 LEAGGYQAGAARLEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRIS
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KE1 LPLPNFSSLNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
.:. .:.:::.. : . : :.::..:.::::.:::.:.:..:.....
CCDS87 VPVHSFASLNIKTTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGEVVTESQKEQRSELDKSSAH
410 420 430 440 450 460
CCDS87 SY
470
>>CCDS11491.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 (432 aa)
initn: 1693 init1: 1598 opt: 1608 Z-score: 839.2 bits: 164.5 E(32554): 2e-40
Smith-Waterman score: 1608; 58.1% identity (85.9% similar) in 427 aa overlap (47-465:8-431)
20 30 40 50 60 70
pF1KE1 GPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSPGGVYATRSSAVRLRSSVPG
:..: :.:: . . . . :: ::
CCDS11 MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLG---PG
10 20 30
80 90 100 110 120
pF1KE1 VRL--------LQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYIDKVRFLEQQN
.:: : :::::: :.:. ::.::..:..:..:::::::.::.:::::::::
CCDS11 TRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALNAGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQN
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 KILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERDNLAEDIMRLREK
: : :::.::... ..:.:.:. :.:::: ..:::: ..::.::::::::.:. .:.:
CCDS11 KALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAELRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQK
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 LQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKKLHEEEIQELQAQ
::.: : ::::.: ..::..:.:.:::::::::.:::.::: ::.:.::::..::: :
CCDS11 LQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQ
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 IQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKFADLSEAANRNNDA
. .:.:....::.::::::::...: :::..:..:..::::::.::::::..:: :: .
CCDS11 LARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAEL
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 LRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEAANYQDTIGRLQDE
:::::.:...::::.:::::....:.::::::::::::.:: . :::.::....::..:
CCDS11 LRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEE
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 IQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLPLPNFSSLNLRETNL
:..:.::::::.:::::::::.:::::::::::::::::.::..:. .::.:..:::.:
CCDS11 GQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALDIEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRETSL
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460
pF1KE1 DSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
:. . . : ::....:::: :::.::.:..:.: :.
CCDS11 DTKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDGEVIKESKQEHKDVM
400 410 420 430
>>CCDS45708.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 (431 aa)
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20 30 40 50 60 70
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:..: :.:: . . . . :: ::
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80 90 100 110 120
pF1KE1 VRL--------LQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYIDKVRFLEQQN
.:: : :::::: :.:. ::.::..:..:..:::::::.::.:::::::::
CCDS45 TRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALNAGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQN
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 KILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERDNLAEDIMRLREK
: : :::.::... ..:.:.:. :.:::: ..:::: ..::.::::::::.:. .:.:
CCDS45 KALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAELRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQK
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 LQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKKLHEEEIQELQAQ
::.: : ::::.: ..::..:.:.:::::::::.:::.::: ::.:.::::..::: :
CCDS45 LQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQ
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 IQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKFADLSEAANRNNDA
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CCDS45 LARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAEL
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 LRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEAANYQDTIGRLQDE
:::::.:...::::.:::::....:.::::::::::::.:: . :::.::....::..:
CCDS45 LRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEE
280 290 300 310 320 330
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pF1KE1 IQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLPLPNFSSLNLR--ET
:..:.::::::.:::::::::.:::::::::::::::::.::..:. .::.:..: ..
CCDS45 GQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALDIEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRGGKS
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460
pF1KE1 NLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
. :. :. ..: :... . :..: :
CCDS45 TKDGENHKVTRYLKSLTIRVIPIQAHQIVNGTPPARG
400 410 420 430
>>CCDS59296.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17 (438 aa)
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20 30 40 50 60 70
pF1KE1 GPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSPGGVYATRSSAVRLRSSVPG
:..: :.:: . . . . :: ::
CCDS59 MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLG---PG
10 20 30
80 90 100 110 120
pF1KE1 VRL--------LQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYIDKVRFLEQQN
.:: : :::::: :.:. ::.::..:..:..:::::::.::.:::::::::
CCDS59 TRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALNAGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQN
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 KILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERDNLAEDIMRLREK
: : :::.::... ..:.:.:. :.:::: ..:::: ..::.::::::::.:. .:.:
CCDS59 KALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAELRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQK
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 LQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKKLHEEEIQELQAQ
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CCDS59 LQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQ
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 IQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKFADLSEAANRNNDA
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CCDS59 LARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAEL
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 LRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEAANYQDTIGRLQDE
:::::.:...::::.:::::....:.::::::::::::.:: . :::.::....::..:
CCDS59 LRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEE
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 IQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLPLPNFSSLNLRETNL
:..:.::::::.:::::::::.:::::::::::::::::.::..:. .::.:..:
CCDS59 GQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALDIEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRGQYS
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460
pF1KE1 DSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
CCDS59 RASWEGHWSPAPSSRACRLLQTGTEDQGKGIQLSLGAFVTLQRS
400 410 420 430
>>CCDS7545.1 INA gene_id:9118|Hs108|chr10 (499 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KE1 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASS
::::::..:: .:: :. : . . :. : ::: :::
CCDS75 MSFGSEHYLCSSSSYRKVFG---DGSRLSARLSGAGGA------GGFRSQSLSRSNVASS
10 20 30 40 50
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pF1KE1 PGGVYATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFAN
. :. : .. : : . .:..:.: : : ..:.: ::::: .:: ::::::
CCDS75 AACSSAS-SLGLGLAYRRPPA---SDGLDLSQAAARTNEYKIIRTNEKEQLQGLNDRFAV
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 YIDKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQGK--SRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVE
.:.::. :: ::. : ::: :. . ::.:.:...:.:.:: :... .. .... .:
CCDS75 FIEKVHQLETQNRALEAELAALRQRHAEPSRVGELFQRELRDLRAQLEEASSARSQALLE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 RDNLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFL
::.:::...::: . .:: :: :: .:.. ..:::.:.:::::::.::::: .:.::.
CCDS75 RDGLAEEVQRLRARCEEESRGREGAERALKAQQRDVDGATLARLDLEKKVESLLDELAFV
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 KKLHEEEIQELQAQIQ---EQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWY
...:.::. :: : .: . ...:: :.:::::.:::..: ::::.:::::: :::::
CCDS75 RQVHDEEVAELLATLQASSQAAAEVDVTVAKPDLTSALREIRAQYESLAAKNLQSAEEWY
230 240 250 260 270 280
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pF1KE1 KSKFADLSEAANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENF
:::::.:.: : :...:.: ...: :::::.:. : :...:.:.:::::::. :.::
CCDS75 KSKFANLNEQAARSTEAIRASREEIHEYRRQLQARTIEIEGLRGANESLERQILELEERH
290 300 310 320 330 340
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pF1KE1 AVEAANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRI
..:.:.:::.::.:.....: : ::::::::::::::::::::::::.:::::::::.:.
CCDS75 SAEVAGYQDSIGQLENDLRNTKSEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRF
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
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: ..:.::
CCDS75 STSGLSISGLNPLPNPSYLLPPRILSATTSKVSSTGLSLKKEEEEEEASKVASKKTSQIG
410 420 430 440 450 460
>>CCDS75712.1 NEFL gene_id:4747|Hs108|chr8 (543 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KE1 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRP--STSRSLYASSPG
: .: :: : :.. :..: ::.:: :.: .
CCDS75 MSSFSYEPYYSTSYKRRYVETP-RVHI--SSVRSGYSTARSAYSSYSA
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 GVYATRSSAVRLRSSVPGVRLLQ-DSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANY
: .. :. : :: : . . ...:.: . ::....:. ::.::..::.::::::..
CCDS75 PV-SSSLSVRRSYSSSSGSLMPSLENLDLSQVAAISNDLKSIRTQEKAQLQDLNDRFASF
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120 130 140 150 160 170
pF1KE1 IDKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQGK--SRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVER
:..:. ::::::.: ::: :. . . ::. :::.:.:.:: ... ::.: .. ::
CCDS75 IERVHELEQQNKVLEAELLVLRQKHSEPSRFRALYEQEIRDLRLAAEDATNEKQALQGER
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 DNLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLK
..: : . :. . .::.:.::.::. :. :. .:.:.::: .::....::..::.:::
CCDS75 EGLEETLRNLQARYEEEVLSREDAEGRLMEARKGADEAALARAELEKRIDSLMDEISFLK
170 180 190 200 210 220
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pF1KE1 KLHEEEIQELQAQIQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKF
:.::::: ::::::: ......::.::::.:::.:.: :::..::::.:.::::.::.:
CCDS75 KVHEEEIAELQAQIQYAQISVEMDVTKPDLSAALKDIRAQYEKLAAKNMQNAEEWFKSRF
230 240 250 260 270 280
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pF1KE1 ADLSEAANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEA
. :.:.: .:.::.: ::.: .: :: ... : :..: .: ::.::.:..:.:.. ..
CCDS75 TVLTESAAKNTDAVRAAKDEVSESRRLLKAKTLEIEACRGMNEALEKQLQELEDKQNADI
290 300 310 320 330 340
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pF1KE1 ANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLPL
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CCDS75 SAMQDTINKLENELRTTKSEMARYLKEYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRLSFTS
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KE1 PNFSSLNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
CCDS75 VGSITSGYSQSSQVFGRSAYGGLQTSSYLMSTRSFPSYYTSHVQEEQIEVEETIEAAKAE
410 420 430 440 450 460
>>CCDS6046.1 NEFM gene_id:4741|Hs108|chr8 (916 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KE1 MSTRSVSSSSYRRMFGGPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSP
:.:::. .. :: :.: : : ...: :: ::: : : :
CCDS60 MSYTLDSLGNPSAYRRVTETRSSFSRVSGSPSSGFRS-QSWSRGS---PSTVSSSYKRSM
10 20 30 40 50
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. . :::. : :. .. . :.: .. ... . ..: .:.::: .:: ::::::.:
CCDS60 LAPRLAYSSAM-LSSAESSLDFSQSSSLLNGGSGPGGDYKLSRSNEKEQLQGLNDRFAGY
60 70 80 90 100 110
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pF1KE1 IDKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKS--RLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVER
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CCDS60 IEKVHYLEQQNKEIEAEIQALRQKQASHAQLGDAYDQEIRELRATLEMVNHEKAQVQLDS
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:.: ::: ::.:...:: :...: .....:.:...:::....:..::.:::.:.:::.
CCDS60 DHLEEDIHRLKERFEEEARLRDDTEAAIRALRKDIEEASLVKVELDKKVQSLQDEVAFLR
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. ::::. .: :::: .:. .. : : :...::...:.: :: . .:...::::.: .
CCDS60 SNHEEEVADLLAQIQASHITVERKDYLKTDISTALKEIRSQLESHSDQNMHQAEEWFKCR
240 250 260 270 280 290
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.: :.:::..:..:.:.::.: .:::::.:: . :.....::.::::::. ..:: .
CCDS60 YAKLTEAAEQNKEAIRSAKEEIAEYRRQLQSKSIELESVRGTKESLERQLSDIEERHNHD
300 310 320 330 340 350
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pF1KE1 AANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLP
..::::: .:..:... : ::::::::::::::::::::::::.:::::::::.:.:
CCDS60 LSSYQDTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRFSTF
360 370 380 390 400 410
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pF1KE1 LPNFSSLNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
CCDS60 AGSITGPLYTHRPPITISSKIQKPKVEAPKLKVQHKFVEEIIEETKVEDEKSEMEEALTA
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>>CCDS13858.1 NEFH gene_id:4744|Hs108|chr22 (1020 aa)
initn: 849 init1: 539 opt: 964 Z-score: 509.7 bits: 104.7 E(32554): 4.5e-22
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10 20 30 40 50 60
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..:.: . . ..: :. . . . :. ..: .... . .:
CCDS13 MMSFGGADALLGAPFAPLHGGGSLHYAL-ARKGGAGGTRSAAGSSSGFHSWTRTSV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE1 YATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTN--EKVELQELNDRFANYI
.. .: :.:.. :. ::.: .:... . . . :. :: .:: ::::::.::
CCDS13 SSVSASPSRFRGA--GAASSTDSLD-TLSNGPEGCMVAVATSRSEKEQLQALNDRFAGYI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 DKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQ--GKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERD
:::: :: .:. : .: :. : :.: .:.:::.:.::.: : .: ......:..
CCDS13 DKVRQLEAHNRSLEGEAAALRQQQAGRSAMGELYEREVREMRGAVLRLGAARGQLRLEQE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 NLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKK
.: ::: ..:..:..: :::::: . ... . ...: ::.::..:...:::: ..:..
CCDS13 HLLEDIAHVRQRLDDEARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYLRR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 LHEEEIQELQAQIQ-----EQHVQIDV-DVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEW
:.::. :: .::: . ..: .. :. : :.:.:::..: : :. :... ..:::
CCDS13 HHQEEVGELLGQIQGSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSEEW
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 YKSKFADLSEAANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEEN
.. .. :::::. :.::.:.:..: ::::::.:. : :..:::.:..::::: :.:.
CCDS13 FRVRLDRLSEAAKVNTDAMRSAQEEITEYRRQLQARTTELEALKSTKDSLERQRSELEDR
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE1 FAVEAANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESR
.. :.::..: .:. :..: : ::: .:::::::::::::::::::.::::::::: :
CCDS13 HQADIASYQEAIQQLDAELRNTKWEMAAQLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEECR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE1 ISL-PLPNFSSLNLRETNLDSLPLVDTH--SKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
:.. :.: :: : : .: ..: :.:: : ::.:: . ...
CCDS13 IGFGPIP-FS---LPE-GLPKIPSVSTHIKVKSEEKIKVVEKSEKETVIVEEQTEETQVT
420 430 440 450 460
CCDS13 EEVTEEEEKEAKEEEGKEEEGGEEEEAEGGEEETKSPPAEEAASPEKEAKSPVKEEAKSP
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466 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]