Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1813
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1813, 329 aa
1>>>pF1KE1813 329 - 329 aa - 329 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6154+/-0.000945; mu= 14.1730+/- 0.056
mean_var=64.2241+/-12.761, 0's: 0 Z-trim(104.3): 22 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.160039
statistics sampled from 7836 (7855) to 7836 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.62), E-opt: 0.2 (0.241), width: 16
Scan time: 2.520
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS969.1 CTSK gene_id:1513|Hs108|chr1 ( 329) 2258 530.2 8.9e-151
CCDS968.1 CTSS gene_id:1520|Hs108|chr1 ( 331) 1226 291.9 4.8e-79
CCDS6675.1 CTSL gene_id:1514|Hs108|chr9 ( 333) 1131 270.0 1.9e-72
CCDS6723.1 CTSV gene_id:1515|Hs108|chr9 ( 334) 1130 269.7 2.3e-72
CCDS55634.1 CTSS gene_id:1520|Hs108|chr1 ( 281) 804 194.4 8.9e-50
CCDS10308.1 CTSH gene_id:1512|Hs108|chr15 ( 335) 803 194.2 1.2e-49
CCDS8144.1 CTSF gene_id:8722|Hs108|chr11 ( 484) 587 144.4 1.8e-34
CCDS3794.1 CTSO gene_id:1519|Hs108|chr4 ( 321) 466 116.4 3.1e-26
CCDS8117.1 CTSW gene_id:1521|Hs108|chr11 ( 376) 372 94.7 1.2e-19
CCDS8282.1 CTSC gene_id:1075|Hs108|chr11 ( 463) 286 74.9 1.4e-13
>>CCDS969.1 CTSK gene_id:1513|Hs108|chr1 (329 aa)
initn: 2258 init1: 2258 opt: 2258 Z-score: 2820.4 bits: 530.2 E(32554): 8.9e-151
Smith-Waterman score: 2258; 100.0% identity (100.0% similar) in 329 aa overlap (1-329:1-329)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MWGLKVLLLPVVSFALYPEEILDTHWELWKKTHRKQYNNKVDEISRRLIWEKNLKYISIH
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CCDS96 MWGLKVLLLPVVSFALYPEEILDTHWELWKKTHRKQYNNKVDEISRRLIWEKNLKYISIH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 NLEASLGVHTYELAMNHLGDMTSEEVVQKMTGLKVPLSHSRSNDTLYIPEWEGRAPDSVD
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CCDS96 NLEASLGVHTYELAMNHLGDMTSEEVVQKMTGLKVPLSHSRSNDTLYIPEWEGRAPDSVD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 YRKKGYVTPVKNQGQCGSCWAFSSVGALEGQLKKKTGKLLNLSPQNLVDCVSENDGCGGG
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CCDS96 YRKKGYVTPVKNQGQCGSCWAFSSVGALEGQLKKKTGKLLNLSPQNLVDCVSENDGCGGG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 YMTNAFQYVQKNRGIDSEDAYPYVGQEESCMYNPTGKAAKCRGYREIPEGNEKALKRAVA
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CCDS96 YMTNAFQYVQKNRGIDSEDAYPYVGQEESCMYNPTGKAAKCRGYREIPEGNEKALKRAVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 RVGPVSVAIDASLTSFQFYSKGVYYDESCNSDNLNHAVLAVGYGIQKGNKHWIIKNSWGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 RVGPVSVAIDASLTSFQFYSKGVYYDESCNSDNLNHAVLAVGYGIQKGNKHWIIKNSWGE
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KE1 NWGNKGYILMARNKNNACGIANLASFPKM
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CCDS96 NWGNKGYILMARNKNNACGIANLASFPKM
310 320
>>CCDS968.1 CTSS gene_id:1520|Hs108|chr1 (331 aa)
initn: 1079 init1: 449 opt: 1226 Z-score: 1532.6 bits: 291.9 E(32554): 4.8e-79
Smith-Waterman score: 1226; 55.5% identity (79.9% similar) in 328 aa overlap (6-329:7-331)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MWGLKVLLLPVVSFA-LYPEEILDTHWELWKKTHRKQYNNKVDEISRRLIWEKNLKYIS
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CCDS96 MKRLVCVLLVCSSAVAQLHKDPTLDHHWHLWKKTYGKQYKEKNEEAVRRLIWEKNLKFVM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 IHNLEASLGVHTYELAMNHLGDMTSEEVVQKMTGLKVPLSHSRSNDTLYIPEWEGRAPDS
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CCDS96 LHNLEHSMGMHSYDLGMNHLGDMTSEEVMSLMSSLRVPSQWQR--NITYKSNPNRILPDS
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 VDYRKKGYVTPVKNQGQCGSCWAFSSVGALEGQLKKKTGKLLNLSPQNLVDCVSE---ND
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CCDS96 VDWREKGCVTEVKYQGSCGACWAFSAVGALEAQLKLKTGKLVSLSAQNLVDCSTEKYGNK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GCGGGYMTNAFQYVQKNRGIDSEDAYPYVGQEESCMYNPTGKAAKCRGYREIPEGNEKAL
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CCDS96 GCNGGFMTTAFQYIIDNKGIDSDASYPYKAMDQKCQYDSKYRAATCSKYTELPYGREDVL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 KRAVARVGPVSVAIDASLTSFQFYSKGVYYDESCNSDNLNHAVLAVGYGIQKGNKHWIIK
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CCDS96 KEAVANKGPVSVGVDARHPSFFLYRSGVYYEPSC-TQNVNHGVLVVGYGDLNGKEYWLVK
240 250 260 270 280 290
300 310 320
pF1KE1 NSWGENWGNKGYILMARNKNNACGIANLASFPKM
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CCDS96 NSWGHNFGEEGYIRMARNKGNHCGIASFPSYPEI
300 310 320 330
>>CCDS6675.1 CTSL gene_id:1514|Hs108|chr9 (333 aa)
initn: 887 init1: 321 opt: 1131 Z-score: 1414.0 bits: 270.0 E(32554): 1.9e-72
Smith-Waterman score: 1131; 50.9% identity (76.7% similar) in 330 aa overlap (4-327:7-331)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MWGLKVLLLPVVSFALYPEEILDTHWELWKKTHRKQYNNKVDEISRRLIWEKNLKYI
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CCDS66 MNPTLILAAFCLGIASATLTFDHSLEAQWTKWKAMHNRLYGMN-EEGWRRAVWEKNMKMI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 SIHNLEASLGVHTYELAMNHLGDMTSEEVVQKMTGLKVPLSHSRSNDTLYIPEWEGRAPD
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CCDS66 ELHNQEYREGKHSFTMAMNAFGDMTSEEFRQVMNGFQN--RKPRKGKVFQEPLFY-EAPR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 SVDYRKKGYVTPVKNQGQCGSCWAFSSVGALEGQLKKKTGKLLNLSPQNLVDCVSE--ND
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CCDS66 SVDWREKGYVTPVKNQGQCGSCWAFSATGALEGQMFRKTGRLISLSEQNLVDCSGPQGNE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GCGGGYMTNAFQYVQKNRGIDSEDAYPYVGQEESCMYNPTGKAAKCRGYREIPEGNEKAL
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CCDS66 GCNGGLMDYAFQYVQDNGGLDSEESYPYEATEESCKYNPKYSVANDTGFVDIPK-QEKAL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 KRAVARVGPVSVAIDASLTSFQFYSKGVYYDESCNSDNLNHAVLAVGYGIQK----GNKH
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CCDS66 MKAVATVGPISVAIDAGHESFLFYKEGIYFEPDCSSEDMDHGVLVVGYGFESTESDNNKY
240 250 260 270 280 290
300 310 320
pF1KE1 WIIKNSWGENWGNKGYILMARNKNNACGIANLASFPKM
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CCDS66 WLVKNSWGEEWGMGGYVKMAKDRRNHCGIASAASYPTV
300 310 320 330
>>CCDS6723.1 CTSV gene_id:1515|Hs108|chr9 (334 aa)
initn: 1121 init1: 447 opt: 1130 Z-score: 1412.7 bits: 269.7 E(32554): 2.3e-72
Smith-Waterman score: 1130; 50.6% identity (76.5% similar) in 332 aa overlap (4-329:7-334)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MWGLKVLLLPVVSFALYPEEILDTHWELWKKTHRKQYNNKVDEISRRLIWEKNLKYI
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CCDS67 MNLSLVLAAFCLGIASAVPKFDQNLDTKWYQWKATHRRLYGAN-EEGWRRAVWEKNMKMI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 SIHNLEASLGVHTYELAMNHLGDMTSEEVVQKMTGLKVPLSHSRSNDTLYIPEWEGRAPD
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CCDS67 ELHNGEYSQGKHGFTMAMNAFGDMTNEEFRQMMGCFRN--QKFRKGKVFREPLFLD-LPK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 SVDYRKKGYVTPVKNQGQCGSCWAFSSVGALEGQLKKKTGKLLNLSPQNLVDCVSE--ND
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CCDS67 SVDWRKKGYVTPVKNQKQCGSCWAFSATGALEGQMFRKTGKLVSLSEQNLVDCSRPQGNQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GCGGGYMTNAFQYVQKNRGIDSEDAYPYVGQEESCMYNPTGKAAKCRGYREIPEGNEKAL
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CCDS67 GCNGGFMARAFQYVKENGGLDSEESYPYVAVDEICKYRPENSVANDTGFTVVAPGKEKAL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 KRAVARVGPVSVAIDASLTSFQFYSKGVYYDESCNSDNLNHAVLAVGYGIQKGN----KH
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CCDS67 MKAVATVGPISVAMDAGHSSFQFYKSGIYFEPDCSSKNLDHGVLVVGYGFEGANSNNSKY
240 250 260 270 280 290
300 310 320
pF1KE1 WIIKNSWGENWGNKGYILMARNKNNACGIANLASFPKM
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CCDS67 WLVKNSWGPEWGSNGYVKIAKDKNNHCGIATAASYPNV
300 310 320 330
>>CCDS55634.1 CTSS gene_id:1520|Hs108|chr1 (281 aa)
initn: 1078 init1: 354 opt: 804 Z-score: 1007.1 bits: 194.4 E(32554): 8.9e-50
Smith-Waterman score: 995; 48.2% identity (68.9% similar) in 328 aa overlap (6-329:7-281)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MWGLKVLLLPVVSFA-LYPEEILDTHWELWKKTHRKQYNNKVDEISRRLIWEKNLKYIS
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CCDS55 MKRLVCVLLVCSSAVAQLHKDPTLDHHWHLWKKTYGKQYKEKNEEAVRRLIWEKNLKFVM
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 IHNLEASLGVHTYELAMNHLGDMTSEEVVQKMTGLKVPLSHSRSNDTLYIPEWEGRAPDS
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CCDS55 LHNLEHSMGMHSYDLGMNHLGDM-------------------------------------
70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 VDYRKKGYVTPVKNQGQCGSCWAFSSVGALEGQLKKKTGKLLNLSPQNLVDCVSE---ND
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CCDS55 ---------------GSCGACWAFSAVGALEAQLKLKTGKLVSLSAQNLVDCSTEKYGNK
90 100 110 120
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 GCGGGYMTNAFQYVQKNRGIDSEDAYPYVGQEESCMYNPTGKAAKCRGYREIPEGNEKAL
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CCDS55 GCNGGFMTTAFQYIIDNKGIDSDASYPYKAMDQKCQYDSKYRAATCSKYTELPYGREDVL
130 140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 KRAVARVGPVSVAIDASLTSFQFYSKGVYYDESCNSDNLNHAVLAVGYGIQKGNKHWIIK
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CCDS55 KEAVANKGPVSVGVDARHPSFFLYRSGVYYEPSC-TQNVNHGVLVVGYGDLNGKEYWLVK
190 200 210 220 230 240
300 310 320
pF1KE1 NSWGENWGNKGYILMARNKNNACGIANLASFPKM
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CCDS55 NSWGHNFGEEGYIRMARNKGNHCGIASFPSYPEI
250 260 270 280
>>CCDS10308.1 CTSH gene_id:1512|Hs108|chr15 (335 aa)
initn: 422 init1: 225 opt: 803 Z-score: 1004.7 bits: 194.2 E(32554): 1.2e-49
Smith-Waterman score: 803; 41.9% identity (68.6% similar) in 334 aa overlap (3-327:11-331)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MWGLKVLLLPVVSFA-LYPEEILDTHWELWKKTHRKQYNNKVDEISRRL-IW
: .: .:: . : : . . :.. : . ::: :.. .: .:: .
CCDS10 MWATLPLLCAGAWLLGVPVCGAAELCVNSLEKFHFKSWMSKHRKTYST--EEYHHRLQTF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE1 EKNLKYISIHNLEASLGVHTYELAMNHLGDMTSEEVVQK-MTGLKVPLSHSRSNDTLYIP
.: . :. :: : ::...:.:...::. :. .: . . : ..:: :.
CCDS10 ASNWRKINAHNN----GNHTFKMALNQFSDMSFAEIKHKYLWSEPQNCSATKSN---YL-
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 EWEGRAPDSVDYRKKG-YVTPVKNQGQCGSCWAFSSVGALEGQLKKKTGKLLNLSPQNLV
. : : :::.:::: .:.:::::: :::::.::..::::. . :::.:.:. :.::
CCDS10 RGTGPYPPSVDWRKKGNFVSPVKNQGACGSCWTFSTTGALESAIAIATGKMLSLAEQQLV
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 DCVSE--NDGCGGGYMTNAFQYVQKNRGIDSEDAYPYVGQEESCMYNPTGKAAK-CRGYR
::... : :: :: ..::.:. :.:: .::.::: :.. : ..: ::: .
CCDS10 DCAQDFNNHGCQGGLPSQAFEYILYNKGIMGEDTYPYQGKDGYCKFQP-GKAIGFVKDVA
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 EIPEGNEKALKRAVARVGPVSVAIDASLTSFQFYSKGVYYDESCNS--DNLNHAVLAVGY
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CCDS10 NITIYDEEAMVEAVALYNPVSFAFEVT-QDFMMYRTGIYSSTSCHKTPDKVNHAVLAVGY
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320
pF1KE1 GIQKGNKHWIIKNSWGENWGNKGYILMARNKNNACGIANLASFPKM
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CCDS10 GEKNGIPYWIVKNSWGPQWGMNGYFLIERGKN-MCGLAACASYPIPLV
290 300 310 320 330
>>CCDS8144.1 CTSF gene_id:8722|Hs108|chr11 (484 aa)
initn: 583 init1: 326 opt: 587 Z-score: 732.6 bits: 144.4 E(32554): 1.8e-34
Smith-Waterman score: 588; 35.7% identity (62.6% similar) in 305 aa overlap (32-325:193-479)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 WGLKVLLLPVVSFALYPEEILDTHWELWKKTHRKQYNNKVDEISRRL-IWEKNLKYISIH
:. . :..: .: :: .. .:. . .
CCDS81 FSSVISLLNEDPLSQDLPVKMASIFKNFVITYNRTYESK-EEARWRLSVFVNNM--VRAQ
170 180 190 200 210
70 80 90 100 110
pF1KE1 NLEASLGVHTYELAMNHLGDMTSEE--------VVQKMTGLKVPLSHSRSNDTLYIPEWE
...: : : . ......:.: :: ...: : : .....: : :::
CCDS81 KIQA-LDRGTAQYGVTKFSDLTEEEFRTIYLNTLLRKEPGNK--MKQAKSVGDLAPPEW-
220 230 240 250 260 270
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 GRAPDSVDYRKKGYVTPVKNQGQCGSCWAFSSVGALEGQLKKKTGKLLNLSPQNLVDCVS
:.:.:: :: ::.::.:::::::: .: .::: . : ::.:: :.:.:: .
CCDS81 -------DWRSKGAVTKVKDQGMCGSCWAFSVTGNVEGQWFLNQGTLLSLSEQELLDCDK
280 290 300 310 320
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 ENDGCGGGYMTNAFQYVQKNRGIDSEDAYPYVGQEESCMYNPTGKAAKCRGYREIPEGNE
. .: :: .::.. ... :...:: : : :. .:: .. . :. . ::
CCDS81 MDKACMGGLPSNAYSAIKNLGGLETEDDYSYQGHMQSCNFSAEKAKVYINDSVELSQ-NE
330 340 350 360 370 380
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 KALKRAVARVGPVSVAIDASLTSFQFYSKGVYYDES--CNSDNLNHAVLAVGYGIQKGNK
. : .:. ::.::::.: ..::: .:. :. ..:::: :::: ..
CCDS81 QKLAAWLAKRGPISVAINA--FGMQFYRHGISRPLRPLCSPWLIDHAVLLVGYGNRSDVP
390 400 410 420 430 440
300 310 320
pF1KE1 HWIIKNSWGENWGNKGYILMARNKNNACGIANLASFPKM
: :::::: .::.::: . :. ..:::. ..::
CCDS81 FWAIKNSWGTDWGEKGYYYLHRG-SGACGVNTMASSAVVD
450 460 470 480
>>CCDS3794.1 CTSO gene_id:1519|Hs108|chr4 (321 aa)
initn: 318 init1: 297 opt: 466 Z-score: 584.4 bits: 116.4 E(32554): 3.1e-26
Smith-Waterman score: 466; 36.6% identity (63.4% similar) in 213 aa overlap (116-325:109-317)
90 100 110 120 130 140
pF1KE1 VVQKMTGLKVPLSHSRSNDTLYIPEWEGRAPDSVDYRKKGYVTPVKNQGQCGSCWAFSSV
: :.: : :: :.:: .::.::::: :
CCDS37 EFKAIYLRSKPSKFPRYSAEVHMSIPNVSLPLRFDWRDKQVVTQVRNQQMCGGCWAFSVV
80 90 100 110 120 130
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 GALEGQLKKKTGKLLNLSPQNLVDCVSENDGCGGGYMTNAFQYVQKNRGIDSEDA-YPYV
::.:. : : .:: :...:: .: ::.:: ::.....: . .:. ::.
CCDS37 GAVESAYAIKGKPLEDLSVQQVIDCSYNNYGCNGGSTLNALNWLNKMQVKLVKDSEYPFK
140 150 160 170 180 190
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 GQEESCMY-NPTGKAAKCRGYREIPEGN-EKALKRAVARVGPVSVAIDASLTSFQFYSKG
.:. : : . . .. . .:: .. : . .:. ::. : .:: .:.: : :
CCDS37 AQNGLCHYFSGSHSGFSIKGYSAYDFSDQEDEMAKALLTFGPLVVIVDA--VSWQDYLGG
200 210 220 230 240 250
270 280 290 300 310 320
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320
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]