Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1799
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1799, 843 aa
1>>>pF1KE1799 843 - 843 aa - 843 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3655+/-0.000451; mu= 16.7003+/- 0.028
mean_var=165.8337+/-32.571, 0's: 0 Z-trim(116.1): 246 B-trim: 561 in 3/54
Lambda= 0.099595
statistics sampled from 26674 (27024) to 26674 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.679), E-opt: 0.2 (0.317), width: 16
Scan time: 12.990
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000578 (OMIM: 217070,610102) complement compone ( 843) 5979 872.5 0
NP_000056 (OMIM: 217050,612446) complement compone ( 934) 1086 169.5 6.5e-41
NP_001108603 (OMIM: 217050,612446) complement comp ( 934) 1086 169.5 6.5e-41
XP_005248414 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 943) 1086 169.5 6.5e-41
XP_011512421 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 952) 1045 163.6 3.9e-39
XP_016857724 (OMIM: 120960,613789) PREDICTED: comp ( 591) 785 126.0 5.1e-28
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NP_000057 (OMIM: 120960,613789) complement compone ( 591) 784 125.8 5.6e-28
NP_001265473 (OMIM: 120960,613789) complement comp ( 529) 718 116.3 3.7e-25
NP_000553 (OMIM: 120950,613790) complement compone ( 584) 633 104.1 1.9e-21
XP_016865308 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 814) 533 89.9 4.9e-17
XP_011512417 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 533 90.0 5.5e-17
XP_006714559 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 533 90.0 5.5e-17
XP_011512419 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 533 90.0 5.5e-17
XP_016865307 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 533 90.0 5.5e-17
XP_011512420 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 533 90.0 5.5e-17
XP_011512418 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 962) 533 90.0 5.5e-17
XP_011512416 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 971) 533 90.0 5.5e-17
XP_011512423 (OMIM: 217050,612446) PREDICTED: comp ( 643) 516 87.4 2.3e-16
NP_001728 (OMIM: 120940,613825,615591) complement ( 559) 423 73.9 2.2e-12
XP_011540381 (OMIM: 120950,613790) PREDICTED: comp ( 375) 387 68.5 6.3e-11
XP_016857723 (OMIM: 120950,613790) PREDICTED: comp ( 381) 387 68.6 6.3e-11
XP_016865505 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- ( 917) 279 53.5 5.2e-06
XP_011512461 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1027) 279 53.6 5.6e-06
NP_003957 (OMIM: 609297) semaphorin-5A precursor [ (1074) 279 53.6 5.7e-06
XP_011512458 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 279 53.6 5.7e-06
XP_011512459 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 279 53.6 5.7e-06
XP_011512457 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 279 53.6 5.7e-06
XP_006714570 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 279 53.6 5.7e-06
XP_011512460 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 279 53.6 5.7e-06
XP_006714569 (OMIM: 609297) PREDICTED: semaphorin- (1074) 279 53.6 5.7e-06
XP_011507508 (OMIM: 120650,240500,610927,614699) P ( 969) 273 52.7 9.7e-06
NP_001868 (OMIM: 120650,240500,610927,614699) comp (1033) 273 52.7 1e-05
NP_001006659 (OMIM: 120650,240500,610927,614699) c (1092) 273 52.7 1.1e-05
NP_001076585 (OMIM: 170280,603553,605027,609135) p ( 555) 249 48.9 7.5e-05
NP_005032 (OMIM: 170280,603553,605027,609135) perf ( 555) 249 48.9 7.5e-05
NP_699197 (OMIM: 611691) sushi, von Willebrand fac (3571) 260 51.5 8.1e-05
XP_016856597 (OMIM: 126700,134370,235400,609814,61 ( 446) 226 45.5 0.00064
NP_001014975 (OMIM: 126700,134370,235400,609814,61 ( 449) 226 45.5 0.00064
NP_758860 (OMIM: 120920,612922) membrane cofactor ( 349) 218 44.2 0.0012
NP_758862 (OMIM: 120920,612922) membrane cofactor ( 362) 218 44.2 0.0012
NP_758863 (OMIM: 120920,612922) membrane cofactor ( 369) 218 44.3 0.0013
XP_016856797 (OMIM: 120920,612922) PREDICTED: memb ( 378) 218 44.3 0.0013
XP_011507865 (OMIM: 120920,612922) PREDICTED: memb ( 385) 218 44.3 0.0013
NP_002380 (OMIM: 120920,612922) membrane cofactor ( 392) 218 44.3 0.0013
NP_758869 (OMIM: 120920,612922) membrane cofactor ( 399) 218 44.3 0.0013
XP_016856798 (OMIM: 120920,612922) PREDICTED: memb ( 363) 215 43.8 0.0017
XP_011507866 (OMIM: 120920,612922) PREDICTED: memb ( 370) 215 43.8 0.0017
NP_758861 (OMIM: 120920,612922) membrane cofactor ( 377) 215 43.8 0.0017
NP_722548 (OMIM: 120920,612922) membrane cofactor ( 384) 215 43.8 0.0017
>>NP_000578 (OMIM: 217070,610102) complement component C (843 aa)
initn: 5979 init1: 5979 opt: 5979 Z-score: 4655.6 bits: 872.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5979; 99.9% identity (100.0% similar) in 843 aa overlap (1-843:1-843)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MKVISLFILVGFIGEFQSFSSASSPVNCQWDFYAPWSECNGCTKTQTRRRSVAVYGQYGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MKVISLFILVGFIGEFQSFSSASSPVNCQWDFYAPWSECNGCTKTQTRRRSVAVYGQYGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 QPCVGNAFETQSCEPTRGCPTEEGCGERFRCFSGQCISKSLVCNGDSDCDEDSADEDRCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QPCVGNAFETQSCEPTRGCPTEEGCGERFRCFSGQCISKSLVCNGDSDCDEDSADEDRCE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 DSERRPSCDIDKPPPNIELTGNGYNELTGQFRNRVINTKSFGGQCRKVFSGDGKDFYRLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DSERRPSCDIDKPPPNIELTGNGYNELTGQFRNRVINTKSFGGQCRKVFSGDGKDFYRLS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 GNVLSYTFQVKINNDFNYEFYNSTWSYVKHTSTEHTSSSRKRSFFRSSSSSSRSYTSHTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GNVLSYTFQVKINNDFNYEFYNSTWSYVKHTSTEHTSSSRKRSFFRSSSSSSRSYTSHTN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 EIHKGKSYQLLVVENTVEVAQFINNNPEFLQLAEPFWKELSHLPSLYDYSAYRRLIDQYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 EIHKGKSYQLLVVENTVEVAQFINNNPEFLQLAEPFWKELSHLPSLYDYSAYRRLIDQYG
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310 320 330 340 350 360
pF1KE1 THYLQSGSLGGEYRVLFYVDSEKLKQNDFNSVEEKKCKSSGWHFVVKFSSHGCKELENAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 THYLQSGSLGGEYRVLFYVDSEKLKQNDFNSVEEKKCKSSGWHFVVKFSSHGCKELENAL
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370 380 390 400 410 420
pF1KE1 KAASGTQNNVLRGEPFIRGGGAGFISGLTYLELDNPAGNKRRYSAWAESVTNLPQVIKQK
::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KAASGTQNNVLRGEPFIRGGGAGFISGLSYLELDNPAGNKRRYSAWAESVTNLPQVIKQK
370 380 390 400 410 420
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pF1KE1 LTPLYELVKEVPCASVKKLYLKWALEEYLDEFDPCHCRPCQNGGLATVEGTHCLCHCKPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LTPLYELVKEVPCASVKKLYLKWALEEYLDEFDPCHCRPCQNGGLATVEGTHCLCHCKPY
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pF1KE1 TFGAACEQGVLVGNQAGGVDGGWSCWSSWSPCVQGKKTRSRECNNPPPSGGGRSCVGETT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TFGAACEQGVLVGNQAGGVDGGWSCWSSWSPCVQGKKTRSRECNNPPPSGGGRSCVGETT
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pF1KE1 ESTQCEDEELEHLRLLEPHCFPLSLVPTEFCPSPPALKDGFVQDEGTMFPVGKNVVYTCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ESTQCEDEELEHLRLLEPHCFPLSLVPTEFCPSPPALKDGFVQDEGTMFPVGKNVVYTCN
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610 620 630 640 650 660
pF1KE1 EGYSLIGNPVARCGEDLRWLVGEMHCQKIACVLPVLMDGIQSHPQKPFYTVGEKVTVSCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 EGYSLIGNPVARCGEDLRWLVGEMHCQKIACVLPVLMDGIQSHPQKPFYTVGEKVTVSCS
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pF1KE1 GGMSLEGPSAFLCGSSLKWSPEMKNARCVQKENPLTQAVPKCQRWEKLQNSRCVCKMPYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GGMSLEGPSAFLCGSSLKWSPEMKNARCVQKENPLTQAVPKCQRWEKLQNSRCVCKMPYE
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pF1KE1 CGPSLDVCAQDERSKRILPLTVCKMHVLHCQGRNYTLTGRDSCTLPASAEKACGACPLWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CGPSLDVCAQDERSKRILPLTVCKMHVLHCQGRNYTLTGRDSCTLPASAEKACGACPLWG
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pF1KE1 KCDAESSKCVCREASECEEEGFSICVEVNGKEQTMSECEAGALRCRGQSISVTSIRPCAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KCDAESSKCVCREASECEEEGFSICVEVNGKEQTMSECEAGALRCRGQSISVTSIRPCAA
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pF1KE1 ETQ
:::
NP_000 ETQ
>>NP_000056 (OMIM: 217050,612446) complement component C (934 aa)
initn: 1082 init1: 392 opt: 1086 Z-score: 855.5 bits: 169.5 E(85289): 6.5e-41
Smith-Waterman score: 1687; 32.5% identity (60.9% similar) in 872 aa overlap (25-840:79-934)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MKVISLFILVGFIGEFQSFSSASSPVNCQWDFYAPWSECNGCTKTQTRRRSVAV
:.:: ..:::.:. : . :.. :::
NP_000 QIVVDKYYQENFCEQICSKQETRECNWQRCPINCLLGDFGPWSDCDPCIEKQSKVRSVLR
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60 70 80 90 100 110
pF1KE1 YGQYGGQPCVGNAFETQSCEPTRGCPTEEG-CGERFRCFSGQCISKSLVCNGDSDCDEDS
.:.:::::.. : : :.. : ::. : ..::: ::.::...: :::..:: :.
NP_000 PSQFGGQPCTAPLVAFQPCIPSKLCKIEEADCKNKFRCDSGRCIARKLECNGENDCG-DN
110 120 130 140 150 160
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 ADEDRCEDSERRPSCDID-KPPPNIELTGNGYNELTGQFRNRVINTKSFGGQCRKVFSGD
.:: : .. . : .: :...: :::.. :.:. :..:.... :: :. : :.
NP_000 SDERDC--GRTKAVCTRKYNPIPSVQLMGNGFHFLAGEPRGEVLDNSFTGGICKTVKSSR
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180 190 200 210 220
pF1KE1 GKDFYRLSGNVLSYTFQVKI-NNDFNYEFYNSTWSYVKHTSTEHTSSSRKRSFFRSS--S
.. ::. .:. . :.:. ..:.. .::.. : .. . . . ::. : :
NP_000 TSNPYRVPANLENVGFEVQTAEDDLKTDFYKDLTSLGHNENQQGSFSSQGGSSFSVPIFY
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230 240 250 260 270 280
pF1KE1 SSSRSYTSHTNEIHKG-------KSYQLLVVENTVEVAQFINNNPEFLQLAEPFWKELSH
::.:: . . : : :. ... ......: .: .. . :.:.. : : :.:
NP_000 SSKRSENINHNSAFKQAIQASHKKDSSFIRIHKVMKVLNFTTKAKD-LHLSDVFLKALNH
290 300 310 320 330 340
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 LPSLYDYSAYRRLIDQYGTHYLQSGSLGGEYRVLFYVDSEKLKQNDFNSVEEKKCKSSGW
:: :. . : :..:..::::. :::::: : .:. .::.::.. .. : :.:
NP_000 LPLEYNSALYSRIFDDFGTHYFTSGSLGGVYDLLYQFSSEELKNSGLTEEEAKHCVRIET
350 360 370 380 390 400
350 360 370 380 390
pF1KE1 HFVVKFSS-----HGCKELENALKAASGTQNNVLRGEPFIRGGGAGFISGLTYLELDNPA
. : :.. : : . . : .. ... .. .:::: . . ..:.. : . .
NP_000 KKRVLFAKKTKVEHRCTTNKLSEKHEGSFIQGAEKSISLIRGGRSEYGAALAW-EKGSSG
410 420 430 440 450 460
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 GNKRRYSAWAESVTNLPQVIKQKLTPLYELVKEVPCASVKKLYLKWALEEYLDEFDPCHC
... .: : ::: . : :: .:.:. .::...::: .:. :. ::.:: .::::.:
NP_000 LEEKTFSEWLESVKENPAVIDFELAPIVDLVRNIPCAVTKRNNLRKALQEYAAKFDPCQC
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460 470 480 490 500 510
pF1KE1 RPCQNGGLATVEGTHCLCHCKPYTFGAACEQGVLVGNQAGGVDGGWSCWSSWSPC-VQGK
:: :.: :. ::.::: :. :.: ::. ....::: :.:::::: : . :
NP_000 APCPNNGRPTLSGTECLCVCQSGTYGENCEKQS-PDYKSNAVDGQWGCWSSWSTCDATYK
530 540 550 560 570 580
520 530 540 550 560
pF1KE1 KTRSRECNNPPPSGGGRSCVGETTESTQC--------------EDEELEHLRLLEPHCFP
..:.:::::: :. ::. : :: . .: .:::.... : :
NP_000 RSRTRECNNPAPQRGGKRCEGEKRQEEDCTFSIMENNGQPCINDDEEMKEVDLPE-----
590 600 610 620 630
570 580 590 600 610 620
pF1KE1 LSLVPTEFCPSPPALKDGFVQDEGTMFPVGKNVVYTCNEGYSLIGNPVARCGEDLRWLVG
. ::.: ..::...: .. ::..: .: :. .: :: : : :
NP_000 --IEADSGCPQPVPPENGFIRNEKQLYLVGEDVEISCLTGFETVGYQYFRCLPDGTWRQG
640 650 660 670 680 690
630 640 650 660 670 680
pF1KE1 EMHCQKIACVLPVLMDGIQSHPQKPFYTVGEKVTVSCSGGMSLEGPSAFLC-GSSLKWSP
...::. :. ::... . : . .: .::.. ..: :. . ::: . : :.: :.:
NP_000 DVECQRTECIKPVVQEVLTITPFQRLYRIGESIELTCPKGFVVAGPSRYTCQGNS--WTP
700 710 720 730 740 750
690 700 710 720 730
pF1KE1 EMKNARCVQKENPLTQAVPKCQRWEKLQNSRCVCKMPYE-CGP-SLDVCAQDERSKRILP
..:. .:.. ::. .:: .: ..:.:.: : : :. : :.:. : :. .
NP_000 PISNSLTCEKDT-LTKLKGHCQLGQKQSGSECICMSPEEDCSHHSEDLCVFDTDSNDYFT
760 770 780 790 800 810
740 750 760 770 780
pF1KE1 LTVCK-----------MHVLH---CQGRNYTLTGRDSCTLPASAEK--ACG--ACPLWGK
.:: .: :: :: : . : ... : .:: .: : :
NP_000 SPACKFLAEKCLNNQQLHFLHIGSCQDGRQLEWGLERTRLSSNSTKKESCGYDTCYDWEK
820 830 840 850 860 870
790 800 810 820 830
pF1KE1 CDAESSKCVCREASECEEEGFSI-CVEVNGK--EQTMSECEAGALRCRGQSISVTSIRPC
:.: .::::: .: . : .. ::..... :.:.. ::.:..:: .... . :
NP_000 CSASTSKCVCLLPPQCFKGGNQLYCVKMGSSTSEKTLNICEVGTIRCANRKMEILHPGKC
880 890 900 910 920 930
840
pF1KE1 AAETQ
:
NP_000 LA
>>NP_001108603 (OMIM: 217050,612446) complement componen (934 aa)
initn: 1082 init1: 392 opt: 1086 Z-score: 855.5 bits: 169.5 E(85289): 6.5e-41
Smith-Waterman score: 1687; 32.5% identity (60.9% similar) in 872 aa overlap (25-840:79-934)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MKVISLFILVGFIGEFQSFSSASSPVNCQWDFYAPWSECNGCTKTQTRRRSVAV
:.:: ..:::.:. : . :.. :::
NP_001 QIVVDKYYQENFCEQICSKQETRECNWQRCPINCLLGDFGPWSDCDPCIEKQSKVRSVLR
50 60 70 80 90 100
60 70 80 90 100 110
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.:.:::::.. : : :.. : ::. : ..::: ::.::...: :::..:: :.
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:
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