Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1793
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1793, 304 aa
1>>>pF1KE1793 304 - 304 aa - 304 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4396+/-0.000816; mu= 14.6027+/- 0.049
mean_var=68.1340+/-13.564, 0's: 0 Z-trim(108.0): 73 B-trim: 190 in 1/49
Lambda= 0.155379
statistics sampled from 9839 (9916) to 9839 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.689), E-opt: 0.2 (0.305), width: 16
Scan time: 2.110
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12911.1 NCR1 gene_id:9437|Hs108|chr19 ( 304) 2081 475.3 2.5e-134
CCDS46181.1 NCR1 gene_id:9437|Hs108|chr19 ( 303) 2064 471.5 3.5e-133
CCDS46182.1 NCR1 gene_id:9437|Hs108|chr19 ( 287) 1567 360.1 1.2e-99
CCDS56103.1 NCR1 gene_id:9437|Hs108|chr19 ( 209) 1259 290.9 5.4e-79
CCDS42618.1 LILRB4 gene_id:11006|Hs108|chr19 ( 447) 614 146.5 3.5e-35
CCDS12902.1 LILRB4 gene_id:11006|Hs108|chr19 ( 448) 614 146.5 3.5e-35
CCDS12888.1 LILRA5 gene_id:353514|Hs108|chr19 ( 299) 607 144.9 7.3e-35
CCDS62802.1 LILRA1 gene_id:11024|Hs108|chr19 ( 289) 570 136.6 2.2e-32
CCDS33105.1 LILRB3 gene_id:11025|Hs108|chr19 ( 631) 572 137.2 3.2e-32
CCDS46175.1 LILRB3 gene_id:11025|Hs108|chr19 ( 632) 572 137.2 3.2e-32
CCDS42610.1 LILRA6 gene_id:79168|Hs108|chr19 ( 481) 558 134.0 2.2e-31
CCDS12889.1 LILRA5 gene_id:353514|Hs108|chr19 ( 287) 552 132.5 3.6e-31
CCDS42611.1 LILRB5 gene_id:10990|Hs108|chr19 ( 491) 550 132.2 7.8e-31
CCDS12890.1 LILRA4 gene_id:23547|Hs108|chr19 ( 499) 547 131.5 1.3e-30
CCDS12885.1 LILRB5 gene_id:10990|Hs108|chr19 ( 590) 510 123.3 4.6e-28
CCDS46176.1 LILRB5 gene_id:10990|Hs108|chr19 ( 591) 510 123.3 4.6e-28
CCDS62792.1 LILRB2 gene_id:10288|Hs108|chr19 ( 510) 496 120.1 3.5e-27
CCDS42612.1 LILRB2 gene_id:10288|Hs108|chr19 ( 597) 496 120.1 4e-27
CCDS12886.1 LILRB2 gene_id:10288|Hs108|chr19 ( 598) 496 120.1 4.1e-27
CCDS12900.1 LILRA2 gene_id:11027|Hs108|chr19 ( 466) 478 116.0 5.4e-26
CCDS46179.1 LILRA2 gene_id:11027|Hs108|chr19 ( 483) 478 116.1 5.5e-26
CCDS58678.1 GP6 gene_id:51206|Hs108|chr19 ( 321) 449 109.5 3.6e-24
CCDS12901.1 LILRA1 gene_id:11024|Hs108|chr19 ( 489) 448 109.3 5.9e-24
CCDS33107.1 KIR2DL3 gene_id:3804|Hs108|chr19 ( 341) 440 107.5 1.5e-23
CCDS42619.1 KIR2DL4 gene_id:3805|Hs108|chr19 ( 342) 438 107.0 2.1e-23
CCDS42620.1 KIR2DL4 gene_id:3805|Hs108|chr19 ( 273) 431 105.4 5.1e-23
CCDS12904.1 KIR2DL1 gene_id:3802|Hs108|chr19 ( 348) 424 103.9 1.9e-22
CCDS74453.1 LILRA2 gene_id:11027|Hs108|chr19 ( 454) 423 103.7 2.7e-22
CCDS12907.1 FCAR gene_id:2204|Hs108|chr19 ( 287) 418 102.5 4e-22
CCDS42621.1 KIR3DL1 gene_id:3811|Hs108|chr19 ( 444) 404 99.4 5.1e-21
CCDS46184.1 GP6 gene_id:51206|Hs108|chr19 ( 339) 397 97.8 1.2e-20
CCDS42626.1 GP6 gene_id:51206|Hs108|chr19 ( 620) 397 98.0 2e-20
CCDS58677.1 KIR3DL2 gene_id:3812|Hs108|chr19 ( 438) 386 95.4 8.2e-20
CCDS12906.1 KIR3DL2 gene_id:3812|Hs108|chr19 ( 455) 386 95.4 8.5e-20
CCDS12903.1 KIR3DL3 gene_id:115653|Hs108|chr19 ( 410) 370 91.8 9.4e-19
CCDS42622.1 FCAR gene_id:2204|Hs108|chr19 ( 265) 364 90.4 1.6e-18
CCDS12909.1 FCAR gene_id:2204|Hs108|chr19 ( 275) 343 85.7 4.4e-17
CCDS62791.1 LILRB2 gene_id:10288|Hs108|chr19 ( 482) 328 82.4 7.3e-16
CCDS62803.1 LILRB1 gene_id:10859|Hs108|chr19 ( 634) 310 78.5 1.5e-14
CCDS42617.1 LILRB1 gene_id:10859|Hs108|chr19 ( 650) 310 78.5 1.5e-14
CCDS42615.1 LILRB1 gene_id:10859|Hs108|chr19 ( 651) 310 78.5 1.5e-14
CCDS42616.1 LILRB1 gene_id:10859|Hs108|chr19 ( 651) 310 78.5 1.5e-14
CCDS42614.1 LILRB1 gene_id:10859|Hs108|chr19 ( 652) 310 78.5 1.6e-14
CCDS46173.1 TARM1 gene_id:441864|Hs108|chr19 ( 271) 293 74.5 1e-13
CCDS55490.1 IGSF1 gene_id:3547|Hs108|chrX (1327) 300 76.4 1.3e-13
CCDS14629.1 IGSF1 gene_id:3547|Hs108|chrX (1336) 300 76.4 1.3e-13
CCDS55491.1 IGSF1 gene_id:3547|Hs108|chrX (1341) 300 76.4 1.3e-13
CCDS42623.1 FCAR gene_id:2204|Hs108|chr19 ( 253) 289 73.5 1.8e-13
CCDS82395.1 TARM1 gene_id:441864|Hs108|chr19 ( 279) 278 71.1 1.1e-12
CCDS42625.1 FCAR gene_id:2204|Hs108|chr19 ( 209) 258 66.5 1.9e-11
>>CCDS12911.1 NCR1 gene_id:9437|Hs108|chr19 (304 aa)
initn: 2081 init1: 2081 opt: 2081 Z-score: 2525.0 bits: 475.3 E(32554): 2.5e-134
Smith-Waterman score: 2081; 99.7% identity (100.0% similar) in 304 aa overlap (1-304:1-304)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSSTLPALLCVGLCLSQRISAQQQTLPKPFIWAEPHFMVPKEKQVTICCQGNYGAVEYQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MSSTLPALLCVGLCLSQRISAQQQTLPKPFIWAEPHFMVPKEKQVTICCQGNYGAVEYQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 HFEGSLFAVDRPKPPERINKVKFYIPDMNSRMAGQYSCIYRVGELWSEPSNLLDLVVTEM
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 HFEGSLFAVDRPKPPERINKVQFYIPDMNSRMAGQYSCIYRVGELWSEPSNLLDLVVTEM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 YDTPTLSVHPGPEVISGEKVTFYCRLDTATSMFLLLKEGRSSHVQRGYGKVQAEFPLGPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 YDTPTLSVHPGPEVISGEKVTFYCRLDTATSMFLLLKEGRSSHVQRGYGKVQAEFPLGPV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 TTAHRGTYRCFGSYNNHAWSFPSEPVKLLVTGDIENTSLAPEDPTFPADTWGTYLLTTET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TTAHRGTYRCFGSYNNHAWSFPSEPVKLLVTGDIENTSLAPEDPTFPADTWGTYLLTTET
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 GLQKDHALWDHTAQNLLRMGLAFLVLVALVWFLVEDWLSRKRTRERASRASTWEGRRRLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GLQKDHALWDHTAQNLLRMGLAFLVLVALVWFLVEDWLSRKRTRERASRASTWEGRRRLN
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 TQTL
::::
CCDS12 TQTL
>>CCDS46181.1 NCR1 gene_id:9437|Hs108|chr19 (303 aa)
initn: 2062 init1: 1567 opt: 2064 Z-score: 2504.4 bits: 471.5 E(32554): 3.5e-133
Smith-Waterman score: 2064; 99.3% identity (99.7% similar) in 304 aa overlap (1-304:1-303)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSSTLPALLCVGLCLSQRISAQQQTLPKPFIWAEPHFMVPKEKQVTICCQGNYGAVEYQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MSSTLPALLCVGLCLSQRISAQQQTLPKPFIWAEPHFMVPKEKQVTICCQGNYGAVEYQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 HFEGSLFAVDRPKPPERINKVKFYIPDMNSRMAGQYSCIYRVGELWSEPSNLLDLVVTEM
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 HFEGSLFAVDRPKPPERINKVQFYIPDMNSRMAGQYSCIYRVGELWSEPSNLLDLVVTEM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 YDTPTLSVHPGPEVISGEKVTFYCRLDTATSMFLLLKEGRSSHVQRGYGKVQAEFPLGPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 YDTPTLSVHPGPEVISGEKVTFYCRLDTATSMFLLLKEGRSSHVQRGYGKVQAEFPLGPV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 TTAHRGTYRCFGSYNNHAWSFPSEPVKLLVTGDIENTSLAPEDPTFPADTWGTYLLTTET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
CCDS46 TTAHRGTYRCFGSYNNHAWSFPSEPVKLLVTGDIENTSLAPEDPTFP-DTWGTYLLTTET
190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 GLQKDHALWDHTAQNLLRMGLAFLVLVALVWFLVEDWLSRKRTRERASRASTWEGRRRLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GLQKDHALWDHTAQNLLRMGLAFLVLVALVWFLVEDWLSRKRTRERASRASTWEGRRRLN
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 TQTL
::::
CCDS46 TQTL
300
>>CCDS46182.1 NCR1 gene_id:9437|Hs108|chr19 (287 aa)
initn: 1956 init1: 1567 opt: 1567 Z-score: 1902.7 bits: 360.1 E(32554): 1.2e-99
Smith-Waterman score: 1926; 94.1% identity (94.4% similar) in 304 aa overlap (1-304:1-287)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSSTLPALLCVGLCLSQRISAQQQTLPKPFIWAEPHFMVPKEKQVTICCQGNYGAVEYQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MSSTLPALLCVGLCLSQRISAQQQTLPKPFIWAEPHFMVPKEKQVTICCQGNYGAVEYQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 HFEGSLFAVDRPKPPERINKVKFYIPDMNSRMAGQYSCIYRVGELWSEPSNLLDLVVTEM
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 HFEGSLFAVDRPKPPERINKVQFYIPDMNSRMAGQYSCIYRVGELWSEPSNLLDLVVTEM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 YDTPTLSVHPGPEVISGEKVTFYCRLDTATSMFLLLKEGRSSHVQRGYGKVQAEFPLGPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 YDTPTLSVHPGPEVISGEKVTFYCRLDTATSMFLLLKEGRSSHVQRGYGKVQAEFPLGPV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 TTAHRGTYRCFGSYNNHAWSFPSEPVKLLVTGDIENTSLAPEDPTFPADTWGTYLLTTET
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TTAHRGTYRCFGSYNNHAWSFPSEPVKLLVTGDIENTSLAPEDPTFP-------------
190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 GLQKDHALWDHTAQNLLRMGLAFLVLVALVWFLVEDWLSRKRTRERASRASTWEGRRRLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 ----DHALWDHTAQNLLRMGLAFLVLVALVWFLVEDWLSRKRTRERASRASTWEGRRRLN
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 TQTL
::::
CCDS46 TQTL
>>CCDS56103.1 NCR1 gene_id:9437|Hs108|chr19 (209 aa)
initn: 1259 init1: 1259 opt: 1259 Z-score: 1531.6 bits: 290.9 E(32554): 5.4e-79
Smith-Waterman score: 1259; 99.5% identity (100.0% similar) in 186 aa overlap (119-304:24-209)
90 100 110 120 130 140
pF1KE1 NSRMAGQYSCIYRVGELWSEPSNLLDLVVTEMYDTPTLSVHPGPEVISGEKVTFYCRLDT
.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MSSTLPALLCVGLCLSQRISAQQQMYDTPTLSVHPGPEVISGEKVTFYCRLDT
10 20 30 40 50
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 ATSMFLLLKEGRSSHVQRGYGKVQAEFPLGPVTTAHRGTYRCFGSYNNHAWSFPSEPVKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ATSMFLLLKEGRSSHVQRGYGKVQAEFPLGPVTTAHRGTYRCFGSYNNHAWSFPSEPVKL
60 70 80 90 100 110
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 LVTGDIENTSLAPEDPTFPADTWGTYLLTTETGLQKDHALWDHTAQNLLRMGLAFLVLVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LVTGDIENTSLAPEDPTFPADTWGTYLLTTETGLQKDHALWDHTAQNLLRMGLAFLVLVA
120 130 140 150 160 170
270 280 290 300
pF1KE1 LVWFLVEDWLSRKRTRERASRASTWEGRRRLNTQTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LVWFLVEDWLSRKRTRERASRASTWEGRRRLNTQTL
180 190 200
>>CCDS42618.1 LILRB4 gene_id:11006|Hs108|chr19 (447 aa)
initn: 544 init1: 434 opt: 614 Z-score: 745.2 bits: 146.5 E(32554): 3.5e-35
Smith-Waterman score: 623; 38.3% identity (63.9% similar) in 313 aa overlap (1-294:1-299)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSSTLPALLCVGLCLSQRISAQQQTLPKPFIWAEPHFMVPKEKQVTICCQGNYGAVEYQL
: :. ::::.:: :. : : :::: .:::: .. ..::: :::. : ::.:
CCDS42 MIPTFTALLCLGLSLGPRTHMQAGPLPKPTLWAEPGSVISWGNSVTIWCQGTLEAREYRL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 HFEGSLFAVDRPKPPERINKVKFYIPDMNSRMAGQYSCIYRVGELWSEPSNLLDLVVTEM
: : :: .: : ::..: ::.:. .::.: : :: ::.::. :.::.:
CCDS42 DKEESPAPWDRQNPLEPKNKARFSIPSMTEDYAGRYRCYYRSPVGWSQPSDPLELVMTGA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE1 YDTPTLSVHPGPEVISGEKVTFYCRLDTATSMFLLLKEGRSSH------VQRGYGKVQAE
:. ::::. :.: : ::..::. :. . . :::.:: :..: ..: . :::
CCDS42 YSKPTLSALPSPLVTSGKSVTLLCQSRSPMDTFLLIKE-RAAHPLLHLRSEHGAQQHQAE
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE1 FPLGPVTTAHRGTYRCFGS--YNNHAWSFPSEPVKLLVTGDIE----------NTSLAPE
::..:::..: ::::::.: .... : ::.:..:.:.:..: .:. .::
CCDS42 FPMSPVTSVHGGTYRCFSSHGFSHYLLSHPSDPLELIVSGSLEGPRPSPTRSVSTAAGPE
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 D-PTFPADTWGTYLLTTETGLQKDHALWDHTAQNLLRMGLAFLVLVALVWFLVEDWLSRK
: : .:. . . ..::.. : :. :. ...:.: :...:.. : . :
CCDS42 DQPLMPTGS------VPHSGLRR-H--WEVLIGVLV---VSILLLSLLLFLLLQHWRQGK
240 250 260 270 280
290 300
pF1KE1 RTRERASRASTWEGRRRLNTQTL
. : :.: . ..
CCDS42 H-RTLAQRQADFQRPPGAAEPEPKDGGLQRRSSPAADVQGENFCAAVKNTQPEDGVEMDT
290 300 310 320 330 340
>>CCDS12902.1 LILRB4 gene_id:11006|Hs108|chr19 (448 aa)
initn: 544 init1: 434 opt: 614 Z-score: 745.2 bits: 146.5 E(32554): 3.5e-35
Smith-Waterman score: 623; 38.3% identity (63.9% similar) in 313 aa overlap (1-294:1-299)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSSTLPALLCVGLCLSQRISAQQQTLPKPFIWAEPHFMVPKEKQVTICCQGNYGAVEYQL
: :. ::::.:: :. : : :::: .:::: .. ..::: :::. : ::.:
CCDS12 MIPTFTALLCLGLSLGPRTHMQAGPLPKPTLWAEPGSVISWGNSVTIWCQGTLEAREYRL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 HFEGSLFAVDRPKPPERINKVKFYIPDMNSRMAGQYSCIYRVGELWSEPSNLLDLVVTEM
: : :: .: : ::..: ::.:. .::.: : :: ::.::. :.::.:
CCDS12 DKEESPAPWDRQNPLEPKNKARFSIPSMTEDYAGRYRCYYRSPVGWSQPSDPLELVMTGA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE1 YDTPTLSVHPGPEVISGEKVTFYCRLDTATSMFLLLKEGRSSH------VQRGYGKVQAE
:. ::::. :.: : ::..::. :. . . :::.:: :..: ..: . :::
CCDS12 YSKPTLSALPSPLVTSGKSVTLLCQSRSPMDTFLLIKE-RAAHPLLHLRSEHGAQQHQAE
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE1 FPLGPVTTAHRGTYRCFGS--YNNHAWSFPSEPVKLLVTGDIE----------NTSLAPE
::..:::..: ::::::.: .... : ::.:..:.:.:..: .:. .::
CCDS12 FPMSPVTSVHGGTYRCFSSHGFSHYLLSHPSDPLELIVSGSLEGPRPSPTRSVSTAAGPE
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 D-PTFPADTWGTYLLTTETGLQKDHALWDHTAQNLLRMGLAFLVLVALVWFLVEDWLSRK
: : .:. . . ..::.. : :. :. ...:.: :...:.. : . :
CCDS12 DQPLMPTGS------VPHSGLRR-H--WEVLIGVLV---VSILLLSLLLFLLLQHWRQGK
240 250 260 270 280
290 300
pF1KE1 RTRERASRASTWEGRRRLNTQTL
. : :.: . ..
CCDS12 H-RTLAQRQADFQRPPGAAEPEPKDGGLQRRSSPAADVQGENFCAAVKNTQPEDGVEMDT
290 300 310 320 330 340
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10 20 30 40
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CCDS12 QDWHSQRSPQAAAGR
290
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20 30 40 50 60 70
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CCDS46 HPSDPLEILPSGVSRKPSLLTLQGPVLAPGQSLTLQCGSDVGYDRFVLYKEGERDFLQRP
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pF1KE1 TGLQKDHALWDHTAQNLLRMGLAFLVLVALVWFLVEDWLSRKRTRERASRASTWEGRRRL
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CCDS46 --------------EVLIGVSVAFVLLLFLLLFLL--LLRQRHSKHRTSDQRKTDFQRPA
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