Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1753
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1753, 260 aa
1>>>pF1KE1753 260 - 260 aa - 260 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4134+/-0.000774; mu= 13.9573+/- 0.046
mean_var=66.3212+/-13.325, 0's: 0 Z-trim(107.9): 27 B-trim: 9 in 1/50
Lambda= 0.157488
statistics sampled from 9847 (9871) to 9847 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.303), width: 16
Scan time: 2.090
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6239.1 CA2 gene_id:760|Hs108|chr8 ( 260) 1803 418.2 2.7e-117
CCDS6236.1 CA13 gene_id:377677|Hs108|chr8 ( 262) 1104 259.4 1.8e-69
CCDS6238.1 CA3 gene_id:761|Hs108|chr8 ( 260) 1099 258.3 3.9e-69
CCDS6237.1 CA1 gene_id:759|Hs108|chr8 ( 261) 1073 252.4 2.3e-67
CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 264) 1058 249.0 2.5e-66
CCDS14171.1 CA5B gene_id:11238|Hs108|chrX ( 317) 941 222.4 2.9e-58
CCDS10965.1 CA5A gene_id:763|Hs108|chr16 ( 305) 889 210.6 1e-54
CCDS42173.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 208) 823 195.5 2.4e-50
CCDS6174.1 CA8 gene_id:767|Hs108|chr8 ( 290) 696 166.7 1.6e-41
CCDS947.1 CA14 gene_id:23632|Hs108|chr1 ( 337) 559 135.7 4.2e-32
CCDS10186.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 343) 544 132.2 4.5e-31
CCDS10185.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 354) 544 132.3 4.6e-31
CCDS30578.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 308) 530 129.0 3.7e-30
CCDS57970.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 313) 530 129.0 3.8e-30
CCDS6585.1 CA9 gene_id:768|Hs108|chr9 ( 459) 500 122.3 5.9e-28
CCDS32684.1 CA10 gene_id:56934|Hs108|chr17 ( 328) 498 121.8 6.1e-28
CCDS12729.1 CA11 gene_id:770|Hs108|chr19 ( 328) 487 119.3 3.4e-27
CCDS11624.1 CA4 gene_id:762|Hs108|chr17 ( 312) 451 111.1 9.5e-25
CCDS76767.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 283) 420 104.0 1.2e-22
CCDS2895.1 PTPRG gene_id:5793|Hs108|chr3 (1445) 414 103.0 1.2e-21
CCDS56505.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (1448) 405 101.0 4.9e-21
CCDS34740.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (2315) 405 101.1 7.3e-21
CCDS57971.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 248) 388 96.7 1.6e-20
>>CCDS6239.1 CA2 gene_id:760|Hs108|chr8 (260 aa)
initn: 1803 init1: 1803 opt: 1803 Z-score: 2219.2 bits: 418.2 E(32554): 2.7e-117
Smith-Waterman score: 1803; 100.0% identity (100.0% similar) in 260 aa overlap (1-260:1-260)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRIL
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CCDS62 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 NNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 NNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 VHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 VHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 RGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELM
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KE1 VDNWRPAQPLKNRQIKASFK
::::::::::::::::::::
CCDS62 VDNWRPAQPLKNRQIKASFK
250 260
>>CCDS6236.1 CA13 gene_id:377677|Hs108|chr8 (262 aa)
initn: 1141 init1: 558 opt: 1104 Z-score: 1360.8 bits: 259.4 E(32554): 1.8e-69
Smith-Waterman score: 1104; 60.5% identity (84.0% similar) in 256 aa overlap (5-259:6-261)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRI
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CCDS62 MSRLSWGYREHNGPIHWKEFFPIADGDQQSPIEIKTKEVKYDSSLRPLSIKYDPSSAKII
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELH
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CCDS62 SNSGHSFNVDFDDTENKSVLRGGPLTGSYRLRQVHLHWGSADDHGSEHIVDGVSYAAELH
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 LVHWNT-KYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNF
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CCDS62 VVHWNSDKYPSFVEAAHEPDGLAVLGVFLQIGEPNSQLQKITDTLDSIKEKGKQTRFTNF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 DPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEE
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CCDS62 DLLSLLPPSWDYWTYPGSLTVPPLLESVTWIVLKQPINISSQQLAKFRSLLCTAEGEAAA
190 200 210 220 230 240
240 250 260
pF1KE1 LMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK
..:.: :: ::::.:...:::
CCDS62 FLVSNHRPPQPLKGRKVRASFH
250 260
>>CCDS6238.1 CA3 gene_id:761|Hs108|chr8 (260 aa)
initn: 1099 init1: 1099 opt: 1099 Z-score: 1354.7 bits: 258.3 E(32554): 3.9e-69
Smith-Waterman score: 1099; 58.5% identity (81.2% similar) in 260 aa overlap (1-260:1-260)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRIL
:...:::..::::.:::. :: :::: ::::.. :. ..::::.: ::::: ... ::
CCDS62 MAKEWGYASHNGPDHWHELFPNAKGENQSPVELHTKDIRHDPSLQPWSVSYDGGSAKTIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 NNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHL
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CCDS62 NNGKTCRVVFDDTYDRSMLRGGPLPGPYRLRQFHLHWGSSDDHGSEHTVDGVKYAAELHL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 VHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDP
:::: ::. : .:..: ::.::.:::::.: . .: .:.::.:::::: : ::.:::
CCDS62 VHWNPKYNTFKEALKQRDGIAVIGIFLKIGHENGEFQIFLDALDKIKTKGKEAPFTKFDP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELM
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CCDS62 SCLFPACRDYWTYQGSFTTPPCEECIVWLLLKEPMTVSSDQMAKLRSLLSSAENEPPVPL
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KE1 VDNWRPAQPLKNRQIKASFK
:.:::: ::..:: ..::::
CCDS62 VSNWRPPQPINNRVVRASFK
250 260
>>CCDS6237.1 CA1 gene_id:759|Hs108|chr8 (261 aa)
initn: 585 init1: 546 opt: 1073 Z-score: 1322.7 bits: 252.4 E(32554): 2.3e-67
Smith-Waterman score: 1073; 60.2% identity (82.6% similar) in 259 aa overlap (2-259:3-261)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRI
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CCDS62 MASPDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 LNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELH
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CCDS62 INVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELH
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 LVHWNT-KYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNF
..:::. ::.....:... :::::.:...::: :.: ::::.:.:..:::::: : ::::
CCDS62 VAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 DPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEE
:: ::: :::.:::::::: ::: : ::::. :: :::::::. .::.: : ::.
CCDS62 DPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAV
190 200 210 220 230 240
240 250 260
pF1KE1 LMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK
: : ::.::::.: ..:::
CCDS62 PMQHNNRPTQPLKGRTVRASF
250 260
>>CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 (264 aa)
initn: 1062 init1: 565 opt: 1058 Z-score: 1304.3 bits: 249.0 E(32554): 2.5e-66
Smith-Waterman score: 1058; 56.4% identity (81.1% similar) in 259 aa overlap (3-260:5-263)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLR
: ::::. .:: :::: .:::.:.::::..: . : :.:::.:: .::. ::
CCDS10 MTGHHGWGYGQDDGPSHWHKLYPIAQGDRQSPINIISSQAVYSPSLQPLELSYEACMSLS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 ILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAEL
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CCDS10 ITNNGHSVQVDFNDSDDRTVVTGGPLEGPYRLKQFHFHWGKKHDVGSEHTVDGKSFPSEL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 HLVHWNTK-YGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTN
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CCDS10 HLVHWNAKKYSTFGEAASAPDGLAVVGVFLETGDEHPSMNRLTDALYMVRFKGTKAQFSC
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 FDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPE
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CCDS10 FNPKCLLPASRHYWTYPGSLTTPPLSESVTWIVLREPICISERQMGKFRSLLFTSEDDER
190 200 210 220 230 240
240 250 260
pF1KE1 ELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK
::.:.:: ::::.: .::::.
CCDS10 IHMVNNFRPPQPLKGRVVKASFRA
250 260
>>CCDS14171.1 CA5B gene_id:11238|Hs108|chrX (317 aa)
initn: 920 init1: 472 opt: 941 Z-score: 1159.4 bits: 222.4 E(32554): 2.9e-58
Smith-Waterman score: 941; 53.7% identity (76.7% similar) in 257 aa overlap (7-260:41-297)
10 20 30
pF1KE1 MSHHWGYGKHNGPEH--WHKDFPIAKGERQSPVDID
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CCDS14 LQASPGKLLWRKFQIPRFMPARPCSLYTCTYKTRNRALHPLWESVDLVPGGDRQSPINIR
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 THTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFH
. . :::.::::..::: :: :.. :::..: :::.:: ::.:.:::::. .::: :::
CCDS14 WRDSVYDPGLKPLTISYDPATCLHVWNNGYSFLVEFEDSTDKSVIKGGPLEHNYRLKQFH
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 FHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNT-KYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAK
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CCDS14 FHWGAIDAWGSEHTVDSKCFPAELHLVHWNAVRFENFEDAALEENGLAVIGVFLKLGKHH
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 PGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKE
:::.::.: ::: : ..: .::: :.: ::::: :::::::: : ::::. :.
CCDS14 KELQKLVDTLPSIKHKDALVEFGSFDPSCLMPTCPDYWTYSGSLTTPPLSESVTWIIKKQ
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260
pF1KE1 PISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK
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CCDS14 PVEVDHDQLEQFRTLLFTSEGEKEKRMVDNFRPLQPLMNRTVRSSFRHDYVLNVQAKPKP
260 270 280 290 300 310
CCDS14 ATSQATP
>>CCDS10965.1 CA5A gene_id:763|Hs108|chr16 (305 aa)
initn: 878 init1: 475 opt: 889 Z-score: 1095.8 bits: 210.6 E(32554): 1e-54
Smith-Waterman score: 889; 51.0% identity (72.0% similar) in 257 aa overlap (5-260:41-297)
10 20 30
pF1KE1 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDID
: .... : . : ::::..:.
CCDS10 AFSFLVEQMWAPLWSRSMRPGRWCSQRSCAWQTSNNTLHPLWTVPVSVPGGTRQSPINIQ
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 THTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFH
. . :::.:::: :::. :. : : :.:. :.:::::. . . ..::::.. ::: :::
CCDS10 WRDSVYDPQLKPLRVSYEAASCLYIWNTGYLFQVEFDDATEASGISGGPLENHYRLKQFH
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 FHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNT-KYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAK
::::... ::::::: . : :::::::::. :: .. .:: .::::.:.:::.:. .
CCDS10 FHWGAVNEGGSEHTVDGHAYPAELHLVHWNSVKYQNYKEAVVGENGLAVIGVFLKLGAHH
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 PGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKE
::..::.: :: : : . ::: ::: ::::: :::::::: : ::::. ::
CCDS10 QTLQRLVDILPEIKHKDARAAMRPFDPSTLLPTCWDYWTYAGSLTTPPLTESVTWIIQKE
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260
pF1KE1 PISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK
:. :. :. :: : :.. :: :..::.:.:: ::: ::.. :::.
CCDS10 PVEVAPSQLSAFRTLLFSALGEEEKMMVNNYRPLQPLMNRKVWASFQATNEGTRS
260 270 280 290 300
>>CCDS42173.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 (208 aa)
initn: 827 init1: 511 opt: 823 Z-score: 1017.3 bits: 195.5 E(32554): 2.4e-50
Smith-Waterman score: 823; 56.8% identity (82.0% similar) in 206 aa overlap (56-260:2-207)
30 40 50 60 70 80
pF1KE1 ERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLD
:: : ::::. .:.:.::.:..:. ::::.
CCDS42 MSLSITNNGHSVQVDFNDSDDRTVVTGGPLE
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KE1 GTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTK-YGDFGKAVQQPDGLAVLG
: ::: :::::::. ::::::: :.. .::::::::.: :. ::.:.. ::::::.:
CCDS42 GPYRLKQFHFHWGKKHDVGSEHTVDGKSFPSELHLVHWNAKKYSTFGEAASAPDGLAVVG
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 IFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLE
.::..:. .:......:.: .. :: .:.:. :.:. ::: : ::::::::::::: :
CCDS42 VFLETGDEHPSMNRLTDALYMVRFKGTKAQFSCFNPKCLLPASRHYWTYPGSLTTPPLSE
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 CVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK
::::::.::: .: .:. :::.: :..: . . ::.:.:: ::::.: .::::.
CCDS42 SVTWIVLREPICISERQMGKFRSLLFTSEDDERIHMVNNFRPPQPLKGRVVKASFRA
160 170 180 190 200
>>CCDS6174.1 CA8 gene_id:767|Hs108|chr8 (290 aa)
initn: 527 init1: 174 opt: 696 Z-score: 859.1 bits: 166.7 E(32554): 1.6e-41
Smith-Waterman score: 696; 41.4% identity (71.6% similar) in 268 aa overlap (5-260:29-290)
10 20 30
pF1KE1 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTH
::: ..: : : :: :.:: :::......
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