Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1575
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1575, 365 aa
1>>>pF1KE1575 365 - 365 aa - 365 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2621+/-0.000846; mu= 17.5240+/- 0.051
mean_var=79.8738+/-15.791, 0's: 0 Z-trim(108.0): 65 B-trim: 3 in 1/51
Lambda= 0.143507
statistics sampled from 9838 (9905) to 9838 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.304), width: 16
Scan time: 2.420
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6 ( 365) 2276 480.7 8.4e-136
CCDS34394.1 B gene_id:3106|Hs108|chr6 ( 362) 2095 443.3 1.6e-124
CCDS34393.1 C gene_id:3107|Hs108|chr6 ( 366) 1997 423.0 2.1e-118
CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 442) 1904 403.8 1.5e-112
CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 346) 1895 401.8 4.5e-112
CCDS34379.1 E gene_id:3133|Hs108|chr6 ( 358) 1870 396.7 1.7e-110
CCDS4668.1 G gene_id:3135|Hs108|chr6 ( 338) 1866 395.8 2.8e-110
CCDS43439.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 254) 1045 225.7 3.3e-59
CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 341) 816 178.4 7.8e-45
CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 348) 737 162.1 6.7e-40
CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 337) 730 160.6 1.8e-39
CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 325) 688 151.9 7.2e-37
CCDS5680.1 AZGP1 gene_id:563|Hs108|chr7 ( 298) 675 149.2 4.3e-36
CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 260) 571 127.6 1.2e-29
CCDS53440.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 249) 543 121.8 6.4e-28
CCDS53441.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 214) 530 119.1 3.7e-27
CCDS56412.1 MICA gene_id:100507436|Hs108|chr6 ( 332) 514 115.9 5.1e-26
CCDS43449.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6 ( 383) 482 109.3 5.6e-24
CCDS75423.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6 ( 351) 454 103.5 2.9e-22
CCDS53442.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 296) 452 103.0 3.4e-22
CCDS12770.1 FCGRT gene_id:2217|Hs108|chr19 ( 365) 423 97.1 2.6e-20
CCDS4581.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 168) 380 87.9 6.8e-18
CCDS4579.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 256) 380 88.1 9.4e-18
CCDS75421.1 MICA gene_id:100507436|Hs108|chr6 ( 235) 374 86.8 2.1e-17
CCDS54975.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 246) 369 85.8 4.4e-17
CCDS54974.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 334) 369 85.9 5.6e-17
CCDS47386.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 242) 359 83.7 1.8e-16
CCDS1174.1 CD1A gene_id:909|Hs108|chr1 ( 327) 313 74.3 1.7e-13
CCDS75422.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6 ( 340) 296 70.8 2e-12
>>CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6 (365 aa)
initn: 2276 init1: 2276 opt: 2276 Z-score: 2551.6 bits: 480.7 E(32554): 8.4e-136
Smith-Waterman score: 2276; 91.2% identity (96.2% similar) in 365 aa overlap (1-365:1-365)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAVMAPRTLVLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRF
:::::::::.::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MAVMAPRTLLLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 DSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDRNTRNVKAHSQTDRESLRIALRYYNQSEDGSHTIQ
:::::::::::::::::::::::::..::::::.::::: .: :::::: ::::::
CCDS34 DSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNVKAQSQTDRVDLGTLRGYYNQSEAGSHTIQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 RMYGCDVGPDGRFLRGYQQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITQRKWETAHEAEQW
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CCDS34 IMYGCDVGSDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAAHEAEQL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RAYLEGRCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLT
::::.: :::::::::::::::::::: :::::::: .::::::::::::.:::::::::
CCDS34 RAYLDGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWASVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP
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CCDS34 WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SSQPTIPIVGIIAGLVLFGAVIAGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYSQAASSDSAQGSDMSL
:::::::::::::::::.::::.:::::::::::::::::::::.::::::::::::.::
CCDS34 SSQPTIPIVGIIAGLVLLGAVITGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYTQAASSDSAQGSDVSL
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 TACKV
:::::
CCDS34 TACKV
>>CCDS34394.1 B gene_id:3106|Hs108|chr6 (362 aa)
initn: 2095 init1: 2095 opt: 2095 Z-score: 2349.1 bits: 443.3 E(32554): 1.6e-124
Smith-Waterman score: 2095; 84.5% identity (93.4% similar) in 362 aa overlap (1-362:1-362)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAVMAPRTLVLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRF
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CCDS34 MLVMAPRTVLLLLSAALALTETWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 DSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDRNTRNVKAHSQTDRESLRIALRYYNQSEDGSHTIQ
:::::: : :::::::::::::::::::. ::..:::::::: :::::: ::::.:
CCDS34 DSDAASPREEPRAPWIEQEGPEYWDRNTQIYKAQAQTDRESLRNLRGYYNQSEAGSHTLQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 RMYGCDVGPDGRFLRGYQQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITQRKWETAHEAEQW
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CCDS34 SMYGCDVGPDGRLLRGHDQYAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTAAQITQRKWEAAREAEQR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RAYLEGRCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLT
::::::.:::::::::::::. :.:.: ::::.::: .::::::::::::.:::::::::
CCDS34 RAYLEGECVEWLRRYLENGKDKLERADPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWASVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP
:::::::::::::::::::::: ::::::.::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS34 WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDRTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SSQPTIPIVGIIAGLVLFGAVIAGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYSQAASSDSAQGSDMSL
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CCDS34 SSQSTVPIVGIVAGLAVLAVVVIGAVVAAVMCRRKSSGGKGGSYSQAACSDSAQGSDVSL
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 TACKV
::
CCDS34 TA
>>CCDS34393.1 C gene_id:3107|Hs108|chr6 (366 aa)
initn: 1909 init1: 1828 opt: 1997 Z-score: 2239.4 bits: 423.0 E(32554): 2.1e-118
Smith-Waterman score: 1997; 80.8% identity (90.7% similar) in 365 aa overlap (1-364:1-365)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAVMAPRTLVLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRF
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CCDS34 MRVMAPRALLLLLSGGLALTETWACSHSMRYFDTAVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 DSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDRNTRNVKAHSQTDRESLRIALRYYNQSEDGSHTIQ
:::::: : ::::::.::::::::::.:.. : ..:.:: ::: :::::::::::.:
CCDS34 DSDAASPRGEPRAPWVEQEGPEYWDRETQKYKRQAQADRVSLRNLRGYYNQSEDGSHTLQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 RMYGCDVGPDGRFLRGYQQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITQRKWETAHEAEQW
:: :::.:::::.::::.:.::::::::::::::::::::: :::::::: :.:. :::
CCDS34 RMSGCDLGPDGRLLRGYDQSAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTAAQITQRKLEAARAAEQL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RAYLEGRCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLT
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CCDS34 RAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRAEPPKTHVTHHPLSDHEATLRCWALGFYPAEITLT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWASVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP
:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::.::::: .:::: :::
CCDS34 WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRYTCHMQHEGLQEPLTLSWEP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KE1 SSQPTIPIVGIIAGL-VLFGAVIAGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYSQAASSDSAQGSDMS
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CCDS34 SSQPTIPIMGIVAGLAVLVVLAVLGAVVTAMMCRRKSSGGKGGSCSQAACSNSAQGSDES
310 320 330 340 350 360
360
pF1KE1 LTACKV
: .::
CCDS34 LITCKA
>>CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 (442 aa)
initn: 1932 init1: 1904 opt: 1904 Z-score: 2134.2 bits: 403.8 E(32554): 1.5e-112
Smith-Waterman score: 1904; 76.9% identity (91.3% similar) in 355 aa overlap (4-358:1-355)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAVMAPRTLVLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRF
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CCDS43 MAPRSLLLLLSGALALTDTWAGSHSLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDDTQFLRF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 DSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDRNTRNVKAHSQTDRESLRIALRYYNQSEDGSHTIQ
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CCDS43 DSDAAIPRMEPREPWVEQEGPQYWEWTTGYAKANAQTDRVALRNLLRRYNQSEAGSHTLQ
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 RMYGCDVGPDGRFLRGYQQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITQRKWETAHEAEQW
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CCDS43 GMNGCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTAADTVAQITQRFYEAEEYAEEF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RAYLEGRCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLT
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CCDS43 RTYLEGECLELLRRYLENGKETLQRADPPKAHVAHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLT
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWASVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP
::::::.::::::::::::::::::::::.:::: :.::::::::::::::.:: ::::
CCDS43 WQRDGEEQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPPGEEQRYTCHVQHEGLPQPLILRWEQ
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SSQPTIPIVGIIAGLVLFGAVIAGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYSQAASSDSAQGSDMSL
: :::::::::.::::..:::..::::::::::.:::::. :::::::. . ..:. :
CCDS43 SPQPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAAYSVVSGNLMIT
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 TACKV
CCDS43 WWSSLFLLGVLFQGYLGCLRSHSVLGRRKVGDMWILFFLWLWTSFNTAFLALQSLRFGFG
360 370 380 390 400 410
>>CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 (346 aa)
initn: 1895 init1: 1895 opt: 1895 Z-score: 2125.6 bits: 401.8 E(32554): 4.5e-112
Smith-Waterman score: 1895; 78.6% identity (91.9% similar) in 345 aa overlap (4-348:1-345)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAVMAPRTLVLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRF
::::.:.::::::::::.:::::::.::: :.::::::::::.::: :::::::.::
CCDS43 MAPRSLLLLLSGALALTDTWAGSHSLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDDTQFLRF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 DSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDRNTRNVKAHSQTDRESLRIALRYYNQSEDGSHTIQ
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CCDS43 DSDAAIPRMEPREPWVEQEGPQYWEWTTGYAKANAQTDRVALRNLLRRYNQSEAGSHTLQ
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 RMYGCDVGPDGRFLRGYQQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITQRKWETAHEAEQW
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CCDS43 GMNGCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTAADTVAQITQRFYEAEEYAEEF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RAYLEGRCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLT
:.::::.:.: ::::::::::::::.: ::.:..:: .::::::::::::.:::::::::
CCDS43 RTYLEGECLELLRRYLENGKETLQRADPPKAHVAHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLT
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWASVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP
::::::.::::::::::::::::::::::.:::: :.::::::::::::::.:: ::::
CCDS43 WQRDGEEQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPPGEEQRYTCHVQHEGLPQPLILRWEQ
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SSQPTIPIVGIIAGLVLFGAVIAGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYSQAASSDSAQGSDMSL
: :::::::::.::::..:::..::::::::::.:::::. :::::::
CCDS43 SPQPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAV
300 310 320 330 340
pF1KE1 TACKV
>>CCDS34379.1 E gene_id:3133|Hs108|chr6 (358 aa)
initn: 1891 init1: 1867 opt: 1870 Z-score: 2097.4 bits: 396.7 E(32554): 1.7e-110
Smith-Waterman score: 1870; 76.0% identity (90.4% similar) in 354 aa overlap (4-357:1-354)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAVMAPRTLVLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRF
:. ::.:::: :::::::::::::..::.::::::::::::::.::::::::::::
CCDS34 MVDGTLLLLLSEALALTQTWAGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 DSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDRNTRNVKAHSQTDRESLRIALRYYNQSEDGSHTIQ
:.:::: :: :::::.:::: :::::.::... .: : .:: :::::: ::::.:
CCDS34 DNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQ
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 RMYGCDVGPDGRFLRGYQQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITQRKWETAHEAEQW
:.::..::::::::::.: :::::::..::::::::::.: ::::...: . : :::.
CCDS34 WMHGCELGPDGRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQ
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RAYLEGRCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLT
::::: :::::..:::.::::: . . ::::.::: .::::::::::::.:::::::::
CCDS34 RAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLT
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWASVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP
::.::: .:::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::.:.::::.:
CCDS34 WQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKP
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SSQPTIPIVGIIAGLVLFGAVIAGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYSQAASSDSAQGSDMSL
.::::::::::::::::.:.:..:::::::.::.::: ::::::.: :::::::.
CCDS34 ASQPTIPIVGIIAGLVLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQGSESHS
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 TACKV
CCDS34 L
>>CCDS4668.1 G gene_id:3135|Hs108|chr6 (338 aa)
initn: 1866 init1: 1866 opt: 1866 Z-score: 2093.3 bits: 395.8 E(32554): 2.8e-110
Smith-Waterman score: 1866; 78.7% identity (92.0% similar) in 338 aa overlap (1-338:1-338)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAVMAPRTLVLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRF
:.::::::: :::::::.::.::::::::::: ..:::::::::::::.:::::::::::
CCDS46 MVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDTQFVRF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 DSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDRNTRNVKAHSQTDRESLRIALRYYNQSEDGSHTIQ
:::.: ::::::::.::::::::...:::.:::.:::: .:. :::::: .:::.:
CCDS46 DSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEASSHTLQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 RMYGCDVGPDGRFLRGYQQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITQRKWETAHEAEQW
: :::.: :::.::::.: :::::::.::::::::::::: ::::..:: :.:. :::
CCDS46 WMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAANVAEQR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RAYLEGRCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLT
:::::: :::::.:::::::: :::.: ::::.::: : :.:::::::::.:::::: ::
CCDS46 RAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPAEIILT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWASVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP
:::::::::::.:::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::.:: :::.
CCDS46 WQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLMLRWKQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SSQPTIPIVGIIAGLVLFGAVIAGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYSQAASSDSAQGSDMSL
:: :::::.::.::::...::..::.::::.::.::::
CCDS46 SSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD
310 320 330
pF1KE1 TACKV
>>CCDS43439.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 (254 aa)
initn: 1072 init1: 1044 opt: 1045 Z-score: 1176.3 bits: 225.7 E(32554): 3.3e-59
Smith-Waterman score: 1109; 55.7% identity (66.4% similar) in 345 aa overlap (4-348:1-253)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAVMAPRTLVLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRF
::::.:.::::::::::.:::::::.::: :.::::::::::.::: :::::::.::
CCDS43 MAPRSLLLLLSGALALTDTWAGSHSLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDDTQFLRF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 DSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDRNTRNVKAHSQTDRESLRIALRYYNQSEDGSHTIQ
::::: ::::: ::.:::::.::. .: .::..:::: .:: :: ::::: ::::.:
CCDS43 DSDAAIPRMEPREPWVEQEGPQYWEWTTGYAKANAQTDRVALRNLLRRYNQSEAGSHTLQ
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 RMYGCDVGPDGRFLRGYQQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITQRKWETAHEAEQW
: :::.:::::.::::.: ::::::::.:::::::::::: .:::::: .:. . ::..
CCDS43 GMNGCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTAADTVAQITQRFYEAEEYAEEF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RAYLEGRCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLT
:.::::.:.: ::::::::::::::.
CCDS43 RTYLEGECLELLRRYLENGKETLQRA----------------------------------
180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWASVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP
:
CCDS43 ----------------------------------------------------------EQ
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SSQPTIPIVGIIAGLVLFGAVIAGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYSQAASSDSAQGSDMSL
: :::::::::.::::..:::..::::::::::.:::::. :::::::
CCDS43 SPQPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAV
210 220 230 240 250
pF1KE1 TACKV
>>CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 (341 aa)
initn: 720 init1: 401 opt: 816 Z-score: 918.4 bits: 178.4 E(32554): 7.8e-45
Smith-Waterman score: 823; 37.5% identity (68.0% similar) in 347 aa overlap (1-344:5-335)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAVMAPRTLVLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQ
:: . : .::... .. . .::.::: .:: : .: :.::.:::::.
CCDS13 MGELMAFLLPLIIVLMVK------HSDSRTHSLRYFRLGVSDPIHGVPEFISVGYVDSHP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 FVRFDSDAASQRMEPRAPWI-EQEGPEYWDRNTRNVKAHSQTDRESLRIALRYYNQSEDG
.. .:: .... ::::::. :. .:..:.: :. ... .: . :. :.::.: :
CCDS13 ITTYDS--VTRQKEPRAPWMAENLAPDHWERYTQLLRGWQQMFKVELKRLQRHYNHS--G
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 SHTIQRMYGCDVGPDGRFLRGYQQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITQRKWETA-
::: ::: ::.. :: :. : ::::.:.. .:.: :: :.: .:. .. ::.
CCDS13 SHTYQRMIGCELLEDGS-TTGFLQYAYDGQDFLIFNKDTLSWLAVDNVAHTIKQAWEANQ
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 HEAEQWRAYLEGRCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYP
:: . .:: .:. ::.:.:: ::.:::::. : ...... . ..: : : .:::
CCDS13 HELLYQKNWLEEECIAWLKRFLEYGKDTLQRTEPPLVRVNRKETFPGVTALFCKAHGFYP
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 AEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWASVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPL
:: .::...::. .:. . . :.::::.: :::. . . . :.:::.: :. :
CCDS13 PEIYMTWMKNGEEIVQEIDYGDILPSGDGTYQAWASIELDPQSSNLYSCHVEHCGVHMVL
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 TLRWEPSSQPTIPIV-GIIAGLVLFGAVIAGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYSQAASSDSA
. :. . :::.: ..: ... :.:: :....:::. ...:. :
CCDS13 QV---PQESETIPLVMKAVSGSIVLVIVLAG--VGVLVWRRRPREQNGAIYLPTPDR
290 300 310 320 330 340
360
pF1KE1 QGSDMSLTACKV
>>CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 (348 aa)
initn: 518 init1: 274 opt: 737 Z-score: 829.9 bits: 162.1 E(32554): 6.7e-40
Smith-Waterman score: 737; 35.2% identity (66.3% similar) in 347 aa overlap (6-347:7-345)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAVMAPRTLVLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVR
: :.:.: . .: :::..:.. ..:. : : :.::::: ::
CCDS45 MGPRARPALLLLMLLQTAVLQGRLLRSHSLHYLFMGASEQDLGLSLFEALGYVDDQLFVF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 FDSDAASQRMEPRAPWIEQE-GPEYWDRNTRNVKAHSQTDRESLRIALRYYNQSEDGSHT
.: . :.:.:::.::. .. . ..: . ....:. .. .. .. .:.:.. :::
CCDS45 YDHE--SRRVEPRTPWVSSRISSQMWLQLSQSLKGWDHMFTVDFWTIMENHNHSKE-SHT
70 80 90 100 110
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pF1KE1 IQRMYGCDVGPDGRFLRGYQQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITQRKWETAH-EA
.: . ::.. :. .:: . .:::.:.. . : .: ::. : :. .:: . .:
CCDS45 LQVILGCEMQEDNS-TEGYWKYGYDGQDHLEFCPDTLDWRAAEPRAWPTKLEWERHKIRA
120 130 140 150 160 170
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pF1KE1 EQWRAYLEGRCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEI
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CCDS45 RQNRAYLERDCPAQLQQLLELGRGVLDQQVPPLVKVTHH-VTSSVTTLRCRALNYYPQNI
180 190 200 210 220 230
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pF1KE1 TLTWQRDGEDQTQDTELVETR---PAGDGTFQKWASVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPL
:. : .: : .:.. : . : ::::.: : ...:: :.::::::.:.: :: .::
CCDS45 TMKWLKD--KQPMDAKEFEPKDVLPNGDGTYQGWITLAVPPGEEQRYTCQVEHPGLDQPL
240 250 260 270 280 290
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CCDS45 IVIWEPSPSGTL-VIGVISGIAVFVVILFIGILFIILRKRQGSRGAMGHYVLAERE
300 310 320 330 340
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pF1KE1 GSDMSLTACKV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]