Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1548
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1548, 261 aa
1>>>pF1KE1548 261 - 261 aa - 261 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2549+/-0.0008; mu= 14.3908+/- 0.048
mean_var=62.0701+/-12.722, 0's: 0 Z-trim(106.5): 66 B-trim: 460 in 1/52
Lambda= 0.162792
statistics sampled from 8951 (9022) to 8951 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.277), width: 16
Scan time: 2.100
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 261) 1606 385.7 1.8e-107
CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 269) 1586 381.0 4.7e-106
CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 ( 264) 1389 334.7 3.9e-92
CCDS56419.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 ( 227) 1169 283.0 1.2e-76
CCDS4751.1 DRB5 gene_id:3127|Hs108|chr6 ( 266) 1101 267.1 9e-72
CCDS47409.1 DRB1 gene_id:3123|Hs108|chr6 ( 266) 1093 265.2 3.3e-71
CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6 ( 258) 1087 263.8 8.6e-71
CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6 ( 273) 979 238.4 3.9e-63
CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 260) 330 86.0 2.9e-17
CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 325) 310 81.3 9e-16
CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 337) 310 81.4 9.3e-16
CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 348) 310 81.4 9.5e-16
CCDS5680.1 AZGP1 gene_id:563|Hs108|chr7 ( 298) 288 76.2 3e-14
CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 341) 275 73.1 2.8e-13
CCDS4760.1 DMB gene_id:3109|Hs108|chr6 ( 263) 272 72.4 3.6e-13
CCDS4579.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 256) 258 69.1 3.5e-12
CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 346) 253 68.0 1e-11
CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 442) 253 68.0 1.3e-11
CCDS4763.1 DOA gene_id:3111|Hs108|chr6 ( 250) 247 66.5 2e-11
CCDS53442.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 296) 244 65.8 3.8e-11
CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6 ( 365) 244 65.9 4.6e-11
>>CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 (261 aa)
initn: 1606 init1: 1606 opt: 1606 Z-score: 2043.1 bits: 385.7 E(32554): 1.8e-107
Smith-Waterman score: 1606; 91.6% identity (96.2% similar) in 261 aa overlap (1-261:1-261)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSWKKALRIPGGLRVATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVT
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CCDS43 MSWKKALRIPGDLRVATVTLMLAMLSSLLAEGRDSPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELR
:::::::::::::::::::::::: : : :::::::::::: :::::::::::::.. .:
CCDS43 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETTGVVSTPLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::.::::::::
CCDS43 GILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQNPIIVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVL
:::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::::::::::::::::.:::::
CCDS43 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KE1 GLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH
:::::::::::..::::::::
CCDS43 GLIFLGLGLIIRQRSQKGLLH
250 260
>>CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 (269 aa)
initn: 1586 init1: 1586 opt: 1586 Z-score: 2017.5 bits: 381.0 E(32554): 4.7e-106
Smith-Waterman score: 1586; 91.5% identity (96.1% similar) in 258 aa overlap (1-258:1-258)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSWKKALRIPGGLRVATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVT
::::::::::: ::::::::::::::. .:::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS59 MSWKKALRIPGDLRVATVTLMLAMLSSLLAEGRDSPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELR
:::::::::::::::::::::::: : : :::::::::::: :::::::::::::.. .:
CCDS59 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETTGVVSTPLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::.::::::::
CCDS59 GILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQNPIIVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVL
:::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::::::::::::::::.:::::
CCDS59 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KE1 GLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH
:::::::::::..:::::
CCDS59 GLIFLGLGLIIRQRSQKGPQGPPPAGLLH
250 260
>>CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 (264 aa)
initn: 1390 init1: 993 opt: 1389 Z-score: 1767.6 bits: 334.7 E(32554): 3.9e-92
Smith-Waterman score: 1389; 82.2% identity (92.9% similar) in 253 aa overlap (6-258:2-253)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSWKKALRIPGGLRVATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVT
::.::::. .:.::.::.::::::::.:: :.::. :::::::::::::::: :.
CCDS78 MALQIPGGFWAAAVTVMLVMLSTPVAEARDFPKDFLVQFKGMCYFTNGTERVRGVA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELR
:::::::::.::::::: ..::: :: . : ::. :. ::. :: .: ::::::. :::
CCDS78 RYIYNREEYGRFDSDVGEFQAVTELGR-SIEDWNNYKDFLEQERAAVDKVCRHNYEAELR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETTGVVSTPLI
:::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::: ::
CCDS78 TTLQRQVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTSLI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQNPIIVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVL
::::::::::::::.::::::.:::.:::::::.:: :::::::::::::::::::::::
CCDS78 RNGDWTFQILVMLEITPQRGDIYTCQVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVL
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KE1 GLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH
:::::::::::.::.:::
CCDS78 GLIFLGLGLIIRHRGQKGPRGPPPAGLLH
240 250 260
>>CCDS56419.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 (227 aa)
initn: 1170 init1: 773 opt: 1169 Z-score: 1489.3 bits: 283.0 E(32554): 1.2e-76
Smith-Waterman score: 1169; 80.1% identity (91.7% similar) in 216 aa overlap (6-221:2-216)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSWKKALRIPGGLRVATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVT
::.::::. .:.::.::.::::::::.:: :.::. :::::::::::::::: :.
CCDS56 MALQIPGGFWAAAVTVMLVMLSTPVAEARDFPKDFLVQFKGMCYFTNGTERVRGVA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELR
:::::::::.::::::: ..::: :: . : ::. :. ::. :: .: ::::::. :::
CCDS56 RYIYNREEYGRFDSDVGEFQAVTELGR-SIEDWNNYKDFLEQERAAVDKVCRHNYEAELR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETTGVVSTPLI
:::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::: ::
CCDS56 TTLQRQVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTSLI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQNPIIVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVL
::::::::::::::.::::::.:::.:::::::.:: ::::
CCDS56 RNGDWTFQILVMLEITPQRGDIYTCQVEHPSLQSPITVEWRPRGPPPAGLLH
180 190 200 210 220
250 260
pF1KE1 GLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH
>>CCDS4751.1 DRB5 gene_id:3127|Hs108|chr6 (266 aa)
initn: 1101 init1: 1101 opt: 1101 Z-score: 1402.0 bits: 267.1 E(32554): 9e-72
Smith-Waterman score: 1101; 64.7% identity (82.1% similar) in 252 aa overlap (7-258:4-255)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSWKKALRIPGGLRVATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVT
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CCDS47 MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALAGDTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLH
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELR
: :::.:: ::::::: ::::: :: : ::::::::. :: :: .:: ::::: .
CCDS47 RDIYNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDFLEDRRAAVDTYCRHNYGVGES
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETTGVVSTPLI
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CCDS47 FTVQRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVSTGLI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQNPIIVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVL
.::::::: ::::: .:. :.::::.:::::. .:. :::::::::::::::::.:::::
CCDS47 QNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KE1 GLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH
::.::: ::.:. ..:::
CCDS47 GLLFLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGLVS
240 250 260
>>CCDS47409.1 DRB1 gene_id:3123|Hs108|chr6 (266 aa)
initn: 1093 init1: 1093 opt: 1093 Z-score: 1391.8 bits: 265.2 E(32554): 3.3e-71
Smith-Waterman score: 1093; 62.7% identity (83.7% similar) in 252 aa overlap (7-258:4-255)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSWKKALRIPGGLRVATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVT
:..::: ....:. : .::.:.: . :. :..: : :.: :::::::..
CCDS47 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELR
::.::.:: .::::::: .:::: :: : ::::::::..::..:: .:: ::::: .
CCDS47 RYFYNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVES
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETTGVVSTPLI
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CCDS47 FTVQRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQNPIIVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVL
.::::::: ::::: .:. :.::::.:::::. .:. :::::.:::::::::::.:::::
CCDS47 QNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVL
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KE1 GLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH
::.::: ::.:. :.:::
CCDS47 GLLFLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
240 250 260
>>CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6 (258 aa)
initn: 1070 init1: 974 opt: 1087 Z-score: 1384.4 bits: 263.8 E(32554): 8.6e-71
Smith-Waterman score: 1087; 63.3% identity (84.5% similar) in 251 aa overlap (7-257:4-252)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSWKKALRIPGGLRVATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVT
:.. .. :....: .: .: : :..:: .::....: . :: :::. :..
CCDS47 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQ--RFLE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELR
::::::::.:::::::: .:::: :: ::::::::::..::. :: : .:::::.:
CCDS47 RYIYNREEFARFDSDVGEFRAVTELGRPAAEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGP
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETTGVVSTPLI
::::::.: :..:::. :.::::::: ::::::..:.:::: : ::::.::::: ::
CCDS47 MTLQRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQNPIIVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVL
::::::::::::::::::.::::::.::: ::..:. :::.:::.::.:: :.: :::::
CCDS47 RNGDWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVL
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KE1 GLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH
:::. :.:...:.::.:
CCDS47 GLIICGVGIFMHRRSKKVQRGSA
240 250
>>CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6 (273 aa)
initn: 979 init1: 979 opt: 979 Z-score: 1247.0 bits: 238.4 E(32554): 3.9e-63
Smith-Waterman score: 979; 59.0% identity (80.7% similar) in 244 aa overlap (15-258:9-252)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSWKKALRIPGGLRVATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFTNGTERVRLVT
:... . :. :.. ...: ::::::: : :. ::::::::.:..:.
CCDS47 MGSGWVPWVVALLVNLTRLDSSMTQGTDSPEDFVIQAKADCYFTNGTEKVQFVV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQLELR
:.:.: :::.:::::::.. :.: :: : :: :::. ..:::.: .: ::::::.:
CCDS47 RFIFNLEEYVRFDSDVGMFVALTKLGQPDAEQWNSRLDLLERSRQAVDGVCRHNYRLGAP
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETTGVVSTPLI
:. :.:.: ::. : :: :..:::: :::: :::..::..:: : ::: .::.:: :
CCDS47 FTVGRKVQPEVTVYPERTPLLHQHNLLHCSVTGFYPGDIKIKWFLNGQEERAGVMSTGPI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQNPIIVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVL
:::::::: .:::::::. : :::: :.: :: .:. :::::::: . ::::::..:.:
CCDS47 RNGDWTFQTVVMLEMTPELGHVYTCLVDHSSLLSPVSVEWRAQSEYSWRKMLSGIAAFLL
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KE1 GLIFLGLGLIIHHRSQKGLLH
::::: .:..:. :.:::
CCDS47 GLIFLLVGIVIQLRAQKGYVRTQMSGNEVSRAVLLPQSC
240 250 260 270
>>CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 (260 aa)
initn: 161 init1: 144 opt: 330 Z-score: 423.5 bits: 86.0 E(32554): 2.9e-17
Smith-Waterman score: 330; 29.8% identity (59.1% similar) in 252 aa overlap (12-256:2-245)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSWKKALRIPGGLRVATVTLMLAMLSTPVAEGRDSPEDFVYQFKGMCYFT--NGTERVRL
: :. . :.: .:.: : .:: . . : : . :.::
CCDS45 MGPRARPALLLLMLLQTAVLQGRLLQSHTLQVILG-CEMQEDNSTEGYW-
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 VTRYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPLGPPAAEYWNSQKEVLERTRAELDTVCRHNYQ--
.: :. ... .: :. .::. : . :. :. .: ...:: :. : . :
CCDS45 --KYGYDGQDHLEFCPDTLDWRAAEPRAWPTKLEWERHKIRARQNRAYLERDCPAQLQQL
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 LEL-RTTLQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQE-ETTGV
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