Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1545
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1545, 407 aa
1>>>pF1KE1545 407 - 407 aa - 407 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6393+/-0.000496; mu= 15.1552+/- 0.030
mean_var=79.1091+/-16.265, 0's: 0 Z-trim(108.4): 185 B-trim: 202 in 1/50
Lambda= 0.144199
statistics sampled from 16332 (16537) to 16332 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.548), E-opt: 0.2 (0.194), width: 16
Scan time: 7.990
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001958 (OMIM: 601102) eukaryotic initiation fac ( 407) 2655 562.7 5.9e-160
NP_001407 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation fac ( 406) 2426 515.0 1.3e-145
NP_001191439 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation ( 347) 1971 420.3 3.5e-117
NP_055555 (OMIM: 268305,608546) eukaryotic initiat ( 411) 1801 385.0 1.8e-106
XP_011523824 (OMIM: 268305,608546) PREDICTED: euka ( 390) 1382 297.8 3e-80
NP_004388 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent RN ( 483) 930 203.9 7.2e-52
XP_005271474 (OMIM: 600326) PREDICTED: probable AT ( 483) 930 203.9 7.2e-52
NP_001244120 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent ( 483) 930 203.9 7.2e-52
NP_009173 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA helicas ( 479) 923 202.4 2e-51
XP_011521136 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 484) 923 202.4 2e-51
XP_011521134 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 539) 923 202.4 2.2e-51
NP_542165 (OMIM: 142560) spliceosome RNA helicase ( 428) 888 195.1 2.8e-49
NP_004631 (OMIM: 142560) spliceosome RNA helicase ( 428) 888 195.1 2.8e-49
XP_011541093 (OMIM: 607663) PREDICTED: ATP-depende ( 482) 873 192.0 2.7e-48
NP_037396 (OMIM: 607663) ATP-dependent RNA helicas ( 483) 873 192.0 2.7e-48
XP_011541092 (OMIM: 607663) PREDICTED: ATP-depende ( 486) 873 192.0 2.7e-48
NP_001244103 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 370) 856 188.4 2.5e-47
XP_016878379 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 370) 856 188.4 2.5e-47
XP_006721190 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 370) 856 188.4 2.5e-47
NP_001244102 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 370) 856 188.4 2.5e-47
NP_001014449 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 370) 856 188.4 2.5e-47
NP_009135 (OMIM: 606168) probable ATP-dependent RN ( 824) 834 184.0 1.1e-45
NP_001014451 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 448) 825 182.0 2.6e-45
NP_001244101 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 453) 825 182.0 2.6e-45
XP_011521135 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 508) 825 182.0 2.8e-45
NP_001317367 (OMIM: 607663) ATP-dependent RNA heli ( 369) 800 176.7 8e-44
NP_001244104 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 328) 744 165.1 2.3e-40
NP_060365 (OMIM: 616621) probable ATP-dependent RN ( 796) 728 162.0 4.8e-39
NP_057439 (OMIM: 615428) probable ATP-dependent RN ( 455) 721 160.4 8.4e-39
XP_016866492 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 439) 706 157.2 7.1e-38
XP_011534230 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 529) 706 157.3 8.3e-38
XP_011534229 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 529) 706 157.3 8.3e-38
XP_011534228 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 604) 706 157.3 9.2e-38
NP_061135 (OMIM: 606286) probable ATP-dependent RN ( 648) 706 157.3 9.8e-38
NP_001026895 (OMIM: 174300,615464) probable ATP-de ( 619) 690 154.0 9.5e-37
XP_016857920 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619) 690 154.0 9.5e-37
XP_016857921 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619) 690 154.0 9.5e-37
XP_011508337 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619) 690 154.0 9.5e-37
NP_001307524 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 676 151.1 7.1e-36
NP_001307526 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 676 151.1 7.1e-36
NP_004387 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent RN ( 614) 676 151.1 7.1e-36
NP_001307525 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 676 151.1 7.1e-36
NP_006377 (OMIM: 608469) probable ATP-dependent RN ( 729) 666 149.0 3.4e-35
NP_001091974 (OMIM: 608469) probable ATP-dependent ( 731) 666 149.0 3.4e-35
NP_076977 (OMIM: 611665) ATP-dependent RNA helicas ( 881) 660 147.8 9.5e-35
NP_001104792 (OMIM: 611665) ATP-dependent RNA heli ( 882) 660 147.8 9.5e-35
XP_011540947 (OMIM: 600326) PREDICTED: probable AT ( 434) 624 140.2 9.6e-33
NP_001278405 (OMIM: 612500) probable ATP-dependent ( 491) 612 137.7 6e-32
XP_011522534 (OMIM: 612500) PREDICTED: probable AT ( 581) 612 137.7 6.9e-32
NP_008941 (OMIM: 612500) probable ATP-dependent RN ( 599) 612 137.8 7.1e-32
>>NP_001958 (OMIM: 601102) eukaryotic initiation factor (407 aa)
initn: 2655 init1: 2655 opt: 2655 Z-score: 2992.7 bits: 562.7 E(85289): 5.9e-160
Smith-Waterman score: 2655; 100.0% identity (100.0% similar) in 407 aa overlap (1-407:1-407)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 QRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 ILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 VLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 ELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE1 IGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
370 380 390 400
>>NP_001407 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation factor (406 aa)
initn: 2418 init1: 2418 opt: 2426 Z-score: 2735.2 bits: 515.0 E(85289): 1.3e-145
Smith-Waterman score: 2426; 89.7% identity (98.0% similar) in 407 aa overlap (1-407:1-406)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQ
::... . .:..: :.::.:.::::::::::::.::::::.:::::::::::::::::::
NP_001 MSASQDSRSRDNG-PDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEKPSAIQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 QRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKV
::::.:::::::::::::::::::::::::::::.:...: :::::::::::::::::::
NP_001 QRAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQQIQKV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 ILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMF
..::::::::.::::::::::: :.:::: :::::.:::::::::::::::::::.::::
NP_001 VMALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPKYIKMF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 VLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE
::::::::::::::::::.::::::.. ::::::::::.:::::::::::::::::::::
NP_001 VLDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 ELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTV
:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
NP_001 ELTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHARDFTV
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR
::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400
pF1KE1 IGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
:::::::::::::::.::::::: ::::::::::..::::.::::::
NP_001 IGRGGRFGRKGVAINMVTEEDKRTLRDIETFYNTSIEEMPLNVADLI
360 370 380 390 400
>>NP_001191439 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation fact (347 aa)
initn: 1963 init1: 1963 opt: 1971 Z-score: 2224.7 bits: 420.3 E(85289): 3.5e-117
Smith-Waterman score: 1971; 88.4% identity (97.9% similar) in 335 aa overlap (1-335:1-334)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQ
::... . .:..: :.::.:.::::::::::::.::::::.:::::::::::::::::::
NP_001 MSASQDSRSRDNG-PDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEKPSAIQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 QRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKV
::::.:::::::::::::::::::::::::::::.:...: :::::::::::::::::::
NP_001 QRAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQQIQKV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 ILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMF
..::::::::.::::::::::: :.:::: :::::.:::::::::::::::::::.::::
NP_001 VMALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPKYIKMF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 VLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE
::::::::::::::::::.::::::.. ::::::::::.:::::::::::::::::::::
NP_001 VLDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRILVKKE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 ELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTV
:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
NP_001 ELTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHARDFTV
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHR
::.::::::::::::::::::::::::::::::..
NP_001 SAMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLGKLYPQNRSRWTVWP
300 310 320 330 340
370 380 390 400
pF1KE1 IGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
>>NP_055555 (OMIM: 268305,608546) eukaryotic initiation (411 aa)
initn: 1802 init1: 1258 opt: 1801 Z-score: 2032.5 bits: 385.0 E(85289): 1.8e-106
Smith-Waterman score: 1801; 71.4% identity (89.7% similar) in 378 aa overlap (30-407:35-411)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAI
... .:: :.:.:.::::::::::::::::
NP_055 ATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 QQRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQK
::::: ::: :::::.::::::::::.::.:: :.:. .:::::.:::::::: ::::
NP_055 QQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 VILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKM
.:::::::.. :::::::::: ....::. . :.:.:::::::::. :: : . :::
NP_055 GLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKM
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 FVLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKK
.:::::::::..:::.:::.... : . ::::.:::.: ..::.:.::: ::::::::.
NP_055 LVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 EELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFT
.::::::::::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::. .::
NP_055 DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 VSALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIH
::..:::: ::::. ::.:::::.:::::.::. :::.:: ::::.::::::.::: :::
NP_055 VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIH
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400
pF1KE1 RIGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
::::.::.:::::::::: ..: ::::::: .:.: ..::::::::::
NP_055 RIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
370 380 390 400 410
>>XP_011523824 (OMIM: 268305,608546) PREDICTED: eukaryot (390 aa)
initn: 1688 init1: 1258 opt: 1382 Z-score: 1561.7 bits: 297.8 E(85289): 3e-80
Smith-Waterman score: 1647; 67.5% identity (84.9% similar) in 378 aa overlap (30-407:35-390)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAI
... .:: :.:.:.::::::::::::::::
XP_011 ATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 QQRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQK
::::: ::: :::::.::::::::::.::.:: :.: :.:
XP_011 QQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDI-----QGL--------------
70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 VILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKM
:::::::.. :::::::::: ....::. . :.:.:::::::::. :: : . :::
XP_011 --LALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKM
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 FVLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKK
.:::::::::..:::.:::.... : . ::::.:::.: ..::.:.::: ::::::::.
XP_011 LVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 EELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFT
.::::::::::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::. .::
XP_011 DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 VSALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIH
::..:::: ::::. ::.:::::.:::::.::. :::.:: ::::.::::::.::: :::
XP_011 VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIH
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KE1 RIGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
::::.::.:::::::::: ..: ::::::: .:.: ..::::::::::
XP_011 RIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
350 360 370 380 390
>>NP_004388 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent RNA he (483 aa)
initn: 778 init1: 439 opt: 930 Z-score: 1052.2 bits: 203.9 E(85289): 7.2e-52
Smith-Waterman score: 930; 38.4% identity (74.2% similar) in 372 aa overlap (33-403:96-464)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 GGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQQR
..:.:. ::. :: ::. .:.:::: ::..
NP_004 IKPGDDWKKTLKLPPKDLRIKTSDVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEE
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 AIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKVIL
.: ..: :..:.:..::::.... : .:..:... . ::.:..:::::: :.... .
NP_004 SIPIALSGRDILARAKNGTGKSGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICI
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 ALGDYMG-ATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMFV
.. .:: : : ::::.:.....:. .. :.:..::::..:.... . ..:.:
NP_004 QVSKHMGGAKVMATTGGTNLRDDIMRLD-DTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIV
190 200 210 220 230 240
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 LDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKEE
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NP_004 LDEADKLLSQDFVQIMEDIILTLPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EE
250 260 270 280 290 300
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 LTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTVS
:::.:. :.: : :. :. : :. : :.:..:: :. ..:. :..:. ..
NP_004 LTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHCLNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCF
310 320 330 340 350 360
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 ALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHRI
.:. : :..:. ....::.: : :. :::..::::.: :..:::.:.: :.:.:::
NP_004 YIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGLCRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRI
370 380 390 400 410 420
370 380 390 400
pF1KE1 GRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
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NP_004 GRSGRFGHLGLAINLITYDDRFNLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEK
430 440 450 460 470 480
NP_004 P
>>XP_005271474 (OMIM: 600326) PREDICTED: probable ATP-de (483 aa)
initn: 778 init1: 439 opt: 930 Z-score: 1052.2 bits: 203.9 E(85289): 7.2e-52
Smith-Waterman score: 930; 38.4% identity (74.2% similar) in 372 aa overlap (33-403:96-464)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 GGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQQR
..:.:. ::. :: ::. .:.:::: ::..
XP_005 IKPGDDWKKTLKLPPKDLRIKTSDVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEE
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70 80 90 100 110 120
pF1KE1 AIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKVIL
.: ..: :..:.:..::::.... : .:..:... . ::.:..:::::: :.... .
XP_005 SIPIALSGRDILARAKNGTGKSGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICI
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 ALGDYMG-ATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMFV
.. .:: : : ::::.:.....:. .. :.:..::::..:.... . ..:.:
XP_005 QVSKHMGGAKVMATTGGTNLRDDIMRLD-DTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIV
190 200 210 220 230 240
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 LDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKEE
:::::..::. : . . .:. : . :..: :::.: .: . .. .. : .: . ::
XP_005 LDEADKLLSQDFVQIMEDIILTLPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EE
250 260 270 280 290 300
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 LTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTVS
:::.:. :.: : :. :. : :. : :.:..:: :. ..:. :..:. ..
XP_005 LTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHCLNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCF
310 320 330 340 350 360
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 ALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHRI
.:. : :..:. ....::.: : :. :::..::::.: :..:::.:.: :.:.:::
XP_005 YIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGLCRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRI
370 380 390 400 410 420
370 380 390 400
pF1KE1 GRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
::.::::. :.:::..: .:. :..:: .: .. .: :.
XP_005 GRSGRFGHLGLAINLITYDDRFNLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEK
430 440 450 460 470 480
XP_005 P
>>NP_001244120 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent RNA (483 aa)
initn: 778 init1: 439 opt: 930 Z-score: 1052.2 bits: 203.9 E(85289): 7.2e-52
Smith-Waterman score: 930; 38.4% identity (74.2% similar) in 372 aa overlap (33-403:96-464)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 GGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAIQQR
..:.:. ::. :: ::. .:.:::: ::..
NP_001 IKPGDDWKKTLKLPPKDLRIKTSDVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEE
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 AIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQKVIL
.: ..: :..:.:..::::.... : .:..:... . ::.:..:::::: :.... .
NP_001 SIPIALSGRDILARAKNGTGKSGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICI
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 ALGDYMG-ATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKMFV
.. .:: : : ::::.:.....:. .. :.:..::::..:.... . ..:.:
NP_001 QVSKHMGGAKVMATTGGTNLRDDIMRLD-DTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIV
190 200 210 220 230 240
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 LDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKKEE
:::::..::. : . . .:. : . :..: :::.: .: . .. .. : .: . ::
NP_001 LDEADKLLSQDFVQIMEDIILTLPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EE
250 260 270 280 290 300
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 LTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFTVS
:::.:. :.: : :. :. : :. : :.:..:: :. ..:. :..:. ..
NP_001 LTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHCLNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCF
310 320 330 340 350 360
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 ALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIHRI
.:. : :..:. ....::.: : :. :::..::::.: :..:::.:.: :.:.:::
NP_001 YIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGLCRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRI
370 380 390 400 410 420
370 380 390 400
pF1KE1 GRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
::.::::. :.:::..: .:. :..:: .: .. .: :.
NP_001 GRSGRFGHLGLAINLITYDDRFNLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEK
430 440 450 460 470 480
NP_001 P
>>NP_009173 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA helicase DD (479 aa)
initn: 744 init1: 422 opt: 923 Z-score: 1044.4 bits: 202.4 E(85289): 2e-51
Smith-Waterman score: 923; 40.3% identity (70.6% similar) in 402 aa overlap (19-407:83-474)
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pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGI
::.. . : : .:... :: .::.:.
NP_009 KEDRAAQSLLNKLIRSNLVDNTNQVEVLQRDPNSPLYS-----VKSFEELRLKPQLLQGV
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pF1KE1 YAYGFEKPSAIQQRAIIPCIKG---YDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQAL
::.::..:: ::. :. : . . ..:::.::::::::.:....:.:.: : : :
NP_009 YAMGFNRPSKIQENAL-PLMLAEPPQNLIAQSQSGTGKTAAFVLAMLSQVEPANKYPQCL
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 VLAPTRELAQQIQKVILALGDYMGATCHACIGGTNVR-NEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVF
:.:: ::: : ::: .: .. : :: :.... : . .::.:::: :.
NP_009 CLSPTYELALQTGKVIEQMGKFYPELKLA----YAVRGNKLERGQKISEQIVIGTPGTVL
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170 180 190 200 210 220
pF1KE1 DMLNR-RYLSPKWIKMFVLDEADEML-SRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVL
: .. ....:: ::.::::::: :. ..: .:: .: . : . :..:.:::. .:
NP_009 DWCSKLKFIDPKKIKVFVLDEADVMIATQGHQDQSIRIQRMLPRNCQMLLFSATFEDSVW
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230 240 250 260 270 280
pF1KE1 EVTKKFMRDPIRILVKKEELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNT
. ..: . :: : .:.:: ::. :::.:. .. :...::.:: ..::.::.:: .:
NP_009 KFAQKVVPDPNVIKLKREEETLDTIKQYYVLCSSRDEKFQALCNLYGAITIAQAMIFCHT
290 300 310 320 330 340
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 RRKVDWLTEKMHARDFTVSALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQV
:. ..::. .. . :. : :.: ..: .....:: :. .::.::.. ::::::.::
NP_009 RKTASWLAAELSKEGHQVALLSGEMMVEQRAAVIERFREGKEKVLVTTNVCARGIDVEQV
350 360 370 380 390 400
350 360 370 380 390
pF1KE1 SLVINYDLPTNR------ENYIHRIGRGGRFGRKGVAINFV-TEEDKRILRDIETFYNTT
:.:::.:::... :.:.::::: ::::..:.:.:.: .... :: :. .:
NP_009 SVVINFDLPVDKDGNPDNETYLHRIGRTGRFGKRGLAVNMVDSKHSMNILNRIQEHFNKK
410 420 430 440 450 460
400
pF1KE1 VEEMPMNVADLI
.:.. . : :
NP_009 IERLDTDDLDEIEKIAN
470
>>XP_011521136 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-dependent R (484 aa)
initn: 744 init1: 422 opt: 923 Z-score: 1044.3 bits: 202.4 E(85289): 2e-51
Smith-Waterman score: 923; 40.3% identity (70.6% similar) in 402 aa overlap (19-407:88-479)
10 20 30 40
pF1KE1 MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGI
::.. . : : .:... :: .::.:.
XP_011 KEDRAAQSLLNKLIRSNLVDNTNQVEVLQRDPNSPLYS-----VKSFEELRLKPQLLQGV
60 70 80 90 100 110
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 YAYGFEKPSAIQQRAIIPCIKG---YDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQAL
::.::..:: ::. :. : . . ..:::.::::::::.:....:.:.: : : :
XP_011 YAMGFNRPSKIQENAL-PLMLAEPPQNLIAQSQSGTGKTAAFVLAMLSQVEPANKYPQCL
120 130 140 150 160 170
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 VLAPTRELAQQIQKVILALGDYMGATCHACIGGTNVR-NEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVF
:.:: ::: : ::: .: .. : :: :.... : . .::.:::: :.
XP_011 CLSPTYELALQTGKVIEQMGKFYPELKLA----YAVRGNKLERGQKISEQIVIGTPGTVL
180 190 200 210 220
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 DMLNR-RYLSPKWIKMFVLDEADEML-SRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVL
: .. ....:: ::.::::::: :. ..: .:: .: . : . :..:.:::. .:
XP_011 DWCSKLKFIDPKKIKVFVLDEADVMIATQGHQDQSIRIQRMLPRNCQMLLFSATFEDSVW
230 240 250 260 270 280
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 EVTKKFMRDPIRILVKKEELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNT
. ..: . :: : .:.:: ::. :::.:. .. :...::.:: ..::.::.:: .:
XP_011 KFAQKVVPDPNVIKLKREEETLDTIKQYYVLCSSRDEKFQALCNLYGAITIAQAMIFCHT
290 300 310 320 330 340
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 RRKVDWLTEKMHARDFTVSALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQV
:. ..::. .. . :. : :.: ..: .....:: :. .::.::.. ::::::.::
XP_011 RKTASWLAAELSKEGHQVALLSGEMMVEQRAAVIERFREGKEKVLVTTNVCARGIDVEQV
350 360 370 380 390 400
350 360 370 380 390
pF1KE1 SLVINYDLPTNR------ENYIHRIGRGGRFGRKGVAINFV-TEEDKRILRDIETFYNTT
:.:::.:::... :.:.::::: ::::..:.:.:.: .... :: :. .:
XP_011 SVVINFDLPVDKDGNPDNETYLHRIGRTGRFGKRGLAVNMVDSKHSMNILNRIQEHFNKK
410 420 430 440 450 460
400
pF1KE1 VEEMPMNVADLI
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XP_011 IERLDTDDLDEIEKIAN
470 480
407 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 01:30:55 2016 done: Mon Nov 7 01:30:56 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]