Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1515
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1515, 260 aa
1>>>pF1KE1515 260 - 260 aa - 260 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4301+/-0.000861; mu= 13.9259+/- 0.052
mean_var=71.7575+/-14.004, 0's: 0 Z-trim(106.9): 63 B-trim: 19 in 1/50
Lambda= 0.151405
statistics sampled from 9216 (9280) to 9216 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.285), width: 16
Scan time: 2.170
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4764.1 DPA1 gene_id:3113|Hs108|chr6 ( 260) 1714 383.4 8.2e-107
CCDS4750.1 DRA gene_id:3122|Hs108|chr6 ( 254) 1022 232.3 2.6e-61
CCDS4752.1 DQA1 gene_id:3117|Hs108|chr6 ( 255) 979 222.9 1.7e-58
CCDS4753.1 DQA2 gene_id:3118|Hs108|chr6 ( 255) 958 218.3 4.2e-57
CCDS4763.1 DOA gene_id:3111|Hs108|chr6 ( 250) 938 213.9 8.4e-56
CCDS4761.1 DMA gene_id:3108|Hs108|chr6 ( 261) 361 87.9 7.6e-18
CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6 ( 258) 289 72.2 4.1e-13
CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 ( 264) 268 67.6 1e-11
CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 269) 258 65.4 4.6e-11
>>CCDS4764.1 DPA1 gene_id:3113|Hs108|chr6 (260 aa)
initn: 1755 init1: 1714 opt: 1714 Z-score: 2031.1 bits: 383.4 E(32554): 8.2e-107
Smith-Waterman score: 1714; 97.3% identity (98.8% similar) in 260 aa overlap (1-260:1-260)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MRPEDRMFHIRAVILRALSLAFLLSLRGAGAIKADHVSTYAAFVQTHRPTGEFMFEFDED
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CCDS47 MRPEDRMFHIRAVILRALSLAFLLSLRGAGAIKADHVSTYAAFVQTHRPTGEFMFEFDED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 EQFYVDLDKKETVWHLEEFGRAFSFEAQGGLANIAILNNNLNTLIQRSNHTQAANDPPEV
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CCDS47 EMFYVDLDKKETVWHLEEFGQAFSFEAQGGLANIAILNNNLNTLIQRSNHTQATNDPPEV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TVFPKEPVELGQPNTLICHIDRFFPPVLNVTWLCNGEPVTEGVAESLFLPRTDYSFHKFH
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS47 TVFPKEPVELGQPNTLICHIDKFFPPVLNVTWLCNGELVTEGVAESLFLPRTDYSFHKFH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 YLTFVPSAEDVYDCRVEHWGLDQPLLKHWEAQEPIQMPETTETVLCALGLVLGLVGIIVG
:::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YLTFVPSAEDFYDCRVEHWGLDQPLLKHWEAQEPIQMPETTETVLCALGLVLGLVGIIVG
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KE1 TVLIIKSLRSGHDPRAQGPL
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CCDS47 TVLIIKSLRSGHDPRAQGTL
250 260
>>CCDS4750.1 DRA gene_id:3122|Hs108|chr6 (254 aa)
initn: 1008 init1: 1008 opt: 1022 Z-score: 1214.3 bits: 232.3 E(32554): 2.6e-61
Smith-Waterman score: 1022; 60.7% identity (81.4% similar) in 247 aa overlap (14-260:8-254)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MRPEDRMFHIRAVILRALSLAFLLSLRGAGAIKADHVSTYAAFVQTHRPTGEFMFEFDED
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CCDS47 MAISGVPVLGFFIIAVLMSAQESWAIKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 EQFYVDLDKKETVWHLEEFGRAFSFEAQGGLANIAILNNNLNTLIQRSNHTQAANDPPEV
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CCDS47 EIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TVFPKEPVELGQPNTLICHIDRFFPPVLNVTWLCNGEPVTEGVAESLFLPRTDYSFHKFH
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CCDS47 TVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFH
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 YLTFVPSAEDVYDCRVEHWGLDQPLLKHWEAQEPIQMPETTETVLCALGLVLGLVGIIVG
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CCDS47 YLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSPLPETTENVVCALGLTVGLVGIIIG
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KE1 TVLIIKSLRSGHDPRAQGPL
:..:::.::... . .:::
CCDS47 TIFIIKGLRKSNAAERRGPL
240 250
>>CCDS4752.1 DQA1 gene_id:3117|Hs108|chr6 (255 aa)
initn: 966 init1: 929 opt: 979 Z-score: 1163.5 bits: 222.9 E(32554): 1.7e-58
Smith-Waterman score: 979; 56.5% identity (79.6% similar) in 255 aa overlap (7-260:1-255)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRPEDRMFHIRAVILRALSLAFLLSLRGAGAIKADHVSTYAA-FVQTHRPTGEFMFEFDE
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CCDS47 MILNKALLLGALALTTVMSPCGGEDIVADHVASCGVNLYQFYGPSGQYTHEFDG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 DEQFYVDLDKKETVWHLEEFGRAFSFEAQGGLANIAILNNNLNTLIQRSNHTQAANDPPE
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CCDS47 DEQFYVDLERKETAWRWPEFSKFGGFDPQGALRNMAVAKHNLNIMIKRYNSTAATNEVPE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 VTVFPKEPVELGQPNTLICHIDRFFPPVLNVTWLCNGEPVTEGVAESLFLPRTDYSFHKF
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CCDS47 VTVFSKSPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGQSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 HYLTFVPSAEDVYDCRVEHWGLDQPLLKHWEAQEPIQMPETTETVLCALGLVLGLVGIIV
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CCDS47 SYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDQPLLKHWEPEIPAPMSELTETVVCALGLSVGLMGIVV
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KE1 GTVLIIKSLRSGHDPRAQGPL
:::.::..::: : ::::
CCDS47 GTVFIIQGLRSVGASRHQGPL
240 250
>>CCDS4753.1 DQA2 gene_id:3118|Hs108|chr6 (255 aa)
initn: 921 init1: 851 opt: 958 Z-score: 1138.7 bits: 218.3 E(32554): 4.2e-57
Smith-Waterman score: 958; 55.3% identity (80.4% similar) in 255 aa overlap (7-260:1-255)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRPEDRMFHIRAVILRALSLAFLLSLRGAGAIKADHVSTYAA-FVQTHRPTGEFMFEFDE
:. .:..: ::.:. ..: :. : ::::..:.. : :.: :.:.. :::
CCDS47 MILNKALLLGALALTAVMSPCGGEDIVADHVASYGVNFYQSHGPSGQYTHEFDG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 DEQFYVDLDKKETVWHLEEFGRAFSFEAQGGLANIAILNNNLNTLIQRSNHTQAANDPPE
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CCDS47 DEEFYVDLETKETVWQLPMFSKFISFDPQSALRNMAVGKHTLEFMMRQSNSTAATNEVPE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 VTVFPKEPVELGQPNTLICHIDRFFPPVLNVTWLCNGEPVTEGVAESLFLPRTDYSFHKF
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CCDS47 VTVFSKFPVTLGQPNTLICLVDNIFPPVVNITWLSNGHSVTEGVSETSFLSKSDHSFFKI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 HYLTFVPSAEDVYDCRVEHWGLDQPLLKHWEAQEPIQMPETTETVLCALGLVLGLVGIIV
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CCDS47 SYLTFLPSADEIYDCKVEHWGLDEPLLKHWEPEIPAPMSELTETLVCALGLSVGLMGIVV
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KE1 GTVLIIKSLRSGHDPRAQGPL
:::.::..::: : :: :
CCDS47 GTVFIIQGLRSVGASRHQGLL
240 250
>>CCDS4763.1 DOA gene_id:3111|Hs108|chr6 (250 aa)
initn: 933 init1: 877 opt: 938 Z-score: 1115.3 bits: 213.9 E(32554): 8.4e-56
Smith-Waterman score: 938; 56.9% identity (78.2% similar) in 248 aa overlap (10-255:3-250)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRPEDRMFHIRA-VILRALSLAFLLSLRGAGAIKADHVSTYA-AFVQTHRPTGEFMFEFD
.:: ..: .: ::: . ::: ::::...:. :: :.. .:.: :::
CCDS47 MALRAGLVLGFHTLMTLLSPQEAGATKADHMGSYGPAFYQSYGASGQFTHEFD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 EDEQFYVDLDKKETVWHLEEFGRAFSFEAQGGLANIAILNNNLNTLIQRSNHTQAANDPP
:.. : ::: :.:.::.: ::: :. :::::.:: .. .:. :..:::...: : ::
CCDS47 EEQLFSVDLKKSEAVWRLPEFGDFARFDPQGGLAGIAAIKAHLDILVERSNRSRAINVPP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 EVTVFPKEPVELGQPNTLICHIDRFFPPVLNVTWLCNGEPVTEGVAESLFLPRTDYSFHK
.:::.:: ::::::: ::: .: .::::.:.::: ::. ::::::.. : . :. :.:
CCDS47 RVTVLPKSRVELGQPNILICIVDNIFPPVINITWLRNGQTVTEGVAQTSFYSQPDHLFRK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 FHYLTFVPSAEDVYDCRVEHWGLDQPLLKHWEAQEPIQMPETTETVLCALGLVLGLVGII
:::: :::::::::::.::::::: :::.::: : :: :.. ::..:::::..::::..
CCDS47 FHYLPFVPSAEDVYDCQVEHWGLDAPLLRHWELQVPIPPPDAMETLVCALGLAIGLVGFL
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KE1 VGTVLIIKSLRSGHDPRAQGPL
::::::: . . ::
CCDS47 VGTVLIIMGTYVSSVPR
240 250
>>CCDS4761.1 DMA gene_id:3108|Hs108|chr6 (261 aa)
initn: 353 init1: 147 opt: 361 Z-score: 433.8 bits: 87.9 E(32554): 7.6e-18
Smith-Waterman score: 361; 31.0% identity (59.7% similar) in 216 aa overlap (35-245:41-252)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 DRMFHIRAVILRALSLAFLLSLRGAGAIKADHVSTYAAFVQTHRPTGEFMFEFDEDEQFY
.:. .... : :. . .:::. :.
CCDS47 LLQMLPLLWLLPHSWAVPEAPTPMWPDDLQNHTFLHTVYCQDGSPSVGLSEAYDEDQLFF
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110
pF1KE1 VDLDKKETVWHLEEFGRAFSFEAQGGLANIAILNNNLNTLIQRSNHTQAANDP-----PE
:.... : .: :: : . :: : . .. . .::. . .. : :
CCDS47 FDFSQNTRVPRLPEF--ADWAQEQGDAPAILFDKEFCEWMIQQIGPKLDGKIPVSRGFPI
80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 VTVFPKEPVELGQPNTLICHIDRFFPPVLNVTWLCNGEPVTEGVAESLFLPRTDYSFHKF
. :: .:.:.:.::::.: .. .:::.:.:.: .. :: :: . .. ::. :
CCDS47 AEVFTLKPLEFGKPNTLVCFVSNLFPPMLTVNWQHHSVPV-EGFGPTFVSAVDGLSFQAF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 HYLTFVPSAEDVYDCRVEHWGLDQPLLKHWEAQEPIQMPETTETVLCALGLVLGLVGIIV
::.:.: :...: : : . .: .. . . :.:::.... ::..::::
CCDS47 SYLNFTPEPSDIFSCIVTHEIDRYTAIAYWVPRNALP-SDLLENVLCGVAFGLGVLGIIV
190 200 210 220 230 240
240 250 260
pF1KE1 GTVLIIKSLRSGHDPRAQGPL
: ::::
CCDS47 GIVLIIYFRKPCSGD
250 260
>>CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6 (258 aa)
initn: 250 init1: 228 opt: 289 Z-score: 348.9 bits: 72.2 E(32554): 4.1e-13
Smith-Waterman score: 289; 28.0% identity (55.6% similar) in 243 aa overlap (11-243:11-246)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MRPEDRMFHIRAVILRALSLAFLLSLRGAGAIKADHV----STYAAFVQTHRPTGEFMFE
:.: : :: ...: :. . : ... . :: :.: .....
CCDS47 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQRFLERYIYN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 FDEDEQFYVDLDKKETVWHLEEFGRAFSFEAQGGLANIAILNNNLNTLIQRSNH------
.: .: :. . ..: :.:: . : .. .: . . . : :.
CCDS47 REEFARFDSDVGEFRAV---TELGRP-AAEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPM
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 TQAANDPPEVTVFPKEPVELGQPNTLICHIDRFFPPVLNVTWLCNGEPVTEGVAESLFLP
: :.:.: :.. : . : :.::. :.: ..: :. ::. : ::. . ..
CCDS47 TLQRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 RTDYSFHKFHYLTFVPSAEDVYDCRVEHWGLDQPLLKHWEAQEPIQMPETTETVLCALGL
:..:. . .: ..:. ::: :.::: .::.:. .:.:: ..:. : :.
CCDS47 NGDWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSD---SARSKTLTGAGGF
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KE1 VLGLVGIIVGTVLIIKSLRSGHDPRAQGPL
::::. :: .
CCDS47 VLGLIICGVGIFMHRRSKKVQRGSA
240 250
>>CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 (264 aa)
initn: 111 init1: 90 opt: 268 Z-score: 324.0 bits: 67.6 E(32554): 1e-11
Smith-Waterman score: 268; 27.1% identity (60.6% similar) in 218 aa overlap (48-259:53-259)
20 30 40 50 60 70
pF1KE1 LSLAFLLSLRGAGAIKADHVSTYAAFVQTHRPTGEFMFEFDEDEQFYVDLDKKETVWHL-
: ....... .: .: :. . ..: .:
CCDS78 TPVAEARDFPKDFLVQFKGMCYFTNGTERVRGVARYIYNREEYGRFDSDVGEFQAVTELG
30 40 50 60 70 80
80 90 100 110 120 130
pF1KE1 ---EEFGRAFSFEAQGGLANIAILNNNLNTLIQRSNHTQAANDPPEVTVFPKEPVELGQP
:... .: : : . .: .. .. . . :. : ::. :.. :..
CCDS78 RSIEDWNNYKDFLEQERAAVDKVCRHNYEAELRTTLQRQV---EPTVTISPSRTEALNHH
90 100 110 120 130
140 150 160 170 180 190
pF1KE1 NTLICHIDRFFPPVLNVTWLCNGEPVTEGVAESLFLPRTDYSFHKFHYLTFVPSAEDVYD
: :.: . :.: ..: :. : . : ::. . .. :..:. . .: ..:. :.:
CCDS78 NLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTSLIRNGDWTFQILVMLEITPQRGDIYT
140 150 160 170 180 190
200 210 220 230 240 250
pF1KE1 CRVEHWGLDQPLLKHWEAQEPIQMPETTET-VLCALG-LVLGLVGIIVGTVLIIKSLRSG
:.::: .:..:. .:.:: :.... .: ..: .:::: :..: :::. :.
CCDS78 CQVEHPSLQSPITVEWRAQS-----ESAQSKMLSGIGGFVLGL--IFLGLGLIIRH-RGQ
200 210 220 230 240 250
260
pF1KE1 HDPRAQGPL
. ::. :
CCDS78 KGPRGPPPAGLLH
260
>>CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 (269 aa)
initn: 168 init1: 147 opt: 258 Z-score: 312.1 bits: 65.4 E(32554): 4.6e-11
Smith-Waterman score: 258; 35.0% identity (63.6% similar) in 143 aa overlap (118-259:129-262)
90 100 110 120 130 140
pF1KE1 QGGLANIAILNNNLNTLIQRSNHTQAANDPPEVTVFPKEPVELGQPNTLICHIDRFFPPV
: ::. :.. :.. : :.: . :.:
CCDS59 VLEGTRAELDTVCRHNYEVAFRGILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQ
100 110 120 130 140 150
150 160 170 180 190 200
pF1KE1 LNVTWLCNGEPVTEGVAESLFLPRTDYSFHKFHYLTFVPSAEDVYDCRVEHWGLDQPLLK
..: :. : . : ::. . .. :..:. . .: ..:. ::: :.::: .:..:.
CCDS59 IKVRWFRNDQEETAGVVSTPLIRNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITV
160 170 180 190 200 210
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 HWEAQ-EPIQMPETTETVLCALGLVLGLVGIIVGTVLIIKSLRSGHDPRAQGPL
.:.:: : : .. . . :.:::: :..: :::.. :: . : :::
CCDS59 EWRAQSESAQ----SKMLSGVGGFVLGL--IFLGLGLIIRQ-RSQKGP--QGPPPAGLLH
220 230 240 250 260
260 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]