Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1481
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1481, 343 aa
1>>>pF1KE1481 343 - 343 aa - 343 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1796+/-0.000402; mu= 3.0206+/- 0.025
mean_var=180.7932+/-38.578, 0's: 0 Z-trim(117.3): 124 B-trim: 1546 in 1/54
Lambda= 0.095386
statistics sampled from 29114 (29267) to 29114 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.694), E-opt: 0.2 (0.343), width: 16
Scan time: 7.780
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_653249 (OMIM: 616478) leucine-rich repeat and g ( 825) 473 77.6 1.1e-13
XP_016867238 (OMIM: 616478) PREDICTED: leucine-ric ( 962) 304 54.4 1.2e-06
XP_016869719 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin (1324) 263 48.9 7.6e-05
XP_016869718 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin (1458) 263 48.9 8.2e-05
XP_006717007 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin (1499) 263 48.9 8.4e-05
XP_016869716 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin (1700) 263 48.9 9.3e-05
XP_011516474 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin (1700) 263 48.9 9.3e-05
XP_016869713 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin (2240) 263 49.0 0.00011
XP_006717003 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin (2278) 263 49.0 0.00012
XP_011516472 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin (2281) 263 49.0 0.00012
XP_011516471 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin (2300) 263 49.0 0.00012
XP_016869712 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin (2302) 263 49.0 0.00012
XP_011516470 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin (2315) 263 49.0 0.00012
NP_008949 (OMIM: 605496) centriolin isoform 1 [Hom (2325) 263 49.0 0.00012
XP_005251736 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin (2325) 263 49.0 0.00012
XP_011516469 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin (2340) 263 49.0 0.00012
XP_011516468 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin (2340) 263 49.0 0.00012
NP_001258369 (OMIM: 603191) nuclear encoded mitoch ( 255) 203 40.1 0.0064
NP_004919 (OMIM: 603191) nuclear encoded mitochond ( 256) 203 40.1 0.0065
NP_848547 (OMIM: 613190,613193) dynein assembly fa ( 725) 209 41.2 0.0082
XP_006721192 (OMIM: 613190,613193) PREDICTED: dyne ( 727) 209 41.2 0.0082
XP_011521157 (OMIM: 613190,613193) PREDICTED: dyne ( 741) 209 41.2 0.0084
XP_011521156 (OMIM: 613190,613193) PREDICTED: dyne ( 743) 209 41.2 0.0084
XP_016878407 (OMIM: 613190,613193) PREDICTED: dyne ( 756) 209 41.2 0.0085
XP_011521155 (OMIM: 613190,613193) PREDICTED: dyne ( 772) 209 41.3 0.0086
NP_001258370 (OMIM: 603191) nuclear encoded mitoch ( 375) 203 40.2 0.0087
XP_016883959 (OMIM: 603191) PREDICTED: nuclear enc ( 323) 201 39.9 0.0094
NP_001290330 (OMIM: 615864) centrosomal protein of ( 806) 208 41.1 0.0098
>>NP_653249 (OMIM: 616478) leucine-rich repeat and guany (825 aa)
initn: 343 init1: 124 opt: 473 Z-score: 367.0 bits: 77.6 E(85289): 1.1e-13
Smith-Waterman score: 473; 32.9% identity (64.8% similar) in 304 aa overlap (16-315:73-372)
10 20 30 40
pF1KE1 MSDEDDLEDSEPDQDDSEKEEDEKETEEGEDYRKEGEEFP-EEWL
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NP_653 SFPMGQKTKGSSNIASSYLLQQLMHRYQELDSDGDEDQGEGEAGSEESSESEMLNLEEEF
50 60 70 80 90 100
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 PTPLTEDMMKEGLSLLCKTGNGLAHAYVKLEVKERDLTDIYLLRSYIHLRYVDISENHLT
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NP_653 DGVLREEAVAKALHHLGRSGSGTEQVYLNLTLSGCNLIDVSILCGYVHLQKLDLSANKIE
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 DLSPLNYLTHLLWLKADGNLLRSAQMNELP--YLQIASFAYNQITDTEGIS-HPRLETLN
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NP_653 DLSCVSCMPYLLELNASQNNL-TTFFNFKPPKNLKKADFSHNQISEICDLSAYHALTKLI
170 180 190 200 210 220
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 LKGNSIHMVTGLDPEKLISLHTVELRGNQLESTLGINLPKLKNLYLAQNMLKKVEGLEDL
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NP_653 LDGNEIEEISGL--EMCNNLIHLSLANNKITTINGLNKLPIKILCLSNNQIEMITGLEDL
230 240 250 260 270
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 SNLTTLHLRDNQIDTLSGFSREMKSLQYLNLRGNMVANLGELAKLRDLPKLRALVLLDNP
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NP_653 KALQNLDLSHNQISSLQGL-ENHDLLEVINLEDNKIAELREIEYIKNLPILRVLNLLENP
280 290 300 310 320 330
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 CTDETSYRQEALVQMPYLERLDKEFYEEEERAEADVIRQRLKEEKEQEPEPQRDLEPEQS
... : .. .. : .::.. . ::.. :
NP_653 IQEKSEYWFFVIFMLLRLTELDQKKIKVEEKVSAVNKYDPPPEVVAAQDHLTHVVNSVMQ
340 350 360 370 380 390
pF1KE1 LI
NP_653 PQRIFDSTLPSLDAPYPMLILAGPEACGKRELAHRLCRQFSTYFRYGACHTTRPPYFGEG
400 410 420 430 440 450
>>XP_016867238 (OMIM: 616478) PREDICTED: leucine-rich re (962 aa)
initn: 279 init1: 124 opt: 304 Z-score: 240.4 bits: 54.4 E(85289): 1.2e-06
Smith-Waterman score: 304; 33.3% identity (64.3% similar) in 207 aa overlap (112-315:1-203)
90 100 110 120 130
pF1KE1 TDIYLLRSYIHLRYVDISENHLTDLSPLNYLTHLLWLKADGNLLRSAQMNELP--YLQIA
. .:: :.:. : : .. .: : :. :
XP_016 MPYLLELNASQNNL-TTFFNFKPPKNLKKA
10 20
140 150 160 170 180 190
pF1KE1 SFAYNQITDTEGIS-HPRLETLNLKGNSIHMVTGLDPEKLISLHTVELRGNQLESTLGIN
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XP_016 DFSHNQISEICDLSAYHALTKLILDGNEIEEISGL--EMCNNLIHLSLANNKITTINGLN
30 40 50 60 70 80
200 210 220 230 240 250
pF1KE1 LPKLKNLYLAQNMLKKVEGLEDLSNLTTLHLRDNQIDTLSGFSREMKSLQYLNLRGNMVA
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XP_016 KLPIKILCLSNNQIEMITGLEDLKALQNLDLSHNQISSLQGL-ENHDLLEVINLEDNKIA
90 100 110 120 130 140
260 270 280 290 300 310
pF1KE1 NLGELAKLRDLPKLRALVLLDNPCTDETSYRQEALVQMPYLERLDKEFYEEEERAEADVI
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XP_016 ELREIEYIKNLPILRVLNLLENPIQEKSEYWFFVIFMLLRLTELDQKKIKVEEKVSAVNK
150 160 170 180 190 200
320 330 340
pF1KE1 RQRLKEEKEQEPEPQRDLEPEQSLI
XP_016 YDPPPEVVAAQDHLTHVVNSVMQPQRIFDSTLPSLDAPYPMLILAGPEACGKRELAHRLC
210 220 230 240 250 260
>>XP_016869719 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin isof (1324 aa)
initn: 255 init1: 156 opt: 263 Z-score: 208.0 bits: 48.9 E(85289): 7.6e-05
Smith-Waterman score: 263; 30.9% identity (66.5% similar) in 188 aa overlap (157-337:100-280)
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 SAQMNELPYLQIASFAYNQITDTEGISHPRLETLNLK-----GNSIHMVTGLDPEKLISL
...:::. :...... .: :: ..:
XP_016 DHKGADSHAGVRYITEALIKKLTKQDNLALIKSLNLSLSKDGGKKFKYIENL--EKCVKL
70 80 90 100 110 120
190 200 210 220 230
pF1KE1 HTVELRGNQLESTLGIN-LPKLKNLYLAQNMLKKVEGLEDLSNLTTLHLRDNQIDTLS-G
....: : . . .. : ::..: :. : ..:.::.:.. :: :.: :.:. .
XP_016 EVLNLSYNLIGKIEKLDKLLKLRELNLSYNKISKIEGIENMCNLQKLNLAGNEIEHIPVW
130 140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 FSREMKSLQYLNLRGNMVANLGELAKLRDLPKLRALVLLDNPCTDETSYRQEALVQMPYL
.....:::. :::.:: ...: ...::. : : .:.:..:: . : : .. .. :
XP_016 LGKKLKSLRVLNLKGNKISSLQDISKLKPLQDLISLILVENPVVTLPHYLQFTIFHLRSL
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340
pF1KE1 ERLDKEFYEEEERAEADVIRQRLKEEKEQEPEPQRDLEPEQSLI
: :. . ..: :: .:.. :. .. : ::::
XP_016 ESLEGQPVTTQDRQEA---FERFSLEEVERLE--RDLEKKMIETEELKSKQTRFLEEIKN
250 260 270 280 290 300
XP_016 QDKLNKSLKEEAMLQKQSCEELKSDLNTKNELLKQKTIELTRACQKQYELEQELAFYKID
310 320 330 340 350 360
>>XP_016869718 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin isof (1458 aa)
initn: 255 init1: 156 opt: 263 Z-score: 207.4 bits: 48.9 E(85289): 8.2e-05
Smith-Waterman score: 263; 30.9% identity (66.5% similar) in 188 aa overlap (157-337:100-280)
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 SAQMNELPYLQIASFAYNQITDTEGISHPRLETLNLK-----GNSIHMVTGLDPEKLISL
...:::. :...... .: :: ..:
XP_016 DHKGADSHAGVRYITEALIKKLTKQDNLALIKSLNLSLSKDGGKKFKYIENL--EKCVKL
70 80 90 100 110 120
190 200 210 220 230
pF1KE1 HTVELRGNQLESTLGIN-LPKLKNLYLAQNMLKKVEGLEDLSNLTTLHLRDNQIDTLS-G
....: : . . .. : ::..: :. : ..:.::.:.. :: :.: :.:. .
XP_016 EVLNLSYNLIGKIEKLDKLLKLRELNLSYNKISKIEGIENMCNLQKLNLAGNEIEHIPVW
130 140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 FSREMKSLQYLNLRGNMVANLGELAKLRDLPKLRALVLLDNPCTDETSYRQEALVQMPYL
.....:::. :::.:: ...: ...::. : : .:.:..:: . : : .. .. :
XP_016 LGKKLKSLRVLNLKGNKISSLQDISKLKPLQDLISLILVENPVVTLPHYLQFTIFHLRSL
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340
pF1KE1 ERLDKEFYEEEERAEADVIRQRLKEEKEQEPEPQRDLEPEQSLI
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XP_016 ESLEGQPVTTQDRQEA---FERFSLEEVERLE--RDLEKKMIETEELKSKQTRFLEEIKN
250 260 270 280 290 300
XP_016 QDKLNKSLKEEAMLQKQSCEELKSDLNTKNELLKQKTIELTRACQKQYELEQELAFYKID
310 320 330 340 350 360
>>XP_006717007 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin isof (1499 aa)
initn: 255 init1: 156 opt: 263 Z-score: 207.2 bits: 48.9 E(85289): 8.4e-05
Smith-Waterman score: 263; 30.9% identity (66.5% similar) in 188 aa overlap (157-337:100-280)
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 SAQMNELPYLQIASFAYNQITDTEGISHPRLETLNLK-----GNSIHMVTGLDPEKLISL
...:::. :...... .: :: ..:
XP_006 DHKGADSHAGVRYITEALIKKLTKQDNLALIKSLNLSLSKDGGKKFKYIENL--EKCVKL
70 80 90 100 110 120
190 200 210 220 230
pF1KE1 HTVELRGNQLESTLGIN-LPKLKNLYLAQNMLKKVEGLEDLSNLTTLHLRDNQIDTLS-G
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XP_006 EVLNLSYNLIGKIEKLDKLLKLRELNLSYNKISKIEGIENMCNLQKLNLAGNEIEHIPVW
130 140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 FSREMKSLQYLNLRGNMVANLGELAKLRDLPKLRALVLLDNPCTDETSYRQEALVQMPYL
.....:::. :::.:: ...: ...::. : : .:.:..:: . : : .. .. :
XP_006 LGKKLKSLRVLNLKGNKISSLQDISKLKPLQDLISLILVENPVVTLPHYLQFTIFHLRSL
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340
pF1KE1 ERLDKEFYEEEERAEADVIRQRLKEEKEQEPEPQRDLEPEQSLI
: :. . ..: :: .:.. :. .. : ::::
XP_006 ESLEGQPVTTQDRQEA---FERFSLEEVERLE--RDLEKKMIETEELKSKQTRFLEEIKN
250 260 270 280 290 300
XP_006 QDKLNKSLKEEAMLQKQSCEELKSDLNTKNELLKQKTIELTRACQKQYELEQELAFYKID
310 320 330 340 350 360
>>XP_016869716 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin isof (1700 aa)
initn: 255 init1: 156 opt: 263 Z-score: 206.4 bits: 48.9 E(85289): 9.3e-05
Smith-Waterman score: 263; 30.9% identity (66.5% similar) in 188 aa overlap (157-337:100-280)
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 SAQMNELPYLQIASFAYNQITDTEGISHPRLETLNLK-----GNSIHMVTGLDPEKLISL
...:::. :...... .: :: ..:
XP_016 DHKGADSHAGVRYITEALIKKLTKQDNLALIKSLNLSLSKDGGKKFKYIENL--EKCVKL
70 80 90 100 110 120
190 200 210 220 230
pF1KE1 HTVELRGNQLESTLGIN-LPKLKNLYLAQNMLKKVEGLEDLSNLTTLHLRDNQIDTLS-G
....: : . . .. : ::..: :. : ..:.::.:.. :: :.: :.:. .
XP_016 EVLNLSYNLIGKIEKLDKLLKLRELNLSYNKISKIEGIENMCNLQKLNLAGNEIEHIPVW
130 140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 FSREMKSLQYLNLRGNMVANLGELAKLRDLPKLRALVLLDNPCTDETSYRQEALVQMPYL
.....:::. :::.:: ...: ...::. : : .:.:..:: . : : .. .. :
XP_016 LGKKLKSLRVLNLKGNKISSLQDISKLKPLQDLISLILVENPVVTLPHYLQFTIFHLRSL
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340
pF1KE1 ERLDKEFYEEEERAEADVIRQRLKEEKEQEPEPQRDLEPEQSLI
: :. . ..: :: .:.. :. .. : ::::
XP_016 ESLEGQPVTTQDRQEA---FERFSLEEVERLE--RDLEKKMIETEELKSKQTRFLEEIKN
250 260 270 280 290 300
XP_016 QDKLNKSLKEEAMLQKQSCEELKSDLNTKNELLKQKTIELTRACQKQYELEQELAFYKID
310 320 330 340 350 360
>>XP_011516474 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin isof (1700 aa)
initn: 255 init1: 156 opt: 263 Z-score: 206.4 bits: 48.9 E(85289): 9.3e-05
Smith-Waterman score: 263; 30.9% identity (66.5% similar) in 188 aa overlap (157-337:100-280)
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 SAQMNELPYLQIASFAYNQITDTEGISHPRLETLNLK-----GNSIHMVTGLDPEKLISL
...:::. :...... .: :: ..:
XP_011 DHKGADSHAGVRYITEALIKKLTKQDNLALIKSLNLSLSKDGGKKFKYIENL--EKCVKL
70 80 90 100 110 120
190 200 210 220 230
pF1KE1 HTVELRGNQLESTLGIN-LPKLKNLYLAQNMLKKVEGLEDLSNLTTLHLRDNQIDTLS-G
....: : . . .. : ::..: :. : ..:.::.:.. :: :.: :.:. .
XP_011 EVLNLSYNLIGKIEKLDKLLKLRELNLSYNKISKIEGIENMCNLQKLNLAGNEIEHIPVW
130 140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 FSREMKSLQYLNLRGNMVANLGELAKLRDLPKLRALVLLDNPCTDETSYRQEALVQMPYL
.....:::. :::.:: ...: ...::. : : .:.:..:: . : : .. .. :
XP_011 LGKKLKSLRVLNLKGNKISSLQDISKLKPLQDLISLILVENPVVTLPHYLQFTIFHLRSL
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340
pF1KE1 ERLDKEFYEEEERAEADVIRQRLKEEKEQEPEPQRDLEPEQSLI
: :. . ..: :: .:.. :. .. : ::::
XP_011 ESLEGQPVTTQDRQEA---FERFSLEEVERLE--RDLEKKMIETEELKSKQTRFLEEIKN
250 260 270 280 290 300
XP_011 QDKLNKSLKEEAMLQKQSCEELKSDLNTKNELLKQKTIELTRACQKQYELEQELAFYKID
310 320 330 340 350 360
>>XP_016869713 (OMIM: 605496) PREDICTED: centriolin isof (2240 aa)
initn: 228 init1: 156 opt: 263 Z-score: 204.8 bits: 49.0 E(85289): 0.00011
Smith-Waterman score: 263; 30.9% identity (66.5% similar) in 188 aa overlap (157-337:100-280)
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 SAQMNELPYLQIASFAYNQITDTEGISHPRLETLNLK-----GNSIHMVTGLDPEKLISL
...:::. :...... .: :: ..:
XP_016 DHKGADSHAGVRYITEALIKKLTKQDNLALIKSLNLSLSKDGGKKFKYIENL--EKCVKL
70 80 90 100 110 120
190 200 210 220 230
pF1KE1 HTVELRGNQLESTLGIN-LPKLKNLYLAQNMLKKVEGLEDLSNLTTLHLRDNQIDTLS-G
....: : . . .. : ::..: :. : ..:.::.:.. :: :.: :.:. .
XP_016 EVLNLSYNLIGKIEKLDKLLKLRELNLSYNKISKIEGIENMCNLQKLNLAGNEIEHIPVW
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]