Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1465
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1465, 376 aa
1>>>pF1KE1465 376 - 376 aa - 376 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6868+/-0.000985; mu= 11.7808+/- 0.060
mean_var=144.9485+/-29.587, 0's: 0 Z-trim(110.6): 155 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.106529
statistics sampled from 11529 (11713) to 11529 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.719), E-opt: 0.2 (0.36), width: 16
Scan time: 3.080
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS30976.1 FMOD gene_id:2331|Hs108|chr1 ( 376) 2569 406.3 2.2e-113
CCDS9038.1 LUM gene_id:4060|Hs108|chr12 ( 338) 1030 169.8 3.2e-42
CCDS1438.1 PRELP gene_id:5549|Hs108|chr1 ( 382) 858 143.4 3.2e-34
CCDS9037.1 KERA gene_id:11081|Hs108|chr12 ( 352) 813 136.4 3.7e-32
CCDS6696.1 OMD gene_id:4958|Hs108|chr9 ( 421) 764 129.0 7.7e-30
CCDS55601.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 519) 457 81.9 1.4e-15
CCDS56578.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9 ( 643) 434 78.4 1.9e-14
CCDS6698.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9 ( 699) 434 78.5 2e-14
CCDS54226.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19 ( 510) 429 77.6 2.8e-14
CCDS12300.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19 ( 512) 429 77.6 2.8e-14
CCDS9039.1 DCN gene_id:1634|Hs108|chr12 ( 359) 425 76.8 3.3e-14
CCDS14721.1 BGN gene_id:633|Hs108|chrX ( 368) 420 76.1 5.7e-14
CCDS13121.1 FLRT3 gene_id:23767|Hs108|chr20 ( 649) 400 73.2 7.2e-13
CCDS8057.1 FLRT1 gene_id:23769|Hs108|chr11 ( 674) 394 72.3 1.4e-12
CCDS54225.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19 ( 421) 389 71.3 1.7e-12
CCDS9877.1 FLRT2 gene_id:23768|Hs108|chr14 ( 660) 390 71.7 2.1e-12
CCDS55602.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 642) 356 66.4 7.8e-11
CCDS573.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 661) 356 66.5 8e-11
>>CCDS30976.1 FMOD gene_id:2331|Hs108|chr1 (376 aa)
initn: 2569 init1: 2569 opt: 2569 Z-score: 2149.1 bits: 406.3 E(32554): 2.2e-113
Smith-Waterman score: 2569; 100.0% identity (100.0% similar) in 376 aa overlap (1-376:1-376)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MQWTSLLLLAGLFSLSQAQYEDDPHWWFHYLRSQQSTYYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEG
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CCDS30 MQWTSLLLLAGLFSLSQAQYEDDPHWWFHYLRSQQSTYYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 PAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRNLKYLPFVPSRMKYVYFQNNQITSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 PAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRNLKYLPFVPSRMKYVYFQNNQITSI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 QEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLRHLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 QEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLRHLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 LHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQEVGSSMRGLRSLILLDLSYNHLRKVPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQEVGSSMRGLRSLILLDLSYNHLRKVPD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 GLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLYVRLSHNSLTNNGLASNTFNSSSLLELDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLYVRLSHNSLTNNGLASNTFNSSSLLELDL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 SYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEFSISSFCTVVDVVNFSKLQVLRLDGNEIKRSAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEFSISSFCTVVDVVNFSKLQVLRLDGNEIKRSAM
310 320 330 340 350 360
370
pF1KE1 PADAPLCLRLASLIEI
::::::::::::::::
CCDS30 PADAPLCLRLASLIEI
370
>>CCDS9038.1 LUM gene_id:4060|Hs108|chr12 (338 aa)
initn: 1216 init1: 920 opt: 1030 Z-score: 871.4 bits: 169.8 E(32554): 3.2e-42
Smith-Waterman score: 1030; 46.5% identity (79.2% similar) in 318 aa overlap (61-376:26-337)
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 LRSQQSTYYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEGPAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAM
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CCDS90 MSLSAFTLFLALIGGTSGQYYDYDFPLSIYGQSSP----NCAPECNCPESYPSAM
10 20 30 40 50
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 YCDNRNLKYLPFVPSRMKYVYFQNNQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKV
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CCDS90 YCDELKLKSVPMVPPGIKYLYLRNNQIDHIDEKAFENVTDLQWLILDHNLLENSKIKGRV
60 70 80 90 100 110
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 FSKLRHLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHN
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CCDS90 FSKLKQLKKLHINHNNLTESVGPLPKSLEDLQLTHNKITKL--GSFEGLVNLTFIHLQHN
120 130 140 150 160
220 230 240 250 260
pF1KE1 EIQE--VGSSMRGLRSLILLDLSYNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAP
...: :.....::.:: ::::.:.. ..:.::: .: ::...:.. ..:: ::.
CCDS90 RLKEDAVSAAFKGLKSLEYLDLSFNQIARLPSGLPVSLLTLYLDNNKISNIPDEYFKRFN
170 180 190 200 210 220
270 280 290 300 310 320
pF1KE1 KLLYVRLSHNSLTNNGLASNTFNSSSLLELDLSYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEF
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CCDS90 ALQYLRLSHNELADSGIPGNSFNVSSLVELDLSYNKLKNIPTVNENLENYYLEVNQLEKF
230 240 250 260 270 280
330 340 350 360 370
pF1KE1 SISSFCTVVDVVNFSKLQVLRLDGNEIKRSAMPADAPLCLRLASLIEI
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CCDS90 DIKSFCKILGPLSYSKIKHLRLDGNRISETSLPPDMYECLRVANEVTLN
290 300 310 320 330
>>CCDS1438.1 PRELP gene_id:5549|Hs108|chr1 (382 aa)
initn: 966 init1: 360 opt: 858 Z-score: 727.8 bits: 143.4 E(32554): 3.2e-34
Smith-Waterman score: 905; 40.2% identity (68.6% similar) in 388 aa overlap (3-376:7-382)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MQWTSLLLLAGLFSLSQAQYEDDPHWWFHY-LRSQQSTYYDPYDPYPYETYEPYPY
: :: : : :..:.: :. : . : : : : ::
CCDS14 MRSPLCW--LLPLLILASVAQGQPTRRPRPGTGPGRRPRPRPRPTPSFPQPDEPAEP---
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 GVDEGPAYTYGSPSP-PDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRNLKYLPFVPSRMKYVYFQN
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CCDS14 -TDLPPPLPPGPPSIFP---DCPRECYCPPDFPSALYCDSRNLRKVPVIPPRIHYLYLQN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 NQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLRHLERLYLDHNNLTRMPGPL
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CCDS14 NFITELPVESFQNATGLRWINLDNNRIR--KIDQRVLEKLPGLVFLYMEKNQLEEVPSAL
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 PRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQE---VGSSMRGLRSLILLDLS
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CCDS14 PRNLEQLRLSQNHISRIPPGVFSKLENLLLLDLQHNRLSDGVFKPDTFHGLKNLMQLNLA
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 YNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLYVRLSHNSLTNNGLASNTFN
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CCDS14 HNILRKMPPRVPTAIHQLYLDSNKIETIPNGYFKSFPNLAFIRLNYNKLTDRGLPKNSFN
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KE1 SSSLLELDLSYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEFSISSFCT--VV-------DVVNF
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CCDS14 ISNLLVLHLSHNRISSVPAINNRLEHLYLNNNSIEKINGTQICPNDLVAFHDFSSDLENV
290 300 310 320 330 340
350 360 370
pF1KE1 SKLQVLRLDGNEIKRSAMPADAPLCLRLASLIEI
.:. :::::: .: .: : .:.:: . . :
CCDS14 PHLRYLRLDGNYLK-PPIPLDLMMCFRLLQSVVI
350 360 370 380
>>CCDS9037.1 KERA gene_id:11081|Hs108|chr12 (352 aa)
initn: 889 init1: 492 opt: 813 Z-score: 690.9 bits: 136.4 E(32554): 3.7e-32
Smith-Waterman score: 865; 41.9% identity (75.4% similar) in 313 aa overlap (75-376:41-352)
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 YPYETYEPYPYGVDEGPAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRNLKYLPFVP
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CCDS90 VLFITDTVWSRSVRQVYEVHDSDDWTIHDFECPMECFCPPSFPTALYCENRGLKEIPAIP
20 30 40 50 60 70
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 SRMKYVYFQNNQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLRHLERLYLDH
::. :.:.::: : .: : :.::: : :: :. :.::. . . ..:.:..: :.:.
CCDS90 SRIWYLYLQNNLIETIPEKPFENATQLRWINLNKNKITNYGIEKGALSQLKKLLFLFLED
80 90 100 110 120 130
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 NNLTRMPGPLPRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQEVG---SSMRG
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CCDS90 NELEEVPSPLPRSLEQLQLARNKVSRIPQGTFSNLENLTLLDLQNNKLVDNAFQRDTFKG
140 150 160 170 180 190
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 LRSLILLDLSYNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLYVRLSHNSLT
:..:. :... : ::..: ::. ::....:.. .:..:: ::. ..::.::.:.
CCDS90 LKNLMQLNMAKNALRNMPPRLPANTMQLFLDNNSIEGIPENYFNVIPKVAFLRLNHNKLS
200 210 220 230 240 250
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 NNGLASNTFNSSSLLELDLSYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEFSISSFCTVVDVV-
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CCDS90 DEGLPSRGFDVSSILDLQLSHNQLTKVPRISAHLQHLHLDHNKIKSVNVSVICPSPSMLP
260 270 280 290 300 310
350 360 370
pF1KE1 ----NFS---KLQVLRLDGNEIKRSAMPADAPLCLRLASLIEI
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CCDS90 AERDSFSYGPHLRYLRLDGNEIK-PPIPMALMTCFRLLQAVII
320 330 340 350
>>CCDS6696.1 OMD gene_id:4958|Hs108|chr9 (421 aa)
initn: 764 init1: 442 opt: 764 Z-score: 649.2 bits: 129.0 E(32554): 7.7e-30
Smith-Waterman score: 764; 37.8% identity (67.7% similar) in 331 aa overlap (29-356:21-343)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MQWTSLLLLAGLFSLSQAQYEDDPHWWFHYLRSQQSTYYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEG
.: : . :: :.: :. .::
CCDS66 MGFLSPIYVIFFFFGVKVHCQYETYQWDEDYDQEPDDDYQTGFPFRQNVD--
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 PAYTYGSPSPPDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRNLKYLPFVPSRMKYVYFQNNQITSI
:: : : .:: :: :::..::::::.:: .: .: ... .:.: :.: ..
CCDS66 ----YGVPFHQYTLGCVSECFCPTNFPSSMYCDNRKLKTIPNIPMHIQQLYLQFNEIEAV
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 QEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLRHLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRE
. : ::: : : : :.: :.:. ::.:: .: .:.:.:::: ..: :::.::..
CCDS66 TANSFINATHLKEINLSHNKIKSQKIDYGVFAKLPNLLQLHLEHNNLEEFPFPLPKSLER
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KE1 LHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQEV---GSSMRGLRSLILLDLSYNHLRK
: : .:.::.. .::..:: ::: : : .: ... . . ...:. :.: :.:..
CCDS66 LLLGYNEISKLQTNAMDGLVNLTMLDLCYNYLHDSLLKDKIFAKMEKLMQLNLCSNRLES
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 VPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLYVRLSHNSLTNNGLASNTFNSSSLLE
.: ::::.: : .:.:.. ..:..:: ::: .:.:::.: . . : :: ...:
CCDS66 MPPGLPSSLMYLSLENNSISSIPEKYFDKLPKLHTLRMSHNKLQD--IPYNIFNLPNIVE
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 LDLSYNQLQKIPPVNTNLENLYLQGNRINEFSISSFCTVVDVVNFSKLQVLRLDGNEIKR
:....:.:.. . :::.::::.:.:...... .: .: ... .: .:.: :..:
CCDS66 LSVGHNKLKQAFYIPRNLEHLYLQNNEIEKMNLTVMCPSIDPLHYHHLTYIRVDQNKLKE
290 300 310 320 330 340
360 370
pF1KE1 SAMPADAPLCLRLASLIEI
CCDS66 PISSYIFFCFPHIHTIYYGEQRSTNGQTIQLKTQVFRRFPDDDDESEDHDDPDNAHESPE
350 360 370 380 390 400
>>CCDS55601.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 (519 aa)
initn: 538 init1: 233 opt: 457 Z-score: 393.0 bits: 81.9 E(32554): 1.4e-15
Smith-Waterman score: 457; 30.4% identity (62.7% similar) in 316 aa overlap (68-376:107-414)
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 YYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEGPAYTYGSPSP-PDPRDCPQECDCPPNFPTAMYCDNRN
:.: : .::..: : . .. : . .
CCDS55 GFGRSGGHSLSPEENEFAEEEPVLVLSPEEPGPGPAAVSCPRDCACSQE--GVVDCGGID
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 LKYLPF-VPSRMKYVYFQNNQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKLR
:. .: .: . ... .:::.. .: :.:.. ..: . :..: .:.. . ..: ::
CCDS55 LREFPGDLPEHTNHLSLQNNKLEKIPPGAFSELSSLRELYLQNNYLTDEGLDNETFWKLS
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 HLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQEV
:: : :. :::.:.:. ::::: :::..: : : :.: ...: : :. :...:
CCDS55 SLEYLDLSSNNLSRVPAGLPRSLVLLHLEKNAIRSVDANVLTPIRSLEYLLLHSNQLREQ
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KE1 GS---SMRGLRSLILLDLSYNHLRKVPDGLPSALEQLYMEHNNVYTVPDSYFRGAPKLLY
: ...::. : . : : :..::.::: .. :.. ::.. . : . :
CCDS55 GIHPLAFQGLKRLHTVHLYNNALERVPSGLPRRVRTLMILHNQITGIGREDFATTYFLEE
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KE1 VRLSHNSLTNNGLASNTFNSSSLLE-LDLSYNQLQKIPP-VNTNLENLYLQGNRINEFSI
. ::.: .:. . ..: . ::. :::: :.:. .:: . :.. : .. :.. ..
CCDS55 LNLSYNRITSPQVHRDAFRKLRLLRSLDLSGNRLHTLPPGLPRNVHVLKVKRNELAALAR
320 330 340 350 360 370
340 350 360 370
pF1KE1 SSFCTVVDVVNFSKLQVLRLDGNEIKRSAMPADAPLCLRLASLIEI
... :....:. : : .:... :. : . : .:..:
CCDS55 GAL------VGMAQLRELYLTSNRLRSRALGPRAWVDLAHLQLLDIAGNQLTEIPEGLPE
380 390 400 410 420
CCDS55 SLEYLYLQNNKISAVPANAFDSTPNLKGIFLRFNKLAVGSVVDSAFRRLKHLQVLDIEGN
430 440 450 460 470 480
>>CCDS56578.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9 (643 aa)
initn: 439 init1: 198 opt: 434 Z-score: 372.8 bits: 78.4 E(32554): 1.9e-14
Smith-Waterman score: 434; 31.6% identity (66.5% similar) in 266 aa overlap (67-325:282-546)
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 TYYDPYDPYPYETYEPYPYGVDEGPAYTYGSPSPPDPRDCPQ-ECDCPPNFPTAMYCDNR
:: : :: . : .. : . : :
CCDS56 DEEEEGEEGEEDEEDEEDPVRGDMFRMPSRSPLPAPPRGTLRLPSGCSLSYRT-ISCINA
260 270 280 290 300 310
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 NLKYLP-FVPSRMKYVYFQNNQITSIQEGVFDNATGLLWIALHGNQITSDKVGRKVFSKL
: .: .. .. . . .:.:.:: . .:.. .: . : :.:::. .: :.:. :
CCDS56 MLTQIPPLTAPQITSLELTGNSIASIPDEAFNGLPNLERLDLSKNNITSSGIGPKAFKLL
320 330 340 350 360 370
160 170 180 190 200 210
pF1KE1 RHLERLYLDHNNLTRMPGPLPRSLRELHLDHNQISRVPNNALEGLENLTALYLQHNEIQE
..: :: .: ::: ..:. :: .:.::....:... . ...: :..:..: :. :...:
CCDS56 KKLMRLNMDGNNLIQIPSQLPSTLEELKVNENNLQAIDEESLSDLNQLVTLELEGNNLSE
380 390 400 410 420 430
220 230 240 250 260 270
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