Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1368
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1368, 672 aa
1>>>pF1KE1368 672 - 672 aa - 672 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3475+/-0.000317; mu= 19.6528+/- 0.020
mean_var=75.1571+/-15.120, 0's: 0 Z-trim(116.0): 73 B-trim: 1450 in 1/58
Lambda= 0.147941
statistics sampled from 26790 (26872) to 26790 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.683), E-opt: 0.2 (0.315), width: 16
Scan time: 11.830
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_075571 (OMIM: 601283,605286) calpain-10 isoform ( 672) 4751 1023.7 0
NP_075573 (OMIM: 601283,605286) calpain-10 isoform ( 517) 3167 685.5 1.3e-196
NP_775110 (OMIM: 114240,253600) calpain-3 isoform ( 729) 640 146.3 3.9e-34
NP_001185797 (OMIM: 114220,616907) calpain-1 catal ( 714) 638 145.8 5.1e-34
NP_001185798 (OMIM: 114220,616907) calpain-1 catal ( 714) 638 145.8 5.1e-34
NP_005177 (OMIM: 114220,616907) calpain-1 catalyti ( 714) 638 145.8 5.1e-34
XP_006718761 (OMIM: 114220,616907) PREDICTED: calp ( 714) 638 145.8 5.1e-34
XP_011543594 (OMIM: 114220,616907) PREDICTED: calp ( 714) 638 145.8 5.1e-34
XP_006715050 (OMIM: 604822) PREDICTED: calpain-11 ( 650) 636 145.4 6.4e-34
XP_006715048 (OMIM: 604822) PREDICTED: calpain-11 ( 724) 636 145.4 6.9e-34
NP_008989 (OMIM: 604822) calpain-11 [Homo sapiens] ( 739) 636 145.4 7e-34
XP_006715047 (OMIM: 604822) PREDICTED: calpain-11 ( 740) 636 145.4 7e-34
XP_011512577 (OMIM: 604822) PREDICTED: calpain-11 ( 743) 636 145.4 7.1e-34
XP_011512576 (OMIM: 604822) PREDICTED: calpain-11 ( 744) 636 145.4 7.1e-34
XP_011542588 (OMIM: 114230) PREDICTED: calpain-2 c ( 447) 619 141.7 5.9e-33
NP_001739 (OMIM: 114230) calpain-2 catalytic subun ( 700) 619 141.8 8.3e-33
XP_016881850 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 604) 583 134.1 1.5e-30
XP_016881849 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 652) 583 134.1 1.6e-30
XP_016881848 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 676) 583 134.1 1.7e-30
XP_016881845 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 702) 583 134.1 1.7e-30
XP_016881844 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 723) 583 134.1 1.8e-30
XP_016881852 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 565) 569 131.1 1.1e-29
NP_006606 (OMIM: 606401) calpain-9 isoform 1 [Homo ( 690) 570 131.3 1.2e-29
XP_016881846 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 699) 570 131.3 1.2e-29
XP_016881851 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 590) 569 131.1 1.2e-29
XP_011542319 (OMIM: 606401) PREDICTED: calpain-9 i ( 721) 570 131.3 1.2e-29
XP_016881847 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 698) 569 131.1 1.4e-29
NP_653292 (OMIM: 608839) calpain-12 [Homo sapiens] ( 719) 569 131.1 1.4e-29
XP_016881854 (OMIM: 608839) PREDICTED: calpain-12 ( 503) 543 125.5 4.9e-28
NP_001139540 (OMIM: 114230) calpain-2 catalytic su ( 622) 534 123.6 2.2e-27
XP_011531465 (OMIM: 610228) PREDICTED: calpain-13 ( 433) 523 121.2 8.4e-27
XP_016860755 (OMIM: 610228) PREDICTED: calpain-13 ( 665) 523 121.3 1.2e-26
XP_011531463 (OMIM: 610228) PREDICTED: calpain-13 ( 669) 523 121.3 1.2e-26
XP_011531462 (OMIM: 610228) PREDICTED: calpain-13 ( 669) 523 121.3 1.2e-26
NP_653176 (OMIM: 610228) calpain-13 [Homo sapiens] ( 669) 523 121.3 1.2e-26
XP_011531461 (OMIM: 610228) PREDICTED: calpain-13 ( 669) 523 121.3 1.2e-26
XP_016860754 (OMIM: 610228) PREDICTED: calpain-13 ( 669) 523 121.3 1.2e-26
XP_016860753 (OMIM: 610228) PREDICTED: calpain-13 ( 669) 523 121.3 1.2e-26
NP_057536 (OMIM: 606401) calpain-9 isoform 2 [Homo ( 664) 496 115.5 6.4e-25
XP_011542320 (OMIM: 606401) PREDICTED: calpain-9 i ( 695) 496 115.5 6.6e-25
NP_004046 (OMIM: 193235,602537) calpain-5 [Homo sa ( 640) 490 114.2 1.5e-24
XP_016873712 (OMIM: 193235,602537) PREDICTED: calp ( 676) 490 114.2 1.6e-24
XP_011543527 (OMIM: 193235,602537) PREDICTED: calp ( 680) 490 114.2 1.6e-24
NP_077320 (OMIM: 114240,253600) calpain-3 isoform ( 815) 489 114.1 2.1e-24
NP_000061 (OMIM: 114240,253600) calpain-3 isoform ( 821) 489 114.1 2.1e-24
XP_011531167 (OMIM: 610229) PREDICTED: calpain-14 ( 684) 454 106.6 3.3e-22
NP_001138594 (OMIM: 610229) calpain-14 isoform 1 [ ( 684) 454 106.6 3.3e-22
XP_011531166 (OMIM: 610229) PREDICTED: calpain-14 ( 684) 454 106.6 3.3e-22
XP_011531165 (OMIM: 610229) PREDICTED: calpain-14 ( 684) 454 106.6 3.3e-22
NP_005623 (OMIM: 603267) calpain-15 [Homo sapiens] (1086) 455 106.9 4.1e-22
>>NP_075571 (OMIM: 601283,605286) calpain-10 isoform a [ (672 aa)
initn: 4751 init1: 4751 opt: 4751 Z-score: 5476.4 bits: 1023.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4751; 100.0% identity (100.0% similar) in 672 aa overlap (1-672:1-672)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MRAGRGATPARELFRDAAFPAADSSLFCDLSTPLAQFREDITWRRPQEICATPRLFPDDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 MRAGRGATPARELFRDAAFPAADSSLFCDLSTPLAQFREDITWRRPQEICATPRLFPDDP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 REGQVKQGLLGDCWFLCACAALQKSRHLLDQVIPPGQPSWADQEYRGSFTCRIWQFGRWV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 REGQVKQGLLGDCWFLCACAALQKSRHLLDQVIPPGQPSWADQEYRGSFTCRIWQFGRWV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 EVTTDDRLPCLAGRLCFSRCQREDVFWLPLLEKVYAKVHGSYEHLWAGQVADALVDLTGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 EVTTDDRLPCLAGRLCFSRCQREDVFWLPLLEKVYAKVHGSYEHLWAGQVADALVDLTGG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 LAERWNLKGVAGSGGQQDRPGRWEHRTCRQLLHLKDQCLISCCVLSPRAGARELGEFHAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 LAERWNLKGVAGSGGQQDRPGRWEHRTCRQLLHLKDQCLISCCVLSPRAGARELGEFHAF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 IVSDLRELQGQAGQCILLLRIQNPWGRRCWQGLWREGGEGWSQVDAAVASELLSQLQEGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 IVSDLRELQGQAGQCILLLRIQNPWGRRCWQGLWREGGEGWSQVDAAVASELLSQLQEGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 FWVEEEEFLREFDELTVGYPVTEAGHLQSLYTERLLCHTRALPGAWVKGQSAGGCRNNSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 FWVEEEEFLREFDELTVGYPVTEAGHLQSLYTERLLCHTRALPGAWVKGQSAGGCRNNSG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 FPSNPKFWLRVSEPSEVYIAVLQRSRLHAADWAGRARALVGDSHTSWSPASIPGKHYQAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 FPSNPKFWLRVSEPSEVYIAVLQRSRLHAADWAGRARALVGDSHTSWSPASIPGKHYQAV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 GLHLWKVEKRRVNLPRVLSMPPVAGTACHAYDREVHLRCELSPGYYLAVPSTFLKDAPGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 GLHLWKVEKRRVNLPRVLSMPPVAGTACHAYDREVHLRCELSPGYYLAVPSTFLKDAPGE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 FLLRVFSTGRVSLSAIRAVAKNTTPGAALPAGEWGTVQLRGSWRVGQTAGGSRNFASYPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 FLLRVFSTGRVSLSAIRAVAKNTTPGAALPAGEWGTVQLRGSWRVGQTAGGSRNFASYPT
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pF1KE1 NPCFPFSVPEGPGPRCVRITLHQHCRPSDTEFHPIGFHIFQVPEGGRSQDAPPLLLQEPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 NPCFPFSVPEGPGPRCVRITLHQHCRPSDTEFHPIGFHIFQVPEGGRSQDAPPLLLQEPL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE1 LSCVPHRYAQEVSRLCLLPAGTYKVVPSTYLPDTEGAFTVTIATRIDRPSIHSQEMLGQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 LSCVPHRYAQEVSRLCLLPAGTYKVVPSTYLPDTEGAFTVTIATRIDRPSIHSQEMLGQF
610 620 630 640 650 660
670
pF1KE1 LQEVSVMAVMKT
::::::::::::
NP_075 LQEVSVMAVMKT
670
>>NP_075573 (OMIM: 601283,605286) calpain-10 isoform c [ (517 aa)
initn: 3064 init1: 3064 opt: 3167 Z-score: 3650.9 bits: 685.5 E(85289): 1.3e-196
Smith-Waterman score: 3340; 76.9% identity (76.9% similar) in 672 aa overlap (1-672:1-517)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MRAGRGATPARELFRDAAFPAADSSLFCDLSTPLAQFREDITWRRPQEICATPRLFPDDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 MRAGRGATPARELFRDAAFPAADSSLFCDLSTPLAQFREDITWRRPQEICATPRLFPDDP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 REGQVKQGLLGDCWFLCACAALQKSRHLLDQVIPPGQPSWADQEYRGSFTCRIWQFGRWV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 REGQVKQGLLGDCWFLCACAALQKSRHLLDQVIPPGQPSWADQEYRGSFTCRIWQFGRWV
70 80 90 100 110 120
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pF1KE1 EVTTDDRLPCLAGRLCFSRCQREDVFWLPLLEKVYAKVHGSYEHLWAGQVADALVDLTGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 EVTTDDRLPCLAGRLCFSRCQREDVFWLPLLEKVYAKVHGSYEHLWAGQVADALVDLTGG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 LAERWNLKGVAGSGGQQDRPGRWEHRTCRQLLHLKDQCLISCCVLSPRAGARELGEFHAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 LAERWNLKGVAGSGGQQDRPGRWEHRTCRQLLHLKDQCLISCCVLSPRAGARELGEFHAF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 IVSDLRELQGQAGQCILLLRIQNPWGRRCWQGLWREGGEGWSQVDAAVASELLSQLQEGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 IVSDLRELQGQAGQCILLLRIQNPWGRRCWQGLWREGGEGWSQVDAAVASELLSQLQEGE
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310 320 330 340 350 360
pF1KE1 FWVEEEEFLREFDELTVGYPVTEAGHLQSLYTERLLCHTRALPGAWVKGQSAGGCRNNSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 FWVEEEEFLREFDELTVGYPVTEAGHLQSLYTERLLCHTRALPGAWVKGQSAGGCRNNSG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 FPSNPKFWLRVSEPSEVYIAVLQRSRLHAADWAGRARALVGDSHTSWSPASIPGKHYQAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 FPSNPKFWLRVSEPSEVYIAVLQRSRLHAADWAGRARALVGDSHTSWSPASIPGKHYQAV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 GLHLWKVEKRRVNLPRVLSMPPVAGTACHAYDREVHLRCELSPGYYLAVPSTFLKDAPGE
:::::::
NP_075 GLHLWKV-----------------------------------------------------
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 FLLRVFSTGRVSLSAIRAVAKNTTPGAALPAGEWGTVQLRGSWRVGQTAGGSRNFASYPT
NP_075 ------------------------------------------------------------
550 560 570 580 590 600
pF1KE1 NPCFPFSVPEGPGPRCVRITLHQHCRPSDTEFHPIGFHIFQVPEGGRSQDAPPLLLQEPL
::::::::::::::::::
NP_075 ------------------------------------------PEGGRSQDAPPLLLQEPL
430 440
610 620 630 640 650 660
pF1KE1 LSCVPHRYAQEVSRLCLLPAGTYKVVPSTYLPDTEGAFTVTIATRIDRPSIHSQEMLGQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_075 LSCVPHRYAQEVSRLCLLPAGTYKVVPSTYLPDTEGAFTVTIATRIDRPSIHSQEMLGQF
450 460 470 480 490 500
670
pF1KE1 LQEVSVMAVMKT
::::::::::::
NP_075 LQEVSVMAVMKT
510
>>NP_775110 (OMIM: 114240,253600) calpain-3 isoform c [H (729 aa)
initn: 720 init1: 270 opt: 640 Z-score: 733.9 bits: 146.3 E(85289): 3.9e-34
Smith-Waterman score: 806; 34.1% identity (58.8% similar) in 498 aa overlap (13-490:74-530)
10 20 30 40
pF1KE1 MRAGRGATPARELFRDAAFPAADSSLFCDLSTPLAQFREDIT
:. : :: ..::: . . :. :: .
NP_775 SAIISRNFPIIGVKEKTFEQLHKKCLEKKVLYVDPEFPPDETSLFYSQKFPI-QF----V
50 60 70 80 90
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 WRRPQEICATPRLFPDDPREGQVKQGLLGDCWFLCACAALQKSRHLLDQVIPPGQPSWAD
:.:: ::: .::.. : . .. :: ::::::: : : : ..::: .::: : :. .
NP_775 WKRPPEICENPRFIIDGANRTDICQGELGDCWFLAAIACLTLNQHLLFRVIPHDQ-SFIE
100 110 120 130 140 150
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 QEYRGSFTCRIWQFGRWVEVTTDDRLPCLAGRLCFSRCQREDVFWLPLLEKVYAKVHGSY
. : : : ..:..:.::.:. :: :: ..: :.. .... :: ::::.:::.::::
NP_775 N-YAGIFHFQFWRYGEWVDVVIDDCLPTYNNQLVFTKSNHRNEFWSALLEKAYAKLHGSY
160 170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 EHLWAGQVADALVDLTGGLAERWNLKGVAGSGGQQDRPGRWEHRTCRQLLHLKDQCLISC
: : .:....:. :.:::.:: .... : :. .. .. .. :..:
NP_775 EALKGGNTTEAMEDFTGGVAEFFEIR---------DAPSDM-YKIMKKA--IERGSLMGC
220 230 240 250 260
230 240 250 260 270
pF1KE1 CV--LSPRAGARELG----EFHAFIVSDLRELQGQAGQCILLLRIQNPWGRRCWQGLWRE
. . : ... . ::. :. : :. . :. . :.:..::::. :.: : .
NP_775 SIDTIIPVQYETRMACGLVRGHAYSVTGLDEVPFK-GEKVKLVRLRNPWGQVEWNGSWSD
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KE1 GGEGWSQVDAAVASELLSQLQE-GEFWVEEEEFLREFDELTVGYPVTEAGHLQSLYTERL
. :: :: ..: :. : ::::. :.:. .: .: . ...: ::: ..:
NP_775 RWKDWSFVDKDEKARLQHQVTEDGEFWMSYEDFIYHFTKLEICNLTADA--LQS---DKL
330 340 350 360 370
340 350 360 370 380
pF1KE1 LCHTRAL-PGAWVKGQSAGGCRN-NSGFPSNPKFWLRVSE----P--SEVY----IAVLQ
: .. : ::.: ::::::: . : .::.. :.. : : ::: .:..:
NP_775 QTWTVSVNEGRWVRGCSAGGCRNFPDTFWTNPQYRLKLLEEDDDPDDSEVICSFLVALMQ
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420 430 440
pF1KE1 RSRLHAADWAGRARALVGDSHT-SWSPASIPGKHYQAVGLHLWKVEKRRVNLPRVLSMPP
..: . : : .. : ... .: :.... :: : :
NP_775 KNRR-------KDRKLGASLFTIGFAIYEVP-KEMHGNKQHLQK--------DFFLYNAS
440 450 460 470 480
450 460 470 480 490 500
pF1KE1 VAGTACHAYDREVHLRCELSPGYYLAVPSTFLKDAPGEFLLRVFSTGRVSLSAIRAVAKN
: . . ::: : .: :. :. ::::. :::.::::: :
NP_775 KARSKTYINMREVSQRFRLPPSEYVIVPSTYEPHQEGEFILRVFSEKRNLSEEVENTISV
490 500 510 520 530 540
510 520 530 540 550 560
pF1KE1 TTPGAALPAGEWGTVQLRGSWRVGQTAGGSRNFASYPTNPCFPFSVPEGPGPRCVRITLH
NP_775 DRPVPQPGSSDQESEEQQQFRNIFKQIAGDDMEICADELKKVLNTVVNKHKDLKTHGFTL
550 560 570 580 590 600
>>NP_001185797 (OMIM: 114220,616907) calpain-1 catalytic (714 aa)
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Smith-Waterman score: 799; 33.1% identity (59.2% similar) in 495 aa overlap (13-487:55-515)
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10 20 30 40
pF1KE1 MRAGRGATPARELFRDAAFPAADSSL-FCDLSTPLAQFREDI
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>>NP_005177 (OMIM: 114220,616907) calpain-1 catalytic su (714 aa)
initn: 860 init1: 264 opt: 638 Z-score: 731.7 bits: 145.8 E(85289): 5.1e-34
Smith-Waterman score: 799; 33.1% identity (59.2% similar) in 495 aa overlap (13-487:55-515)
10 20 30 40
pF1KE1 MRAGRGATPARELFRDAAFPAADSSL-FCDLSTPLAQFREDI
:::: ::: . .:: . ::. : .. :
NP_005 ELGLGRHENAIKYLGQDYEQLRVRCLQSGTLFRDEAFPPVPQSLGYKDLG-PNSSKTYGI
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NP_005 KWKRPTELLSNPQFIVDGATRTDICQGALGDCWLLAAIASLTLNDTLLHRVVPHGQ-SFQ
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pF1KE1 DQEYRGSFTCRIWQFGRWVEVTTDDRLPCLAGRLCFSRCQREDVFWLPLLEKVYAKVHGS
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170 180 190 200 210 220
pF1KE1 YEHLWAGQVADALVDLTGGLAERWNLKGVAGSGGQQDRPGRWEHRTCRQLLHLKDQCLIS
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10 20 30 40
pF1KE1 MRAGRGATPARELFRDAAFPAADSSL-FCDLSTPLAQFREDI
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170 180 190 200 210 220
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Smith-Waterman score: 799; 33.1% identity (59.2% similar) in 495 aa overlap (13-487:55-515)
10 20 30 40
pF1KE1 MRAGRGATPARELFRDAAFPAADSSL-FCDLSTPLAQFREDI
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pF1KE1 YEHLWAGQVADALVDLTGGLAERWNLKGVAGSGGQQDRPGRWEHRTCRQLLHLKDQCLIS
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pF1KE1 CC-----VLSPRAGA-RELGEFHAFIVSDLRELQGQAGQCILLLRIQNPWGRRCWQGLWR
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XP_011 CSIDISSVLDMEAITFKKLVKGHAYSVTGAKQVNYR-GQVVSLIRMRNPWGEVEWTGAWS
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pF1KE1 VAGTACHAYDREVHLRCELSPGYYLAVPSTFLKDAPGEFLLRVFSTGRVSLSAIRAVAKN
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XP_011 INL-------REVSTRFRLPPGEYVVVPSTFEPNKEGDFVLRFFSEKSAGTVELDDQIQA
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