Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1254
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1254, 547 aa
1>>>pF1KE1254 547 - 547 aa - 547 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.2937+/-0.00114; mu= -13.2410+/- 0.070
mean_var=535.6113+/-108.412, 0's: 0 Z-trim(116.5): 28 B-trim: 55 in 1/52
Lambda= 0.055418
statistics sampled from 17155 (17178) to 17155 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.78), E-opt: 0.2 (0.528), width: 16
Scan time: 4.210
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS47693.1 LMOD2 gene_id:442721|Hs108|chr7 ( 547) 3558 298.8 1.1e-80
CCDS53457.1 LMOD1 gene_id:25802|Hs108|chr1 ( 600) 927 88.5 2.5e-17
CCDS46862.1 LMOD3 gene_id:56203|Hs108|chr3 ( 560) 780 76.7 8.3e-14
>>CCDS47693.1 LMOD2 gene_id:442721|Hs108|chr7 (547 aa)
initn: 3558 init1: 3558 opt: 3558 Z-score: 1561.9 bits: 298.8 E(32554): 1.1e-80
Smith-Waterman score: 3558; 100.0% identity (100.0% similar) in 547 aa overlap (1-547:1-547)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MSTFGYRRGLSKYESIDEDELLASLSAEELKELERELEDIEPDRNLPVGLRQKSLTEKTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MSTFGYRRGLSKYESIDEDELLASLSAEELKELERELEDIEPDRNLPVGLRQKSLTEKTP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 TGTFSREALMAYWEKESQKLLEKERLGECGKVAEDKEESEEELIFTESNSEVSEEVYTEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TGTFSREALMAYWEKESQKLLEKERLGECGKVAEDKEESEEELIFTESNSEVSEEVYTEE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 EEEESQEEEEEEDSDEEERTIETAKGINGTVNYDSVNSDNSKPKIFKSQIENINLTNGSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EEEESQEEEEEEDSDEEERTIETAKGINGTVNYDSVNSDNSKPKIFKSQIENINLTNGSN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 GRNTESPAAIHPCGNPTVIEDALDKIKSNDPDTTEVNLNNIENITTQTLTRFAEALKDNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GRNTESPAAIHPCGNPTVIEDALDKIKSNDPDTTEVNLNNIENITTQTLTRFAEALKDNT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 VVKTFSLANTHADDSAAMAIAEMLKVNEHITNVNVESNFITGKGILAIMRALQHNTVLTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VVKTFSLANTHADDSAAMAIAEMLKVNEHITNVNVESNFITGKGILAIMRALQHNTVLTE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 LRFHNQRHIMGSQVEMEIVKLLKENTTLLRLGYHFELPGPRMSMTSILTRNMDKQRQKRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LRFHNQRHIMGSQVEMEIVKLLKENTTLLRLGYHFELPGPRMSMTSILTRNMDKQRQKRL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 QEQKQQEGYDGGPNLRTKVWQRGTPSSSPYVSPRHSPWSSPKLPKKVQTVRSRPLSPVAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QEQKQQEGYDGGPNLRTKVWQRGTPSSSPYVSPRHSPWSSPKLPKKVQTVRSRPLSPVAT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 PPPPPPPPPPPPPSSQRLPPPPPPPPPPLPEKKLITRNIAEVIKQQESAQRALQNGQKKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PPPPPPPPPPPPPSSQRLPPPPPPPPPPLPEKKLITRNIAEVIKQQESAQRALQNGQKKK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 KGKKVKKQPNSILKEIKNSLRSVQEKKMEDSSRPSTPQRSAHENLMEAIRGSSIKQLKRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KGKKVKKQPNSILKEIKNSLRSVQEKKMEDSSRPSTPQRSAHENLMEAIRGSSIKQLKRV
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 EVPEALR
:::::::
CCDS47 EVPEALR
>>CCDS53457.1 LMOD1 gene_id:25802|Hs108|chr1 (600 aa)
initn: 1215 init1: 770 opt: 927 Z-score: 424.5 bits: 88.5 E(32554): 2.5e-17
Smith-Waterman score: 952; 37.1% identity (62.7% similar) in 553 aa overlap (7-547:127-600)
10 20 30
pF1KE1 MSTFGYRRGLSKYESIDEDELLASLSAEELKELERE
: ::.: : :.:: .. :.:. :: :.
CCDS53 DAKNGEERGRDASKKALGPRRDSDLGKEPKRGGLKKSFSRDRDEA-GGKSGEKPKE-EKI
100 110 120 130 140 150
40 50 60 70 80 90
pF1KE1 LEDIEPDRNLPVGLRQKSLTEKTPTGTFSREALMAYWEKESQKLLEKERLGECGKVAEDK
.. : :.. : .. ..: .: .: : :. . ::. . ...::
CCDS53 IRGI--DKG-----RVRAAVDKKEAGKDGRGEERAVATKKEE---EKKGSDRNTGLSRDK
160 170 180 190 200
100 110 120 130 140 150
pF1KE1 EESEEELIFTESNSEVSEEVYTEEEEEESQEEEEE--EDSDEEERTIETAKGINGTVNYD
....::. . ...: .:.: :... ....: :. . . . . : : :: : :
CCDS53 DKKREEMKEV-AKKEDDEKVKGERRNTDTRKEGEKMKRAGGNTDMKKEDEKVKRGTGNTD
210 220 230 240 250 260
160 170 180 190 200
pF1KE1 SVNSDNSKPK---IFKSQIENINLTNGS-----NG--RNTESPAAIHPCGNPTVIEDALD
. ..:.. : . ... .. . :. .: . .:.:: .. . :..... :.
CCDS53 TKKDDEKVKKNEPLHEKEAKDDSKTKTPEKQTPSGPTKPSEGPAKVEEEAAPSIFDEPLE
270 280 290 300 310 320
210 220 230 240 250 260
pF1KE1 KIKSNDPDTTEVNLNNIENITTQTLTRFAEALKDNTVVKTFSLANTHADDSAAMAIAEML
..:.:::. ::::.:: . ::.. :.::.:::. ::::: :.::::.::: .:.::: ::
CCDS53 RVKNNDPEMTEVNVNNSDCITNEILVRFTEALEFNTVVKLFALANTRADDHVAFAIAIML
330 340 350 360 370 380
270 280 290 300 310 320
pF1KE1 KVNEHITNVNVESNFITGKGILAIMRALQHNTVLTELRFHNQRHIMGSQVEMEIVKLLKE
:.:. ::..:..:: :::::::::.::: .:..:::::::::::: :...::::.:::::
CCDS53 KANKTITSLNLDSNHITGKGILAIFRALLQNNTLTELRFHNQRHICGGKTEMEIAKLLKE
390 400 410 420 430 440
330 340 350 360 370 380
pF1KE1 NTTLLRLGYHFELPGPRMSMTSILTRNMDKQRQKRLQEQKQQEGYDGGPNLRTKVWQRGT
:::::.::::::: ::::..:..:.::::::::::::::.: . : . .:
CCDS53 NTTLLKLGYHFELAGPRMTVTNLLSRNMDKQRQKRLQEQRQAQEAKGEKKDLLEV-----
450 460 470 480 490
390 400 410 420 430 440
pF1KE1 PSSSPYVSPRHSPWSSPKLPKKVQTVRSRPLSPVATPPPPPPPPPPPPPSSQRLPPPPPP
:: .... :: .: : : : : :.. : :::
CCDS53 -------------------PKAGAVAKG---SPKPSPQPSPKPSPKNSPKKGGAPAAPPP
500 510 520 530
450 460 470 480 490 500
pF1KE1 PPPPLPEKKLITRNIAEVIKQQESAQRALQNGQKKKKGKKVKKQPNSILKEIKNSLRSVQ
::::: : :....:::: .
CCDS53 PPPPLA--------------------------------------PPLIMENLKNSLSPAT
540 550
510 520 530 540
pF1KE1 EKKMEDSSRPSTPQRSAHENLMEAIRGSSIKQLKRVEVPEALR
..:: :. :. .......:. :::.:..::::.::::. :.
CCDS53 QRKMGDKVLPAQ-EKNSRDQLLAAIRSSNLKQLKKVEVPKLLQ
560 570 580 590 600
>>CCDS46862.1 LMOD3 gene_id:56203|Hs108|chr3 (560 aa)
initn: 1125 init1: 724 opt: 780 Z-score: 361.4 bits: 76.7 E(32554): 8.3e-14
Smith-Waterman score: 1107; 38.5% identity (62.5% similar) in 574 aa overlap (14-546:16-559)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MSTFGYRRGLSKYESIDEDELLASLSAEELKELERELEDIEPDRNLPVGLRQKSLTEK
: :.:::.::.:::::::::. :.: . :: .::::. ::. :.:
CCDS46 MSEHSRNSDQEELLDEEINEDEILANLSAEELKELQSEMEVMAPDPSLPVGMIQKDQTDK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KE1 TPTGTFSREALM--AYWEKESQKLLEKERLGECGKVAEDK--EESEE-------------
:::.:....:. :::: :...::.::. .:.: :: ::
CCDS46 PPTGNFNHKSLVDYMYWEKASRRMLEEERVPVTFVKSEEKTQEEHEEIEKRNKNMAQYLK
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150
pF1KE1 -----ELIFTESNSEVSEEVYTEEEEEESQEEEEEEDSDEE--ERTIETAKGINGTVNYD
:.. .. .:. : .. .::.: .:.....: :. :.. :: . .: .. .
CCDS46 EKLNNEIVANKRESKGSSNIQETDEEDEEEEDDDDDDEGEDDGEESEETNREEEGKAKEQ
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190
pF1KE1 SVNSDNS----KPKIFKSQIENINLTNGSNGRNTE-SPAAI-----------HPCGNPTV
: .:. : :: : . . . :. . .. .: . .: :: :
CCDS46 IRNCENNCQQVTDKAFKEQRDRPEAQEQSEKKISKLDPKKLALDTSFLKVSTRPSGNQTD
190 200 210 220 230 240
200 210 220 230 240 250
pF1KE1 IEDALDKIKSNDPDTTEVNLNNIENITTQTLTRFAEALKDNTVVKTFSLANTHADDSAAM
.. .: ....:::: :.:::::::: . : :..:.: : .:::::::. ::...:.
CCDS46 LDGSLRRVRKNDPDMKELNLNNIENIPKEMLLDFVNAMKKNKHIKTFSLANVGADENVAF
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KE1 AIAEMLKVNEHITNVNVESNFITGKGILAIMRALQHNTVLTELRFHNQRHIMGSQVEMEI
:.:.::. :. ::..:.::::::::::.:::: :: : .:::::::::::..: ..::::
CCDS46 ALANMLRENRSITTLNIESNFITGKGIVAIMRCLQFNETLTELRFHNQRHMLGHHAEMEI
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KE1 VKLLKENTTLLRLGYHFELPGPRMSMTSILTRNMDKQRQKRLQEQKQQEGYDGGPNLRTK
..::: :.:::..::::::::::: .:..::::.::::::: .:::::. . .
CCDS46 ARLLKANNTLLKMGYHFELPGPRMVVTNLLTRNQDKQRQKRQEEQKQQQLKEQKKLIAML
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420 430
pF1KE1 VWQRGTPSSSPYVSPRHSPWSSPKLPKKVQTVRSRPLSPVATPPPPPPPPPPPPPSSQRL
: : : . : :: :: .. :::: :: : : :::
CCDS46 ENGLGLP---PGM------WELLGGPKP----DSR-MQEFFQPPPPRPPNPQNVPFSQRS
430 440 450 460
440 450 460 470 480 490
pF1KE1 PPPPPPPPPPLPEKKLITRNIAEVIKQQESAQRALQNGQKKKKGKKVKKQPNSI-LKEIK
: : : . .:.: :. :.:.. .... :.. ::..
CCDS46 EMMKKPSQAP---KYRTDPDSFRVVK--------LKRIQRKSRMPEAREPPEKTNLKDVI
470 480 490 500 510
500 510 520 530 540
pF1KE1 NSLRSVQEKKMEDSSRPSTPQRSAHENLMEAIRGSSIKQLKRVEVPEALR
..:. : ... : . . ...:.. :: ::. :: :..:. :
CCDS46 KTLKPVPRNR-----PPPLVEITPRDQLLNDIRHSSVAYLKPVQLPKELA
520 530 540 550 560
547 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 09:38:54 2016 done: Sun Nov 6 09:38:55 2016
Total Scan time: 4.210 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]