Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1253
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1253, 530 aa
1>>>pF1KE1253 530 - 530 aa - 530 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8189+/-0.000383; mu= 16.6182+/- 0.024
mean_var=90.3838+/-19.201, 0's: 0 Z-trim(114.8): 204 B-trim: 1069 in 1/50
Lambda= 0.134905
statistics sampled from 24671 (24926) to 24671 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.657), E-opt: 0.2 (0.292), width: 16
Scan time: 7.960
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_958804 (OMIM: 610186) ubiquitin carboxyl-termin ( 530) 3533 698.0 1.8e-200
XP_011523373 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c ( 739) 1243 252.4 3.5e-66
XP_011523371 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c ( 925) 1243 252.5 4.2e-66
XP_016880389 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c (1123) 1243 252.5 4.9e-66
XP_005257600 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c (1123) 1243 252.5 4.9e-66
NP_001308220 (OMIM: 612543) ubiquitin carboxyl-ter (1123) 1243 252.5 4.9e-66
XP_005257599 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c (1123) 1243 252.5 4.9e-66
XP_011523369 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c (1124) 1243 252.5 4.9e-66
XP_011523367 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c (1124) 1243 252.5 4.9e-66
XP_011523368 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c (1124) 1243 252.5 4.9e-66
XP_016880390 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c (1044) 1236 251.1 1.2e-65
XP_011523370 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c ( 959) 956 196.6 2.8e-49
XP_011523372 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin c ( 914) 761 158.6 7.2e-38
NP_001014443 (OMIM: 604729) ubiquitin carboxyl-ter ( 565) 319 72.5 3.9e-12
NP_036607 (OMIM: 604729) ubiquitin carboxyl-termin ( 565) 319 72.5 3.9e-12
NP_001306776 (OMIM: 604729) ubiquitin carboxyl-ter ( 594) 319 72.5 4e-12
XP_016856529 (OMIM: 604729) PREDICTED: ubiquitin c ( 594) 319 72.5 4e-12
XP_016874028 (OMIM: 604725) PREDICTED: ubiquitin c ( 352) 314 71.4 5.3e-12
NP_001230688 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-ter ( 362) 314 71.4 5.4e-12
NP_741994 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-termin ( 396) 314 71.4 5.8e-12
NP_004196 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-termin ( 605) 314 71.5 8.1e-12
XP_005271779 (OMIM: 604725) PREDICTED: ubiquitin c ( 605) 314 71.5 8.1e-12
XP_005271778 (OMIM: 604725) PREDICTED: ubiquitin c ( 605) 314 71.5 8.1e-12
NP_001273387 (OMIM: 602519) ubiquitin carboxyl-ter (1003) 311 71.1 1.8e-11
NP_001308787 (OMIM: 602519) ubiquitin carboxyl-ter (1044) 311 71.1 1.9e-11
XP_016879142 (OMIM: 602519) PREDICTED: ubiquitin c (1097) 311 71.1 1.9e-11
NP_003461 (OMIM: 602519) ubiquitin carboxyl-termin (1102) 311 71.1 1.9e-11
XP_016879141 (OMIM: 602519) PREDICTED: ubiquitin c (1113) 311 71.1 1.9e-11
NP_001273696 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-ter ( 354) 296 67.9 6e-11
NP_001127695 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-ter ( 359) 296 67.9 6.1e-11
NP_073743 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-termin ( 366) 296 67.9 6.2e-11
NP_001273386 (OMIM: 602519) ubiquitin carboxyl-ter (1086) 302 69.4 6.4e-11
XP_016873442 (OMIM: 614460) PREDICTED: ubiquitin c (1275) 300 69.0 9.6e-11
NP_060414 (OMIM: 614460) ubiquitin carboxyl-termin (1287) 300 69.0 9.6e-11
XP_011509703 (OMIM: 610570) PREDICTED: ubiquitin c ( 807) 297 68.3 1e-10
NP_001269588 (OMIM: 614460) ubiquitin carboxyl-ter (1355) 300 69.0 1e-10
NP_001317137 (OMIM: 614460) ubiquitin carboxyl-ter (1375) 300 69.1 1e-10
NP_001273697 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-ter ( 225) 279 64.4 4.2e-10
XP_016864046 (OMIM: 612849) PREDICTED: ubiquitin c ( 341) 279 64.5 5.8e-10
XP_005269318 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 648) 282 65.3 6.4e-10
XP_016875774 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 860) 282 65.4 8e-10
XP_016875773 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 860) 282 65.4 8e-10
NP_006304 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-termin ( 952) 282 65.4 8.6e-10
NP_001239007 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-ter ( 981) 282 65.4 8.8e-10
XP_005270747 (OMIM: 610569) PREDICTED: ubiquitin c (2025) 271 63.5 6.9e-09
XP_016856323 (OMIM: 610569) PREDICTED: ubiquitin c (2445) 271 63.6 8e-09
XP_016856322 (OMIM: 610569) PREDICTED: ubiquitin c (2465) 271 63.6 8e-09
XP_016856216 (OMIM: 615146) PREDICTED: ubiquitin c ( 763) 264 61.9 8.2e-09
XP_016856217 (OMIM: 615146) PREDICTED: ubiquitin c ( 763) 264 61.9 8.2e-09
NP_056121 (OMIM: 610569) ubiquitin carboxyl-termin (2620) 271 63.6 8.4e-09
>>NP_958804 (OMIM: 610186) ubiquitin carboxyl-terminal h (530 aa)
initn: 3533 init1: 3533 opt: 3533 Z-score: 3719.9 bits: 698.0 E(85289): 1.8e-200
Smith-Waterman score: 3533; 97.5% identity (99.1% similar) in 530 aa overlap (1-530:1-530)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MEDDSLYLGGEWQFNHFSKLTSSRPDAAFAEIQRTSLPEKSPLSSEARVDLCDDLAPVAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_958 MEDDSLYLGGEWQFNHFSKLTSSRPDAAFAEIQRTSLPEKSPLSSEARVDLCDDLAPVAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 QLAPREKLPLSSRRPAAVGAGLQNMGNTCYENASLQCLTYTPPLANYMLSREHSQTCQRP
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_958 QLAPRKKLPLSSRRPAAVGAGLQNMGNTCYENASLQCLTYTPPLANYMLSREHSQTCQRP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 KCCMLCTMQAHITWALHSPGHVIQPSQALAAGFHRGKQEDAHEFLMFTVDAMKKACLPGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_958 KCCMLCTMQAHITWALHSPGHVIQPSQALAAGFHRGKQEDAHEFLMFTVDAMKKACLPGH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 KQVDHHSKDTTLIHQIFGGCWRSQIKCLHCHGIPDTFDPYLDIALDIQAAQSVKQALEQL
::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::
NP_958 KQVDHHSKDTTLIHQIFGGCWRSQIKCLHCHGISDTFDPYLDIALDIQAAQSVKQALEQL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 VKPEELNGENAYHCGLCLQRAPASKTLTLHTSAKVLILVLKRFSDVTGNKLAKNVQYPEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_958 VKPEELNGENAYHCGLCLQRAPASKTLTLHTSAKVLILVLKRFSDVTGNKLAKNVQYPEC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 LDMQPYMSQQNTGPLVYVLYAVLVHAGWSCHNGHYFSYVKAQEGQWYKMDDAEVTASSIT
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::.::: :::
NP_958 LDMQPYMSQQNTGPLVYVLYAVLVHAGWSCHDGHYFSYVKAQEGQWYKMDDAKVTACSIT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 SVLSQQAYVLFYIQKSEWERHSESVSRGREPRALGAEDTDRRATQGELKRDHPCLQAPEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_958 SVLSQQAYVLFYIQKSEWERHSESVSRGREPRALGAEDTDRRATQGELKRDHPCLQAPEL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 DEHLVERATQESTLDHWKFLQEQNKTKPEFNVRKVEGTLPPDVLVIHQSKYKCGMKNHHP
::.:::::::::::::::: :::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
NP_958 DERLVERATQESTLDHWKFPQEQNKTKPEFNVRKVEGTLPPNVLVIHQSKYKCGMKNHHP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KE1 EQQSSLLNLSSTTPTHQESMNTGTLASLRGRARRSKGKNKHSKRALLVCQ
::::::::::::: : :::.::::::::.::.::::::::::::::::::
NP_958 EQQSSLLNLSSTTRTDQESVNTGTLASLQGRTRRSKGKNKHSKRALLVCQ
490 500 510 520 530
>>XP_011523373 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin carbo (739 aa)
initn: 1188 init1: 880 opt: 1243 Z-score: 1309.1 bits: 252.4 E(85289): 3.5e-66
Smith-Waterman score: 1243; 50.3% identity (77.4% similar) in 358 aa overlap (38-387:79-436)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 LGGEWQFNHFSKLTSSRPDAAFAEIQRTSLPEKSPLSSEARVDLCDDLAPVARQ-LAPRE
: .:: . : : .:. .. : : :
XP_011 FSYQLEALKSKYVLLNPKTEGASRHKSGDDPPARRQGSEHTYESCGDGVPAPQKVLFPTE
50 60 70 80 90 100
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 KLPLSSRRPAAVGAGLQNMGNTCYENASLQCLTYTPPLANYMLSREHSQTCQRPKCCMLC
.: : .: :::::.:.::::. ::..::::::::::::.::.::...:.. . ::::
XP_011 RLSLRWERVFRVGAGLHNLGNTCFLNATIQCLTYTPPLANYLLSKEHARSCHQGSFCMLC
110 120 130 140 150 160
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TMQAHITWALHSPGHVIQPS------QALAAGFHRGKQEDAHEFLMFTVDAMKKACLPGH
.:: ::. :. . :..:.: . .: :. :.:::::::: .:.:::.:::: :
XP_011 VMQNHIVQAFANSGNAIKPVSFIRDLKKIARHFRFGNQEDAHEFLRYTIDAMQKACLNGC
170 180 190 200 210 220
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 KQVDHHSKDTTLIHQIFGGCWRSQIKCLHCHGIPDTFDPYLDIALDIQAAQSVKQALEQL
..:.... :::.:::::: ::..:: :... ::.:::::.::.:. : .. .::: .
XP_011 AKLDRQTQATTLVHQIFGGYLRSRVKCSVCKSVSDTYDPYLDVALEIRQAANIVRALELF
230 240 250 260 270 280
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 VKPEELNGENAYHCGLCLQRAPASKTLTLHTSAKVLILVLKRFSDVTGNKLAKNVQYPEC
:: . :.::::: :. : ...:::: .:.: ...:: : ::::.. .:.:..:.: :::
XP_011 VKADVLSGENAYMCAKCKKKVPASKRFTIHRTSNVLTLSLKRFANFSGGKITKDVGYPEF
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 LDMQPYMSQQNTGPLVYVLYAVLVHAGWSCHNGHYFSYVKAQEGQWYKMDDAEVTASSIT
:...:::::.: :..: :::::::.:.::: :::. ::::..::::.:.:. : .:..
XP_011 LNIRPYMSQNNGDPVMYGLYAVLVHSGYSCHAGHYYCYVKASNGQWYQMNDSLVHSSNVK
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400 410
pF1KE1 SVLSQQAYVLFYIQKSEWERHSES-VSRGREPRALGAEDTDRRATQGELKRDHPCLQAPE
::.::::::::.. .. :. .::
XP_011 VVLNQQAYVLFYLRIPGSKKSPEGLISRTGSSSLPGRPSVIPDHSKKNIGNGIISSPLTG
410 420 430 440 450 460
>>XP_011523371 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin carbo (925 aa)
initn: 1188 init1: 880 opt: 1243 Z-score: 1307.8 bits: 252.5 E(85289): 4.2e-66
Smith-Waterman score: 1243; 50.3% identity (77.4% similar) in 358 aa overlap (38-387:79-436)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 LGGEWQFNHFSKLTSSRPDAAFAEIQRTSLPEKSPLSSEARVDLCDDLAPVARQ-LAPRE
: .:: . : : .:. .. : : :
XP_011 FSYQLEALKSKYVLLNPKTEGASRHKSGDDPPARRQGSEHTYESCGDGVPAPQKVLFPTE
50 60 70 80 90 100
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 KLPLSSRRPAAVGAGLQNMGNTCYENASLQCLTYTPPLANYMLSREHSQTCQRPKCCMLC
.: : .: :::::.:.::::. ::..::::::::::::.::.::...:.. . ::::
XP_011 RLSLRWERVFRVGAGLHNLGNTCFLNATIQCLTYTPPLANYLLSKEHARSCHQGSFCMLC
110 120 130 140 150 160
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TMQAHITWALHSPGHVIQPS------QALAAGFHRGKQEDAHEFLMFTVDAMKKACLPGH
.:: ::. :. . :..:.: . .: :. :.:::::::: .:.:::.:::: :
XP_011 VMQNHIVQAFANSGNAIKPVSFIRDLKKIARHFRFGNQEDAHEFLRYTIDAMQKACLNGC
170 180 190 200 210 220
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 KQVDHHSKDTTLIHQIFGGCWRSQIKCLHCHGIPDTFDPYLDIALDIQAAQSVKQALEQL
..:.... :::.:::::: ::..:: :... ::.:::::.::.:. : .. .::: .
XP_011 AKLDRQTQATTLVHQIFGGYLRSRVKCSVCKSVSDTYDPYLDVALEIRQAANIVRALELF
230 240 250 260 270 280
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 VKPEELNGENAYHCGLCLQRAPASKTLTLHTSAKVLILVLKRFSDVTGNKLAKNVQYPEC
:: . :.::::: :. : ...:::: .:.: ...:: : ::::.. .:.:..:.: :::
XP_011 VKADVLSGENAYMCAKCKKKVPASKRFTIHRTSNVLTLSLKRFANFSGGKITKDVGYPEF
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 LDMQPYMSQQNTGPLVYVLYAVLVHAGWSCHNGHYFSYVKAQEGQWYKMDDAEVTASSIT
:...:::::.: :..: :::::::.:.::: :::. ::::..::::.:.:. : .:..
XP_011 LNIRPYMSQNNGDPVMYGLYAVLVHSGYSCHAGHYYCYVKASNGQWYQMNDSLVHSSNVK
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400 410
pF1KE1 SVLSQQAYVLFYIQKSEWERHSES-VSRGREPRALGAEDTDRRATQGELKRDHPCLQAPE
::.::::::::.. .. :. .::
XP_011 VVLNQQAYVLFYLRIPGSKKSPEGLISRTGSSSLPGRPSVIPDHSKKNIGNGIISSPLTG
410 420 430 440 450 460
>>XP_016880389 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin carbo (1123 aa)
initn: 1188 init1: 880 opt: 1243 Z-score: 1306.6 bits: 252.5 E(85289): 4.9e-66
Smith-Waterman score: 1243; 50.3% identity (77.4% similar) in 358 aa overlap (38-387:79-436)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 LGGEWQFNHFSKLTSSRPDAAFAEIQRTSLPEKSPLSSEARVDLCDDLAPVARQ-LAPRE
: .:: . : : .:. .. : : :
XP_016 FSYQLEALKSKYVLLNPKTEGASRHKSGDDPPARRQGSEHTYESCGDGVPAPQKVLFPTE
50 60 70 80 90 100
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 KLPLSSRRPAAVGAGLQNMGNTCYENASLQCLTYTPPLANYMLSREHSQTCQRPKCCMLC
.: : .: :::::.:.::::. ::..::::::::::::.::.::...:.. . ::::
XP_016 RLSLRWERVFRVGAGLHNLGNTCFLNATIQCLTYTPPLANYLLSKEHARSCHQGSFCMLC
110 120 130 140 150 160
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TMQAHITWALHSPGHVIQPS------QALAAGFHRGKQEDAHEFLMFTVDAMKKACLPGH
.:: ::. :. . :..:.: . .: :. :.:::::::: .:.:::.:::: :
XP_016 VMQNHIVQAFANSGNAIKPVSFIRDLKKIARHFRFGNQEDAHEFLRYTIDAMQKACLNGC
170 180 190 200 210 220
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 KQVDHHSKDTTLIHQIFGGCWRSQIKCLHCHGIPDTFDPYLDIALDIQAAQSVKQALEQL
..:.... :::.:::::: ::..:: :... ::.:::::.::.:. : .. .::: .
XP_016 AKLDRQTQATTLVHQIFGGYLRSRVKCSVCKSVSDTYDPYLDVALEIRQAANIVRALELF
230 240 250 260 270 280
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 VKPEELNGENAYHCGLCLQRAPASKTLTLHTSAKVLILVLKRFSDVTGNKLAKNVQYPEC
:: . :.::::: :. : ...:::: .:.: ...:: : ::::.. .:.:..:.: :::
XP_016 VKADVLSGENAYMCAKCKKKVPASKRFTIHRTSNVLTLSLKRFANFSGGKITKDVGYPEF
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 LDMQPYMSQQNTGPLVYVLYAVLVHAGWSCHNGHYFSYVKAQEGQWYKMDDAEVTASSIT
:...:::::.: :..: :::::::.:.::: :::. ::::..::::.:.:. : .:..
XP_016 LNIRPYMSQNNGDPVMYGLYAVLVHSGYSCHAGHYYCYVKASNGQWYQMNDSLVHSSNVK
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400 410
pF1KE1 SVLSQQAYVLFYIQKSEWERHSES-VSRGREPRALGAEDTDRRATQGELKRDHPCLQAPE
::.::::::::.. .. :. .::
XP_016 VVLNQQAYVLFYLRIPGSKKSPEGLISRTGSSSLPGRPSVIPDHSKKNIGNGIISSPLTG
410 420 430 440 450 460
>>XP_005257600 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin carbo (1123 aa)
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Smith-Waterman score: 1243; 50.3% identity (77.4% similar) in 358 aa overlap (38-387:79-436)
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>>XP_011523369 (OMIM: 612543) PREDICTED: ubiquitin carbo (1124 aa)
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XP_011 FSYQLEALKSKYVLLNPKTEGASRHKSGDDPPARRQGSEHTYESCGDGVPAPQKVLFPTE
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130 140 150 160 170 180
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pF1KE1 KQVDHHSKDTTLIHQIFGGCWRSQIKCLHCHGIPDTFDPYLDIALDIQAAQSVKQALEQL
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pF1KE1 LDMQPYMSQQNTGPLVYVLYAVLVHAGWSCHNGHYFSYVKAQEGQWYKMDDAEVTASSIT
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XP_011 LNIRPYMSQNNGDPVMYGLYAVLVHSGYSCHAGHYYCYVKASNGQWYQMNDSLVHSSNVK
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400 410
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XP_011 VVLNQQAYVLFYLRIPGSKKSPEGLISRTGSSSLPGRPSVIPDHSKKNIGNGIISSPLTG
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]