Result of FASTA (omim) for
pFN21AE1187
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1187, 765 aa
1>>>pF1KE1187 765 - 765 aa - 765 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2069+/-0.00051; mu= 14.1769+/- 0.032
mean_var=321.6999+/-70.782, 0's: 0 Z-trim(116.5): 2020 B-trim: 105 in 1/55
Lambda= 0.071507
statistics sampled from 25399 (27786) to 25399 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.326), width: 16
Scan time: 8.860
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_660334 (OMIM: 616238) zinc finger and BTB domai ( 765) 5229 554.6 5.4e-157
NP_001317554 (OMIM: 616238) zinc finger and BTB do ( 765) 5229 554.6 5.4e-157
XP_005248008 (OMIM: 616238) PREDICTED: zinc finger ( 466) 3134 338.2 4.8e-92
XP_011511718 (OMIM: 616238) PREDICTED: zinc finger ( 643) 2835 307.6 1.1e-82
NP_071927 (OMIM: 613842) GDNF-inducible zinc finge ( 711) 853 103.2 4.1e-21
XP_011527624 (OMIM: 613842) PREDICTED: GDNF-induci ( 711) 853 103.2 4.1e-21
XP_011527623 (OMIM: 613842) PREDICTED: GDNF-induci ( 711) 853 103.2 4.1e-21
NP_001303941 (OMIM: 613842) GDNF-inducible zinc fi ( 711) 853 103.2 4.1e-21
NP_001303948 (OMIM: 613842) GDNF-inducible zinc fi ( 677) 833 101.1 1.7e-20
XP_016883506 (OMIM: 613842) PREDICTED: GDNF-induci ( 677) 833 101.1 1.7e-20
XP_005260857 (OMIM: 613842) PREDICTED: GDNF-induci ( 677) 833 101.1 1.7e-20
XP_016883507 (OMIM: 613842) PREDICTED: GDNF-induci ( 677) 833 101.1 1.7e-20
XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 796 97.6 3e-19
XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 796 97.6 3e-19
XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 796 97.6 3.1e-19
XP_011526567 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 796 97.6 3.1e-19
XP_016882724 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 796 97.6 3.1e-19
NP_001287880 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 (1159) 796 97.6 3.1e-19
NP_003421 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 is (1191) 796 97.6 3.2e-19
NP_001166122 (OMIM: 601276) zinc finger protein 17 ( 481) 774 94.7 9.5e-19
NP_001243583 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 777 95.3 9.6e-19
NP_001243580 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 777 95.3 9.6e-19
NP_001243578 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 777 95.4 1e-18
NP_001243579 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 777 95.4 1e-18
XP_011526561 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18
XP_016882705 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18
XP_011526559 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18
XP_016882701 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18
NP_001243577 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 777 95.4 1e-18
XP_016882699 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18
XP_016882698 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18
XP_016882697 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18
XP_016882703 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18
XP_016882704 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18
XP_016882696 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18
XP_016882700 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18
XP_016882702 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18
NP_003414 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 is ( 809) 777 95.4 1e-18
NP_001243582 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 818) 777 95.4 1e-18
XP_016865210 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 753) 776 95.3 1e-18
XP_016865209 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 786) 776 95.3 1.1e-18
XP_016865208 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 803) 776 95.3 1.1e-18
XP_016865207 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 806) 776 95.3 1.1e-18
XP_016865205 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 821) 776 95.3 1.1e-18
XP_016865202 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 776 95.4 1.1e-18
XP_016865199 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 776 95.4 1.1e-18
XP_016865204 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 776 95.4 1.1e-18
XP_016865200 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 776 95.4 1.1e-18
XP_016865201 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 776 95.4 1.1e-18
XP_016865203 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 776 95.4 1.1e-18
>>NP_660334 (OMIM: 616238) zinc finger and BTB domain-co (765 aa)
initn: 5229 init1: 5229 opt: 5229 Z-score: 2939.5 bits: 554.6 E(85289): 5.4e-157
Smith-Waterman score: 5229; 99.9% identity (100.0% similar) in 765 aa overlap (1-765:1-765)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MDPVATHSCHLLQQLHEQRIQGLLCDCMLVVKGVCFKAHKNVLAAFSQYFRSLFQNSSSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_660 MDPVATHSCHLLQQLHEQRIQGLLCDCMLVVKGVCFKAHKNVLAAFSQYFRSLFQNSSSQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 KNDVFHLDVKNVSGIGQILDFMYTSHLDLNQDNIQVMLDTAQCLQVQNVLSLCHTFLKSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_660 KNDVFHLDVKNVSGIGQILDFMYTSHLDLNQDNIQVMLDTAQCLQVQNVLSLCHTFLKSA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TVVQPPGMPCNSTLSLQSTLTPDATCVISENYPPHLLQECSADAQQNKTLDESHPHASPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_660 TVVQPPGMPCNSTLSLQSTLTPDATCVISENYPPHLLQECSADAQQNKTLDESHPHASPS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 VNRHHSAGEISKQAPDTSDGSCTELPFKQPNYYYKLRNFYSKQYHKHAAGPSQERVVEQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_660 VNRHHSAGEISKQAPDTSDGSCTELPFKQPNYYYKLRNFYSKQYHKHAAGPSQERVVEQP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 FAFSTSTDLTTVESQPCAVSHSECILESPEHLPSNFLAQPVNDSAPHPESDATCQQPVKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_660 FAFSTSTDLTTVESQPCAVSHSECILESPEHLPSNFLAQPVNDSAPHPESDATCQQPVKQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 MRLKKAIHLKKLNFLKSQKYAEQVSEPKSDDGLTKRLESASKNTLEKASSQSAEEKESEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_660 MRLKKAIHLKKLNFLKSQKYAEQVSEPKSDDGLTKRLESASKNTLEKASSQSAEEKESEE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 VVSCENFNCISETERPEDPAALEDQSQTLQSQRQYACELCGKPFKHPSNLELHKRSHTGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_660 VVSCENFNCISETERPEDPAALEDQSQTLQSQRQYACELCGKPFKHPSNLELHKRSHTGE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 KPFECNICGKHFSQAGNLQTHLRRHSGEKPYICEICGKRFAASGDVQRHIIIHSGEKPHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_660 KPFECNICGKHFSQAGNLQTHLRRHSGEKPYICEICGKRFAASGDVQRHIIIHSGEKPHL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 CDICGRGFSNFSNLKEHKKTHTADKVFTCDECGKSFNMQRKLVKHRIRHTGERPYSCSAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_660 CDICGRGFSNFSNLKEHKKTHTADKVFTCDECGKSFNMQRKLVKHRIRHTGERPYSCSAC
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE1 GKCFGGSGDLRRHVRAHTGEKPYTCEICNKCFTRSAVLRRHKKMHCKAGDESPDVLEELS
:::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_660 GKCFGGSGDLRRHVRTHTGEKPYTCEICNKCFTRSAVLRRHKKMHCKAGDESPDVLEELS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE1 QAIETSDLEKSQSSDSFSQDTSVTLMPVSVKLPVHPVENSVAEFDSHSGGSYCKLRSMIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_660 QAIETSDLEKSQSSDSFSQDTSVTLMPVSVKLPVHPVENSVAEFDSHSGGSYCKLRSMIQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE1 PHGVSDQEKLSLDPGKLAKPQMQQTQPQAYAYSDVDTPAGGEPLQADGMAMIRSSLAALD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_660 PHGVSDQEKLSLDPGKLAKPQMQQTQPQAYAYSDVDTPAGGEPLQADGMAMIRSSLAALD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760
pF1KE1 NHGGDPLGSRASSTTYRNSEGQFFSSMTLWGLAMKTLQNENELDQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_660 NHGGDPLGSRASSTTYRNSEGQFFSSMTLWGLAMKTLQNENELDQ
730 740 750 760
>>NP_001317554 (OMIM: 616238) zinc finger and BTB domain (765 aa)
initn: 5229 init1: 5229 opt: 5229 Z-score: 2939.5 bits: 554.6 E(85289): 5.4e-157
Smith-Waterman score: 5229; 99.9% identity (100.0% similar) in 765 aa overlap (1-765:1-765)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MDPVATHSCHLLQQLHEQRIQGLLCDCMLVVKGVCFKAHKNVLAAFSQYFRSLFQNSSSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MDPVATHSCHLLQQLHEQRIQGLLCDCMLVVKGVCFKAHKNVLAAFSQYFRSLFQNSSSQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 KNDVFHLDVKNVSGIGQILDFMYTSHLDLNQDNIQVMLDTAQCLQVQNVLSLCHTFLKSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KNDVFHLDVKNVSGIGQILDFMYTSHLDLNQDNIQVMLDTAQCLQVQNVLSLCHTFLKSA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TVVQPPGMPCNSTLSLQSTLTPDATCVISENYPPHLLQECSADAQQNKTLDESHPHASPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TVVQPPGMPCNSTLSLQSTLTPDATCVISENYPPHLLQECSADAQQNKTLDESHPHASPS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 VNRHHSAGEISKQAPDTSDGSCTELPFKQPNYYYKLRNFYSKQYHKHAAGPSQERVVEQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VNRHHSAGEISKQAPDTSDGSCTELPFKQPNYYYKLRNFYSKQYHKHAAGPSQERVVEQP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 FAFSTSTDLTTVESQPCAVSHSECILESPEHLPSNFLAQPVNDSAPHPESDATCQQPVKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FAFSTSTDLTTVESQPCAVSHSECILESPEHLPSNFLAQPVNDSAPHPESDATCQQPVKQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 MRLKKAIHLKKLNFLKSQKYAEQVSEPKSDDGLTKRLESASKNTLEKASSQSAEEKESEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MRLKKAIHLKKLNFLKSQKYAEQVSEPKSDDGLTKRLESASKNTLEKASSQSAEEKESEE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 VVSCENFNCISETERPEDPAALEDQSQTLQSQRQYACELCGKPFKHPSNLELHKRSHTGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VVSCENFNCISETERPEDPAALEDQSQTLQSQRQYACELCGKPFKHPSNLELHKRSHTGE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 KPFECNICGKHFSQAGNLQTHLRRHSGEKPYICEICGKRFAASGDVQRHIIIHSGEKPHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPFECNICGKHFSQAGNLQTHLRRHSGEKPYICEICGKRFAASGDVQRHIIIHSGEKPHL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 CDICGRGFSNFSNLKEHKKTHTADKVFTCDECGKSFNMQRKLVKHRIRHTGERPYSCSAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CDICGRGFSNFSNLKEHKKTHTADKVFTCDECGKSFNMQRKLVKHRIRHTGERPYSCSAC
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE1 GKCFGGSGDLRRHVRAHTGEKPYTCEICNKCFTRSAVLRRHKKMHCKAGDESPDVLEELS
:::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GKCFGGSGDLRRHVRTHTGEKPYTCEICNKCFTRSAVLRRHKKMHCKAGDESPDVLEELS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE1 QAIETSDLEKSQSSDSFSQDTSVTLMPVSVKLPVHPVENSVAEFDSHSGGSYCKLRSMIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QAIETSDLEKSQSSDSFSQDTSVTLMPVSVKLPVHPVENSVAEFDSHSGGSYCKLRSMIQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE1 PHGVSDQEKLSLDPGKLAKPQMQQTQPQAYAYSDVDTPAGGEPLQADGMAMIRSSLAALD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PHGVSDQEKLSLDPGKLAKPQMQQTQPQAYAYSDVDTPAGGEPLQADGMAMIRSSLAALD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760
pF1KE1 NHGGDPLGSRASSTTYRNSEGQFFSSMTLWGLAMKTLQNENELDQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NHGGDPLGSRASSTTYRNSEGQFFSSMTLWGLAMKTLQNENELDQ
730 740 750 760
>>XP_005248008 (OMIM: 616238) PREDICTED: zinc finger and (466 aa)
initn: 3134 init1: 3134 opt: 3134 Z-score: 1773.5 bits: 338.2 E(85289): 4.8e-92
Smith-Waterman score: 3134; 100.0% identity (100.0% similar) in 459 aa overlap (1-459:1-459)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MDPVATHSCHLLQQLHEQRIQGLLCDCMLVVKGVCFKAHKNVLAAFSQYFRSLFQNSSSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MDPVATHSCHLLQQLHEQRIQGLLCDCMLVVKGVCFKAHKNVLAAFSQYFRSLFQNSSSQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 KNDVFHLDVKNVSGIGQILDFMYTSHLDLNQDNIQVMLDTAQCLQVQNVLSLCHTFLKSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KNDVFHLDVKNVSGIGQILDFMYTSHLDLNQDNIQVMLDTAQCLQVQNVLSLCHTFLKSA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 TVVQPPGMPCNSTLSLQSTLTPDATCVISENYPPHLLQECSADAQQNKTLDESHPHASPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TVVQPPGMPCNSTLSLQSTLTPDATCVISENYPPHLLQECSADAQQNKTLDESHPHASPS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 VNRHHSAGEISKQAPDTSDGSCTELPFKQPNYYYKLRNFYSKQYHKHAAGPSQERVVEQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VNRHHSAGEISKQAPDTSDGSCTELPFKQPNYYYKLRNFYSKQYHKHAAGPSQERVVEQP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 FAFSTSTDLTTVESQPCAVSHSECILESPEHLPSNFLAQPVNDSAPHPESDATCQQPVKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FAFSTSTDLTTVESQPCAVSHSECILESPEHLPSNFLAQPVNDSAPHPESDATCQQPVKQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 MRLKKAIHLKKLNFLKSQKYAEQVSEPKSDDGLTKRLESASKNTLEKASSQSAEEKESEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MRLKKAIHLKKLNFLKSQKYAEQVSEPKSDDGLTKRLESASKNTLEKASSQSAEEKESEE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 VVSCENFNCISETERPEDPAALEDQSQTLQSQRQYACELCGKPFKHPSNLELHKRSHTGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VVSCENFNCISETERPEDPAALEDQSQTLQSQRQYACELCGKPFKHPSNLELHKRSHTGE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 KPFECNICGKHFSQAGNLQTHLRRHSGEKPYICEICGKRFAASGDVQRHIIIHSGEKPHL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KPFECNICGKHFSQAGNLQTHLRRHSGEKPYICEICGKREMFWGIR
430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 CDICGRGFSNFSNLKEHKKTHTADKVFTCDECGKSFNMQRKLVKHRIRHTGERPYSCSAC
>>XP_011511718 (OMIM: 616238) PREDICTED: zinc finger and (643 aa)
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XP_011 NHGGDPLGSRASSTTYRNSEGQFFSSMTLWGLAMKTLQNENELDQ
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: . : : .. . :.. .. . . . . : . .::: .:. . :.
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.. : .. ... .. . .: ... ::. :: : .. .: .: :
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. .: : .: ...:. .:. :. ....:.:.::.......: .: ::..:. :.
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: .:: . .: : : . : . : : . .: . ::..: .
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: . : : .. . :.. .. . . . . : . .::: .:. . :.
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.. : .. ... .. . .: ... ::. :: : .. .: .: :
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.::...:: :. : ::: . : .:: : ::: :::: :..:
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pF1KE1 QTLQSQRQYACELCGKPFKHPSNLELHKRSHTGEKPFECNICGKHFSQAGNLQTHLRRHS
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XP_011 HEGGGERHR-CGQCGKGLSSKTALRLHERTHTGDRPYGCTECGARFSQPSALKTHMRIHT
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pF1KE1 GEKPYICEICGKRFAASGDVQRHIIIHSGEKPHLCDICGRGFSNFSNLKEHKKTHTADKV
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XP_011 GEKPFVCDECGARFTQNHMLIYHKRCHTGERPFMCETCGKSFASKEYLKHHNRIHTGSKP
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: :. : ..: .. .: .: ::::::: :. ::: : . :.:: : ::::.:. :.
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:. . . : :...: . .. :. . :: . . ::.. :. ..:.
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pF1KE1 K--PQMQQTQPQAYAYSDVDTPAGGEPLQADGMAMIRSSLAALDNHGGDPLGSRASSTTY
. :: .. : .. :...
XP_011 ELTPQTDSMPTQLHSLSNME
700 710
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pF1KE1 MDPVATHSCHLLQQLHEQRIQGLLCDCMLVV--KGVC--FKAHKNVLAAFSQYF
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NP_001 MESGAVLLESKSSPFNLLHEMHELRLLGHLCDVTVSVEYQGVRKDFMAHKAVLAATSKFF
10 20 30 40 50 60
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pF1KE1 RSLFQNSSS---QKNDVFHLDVKNVSGIGQILDFMYTSHLDLNQDNIQVMLDTAQCLQVQ
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NP_001 KEVFLNEKSVDGTRTNVYLNEVQ-VADFASFLEFVYTAKVQVEEDRVQRMLEVAEKLKCL
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.. : . :. .:. . . .: ..... .: :. . . .: : .
NP_001 DLSETCFQLKKQMLESVLLELQNFSESQEVEVSSGSQVSAAPAPRASVATDGPHPSGLTD
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
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. ... .. : . : .. . :. : : .: .:.: :.
NP_001 SLDYPGERASNGMSSDLPPKKSKDKLDKKKEVVKPPYPKIRRASGRLAGRKVFVEIPKKK
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210 220 230 240 250 260
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: .:: . .: : : . : . : : . .: . ::..: .
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: . : : .. . :.. .. . . . . : . .::: .:. . :.
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.. : .. ... .. . .: ... ::. :: : .. .: .: :
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. ..:. : ::: .. . :.::.:.:::..:. :. :: .::: . :.::.: :.
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::::..:. :: ::. . . : :.::.: .:. ::..:.. ::.:.. ::..:
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: :. : ..: .. .: .: ::::::: :. ::: : . :.:: : ::::.:. :.
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:.. :: ...:::: ..: : ..: . : .. . ...: .:... : :. :
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pF1KE1 VTLMPVSVKLPVH---PVENSVAEF-DSHSGGSYCKLRSMIQPHGVSDQEKLSLDPGKLA
:. . . : :...: . .. :. . :: . . ::.. :. ..:.
NP_001 DKLLSFAENGHFHNLAAVQDTVPTMQENSSADTACKADDSV----VSQDTLLATTISELS
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pF1KE1 K--PQMQQTQPQAYAYSDVDTPAGGEPLQADGMAMIRSSLAALDNHGGDPLGSRASSTTY
. :: .. : .. :...
NP_001 ELTPQTDSMPTQLHSLSNME
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.::...:: :. : ::: . : .:: : ::: :::: :..:
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. .: : .: ...:. .:. :. ....:.:.::.......: .: ::..:. :.
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pF1KE1 NVLSLCHTFLKSA--TVV-------QPPGMPCNSTLSLQSTLTPDATCVISENYPPHLLQ
.. : . :. .:. . . .: ..... .: :. . . .: : .
NP_001 DLSETCFQLKKQMLESVLLELQNFSESQEVEVSSGSQVSAAPAPRASVATDGPHPSGLTD
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160 170 180 190 200
pF1KE1 ECSADAQQNKTLDESHPHASPSVNRHHSAGEISKQA-PDTSDGS--------CTELPFKQ
. ... .. : . : .. . :. : : .: .:.: :.
NP_001 SLDYPGERASNGMSSDLPPKKSKDKLDKKKEVVKPPYPKIRRASGRLAGRKVFVEIPKKK
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210 220 230 240 250 260
pF1KE1 PNYYYKLRNFYSKQYHKHAAGPSQERVVEQPFAFSTSTDLTTVESQPCAVSHSECILESP
: .:: . .: : : . : . : : . .: . ::..: .
NP_001 --YTRRLR-----EQQKTAEGDVGDYRCPQ----DQSPDRVGTEME--QVSKNEGCQAGA
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: . : : .. . :.. .. . . . . : . .::: .:. . :.
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.. : .. ... .. . .: ... ::. :: : .. .: .: :
NP_001 ----VVYRCDTCGQTFANRCNLKSHQRHVHSSERHFPCEL--CGKKFKRKKDVKRHVLQV
350 360 370 380 390
390 400 410 420 430 440
pF1KE1 QTLQSQRQYACELCGKPFKHPSNLELHKRSHTGEKPFECNICGKHFSQAGNLQTHLRRHS
. ..:. : ::: .. . :.::.:.:::..:. :. :: .::: . :.::.: :.
NP_001 HEGGGERHR-CGQCGKGLSSKTALRLHERTHTGDRPYGCTECGARFSQPSALKTHMRIHT
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pF1KE1 GEKPYICEICGKRFAASGDVQRHIIIHSGEKPHLCDICGRGFSNFSNLKEHKKTHTADKV
::::..:. :: ::. . . : :.::.: .:. ::..:.. ::.:.. ::..:
NP_001 GEKPFVCDECGARFTQNHMLIYHKRCHTGERPFMCETCGKSFASKEYLKHHNRIHTGSKP
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NP_001 FKCEVCFRTFAQRNSLYQHIKVHTGERPYCCDQCGKQFTQLNALQRHRRIHTGERPFMCN
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NP_001 ACGRTFTDKSTLRRHTSMARPRTMTDTRLNSLTKSMCHPSFRINCCLLQKMAISTTWLQS
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>>XP_016883506 (OMIM: 613842) PREDICTED: GDNF-inducible (677 aa)
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Smith-Waterman score: 841; 28.5% identity (57.9% similar) in 603 aa overlap (10-584:16-596)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MDPVATHSCHLLQQLHEQRIQGLLCDCMLVV--KGVC--FKAHKNVLAAFSQYF
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XP_016 MESGAVLLESKSSPFNLLHEMHELRLLGHLCDVTVSVEYQGVRKDFMAHKAVLAATSKFF
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XP_016 KEVFLNEKSVDGTRTNVYLNEVQ-VADFASFLEFVYTAKVQVEEDRVQRMLEVAEKLKCL
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110 120 130 140 150
pF1KE1 NVLSLCHTFLKSA--TVV-------QPPGMPCNSTLSLQSTLTPDATCVISENYPPHLLQ
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XP_016 DLSETCFQLKKQMLESVLLELQNFSESQEVEVSSGSQVSAAPAPRASVATDGPHPSGLTD
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
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XP_016 SLDYPGERASNGMSSDLPPKKSKDKLDKKKEVVKPPYPKIRRASGRLAGRKVFVEIPKKK
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210 220 230 240 250 260
pF1KE1 PNYYYKLRNFYSKQYHKHAAGPSQERVVEQPFAFSTSTDLTTVESQPCAVSHSECILESP
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XP_016 --YTRRLR-----EQQKTAEGDVGDYRCPQ----DQSPDRVGTEME--QVSKNEGCQAGA
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270 280 290 300 310 320
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XP_016 ELEELSKKAGPEEEEEEEEEDEEGEKKKSNFKCSICEKAFLYEKSFLKHSKHRHGVATE-
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
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XP_016 ----VVYRCDTCGQTFANRCNLKSHQRHVHSSERHFPCEL--CGKKFKRKKDVKRHVLQV
350 360 370 380 390
390 400 410 420 430 440
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XP_016 HEGGGERHR-CGQCGKGLSSKTALRLHERTHTGDRPYGCTECGARFSQPSALKTHMRIHT
400 410 420 430 440 450
450 460 470 480 490 500
pF1KE1 GEKPYICEICGKRFAASGDVQRHIIIHSGEKPHLCDICGRGFSNFSNLKEHKKTHTADKV
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XP_016 GEKPFVCDECGARFTQNHMLIYHKRCHTGERPFMCETCGKSFASKEYLKHHNRIHTGSKP
460 470 480 490 500 510
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pF1KE1 FTCDECGKSFNMQRKLVKHRIRHTGERPYSCSACGKCFGGSGDLRRHVRAHTGEKPYTCE
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XP_016 FKCEVCFRTFAQRNSLYQHIKVHTGERPYCCDQCGKQFTQLNALQRHRRIHTGERPFMCN
520 530 540 550 560 570
570 580 590 600 610 620
pF1KE1 ICNKCFTRSAVLRRHKKMHCKAGDESPDVLEELSQAIETSDLEKSQSSDSFSQDTSVTLM
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XP_016 ACGRTFTDKSTLRRHTSMARPRTMTDTRLNSLTKSMCHPSFRINCCLLQKMAISTTWLQS
580 590 600 610 620 630
765 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 19:01:13 2016 done: Mon Nov 7 19:01:14 2016
Total Scan time: 8.860 Total Display time: 0.160
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]