Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE1174
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE1174, 635 aa
1>>>pF1KE1174 635 - 635 aa - 635 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0504+/-0.000948; mu= 8.3645+/- 0.057
mean_var=223.7360+/-44.329, 0's: 0 Z-trim(113.7): 162 B-trim: 3 in 1/53
Lambda= 0.085745
statistics sampled from 14129 (14314) to 14129 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.754), E-opt: 0.2 (0.44), width: 16
Scan time: 3.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8153.1 LRFN4 gene_id:78999|Hs108|chr11 ( 635) 4318 547.3 2.3e-155
CCDS9678.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14 ( 719) 1961 255.8 1.5e-67
CCDS46071.1 LRFN1 gene_id:57622|Hs108|chr19 ( 771) 1897 247.9 3.7e-65
CCDS81800.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14 ( 466) 1657 218.0 2.3e-56
CCDS34443.1 LRFN2 gene_id:57497|Hs108|chr6 ( 789) 1642 216.4 1.2e-55
CCDS12483.1 LRFN3 gene_id:79414|Hs108|chr19 ( 628) 1500 198.7 2e-50
>>CCDS8153.1 LRFN4 gene_id:78999|Hs108|chr11 (635 aa)
initn: 4318 init1: 4318 opt: 4318 Z-score: 2902.9 bits: 547.3 E(32554): 2.3e-155
Smith-Waterman score: 4318; 100.0% identity (100.0% similar) in 635 aa overlap (1-635:1-635)
10 20 30 40 50 60
pF1KE1 MAPPLLLLLLASGAAACPLPCVCQNLSESLSTLCAHRGLLFVPPNVDRRTVELRLADNFI
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CCDS81 MAPPLLLLLLASGAAACPLPCVCQNLSESLSTLCAHRGLLFVPPNVDRRTVELRLADNFI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE1 QALGPPDFRNMTGLVDLTLSRNAITRIGARAFGDLESLRSLHLDGNRLVELGTGSLRGPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 QALGPPDFRNMTGLVDLTLSRNAITRIGARAFGDLESLRSLHLDGNRLVELGTGSLRGPV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE1 NLQHLILSGNQLGRIAPGAFDDFLESLEDLDLSYNNLRQVPWAGIGAMPALHTLNLDHNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 NLQHLILSGNQLGRIAPGAFDDFLESLEDLDLSYNNLRQVPWAGIGAMPALHTLNLDHNL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE1 IDALPPGAFAQLGQLSRLDLTSNRLATLAPDPLFSRGRDAEASPAPLVLSFSGNPLHCNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 IDALPPGAFAQLGQLSRLDLTSNRLATLAPDPLFSRGRDAEASPAPLVLSFSGNPLHCNC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE1 ELLWLRRLARPDDLETCASPPGLAGRYFWAVPEGEFSCEPPLIARHTQRLWVLEGQRATL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 ELLWLRRLARPDDLETCASPPGLAGRYFWAVPEGEFSCEPPLIARHTQRLWVLEGQRATL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE1 RCRALGDPAPTMHWVGPDDRLVGNSSRARAFPNGTLEIGVTGAGDAGGYTCIATNPAGEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 RCRALGDPAPTMHWVGPDDRLVGNSSRARAFPNGTLEIGVTGAGDAGGYTCIATNPAGEA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE1 TARVELRVLALPHGGNSSAEGGRPGPSDIAASARTAAEGEGTLESEPAVQVTEVTATSGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 TARVELRVLALPHGGNSSAEGGRPGPSDIAASARTAAEGEGTLESEPAVQVTEVTATSGL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE1 VSWGPGRPADPVWMFQIQYNSSEDETLIYRIVPASSHHFLLKHLVPGADYDLCLLALSPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 VSWGPGRPADPVWMFQIQYNSSEDETLIYRIVPASSHHFLLKHLVPGADYDLCLLALSPA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE1 AGPSDLTATRLLGCAHFSTLPASPLCHALQAHVLGGTLTVAVGGVLVAALLVFTVALLVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 AGPSDLTATRLLGCAHFSTLPASPLCHALQAHVLGGTLTVAVGGVLVAALLVFTVALLVR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE1 GRGAGNGRLPLKLSHVQSQTNGGPSPTPKAHPPRSPPPRPQRSCSLDLGDAGCYGYARRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GRGAGNGRLPLKLSHVQSQTNGGPSPTPKAHPPRSPPPRPQRSCSLDLGDAGCYGYARRL
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KE1 GGAWARRSHSVHGGLLGAGCRGVGGSAERLEESVV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GGAWARRSHSVHGGLLGAGCRGVGGSAERLEESVV
610 620 630
>>CCDS9678.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14 (719 aa)
initn: 1926 init1: 764 opt: 1961 Z-score: 1326.4 bits: 255.8 E(32554): 1.5e-67
Smith-Waterman score: 1961; 51.7% identity (78.8% similar) in 571 aa overlap (5-562:8-575)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAPPLLLLLLASGAAACPLPCVCQNLSESLSTLCAHRGLLFVPPNVDRRTVELRLAD
:.:. .: : :: :::: :: .:.::::..::::::::.:::::::::::
CCDS96 MEKILFYLFLIGIAVKAQICPKRCVCQILSPNLATLCAKKGLLFVPPNIDRRTVELRLAD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 NFIQALGPPDFRNMTGLVDLTLSRNAITRIGARAFGDLESLRSLHLDGNRLVELGTGSLR
::. . :: :::.:::::::::.:. : .::.::..::.:::..:::... . .
CCDS96 NFVTNIKRKDFANMTSLVDLTLSRNTISFITPHAFADLRNLRALHLNSNRLTKITNDMFS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 GPVNLQHLILSGNQLGRIAPGAFDDFLESLEDLDLSYNNLRQVPWAGIGAMPALHTLNLD
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CCDS96 GLSNLHHLILNNNQLTLISSTAFDDVF-ALEELDLSYNNLETIPWDAVEKMVSLHTLSLD
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 HNLIDALPPGAFAQLGQLSRLDLTSNRLATLAPDPLFSRGR----DAEASPAPLVLSFSG
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CCDS96 HNMIDNIPKGTFSHLHKMTRLDVTSNKLQKLPPDPLFQRAQVLATSGIISPSTFALSFGG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 NPLHCNCELLWLRRLARPDDLETCASPPGLAGRYFWAVPEGEFSCEPPLIARHTQRLWVL
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CCDS96 NPLHCNCELLWLRRLSREDDLETCASPPLLTGRYFWSIPEEEFLCEPPLITRHTHEMRVL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 EGQRATLRCRALGDPAPTMHWVGPDDRLVGNSSRARAFPNGTLEIGVTGAGDAGGYTCIA
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CCDS96 EGQRATLRCKARGDPEPAIHWISPEGKLISNATRSLVYDNGTLDILITTVKDTGAFTCIA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KE1 TNPAGEATARVELRVLALPHGGNSSAEGGRPGP--SDIAASART-----AAEGEGTLESE
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CCDS96 SNPAGEATQIVDLHIIKLPHLLNSTNHIHEPDPGSSDISTSTKSGSNTSSSNGDTKL-SQ
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE1 PAVQVTEVTATSGLVSWGPGRPADPVWMFQIQYNSSEDETLIYRIVPASSHHFLLKHLVP
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CCDS96 DKIVVAEATSSTALLKFNFQRNIPGIRMFQIQYNGTYDDTLVYRMIPPTSKTFLVNNLAA
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KE1 GADYDLCLLALSPAAGPSDLTATRLLGCAHFSTLPASPLCHALQAHVLGGTLTVAVGGVL
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CCDS96 GTMYDLCVLAIYDD-GITSLTATRVVGCIQFTTEQDYVRCHFMQSQFLGGTMIIIIGGII
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KE1 VAALLVFTVALLVRGR-GAGNGRLPL-KLSHVQSQTNGGPSPTPKAHPPRSPPPRPQRSC
::..::: . :..: . .::. . :.:.: :::::
CCDS96 VASVLVFIIILMIRYKVCNNNGQHKVTKVSNVYSQTNGAQIQGCSVTLPQSVSKQAVGHE
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630
pF1KE1 SLDLGDAGCYGYARRLGGAWARRSHSVHGGLLGAGCRGVGGSAERLEESVV
CCDS96 ENAQCCKATSDNVIQSSETCSSQDSSTTTSALPPSWTSSTSVSQKQKRKTGTKPSTEPQN
600 610 620 630 640 650
>>CCDS46071.1 LRFN1 gene_id:57622|Hs108|chr19 (771 aa)
initn: 1349 init1: 798 opt: 1897 Z-score: 1283.3 bits: 247.9 E(32554): 3.7e-65
Smith-Waterman score: 1933; 52.1% identity (74.6% similar) in 591 aa overlap (2-576:17-600)
10 20 30 40
pF1KE1 MAPPLLLLLLA--SGAAACPLPCVCQNLSESLSTLCAHRGLLFVP
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CCDS46 MAPGPFSSALLSPPPAALPFLLLLWAGASRGQPCPGRCICQNVAPTLTMLCAKTGLLFVP
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE1 PNVDRRTVELRLADNFIQALGPPDFRNMTGLVDLTLSRNAITRIGARAFGDLESLRSLHL
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CCDS46 PAIDRRVVELRLTDNFIAAVRRRDFANMTSLVHLTLSRNTIGQVAAGAFADLRALRALHL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE1 DGNRLVELGTGSLRGPVNLQHLILSGNQLGRIAPGAFDDFLESLEDLDLSYNNLRQVPWA
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CCDS46 DSNRLAEVRGDQLRGLGNLRHLILGNNQIRRVESAAFDAFLSTVEDLDLSYNNLEALPWE
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE1 GIGAMPALHTLNLDHNLIDALPPGAFAQLGQLSRLDLTSNRLATLAPDPLFSRGRDA-EA
..: : :.::.::::::: . :.:.:: .: :::.::::: : :: :: :.. .
CCDS46 AVGQMVNLNTLTLDHNLIDHIAEGTFVQLHKLVRLDMTSNRLHKLPPDGLFLRSQGTGPK
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE1 SPAPLVLSFSGNPLHCNCELLWLRRLARPDDLETCASPPGLAGRYFWAVPEGEFSCEPPL
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CCDS46 PPTPLTVSFGGNPLHCNCELLWLRRLTREDDLETCATPEHLTDRYFWSIPEEEFLCEPPL
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE1 IARHTQ-RLWVLEGQRATLRCRALGDPAPTMHWVGPDDRLVGNSSRARAFPNGTLEIGVT
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CCDS46 ITRQAGGRALVVEGQAVSLRCRAVGDPEPVVHWVAPDGRLLGNSSRTRVRGDGTLDVTIT
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390
pF1KE1 GAGDAGGYTCIATNPAGEATARVELRVLALPHGGNSSAEGG---RPGPSDIAASARTAAE
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CCDS46 TLRDSGTFTCIASNAAGEATAPVEVCVVPLPLMAPPPAAPPPLTEPGSSDIATPGRPGAN
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE1 GEGTLESEPAVQVTEVTATSGLVSWGPGRPADPVWMFQIQYNSSEDETLIYRIVPASSHH
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CCDS46 DSA---AERRLVAAELTSNSVLIRWPAQRPVPGIRMYQVQYNSSVDDSLVYRMIPSTSQT
430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KE1 FLLKHLVPGADYDLCLLALSPAAGPSDLTATRLLGCAHFSTLPASPLCHALQAHVLGGTL
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CCDS46 FLVNDLAAGRAYDLCVLAVYDD-GATALPATRVVGCVQFTTAGDPAPCRPLRAHFLGGTM
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560
pF1KE1 TVAVGGVLVAALLVFTVALLVRGR--GAGNGR-------LPLKLSHVQSQTNGGPSPTPK
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CCDS46 IIAIGGVIVASVLVFIVLLMIRYKVYGDGDSRRVKGSRSLP-RVSHVCSQTNG--AGTGA
540 550 560 570 580 590
570 580 590 600 610 620
pF1KE1 AHPPRSPPPRPQRSCSLDLGDAGCYGYARRLGGAWARRSHSVHGGLLGAGCRGVGGSAER
:. : :
CCDS46 AQAPALPAQDHYEALREVESQAAPAVAVEAKAMEAETASAEPEVVLGRSLGGSATSLCLL
600 610 620 630 640 650
>>CCDS81800.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14 (466 aa)
initn: 1645 init1: 749 opt: 1657 Z-score: 1125.5 bits: 218.0 E(32554): 2.3e-56
Smith-Waterman score: 1657; 54.0% identity (80.1% similar) in 457 aa overlap (5-450:8-462)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAPPLLLLLLASGAAACPLPCVCQNLSESLSTLCAHRGLLFVPPNVDRRTVELRLAD
:.:. .: : :: :::: :: .:.::::..::::::::.:::::::::::
CCDS81 MEKILFYLFLIGIAVKAQICPKRCVCQILSPNLATLCAKKGLLFVPPNIDRRTVELRLAD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 NFIQALGPPDFRNMTGLVDLTLSRNAITRIGARAFGDLESLRSLHLDGNRLVELGTGSLR
::. . :: :::.:::::::::.:. : .::.::..::.:::..:::... . .
CCDS81 NFVTNIKRKDFANMTSLVDLTLSRNTISFITPHAFADLRNLRALHLNSNRLTKITNDMFS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 GPVNLQHLILSGNQLGRIAPGAFDDFLESLEDLDLSYNNLRQVPWAGIGAMPALHTLNLD
: ::.::::..::: :. :::: . .::.::::::::. .:: .. : .::::.::
CCDS81 GLSNLHHLILNNNQLTLISSTAFDDVF-ALEELDLSYNNLETIPWDAVEKMVSLHTLSLD
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 HNLIDALPPGAFAQLGQLSRLDLTSNRLATLAPDPLFSRGR----DAEASPAPLVLSFSG
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CCDS81 HNMIDNIPKGTFSHLHKMTRLDVTSNKLQKLPPDPLFQRAQVLATSGIISPSTFALSFGG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 NPLHCNCELLWLRRLARPDDLETCASPPGLAGRYFWAVPEGEFSCEPPLIARHTQRLWVL
:::::::::::::::.: :::::::::: :.:::::..:: :: ::::::.:::... ::
CCDS81 NPLHCNCELLWLRRLSREDDLETCASPPLLTGRYFWSIPEEEFLCEPPLITRHTHEMRVL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 EGQRATLRCRALGDPAPTMHWVGPDDRLVGNSSRARAFPNGTLEIGVTGAGDAGGYTCIA
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CCDS81 EGQRATLRCKARGDPEPAIHWISPEGKLISNATRSLVYDNGTLDILITTVKDTGAFTCIA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KE1 TNPAGEATARVELRVLALPHGGNSSAEGGRPGP--SDIAASART-----AAEGEGTLESE
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CCDS81 SNPAGEATQIVDLHIIKLPHLLNSTNHIHEPDPGSSDISTSTKSGSNTSSSNGDTKL-SQ
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE1 PAVQVTEVTATSGLVSWGPGRPADPVWMFQIQYNSSEDETLIYRIVPASSHHFLLKHLVP
. :.:.:....:.... : . :::::::.. :.::.::
CCDS81 DKIVVAEATSSTALLKFNFQRNIPGIRMFQIQYNGTYDDTLVYRCFAD
420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KE1 GADYDLCLLALSPAAGPSDLTATRLLGCAHFSTLPASPLCHALQAHVLGGTLTVAVGGVL
>>CCDS34443.1 LRFN2 gene_id:57497|Hs108|chr6 (789 aa)
initn: 2194 init1: 868 opt: 1642 Z-score: 1112.7 bits: 216.4 E(32554): 1.2e-55
Smith-Waterman score: 2133; 53.5% identity (74.2% similar) in 656 aa overlap (5-633:4-645)
10 20 30 40 50
pF1KE1 MAPPLLLLLLASGAA-----ACPLPCVCQNLSESLSTLCAHRGLLFVPPNVDRRTVELRL
:: ::: : : ::: ::::::::::.::: .:::::::..:::::::::
CCDS34 METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE1 ADNFIQALGPPDFRNMTGLVDLTLSRNAITRIGARAFGDLESLRSLHLDGNRLVELGTGS
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CCDS34 GGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE1 LRGPVNLQHLILSGNQLGRIAPGAFDDFLESLEDLDLSYNNLRQVPWAGIGAMPALHTLN
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CCDS34 LRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE1 LDHNLIDALPPGAFAQLGQLSRLDLTSNRLATLAPDPLFSRGRDAE--ASP--APLVLSF
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CCDS34 LDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE1 SGNPLHCNCELLWLRRLARPDDLETCASPPGLAGRYFWAVPEGEFSCEPPLIARHTQRLW
.:::::::::::::::: : ::::::.:: :: ::::: : : :: ::::::..::..:
CCDS34 GGNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE1 VLEGQRATLRCRALGDPAPTMHWVGPDDRLVGNSSRARAFPNGTLEIGVTGAGDAGGYTC
::::: :::.:.:.:::.: .:::.:::::::::::. .. ::::.: .: . :.:..::
CCDS34 VLEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTC
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KE1 IATNPAGEATARVELRVLALPHGGNSSAEGGRPGP--SDIAASARTAAEGEGTLESEP--
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