FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0704, 407 aa
1>>>pF1KE0704 407 - 407 aa - 407 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2640+/-0.000888; mu= 9.4514+/- 0.054
mean_var=166.8542+/-35.086, 0's: 0 Z-trim(111.6): 103 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.099290
statistics sampled from 12361 (12475) to 12361 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.725), E-opt: 0.2 (0.383), width: 16
Scan time: 3.220
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8923.1 RBMS2 gene_id:5939|Hs108|chr12 ( 407) 2722 401.9 5.7e-112
CCDS2213.1 RBMS1 gene_id:5937|Hs108|chr2 ( 406) 1831 274.2 1.5e-73
CCDS54557.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 ( 433) 1615 243.3 3.3e-64
CCDS33724.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 ( 437) 1544 233.1 3.8e-61
CCDS33726.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 ( 420) 1534 231.7 9.9e-61
CCDS54558.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 ( 421) 1534 231.7 1e-60
CCDS33725.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 ( 419) 1527 230.7 2e-60
CCDS55298.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9 ( 346) 394 68.3 1.2e-11
CCDS6515.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9 ( 359) 392 68.0 1.6e-11
>>CCDS8923.1 RBMS2 gene_id:5939|Hs108|chr12 (407 aa)
initn: 2722 init1: 2722 opt: 2722 Z-score: 2123.6 bits: 401.9 E(32554): 5.7e-112
Smith-Waterman score: 2722; 100.0% identity (100.0% similar) in 407 aa overlap (1-407:1-407)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPSNSTPNSSSGSNGNDQLSKTNLYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPSNSTPNSSSGSNGNDQLSKTNLYI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVTALKAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 RGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVTALKAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 GVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSRGVGFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 GVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSRGVGFA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 RMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNGRAWPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 RMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNGRAWPR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 NADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLSSPVSSYQRVTQTSPLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 NADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLSSPVSSYQRVTQTSPLQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 VPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGTYMPTAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 VPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGTYMPTAA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE0 AMQGAYISQYTPVPSSSVSVEESSGQQNQVAVDAPSEHGVYSFQFNK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 AMQGAYISQYTPVPSSSVSVEESSGQQNQVAVDAPSEHGVYSFQFNK
370 380 390 400
>>CCDS2213.1 RBMS1 gene_id:5937|Hs108|chr2 (406 aa)
initn: 1564 init1: 1195 opt: 1831 Z-score: 1433.9 bits: 274.2 E(32554): 1.5e-73
Smith-Waterman score: 1831; 69.5% identity (86.7% similar) in 406 aa overlap (9-407:11-406)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MLLSVTSRPGISTFGYNRN-NKKPYVSLAQQMAPPSPS--NSTPNSSSGSN-GNDQLS
: .:. : . . : . :. ::::::: .:. ::::.:: : ::::
CCDS22 MGKVWKQQMYPQYATYYYPQYLQAKQSLVPAHPMAPPSPSTTSSNNNSSSSSNSGWDQLS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 KTNLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAV
::::::::: : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS22 KTNLYIRGLPPHTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPAAAQKAV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 TALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTS
.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::.::::
CCDS22 SALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELENMLKPFGQVISTRILRDSSGTS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 RGVGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQN
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CCDS22 RGVGFARMESTEKCEAVIGHFNGKFIKTPPGVSAPTEPLLCKFADGGQKKRQNPNKYIPN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 GRAWPRNADMGV--MALTYDPTTA-LQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLSSPVSSYQ
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CCDS22 GRPWHREGEVRLAGMTLTYDPTTAAIQNGFYPSPYSIATNRMITQTSITPYIASPVSAYQ
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 RVTQTSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSS
: .::::. . :..: :.::::.:.: .:::::::..::.::..::::.:
CCDS22 ---------VQSPSWMQPQPYILQHPGAVLTPSMEHTMSLQPASMISPLAQQMSHLSLGS
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KE0 TGTYMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVEESSGQQNQVAVDAPSEHGVYSFQFNK
::::::...::::::. ::. . ...: :::.:::: ::::.. ..:. :.:: ::
CCDS22 TGTYMPATSAMQGAYLPQYAHMQTTAVPVEEASGQQ-QVAVETSNDHSPYTFQPNK
360 370 380 390 400
>>CCDS54557.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 (433 aa)
initn: 1772 init1: 1183 opt: 1615 Z-score: 1266.3 bits: 243.3 E(32554): 3.3e-64
Smith-Waterman score: 1818; 65.9% identity (83.5% similar) in 419 aa overlap (21-407:25-433)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPS-NSTPNSSSGSNGNDQLSK
:. :. . ::::::: ::. :.::......::::
CCDS54 MGKRLDQPQMYPQYTYYYPHYLQTKQSYAPAPHPMAPPSPSTNSSSNNSSNNSSGEQLSK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 TNLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVT
:::::::: ::::::::.::::::::::::::::::.::.::::::::::::.::::::.
CCDS54 TNLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 ALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSR
.:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::.:::::::::..:.::
CCDS54 SLKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSR
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 GVGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNG
::::::::::::::..: ::::::.:::::.::::.:::::::::: ::::::.:..:::
CCDS54 GVGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKKRQNQSKYTQNG
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280
pF1KE0 RAWPR-------------NADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPY
: ::: : . : ::::::::.:.::::: .::.:. :::. :....:.
CCDS54 RPWPREGEVLRGRTVPRQNREAG-MALTYDPTAAIQNGFYSSPYSIATNRMIPQTSITPF
250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LS-SPVSSYQRVTQTSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLT
.. ::::.:: : . ::: : :.:::.:.:.:: ::::.:.:::.::::::
CCDS54 IAASPVSTYQ---------VQSTSWMPHPPYVMQPTGAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLT
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380
pF1KE0 QQLGHLSLSSTGTYMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVE----------------ESSG
::..::::..::::: .:: :::.:: :::::: ..::.: ..::
CCDS54 QQMNHLSLGTTGTYMTAAAPMQGTYIPQYTPVPPTAVSIEGVVADTSPQTVAPSSQDTSG
360 370 380 390 400 410
390 400
pF1KE0 QQNQVAVDAPSEHG-VYSFQFNK
::.:.:::. .::. .::.: .:
CCDS54 QQQQIAVDTSNEHAPAYSYQQSK
420 430
>>CCDS33724.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 (437 aa)
initn: 1316 init1: 1206 opt: 1544 Z-score: 1211.3 bits: 233.1 E(32554): 3.8e-61
Smith-Waterman score: 1807; 65.2% identity (83.2% similar) in 422 aa overlap (21-407:25-436)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPS-NSTPNSSSGSNGNDQLSK
:. :. . ::::::: ::. :.::......::::
CCDS33 MGKRLDQPQMYPQYTYYYPHYLQTKQSYAPAPHPMAPPSPSTNSSSNNSSNNSSGEQLSK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 TNLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVT
:::::::: ::::::::.::::::::::::::::::.::.::::::::::::.::::::.
CCDS33 TNLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 ALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSR
.:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::.:::::::::..:.::
CCDS33 SLKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSR
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 GVGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNG
::::::::::::::..: ::::::.:::::.::::.:::::::::: ::::::.:..:::
CCDS33 GVGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKKRQNQSKYTQNG
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 RAWPRNADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLS-SPVSSYQRVT
: :::... : ::::::::.:.::::: .::.:. :::. :....:... ::::.::
CCDS33 RPWPREGEAG-MALTYDPTAAIQNGFYSSPYSIATNRMIPQTSITPFIAASPVSTYQ---
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 QTSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGT
: . ::: : :.:::.:.:.:: ::::.:.:::.::::::::..::::..:::
CCDS33 ------VQSTSWMPHPPYVMQPTGAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLTQQMNHLSLGTTGT
300 310 320 330 340 350
360 370 380
pF1KE0 ----------------YMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVE----------------E
:: .:: :::.:: :::::: ..::.: .
CCDS33 IQSQDRIMILHQLLCQYMTAAAPMQGTYIPQYTPVPPTAVSIEGVVADTSPQTVAPSSQD
360 370 380 390 400 410
390 400
pF1KE0 SSGQQNQVAVDAPSEHG-VYSFQFNK
.::::.:.:::. .::. .::.: .:
CCDS33 TSGQQQQIAVDTSNEHAPAYSYQQSKP
420 430
>>CCDS33726.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 (420 aa)
initn: 1595 init1: 1206 opt: 1534 Z-score: 1203.8 bits: 231.7 E(32554): 9.9e-61
Smith-Waterman score: 1849; 67.7% identity (86.5% similar) in 406 aa overlap (21-407:25-420)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPS-NSTPNSSSGSNGNDQLSK
:. :. . ::::::: ::. :.::......::::
CCDS33 MGKRLDQPQMYPQYTYYYPHYLQTKQSYAPAPHPMAPPSPSTNSSSNNSSNNSSGEQLSK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 TNLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVT
:::::::: ::::::::.::::::::::::::::::.::.::::::::::::.::::::.
CCDS33 TNLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVA
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pF1KE0 ALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSR
.:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::.:::::::::..:.::
CCDS33 SLKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSR
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pF1KE0 GVGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNG
::::::::::::::..: ::::::.:::::.::::.:::::::::: ::::::.:..:::
CCDS33 GVGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKKRQNQSKYTQNG
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 RAWPRNADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLS-SPVSSYQRVT
: :::... : ::::::::.:.::::: .::.:. :::. :....:... ::::.::
CCDS33 RPWPREGEAG-MALTYDPTAAIQNGFYSSPYSIATNRMIPQTSITPFIAASPVSTYQ---
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 QTSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGT
: . ::: : :.:::.:.:.:: ::::.:.:::.::::::::..::::..:::
CCDS33 ------VQSTSWMPHPPYVMQPTGAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLTQQMNHLSLGTTGT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE0 YMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVE----------------ESSGQQNQVAVDAPSEH
:: .:: :::.:: :::::: ..::.: ..::::.:.:::. .::
CCDS33 YMTAAAPMQGTYIPQYTPVPPTAVSIEGVVADTSPQTVAPSSQDTSGQQQQIAVDTSNEH
360 370 380 390 400 410
400
pF1KE0 G-VYSFQFNK
. .::.: .:
CCDS33 APAYSYQQSK
420
>>CCDS54558.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 (421 aa)
initn: 1595 init1: 1206 opt: 1534 Z-score: 1203.7 bits: 231.7 E(32554): 1e-60
Smith-Waterman score: 1849; 67.7% identity (86.5% similar) in 406 aa overlap (21-407:25-420)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPS-NSTPNSSSGSNGNDQLSK
:. :. . ::::::: ::. :.::......::::
CCDS54 MGKRLDQPQMYPQYTYYYPHYLQTKQSYAPAPHPMAPPSPSTNSSSNNSSNNSSGEQLSK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 TNLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVT
:::::::: ::::::::.::::::::::::::::::.::.::::::::::::.::::::.
CCDS54 TNLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 ALKASGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPLSMDEQELEGMLKPFGQVISTRILRDTSGTSR
.:::.:::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::.:::::::::..:.::
CCDS54 SLKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSR
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 GVGFARMESTEKCEAIITHFNGKYIKTPPGVPAPSDPLLCKFADGGPKKRQNQGKFVQNG
::::::::::::::..: ::::::.:::::.::::.:::::::::: ::::::.:..:::
CCDS54 GVGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKKRQNQSKYTQNG
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 RAWPRNADMGVMALTYDPTTALQNGFYPAPYNITPNRMLAQSALSPYLS-SPVSSYQRVT
: :::... : ::::::::.:.::::: .::.:. :::. :....:... ::::.::
CCDS54 RPWPREGEAG-MALTYDPTAAIQNGFYSSPYSIATNRMIPQTSITPFIAASPVSTYQ---
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 QTSPLQVPNPSWMHHHSYLMQPSGSVLTPGMDHPISLQPASMMGPLTQQLGHLSLSSTGT
: . ::: : :.:::.:.:.:: ::::.:.:::.::::::::..::::..:::
CCDS54 ------VQSTSWMPHPPYVMQPTGAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLTQQMNHLSLGTTGT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE0 YMPTAAAMQGAYISQYTPVPSSSVSVE----------------ESSGQQNQVAVDAPSEH
:: .:: :::.:: :::::: ..::.: ..::::.:.:::. .::
CCDS54 YMTAAAPMQGTYIPQYTPVPPTAVSIEGVVADTSPQTVAPSSQDTSGQQQQIAVDTSNEH
360 370 380 390 400 410
400
pF1KE0 G-VYSFQFNK
. .::.: .:
CCDS54 APAYSYQQSKP
420
>>CCDS33725.1 RBMS3 gene_id:27303|Hs108|chr3 (419 aa)
initn: 1503 init1: 1206 opt: 1527 Z-score: 1198.4 bits: 230.7 E(32554): 2e-60
Smith-Waterman score: 1700; 63.2% identity (80.3% similar) in 421 aa overlap (22-407:25-418)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MLLSVTSRPGISTFGYNRNNKKPYVSLAQQMAPPSPS-NSTPNSSSGSNGNDQLSKT
: :. . ::::::: ::. :.::......:::::
CCDS33 MGKRLDQPQMYPQYTYYYPHYLQTKSYAPAPHPMAPPSPSTNSSSNNSSNNSSGEQLSKT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 NLYIRGLQPGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVTA
::::::: ::::::::.::::::::::::::::::.::.::::::::::::.::::::..
CCDS33 NLYIRGLPPGTTDQDLIKLCQPYGKIVSTKAILDKNTNQCKGYGFVDFDSPAAAQKAVAS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
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CCDS33 LKANGVQAQMAKQQEQDPTNLYISNLPISMDEQELENMLKPFGHVISTRILRDANGVSRG
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180 190 200 210 220 230
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CCDS33 VGFARMESTEKCEVVIQHFNGKYLKTPPGIPAPSEPLLCKFADGGQKKRQNQSKYTQNGR
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240 250 260 270 280 290
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:::... : ::::::::.:.::::: .::.:. :::. :....:... ::::.::
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:.:.:: ::::.:.:::.::::::::..::::..:::
CCDS33 ----------------------GAVITPTMDHPMSMQPANMMGPLTQQMNHLSLGTTGTI
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:: .:: :::.:: :::::: ..::.: ..
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390 400
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::::.:.:::. .::. .::.: .:
CCDS33 SGQQQQIAVDTSNEHAPAYSYQQSKP
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:.. . : :: ..:: . ::::: . :
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. : . :. :::.:.:: .: ..::: ... .:..:..::: : ..: :::
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::: :... . : : .:: . :::. ..:. :::.. :... ::. . :
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.: .: . .. . ..: :
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>>CCDS6515.1 ELAVL2 gene_id:1993|Hs108|chr9 (359 aa)
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10 20 30 40 50 60
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:.. . : :: ..:: . ::::: . :
CCDS65 METQLSNGPTCNNTANGPTTINNNCSSPVDSGNTEDSKTNLIVNYLP
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pF1KE0 PGTTDQDLVKLCQPYGKIVSTKAILDKTTNKCKGYGFVDFDSPSAAQKAVTALKASGVQA
. :...: .: :.: : : . :: :.. :::::.. .:. :.::...:.. .:.
CCDS65 QNMTQEELKSLFGSIGEIESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYIDPKDAEKAINTLNGLRLQT
50 60 70 80 90 100
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. : . :. :::.:.:: .: ..::: ... .:..:..::: : ..: :::
CCDS65 KTIKVSYARPSSASIRDANLYVSGLPKTMTQKELEQLFSQYGRIITSRILVDQVTGISRG
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]