Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE0270
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0270, 244 aa
1>>>pF1KE0270 244 - 244 aa - 244 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1095+/-0.000651; mu= 13.1863+/- 0.040
mean_var=109.1760+/-21.301, 0's: 0 Z-trim(115.2): 208 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.122747
statistics sampled from 15508 (15729) to 15508 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.799), E-opt: 0.2 (0.483), width: 16
Scan time: 2.620
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 1645 300.8 5.6e-82
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 630 121.0 6.2e-28
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 599 115.5 2.8e-26
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 597 115.2 3.9e-26
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 596 114.9 4.1e-26
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 590 113.9 9e-26
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 588 113.5 1.1e-25
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 587 113.3 1.2e-25
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 577 111.6 4.1e-25
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 573 110.9 7e-25
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 566 109.7 1.7e-24
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 557 108.1 5.1e-24
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 554 107.5 7e-24
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 527 102.8 2.3e-22
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 524 102.2 2.9e-22
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 521 101.7 4e-22
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 521 101.7 4.1e-22
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 519 101.3 5.4e-22
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 513 100.3 1.1e-21
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 508 99.4 2.1e-21
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 507 99.2 2.3e-21
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 498 97.6 6.5e-21
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 497 97.4 8.1e-21
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 494 96.9 1.1e-20
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 494 96.9 1.2e-20
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 474 93.4 1.3e-19
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 469 92.5 2.5e-19
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 465 91.7 3.8e-19
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 465 91.8 4.3e-19
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 464 91.6 4.6e-19
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 458 90.5 9.6e-19
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 457 90.3 1.1e-18
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 453 89.6 1.8e-18
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 455 90.4 3.5e-18
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 439 87.2 1e-17
CCDS81812.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 166) 437 86.7 1e-17
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 436 86.6 1.4e-17
CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 443 88.4 1.9e-17
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 431 85.8 2.7e-17
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 427 84.9 3.4e-17
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 436 87.1 3.6e-17
CCDS35353.1 RAB40AL gene_id:282808|Hs108|chrX ( 278) 430 85.7 3.6e-17
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 428 85.2 3.7e-17
CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 428 85.3 4.6e-17
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 423 84.3 6.9e-17
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 423 84.4 7.9e-17
CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 420 83.7 8e-17
CCDS35357.1 RAB40A gene_id:142684|Hs108|chrX ( 277) 423 84.4 8.5e-17
CCDS35322.2 RAB41 gene_id:347517|Hs108|chrX ( 221) 419 83.6 1.2e-16
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 418 83.4 1.3e-16
>>CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 (244 aa)
initn: 1645 init1: 1645 opt: 1645 Z-score: 1585.3 bits: 300.8 E(32554): 5.6e-82
Smith-Waterman score: 1645; 100.0% identity (100.0% similar) in 244 aa overlap (1-244:1-244)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MDPGAALQRRAGGGGGLGAGSPALSGGQGRRRKQPPRPADFKLQVIIIGSRGVGKTSLME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MDPGAALQRRAGGGGGLGAGSPALSGGQGRRRKQPPRPADFKLQVIIIGSRGVGKTSLME
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RFTDDTFCEACKSTVGVDFKIKTVELRGKKIRLQIWDTAGQERFNSITSAYYRSAKGIIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RFTDDTFCEACKSTVGVDFKIKTVELRGKKIRLQIWDTAGQERFNSITSAYYRSAKGIIL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 VYDITKKETFDDLPKWMKMIDKYASEDAELLLVGNKLDCETDREITRQQGEKFAQQITGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VYDITKKETFDDLPKWMKMIDKYASEDAELLLVGNKLDCETDREITRQQGEKFAQQITGM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 RFCEASAKDNFNVDEIFLKLVDDILKKMPLDILRNELSNSILSLQPEPEIPPELPPPRPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RFCEASAKDNFNVDEIFLKLVDDILKKMPLDILRNELSNSILSLQPEPEIPPELPPPRPH
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 VRCC
::::
CCDS42 VRCC
>>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa)
initn: 606 init1: 511 opt: 630 Z-score: 615.0 bits: 121.0 E(32554): 6.2e-28
Smith-Waterman score: 630; 52.6% identity (84.2% similar) in 171 aa overlap (40-210:7-176)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 RAGGGGGLGAGSPALSGGQGRRRKQPPRPADFKLQVIIIGSRGVGKTSLMERFTDDTFCE
:. .....::. ::::: .. ::.::.:
CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNT
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 ACKSTVGVDFKIKTVELRGKKIRLQIWDTAGQERFNSITSAYYRSAKGIILVYDITKKET
. ::.:.:::::::::.::::.::::::::::::..::..:::.: ::.::::::. ..
CCDS17 TFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKS
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 FDDLPKWMKMIDKYASEDAELLLVGNKLDCETDREITRQQGEKFAQQITGMRFCEASAKD
:... ::.. ::..:.::.: .:.::: : . : . . .::..:.. :.:: :.:::
CCDS17 FENISKWLRNIDEHANEDVERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIARE-HGIRFFETSAKA
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 NFNVDEIFLKLVDDILKKMPLDILRNELSNSILSLQPEPEIPPELPPPRPHVRCC
:.:... :: :..:::.: :.
CCDS17 NINIEKAFLTLAEDILRKTPVKEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC
160 170 180 190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 577 init1: 505 opt: 599 Z-score: 585.1 bits: 115.5 E(32554): 2.8e-26
Smith-Waterman score: 599; 50.3% identity (83.4% similar) in 169 aa overlap (40-208:6-173)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 RAGGGGGLGAGSPALSGGQGRRRKQPPRPADFKLQVIIIGSRGVGKTSLMERFTDDTFCE
:. .....::. ::::: :. ::..:.:
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNT
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 ACKSTVGVDFKIKTVELRGKKIRLQIWDTAGQERFNSITSAYYRSAKGIILVYDITKKET
. ::.:.::::.:.:: ::::.:::::::::::: .::.::::.: ::.::::::....
CCDS10 TFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKS
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 FDDLPKWMKMIDKYASEDAELLLVGNKLDCETDREITRQQGEKFAQQITGMRFCEASAKD
::.. .:.. :...:: :.: ...::: : . :......:::.: . :..: :.:::.
CCDS10 FDNIKNWIRNIEEHASSDVERMILGNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDY-GIKFLETSAKS
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 NFNVDEIFLKLVDDILKKMPLDILRNELSNSILSLQPEPEIPPELPPPRPHVRCC
. ::.: :. :. ::. :.
CCDS10 SANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
160 170 180 190 200
>>CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 (227 aa)
initn: 618 init1: 473 opt: 597 Z-score: 582.7 bits: 115.2 E(32554): 3.9e-26
Smith-Waterman score: 597; 45.1% identity (75.0% similar) in 204 aa overlap (40-243:28-227)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 RAGGGGGLGAGSPALSGGQGRRRKQPPRPADFKLQVIIIGSRGVGKTSLMERFTDDTFCE
:. ....:::. .:::::.. :..::.:
CCDS39 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 ACKSTVGVDFKIKTVELRGKKIRLQIWDTAGQERFNSITSAYYRSAKGIILVYDITKKET
: ::::.:::.::: :.:.:::::::::::. .::.::::.: :.::.::::..:.
CCDS39 AFVSTVGIDFKVKTVFKNEKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEES
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 FDDLPKWMKMIDKYASEDAELLLVGNKLDCETDREITRQQGEKFAQQITGMRFCEASAKD
:. . : .: :. ..:...::::: : : .: :. ..:.....:. :..: :.::::
CCDS39 FNAVQDWSTQIKTYSWDNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQL-GFEFFETSAKD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 NFNVDEIFLKLVDDILKKMPLDILRNELSNSILSLQPEPEIPPELPPPRPHVRCC
:.:: . : .::: : :: .. : . .: . . . .. :::.:. :
CCDS39 NINVKQTFERLVDIICDKMSESL---ETDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC
180 190 200 210 220
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 592 init1: 497 opt: 596 Z-score: 582.3 bits: 114.9 E(32554): 4.1e-26
Smith-Waterman score: 596; 45.8% identity (79.2% similar) in 192 aa overlap (40-229:6-196)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 RAGGGGGLGAGSPALSGGQGRRRKQPPRPADFKLQVIIIGSRGVGKTSLMERFTDDTFCE
:. .....::. ::::: .. ::..:.:
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNS
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 ACKSTVGVDFKIKTVELRGKKIRLQIWDTAGQERFNSITSAYYRSAKGIILVYDITKKET
. ::.:.::::.:.:: ::.:.:::::::::::: .::.::::.: ::.::::::....
CCDS12 TFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKS
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 FDDLPKWMKMIDKYASEDAELLLVGNKLDCETDREITRQQGEKFAQQITGMRFCEASAKD
::.. .:.. :...:: :.: ...::: : . :......:::.: . :..: :.:::
CCDS12 FDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDY-GIKFMETSAKA
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 NFNVDEIFLKLVDDILKKMPLDILRN--ELSNSILSLQPEPEIPPELPPPRPHVRCC
:.::.. :. :. :: :: . : . ::. ... :. .
CCDS12 NINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEGNSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
160 170 180 190 200
>>CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 (220 aa)
initn: 596 init1: 458 opt: 590 Z-score: 576.2 bits: 113.9 E(32554): 9e-26
Smith-Waterman score: 590; 43.6% identity (74.5% similar) in 204 aa overlap (40-243:20-220)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 RAGGGGGLGAGSPALSGGQGRRRKQPPRPADFKLQVIIIGSRGVGKTSLMERFTDDTFCE
:. ....:::. .:::::.. :..::.:
CCDS12 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTP
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 ACKSTVGVDFKIKTVELRGKKIRLQIWDTAGQERFNSITSAYYRSAKGIILVYDITKKET
: ::::.:::.::. :.:.:::::::::::. .::.::::.: :.::.::::..:.
CCDS12 AFVSTVGIDFKVKTIYRNDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEES
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 FDDLPKWMKMIDKYASEDAELLLVGNKLDCETDREITRQQGEKFAQQITGMRFCEASAKD
:. . : .: :. ..:..:::::: : : .: .. ..:...:... :..: ::::::
CCDS12 FNAVQDWSTQIKTYSWDNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHL-GFEFFEASAKD
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 NFNVDEIFLKLVDDILKKMPLDILRNELSNSILSLQPEPEIPPELPPPRPHVRCC
:.:: . : .::: : .:: .. . . .. . . :.. . ::. :
CCDS12 NINVKQTFERLVDVICEKMSESL--DTADPAVTGAKQGPQLSDQQVPPHQDCAC
170 180 190 200 210 220
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 597 init1: 502 opt: 588 Z-score: 574.7 bits: 113.5 E(32554): 1.1e-25
Smith-Waterman score: 588; 53.0% identity (83.3% similar) in 168 aa overlap (40-207:6-172)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 RAGGGGGLGAGSPALSGGQGRRRKQPPRPADFKLQVIIIGSRGVGKTSLMERFTDDTFCE
: .....::. ::::: :. ::..:.: .
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNN
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 ACKSTVGVDFKIKTVELRGKKIRLQIWDTAGQERFNSITSAYYRSAKGIILVYDITKKET
. ::.:.::::.::...::::.::.:::::::::..::.::::.: ::::::::: ...
CCDS10 TYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKS
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 FDDLPKWMKMIDKYASEDAELLLVGNKLDCETDREITRQQGEKFAQQITGMRFCEASAKD
:... .::: : . :: .: ::.::: : :. :.. ..:..:.:.. :.:: :.:::.
CCDS10 FENIQNWMKSIKENASAGVERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLARE-HGIRFFETSAKS
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 NFNVDEIFLKLVDDILKKMPLDILRNELSNSILSLQPEPEIPPELPPPRPHVRCC
..:::: : .:. ::: :
CCDS10 SMNVDEAFSSLARDILLKSGGRRSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
160 170 180 190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 582 init1: 501 opt: 587 Z-score: 573.7 bits: 113.3 E(32554): 1.2e-25
Smith-Waterman score: 587; 46.6% identity (76.7% similar) in 189 aa overlap (40-228:9-196)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 RAGGGGGLGAGSPALSGGQGRRRKQPPRPADFKLQVIIIGSRGVGKTSLMERFTDDTFCE
:. .....::. ::::. :. ::.:::. :
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTE
10 20 30
70 80 90 100 110 120
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::.. :. .. .: :.: . .: ...: :
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CCDS31 SYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQES
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CCDS31 YANVKQWLQEIDRYASENVNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSL-GIPFLETSAKN
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CCDS31 ATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGAASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
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CCDS76 SHISTIGVDFKMKTIEVDGIKVRIQIWDTAGQERYQTITKQYYRRAQGIFLVYDISSERS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]