Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB9741
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9741, 517 aa
1>>>pF1KB9741 517 - 517 aa - 517 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5371+/-0.000688; mu= 17.4470+/- 0.042
mean_var=75.6713+/-15.244, 0's: 0 Z-trim(110.6): 12 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.147438
statistics sampled from 11721 (11731) to 11721 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.725), E-opt: 0.2 (0.36), width: 16
Scan time: 3.180
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13349.1 RBPJL gene_id:11317|Hs108|chr20 ( 517) 3532 760.5 0
CCDS63283.1 RBPJL gene_id:11317|Hs108|chr20 ( 516) 3513 756.5 1.6e-218
CCDS63284.1 RBPJL gene_id:11317|Hs108|chr20 ( 471) 2903 626.7 1.7e-179
CCDS3436.1 RBPJ gene_id:3516|Hs108|chr4 ( 485) 1381 303.0 5e-82
CCDS33969.1 RBPJ gene_id:3516|Hs108|chr4 ( 486) 1381 303.0 5e-82
CCDS43219.1 RBPJ gene_id:3516|Hs108|chr4 ( 487) 1381 303.0 5e-82
CCDS3437.1 RBPJ gene_id:3516|Hs108|chr4 ( 500) 1381 303.0 5.2e-82
>>CCDS13349.1 RBPJL gene_id:11317|Hs108|chr20 (517 aa)
initn: 3532 init1: 3532 opt: 3532 Z-score: 4058.4 bits: 760.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3532; 100.0% identity (100.0% similar) in 517 aa overlap (1-517:1-517)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDPAGAADPSVPPNPLTHLSLQDRSEMQLQSEADRRSLPGTWTRSSPEHTTILRGGVRRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MDPAGAADPSVPPNPLTHLSLQDRSEMQLQSEADRRSLPGTWTRSSPEHTTILRGGVRRC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LQQQCEQTVRILHAKVAQKSYGNEKRFFCPPPCVYLSGPGWRVKPGQDQAHQAGETGPTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LQQQCEQTVRILHAKVAQKSYGNEKRFFCPPPCVYLSGPGWRVKPGQDQAHQAGETGPTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 CGYMGLDSASGSATETQKLNFEQQPDSREFGCAKTLYISDADKRKHFRLVLRLVLRGGRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CGYMGLDSASGSATETQKLNFEQQPDSREFGCAKTLYISDADKRKHFRLVLRLVLRGGRE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 LGTFHSRLIKVISKPSQKKQSLKNTDLCISSGSKVSLFNRLRSQTVSTRYLSVEDGAFVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LGTFHSRLIKVISKPSQKKQSLKNTDLCISSGSKVSLFNRLRSQTVSTRYLSVEDGAFVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 SARQWAAFTLHLADGHSAQGDFPPREGYVRYGSLVQLVCTVTGITLPPMIIRKVAKQCAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SARQWAAFTLHLADGHSAQGDFPPREGYVRYGSLVQLVCTVTGITLPPMIIRKVAKQCAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 LDVDEPISQLHKCAFQFPGSPPGGGGTYLCLATEKVVQFQASPCPKEANRALLNDSSCWT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LDVDEPISQLHKCAFQFPGSPPGGGGTYLCLATEKVVQFQASPCPKEANRALLNDSSCWT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 IIGTESVEFSFSTSLACTLEPVTPVPLISTLELSGGGDVATLELHGENFHAGLKVWFGDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IIGTESVEFSFSTSLACTLEPVTPVPLISTLELSGGGDVATLELHGENFHAGLKVWFGDV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 EAETMYRSPRSLVCVVPDVAAFCSDWRWLRAPITIPMSLVRADGLFYPSAFSFTYTPEYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EAETMYRSPRSLVCVVPDVAAFCSDWRWLRAPITIPMSLVRADGLFYPSAFSFTYTPEYS
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KB9 VRPGHPGVPEPATDADALLESIHQEFTRTNFHLFIQT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VRPGHPGVPEPATDADALLESIHQEFTRTNFHLFIQT
490 500 510
>>CCDS63283.1 RBPJL gene_id:11317|Hs108|chr20 (516 aa)
initn: 3511 init1: 2896 opt: 3513 Z-score: 4036.6 bits: 756.5 E(32554): 1.6e-218
Smith-Waterman score: 3513; 99.8% identity (99.8% similar) in 517 aa overlap (1-517:1-516)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDPAGAADPSVPPNPLTHLSLQDRSEMQLQSEADRRSLPGTWTRSSPEHTTILRGGVRRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 MDPAGAADPSVPPNPLTHLSLQDRSEMQLQSEADRRSLPGTWTRSSPEHTTILRGGVRRC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LQQQCEQTVRILHAKVAQKSYGNEKRFFCPPPCVYLSGPGWRVKPGQDQAHQAGETGPTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 LQQQCEQTVRILHAKVAQKSYGNEKRFFCPPPCVYLSGPGWRVKPGQDQAHQAGETGPTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 CGYMGLDSASGSATETQKLNFEQQPDSREFGCAKTLYISDADKRKHFRLVLRLVLRGGRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 CGYMGLDSASGSATETQKLNFEQQPDSREFGCAKTLYISDADKRKHFRLVLRLVLRGGRE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 LGTFHSRLIKVISKPSQKKQSLKNTDLCISSGSKVSLFNRLRSQTVSTRYLSVEDGAFVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 LGTFHSRLIKVISKPSQKKQSLKNTDLCISSGSKVSLFNRLRSQTVSTRYLSVEDGAFVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 SARQWAAFTLHLADGHSAQGDFPPREGYVRYGSLVQLVCTVTGITLPPMIIRKVAKQCAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SARQWAAFTLHLADGHSAQGDFPPREGYVRYGSLVQLVCTVTGITLPPMIIRKVAKQCAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 LDVDEPISQLHKCAFQFPGSPPGGGGTYLCLATEKVVQFQASPCPKEANRALLNDSSCWT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 LDVDEPISQLHKCAFQFPGSPPGGGGTYLCLATEKVVQFQASPCPKEANRALLNDSSCWT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 IIGTESVEFSFSTSLACTLEPVTPVPLISTLELSGGGDVATLELHGENFHAGLKVWFGDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 IIGTESVEFSFSTSLACTLEPVTPVPLISTLELSGGGDVATLELHGENFHAGLKVWFGDV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 EAETMYRSPRSLVCVVPDVAAFCSDWRWLRAPITIPMSLVRADGLFYPSAFSFTYTPEYS
:::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 EAETMY-SPRSLVCVVPDVAAFCSDWRWLRAPITIPMSLVRADGLFYPSAFSFTYTPEYS
430 440 450 460 470
490 500 510
pF1KB9 VRPGHPGVPEPATDADALLESIHQEFTRTNFHLFIQT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 VRPGHPGVPEPATDADALLESIHQEFTRTNFHLFIQT
480 490 500 510
>>CCDS63284.1 RBPJL gene_id:11317|Hs108|chr20 (471 aa)
initn: 2903 init1: 2903 opt: 2903 Z-score: 3335.9 bits: 626.7 E(32554): 1.7e-179
Smith-Waterman score: 2903; 100.0% identity (100.0% similar) in 427 aa overlap (1-427:1-427)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MDPAGAADPSVPPNPLTHLSLQDRSEMQLQSEADRRSLPGTWTRSSPEHTTILRGGVRRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 MDPAGAADPSVPPNPLTHLSLQDRSEMQLQSEADRRSLPGTWTRSSPEHTTILRGGVRRC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LQQQCEQTVRILHAKVAQKSYGNEKRFFCPPPCVYLSGPGWRVKPGQDQAHQAGETGPTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 LQQQCEQTVRILHAKVAQKSYGNEKRFFCPPPCVYLSGPGWRVKPGQDQAHQAGETGPTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 CGYMGLDSASGSATETQKLNFEQQPDSREFGCAKTLYISDADKRKHFRLVLRLVLRGGRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 CGYMGLDSASGSATETQKLNFEQQPDSREFGCAKTLYISDADKRKHFRLVLRLVLRGGRE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 LGTFHSRLIKVISKPSQKKQSLKNTDLCISSGSKVSLFNRLRSQTVSTRYLSVEDGAFVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 LGTFHSRLIKVISKPSQKKQSLKNTDLCISSGSKVSLFNRLRSQTVSTRYLSVEDGAFVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 SARQWAAFTLHLADGHSAQGDFPPREGYVRYGSLVQLVCTVTGITLPPMIIRKVAKQCAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SARQWAAFTLHLADGHSAQGDFPPREGYVRYGSLVQLVCTVTGITLPPMIIRKVAKQCAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 LDVDEPISQLHKCAFQFPGSPPGGGGTYLCLATEKVVQFQASPCPKEANRALLNDSSCWT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 LDVDEPISQLHKCAFQFPGSPPGGGGTYLCLATEKVVQFQASPCPKEANRALLNDSSCWT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 IIGTESVEFSFSTSLACTLEPVTPVPLISTLELSGGGDVATLELHGENFHAGLKVWFGDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 IIGTESVEFSFSTSLACTLEPVTPVPLISTLELSGGGDVATLELHGENFHAGLKVWFGDV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 EAETMYRSPRSLVCVVPDVAAFCSDWRWLRAPITIPMSLVRADGLFYPSAFSFTYTPEYS
:::::::
CCDS63 EAETMYRYGVEPAVPGVRGAGRGGLLQRLALAARSHHNPHEPGARRRALLP
430 440 450 460 470
>>CCDS3436.1 RBPJ gene_id:3516|Hs108|chr4 (485 aa)
initn: 1356 init1: 682 opt: 1381 Z-score: 1586.1 bits: 303.0 E(32554): 5e-82
Smith-Waterman score: 1648; 54.8% identity (78.1% similar) in 438 aa overlap (47-483:11-437)
20 30 40 50 60 70
pF1KB9 THLSLQDRSEMQLQSEADRRSLPGTWTRSSPEHTTILRGGVRRCLQQQCEQTVRILHAKV
: . : ..: :... .::: ::::::
CCDS34 MGGCRKFGERPPPKRLTREAMRNYLKERGDQTVLILHAKV
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KB9 AQKSYGNEKRFFCPPPCVYLSGPGWRVKPGQDQAHQAGETGPTVCGYMGLDSASGSATET
:::::::::::::::::::: : ::. : : . .: :...:. . : :
CCDS34 AQKSYGNEKRFFCPPPCVYLMGSGWKKKKEQMERDGCSEQESQPCAFIGIGN---SDQEM
50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB9 QKLNFEQQPDSREFGCAKTLYISDADKRKHFRLVLRLVLRGGRELGTFHSRLIKVISKPS
:.::.: .... ::::::::.:::::: : ... .. ..:.: :. ::::::::
CCDS34 QQLNLE----GKNYCTAKTLYISDSDKRKHFMLSVKMFYGNSDDIGVFLSKRIKVISKPS
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 QKKQSLKNTDLCISSGSKVSLFNRLRSQTVSTRYLSVEDGAFVASARQWAAFTLHLADGH
.:::::::.::::.::.::.::::::::::::::: :: : : ::..::.:: .:: :
CCDS34 KKKQSLKNADLCIASGTKVALFNRLRSQTVSTRYLHVEGGNFHASSQQWGAFFIHLLDDD
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB9 SAQGD-FPPREGYVRYGSLVQLVCTVTGITLPPMIIRKVAKQCALLDVDEPISQLHKCAF
..:. : :.::..::. :.:::.:::..:: .::::: :: ::::.:.:.::::::::
CCDS34 ESEGEEFTVRDGYIHYGQTVKLVCSVTGMALPRLIIRKVDKQTALLDADDPVSQLHKCAF
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KB9 QFPGSPPGGGGTYLCLATEKVVQFQASPCPKEANRALLNDSSCWTIIGTESVEFSFSTSL
. . ::::. :...::::.::::: :. ..::.. ::::.:...:..: ..
CCDS34 YLKDTER----MYLCLSQERIIQFQATPCPKEPNKEMINDGASWTIISTDKAEYTFYEGM
280 290 300 310 320
380 390 400 410 420 430
pF1KB9 ACTLEPVTPVPLISTLELSGGGDVATLELHGENFHAGLKVWFGDVEAETMYRSPRSLVCV
. .: ::::::.. .:.:.:::::: ::: :.:: .:.::::::::::::: .:..::
CCDS34 GPVLAPVTPVPVVESLQLNGGGDVAMLELTGQNFTPNLRVWFGDVEAETMYRCGESMLCV
330 340 350 360 370 380
440 450 460 470 480 490
pF1KB9 VPDVAAFCSDWRWLRAPITIPMSLVRADGLFYPSAFSFTYTPEYSVRPGHPGVPEPATDA
:::..:: :::.: :. .:..::: ::..: ....:::::: . ::
CCDS34 VPDISAFREGWRWVRQPVQVPVTLVRNDGIIYSTSLTFTYTPEPGPRPHCSAAGAILRAN
390 400 410 420 430 440
500 510
pF1KB9 DALLESIHQEFTRTNFHLFIQT
CCDS34 SSQVPPNESNTNSEGSYTNASTNSTSVTSSTATVVS
450 460 470 480
>>CCDS33969.1 RBPJ gene_id:3516|Hs108|chr4 (486 aa)
initn: 1356 init1: 682 opt: 1381 Z-score: 1586.1 bits: 303.0 E(32554): 5e-82
Smith-Waterman score: 1648; 54.8% identity (78.1% similar) in 438 aa overlap (47-483:12-438)
20 30 40 50 60 70
pF1KB9 THLSLQDRSEMQLQSEADRRSLPGTWTRSSPEHTTILRGGVRRCLQQQCEQTVRILHAKV
: . : ..: :... .::: ::::::
CCDS33 MAWIKRKFGERPPPKRLTREAMRNYLKERGDQTVLILHAKV
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KB9 AQKSYGNEKRFFCPPPCVYLSGPGWRVKPGQDQAHQAGETGPTVCGYMGLDSASGSATET
:::::::::::::::::::: : ::. : : . .: :...:. . : :
CCDS33 AQKSYGNEKRFFCPPPCVYLMGSGWKKKKEQMERDGCSEQESQPCAFIGIGN---SDQEM
50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB9 QKLNFEQQPDSREFGCAKTLYISDADKRKHFRLVLRLVLRGGRELGTFHSRLIKVISKPS
:.::.: .... ::::::::.:::::: : ... .. ..:.: :. ::::::::
CCDS33 QQLNLE----GKNYCTAKTLYISDSDKRKHFMLSVKMFYGNSDDIGVFLSKRIKVISKPS
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 QKKQSLKNTDLCISSGSKVSLFNRLRSQTVSTRYLSVEDGAFVASARQWAAFTLHLADGH
.:::::::.::::.::.::.::::::::::::::: :: : : ::..::.:: .:: :
CCDS33 KKKQSLKNADLCIASGTKVALFNRLRSQTVSTRYLHVEGGNFHASSQQWGAFFIHLLDDD
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB9 SAQGD-FPPREGYVRYGSLVQLVCTVTGITLPPMIIRKVAKQCALLDVDEPISQLHKCAF
..:. : :.::..::. :.:::.:::..:: .::::: :: ::::.:.:.::::::::
CCDS33 ESEGEEFTVRDGYIHYGQTVKLVCSVTGMALPRLIIRKVDKQTALLDADDPVSQLHKCAF
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KB9 QFPGSPPGGGGTYLCLATEKVVQFQASPCPKEANRALLNDSSCWTIIGTESVEFSFSTSL
. . ::::. :...::::.::::: :. ..::.. ::::.:...:..: ..
CCDS33 YLKDTER----MYLCLSQERIIQFQATPCPKEPNKEMINDGASWTIISTDKAEYTFYEGM
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420 430
pF1KB9 ACTLEPVTPVPLISTLELSGGGDVATLELHGENFHAGLKVWFGDVEAETMYRSPRSLVCV
. .: ::::::.. .:.:.:::::: ::: :.:: .:.::::::::::::: .:..::
CCDS33 GPVLAPVTPVPVVESLQLNGGGDVAMLELTGQNFTPNLRVWFGDVEAETMYRCGESMLCV
340 350 360 370 380 390
440 450 460 470 480 490
pF1KB9 VPDVAAFCSDWRWLRAPITIPMSLVRADGLFYPSAFSFTYTPEYSVRPGHPGVPEPATDA
:::..:: :::.: :. .:..::: ::..: ....:::::: . ::
CCDS33 VPDISAFREGWRWVRQPVQVPVTLVRNDGIIYSTSLTFTYTPEPGPRPHCSAAGAILRAN
400 410 420 430 440 450
500 510
pF1KB9 DALLESIHQEFTRTNFHLFIQT
CCDS33 SSQVPPNESNTNSEGSYTNASTNSTSVTSSTATVVS
460 470 480
>>CCDS43219.1 RBPJ gene_id:3516|Hs108|chr4 (487 aa)
initn: 1356 init1: 682 opt: 1381 Z-score: 1586.1 bits: 303.0 E(32554): 5e-82
Smith-Waterman score: 1648; 54.8% identity (78.1% similar) in 438 aa overlap (47-483:13-439)
20 30 40 50 60 70
pF1KB9 THLSLQDRSEMQLQSEADRRSLPGTWTRSSPEHTTILRGGVRRCLQQQCEQTVRILHAKV
: . : ..: :... .::: ::::::
CCDS43 MAPVVTGKFGERPPPKRLTREAMRNYLKERGDQTVLILHAKV
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KB9 AQKSYGNEKRFFCPPPCVYLSGPGWRVKPGQDQAHQAGETGPTVCGYMGLDSASGSATET
:::::::::::::::::::: : ::. : : . .: :...:. . : :
CCDS43 AQKSYGNEKRFFCPPPCVYLMGSGWKKKKEQMERDGCSEQESQPCAFIGIGN---SDQEM
50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB9 QKLNFEQQPDSREFGCAKTLYISDADKRKHFRLVLRLVLRGGRELGTFHSRLIKVISKPS
:.::.: .... ::::::::.:::::: : ... .. ..:.: :. ::::::::
CCDS43 QQLNLE----GKNYCTAKTLYISDSDKRKHFMLSVKMFYGNSDDIGVFLSKRIKVISKPS
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 QKKQSLKNTDLCISSGSKVSLFNRLRSQTVSTRYLSVEDGAFVASARQWAAFTLHLADGH
.:::::::.::::.::.::.::::::::::::::: :: : : ::..::.:: .:: :
CCDS43 KKKQSLKNADLCIASGTKVALFNRLRSQTVSTRYLHVEGGNFHASSQQWGAFFIHLLDDD
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB9 SAQGD-FPPREGYVRYGSLVQLVCTVTGITLPPMIIRKVAKQCALLDVDEPISQLHKCAF
..:. : :.::..::. :.:::.:::..:: .::::: :: ::::.:.:.::::::::
CCDS43 ESEGEEFTVRDGYIHYGQTVKLVCSVTGMALPRLIIRKVDKQTALLDADDPVSQLHKCAF
220 230 240 250 260 270
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