Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB9638
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9638, 451 aa
1>>>pF1KB9638 451 - 451 aa - 451 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9144+/-0.000834; mu= 10.5481+/- 0.051
mean_var=285.5313+/-59.364, 0's: 0 Z-trim(116.8): 51 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.075901
statistics sampled from 17434 (17483) to 17434 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.8), E-opt: 0.2 (0.537), width: 16
Scan time: 3.090
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS30679.1 POU3F1 gene_id:5453|Hs108|chr1 ( 451) 3199 363.2 3e-100
CCDS33265.1 POU3F3 gene_id:5455|Hs108|chr2 ( 500) 1240 148.8 1.2e-35
CCDS5040.1 POU3F2 gene_id:5454|Hs108|chr6 ( 443) 1183 142.4 8.6e-34
CCDS14450.1 POU3F4 gene_id:5456|Hs108|chrX ( 361) 983 120.4 3e-27
CCDS8431.1 POU2F3 gene_id:25833|Hs108|chr11 ( 436) 701 89.7 6.6e-18
CCDS58190.1 POU2F3 gene_id:25833|Hs108|chr11 ( 438) 701 89.7 6.6e-18
CCDS55655.1 POU2F1 gene_id:5451|Hs108|chr1 ( 703) 672 86.8 7.9e-17
CCDS55656.1 POU2F1 gene_id:5451|Hs108|chr1 ( 755) 672 86.8 8.3e-17
CCDS1259.2 POU2F1 gene_id:5451|Hs108|chr1 ( 766) 672 86.8 8.3e-17
CCDS34391.1 POU5F1 gene_id:5460|Hs108|chr6 ( 360) 651 84.1 2.6e-16
CCDS55274.1 POU5F1B gene_id:5462|Hs108|chr8 ( 359) 634 82.2 9.5e-16
CCDS31996.1 POU4F1 gene_id:5457|Hs108|chr13 ( 419) 631 82.0 1.3e-15
CCDS46873.1 POU1F1 gene_id:5449|Hs108|chr3 ( 317) 610 79.5 5.4e-15
CCDS2919.1 POU1F1 gene_id:5449|Hs108|chr3 ( 291) 604 78.8 8.1e-15
CCDS34074.1 POU4F2 gene_id:5458|Hs108|chr4 ( 409) 526 70.5 3.7e-12
CCDS47398.2 POU5F1 gene_id:5460|Hs108|chr6 ( 190) 515 68.8 5.4e-12
CCDS4281.1 POU4F3 gene_id:5459|Hs108|chr5 ( 338) 508 68.4 1.3e-11
CCDS59489.1 POU5F2 gene_id:134187|Hs108|chr5 ( 328) 488 66.2 5.8e-11
>>CCDS30679.1 POU3F1 gene_id:5453|Hs108|chr1 (451 aa)
initn: 3199 init1: 3199 opt: 3199 Z-score: 1913.1 bits: 363.2 E(32554): 3e-100
Smith-Waterman score: 3199; 100.0% identity (100.0% similar) in 451 aa overlap (1-451:1-451)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MATTAQYLPRGPGGGAGGTGPLMHPDAAAAAAAAAAAERLHAGAAYREVQKLMHHEWLGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MATTAQYLPRGPGGGAGGTGPLMHPDAAAAAAAAAAAERLHAGAAYREVQKLMHHEWLGA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 GAGHPVGLAHPQWLPTGGGGGGDWAGGPHLEHGKAGGGGTGRADDGGGGGGFHARLVHQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GAGHPVGLAHPQWLPTGGGGGGDWAGGPHLEHGKAGGGGTGRADDGGGGGGFHARLVHQG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 AAHAGAAWAQGSTAHHLGPAMSPSPGASGGHQPQPLGLYAQAAYPGGGGGGLAGMLAAGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 AAHAGAAWAQGSTAHHLGPAMSPSPGASGGHQPQPLGLYAQAAYPGGGGGGLAGMLAAGG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 GGAGPGLHHALHEDGHEAQLEPSPPPHLGAHGHAHGHAHAGGLHAAAAHLHPGAGGGGSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GGAGPGLHHALHEDGHEAQLEPSPPPHLGAHGHAHGHAHAGGLHAAAAHLHPGAGGGGSS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 VGEHSDEDAPSSDDLEQFAKQFKQRRIKLGFTQADVGLALGTLYGNVFSQTTICRFEALQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VGEHSDEDAPSSDDLEQFAKQFKQRRIKLGFTQADVGLALGTLYGNVFSQTTICRFEALQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 LSFKNMCKLKPLLNKWLEETDSSSGSPTNLDKIAAQGRKRKKRTSIEVGVKGALESHFLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LSFKNMCKLKPLLNKWLEETDSSSGSPTNLDKIAAQGRKRKKRTSIEVGVKGALESHFLK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 CPKPSAHEITGLADSLQLEKEVVRVWFCNRRQKEKRMTPAAGAGHPPMDDVYAPGELGPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 CPKPSAHEITGLADSLQLEKEVVRVWFCNRRQKEKRMTPAAGAGHPPMDDVYAPGELGPG
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB9 GGGASPPSAPPPPPPAALHHHHHHTLPGSVQ
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GGGASPPSAPPPPPPAALHHHHHHTLPGSVQ
430 440 450
>>CCDS33265.1 POU3F3 gene_id:5455|Hs108|chr2 (500 aa)
initn: 1088 init1: 1008 opt: 1240 Z-score: 753.3 bits: 148.8 E(32554): 1.2e-35
Smith-Waterman score: 1281; 50.5% identity (64.3% similar) in 493 aa overlap (11-451:39-500)
10 20 30 40
pF1KB9 MATTAQYLPRGPGGGAGGTGPLMHPDAAAAAAAAAAAERL
: :::::: : :.: .::....: ..
CCDS33 YLPGNSLLAAGSIVHSDAAGAGGGGGGGGGGGGGGAGGGGGGMQPGSAAVTSGAYRGD--
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80
pF1KB9 HAGAAYREVQK-LMHHEWLGAGAGHPVGLAHPQW---LPTGGGGGG-----------DWA
.. . ::. .:. ....:: .. :: :: :: ...... :.
CCDS33 --PSSVKMVQSDFMQGAMAASNGGHMLSHAH-QWVTALPHAAAAAAAAAAAAVEASSPWS
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120
pF1KB9 GG---------------PHLEHGKAGGGGTGRADDGGGGGGFHARLV----------HQG
:. : .: ::.:: :: .: ..: : :::
CCDS33 GSAVGMAGSPQQPPQPPPPPPQGPDVKGGAGR-DDLHAGTALHHRGPPHLGPPPPPPHQG
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170
pF1KB9 AAHAGAAWAQGSTAHHLGPAMSPSPGASGGHQPQPLGL-YAQAAYPGGGGGGLAGMLAA-
. .: : ...: . : . :. .::.:: : .: :.: ::: . :::.:
CCDS33 HPGGWGAAAAAAAAAAAAAAAAHLPSMAGGQQPPPQSLLYSQ---PGGFT--VNGMLSAP
190 200 210 220 230
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 -----GGGGAGPGLHHALHEDGHEAQLEPSPPPHLGAHGHAHGHAHAGGLHAAAAHLHPG
:::::: : . .: : : : : : :.: : : : . : :
CCDS33 PGPGGGGGGAGGGAQSLVHP-GLVRGDTPELAEH-HHHHHHHAHPHPPHPHHAQGPPHHG
240 250 260 270 280 290
240 250 260 270 280
pF1KB9 AGGGGSSVG-----EHSDEDAPSSDDLEQFAKQFKQRRIKLGFTQADVGLALGTLYGNVF
.::::.. : :::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GGGGGAGPGLNSHDPHSDEDTPTSDDLEQFAKQFKQRRIKLGFTQADVGLALGTLYGNVF
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330 340
pF1KB9 SQTTICRFEALQLSFKNMCKLKPLLNKWLEETDSSSGSPTNLDKIAAQGRKRKKRTSIEV
:::::::::::::::::::::::::::::::.:::.::::..::::::::::::::::::
CCDS33 SQTTICRFEALQLSFKNMCKLKPLLNKWLEEADSSTGSPTSIDKIAAQGRKRKKRTSIEV
360 370 380 390 400 410
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 GVKGALESHFLKCPKPSAHEITGLADSLQLEKEVVRVWFCNRRQKEKRMTPAAGAGHPPM
.:::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::: . . :
CCDS33 SVKGALESHFLKCPKPSAQEITNLADSLQLEKEVVRVWFCNRRQKEKRMTPPGIQQQTP-
420 430 440 450 460 470
410 420 430 440 450
pF1KB9 DDVYAPGELGPGGGGASPPSAPPPPPPAALHHHHHHTLPGSVQ
::::. ..: :: ::: :: : :::
CCDS33 DDVYS--QVGT-------VSADTPPP--------HHGLQTSVQ
480 490 500
>>CCDS5040.1 POU3F2 gene_id:5454|Hs108|chr6 (443 aa)
initn: 1163 init1: 995 opt: 1183 Z-score: 720.2 bits: 142.4 E(32554): 8.6e-34
Smith-Waterman score: 1238; 51.1% identity (65.0% similar) in 460 aa overlap (22-427:11-441)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MATTAQYLPRGPGGGAGGTGPLMHPDAAAAAAAAAAAERLHAGAAYREVQKLMHHEWLGA
:. .:. . : .. . ::. :::.:.:.. .. ::
CCDS50 MATAASNHYSLLTSSASIVHAEPPGGMQQGAGG-YREAQSLVQGDY-GA
10 20 30 40
70 80 90 100
pF1KB9 --GAGHPVGLAHPQW---LPTGGGGGGDWAGGPHLEHGKAGGGGT---------------
. :::.. :: :: : :::::: .:: : .:: :.
CCDS50 LQSNGHPLSHAH-QWITALSHGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGDGSPWSTSPLGQPDIKPS
50 60 70 80 90 100
110 120
pF1KB9 ------GRADDGGGGGGFHAR--------------------------LVHQGAAH--AGA
::.:. : :... . :::..: : . .
CCDS50 VVVQQGGRGDELHGPGALQQQHQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQRPPHLVHHAANHHPGPG
110 120 130 140 150 160
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 AWAQGSTAHHLGPAMSPSPGASGGHQPQPLGLYAQAAYPGGGGGGLAGMLAAGGGGAGPG
:: ....: :: :.: :::.: ::.: .. . :::.::: : :
CCDS50 AWRSAAAAAHLPPSM----GASNGGL-----LYSQPSFT------VNGMLGAGGQPA--G
170 180 190 200
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 LHHALHEDGHEAQLEPSPPPHLGAHGHAHGHAHAGGLHAAAAHLHPGAGGGGSSVGEHSD
::: .:.:. : : : : :.: : . :: :. . :::
CCDS50 LHHHGLRDAHDE------PHHADHHPHPHSHPHQQPPPPPPPQGPPGHPGAHHD--PHSD
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 EDAPSSDDLEQFAKQFKQRRIKLGFTQADVGLALGTLYGNVFSQTTICRFEALQLSFKNM
::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 EDTPTSDDLEQFAKQFKQRRIKLGFTQADVGLALGTLYGNVFSQTTICRFEALQLSFKNM
270 280 290 300 310 320
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 CKLKPLLNKWLEETDSSSGSPTNLDKIAAQGRKRKKRTSIEVGVKGALESHFLKCPKPSA
:::::::::::::.::::::::..::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
CCDS50 CKLKPLLNKWLEEADSSSGSPTSIDKIAAQGRKRKKRTSIEVSVKGALESHFLKCPKPSA
330 340 350 360 370 380
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 HEITGLADSLQLEKEVVRVWFCNRRQKEKRMTPAAGAGHPPMDDVYAPGELGPGGGGASP
.:::.:::::::::::::::::::::::::::: .:. : .:::. .. : :..
CCDS50 QEITSLADSLQLEKEVVRVWFCNRRQKEKRMTPPGGT-LPGAEDVYGGSRDTPPHHGVQT
390 400 410 420 430 440
430 440 450
pF1KB9 PSAPPPPPPAALHHHHHHTLPGSVQ
:
CCDS50 PVQ
>>CCDS14450.1 POU3F4 gene_id:5456|Hs108|chrX (361 aa)
initn: 1035 init1: 963 opt: 983 Z-score: 602.8 bits: 120.4 E(32554): 3e-27
Smith-Waterman score: 1064; 52.1% identity (68.4% similar) in 376 aa overlap (40-413:25-349)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 RGPGGGAGGTGPLMHPDAAAAAAAAAAAERLHAGAAYREVQKLMHHEWL-GAGA-GHPVG
.. :. .:. :::.. ..: :. . :::.:
CCDS14 MATAASNPYSILSSTSLVHADSAGMQQGSPFRNPQKLLQSDYLQGVPSNGHPLG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 LAHPQWLPTGGGGGGDWAGGPHLEHGKAGGGGTGRADDGGGGGGFHARLVHQGAAHAGAA
: .:. :. . :: :.. :: : :. ..:. . :. :
CCDS14 --H-HWV-TSLSDGGPWSSTLATSPLDQQDVKPGREDLQLGA------IIHHRSPHV--A
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 WAQGSTAHHLGPAMSPSPGASGGHQPQPLGLYAQAAYPGGGGGGLAGMLAAGGGGAGPGL
. : : . . ::.:. : . :::..:.: :: ..::: :: :.
CCDS14 HHSPHTNHPNAWGASPAPNPSITSSGQPLNVYSQ---PG---FTVSGMLEHGGLTPPPAA
110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 HHALHEDGHEAQLEPSPPPHLGAHGHAHGHAHAGGLHAAAAHLHPGAGGGGSSVGEHSDE
: .. : . :: .::.: : . .::::
CCDS14 ASA--QSLHPVLREPPDHGELGSH-HCQ---------------------------DHSDE
160 170 180
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 DAPSSDDLEQFAKQFKQRRIKLGFTQADVGLALGTLYGNVFSQTTICRFEALQLSFKNMC
..:.::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ETPTSDELEQFAKQFKQRRIKLGFTQADVGLALGTLYGNVFSQTTICRFEALQLSFKNMC
190 200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 KLKPLLNKWLEETDSSSGSPTNLDKIAAQGRKRKKRTSIEVGVKGALESHFLKCPKPSAH
::::::::::::.:::.::::..::::::::::::::::::.:::.::.::::::::.:.
CCDS14 KLKPLLNKWLEEADSSTGSPTSIDKIAAQGRKRKKRTSIEVSVKGVLETHFLKCPKPAAQ
250 260 270 280 290 300
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 EITGLADSLQLEKEVVRVWFCNRRQKEKRMTPAAGAGHPPMDDVYAPGELGPGGGGASPP
::..:::::::::::::::::::::::::::: : .: .::.
CCDS14 EISSLADSLQLEKEVVRVWFCNRRQKEKRMTPP-GDQQP--HEVYSHTVKTDTSCHDL
310 320 330 340 350 360
430 440 450
pF1KB9 SAPPPPPPAALHHHHHHTLPGSVQ
>>CCDS8431.1 POU2F3 gene_id:25833|Hs108|chr11 (436 aa)
initn: 705 init1: 383 opt: 701 Z-score: 435.0 bits: 89.7 E(32554): 6.6e-18
Smith-Waterman score: 707; 49.1% identity (67.6% similar) in 275 aa overlap (184-450:142-379)
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 QPLGLYAQAAYPGGGGGGLAGMLAAGGGGAGPGLHHALHEDGHEAQLEPSPPPHLGAHGH
:::: : . :: . : ::: : :
CCDS84 LSQTQPGQQGLQPNLLPFPQQQSGLLLPQTGPGL--ASQAFGHPGLPGSSLEPHLEASQH
120 130 140 150 160
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 AHGHAHAGGLHAAAAHLHPGAGGGGSSVGEHSDEDAPSS-DDLEQFAKQFKQRRIKLGFT
. :: :..::. : ::. ..::.::: :::::::::::
CCDS84 L----------PVPKHL-PSSGGA----------DEPSDLEELEKFAKTFKQRRIKLGFT
170 180 190 200
280 290 300 310 320
pF1KB9 QADVGLALGTLYGNVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLKPLLNKWLEE-----TDSSSGSP
:.:::::.: :::: :::::: :::::.:::::::::::::.:::.. .: : ..:
CCDS84 QGDVGLAMGKLYGNDFSQTTISRFEALNLSFKNMCKLKPLLEKWLNDAESSPSDPSVSTP
210 220 230 240 250 260
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 TNLDKIAAQ-GRKRKKRTSIEVGVKGALESHFLKCPKPSAHEITGLADSLQLEKEVVRVW
.. ... :::::::::::.... .::..: ::::..::. .:..:..::::::::
CCDS84 SSYPSLSEVFGRKRKKRTSIETNIRLTLEKRFQDNPKPSSEEISMIAEQLSMEKEVVRVW
270 280 290 300 310 320
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 FCNRRQKEKRMT-PAAGAGHPPMDDVYAPGELGPGGGGASPPSAPPPPPPAALHHHHHHT
::::::::::.. :.: .:: :: ..:.:. .: :.:: : :
CCDS84 FCNRRQKEKRINCPVATPIKPP---VYNSRLVSPSGS-LGPLSVPPV----------HST
330 340 350 360 370
450
pF1KB9 LPGSVQ
.::.:
CCDS84 MPGTVTSSCSPGNNSRPSSPGSGLHASSPTASQNNSKAAVNSASSFNSSGSWYRWNHSTY
380 390 400 410 420 430
>>CCDS58190.1 POU2F3 gene_id:25833|Hs108|chr11 (438 aa)
initn: 705 init1: 383 opt: 701 Z-score: 435.0 bits: 89.7 E(32554): 6.6e-18
Smith-Waterman score: 707; 49.1% identity (67.6% similar) in 275 aa overlap (184-450:144-381)
160 170 180 190 200 210
pF1KB9 QPLGLYAQAAYPGGGGGGLAGMLAAGGGGAGPGLHHALHEDGHEAQLEPSPPPHLGAHGH
:::: : . :: . : ::: : :
CCDS58 LSQTQPGQQGLQPNLLPFPQQQSGLLLPQTGPGL--ASQAFGHPGLPGSSLEPHLEASQH
120 130 140 150 160 170
220 230 240 250 260 270
pF1KB9 AHGHAHAGGLHAAAAHLHPGAGGGGSSVGEHSDEDAPSS-DDLEQFAKQFKQRRIKLGFT
. :: :..::. : ::. ..::.::: :::::::::::
CCDS58 L----------PVPKHL-PSSGGA----------DEPSDLEELEKFAKTFKQRRIKLGFT
180 190 200 210
280 290 300 310 320
pF1KB9 QADVGLALGTLYGNVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLKPLLNKWLEE-----TDSSSGSP
:.:::::.: :::: :::::: :::::.:::::::::::::.:::.. .: : ..:
CCDS58 QGDVGLAMGKLYGNDFSQTTISRFEALNLSFKNMCKLKPLLEKWLNDAESSPSDPSVSTP
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KB9 TNLDKIAAQ-GRKRKKRTSIEVGVKGALESHFLKCPKPSAHEITGLADSLQLEKEVVRVW
.. ... :::::::::::.... .::..: ::::..::. .:..:..::::::::
CCDS58 SSYPSLSEVFGRKRKKRTSIETNIRLTLEKRFQDNPKPSSEEISMIAEQLSMEKEVVRVW
280 290 300 310 320 330
390 400 410 420 430 440
pF1KB9 FCNRRQKEKRMT-PAAGAGHPPMDDVYAPGELGPGGGGASPPSAPPPPPPAALHHHHHHT
::::::::::.. :.: .:: :: ..:.:. .: :.:: : :
CCDS58 FCNRRQKEKRINCPVATPIKPP---VYNSRLVSPSGS-LGPLSVPPV----------HST
340 350 360 370
450
pF1KB9 LPGSVQ
.::.:
CCDS58 MPGTVTSSCSPGNNSRPSSPGSGLHASSPTASQNNSKAAVNSASSFNSSGSWYRWNHSTY
380 390 400 410 420 430
>>CCDS55655.1 POU2F1 gene_id:5451|Hs108|chr1 (703 aa)
initn: 714 init1: 371 opt: 672 Z-score: 415.6 bits: 86.8 E(32554): 7.9e-17
Smith-Waterman score: 677; 54.4% identity (77.7% similar) in 206 aa overlap (232-428:225-426)
210 220 230 240 250 260
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: . . . . : :. . ..::::::
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270 280 290 300 310
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260 270 280 290 300 310
320 330 340 350 360 370
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320 330 340 350 360 370
380 390 400 410 420 430
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CCDS55 QLNMEKEVIRVWFCNRRQKEKRINPPSSGGTSSSPIKAIF-PS---PTSLVATTPSLVTS
380 390 400 410 420 430
440 450
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440 450 460 470 480 490
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Smith-Waterman score: 677; 54.4% identity (77.7% similar) in 206 aa overlap (232-428:277-478)
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 PSPPPHLGAHGHAHGHAHAGGLHAAAAHLHPGAGGGGSSVGEHSDEDAPSSDDLEQFAKQ
: . . . . : :. . ..::::::
CCDS55 NLLQSQPSITLTSQPATPTRTIAATPIQTLPQSQSTPKRIDTPSLEEPSDLEELEQFAKT
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270 280 290 300 310
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::::::::::::.:::::.: :::: :::::: :::::.:::::::::::::.:::..
CCDS55 FKQRRIKLGFTQGDVGLAMGKLYGNDFSQTTISRFEALNLSFKNMCKLKPLLEKWLNDAE
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CCDS55 NLSSDSSLSSPSALNSPGIEGLSRRRKKRTSIETNIRVALEKSFLENQKPTSEEITMIAD
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440 450
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>>CCDS1259.2 POU2F1 gene_id:5451|Hs108|chr1 (766 aa)
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Smith-Waterman score: 677; 54.4% identity (77.7% similar) in 206 aa overlap (232-428:288-489)
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 PSPPPHLGAHGHAHGHAHAGGLHAAAAHLHPGAGGGGSSVGEHSDEDAPSSDDLEQFAKQ
: . . . . : :. . ..::::::
CCDS12 NLLQSQPSITLTSQPATPTRTIAATPIQTLPQSQSTPKRIDTPSLEEPSDLEELEQFAKT
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300 310
pF1KB9 FKQRRIKLGFTQADVGLALGTLYGNVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLKPLLNKWLEE--
::::::::::::.:::::.: :::: :::::: :::::.:::::::::::::.:::..
CCDS12 FKQRRIKLGFTQGDVGLAMGKLYGNDFSQTTISRFEALNLSFKNMCKLKPLLEKWLNDAE
320 330 340 350 360 370
320 330 340 350 360 370
pF1KB9 ---TDSSSGSPTNLDKIAAQG--RKRKKRTSIEVGVKGALESHFLKCPKPSAHEITGLAD
.::: .::. :.. . .: :.::::::::.... :::. ::. ::...::: .::
CCDS12 NLSSDSSLSSPSALNSPGIEGLSRRRKKRTSIETNIRVALEKSFLENQKPTSEEITMIAD
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380 390 400 410 420 430
pF1KB9 SLQLEKEVVRVWFCNRRQKEKRMTP--AAGAGHPPMDDVYAPGELGPGGGGASPPSAPPP
.:..::::.:::::::::::::..: ..:.. :. .. :. : . :. ::
CCDS12 QLNMEKEVIRVWFCNRRQKEKRINPPSSGGTSSSPIKAIF-PS---PTSLVATTPSLVTS
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440 450
pF1KB9 PPPAALHHHHHHTLPGSVQ
CCDS12 SAATTLTVSPVLPLTSAAVTNLSVTGTSDTTSNNTATVISTAPPASSAVTSPSLSPSPSA
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>>CCDS34391.1 POU5F1 gene_id:5460|Hs108|chr6 (360 aa)
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Smith-Waterman score: 691; 43.3% identity (62.6% similar) in 321 aa overlap (159-432:9-318)
130 140 150 160 170
pF1KB9 AQGSTAHHLGPAMSPSPGASGGHQPQPLGLYAQAAYPGGGGGGLAG----------MLAA
.: . ::::: : .: :.
CCDS34 MAGHLASDFAFSPPPGGGGDGPGGPEPGWVDPRTWLSF
10 20 30
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 GGGGAGPGLHHALHEDGHEAQLEPSPPPHLGAHGHAH-------GHAHAGGLHAAAAHLH
: .:::. .. .. . : :::. : :. : . :::... . .
CCDS34 QGPPGGPGIGPGVGPGSEVWGIPPCPPPYEFCGGMAYCGPQVGVGLVPQGGLETSQPEGE
40 50 60 70 80 90
240 250 260
pF1KB9 PGAGGGGSSVGEHSD----------------EDAP--SSD------DLEQFAKQFKQRRI
:.: ..: : . :. : :.: .:::::: .::.::
CCDS34 AGVGVESNSDGASPEPCTVTPGAVKLEKEKLEQNPEESQDIKALQKELEQFAKLLKQKRI
100 110 120 130 140 150
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::.:::::::.::.:.:.:::::::::::::::::::::::.:::.::.::.:..
CCDS34 TLGYTQADVGLTLGVLFGKVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNE---
160 170 180 190 200 210
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pF1KB9 TNLDKIA-----AQGRKRKKRTSIEVGVKGALESHFLKCPKPSAHEITGLADSLQLEKEV
::..: .:.:::: ::::: :.: ::. ::.::::. ..:. .:..: :::.:
CCDS34 -NLQEICKAETLVQARKRK-RTSIENRVRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDV
220 230 240 250 260 270
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]