Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8971
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8971, 362 aa
1>>>pF1KB8971 362 - 362 aa - 362 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8418+/-0.000706; mu= 20.3921+/- 0.043
mean_var=99.3480+/-24.925, 0's: 0 Z-trim(111.3): 237 B-trim: 1411 in 2/49
Lambda= 0.128675
statistics sampled from 11957 (12278) to 11957 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.726), E-opt: 0.2 (0.377), width: 16
Scan time: 3.270
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11435.1 CCR10 gene_id:2826|Hs108|chr17 ( 362) 2364 449.0 2.9e-126
CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 368) 735 146.6 3.2e-35
CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 415) 735 146.7 3.4e-35
CCDS77026.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 372) 734 146.4 3.6e-35
CCDS11369.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 378) 734 146.4 3.7e-35
CCDS3075.1 ACKR4 gene_id:51554|Hs108|chr3 ( 350) 681 136.6 3.2e-32
CCDS2733.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 357) 661 132.9 4.3e-31
CCDS2732.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 369) 661 132.9 4.4e-31
CCDS5298.1 CCR6 gene_id:1235|Hs108|chr6 ( 374) 650 130.8 1.8e-30
CCDS8402.1 CXCR5 gene_id:643|Hs108|chr11 ( 372) 621 125.5 7.5e-29
CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 ( 352) 586 118.9 6.6e-27
CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 ( 355) 581 118.0 1.3e-26
CCDS46420.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 352) 571 116.1 4.5e-26
CCDS33295.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 356) 571 116.1 4.6e-26
CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 ( 360) 568 115.6 6.7e-26
CCDS2706.1 ACKR2 gene_id:1238|Hs108|chr3 ( 384) 567 115.4 8e-26
CCDS2408.1 CXCR2 gene_id:3579|Hs108|chr2 ( 360) 562 114.5 1.5e-25
CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 355) 552 112.6 5.2e-25
CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 376) 552 112.7 5.4e-25
CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 360) 550 112.3 6.8e-25
CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 374) 548 111.9 9.1e-25
CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2 ( 350) 542 110.8 1.9e-24
CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 355) 499 102.8 4.8e-22
CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 387) 499 102.8 5.1e-22
CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 ( 355) 471 97.6 1.8e-20
CCDS2516.1 ACKR3 gene_id:57007|Hs108|chr2 ( 362) 463 96.1 5e-20
CCDS13944.1 SSTR3 gene_id:6753|Hs108|chr22 ( 418) 455 94.7 1.5e-19
CCDS2735.1 CXCR6 gene_id:10663|Hs108|chr3 ( 342) 450 93.7 2.6e-19
CCDS8220.1 P2RY6 gene_id:5031|Hs108|chr11 ( 328) 441 92.0 8e-19
CCDS1405.1 GPR25 gene_id:2848|Hs108|chr1 ( 361) 423 88.7 8.6e-18
CCDS9625.2 LTB4R2 gene_id:56413|Hs108|chr14 ( 358) 412 86.6 3.5e-17
CCDS6151.1 NPBWR1 gene_id:2831|Hs108|chr8 ( 328) 404 85.1 9.3e-17
CCDS329.1 OPRD1 gene_id:4985|Hs108|chr1 ( 372) 404 85.2 1e-16
CCDS9626.1 LTB4R gene_id:1241|Hs108|chr14 ( 352) 403 85.0 1.1e-16
CCDS10429.1 SSTR5 gene_id:6755|Hs108|chr16 ( 364) 399 84.2 1.9e-16
CCDS9666.1 SSTR1 gene_id:6751|Hs108|chr14 ( 391) 399 84.3 2e-16
CCDS5299.1 GPR31 gene_id:2853|Hs108|chr6 ( 319) 396 83.6 2.6e-16
CCDS14398.1 P2RY4 gene_id:5030|Hs108|chrX ( 365) 392 82.9 4.7e-16
CCDS8219.1 P2RY2 gene_id:5029|Hs108|chr11 ( 377) 390 82.6 6.1e-16
CCDS14569.1 AGTR2 gene_id:186|Hs108|chrX ( 363) 388 82.2 7.8e-16
CCDS42856.1 SSTR4 gene_id:6754|Hs108|chr20 ( 388) 388 82.2 8.1e-16
CCDS3169.1 P2RY1 gene_id:5028|Hs108|chr3 ( 373) 385 81.6 1.2e-15
CCDS2148.1 GPR17 gene_id:2840|Hs108|chr2 ( 367) 383 81.3 1.5e-15
CCDS9942.1 BDKRB2 gene_id:624|Hs108|chr14 ( 391) 378 80.4 2.9e-15
CCDS1124.1 RXFP4 gene_id:339403|Hs108|chr1 ( 374) 376 80.0 3.7e-15
CCDS3137.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 359) 374 79.6 4.7e-15
CCDS82855.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 388) 374 79.6 4.9e-15
CCDS82854.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 394) 374 79.6 5e-15
CCDS55069.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 389) 368 78.5 1.1e-14
CCDS47508.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 392) 368 78.5 1.1e-14
>>CCDS11435.1 CCR10 gene_id:2826|Hs108|chr17 (362 aa)
initn: 2364 init1: 2364 opt: 2364 Z-score: 2380.3 bits: 449.0 E(32554): 2.9e-126
Smith-Waterman score: 2364; 100.0% identity (100.0% similar) in 362 aa overlap (1-362:1-362)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MGTEATEQVSWGHYSGDEEDAYSAEPLPELCYKADVQAFSRAFQPSVSLTVAALGLAGNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MGTEATEQVSWGHYSGDEEDAYSAEPLPELCYKADVQAFSRAFQPSVSLTVAALGLAGNG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 LVLATHLAARRAARSPTSAHLLQLALADLLLALTLPFAAAGALQGWSLGSATCRTISGLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LVLATHLAARRAARSPTSAHLLQLALADLLLALTLPFAAAGALQGWSLGSATCRTISGLY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SASFHAGFLFLACISADRYVAIARALPAGPRPSTPGRAHLVSVIVWLLSLLLALPALLFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SASFHAGFLFLACISADRYVAIARALPAGPRPSTPGRAHLVSVIVWLLSLLLALPALLFS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QDGQREGQRRCRLIFPEGLTQTVKGASAVAQVALGFALPLGVMVACYALLGRTLLAARGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QDGQREGQRRCRLIFPEGLTQTVKGASAVAQVALGFALPLGVMVACYALLGRTLLAARGP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 ERRRALRVVVALVAAFVVLQLPYSLALLLDTADLLAARERSCPASKRKDVALLVTSGLAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ERRRALRVVVALVAAFVVLQLPYSLALLLDTADLLAARERSCPASKRKDVALLVTSGLAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 ARCGLNPVLYAFLGLRFRQDLRRLLRGGSCPSGPQPRRGCPRRPRLSSCSAPTETHSLSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ARCGLNPVLYAFLGLRFRQDLRRLLRGGSCPSGPQPRRGCPRRPRLSSCSAPTETHSLSW
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 DN
::
CCDS11 DN
>>CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX (368 aa)
initn: 638 init1: 345 opt: 735 Z-score: 745.9 bits: 146.6 E(32554): 3.2e-35
Smith-Waterman score: 735; 41.1% identity (65.4% similar) in 350 aa overlap (14-360:29-365)
10 20 30 40
pF1KB8 MGTEATEQVSWGHYSGDEEDAYSAEPLPELCYKADVQAFSRAFQP
:. .: :. . : : : . :.::: :
CCDS14 MVLEVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSP-P--CPQDFSLNFDRAFLP
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 SVSLTVAALGLAGNGLVLATHLAARRAARSPTSAHLLQLALADLLLALTLPFAAAGALQG
.. . ::: ::: : :. : .::.: : :.. ::.::.:: ::.::::. :. :
CCDS14 ALYSLLFLLGLLGNGAVAAV-LLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAAVQ
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 WSLGSATCRTISGLYSASFHAGFLFLACISADRYVAIARALPAGPRPSTPGRAHLVSVIV
: .::. :.. ..:.. .:.:: :.::::: :::. :..: : . :.:. :. . :
CCDS14 WVFGSGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLY-RRGPPARVTLTCLAV
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 WLLSLLLALPALLF--SQDGQREGQRRCRLIFPEGLTQTVKGASAVAQVALGFALPLGVM
: : ::.::: ..: .. .: . .:. :: :. . : : :.. :: ::: ::
CCDS14 WGLCLLFALPDFIFLSAHHDERLNATHCQYNFP----QVGRTALRVLQLVAGFLLPLLVM
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 VACYALLGRTLLAARGPERRRALRVVVALVAAFVVLQLPYSLALLLDTADLLAARERSCP
. ::: . .::..:: .: ::.:.::..:.::.. :: :..:.: :.: :.:
CCDS14 AYCYAHILAVLLVSRGQRRLRAMRLVVVVVVAFALCWTPYHLVVLVDILMDLGALARNCG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 ASKRKDVALLVTSGLALARCGLNPVLYAFLGLRFRQDLRRLLRGGSCPSGPQPRRGCPRR
.: ::: :::::. .: :::.::::.:..::. . :: .::. .:: :.
CCDS14 RESRVDVAKSVTSGLGYMHCCLNPLLYAFVGVKFRERMWMLLLRLGCPN----QRGLQRQ
300 310 320 330 340
350 360
pF1KB8 PRLSSC-SAPTETHSLSWDN
: : :. .:: :.
CCDS14 PSSSRRDSSWSETSEASYSGL
350 360
>>CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX (415 aa)
initn: 616 init1: 345 opt: 735 Z-score: 745.3 bits: 146.7 E(32554): 3.4e-35
Smith-Waterman score: 735; 41.1% identity (65.4% similar) in 350 aa overlap (14-360:76-412)
10 20 30 40
pF1KB8 MGTEATEQVSWGHYSGDEEDAYSAEPLPELCYKADVQAFSRAF
:. .: :. . : : : . :.:::
CCDS48 PFPPSQVSDHQVLNDAEVAALLENFSSSYDYGENESDSCCTSP-P--CPQDFSLNFDRAF
50 60 70 80 90 100
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 QPSVSLTVAALGLAGNGLVLATHLAARRAARSPTSAHLLQLALADLLLALTLPFAAAGAL
:.. . ::: ::: : :. : .::.: : :.. ::.::.:: ::.::::. :. :
CCDS48 LPALYSLLFLLGLLGNGAVAAV-LLSRRTALSSTDTFLLHLAVADTLLVLTLPLWAVDAA
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 QGWSLGSATCRTISGLYSASFHAGFLFLACISADRYVAIARALPAGPRPSTPGRAHLVSV
: .::. :.. ..:.. .:.:: :.::::: :::. :..: : . :.:. :. .
CCDS48 VQWVFGSGLCKVAGALFNINFYAGALLLACISFDRYLNIVHATQLY-RRGPPARVTLTCL
170 180 190 200 210 220
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 IVWLLSLLLALPALLF--SQDGQREGQRRCRLIFPEGLTQTVKGASAVAQVALGFALPLG
:: : ::.::: ..: .. .: . .:. :: :. . : : :.. :: :::
CCDS48 AVWGLCLLFALPDFIFLSAHHDERLNATHCQYNFP----QVGRTALRVLQLVAGFLLPLL
230 240 250 260 270
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 VMVACYALLGRTLLAARGPERRRALRVVVALVAAFVVLQLPYSLALLLDTADLLAARERS
::. ::: . .::..:: .: ::.:.::..:.::.. :: :..:.: :.: :.
CCDS48 VMAYCYAHILAVLLVSRGQRRLRAMRLVVVVVVAFALCWTPYHLVVLVDILMDLGALARN
280 290 300 310 320 330
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 CPASKRKDVALLVTSGLALARCGLNPVLYAFLGLRFRQDLRRLLRGGSCPSGPQPRRGCP
: .: ::: :::::. .: :::.::::.:..::. . :: .::. .::
CCDS48 CGRESRVDVAKSVTSGLGYMHCCLNPLLYAFVGVKFRERMWMLLLRLGCPN----QRGLQ
340 350 360 370 380 390
350 360
pF1KB8 RRPRLSSC-SAPTETHSLSWDN
:.: : :. .:: :.
CCDS48 RQPSSSRRDSSWSETSEASYSGL
400 410
>>CCDS77026.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 (372 aa)
initn: 589 init1: 505 opt: 734 Z-score: 744.8 bits: 146.4 E(32554): 3.6e-35
Smith-Waterman score: 734; 41.0% identity (67.8% similar) in 332 aa overlap (30-355:41-366)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MGTEATEQVSWGHYSGDEEDAYSAEPLPELCYKADVQAFSRAFQPSVSLTVAALGLAGN
:: : ::. :. : : . . .:: ::
CCDS77 VIFQVCLCQDEVTDDYIGDNTTVDYTLFESLCSKKDVRNFKAWFLPIMYSIICFVGLLGN
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 GLVLATHLAARRAARSPTSAHLLQLALADLLLALTLPFAAAGALQGWSLGSATCRTISGL
:::. :.. .: .. :...::.::.::.:. ::::: : .: ..: .: :. : ..
CCDS77 GLVVLTYIYFKRL-KTMTDTYLLNLAVADILFLLTLPFWAYSAAKSWVFGVHFCKLIFAI
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120 130 140 150 160 170
pF1KB8 YSASFHAGFLFLACISADRYVAIARALPAG-PRPSTPGRAHLVSVIVWLLSLLLALPALL
:. :: .:.:.: ::: ::::::..:. : : . ..: : .:.:. .:..: ::
CCDS77 YKMSFFSGMLLLLCISIDRYVAIVQAVSAHRHRARVLLISKLSCVGIWILATVLSIPELL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 FSQDGQR---EGQRRCRLIFPEGLTQTVKGASAVAQVALGFALPLGVMVACYALLGRTLL
.: : :: : :: :: : . . . :::...:: .:: .: :: .. ::::
CCDS77 YS-DLQRSSSEQAMRCSLI-TEHVEAFI--TIQVAQMVIGFLVPLLAMSFCYLVIIRTLL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 AARGPERRRALRVVVALVAAFVVLQLPYSLALLLDTADLLAARERSCPASKRKDVALLVT
::. :: .:..:..:.:..:.:.::::. ..: .:. . .: ::. ..: ::
CCDS77 QARNFERNKAIKVIIAVVVVFIVFQLPYNGVVLAQTVANFNITSSTCELSKQLNIAYDVT
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 SGLALARCGLNPVLYAFLGLRFRQDLRRLLRGGSCPSGPQPRR--GCPRRPRLSSCSAPT
.:: .:: .:: ::::.:..::.:: .:.. .: : : :. .: :. : :: :. .
CCDS77 YSLACVRCCVNPFLYAFIGVKFRNDLFKLFKDLGCLSQEQLRQWSSC-RHIRRSSMSVEA
310 320 330 340 350 360
360
pF1KB8 ETHSLSWDN
::
CCDS77 ETTTTFSP
370
>>CCDS11369.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 (378 aa)
initn: 589 init1: 505 opt: 734 Z-score: 744.7 bits: 146.4 E(32554): 3.7e-35
Smith-Waterman score: 734; 41.0% identity (67.8% similar) in 332 aa overlap (30-355:47-372)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MGTEATEQVSWGHYSGDEEDAYSAEPLPELCYKADVQAFSRAFQPSVSLTVAALGLAGN
:: : ::. :. : : . . .:: ::
CCDS11 VIFQVCLCQDEVTDDYIGDNTTVDYTLFESLCSKKDVRNFKAWFLPIMYSIICFVGLLGN
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 GLVLATHLAARRAARSPTSAHLLQLALADLLLALTLPFAAAGALQGWSLGSATCRTISGL
:::. :.. .: .. :...::.::.::.:. ::::: : .: ..: .: :. : ..
CCDS11 GLVVLTYIYFKRL-KTMTDTYLLNLAVADILFLLTLPFWAYSAAKSWVFGVHFCKLIFAI
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 YSASFHAGFLFLACISADRYVAIARALPAG-PRPSTPGRAHLVSVIVWLLSLLLALPALL
:. :: .:.:.: ::: ::::::..:. : : . ..: : .:.:. .:..: ::
CCDS11 YKMSFFSGMLLLLCISIDRYVAIVQAVSAHRHRARVLLISKLSCVGIWILATVLSIPELL
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 FSQDGQR---EGQRRCRLIFPEGLTQTVKGASAVAQVALGFALPLGVMVACYALLGRTLL
.: : :: : :: :: : . . . :::...:: .:: .: :: .. ::::
CCDS11 YS-DLQRSSSEQAMRCSLI-TEHVEAFI--TIQVAQMVIGFLVPLLAMSFCYLVIIRTLL
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 AARGPERRRALRVVVALVAAFVVLQLPYSLALLLDTADLLAARERSCPASKRKDVALLVT
::. :: .:..:..:.:..:.:.::::. ..: .:. . .: ::. ..: ::
CCDS11 QARNFERNKAIKVIIAVVVVFIVFQLPYNGVVLAQTVANFNITSSTCELSKQLNIAYDVT
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 SGLALARCGLNPVLYAFLGLRFRQDLRRLLRGGSCPSGPQPRR--GCPRRPRLSSCSAPT
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CCDS11 YSLACVRCCVNPFLYAFIGVKFRNDLFKLFKDLGCLSQEQLRQWSSC-RHIRRSSMSVEA
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360
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]