Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8967
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8967, 356 aa
1>>>pF1KB8967 356 - 356 aa - 356 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4363+/-0.000998; mu= 15.0847+/- 0.059
mean_var=91.6965+/-24.611, 0's: 0 Z-trim(104.6): 180 B-trim: 1008 in 2/46
Lambda= 0.133936
statistics sampled from 7748 (7977) to 7748 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.612), E-opt: 0.2 (0.245), width: 16
Scan time: 2.480
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS46814.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 356) 2372 469.1 2.6e-132
CCDS43079.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 ( 344) 2297 454.6 5.8e-128
CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 ( 352) 870 178.8 6e-45
CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 ( 355) 861 177.1 2e-44
CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 355) 849 174.8 1e-43
CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 ( 376) 849 174.8 1e-43
CCDS46813.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 360) 837 172.5 5.1e-43
CCDS43078.1 CCR2 gene_id:729230|Hs108|chr3 ( 374) 830 171.1 1.3e-42
CCDS2656.1 CCR4 gene_id:1233|Hs108|chr3 ( 360) 692 144.4 1.4e-34
CCDS2684.1 CCR8 gene_id:1237|Hs108|chr3 ( 355) 635 133.4 2.8e-31
CCDS54571.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 387) 580 122.8 4.7e-28
CCDS43069.1 CX3CR1 gene_id:1524|Hs108|chr3 ( 355) 577 122.2 6.6e-28
CCDS2706.1 ACKR2 gene_id:1238|Hs108|chr3 ( 384) 558 118.6 9e-27
CCDS2735.1 CXCR6 gene_id:10663|Hs108|chr3 ( 342) 476 102.7 4.9e-22
CCDS46420.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 352) 458 99.2 5.5e-21
CCDS33295.1 CXCR4 gene_id:7852|Hs108|chr2 ( 356) 453 98.3 1.1e-20
CCDS77026.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 372) 453 98.3 1.1e-20
CCDS11369.1 CCR7 gene_id:1236|Hs108|chr17 ( 378) 453 98.3 1.1e-20
CCDS2733.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 357) 449 97.5 1.9e-20
CCDS2732.1 CCR9 gene_id:10803|Hs108|chr3 ( 369) 449 97.5 1.9e-20
CCDS3075.1 ACKR4 gene_id:51554|Hs108|chr3 ( 350) 446 96.9 2.7e-20
CCDS5298.1 CCR6 gene_id:1235|Hs108|chr6 ( 374) 433 94.4 1.6e-19
CCDS2409.1 CXCR1 gene_id:3577|Hs108|chr2 ( 350) 422 92.3 6.8e-19
CCDS2408.1 CXCR2 gene_id:3579|Hs108|chr2 ( 360) 416 91.1 1.6e-18
CCDS14416.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 368) 405 89.0 6.9e-18
CCDS48135.1 CXCR3 gene_id:2833|Hs108|chrX ( 415) 405 89.0 7.5e-18
CCDS8927.1 GPR182 gene_id:11318|Hs108|chr12 ( 404) 380 84.2 2.1e-16
CCDS2736.1 XCR1 gene_id:2829|Hs108|chr3 ( 333) 359 80.1 3e-15
CCDS8402.1 CXCR5 gene_id:643|Hs108|chr11 ( 372) 345 77.4 2.1e-14
CCDS1405.1 GPR25 gene_id:2848|Hs108|chr1 ( 361) 342 76.8 3.1e-14
CCDS42856.1 SSTR4 gene_id:6754|Hs108|chr20 ( 388) 334 75.3 9.7e-14
CCDS11435.1 CCR10 gene_id:2826|Hs108|chr17 ( 362) 329 74.3 1.8e-13
CCDS10429.1 SSTR5 gene_id:6755|Hs108|chr16 ( 364) 329 74.3 1.8e-13
CCDS3137.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 359) 327 73.9 2.3e-13
CCDS82855.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 388) 327 73.9 2.5e-13
CCDS82854.1 AGTR1 gene_id:185|Hs108|chr3 ( 394) 327 74.0 2.5e-13
CCDS6151.1 NPBWR1 gene_id:2831|Hs108|chr8 ( 328) 322 72.9 4.3e-13
CCDS55069.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 389) 319 72.4 7.2e-13
CCDS47508.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 392) 319 72.4 7.3e-13
CCDS47505.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 397) 319 72.4 7.3e-13
CCDS55070.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 400) 319 72.4 7.4e-13
CCDS47506.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 403) 319 72.4 7.4e-13
CCDS47504.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 406) 319 72.4 7.5e-13
CCDS43517.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 418) 319 72.4 7.6e-13
CCDS47507.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 420) 319 72.4 7.6e-13
CCDS43518.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 446) 319 72.5 8e-13
CCDS47503.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 493) 319 72.5 8.6e-13
CCDS5322.1 GPER1 gene_id:2852|Hs108|chr7 ( 375) 315 71.6 1.2e-12
CCDS55068.1 OPRM1 gene_id:4988|Hs108|chr6 ( 319) 311 70.8 1.8e-12
CCDS9482.1 OXGR1 gene_id:27199|Hs108|chr13 ( 337) 311 70.8 1.9e-12
>>CCDS46814.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 (356 aa)
initn: 2372 init1: 2372 opt: 2372 Z-score: 2488.9 bits: 469.1 E(32554): 2.6e-132
Smith-Waterman score: 2372; 99.7% identity (100.0% similar) in 356 aa overlap (1-356:1-356)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MIYTRFLKGSLKMANYTLAPEDEYDVLIEGELESDEAEQCDKYDAQALSAQLVPSLCSAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MIYTRFLKGSLKMANYTLAPEDEYDVLIEGELESDEAEQCDKYDAQALSAQLVPSLCSAV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FVIGVLDNLLVVLILVKYKGLKRVENIYLLNLAVSNLCFLLTLPFWAHAGGDPMCKILIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 FVIGVLDNLLVVLILVKYKGLKRVENIYLLNLAVSNLCFLLTLPFWAHAGGDPMCKILIG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LYFVGLYSETFFNCLLTVQRYLVFLHKGNFFSARRRVPCGIITSVLAWVTAILATLPEYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
CCDS46 LYFVGLYSETFFNCLLTVQRYLVFLHKGNFFSARRRVPCGIITSVLAWVTAILATLPEFV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VYKPQMEDQKYKCAFSRTPFLPADETFWKHFLTLKMNISVLVLPLFIFTFLYVQMRKTLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 VYKPQMEDQKYKCAFSRTPFLPADETFWKHFLTLKMNISVLVLPLFIFTFLYVQMRKTLR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 FREQRYSLFKLVFAIMVVFLLMWAPYNIAFFLSTFKEHFSLSDCKSSYNLDKSVHITKLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 FREQRYSLFKLVFAIMVVFLLMWAPYNIAFFLSTFKEHFSLSDCKSSYNLDKSVHITKLI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB8 ATTHCCINPLLYAFLDGTFSKYLCRCFHLRSNTPLQPRGQSAQGTSREEPDHSTEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 ATTHCCINPLLYAFLDGTFSKYLCRCFHLRSNTPLQPRGQSAQGTSREEPDHSTEV
310 320 330 340 350
>>CCDS43079.1 CCRL2 gene_id:9034|Hs108|chr3 (344 aa)
initn: 2297 init1: 2297 opt: 2297 Z-score: 2410.8 bits: 454.6 E(32554): 5.8e-128
Smith-Waterman score: 2297; 99.7% identity (100.0% similar) in 344 aa overlap (13-356:1-344)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MIYTRFLKGSLKMANYTLAPEDEYDVLIEGELESDEAEQCDKYDAQALSAQLVPSLCSAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MANYTLAPEDEYDVLIEGELESDEAEQCDKYDAQALSAQLVPSLCSAV
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 FVIGVLDNLLVVLILVKYKGLKRVENIYLLNLAVSNLCFLLTLPFWAHAGGDPMCKILIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 FVIGVLDNLLVVLILVKYKGLKRVENIYLLNLAVSNLCFLLTLPFWAHAGGDPMCKILIG
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LYFVGLYSETFFNCLLTVQRYLVFLHKGNFFSARRRVPCGIITSVLAWVTAILATLPEYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
CCDS43 LYFVGLYSETFFNCLLTVQRYLVFLHKGNFFSARRRVPCGIITSVLAWVTAILATLPEFV
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VYKPQMEDQKYKCAFSRTPFLPADETFWKHFLTLKMNISVLVLPLFIFTFLYVQMRKTLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VYKPQMEDQKYKCAFSRTPFLPADETFWKHFLTLKMNISVLVLPLFIFTFLYVQMRKTLR
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 FREQRYSLFKLVFAIMVVFLLMWAPYNIAFFLSTFKEHFSLSDCKSSYNLDKSVHITKLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 FREQRYSLFKLVFAIMVVFLLMWAPYNIAFFLSTFKEHFSLSDCKSSYNLDKSVHITKLI
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350
pF1KB8 ATTHCCINPLLYAFLDGTFSKYLCRCFHLRSNTPLQPRGQSAQGTSREEPDHSTEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ATTHCCINPLLYAFLDGTFSKYLCRCFHLRSNTPLQPRGQSAQGTSREEPDHSTEV
290 300 310 320 330 340
>>CCDS2739.1 CCR5 gene_id:1234|Hs108|chr3 (352 aa)
initn: 630 init1: 383 opt: 870 Z-score: 920.5 bits: 178.8 E(32554): 6e-45
Smith-Waterman score: 870; 44.2% identity (74.1% similar) in 301 aa overlap (37-328:17-313)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 LKGSLKMANYTLAPEDEYDVLIEGELESDEAEQCDKYDAQALSAQLVPSLCSAVFVIGVL
.: :.: ... ..:.:.: : : ::..: .
CCDS27 MDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFV
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 DNLLVVLILVKYKGLKRVENIYLLNLAVSNLCFLLTLPFWAHAG------GDPMCKILIG
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CCDS27 GNMLVILILINCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQLLTG
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LYFVGLYSETFFNCLLTVQRYLVFLHKGNFFSARRRVPCGIITSVLAWVTAILATLPEYV
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CCDS27 LYFIGFFSGIFFIILLTIDRYLAVVH-AVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPGII
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KB8 VYKPQMEDQKYKCAFSRTPFLPADETFWKHFLTLKMNISVLVLPLFIFTFLYVQMRKTL-
. : : .: :. :. :. .. :::.: :::. : :::::..... : . :::
CCDS27 FTRSQKEGLHYTCS-SHFPY--SQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLL
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 --RFREQRYSLFKLVFAIMVVFLLMWAPYNIAFFLSTFKEHFSLSDCKSSYNLDKSVHIT
: ...:. .:.:.::.:..:.::::::...:.::.: :.:..:.:: ::.....:
CCDS27 RCRNEKKRHRAVRLIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 KLIATTHCCINPLLYAFLDGTFSKYLCRCFHLRSNTPLQPRGQSAQGTSREEPDHSTEV
. .. :::::::..:::. : .:: :.
CCDS27 ETLGMTHCCINPIIYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPERASSVYTRS
290 300 310 320 330 340
CCDS27 TGEQEISVGL
350
>>CCDS2737.1 CCR1 gene_id:1230|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 812 init1: 279 opt: 861 Z-score: 911.0 bits: 177.1 E(32554): 2e-44
Smith-Waterman score: 861; 43.6% identity (69.5% similar) in 321 aa overlap (20-330:4-319)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MIYTRFLKGSLKMANYTLAPEDEYDVLIEGELESDEAEQCDKYDAQALSAQLVPSLCSAV
:. : :.. .: :.: . .:..:::.: : : :
CCDS27 METPNTTEDYDTTTEFDYGDATPCQKVNERAFGAQLLPPLYSLV
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB8 FVIGVLDNLLVVLILVKYKGLKRVENIYLLNLAVSNLCFLLTLPFWAHAG-------GDP
::::.. :.::::.::.:: :: . .:::::::.:.: ::.::::: ::
CCDS27 FVIGLVGNILVVLVLVQYKRLKNMTSIYLLNLAISDLLFLFTLPFWIDYKLKDDWVFGDA
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 MCKILIGLYFVGLYSETFFNCLLTVQRYLVFLHKGNFFSAR-RRVPCGIITSVLAWVTAI
::::: :.:..::::: :: :::..:::...: :. : : : :.:::.. :. ::
CCDS27 MCKILSGFYYTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHA--VFALRARTVTFGVITSIIIWALAI
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 LATLPEYVVYKPQMEDQKYKCAFSRTPFLPADETFWKHFLTLKMNISVLVLPLFIFTFLY
::..: : : : .. :.. . : : :: : .::.:. :::::... . :
CCDS27 LASMPGLYFSKTQWEFTHHTCSL-HFPHESLRE--WKLFQALKLNLFGLVLPLLVMIICY
170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 VQMRKTL--RFREQRYSLFKLVFAIMVVFLLMWAPYNIAFFLSTFKEHFSLSDCKSSYNL
. . : : : :.. . .:.:.::..:.:.:.:::.....:.:.. . .:..: .:
CCDS27 TGIIKILLRRPNEKKSKAVRLIFVIMIIFFLFWTPYNLTILISVFQDFLFTHECEQSRHL
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 DKSVHITKLIATTHCCINPLLYAFLDGTFSKYLCRCFHLRSNTPLQPRGQSAQGTSREEP
: .:..:..:: ::::.::..:::. : ::: . :: :
CCDS27 DLAVQVTEVIAYTHCCVNPVIYAFVGERFRKYLRQLFHRRVAVHLVKWLPFLSVDRLERV
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 DHSTEV
CCDS27 SSTSPSTGEHELSAGF
340 350
>>CCDS2738.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 815 init1: 283 opt: 849 Z-score: 898.5 bits: 174.8 E(32554): 1e-43
Smith-Waterman score: 849; 44.9% identity (73.4% similar) in 301 aa overlap (40-328:24-317)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 SLKMANYTLAPEDEYDVLIEGELESDEAEQCDKYDAQALSAQLVPSLCSAVFVIGVLDNL
:.: :..:: ::.:: : : ::..:.: :.
CCDS27 MTTSLDTVETFGTTSYYDDVGLLCEKADTRALMAQFVPPLYSLVFTVGLLGNV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 LVVLILVKYKGLKRVENIYLLNLAVSNLCFLLTLPFWAHA--G-----GDPMCKILIGLY
.::.::.::. :. . ::::::::.:.: ::.::::: : : : :::.: :.:
CCDS27 VVVMILIKYRRLRIMTNIYLLNLAISDLLFLVTLPFWIHYVRGHNWVFGHGMCKLLSGFY
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 FVGLYSETFFNCLLTVQRYLVFLHKGNFFSAR-RRVPCGIITSVLAWVTAILATLPEYVV
.::::: :: :::..:::...: :. : : : :.:::...: :.::.:::..
CCDS27 HTGLYSEIFFIILLTIDRYLAIVHA--VFALRARTVTFGVITSIVTWGLAVLAALPEFIF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 YKPQMEDQKYKCAFSRTPFLPADETF-WKHFLTLKMNISVLVLPLFIFTFLYVQMRKTLR
:. . .. : . . : : .. :.:: ::.:.: :::::..... :. . :::
CCDS27 YETEELFEETLC----SALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAICYTGIIKTL-
180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KB8 FR---EQRYSLFKLVFAIMVVFLLMWAPYNIAFFLSTFKEHFSLSDCKSSYNLDKSVHIT
.: ...:. ..:.:.::.::...:.:::.:..::... . .::. : .:: . .:
CCDS27 LRCPSKKKYKAIRLIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKHLDLVMLVT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 KLIATTHCCINPLLYAFLDGTFSKYLCRCFHLRSNTPLQPRGQSAQGTSREEPDHSTEV
..:: .:::.::..:::. : ::: . ::
CCDS27 EVIAYSHCCMNPVIYAFVGERFRKYLRHFFHRHLLMHLGRYIPFLPSEKLERTSSVSPST
290 300 310 320 330 340
CCDS27 AEPELSIVF
350
>>CCDS54574.1 CCR3 gene_id:1232|Hs108|chr3 (376 aa)
initn: 815 init1: 283 opt: 849 Z-score: 898.2 bits: 174.8 E(32554): 1e-43
Smith-Waterman score: 849; 44.9% identity (73.4% similar) in 301 aa overlap (40-328:45-338)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 SLKMANYTLAPEDEYDVLIEGELESDEAEQCDKYDAQALSAQLVPSLCSAVFVIGVLDNL
:.: :..:: ::.:: : : ::..:.: :.
CCDS54 GSSRRSEMTTSLDTVETFGTTSYYDDVGLLCEKADTRALMAQFVPPLYSLVFTVGLLGNV
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
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:. . .. : . . : : .. :.:: ::.:.: :::::..... :. . :::
CCDS54 YETEELFEETLC----SALYPEDTVYSWRHFHTLRMTIFCLVLPLLVMAICYTGIIKTL-
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CCDS54 LRCPSKKKYKAIRLIFVIMAVFFIFWTPYNVAILLSSYQSILFGNDCERSKHLDLVMLVT
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..:: .:::.::..:::. : ::: . ::
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CCDS54 AEPELSIVF
370
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....:. .. :::::::..:::. : .:: :
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...:
CCDS43 NVKVTTQGLLDGRGKGKSIGRAPEASLQDKEGA
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CCDS26 WSVAVFASLPGFLFSTCYTERNHTYC---KTKY-SLNSTTWKVLSSLEINILGLVIPLGI
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CCDS26 QNHNKTKAIRLVLIVVIASLLFWVPFNVVLFLTSLHSMHILDGCSISQQLTYATHVTEII
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18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 10:58:28 2016 done: Sun Nov 6 10:58:28 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]