Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8549
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8549, 990 aa
1>>>pF1KB8549 990 - 990 aa - 990 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0939+/-0.00103; mu= 3.0624+/- 0.061
mean_var=395.4829+/-83.625, 0's: 0 Z-trim(114.5): 180 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.064493
statistics sampled from 14852 (15032) to 14852 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.749), E-opt: 0.2 (0.462), width: 16
Scan time: 4.480
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6896.2 GOLGA2 gene_id:2801|Hs108|chr9 (1002) 6338 604.8 2.8e-172
CCDS45184.1 GOLGA6L6 gene_id:727832|Hs108|chr15 ( 724) 776 87.1 1.4e-16
CCDS73699.1 GOLGA6L1 gene_id:283767|Hs108|chr15 ( 668) 750 84.7 7e-16
CCDS58388.1 GOLGA6C gene_id:653641|Hs108|chr15 ( 693) 677 77.9 7.9e-14
CCDS45308.1 GOLGA6D gene_id:653643|Hs108|chr15 ( 693) 677 77.9 7.9e-14
CCDS32290.1 GOLGA6A gene_id:342096|Hs108|chr15 ( 693) 675 77.7 9e-14
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CCDS61578.1 GOLGA8N gene_id:643699|Hs108|chr15 ( 632) 637 74.1 9.9e-13
CCDS59252.1 GOLGA8O gene_id:728047|Hs108|chr15 ( 632) 629 73.4 1.7e-12
CCDS61577.1 GOLGA8K gene_id:653125|Hs108|chr15 ( 630) 628 73.3 1.8e-12
CCDS61574.1 GOLGA8J gene_id:653073|Hs108|chr15 ( 632) 627 73.2 1.9e-12
CCDS61572.1 GOLGA8M gene_id:653720|Hs108|chr15 ( 632) 616 72.2 3.8e-12
CCDS61576.1 GOLGA8H gene_id:728498|Hs108|chr15 ( 632) 607 71.3 6.8e-12
CCDS61575.1 GOLGA8R gene_id:101059918|Hs108|chr15 ( 631) 596 70.3 1.4e-11
>>CCDS6896.2 GOLGA2 gene_id:2801|Hs108|chr9 (1002 aa)
initn: 6338 init1: 6338 opt: 6338 Z-score: 3206.5 bits: 604.8 E(32554): 2.8e-172
Smith-Waterman score: 6338; 100.0% identity (100.0% similar) in 990 aa overlap (1-990:13-1002)
10 20 30 40
pF1KB8 MSEETRQSKLAAAKKKLREYQQRNSPGVPTGAKKKKKIKNGSNPETTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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50 60 70 80 90 100
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 SGGCHSPEDTPKDNAATLQPSDDTVLPGGVPSPGASLTSMAASQNHDADNVPNLMDETKT
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 FSSTESLRQLSQQLNGLVCESATCVNGEGPASSANLKDLESRYQQLAVALDSSYVTNKQL
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 NITIEKLKQQNQEITDQLEEEKKECHQKQGALREQLQVHIQTIGILVSEKAELQTALAHT
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 QHAARQKEGESEDLASRLQYSRRRVGELERALSAVSTQQKKADRYNKELTKERDALRLEL
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 YKNTQSNEDLKQEKSELEEKLRVLVTEKAGMQLNLEELQKKLEMTELLLQQFSSRCEAPD
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 ANQQLQQAMEERAQLEAHLGQVMESVRQLQMERDKYAENLKGESAMWRQRMQQMSEQVHT
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB8 LREEKECSMSRVQELETSLAELRNQMAEPPPPEPPAGPSEVEQQLQAEAEHLRKELEGLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 LREEKECSMSRVQELETSLAELRNQMAEPPPPEPPAGPSEVEQQLQAEAEHLRKELEGLA
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KB8 GQLQAQVQDNEGLSRLNREQEERLLELERAAELWGEQAEARRQILETMQNDRTTISRALS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 GQLQAQVQDNEGLSRLNREQEERLLELERAAELWGEQAEARRQILETMQNDRTTISRALS
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KB8 QNRELKEQLAELQSGFVKLTNENMEITSALQSEQHVKRELGKKLGELQEKLSELKETVEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 QNRELKEQLAELQSGFVKLTNENMEITSALQSEQHVKRELGKKLGELQEKLSELKETVEL
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KB8 KSQEAQSLQQQRDQYLGHLQQYVAAYQQLTSEKEVLHNQLLLQTQLVDQLQQQEAQGKAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 KSQEAQSLQQQRDQYLGHLQQYVAAYQQLTSEKEVLHNQLLLQTQLVDQLQQQEAQGKAV
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690 700
pF1KB8 AEMARQELQETQERLEAATQQNQQLRAQLSLMAHPGEGDGLDREEEEDEEEEEEEAVAVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 AEMARQELQETQERLEAATQQNQQLRAQLSLMAHPGEGDGLDREEEEDEEEEEEEAVAVP
670 680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 QPMPSIPEDLESREAMVAFFNSAVASAEEEQARLRGQLKEQRVRCRRLAHLLASAQKEPE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 AAAPAPGTGGDSVCGETHRALQGAMEKLQSRFMELMQEKADLKERVEELEHRCIQLSGET
790 800 810 820 830 840
830 840 850 860 870 880
pF1KB8 DTIGEYIALYQSQRAVLKERHREKEEYISRLAQDKEEMKVKLLELQELVLRLVGDRNEWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 DTIGEYIALYQSQRAVLKERHREKEEYISRLAQDKEEMKVKLLELQELVLRLVGDRNEWH
850 860 870 880 890 900
890 900 910 920 930 940
pF1KB8 GRFLAAAQNPADEPTSGAPAPQELGAANQQGDLCEVSLAGSVEPAQGEAREGSPRDNPTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 GRFLAAAQNPADEPTSGAPAPQELGAANQQGDLCEVSLAGSVEPAQGEAREGSPRDNPTA
910 920 930 940 950 960
950 960 970 980 990
pF1KB8 QQIMQLLREMQNPRERPGLGSNPCIPFFYRADENDEVKITVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 QQIMQLLREMQNPRERPGLGSNPCIPFFYRADENDEVKITVI
970 980 990 1000
>>CCDS45184.1 GOLGA6L6 gene_id:727832|Hs108|chr15 (724 aa)
initn: 671 init1: 565 opt: 776 Z-score: 411.3 bits: 87.1 E(32554): 1.4e-16
Smith-Waterman score: 802; 29.7% identity (61.1% similar) in 656 aa overlap (187-819:96-724)
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 ALDSSYVTNKQLNITIEKLKQQNQEITDQLEEEKKECHQKQGALREQLQVHIQTIGILVS
:.:.: ::.: :::..:.....:: ::.
CCDS45 VGTAASDTKKKKINNGTNPETTTSGGCHSPEDEQKASHQHQEALRRELEAQVHTIRILTC
70 80 90 100 110 120
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 EKAELQTALAHTQHAARQKEGESEDLASRLQYSRRRVGELERALSAVSTQQKKADRYNKE
.:.::: :: ..:::..: :::..:: :::. : . .::::.:::::.::.:::::: .:
CCDS45 QKTELQMALYYSQHAVKQLEGEARDLISRLHDSWKFAGELEQALSAVATQKKKADRYIEE
130 140 150 160 170 180
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 LTKERDALRLELYKNTQSNEDLKQEKSELEEKLRVLVTEKAGMQLNLEELQKKLEMTELL
:::::::: ::::.:: ..:.::....::.:::... .::. .:::..::..::: ..::
CCDS45 LTKERDALSLELYRNTITDEELKEKNAELQEKLQLVESEKSEIQLNVKELKRKLERAKLL
190 200 210 220 230 240
340 350 360 370 380
pF1KB8 LQQFSSRCEAPDANQQLQ------QAMEERAQLEAHLGQVMESVRQLQMER-DKYAENLK
: : . . :: ...:: ::. :. .: .:.: .: : :. ... :...
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250 260 270 280 290 300
390 400 410 420 430
pF1KB8 GESAMWRQRMQQMSEQVHTLRE------EKECSMSRVQEL----ETSLAELRNQMAEPPP
. :.. ... :: . .:. ::: .: : .:. : .. . ...: :
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310 320 330 340 350 360
440 450 460 470 480 490
pF1KB8 PEPPAGPSEVEQQLQAEAEHLRKELEGLAGQLQAQVQDNEGLSRLN--REQEERLLELER
. ::. : :. :.: : . : . : :. . . . :::::.. : :.
CCDS45 KIRELEEKMHEQEKIREQEEKRQEEEKIREQEKRQEQEAKMWRQEEKIREQEEKIREQEK
370 380 390 400 410 420
500 510 520 530 540 550
pF1KB8 AAELWGEQAEARRQILETMQNDRTTISRALSQNRELKEQLAELQSGFVKLTNENMEITSA
..: .. . ..: .. : . :.....:: :. :. ... .:
CCDS45 --KMWRQEEKIHEQEKIREEEKRQEQEEMWRQEEKIREQ-EEIWRQKEKMHEQEEKIR--
430 440 450 460 470 480
560 570 580 590 600 610
pF1KB8 LQSEQHVKRELGKKLGELQEKLSELKETVELKSQEAQSLQQQ---RDQYLGHLQQYVAAY
..:..: :. .:. : .::. : .: .. :: . .:. :.. : :. .
CCDS45 -KQEEKVWRQE-EKIREQEEKIREQEE--KMWRQEEKIREQEEMWREEEKMHEQEKIWEE
490 500 510 520 530
620 630 640 650 660 670
pF1KB8 QQLTSEKEVLHNQLLLQTQLVDQLQQQEAQGKAVAEMARQELQETQERLEAATQQNQQLR
.. .:.: ... : .....:: . : :.. .. ::. : .:....:
CCDS45 EK-RQEQE---DKMWRQE---EKIREQEEKVWRQEEKIREQEEKRQEQEEKMWKQEEKIR
540 550 560 570 580
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pF1KB8 AQLSLMAHPGEGDGLDREEEEDEEEEEEEAVAVPQPMPSIPEDLESREAMVAFFNSAVAS
: . : . ::.:: .:.:: . . : : . .: . . ..
CCDS45 EQEEKIR---EQEEKIREQEEKIREQEEMTQEQEEKMGEQEEKMCEQEEKMQEQEETMWR
590 600 610 620 630 640
740 750 760 770 780 790
pF1KB8 AEEEQARLRGQLKEQRVRCRRLAHLLASAQKEPEAAAPAPGTGGDSVCGETHRALQGAME
::. . . ...::. . :. ... :.. : ...: : .. .: :
CCDS45 QEEKIREQEKKIREQEEKIREQEEMM---QEQEEKMWEQE----EKMC-EQEEKMQEQEE
650 660 670 680 690
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pF1KB8 KLQSRFMELMQEKADLKERVEEL-EHRCIQLSGETDTIGEYIALYQSQRAVLKERHREKE
:.. . .. .... :... :.. ::
CCDS45 KMRRQEEKMWEQEVRLRQQEEKMQEH
700 710 720
>>CCDS73699.1 GOLGA6L1 gene_id:283767|Hs108|chr15 (668 aa)
initn: 739 init1: 560 opt: 750 Z-score: 398.6 bits: 84.7 E(32554): 7e-16
Smith-Waterman score: 789; 32.2% identity (61.3% similar) in 569 aa overlap (187-725:108-668)
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 ALDSSYVTNKQLNITIEKLKQQNQEITDQLEEEKKECHQKQGALREQLQVHIQTIGILVS
:.:.: ::.: :::..:.....:: ::.
CCDS73 VGTAASDTKKKKINNGTNPETTTSGGCHSPEDEQKASHQHQEALRRELEAQVHTIRILTC
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220 230 240 250 260 270
pF1KB8 EKAELQTALAHTQHAARQKEGESEDLASRLQYSRRRVGELERALSAVSTQQKKADRYNKE
.:.::: :: ..:::..: :::..:: :::. : . .::::.:::::.::.:::::: .:
CCDS73 QKTELQMALYYSQHAVKQLEGEARDLISRLHDSWKFAGELEQALSAVATQKKKADRYIEE
140 150 160 170 180 190
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 LTKERDALRLELYKNTQSNEDLKQEKSELEEKLRVLVTEKAGMQLNLEELQKKLEMTELL
:::::::: ::::.:: ..:.::.....:.:::... .::. .:::..::..::: ..::
CCDS73 LTKERDALSLELYRNTITDEELKEKNAKLQEKLQLVESEKSEIQLNVKELKRKLERAKLL
200 210 220 230 240 250
340 350 360 370 380
pF1KB8 LQQFSSRCEAPDANQQLQ------QAMEERAQLEAHLGQVMESVRQLQMER-DKYAENLK
: : . . :: ...:: ::. :. .: .:.: .: : :. ... :...
CCDS73 LPQQQLQAEADHLGKELQSVSAKLQAQVEENELWNRLNQQQEEKMWRQEEKIQEWEEKIQ
260 270 280 290 300 310
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pF1KB8 GESAMWRQRMQQMSEQVHTLRE------EKECSMSRVQEL----ETSLAELRNQMAEPPP
. :.. ... :: . .:. ::: .: : .:. : .. .:...: :
CCDS73 EQEEKIREQEEKIREQEEKMRRQEEMMWEKEEKMRRQEEMMWEKEEKMRRLEEMMWEKEE
320 330 340 350 360 370
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pF1KB8 PEPPAGPSEVEQQLQAEAEHLRKELEGLAGQLQAQVQDNEGLSRLN--REQEERLLELE-
. ::. : :. :.: : . : . : :. . . . :::::.. : :
CCDS73 KIRELEEKMHEQEKIREQEEKRQEEEKIREQEKRQEQEAKMWRQEEKIREQEEKIREQEK
380 390 400 410 420 430
500 510 520 530 540
pF1KB8 ---RAAELWGEQA----EARRQILETMQNDRTTISRALSQNRELKEQLAELQSGFVKLTN
: : :: : .:: : : .. : : . . ::.. : : . : .
CCDS73 KMWRQEEKIHEQEKIREEEKRQEQEEMWRQEEKI-REQEEIWRQKEKMHE-QEKIRKQEE
440 450 460 470 480 490
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pF1KB8 ENMEITSALQSEQHVKRELGKKLGELQEKLSELKETV---ELKSQEAQSLQQQRDQYLGH
. . ...... :: .:. . .::. : .: . : : .: . ..:.... .:.
CCDS73 KVWRQEEKMHDQEEKIREQEEKMWRQEEKIREQEEKIREQEEKIREQEEMMQEQEEKMGE
500 510 520 530 540 550
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 LQQYVAAYQQLTSEKEVLHNQLLLQTQLVDQLQQQEAQGKAVAEMARQELQETQERLEAA
.. . ... ..: ...: . .....:: . : :.. . ::. :
CCDS73 QEEKMQEQEKMRRQEEKIREQEEKIREQKEKIREQEEKIWEQEEKIREQEEMMQEQEEKM
560 570 580 590 600 610
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 TQQNQQLRAQLSLMAHPGEGDGLDREEEEDEEEEEEEAVAVPQPMPSIPEDLESREAMVA
.:.... : : . : . :.::. :.: : . : .. : : :: .
CCDS73 WEQEEKMCEQEEKMQEQEEK--MRRQEEKMWEQE----VRLRQQEEKMQEHQEHLEAAI
620 630 640 650 660
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 FFNSAVASAEEEQARLRGQLKEQRVRCRRLAHLLASAQKEPEAAAPAPGTGGDSVCGETH
>>CCDS58388.1 GOLGA6C gene_id:653641|Hs108|chr15 (693 aa)
initn: 1649 init1: 396 opt: 677 Z-score: 361.7 bits: 77.9 E(32554): 7.9e-14
Smith-Waterman score: 1584; 39.9% identity (56.8% similar) in 963 aa overlap (1-960:13-692)
10 20 30 40
pF1KB8 MSEETRQSKLAAAKKKLREYQQRNSPGVPTGAKKKKKIKNGSNPETTT
: ::.::.:::::::::.:::::.:::.:.::: ::: :. :.:::::
CCDS58 MWPQPYLPPHPMMLEESRQNKLAAAKKKLKEYQQRKSPGIPAGAKTKKK-KTDSSPETTT
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 SGGCHSPEDTPKDNAATLQPSDDTVLPGGVPSPGASLTSMAASQNHDADNVPNLMDETKT
::: ::: :
CCDS58 SGGGHSPGD---------------------------------------------------
60
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 FSSTESLRQLSQQLNGLVCESATCVNGEGPASSANLKDLESRYQQLAVALDSSYVTNKQL
:.::.:::::.:: :: .::
CCDS58 ----------------------------------------SQYQELAVALESSSVTINQL
70 80
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 NITIEKLKQQNQEITDQLEEEKKECHQKQGALREQLQVHIQTIGILVSEKAELQTALAHT
: .::.::::.... :::: :: .. . : :::. ::.::. :::.:.:.: ::
CCDS58 NENIESLKQQKKQVEHQLEEAKKTNNEIHKAQMEQLE----TINILTLEKADLKTTLYHT
90 100 110 120 130 140
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 QHAARQKEGESEDLASRLQYSRRRVGELERALSAVSTQQKKADRYNKELTKERDALRLEL
..:::. : ::.:::.::::: .:. :::::::::::::.. ::
CCDS58 KRAARHFEEESKDLAGRLQYSLQRIQELERALSAVSTQQQEEDR----------------
150 160 170 180
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 YKNTQSNEDLKQEKSELEEKLRVLVTEKAGMQLNLEELQKKLEMTELLLQQFSSRCEAPD
:: :.
CCDS58 ----------------------------------------------------SSSCREAV
190
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 ANQQLQQAMEERAQLEAHLGQVMESVRQLQMERDKYAENLKGESAMWRQRMQQMSEQVHT
...:::...::: :.::. :: ::..:.:.:::.::...::: : :..:: .:: ...:
CCDS58 LQRRLQQTIKERALLNAHVTQVTESLKQVQLERDEYAKHIKGERARWQERMWKMSVEART
200 210 220 230 240 250
410 420 430 440 450 460
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:.:::. .. :.:::: ::.::.::::::: ::: : ::: :: ::.:::.:.:::
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CCDS10 GHGKFLIAAQNPADEPTPGAPAPQELGAAGEQDDFYEVSLDNNVEPAPGAAREGSPHDNP
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pF1KB8 TAQQIMQLLREMQNPRERPGLGSNPCIPFFYRADENDEVKITVI
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CCDS10 TVQQIVQLSPVMQDT
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CCDS61 --------SATGFHREGPTSSATLKDLESPCQERAVVLDSRSVEISQLKNTIKSLKQQKK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]