FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8531, 963 aa
1>>>pF1KB8531 963 - 963 aa - 963 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
65951994 residues in 93482 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.3786+/-0.000715; mu= -20.5682+/- 0.043
mean_var=689.9048+/-143.779, 0's: 0 Z-trim(115.7): 430 B-trim: 303 in 1/55
Lambda= 0.048829
statistics sampled from 27129 (27553) to 27129 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.606), E-opt: 0.2 (0.295), width: 16
Scan time: 6.740
The best scores are: opt bits E(93482)
NP_004512 (OMIM: 602809) kinesin-1 heavy chain [Ho ( 963) 6129 448.7 7.5e-125
XP_016871713 (OMIM: 602809) kinesin-1 heavy chain ( 869) 5508 404.9 1e-111
XP_016859551 (OMIM: 604593,615282) kinesin heavy c ( 957) 4638 343.6 3.1e-93
NP_004513 (OMIM: 604593,615282) kinesin heavy chai ( 957) 4638 343.6 3.1e-93
NP_004975 (OMIM: 602821,604187,617235,617921) kine (1032) 4389 326.1 6.2e-88
NP_001341634 (OMIM: 602821,604187,617235,617921) k ( 943) 3714 278.5 1.2e-73
XP_011509459 (OMIM: 604593,615282) kinesin heavy c ( 725) 3289 248.5 1e-64
XP_016863148 (OMIM: 117143,616051) centromere-asso (2551) 959 84.9 6.4e-15
XP_011529851 (OMIM: 117143,616051) centromere-asso (2553) 959 84.9 6.4e-15
XP_011529850 (OMIM: 117143,616051) centromere-asso (2604) 959 84.9 6.5e-15
XP_011529849 (OMIM: 117143,616051) centromere-asso (2605) 959 84.9 6.5e-15
XP_011529848 (OMIM: 117143,616051) centromere-asso (2633) 959 84.9 6.6e-15
XP_011529847 (OMIM: 117143,616051) centromere-asso (2648) 959 84.9 6.6e-15
NP_001804 (OMIM: 117143,616051) centromere-associa (2701) 959 84.9 6.7e-15
NP_004789 (OMIM: 603754) kinesin-like protein KIF3 ( 747) 934 82.6 9.2e-15
XP_016864484 (OMIM: 604683) kinesin-like protein K ( 700) 931 82.4 1e-14
NP_001287721 (OMIM: 604683) kinesin-like protein K ( 702) 931 82.4 1e-14
XP_016864485 (OMIM: 604683) kinesin-like protein K ( 697) 924 81.9 1.4e-14
NP_008985 (OMIM: 604683) kinesin-like protein KIF3 ( 699) 924 81.9 1.4e-14
NP_001273663 (OMIM: 117143,616051) centromere-asso (2580) 933 83.1 2.3e-14
XP_011529846 (OMIM: 117143,616051) centromere-asso (2676) 933 83.1 2.4e-14
XP_006714589 (OMIM: 604683) kinesin-like protein K ( 724) 914 81.2 2.4e-14
NP_001287720 (OMIM: 604683) kinesin-like protein K ( 726) 914 81.2 2.4e-14
NP_036442 (OMIM: 300521,300923) chromosome-associa (1232) 894 80.0 9.2e-14
NP_001092763 (OMIM: 609184) chromosome-associated (1234) 894 80.0 9.2e-14
NP_001116291 (OMIM: 605037) kinesin-like protein K (1028) 832 75.5 1.7e-12
NP_065867 (OMIM: 605037) kinesin-like protein KIF1 (1029) 832 75.5 1.7e-12
XP_024306037 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 687) 743 69.1 9.7e-11
NP_001305643 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 687) 743 69.1 9.7e-11
NP_001123571 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 687) 743 69.1 9.7e-11
NP_001305644 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 687) 743 69.1 9.7e-11
XP_011521381 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 694) 743 69.1 9.8e-11
XP_024306035 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 694) 743 69.1 9.8e-11
XP_011521380 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 694) 743 69.1 9.8e-11
XP_024306033 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 694) 743 69.1 9.8e-11
XP_024306036 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 694) 743 69.1 9.8e-11
XP_024306034 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 694) 743 69.1 9.8e-11
NP_001305641 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 724) 743 69.1 1e-10
NP_001305640 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 768) 743 69.2 1.1e-10
XP_016878716 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 768) 743 69.2 1.1e-10
XP_005256001 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 775) 743 69.2 1.1e-10
XP_016878715 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 775) 743 69.2 1.1e-10
XP_016878714 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 776) 743 69.2 1.1e-10
NP_001123572 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 826) 743 69.2 1.1e-10
NP_005541 (OMIM: 604535) kinesin-like protein KIFC ( 833) 743 69.2 1.1e-10
NP_001305639 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 848) 743 69.2 1.1e-10
XP_016878712 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 855) 743 69.2 1.1e-10
XP_011521379 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 861) 743 69.2 1.1e-10
XP_011521378 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 875) 743 69.2 1.2e-10
XP_011521377 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 882) 743 69.2 1.2e-10
>>NP_004512 (OMIM: 602809) kinesin-1 heavy chain [Homo s (963 aa)
initn: 6129 init1: 6129 opt: 6129 Z-score: 2363.2 bits: 448.7 E(93482): 7.5e-125
Smith-Waterman score: 6129; 100.0% identity (100.0% similar) in 963 aa overlap (1-963:1-963)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MADLAECNIKVMCRFRPLNESEVNRGDKYIAKFQGEDTVVIASKPYAFDRVFQSSTSQEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MADLAECNIKVMCRFRPLNESEVNRGDKYIAKFQGEDTVVIASKPYAFDRVFQSSTSQEQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 VYNDCAKKIVKDVLEGYNGTIFAYGQTSSGKTHTMEGKLHDPEGMGIIPRIVQDIFNYIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VYNDCAKKIVKDVLEGYNGTIFAYGQTSSGKTHTMEGKLHDPEGMGIIPRIVQDIFNYIY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 SMDENLEFHIKVSYFEIYLDKIRDLLDVSKTNLSVHEDKNRVPYVKGCTERFVCSPDEVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SMDENLEFHIKVSYFEIYLDKIRDLLDVSKTNLSVHEDKNRVPYVKGCTERFVCSPDEVM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 DTIDEGKSNRHVAVTNMNEHSSRSHSIFLINVKQENTQTEQKLSGKLYLVDLAGSEKVSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DTIDEGKSNRHVAVTNMNEHSSRSHSIFLINVKQENTQTEQKLSGKLYLVDLAGSEKVSK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 TGAEGAVLDEAKNINKSLSALGNVISALAEGSTYVPYRDSKMTRILQDSLGGNCRTTIVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TGAEGAVLDEAKNINKSLSALGNVISALAEGSTYVPYRDSKMTRILQDSLGGNCRTTIVI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 CCSPSSYNESETKSTLLFGQRAKTIKNTVCVNVELTAEQWKKKYEKEKEKNKILRNTIQW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 CCSPSSYNESETKSTLLFGQRAKTIKNTVCVNVELTAEQWKKKYEKEKEKNKILRNTIQW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 LENELNRWRNGETVPIDEQFDKEKANLEAFTVDKDITLTNDKPATAIGVIGNFTDAERRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LENELNRWRNGETVPIDEQFDKEKANLEAFTVDKDITLTNDKPATAIGVIGNFTDAERRK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 CEEEIAKLYKQLDDKDEEINQQSQLVEKLKTQMLDQEELLASTRRDQDNMQAELNRLQAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 CEEEIAKLYKQLDDKDEEINQQSQLVEKLKTQMLDQEELLASTRRDQDNMQAELNRLQAE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 NDASKEEVKEVLQALEELAVNYDQKSQEVEDKTKEYELLSDELNQKSATLASIDAELQKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 NDASKEEVKEVLQALEELAVNYDQKSQEVEDKTKEYELLSDELNQKSATLASIDAELQKL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 KEMTNHQKKRAAEMMASLLKDLAEIGIAVGNNDVKQPEGTGMIDEEFTVARLYISKMKSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KEMTNHQKKRAAEMMASLLKDLAEIGIAVGNNDVKQPEGTGMIDEEFTVARLYISKMKSE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 VKTMVKRCKQLESTQTESNKKMEENEKELAACQLRISQHEAKIKSLTEYLQNVEQKKRQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VKTMVKRCKQLESTQTESNKKMEENEKELAACQLRISQHEAKIKSLTEYLQNVEQKKRQL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 EESVDALSEELVQLRAQEKVHEMEKEHLNKVQTANEVKQAVEQQIQSHRETHQKQISSLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EESVDALSEELVQLRAQEKVHEMEKEHLNKVQTANEVKQAVEQQIQSHRETHQKQISSLR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 DEVEAKAKLITDLQDQNQKMMLEQERLRVEHEKLKATDQEKSRKLHELTVMQDRREQARQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DEVEAKAKLITDLQDQNQKMMLEQERLRVEHEKLKATDQEKSRKLHELTVMQDRREQARQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 DLKGLEETVAKELQTLHNLRKLFVQDLATRVKKSAEIDSDDTGGSAAQKQKISFLENNLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DLKGLEETVAKELQTLHNLRKLFVQDLATRVKKSAEIDSDDTGGSAAQKQKISFLENNLE
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB8 QLTKVHKQLVRDNADLRCELPKLEKRLRATAERVKALESALKEAKENASRDRKRYQQEVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QLTKVHKQLVRDNADLRCELPKLEKRLRATAERVKALESALKEAKENASRDRKRYQQEVD
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB8 RIKEAVRSKNMARRGHSAQIAKPIRPGQHPAASPTHPSAIRGGGAFVQNSQPVAVRGGGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RIKEAVRSKNMARRGHSAQIAKPIRPGQHPAASPTHPSAIRGGGAFVQNSQPVAVRGGGG
910 920 930 940 950 960
pF1KB8 KQV
:::
NP_004 KQV
>>XP_016871713 (OMIM: 602809) kinesin-1 heavy chain isof (869 aa)
initn: 5508 init1: 5508 opt: 5508 Z-score: 2127.3 bits: 404.9 E(93482): 1e-111
Smith-Waterman score: 5508; 100.0% identity (100.0% similar) in 869 aa overlap (95-963:1-869)
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 CAKKIVKDVLEGYNGTIFAYGQTSSGKTHTMEGKLHDPEGMGIIPRIVQDIFNYIYSMDE
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MEGKLHDPEGMGIIPRIVQDIFNYIYSMDE
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 NLEFHIKVSYFEIYLDKIRDLLDVSKTNLSVHEDKNRVPYVKGCTERFVCSPDEVMDTID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NLEFHIKVSYFEIYLDKIRDLLDVSKTNLSVHEDKNRVPYVKGCTERFVCSPDEVMDTID
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 EGKSNRHVAVTNMNEHSSRSHSIFLINVKQENTQTEQKLSGKLYLVDLAGSEKVSKTGAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EGKSNRHVAVTNMNEHSSRSHSIFLINVKQENTQTEQKLSGKLYLVDLAGSEKVSKTGAE
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 GAVLDEAKNINKSLSALGNVISALAEGSTYVPYRDSKMTRILQDSLGGNCRTTIVICCSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GAVLDEAKNINKSLSALGNVISALAEGSTYVPYRDSKMTRILQDSLGGNCRTTIVICCSP
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 SSYNESETKSTLLFGQRAKTIKNTVCVNVELTAEQWKKKYEKEKEKNKILRNTIQWLENE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SSYNESETKSTLLFGQRAKTIKNTVCVNVELTAEQWKKKYEKEKEKNKILRNTIQWLENE
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 LNRWRNGETVPIDEQFDKEKANLEAFTVDKDITLTNDKPATAIGVIGNFTDAERRKCEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LNRWRNGETVPIDEQFDKEKANLEAFTVDKDITLTNDKPATAIGVIGNFTDAERRKCEEE
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 IAKLYKQLDDKDEEINQQSQLVEKLKTQMLDQEELLASTRRDQDNMQAELNRLQAENDAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IAKLYKQLDDKDEEINQQSQLVEKLKTQMLDQEELLASTRRDQDNMQAELNRLQAENDAS
340 350 360 370 380 390
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 KEEVKEVLQALEELAVNYDQKSQEVEDKTKEYELLSDELNQKSATLASIDAELQKLKEMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KEEVKEVLQALEELAVNYDQKSQEVEDKTKEYELLSDELNQKSATLASIDAELQKLKEMT
400 410 420 430 440 450
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 NHQKKRAAEMMASLLKDLAEIGIAVGNNDVKQPEGTGMIDEEFTVARLYISKMKSEVKTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NHQKKRAAEMMASLLKDLAEIGIAVGNNDVKQPEGTGMIDEEFTVARLYISKMKSEVKTM
460 470 480 490 500 510
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 VKRCKQLESTQTESNKKMEENEKELAACQLRISQHEAKIKSLTEYLQNVEQKKRQLEESV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VKRCKQLESTQTESNKKMEENEKELAACQLRISQHEAKIKSLTEYLQNVEQKKRQLEESV
520 530 540 550 560 570
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 DALSEELVQLRAQEKVHEMEKEHLNKVQTANEVKQAVEQQIQSHRETHQKQISSLRDEVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DALSEELVQLRAQEKVHEMEKEHLNKVQTANEVKQAVEQQIQSHRETHQKQISSLRDEVE
580 590 600 610 620 630
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 AKAKLITDLQDQNQKMMLEQERLRVEHEKLKATDQEKSRKLHELTVMQDRREQARQDLKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AKAKLITDLQDQNQKMMLEQERLRVEHEKLKATDQEKSRKLHELTVMQDRREQARQDLKG
640 650 660 670 680 690
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 LEETVAKELQTLHNLRKLFVQDLATRVKKSAEIDSDDTGGSAAQKQKISFLENNLEQLTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LEETVAKELQTLHNLRKLFVQDLATRVKKSAEIDSDDTGGSAAQKQKISFLENNLEQLTK
700 710 720 730 740 750
850 860 870 880 890 900
pF1KB8 VHKQLVRDNADLRCELPKLEKRLRATAERVKALESALKEAKENASRDRKRYQQEVDRIKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VHKQLVRDNADLRCELPKLEKRLRATAERVKALESALKEAKENASRDRKRYQQEVDRIKE
760 770 780 790 800 810
910 920 930 940 950 960
pF1KB8 AVRSKNMARRGHSAQIAKPIRPGQHPAASPTHPSAIRGGGAFVQNSQPVAVRGGGGKQV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AVRSKNMARRGHSAQIAKPIRPGQHPAASPTHPSAIRGGGAFVQNSQPVAVRGGGGKQV
820 830 840 850 860
>>XP_016859551 (OMIM: 604593,615282) kinesin heavy chain (957 aa)
initn: 3265 init1: 1733 opt: 4638 Z-score: 1795.6 bits: 343.6 E(93482): 3.1e-93
Smith-Waterman score: 4638; 75.8% identity (91.2% similar) in 959 aa overlap (1-950:1-952)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MADLAECNIKVMCRFRPLNESEVNRGDKYIAKFQGEDTVVIAS-KPYAFDRVFQSSTSQE
::: :::.::::::::::::.:. ::::.: ::.:..::::.. :::.::::. .:.::
XP_016 MADPAECSIKVMCRFRPLNEAEILRGDKFIPKFKGDETVVIGQGKPYVFDRVLPPNTTQE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 QVYNDCAKKIVKDVLEGYNGTIFAYGQTSSGKTHTMEGKLHDPEGMGIIPRIVQDIFNYI
:::: :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::. :::::::..:::..:
XP_016 QVYNACAKQIVKDVLEGYNGTIFAYGQTSSGKTHTMEGKLHDPQLMGIIPRIAHDIFDHI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 YSMDENLEFHIKVSYFEIYLDKIRDLLDVSKTNLSVHEDKNRVPYVKGCTERFVCSPDEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::: ::.::
XP_016 YSMDENLEFHIKVSYFEIYLDKIRDLLDVSKTNLAVHEDKNRVPYVKGCTERFVSSPEEV
130 140 150 160 170 180
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pF1KB8 PVAVRGGGGKQV
NP_004 HYQK
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pF1KB8 GGGGKQV
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pF1KB8 DLLDVSKTNLSVHEDKNRVPYVKGCTERFVCSPDEVMDTIDEGKSNRHVAVTNMNEHSSR
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pF1KB8 EKANLEAFTVDKDITLTNDKPATAIGVIGNFTDAERRKCEEEIAKLYKQLDDKDEEINQQ
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NP_001 EEAALGAELCEE--TPVNDNSSIVVRI----APEERQKYEEEIRRLYKQLDDKDDEINQQ
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::::::::.:... .:: :::.:: ::. :...:::.:.:...::.:: ::.. .:.:::
NP_001 DQKSQEVEEKSQQNQLLVDELSQKVATMLSLESELQRLQEVSGHQRKRIAEVLNGLMKDL
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.:... :::...: : : .: :.::::::::::::.:::::..::::.:::. :.: ..:
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:: . .::..::: ::::::::.:::::.:.:: :::.:::: :.::.::..:.::: ::
NP_001 MEVTGRELSSCQLLISQHEAKIRSLTEYMQSVELKKRHLEESYDSLSDELAKLQAQETVH
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.:: :.:....::::. ..::: ::.::: . .:.::..:::::::::::.:::::::::
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::::::..::::::::.. .:.:: .:::::::::::::::::::::::::::::::::
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XP_011 TSEMALKWITKGEKSRHYGETKMNQRSSRSHTIFRMILESREKGEPSNCEGSVKVSHLNL
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XP_011 LKEKNDLDEFEALERKTKKDQEMQLIHEISNLKNLVKHAEVYNQDLENELSSKVELLREK
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XP_011 ELQSAFNEITKLTSLIDGKVPKDLLCNLELEGKITDLQKE-LNKEVEENEALRE-EVILL
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