FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8316, 423 aa
  1>>>pF1KB8316 423 - 423 aa - 423 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1275+/-0.000362; mu= 0.4030+/- 0.022
 mean_var=220.9695+/-46.067, 0's: 0 Z-trim(121.2): 15  B-trim: 2152 in 1/56
 Lambda= 0.086280
 statistics sampled from 37428 (37443) to 37428 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.767), E-opt: 0.2 (0.439), width:  16
 Scan time: 10.000

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_149099 (OMIM: 400029,415000) heat shock transcr ( 401)  513 76.4 1.5e-13
XP_005262622 (OMIM: 400029,415000) PREDICTED: heat ( 323)  424 65.2 2.7e-10
XP_016885574 (OMIM: 400029,415000) PREDICTED: heat ( 328)  424 65.2 2.7e-10
NP_689797 (OMIM: 400029,415000) heat shock transcr ( 203)  381 59.7 7.6e-09


>>NP_149099 (OMIM: 400029,415000) heat shock transcripti  (401 aa)
 initn: 496 init1: 300 opt: 513  Z-score: 364.4  bits: 76.4 E(85289): 1.5e-13
Smith-Waterman score: 563; 35.2% identity (59.6% similar) in 369 aa overlap (55-395:35-397)

           30        40        50        60        70        80    
pF1KB8 ERVPFPPQLQSETYLHPADPSPAWDDPGSTGSPNLRLLTEEIAFQPLAEEASFRRPHPDG
                                     :. .:: . :: ::: :.. . .. :    
NP_149 SSETQDVSPKDELTASEASTRSPLCEHTFPGDSDLRSMIEEHAFQVLSQGSLLESPSYTV
           10        20        30        40        50        60    

            90       100       110       120       130       140   
pF1KB8 DVP-PQGEDNLLSLPFPQKLWRLVSSNQFSSIWWDDSGACRVINQKLFEKEILKRDVAHK
        :  :. .:..::: ::.:::..: :.::.:: ::..:.: :::..::.::::.  . ..
NP_149 CVSEPDKDDDFLSLNFPRKLWKIVESDQFKSISWDENGTCIVINEELFKKEILETKAPYR
           70        80        90       100       110       120    

           150       160       170         180       190       200 
pF1KB8 VFATTSIKSFFRQLNLYGFRKRRQCTFRT-FTRIF-SAKRLVSILNKLEFYCHPYFQRDS
       .: : .:::: :::::::: : .:   :. :   : : ..  :.:.::.:: .: :.:  
NP_149 IFQTDAIKSFVRQLNLYGFSKIQQNFQRSAFLATFLSEEKESSVLSKLKFYYNPNFKRGY
          130       140       150       160       170       180    

             210        220            230              240        
pF1KB8 PHLLVRMKRRVGVKSA-PRHQ--EED---KPEAAG-------SCLAPADTEQQDHTSPNE
       :.::::.:::.:::.: :     .::   :   ::       : :: :.. ...  : ..
NP_149 PQLLVRVKRRIGVKNASPISTLFNEDFNKKHFRAGANMENHNSALA-AEASEESLFSASK
          190       200       210       220       230        240   

      250             260       270        280       290       300 
pF1KB8 NDQVTPQHREP------AGPNTQIRSGSAPPATPVMV-PDSAVASDNSPVTQPAGEWSEG
       : .. :  ::       :. .. ::::  ::.  . : :.  .:.:.  . .     .  
NP_149 NLNM-PLTRESSVRQIIANSSVPIRSGFPPPSPSTSVGPSEQIATDQHAILNQLT--TIH
            250       260       270       280       290         300

             310           320       330       340       350       
pF1KB8 SQAHVTPVAA----VPGPAALPFLYVPGSPTQMNSYGPVVALPTASRSTLAMDTTG-LPA
        ..: : . :    :   ..    :   :: : . .: .:  :.:  .   . ...  : 
NP_149 MHSHSTYMQARGHIVNFITTTTSQYHIISPLQNGYFGLTVE-PSAVPTRYPLVSVNEAPY
              310       320       330       340        350         

        360       370       380       390       400       410      
pF1KB8 PGMLPFCHLWVPVTLVAAGAAQPAASMVMFPHLPALHHHCPHSHCTSQYMPASDGPQAYP
        .:::  . :. .  .:  .: : . ... :  :  ..:                     
NP_149 RNMLPAGNPWLQMPTIADRSAAPHSRLALQPS-PLDKYHPNYN                 
     360       370       380       390        400                  

        420   
pF1KB8 DYADQST

>>XP_005262622 (OMIM: 400029,415000) PREDICTED: heat sho  (323 aa)
 initn: 464 init1: 268 opt: 424  Z-score: 305.9  bits: 65.2 E(85289): 2.7e-10
Smith-Waterman score: 474; 34.3% identity (58.3% similar) in 321 aa overlap (101-395:4-319)

               80        90       100       110       120       130
pF1KB8 LAEEASFRRPHPDGDVPPQGEDNLLSLPFPQKLWRLVSSNQFSSIWWDDSGACRVINQKL
                                     .:::..: :.::.:: ::..:.: :::..:
XP_005                            MLFRKLWKIVESDQFKSISWDENGTCIVINEEL
                                          10        20        30   

              140       150       160       170         180        
pF1KB8 FEKEILKRDVAHKVFATTSIKSFFRQLNLYGFRKRRQCTFRT-FTRIF-SAKRLVSILNK
       :.::::.  . ...: : .:::: :::::::: : .:   :. :   : : ..  :.:.:
XP_005 FKKEILETKAPYRIFQTDAIKSFVRQLNLYGFSKIQQNFQRSAFLATFLSEEKESSVLSK
            40        50        60        70        80        90   

      190       200       210        220            230            
pF1KB8 LEFYCHPYFQRDSPHLLVRMKRRVGVKSA-PRHQ--EED---KPEAAGSCLA------PA
       :.:: .: :.:  :.::::.:::.:::.: :     .::   :   ::. .        :
XP_005 LKFYYNPNFKRGYPQLLVRVKRRIGVKNASPISTLFNEDFNKKHFRAGANMENHNSALAA
           100       110       120       130       140       150   

        240       250             260       270        280         
pF1KB8 DTEQQDHTSPNENDQVTPQHREP------AGPNTQIRSGSAPPATPVMV-PDSAVASDNS
       .. ...  : ..: .. :  ::       :. .. ::::  ::.  . : :.  .:.:. 
XP_005 EASEESLFSASKNLNM-PLTRESSVRQIIANSSVPIRSGFPPPSPSTSVGPSEQIATDQH
           160        170       180       190       200       210  

     290       300       310           320       330       340     
pF1KB8 PVTQPAGEWSEGSQAHVTPVAA----VPGPAALPFLYVPGSPTQMNSYGPVVALPTASRS
        . .        :  : : . :    :   ..    :   :: : . .: .:  :.:  .
XP_005 AILNQLTTIHMHS--HSTYMQARGHIVNFITTTTSQYHIISPLQNGYFGLTVE-PSAVPT
            220         230       240       250       260          

         350        360       370       380       390       400    
pF1KB8 TLAMDTTG-LPAPGMLPFCHLWVPVTLVAAGAAQPAASMVMFPHLPALHHHCPHSHCTSQ
          . ...  :  .:::  . :. .  .:  .: : . ... :  :  ..:         
XP_005 RYPLVSVNEAPYRNMLPAGNPWLQMPTIADRSAAPHSRLALQPS-PLDKYHPNYN     
     270       280       290       300       310        320        

          410       420   
pF1KB8 YMPASDGPQAYPDYADQST

>>XP_016885574 (OMIM: 400029,415000) PREDICTED: heat sho  (328 aa)
 initn: 464 init1: 268 opt: 424  Z-score: 305.8  bits: 65.2 E(85289): 2.7e-10
Smith-Waterman score: 474; 34.3% identity (58.3% similar) in 321 aa overlap (101-395:9-324)

               80        90       100       110       120       130
pF1KB8 LAEEASFRRPHPDGDVPPQGEDNLLSLPFPQKLWRLVSSNQFSSIWWDDSGACRVINQKL
                                     .:::..: :.::.:: ::..:.: :::..:
XP_016                       MALRHLVARKLWKIVESDQFKSISWDENGTCIVINEEL
                                     10        20        30        

              140       150       160       170         180        
pF1KB8 FEKEILKRDVAHKVFATTSIKSFFRQLNLYGFRKRRQCTFRT-FTRIF-SAKRLVSILNK
       :.::::.  . ...: : .:::: :::::::: : .:   :. :   : : ..  :.:.:
XP_016 FKKEILETKAPYRIFQTDAIKSFVRQLNLYGFSKIQQNFQRSAFLATFLSEEKESSVLSK
       40        50        60        70        80        90        

      190       200       210        220            230            
pF1KB8 LEFYCHPYFQRDSPHLLVRMKRRVGVKSA-PRHQ--EED---KPEAAGSCLA------PA
       :.:: .: :.:  :.::::.:::.:::.: :     .::   :   ::. .        :
XP_016 LKFYYNPNFKRGYPQLLVRVKRRIGVKNASPISTLFNEDFNKKHFRAGANMENHNSALAA
      100       110       120       130       140       150        

        240       250             260       270        280         
pF1KB8 DTEQQDHTSPNENDQVTPQHREP------AGPNTQIRSGSAPPATPVMV-PDSAVASDNS
       .. ...  : ..: .. :  ::       :. .. ::::  ::.  . : :.  .:.:. 
XP_016 EASEESLFSASKNLNM-PLTRESSVRQIIANSSVPIRSGFPPPSPSTSVGPSEQIATDQH
      160       170        180       190       200       210       

     290       300       310           320       330       340     
pF1KB8 PVTQPAGEWSEGSQAHVTPVAA----VPGPAALPFLYVPGSPTQMNSYGPVVALPTASRS
        . .        :  : : . :    :   ..    :   :: : . .: .:  :.:  .
XP_016 AILNQLTTIHMHS--HSTYMQARGHIVNFITTTTSQYHIISPLQNGYFGLTVE-PSAVPT
       220       230         240       250       260        270    

         350        360       370       380       390       400    
pF1KB8 TLAMDTTG-LPAPGMLPFCHLWVPVTLVAAGAAQPAASMVMFPHLPALHHHCPHSHCTSQ
          . ...  :  .:::  . :. .  .:  .: : . ... :  :  ..:         
XP_016 RYPLVSVNEAPYRNMLPAGNPWLQMPTIADRSAAPHSRLALQPS-PLDKYHPNYN     
          280       290       300       310        320             

          410       420   
pF1KB8 YMPASDGPQAYPDYADQST

>>NP_689797 (OMIM: 400029,415000) heat shock transcripti  (203 aa)
 initn: 333 init1: 300 opt: 381  Z-score: 279.8  bits: 59.7 E(85289): 7.6e-09
Smith-Waterman score: 381; 45.7% identity (72.1% similar) in 140 aa overlap (55-191:35-174)

           30        40        50        60        70        80    
pF1KB8 ERVPFPPQLQSETYLHPADPSPAWDDPGSTGSPNLRLLTEEIAFQPLAEEASFRRPHPDG
                                     :. .:: . :: ::: :.. . .. :    
NP_689 SSETQDVSPKDELTASEASTRSPLCEHTFPGDSDLRSMIEEHAFQVLSQGSLLESPSYTV
           10        20        30        40        50        60    

            90       100       110       120       130       140   
pF1KB8 DVP-PQGEDNLLSLPFPQKLWRLVSSNQFSSIWWDDSGACRVINQKLFEKEILKRDVAHK
        :  :. .:..::: ::.:::..: :.::.:: ::..:.: :::..::.::::.  . ..
NP_689 CVSEPDKDDDFLSLNFPRKLWKIVESDQFKSISWDENGTCIVINEELFKKEILETKAPYR
           70        80        90       100       110       120    

           150       160       170         180       190       200 
pF1KB8 VFATTSIKSFFRQLNLYGFRKRRQCTFRT-FTRIF-SAKRLVSILNKLEFYCHPYFQRDS
       .: : .:::: :::::::: : .:   :. :   : : ..  :.:.:..:          
NP_689 IFQTDAIKSFVRQLNLYGFSKIQQNFQRSAFLATFLSEEKESSVLSKIRFTKMKLSRSST
          130       140       150       160       170       180    

             210       220       230       240       250       260 
pF1KB8 PHLLVRMKRRVGVKSAPRHQEEDKPEAAGSCLAPADTEQQDHTSPNENDQVTPQHREPAG
                                                                   
NP_689 YENRYLCCNLHLKDESNYS                                         
          190       200                                            




423 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]