Result of FASTA (omim) for
pFN21AB8287
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8287, 422 aa
1>>>pF1KB8287 422 - 422 aa - 422 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5455+/-0.000686; mu= 12.3689+/- 0.042
mean_var=308.2982+/-62.365, 0's: 0 Z-trim(113.2): 2013 B-trim: 84 in 1/54
Lambda= 0.073045
statistics sampled from 20154 (22464) to 20154 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.607), E-opt: 0.2 (0.263), width: 16
Scan time: 8.810
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003408 (OMIM: 604668) zinc finger protein 264 [ ( 627) 1684 192.5 2.6e-48
XP_011525824 (OMIM: 604668) PREDICTED: zinc finger ( 595) 1336 155.8 2.7e-37
NP_998763 (OMIM: 616847) zinc finger protein 543 [ ( 600) 1234 145.0 4.7e-34
NP_003437 (OMIM: 300024) zinc finger protein 157 [ ( 506) 1158 136.9 1.1e-31
NP_003432 (OMIM: 194648,615226) zinc finger protei ( 474) 1145 135.5 2.8e-31
XP_016864080 (OMIM: 194648,615226) PREDICTED: zinc ( 534) 1145 135.6 3e-31
NP_003431 (OMIM: 604082) zinc finger protein 140 i ( 457) 1128 133.7 9.6e-31
XP_011533137 (OMIM: 604082) PREDICTED: zinc finger ( 457) 1128 133.7 9.6e-31
NP_062537 (OMIM: 194537) zinc finger protein 26 is ( 533) 1120 132.9 1.9e-30
XP_016875410 (OMIM: 194537) PREDICTED: zinc finger ( 546) 1120 132.9 1.9e-30
NP_001243208 (OMIM: 194537) zinc finger protein 26 ( 566) 1120 133.0 1.9e-30
XP_016875409 (OMIM: 194537) PREDICTED: zinc finger ( 575) 1120 133.0 1.9e-30
XP_011533136 (OMIM: 604082) PREDICTED: zinc finger ( 458) 1116 132.4 2.3e-30
XP_011533135 (OMIM: 604082) PREDICTED: zinc finger ( 458) 1116 132.4 2.3e-30
XP_011515622 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 499) 1104 131.2 5.8e-30
XP_016869365 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 499) 1104 131.2 5.8e-30
NP_001273699 (OMIM: 194526) zinc finger protein 34 ( 520) 1104 131.2 5.9e-30
XP_011515620 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539) 1104 131.3 6e-30
XP_011515617 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539) 1104 131.3 6e-30
XP_011515618 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539) 1104 131.3 6e-30
NP_001273698 (OMIM: 194526) zinc finger protein 34 ( 539) 1104 131.3 6e-30
XP_016869364 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 539) 1104 131.3 6e-30
XP_016869361 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560) 1104 131.3 6.1e-30
XP_016869363 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560) 1104 131.3 6.1e-30
XP_016869362 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560) 1104 131.3 6.1e-30
NP_085057 (OMIM: 194526) zinc finger protein 34 is ( 560) 1104 131.3 6.1e-30
XP_011515616 (OMIM: 194526) PREDICTED: zinc finger ( 560) 1104 131.3 6.1e-30
NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1091 129.8 1.5e-29
NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1091 129.8 1.5e-29
XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1091 129.8 1.5e-29
NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1091 129.8 1.5e-29
NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498) 1091 129.8 1.5e-29
NP_001317551 (OMIM: 604755) zinc finger protein 46 ( 521) 1087 129.4 2e-29
XP_016881665 (OMIM: 604755) PREDICTED: zinc finger ( 555) 1087 129.5 2.1e-29
NP_006626 (OMIM: 604755) zinc finger protein 460 i ( 562) 1087 129.5 2.1e-29
NP_001317442 (OMIM: 194537) zinc finger protein 26 ( 513) 1085 129.2 2.3e-29
NP_001317443 (OMIM: 194537) zinc finger protein 26 ( 513) 1085 129.2 2.3e-29
XP_016875411 (OMIM: 194537) PREDICTED: zinc finger ( 513) 1085 129.2 2.3e-29
XP_016875412 (OMIM: 194537) PREDICTED: zinc finger ( 513) 1085 129.2 2.3e-29
XP_005266240 (OMIM: 194537) PREDICTED: zinc finger ( 513) 1085 129.2 2.3e-29
NP_001128650 (OMIM: 609601) zinc finger protein 39 ( 534) 1079 128.6 3.7e-29
XP_016881531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 534) 1079 128.6 3.7e-29
XP_011524533 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 534) 1079 128.6 3.7e-29
XP_011524531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 1079 128.6 3.8e-29
XP_006722621 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 1079 128.6 3.8e-29
XP_011524532 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553) 1079 128.6 3.8e-29
NP_001166303 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 568) 1078 128.6 4.1e-29
NP_443092 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 i ( 604) 1078 128.6 4.2e-29
XP_011536004 (OMIM: 612429) PREDICTED: zinc finger ( 609) 1078 128.6 4.2e-29
NP_001166302 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 620) 1078 128.6 4.3e-29
>>NP_003408 (OMIM: 604668) zinc finger protein 264 [Homo (627 aa)
initn: 1163 init1: 1163 opt: 1684 Z-score: 988.4 bits: 192.5 E(85289): 2.6e-48
Smith-Waterman score: 1684; 56.9% identity (80.1% similar) in 418 aa overlap (6-422:8-422)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAETKDAAQMLVTFKDVAVTFTREEWRQLDLAQRTLYREVMLETCGLLVSLGHRVPKP
: ::. ::: :::::::.::: ::::::::::.:::::.:::::::: :::
NP_003 MAAAVLTDRAQVSVTFDDVAVTFTKEEWGQLDLAQRTLYQEVMLENCGLLVSLGCPVPKA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 ELVHLLEHGQELWIVKRGLSHATCAGDRAQVHTREPTTYPPVLSERAFLRGSLTLESSTS
::. :::::: : :. ::. :: ::... .: :::: :.::: :.:..: ...:
NP_003 ELICHLEHGQEPWTRKEDLSQDTCPGDKGKPKTTEPTTCEPALSEGISLQGQVT--QGNS
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 SDSRLGRARDEEGLLEMQKGKVTPETDLHKETHLGKVSLEGEGLGTDDGLHSRALQEWLS
::.::.:.:..:: :::.:. : : .: ::.: : .:::: ::. :: :: .:
NP_003 VDSQLGQAEDQDGLSEMQEGHFRPGID-PQEKSPGKMSPECDGLGTADGVCSRIGQEQVS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 -ADVLHECDSQQPGKDALIHAGTNPYKCKQCGKGFNRKWYLVRHQRVHTGMKPYECNACG
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NP_003 PGDRVRSHNSCESGKDPMIQEEENNFKCSECGKVFNKKHLLAGHEKIHSGVKPYECTECG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 KAFSQSSTLIRHYLIHTGEKPYKCLECGKAFKRRSYLMQHHPIHTGEKPYECSQCRKAFT
:.: .:. :..:..:::::.::.:.::::::.:.::: ::. ::.:::::.:..: ::::
NP_003 KTFIKSTHLLQHHMIHTGERPYECMECGKAFNRKSYLTQHQRIHSGEKPYKCNECGKAFT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 HRSTFIRHNRTHTGEKPFECKECEKAFSNRAHLIQHYIIHTGEKPYDCMACGKAFRCSSE
:::.:. ::: ::::: : : :: ..: .: ...::..:.::.::.:. :::.:. :
NP_003 HRSNFVLHNRRHTGEKSFVCTECGQVFRHRPGFLRHYVVHSGENPYECLECGKVFKHRSY
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB8 LIQHQRIHTGEKPYECTQCGKAFHRSTYLIQHSVIHTGEMPYKCIECGKAFKRRSHLLQH
:. ::. :::::::::..:::.: .:. ::.: :::::: :..:.::::::..::.: .:
NP_003 LMWHQQTHTGEKPYECSECGKVFLESAALIHHYVIHTGEKPFECLECGKAFNHRSYLKRH
360 370 380 390 400 410
420
pF1KB8 QRVHT
::.::
NP_003 QRIHTGEKPFVCSECGKAFTHCSTFILHKRAHTGEKPFECKECGKAFSNRKDLIRHFSIH
420 430 440 450 460 470
>--
initn: 1228 init1: 725 opt: 725 Z-score: 442.3 bits: 91.4 E(85289): 6.8e-18
Smith-Waterman score: 725; 70.7% identity (84.3% similar) in 140 aa overlap (283-422:423-562)
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 HTGEKPYKCLECGKAFKRRSYLMQHHPIHTGEKPYECSQCRKAFTHRSTFIRHNRTHTGE
::::. ::.: ::::: :::: :.:.::::
NP_003 HTGEKPFECLECGKAFNHRSYLKRHQRIHTGEKPFVCSECGKAFTHCSTFILHKRAHTGE
400 410 420 430 440 450
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 KPFECKECEKAFSNRAHLIQHYIIHTGEKPYDCMACGKAFRCSSELIQHQRIHTGEKPYE
:::::::: :::::: ::.:. ::::::::.:. ::::: : : .:.:::.::::::
NP_003 KPFECKECGKAFSNRKDLIRHFSIHTGEKPYECVECGKAFTRMSGLTRHKRIHSGEKPYE
460 470 480 490 500 510
380 390 400 410 420
pF1KB8 CTQCGKAFHRSTYLIQHSVIHTGEMPYKCIECGKAFKRRSHLLQHQRVHT
:..:::.: :: ::.:..::::: :::: ::::::.: : : ::::.::
NP_003 CVECGKSFCWSTNLIRHAIIHTGEKPYKCSECGKAFSRSSSLTQHQRMHTGKNPISVTDV
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NP_003 GRPFTSGQTSVTLRELLLGKDFLNVTTEANILPEETSSSASDQPYQRETPQVSSL
580 590 600 610 620
>>XP_011525824 (OMIM: 604668) PREDICTED: zinc finger pro (595 aa)
initn: 1163 init1: 1163 opt: 1336 Z-score: 790.4 bits: 155.8 E(85289): 2.7e-37
Smith-Waterman score: 1499; 52.6% identity (75.1% similar) in 418 aa overlap (6-422:8-390)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAETKDAAQMLVTFKDVAVTFTREEWRQLDLAQRTLYREVMLETCGLLVSLGHRVPKP
: ::. ::: :::::::.::: ::::::::::.:::::.::::::::
XP_011 MAAAVLTDRAQVSVTFDDVAVTFTKEEWGQLDLAQRTLYQEVMLENCGLLVSLG------
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 ELVHLLEHGQELWIVKRGLSHATCAGDRAQVHTREPTTYPPVLSERAFLRGSLTLESSTS
:... .: :::: :.::: :.:..: ...:
XP_011 --------------------------DKGKPKTTEPTTCEPALSEGISLQGQVT--QGNS
60 70 80
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pF1KB8 SDSRLGRARDEEGLLEMQKGKVTPETDLHKETHLGKVSLEGEGLGTDDGLHSRALQEWLS
::.::.:.:..:: :::.:. : : .: ::.: : .:::: ::. :: :: .:
XP_011 VDSQLGQAEDQDGLSEMQEGHFRPGID-PQEKSPGKMSPECDGLGTADGVCSRIGQEQVS
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 -ADVLHECDSQQPGKDALIHAGTNPYKCKQCGKGFNRKWYLVRHQRVHTGMKPYECNACG
.: .. .: . ::: .:. : .::..::: ::.: :. :...:.:.:::::. ::
XP_011 PGDRVRSHNSCESGKDPMIQEEENNFKCSECGKVFNKKHLLAGHEKIHSGVKPYECTECG
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pF1KB8 KAFSQSSTLIRHYLIHTGEKPYKCLECGKAFKRRSYLMQHHPIHTGEKPYECSQCRKAFT
:.: .:. :..:..:::::.::.:.::::::.:.::: ::. ::.:::::.:..: ::::
XP_011 KTFIKSTHLLQHHMIHTGERPYECMECGKAFNRKSYLTQHQRIHSGEKPYKCNECGKAFT
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pF1KB8 HRSTFIRHNRTHTGEKPFECKECEKAFSNRAHLIQHYIIHTGEKPYDCMACGKAFRCSSE
:::.:. ::: ::::: : : :: ..: .: ...::..:.::.::.:. :::.:. :
XP_011 HRSNFVLHNRRHTGEKSFVCTECGQVFRHRPGFLRHYVVHSGENPYECLECGKVFKHRSY
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pF1KB8 LIQHQRIHTGEKPYECTQCGKAFHRSTYLIQHSVIHTGEMPYKCIECGKAFKRRSHLLQH
:. ::. :::::::::..:::.: .:. ::.: :::::: :..:.::::::..::.: .:
XP_011 LMWHQQTHTGEKPYECSECGKVFLESAALIHHYVIHTGEKPFECLECGKAFNHRSYLKRH
330 340 350 360 370 380
420
pF1KB8 QRVHT
::.::
XP_011 QRIHTGEKPFVCSECGKAFTHCSTFILHKRAHTGEKPFECKECGKAFSNRKDLIRHFSIH
390 400 410 420 430 440
>--
initn: 1228 init1: 725 opt: 725 Z-score: 442.4 bits: 91.4 E(85289): 6.6e-18
Smith-Waterman score: 725; 70.7% identity (84.3% similar) in 140 aa overlap (283-422:391-530)
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 HTGEKPYKCLECGKAFKRRSYLMQHHPIHTGEKPYECSQCRKAFTHRSTFIRHNRTHTGE
::::. ::.: ::::: :::: :.:.::::
XP_011 HTGEKPFECLECGKAFNHRSYLKRHQRIHTGEKPFVCSECGKAFTHCSTFILHKRAHTGE
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320 330 340 350 360 370
pF1KB8 KPFECKECEKAFSNRAHLIQHYIIHTGEKPYDCMACGKAFRCSSELIQHQRIHTGEKPYE
:::::::: :::::: ::.:. ::::::::.:. ::::: : : .:.:::.::::::
XP_011 KPFECKECGKAFSNRKDLIRHFSIHTGEKPYECVECGKAFTRMSGLTRHKRIHSGEKPYE
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380 390 400 410 420
pF1KB8 CTQCGKAFHRSTYLIQHSVIHTGEMPYKCIECGKAFKRRSHLLQHQRVHT
:..:::.: :: ::.:..::::: :::: ::::::.: : : ::::.::
XP_011 CVECGKSFCWSTNLIRHAIIHTGEKPYKCSECGKAFSRSSSLTQHQRMHTGKNPISVTDV
490 500 510 520 530 540
XP_011 GRPFTSGQTSVTLRELLLGKDFLNVTTEANILPEETSSSASDQPYQRETPQVSSL
550 560 570 580 590
>>NP_998763 (OMIM: 616847) zinc finger protein 543 [Homo (600 aa)
initn: 1224 init1: 1224 opt: 1234 Z-score: 732.3 bits: 145.0 E(85289): 4.7e-34
Smith-Waterman score: 1325; 58.5% identity (81.4% similar) in 311 aa overlap (113-422:108-418)
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 AGDRAQVHTREPTTYPPVLSERAFLRGSLTLESSTSSDSRLGRARDEEGLLEMQKGKVTP
: ...:..:.::...:..: :::. ..
NP_998 SYPGDNTKPKTTEPTFSHLALPEEVLLQEQLTQGASKNSQLGQSKDQDGPSEMQEVHLKI
80 90 100 110 120 130
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pF1KB8 ETDLHKETHLGKVSLEGEGLGTDDGLHSRALQEWLSADV-LHECDSQQPGKDALIHAGTN
.. : :.: : .:::.:::. .. :. .:.. :.::::. : ::::. :
NP_998 GIGPQRGKLLEKMSSERDGLGSDDGVCTKITQKQVSTEGDLYECDSHGPVTDALIREEKN
140 150 160 170 180 190
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pF1KB8 PYKCKQCGKGFNRKWYLVRHQRVHTGMKPYECNACGKAFSQSSTLIRHYLIHTGEKPYKC
:::..::: :... ::.:.:.:: .:::::. :::.::.:. :..: .::::::::::
NP_998 SYKCEECGKVFKKNALLVQHERIHTQVKPYECTECGKTFSKSTHLLQHLIIHTGEKPYKC
200 210 220 230 240 250
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pF1KB8 LECGKAFKRRSYLMQHHPIHTGEKPYECSQCRKAFTHRSTFIRHNRTHTGEKPFECKECE
.::::::.:::.: .:. ::.:::::.::.: :::::::::. :.:.::::::: ::::
NP_998 MECGKAFNRRSHLTRHQRIHSGEKPYKCSECGKAFTHRSTFVLHHRSHTGEKPFVCKECG
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pF1KB8 KAFSNRAHLIQHYIIHTGEKPYDCMACGKAFRCSSELIQHQRIHTGEKPYECTQCGKAFH
::: .: .:.:::::::::::.:. ::::: : : ::.:::: ::.::..:::::
NP_998 KAFRDRPGFIRHYIIHTGEKPYECIECGKAFNRRSYLTWHQQIHTGVKPFECNECGKAFC
320 330 340 350 360 370
390 400 410 420
pF1KB8 RSTYLIQHSVIHTGEMPYKCIECGKAFKRRSHLLQHQRVHT
.:. :::: .::::: ::::.::::::.::::: ::::.::
NP_998 ESADLIQHYIIHTGEKPYKCMECGKAFNRRSHLKQHQRIHTGEKPYECSECGKAFTHCST
380 390 400 410 420 430
NP_998 FVLHKRTHTGEKPYECKECGKAFSDRADLIRHFSIHTGEKPYECVECGKAFNRSSHLTRH
440 450 460 470 480 490
>--
initn: 1920 init1: 758 opt: 758 Z-score: 461.2 bits: 94.9 E(85289): 6e-19
Smith-Waterman score: 758; 73.6% identity (87.1% similar) in 140 aa overlap (283-422:419-558)
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 HTGEKPYKCLECGKAFKRRSYLMQHHPIHTGEKPYECSQCRKAFTHRSTFIRHNRTHTGE
::::::::.: ::::: :::. :.::::::
NP_998 HTGEKPYKCMECGKAFNRRSHLKQHQRIHTGEKPYECSECGKAFTHCSTFVLHKRTHTGE
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pF1KB8 KPFECKECEKAFSNRAHLIQHYIIHTGEKPYDCMACGKAFRCSSELIQHQRIHTGEKPYE
::.::::: ::::.:: ::.:. ::::::::.:. ::::: ::.: .::.:::::::::
NP_998 KPYECKECGKAFSDRADLIRHFSIHTGEKPYECVECGKAFNRSSHLTRHQQIHTGEKPYE
450 460 470 480 490 500
380 390 400 410 420
pF1KB8 CTQCGKAFHRSTYLIQHSVIHTGEMPYKCIECGKAFKRRSHLLQHQRVHT
: :::::: ::. ::.::.::::: ::.: ::::::.: : : .:::.::
NP_998 CIQCGKAFCRSANLIRHSIIHTGEKPYECSECGKAFNRGSSLTHHQRIHTGRNPTIVTDV
510 520 530 540 550 560
NP_998 GRPFMTAQTSVNIQELLLGKEFLNITTEENLW
570 580 590 600
>--
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Smith-Waterman score: 364; 56.9% identity (80.4% similar) in 102 aa overlap (7-108:4-105)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAETKDAAQMLVTFKDVAVTFTREEWRQLDLAQRTLYREVMLETCGLLVSLGHRVPKPEL
.::. :::.:::::::.::: ::: ::::::.::::::::::.::: . ::::
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.. :.: ::::.. . ::... :: .. .: ::: .: :...:.
NP_998 IYQLDHRQELWMATKDLSQSSYPGDNTKPKTTEPTFSHLALPEEVLLQEQLTQGASKNSQ
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NP_998 LGQSKDQDGPSEMQEVHLKIGIGPQRGKLLEKMSSERDGLGSDDGVCTKITQKQVSTEGD
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Smith-Waterman score: 1158; 43.2% identity (68.0% similar) in 419 aa overlap (12-422:27-437)
10 20 30 40
pF1KB8 MAETKDAAQMLVTFKDVAVTFTREEWRQLDLAQRTLYREVMLETC
:.:.:::: :::.::..:: ::::....:::::
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.:. . ::.... .. ... :.. . : ::. : . : : ::. . .:
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.:. . . . . :: . ... :: :.: :..:..:::.:.::
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: :::::::::..: : : .... .:.: ::::::.:: :: : : . : .: :
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::::::.: :::.:: : : :::::::::::::..::.::. .. ::.:. .:.::
NP_003 TGEKPYQCNECGKSFRVHSSLGIHQRIHTGEKPYECNECGNAFYVKARLIEHQRMHSGEK
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NP_003 PYECSECGKIFSMKKSLCQHRRTHTGEKPYECSECGNAFYVKVRLIEHQRIHTGERPFEC
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>>NP_003432 (OMIM: 194648,615226) zinc finger protein 14 (474 aa)
initn: 1001 init1: 1001 opt: 1145 Z-score: 682.5 bits: 135.5 E(85289): 2.8e-31
Smith-Waterman score: 1145; 43.4% identity (65.2% similar) in 422 aa overlap (11-422:3-418)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAETKDAAQMLVTFKDVAVTFTREEWRQLDLAQRTLYREVMLETCGLLVSLGHRVPKPEL
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: ::. .: . :: : : :. .: : .: . : . . :
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. .: .. . ..::: . .. . :. .:. .. . . . . .. .
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: :: : : . .:::: .:: :..:::.: :: :. .:.:.::: ::
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pF1KB8 YECNACGKAFSQSSTLIRHYLIHTGEKPYKCLECGKAFKRRSYLMQHHPIHTGEKPYECS
. :. ::. :. :: . .: .:::::::::: ::::::.: . : .:. ::.:::: :
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::: ::.: .:...::::.::.: .::::: :: : .:. ::::: :::: ::::::.:
NP_003 AFRQSSKLNEHKKVHTGERPYKCDECGKAFGRSRVLNEHKKIHTGEKPYKCEECGKAFRR
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420
pF1KB8 RSHLLQHQRVHT
. ::...:.
NP_003 STDRSQHKKIHSADKPYKCKECDKAFKQFSLLSQHKKIHTVDKPYKCKDCDKAFKRFSHL
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>>XP_016864080 (OMIM: 194648,615226) PREDICTED: zinc fin (534 aa)
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Smith-Waterman score: 1145; 43.4% identity (65.2% similar) in 422 aa overlap (11-422:63-478)
10 20 30 40
pF1KB8 MAETKDAAQMLVTFKDVAVTFTREEWRQLDLAQRTLYREV
:.::.:::. :. :::. :: :..:::.:
XP_016 IGSAENAMFEDDDWWSWDEKYLCCDNGVGELLTFRDVAIEFSPEEWKCLDPDQQNLYRDV
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pF1KB8 MLETCGLLVSLGHRVPKPELVHLLEHGQELWIVKRGLSHATCAGDRAQVHTREPTTYPPV
:::. ::::: . .:.:: ::. .: . :: : : :. .:
XP_016 MLENYRNLVSLGVAISNPDLVTCLEQRKEPYNVK---IHKIVARPPAMCSHFTQDHWPVQ
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pF1KB8 LSERAFLRGSLTLESSTSSDS-RLGRARDEEGLLEMQKGKVTPETDLHKETHLGKVSLEG
: .: . : . . :. .: .. . ..::: . .. . :. .:.
XP_016 GIEDSFHKLILRRYEKCGHDNLQLRKGCKSLNECKLQKGGYNEFNECLSTTQ-SKILQCK
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.. . . . . .. . : :: : : . .:::: .:: :..:::.:
XP_016 ASVKVVSKFSNSNKRKTRHTGEKHFKECGKSFQKFSHLTQHKVIHAGEKPYTCEECGKAF
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:: :. .:.:.::: ::. :. ::. :. :: . .: .:::::::::: ::::::.:
XP_016 --KWSLIFNEHKRIHTGEKPFTCEECGSIFTTSSHFAKHKIIHTGEKPYKCEECGKAFNR
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. : .:. ::.:::: : .::: :: :.: .:.: ::::::..:.:: :::. . :
XP_016 FTTLTKHKRIHAGEKPITCEECRKIFTSSSNFAKHKRIHTGEKPYKCEECGKAFNRSTTL
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340 350 360 370 380 390
pF1KB8 IQHYIIHTGEKPYDCMACGKAFRCSSELIQHQRIHTGEKPYECTQCGKAFHRSTYLIQHS
.: :::::::: : :::::: ::.: .:...::::.::.: .::::: :: : .:.
XP_016 TKHKRIHTGEKPYTCEECGKAFRQSSKLNEHKKVHTGERPYKCDECGKAFGRSRVLNEHK
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pF1KB8 VIHTGEMPYKCIECGKAFKRRSHLLQHQRVHT
::::: :::: ::::::.: . ::...:.
XP_016 KIHTGEKPYKCEECGKAFRRSTDRSQHKKIHSADKPYKCKECDKAFKQFSLLSQHKKIHT
450 460 470 480 490 500
XP_016 VDKPYKCKDCDKAFKRFSHLNKHKKIHT
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>>NP_003431 (OMIM: 604082) zinc finger protein 140 isofo (457 aa)
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pF1KB8 MAETKDAAQMLVTFKDVAVTFTREEWRQLDLAQRTLYREVMLETCGLLVSLGHRVPKPEL
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: :::.:.: :. :: ... . . . .... : . : . .. . .. .
NP_003 VSLLEQGKEPWLGKREVKRDLFSVSESSGEIKDFSPKNVIYDDSSQYLIMERILSQGPVY
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pF1KB8 SDSRLG-RARDEEGLLEMQKGKVTPETDLHKET---HLGKVSLEGEGLGTDDGLH--SRA
:. . : . .:. .:. ..: . : :.:. :.. ..: : : ...
NP_003 SSFKGGWKCKDHTEMLQENQGCIRKVTVSHQEALAQHMNISTVE-----RPYGCHECGKT
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. . .: :::. :.: .:: ::.::: :.. ::.:: .::: ::.:
NP_003 FGRRFSL-VLHQ----------RTHTGEKPYACKECGKTFSQISNLVKHQMIHTGKKPHE
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pF1KB8 CNACGKAFSQSSTLIRHYLIHTGEKPYKCLECGKAFKRRSYLMQHHPIHTGEKPYECSQC
:. :.:.:: : ::.: :::::::.: ::::::.: : : .:. :: :.: : : .:
NP_003 CKDCNKTFSYLSFLIEHQRTHTGEKPYECTECGKAFSRASNLTRHQRIHIGKKQYICRKC
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pF1KB8 RKAFTHRSTFIRHNRTHTGEKPFECKECEKAFSNRAHLIQHYIIHTGEKPYDCMACGKAF
:::. : .:::. :::::::.:: :: ::: .:: .: ::: . ::.: : :::
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:: : ::.:::::.::: ::: .:::.: . ::::. :::: :: : :: :::.:
NP_003 RCHSFLIKHQRIHAGEKLYECDECGKVFTWHASLIQHTKSHTGEKPYACAECDKAFSRSF
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pF1KB8 HLLQHQRVHT
:. :::.::
NP_003 SLILHQRTHTGEKPYVCKVCNKSFSWSSNLAKHQRTHTLDNPYEYENSFNYHSFLTEHQ
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>>XP_011533137 (OMIM: 604082) PREDICTED: zinc finger pro (457 aa)
initn: 948 init1: 948 opt: 1128 Z-score: 673.0 bits: 133.7 E(85289): 9.6e-31
Smith-Waterman score: 1163; 44.4% identity (65.7% similar) in 423 aa overlap (8-422:2-408)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAETKDAAQMLVTFKDVAVTFTREEWRQLDLAQRTLYREVMLETCGLLVSLGHRVPKPEL
.: :::.:::. :..:::. :. ::: ::: ::::. : ::::: . ::..
XP_011 MSQGSVTFRDVAIDFSQEEWKWLQPAQRDLYRCVMLENYGHLVSLGLSISKPDV
10 20 30 40 50
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pF1KB8 VHLLEHGQELWIVKRGLSHA--TCAGDRAQVHTREPTTYPPVLSERAFLRGSLTLESSTS
: :::.:.: :. :: ... . . . .... : . : . .. . .. .
XP_011 VSLLEQGKEPWLGKREVKRDLFSVSESSGEIKDFSPKNVIYDDSSQYLIMERILSQGPVY
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pF1KB8 SDSRLG-RARDEEGLLEMQKGKVTPETDLHKET---HLGKVSLEGEGLGTDDGLH--SRA
:. . : . .:. .:. ..: . : :.:. :.. ..: : : ...
XP_011 SSFKGGWKCKDHTEMLQENQGCIRKVTVSHQEALAQHMNISTVE-----RPYGCHECGKT
120 130 140 150 160
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pF1KB8 LQEWLSADVLHECDSQQPGKDALIHAGTNPYKCKQCGKGFNRKWYLVRHQRVHTGMKPYE
. . .: :::. :.: .:: ::.::: :.. ::.:: .::: ::.:
XP_011 FGRRFSL-VLHQ----------RTHTGEKPYACKECGKTFSQISNLVKHQMIHTGKKPHE
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pF1KB8 CNACGKAFSQSSTLIRHYLIHTGEKPYKCLECGKAFKRRSYLMQHHPIHTGEKPYECSQC
:. :.:.:: : ::.: :::::::.: ::::::.: : : .:. :: :.: : : .:
XP_011 CKDCNKTFSYLSFLIEHQRTHTGEKPYECTECGKAFSRASNLTRHQRIHIGKKQYICRKC
220 230 240 250 260 270
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pF1KB8 RKAFTHRSTFIRHNRTHTGEKPFECKECEKAFSNRAHLIQHYIIHTGEKPYDCMACGKAF
:::. : .:::. :::::::.:: :: ::: .:: .: ::: . ::.: : :::
XP_011 GKAFSSGSELIRHQITHTGEKPYECIECGKAFRRFSHLTRHQSIHTTKTPYECNECRKAF
280 290 300 310 320 330
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pF1KB8 RCSSELIQHQRIHTGEKPYECTQCGKAFHRSTYLIQHSVIHTGEMPYKCIECGKAFKRRS
:: : ::.:::::.::: ::: .:::.: . ::::. :::: :: : :: :::.:
XP_011 RCHSFLIKHQRIHAGEKLYECDECGKVFTWHASLIQHTKSHTGEKPYACAECDKAFSRSF
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:. :::.::
XP_011 SLILHQRTHTGEKPYVCKVCNKSFSWSSNLAKHQRTHTLDNPYEYENSFNYHSFLTEHQ
400 410 420 430 440 450
>>NP_062537 (OMIM: 194537) zinc finger protein 26 isofor (533 aa)
initn: 2603 init1: 925 opt: 1120 Z-score: 667.8 bits: 132.9 E(85289): 1.9e-30
Smith-Waterman score: 1120; 42.7% identity (65.4% similar) in 419 aa overlap (11-422:13-421)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAETKDAAQMLVTFKDVAVTFTREEWRQLDLAQRTLYREVMLETCGLLVSLGHRVPKP
:..:::... :: .::. :: .:. :::.:.::. :.:.:.. ::
NP_062 MATSFRTASCWGLLSFKDISMEFTWDEWQLLDSTQKYLYRDVILENYHNLISVGYHGTKP
10 20 30 40 50 60
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pF1KB8 ELVHLLEHGQELWIVKRGLSHATCAGDRAQVHTREPTTYPPVLSERAFLRGSL-TLESST
.:. ::.:.. ::.. .:. .: . . . . ::.. . : :. :
NP_062 DLIFKLEQGEDPWIINAKISRQSCPDGWEEWYQNNQDELESI--ERSYACSVLGRLNLSK
70 80 90 100 110
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pF1KB8 SSDSRLGRARDEEGLLEMQKGKVTPETDLHKETHLGKVSLEGEGLGTDDGL-HSRALQEW
. :: .: : : .:: ... ....: : . .: : :.:: .
NP_062 THDS--SRQR-----LYNTRGKSLTQNSAPSRSYLRKNPDKFHGYEEPYFLKHQRA-HSI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 LSADVLHECDSQQPGKDALI-----HAGTNPYKCKQCGKGFNRKWYLVRHQRVHTGMKPY
. : :: . :. :: :.: ::.:..: ..:. : : ::::::: :::
NP_062 EKNCVCSECGKAFRCKSQLIVHLRIHTGERPYECSKCERAFSAKSNLNAHQRVHTGEKPY
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530 540
422 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]