Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7989
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7989, 442 aa
1>>>pF1KB7989 442 - 442 aa - 442 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6067+/-0.00105; mu= -4.5829+/- 0.063
mean_var=371.3590+/-75.663, 0's: 0 Z-trim(114.9): 13 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.066554
statistics sampled from 15489 (15498) to 15489 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.781), E-opt: 0.2 (0.476), width: 16
Scan time: 3.240
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS393.2 TFAP2E gene_id:339488|Hs108|chr1 ( 442) 2975 299.4 4.8e-81
CCDS4934.2 TFAP2B gene_id:7021|Hs108|chr6 ( 460) 1737 180.5 3e-45
CCDS34337.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 ( 431) 1539 161.5 1.5e-39
CCDS43422.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 ( 433) 1539 161.5 1.5e-39
CCDS4510.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 ( 437) 1539 161.5 1.5e-39
CCDS13454.1 TFAP2C gene_id:7022|Hs108|chr20 ( 450) 1367 145.0 1.5e-34
CCDS4933.1 TFAP2D gene_id:83741|Hs108|chr6 ( 452) 1069 116.4 6.1e-26
>>CCDS393.2 TFAP2E gene_id:339488|Hs108|chr1 (442 aa)
initn: 2975 init1: 2975 opt: 2975 Z-score: 1568.4 bits: 299.4 E(32554): 4.8e-81
Smith-Waterman score: 2975; 100.0% identity (100.0% similar) in 442 aa overlap (1-442:1-442)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MLVHTYSAMERPDGLGAAAGGARLSSLPQAAYGPAPPLCHTPAATAAAEFQPPYFPPPYP
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CCDS39 MLVHTYSAMERPDGLGAAAGGARLSSLPQAAYGPAPPLCHTPAATAAAEFQPPYFPPPYP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 QPPLPYGQAPDAAAAFPHLAGDPYGGLAPLAQPQPPQAAWAAPRAAARAHEEPPGLLAPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 QPPLPYGQAPDAAAAFPHLAGDPYGGLAPLAQPQPPQAAWAAPRAAARAHEEPPGLLAPP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 ARALGLDPRRDYATAVPRLLHGLADGAHGLADAPLGLPGLAAAPGLEDLQAMDEPGMSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 ARALGLDPRRDYATAVPRLLHGLADGAHGLADAPLGLPGLAAAPGLEDLQAMDEPGMSLL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 DQSVIKKVPIPSKASSLSALSLAKDSLVGGITNPGEVFCSVPGRLSLLSSTSKYKVTVGE
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CCDS39 DQSVIKKVPIPSKASSLSALSLAKDSLVGGITNPGEVFCSVPGRLSLLSSTSKYKVTVGE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRCLRERLEKIGLNLPAGRRKAANVTLLTSLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 VQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRCLRERLEKIGLNLPAGRRKAANVTLLTSLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 EGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAAAEYLCRQHADPGELHSRKSMLLAAKQICKEFADLMA
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CCDS39 EGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAAAEYLCRQHADPGELHSRKSMLLAAKQICKEFADLMA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 QDRSPLGNSRPALILEPGVQSCLTHFSLITHGFGGPAICAALTAFQNYLLESLKGLDKMF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 QDRSPLGNSRPALILEPGVQSCLTHFSLITHGFGGPAICAALTAFQNYLLESLKGLDKMF
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB7 LSSVGSGHGETKASEKDAKHRK
::::::::::::::::::::::
CCDS39 LSSVGSGHGETKASEKDAKHRK
430 440
>>CCDS4934.2 TFAP2B gene_id:7021|Hs108|chr6 (460 aa)
initn: 1510 init1: 1243 opt: 1737 Z-score: 925.8 bits: 180.5 E(32554): 3e-45
Smith-Waterman score: 1737; 63.9% identity (80.5% similar) in 452 aa overlap (10-442:28-460)
10 20 30 40
pF1KB7 MLVHTYSAMERPDGLGAAAGG-ARLSSLPQAAYGPAPPLCHT
.: ::. . .. ..:.:. :. :. :::: ::
CCDS49 MHSPPRDQAAIMLWKLVENVKYEDIYEDRHDGVPSHSSRLSQLGSVSQGPYSSAPPLSHT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 PAATAAAEFQPPYFPPPYPQPPLPYGQAPDAAAAFPHLAGDPYGGLAPLAQPQPPQAAWA
:.. .:::::::::: :::: :. : . :. .:::. : :: ::: : :.
CCDS49 PSS----DFQPPYFPPPY--QPLPYHQSQDP---YSHV-NDPYS-LNPLHQPQ--QHPWG
70 80 90 100
110 120 130 140 150
pF1KB7 APRAAARAHEEPPGLLAPPARAL----GLDPRRDYATAVPR---LLHGLADGAH-GLADA
: .. : .:: : :: :::::::: . : : :::. : :..:.
CCDS49 Q-RQRQEVGSEAGSLLPQPRAALPQLSGLDPRRDYHS-VRRPDVLLHSAHHGLDAGMGDS
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 PLGLPGLAAAPGLEDLQAMDEP---GMSLLDQSVIKKVPIPSKASSLSALSLAKDSLVGG
:.: ::. ::.::.:.... ::.:::::::::::.: : :...: . ::...::
CCDS49 -LSLHGLGH-PGMEDVQSVEDANNSGMNLLDQSVIKKVPVPPK--SVTSLMMNKDGFLGG
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260
pF1KB7 IT-NPGEVFCSVPGRLSLLSSTSKYKVTVGEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGG
.. : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 MSVNTGEVFCSVPGRLSLLSSTSKYKVTVGEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGG
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 RCLRERLEKIGLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAAAEYLC
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::..:::
CCDS49 RSLRERLEKIGLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYICETEFPAKAVSEYLN
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 RQHADPGELHSRKSMLLAAKQICKEFADLMAQDRSPLGNSRPALILEPGVQSCLTHFSLI
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CCDS49 RQHTDPSDLHSRKNMLLATKQLCKEFTDLLAQDRTPIGNSRPSPILEPGIQSCLTHFSLI
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 THGFGGPAICAALTAFQNYLLESLKGLDKMFLSSVG-----SGHGE-TKASEKDAKHRK
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CCDS49 THGFGAPAICAALTALQNYLTEALKGMDKMFLNNTTTNRHTSGEGPGSKTGDKEEKHRK
410 420 430 440 450 460
>>CCDS34337.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 (431 aa)
initn: 1613 init1: 1256 opt: 1539 Z-score: 823.4 bits: 161.5 E(32554): 1.5e-39
Smith-Waterman score: 1711; 62.2% identity (78.7% similar) in 455 aa overlap (1-442:1-431)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MLVHTYSAMERPDGLGAAAGGARLSSLP---QAAYGPAPPLCHTPAATAAAEFQPPYFPP
::::..:::.: :: .. : ::: .: :. : :::: ::: : .::::::::
CCDS34 MLVHSFSAMDRHDG--TSNGTARLPQLGTVGQSPYTSAPPLSHTPNA----DFQPPYFPP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 PYPQPPLPYGQAPDAAAAFPHLAGDPYGGLAPL-AQPQPPQAAWAAPRAAARAHEEPPGL
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CCDS34 PY-QPIYPQSQDP-----YSHV-NDPYS-LNPLHAQPQPQHPGWPGQR-----QSQESGL
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 LAP----PARALGLDPRRDYATAVPRLLHGLADGAHGLADAPLGLPGLAAAPGLEDLQAM
: : . :::::::: :::: . ::.: :.. .: : .:.. .
CCDS34 LHTHRGLPHQLSGLDPRRDYRRH-EDLLHGPHALSSGLGD--LSIHSLPHA--IEEVPHV
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220
pF1KB7 DEPGMSLLDQSVIKKVPIP-SKASS--LSALSLAKDSLVGGITNPGEVFCSVPGRLSLLS
..::... ::.:::: :. ::..: .::. . ::.: ::..::.::::::::::::::
CCDS34 EDPGINIPDQTVIKKGPVSLSKSNSNAVSAIPINKDNLFGGVVNPNEVFCSVPGRLSLLS
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 STSKYKVTVGEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRCLRERLEKIGLNLPAGRRK
:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::: :::.:.::::::::::::
CCDS34 STSKYKVTVAEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRSLREKLDKIGLNLPAGRRK
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 AANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAAAEYLCRQHADPGELHSRKSMLLAAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.: :::.::.: .::.::::.:
CCDS34 AANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAVAEFLNRQHSDPNEQVTRKNMLLATK
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 QICKEFADLMAQDRSPLGNSRPALILEPGVQSCLTHFSLITHGFGGPAICAALTAFQNYL
::::::.::.:::::::::::: :::::.:::::::.::.::::.::.:::.::.::::
CCDS34 QICKEFTDLLAQDRSPLGNSRPNPILEPGIQSCLTHFNLISHGFGSPAVCAAVTALQNYL
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440
pF1KB7 LESLKGLDKMFLSSVGSGHGET--KASEKDAKHRK
:.::..:::.::. ..: .. :.:.:. ::::
CCDS34 TEALKAMDKMYLSNNPNSHTDNNAKSSDKEEKHRK
400 410 420 430
>>CCDS43422.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 (433 aa)
initn: 1544 init1: 1256 opt: 1539 Z-score: 823.4 bits: 161.5 E(32554): 1.5e-39
Smith-Waterman score: 1661; 61.9% identity (78.3% similar) in 446 aa overlap (10-442:12-433)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MLVHTYSAMERPDGLGAAAGGARLSSLP---QAAYGPAPPLCHTPAATAAAEFQPPYF
.: : :.. : ::: .: :. : :::: ::: : .::::::
CCDS43 MSILAKMGDWQDRHD--GTSNGTARLPQLGTVGQSPYTSAPPLSHTPNA----DFQPPYF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 PPPYPQPPLPYGQAPDAAAAFPHLAGDPYGGLAPL-AQPQPPQAAWAAPRAAARAHEEPP
:::: :: : .: : . :. .:::. : :: ::::: . .: . : . .
CCDS43 PPPY-QPIYPQSQDP-----YSHV-NDPYS-LNPLHAQPQPQHPGWPGQR-----QSQES
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 GLLAP----PARALGLDPRRDYATAVPRLLHGLADGAHGLADAPLGLPGLAAAPGLEDLQ
::: : . :::::::: :::: . ::.: :.. .: : .:..
CCDS43 GLLHTHRGLPHQLSGLDPRRDYRRH-EDLLHGPHALSSGLGD--LSIHSLPHA--IEEVP
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220
pF1KB7 AMDEPGMSLLDQSVIKKVPIP-SKASS--LSALSLAKDSLVGGITNPGEVFCSVPGRLSL
...::... ::.:::: :. ::..: .::. . ::.: ::..::.::::::::::::
CCDS43 HVEDPGINIPDQTVIKKGPVSLSKSNSNAVSAIPINKDNLFGGVVNPNEVFCSVPGRLSL
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 LSSTSKYKVTVGEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRCLRERLEKIGLNLPAGR
:::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::: :::.:.::::::::::
CCDS43 LSSTSKYKVTVAEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRSLREKLDKIGLNLPAGR
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 RKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAAAEYLCRQHADPGELHSRKSMLLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.: :::.::.: .::.::::
CCDS43 RKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAVAEFLNRQHSDPNEQVTRKNMLLA
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 AKQICKEFADLMAQDRSPLGNSRPALILEPGVQSCLTHFSLITHGFGGPAICAALTAFQN
.:::::::.::.:::::::::::: :::::.:::::::.::.::::.::.:::.::.::
CCDS43 TKQICKEFTDLLAQDRSPLGNSRPNPILEPGIQSCLTHFNLISHGFGSPAVCAAVTALQN
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440
pF1KB7 YLLESLKGLDKMFLSSVGSGHGET--KASEKDAKHRK
:: :.::..:::.::. ..: .. :.:.:. ::::
CCDS43 YLTEALKAMDKMYLSNNPNSHTDNNAKSSDKEEKHRK
400 410 420 430
>>CCDS4510.1 TFAP2A gene_id:7020|Hs108|chr6 (437 aa)
initn: 1544 init1: 1256 opt: 1539 Z-score: 823.3 bits: 161.5 E(32554): 1.5e-39
Smith-Waterman score: 1661; 61.9% identity (78.3% similar) in 446 aa overlap (10-442:16-437)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MLVHTYSAMERPDGLGAAAGGARLSSLP---QAAYGPAPPLCHTPAATAAAEFQ
.: : :.. : ::: .: :. : :::: ::: : .::
CCDS45 MLWKLTDNIKYEDCEDRHD--GTSNGTARLPQLGTVGQSPYTSAPPLSHTPNA----DFQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 PPYFPPPYPQPPLPYGQAPDAAAAFPHLAGDPYGGLAPL-AQPQPPQAAWAAPRAAARAH
:::::::: :: : .: : . :. .:::. : :: ::::: . .: . : .
CCDS45 PPYFPPPY-QPIYPQSQDP-----YSHV-NDPYS-LNPLHAQPQPQHPGWPGQR-----Q
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KB7 EEPPGLLAP----PARALGLDPRRDYATAVPRLLHGLADGAHGLADAPLGLPGLAAAPGL
. ::: : . :::::::: :::: . ::.: :.. .: : .
CCDS45 SQESGLLHTHRGLPHQLSGLDPRRDYRRH-EDLLHGPHALSSGLGD--LSIHSLPHA--I
110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 EDLQAMDEPGMSLLDQSVIKKVPIP-SKASS--LSALSLAKDSLVGGITNPGEVFCSVPG
:.. ...::... ::.:::: :. ::..: .::. . ::.: ::..::.::::::::
CCDS45 EEVPHVEDPGINIPDQTVIKKGPVSLSKSNSNAVSAIPINKDNLFGGVVNPNEVFCSVPG
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 RLSLLSSTSKYKVTVGEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRCLRERLEKIGLNL
:::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::: :::.:.::::::
CCDS45 RLSLLSSTSKYKVTVAEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRSLREKLDKIGLNL
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 PAGRRKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAAAEYLCRQHADPGELHSRKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.: :::.::.: .::.
CCDS45 PAGRRKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAVAEFLNRQHSDPNEQVTRKN
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 MLLAAKQICKEFADLMAQDRSPLGNSRPALILEPGVQSCLTHFSLITHGFGGPAICAALT
::::.:::::::.::.:::::::::::: :::::.:::::::.::.::::.::.:::.:
CCDS45 MLLATKQICKEFTDLLAQDRSPLGNSRPNPILEPGIQSCLTHFNLISHGFGSPAVCAAVT
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440
pF1KB7 AFQNYLLESLKGLDKMFLSSVGSGHGET--KASEKDAKHRK
:.:::: :.::..:::.::. ..: .. :.:.:. ::::
CCDS45 ALQNYLTEALKAMDKMYLSNNPNSHTDNNAKSSDKEEKHRK
400 410 420 430
>>CCDS13454.1 TFAP2C gene_id:7022|Hs108|chr20 (450 aa)
initn: 1238 init1: 714 opt: 1367 Z-score: 733.9 bits: 145.0 E(32554): 1.5e-34
Smith-Waterman score: 1367; 54.6% identity (72.8% similar) in 452 aa overlap (10-442:17-450)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MLVHTYSAMERPDGLGAAAGGAR---LSSLPQAAYGPAPPLCHTPAATAAAEF
.: : :.. :. : ::: : :.::::: :: ..::.
CCDS13 MLWKITDNVKYEEDCEDRHD--GSSNGNPRVPHLSSAGQHLYSPAPPLSHT----GVAEY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB7 QPP-YFPPPYPQPPLPYGQAPDAAAAFPHLAGDPYGG-LAPLAQPQPP---QAAWAAPRA
::: :::::: : : :.:. : . :: :. :.. . :: :: : : :: . ..
CCDS13 QPPPYFPPPYQQ--LAYSQSADP---YSHL-GEAYAAAINPLHQPAPTGSQQQAWPGRQS
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150
pF1KB7 AARA-----HEEPPGLLAPPARAL---GLDPRRDYATAVPRLL-HGLADGAHGLADAPLG
: : .: ::: : .: ... ::: :: :. : : :::. ::
CCDS13 QEGAGLPSHHGRPAGLL-PHLSGLEAGAVSARRDAYRRSDLLLPHAHALDAAGLAEN-LG
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 LPGLAAAPGLEDLQAMDEPGMSLLDQSVIKKVPIPSKASSLSALSLAKDSLVGGITNPGE
: . ....: .:. . : ::.::.: :: . :. : :. :::.. :: :
CCDS13 LHDMPHQ--MDEVQNVDDQHLLLHDQTVIRKGPISMTKNPLN-LPCQKE-LVGAVMNPTE
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 VFCSVPGRLSLLSSTSKYKVTVGEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRCLRERL
::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::: :::.:
CCDS13 VFCSVPGRLSLLSSTSKYKVTVAEVQRRLSPPECLNASLLGGVLRRAKSKNGGRSLREKL
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 EKIGLNLPAGRRKAANVTLLTSLVEGEAVHLARDFGYVCETEFPAKAAAEYLCRQH-ADP
.::::::::::::::.:::::::::::::::::::.::::.:::.: .:::: : : .
CCDS13 DKIGLNLPAGRRKAAHVTLLTSLVEGEAVHLARDFAYVCEAEFPSKPVAEYLTRPHLGGR
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 GELHSRKSMLLAAKQICKEFADLMAQDRSPLGNSRPALILEPGVQSCLTHFSLITHGFGG
.:. .::.:::::.:.::::..:..:::.: :.:: : .:: ..:.::.::::::::::.
CCDS13 NEMAARKNMLLAAQQLCKEFTELLSQDRTPHGTSRLAPVLETNIQNCLSHFSLITHGFGS
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440
pF1KB7 PAICAALTAFQNYLLESLKGLDKMFLSSVGSGHGET-KASEKDAKHRK
:::::..:.:::. :.: .:: ... .. ... :. :: ::::
CCDS13 QAICAAVSALQNYIKEALIVIDKSYMNPGDQSPADSNKTLEKMEKHRK
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>>CCDS4933.1 TFAP2D gene_id:83741|Hs108|chr6 (452 aa)
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