Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7922
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7922, 347 aa
1>>>pF1KB7922 347 - 347 aa - 347 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5913+/-0.000854; mu= 11.0227+/- 0.051
mean_var=114.8602+/-23.987, 0's: 0 Z-trim(109.9): 54 B-trim: 541 in 1/50
Lambda= 0.119671
statistics sampled from 11157 (11209) to 11157 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.706), E-opt: 0.2 (0.344), width: 16
Scan time: 2.630
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5762.1 TFEC gene_id:22797|Hs108|chr7 ( 347) 2276 403.6 1.2e-112
CCDS59076.1 TFEC gene_id:22797|Hs108|chr7 ( 280) 1681 300.8 8.6e-82
CCDS34738.1 TFEC gene_id:22797|Hs108|chr7 ( 318) 1681 300.9 9.5e-82
CCDS46866.2 MITF gene_id:4286|Hs108|chr3 ( 357) 972 178.5 7.4e-45
CCDS43107.1 MITF gene_id:4286|Hs108|chr3 ( 413) 972 178.6 8.3e-45
CCDS54607.1 MITF gene_id:4286|Hs108|chr3 ( 468) 972 178.6 9.1e-45
CCDS46865.1 MITF gene_id:4286|Hs108|chr3 ( 504) 972 178.6 9.7e-45
CCDS43106.1 MITF gene_id:4286|Hs108|chr3 ( 520) 972 178.6 9.9e-45
CCDS2913.1 MITF gene_id:4286|Hs108|chr3 ( 419) 886 163.7 2.5e-40
CCDS14315.3 TFE3 gene_id:7030|Hs108|chrX ( 575) 772 144.1 2.7e-34
CCDS4858.1 TFEB gene_id:7942|Hs108|chr6 ( 476) 728 136.5 4.4e-32
CCDS64425.1 TFEB gene_id:7942|Hs108|chr6 ( 490) 728 136.5 4.5e-32
CCDS64424.1 TFEB gene_id:7942|Hs108|chr6 ( 391) 686 129.2 5.8e-30
>>CCDS5762.1 TFEC gene_id:22797|Hs108|chr7 (347 aa)
initn: 2276 init1: 2276 opt: 2276 Z-score: 2135.7 bits: 403.6 E(32554): 1.2e-112
Smith-Waterman score: 2276; 100.0% identity (100.0% similar) in 347 aa overlap (1-347:1-347)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTLDHQIINPTLKWSQPAVPSGGPLVQHAHTTLDSDAGLTENPLTKLLAIGKEDDNAQWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 MTLDHQIINPTLKWSQPAVPSGGPLVQHAHTTLDSDAGLTENPLTKLLAIGKEDDNAQWH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MEDVIEDIIGMESSFKEEGADSPLLMQRTLSGSILDVYSGEQGISPINMGLTSASCPSSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 MEDVIEDIIGMESSFKEEGADSPLLMQRTLSGSILDVYSGEQGISPINMGLTSASCPSSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PMKREITETDTRALAKERQKKDNHNLIERRRRYNINYRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 PMKREITETDTRALAKERQKKDNHNLIERRRRYNINYRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ILKASVEYIKWLQKEQQRARELEHRQKKLEQANRRLLLRIQELEIQARTHGLPTLASLGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 ILKASVEYIKWLQKEQQRARELEHRQKKLEQANRRLLLRIQELEIQARTHGLPTLASLGT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VDLGAHVTKQQSHPEQNSVDYCQQLTVSQGPSPELCDQAIAFSDPLSYFTDLSFSAALKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 VDLGAHVTKQQSHPEQNSVDYCQQLTVSQGPSPELCDQAIAFSDPLSYFTDLSFSAALKE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KB7 EQRLDGMLLDDTISPFGTDPLLSATSPAVSKESSRRSSFSSDDGDEL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 EQRLDGMLLDDTISPFGTDPLLSATSPAVSKESSRRSSFSSDDGDEL
310 320 330 340
>>CCDS59076.1 TFEC gene_id:22797|Hs108|chr7 (280 aa)
initn: 1681 init1: 1681 opt: 1681 Z-score: 1581.9 bits: 300.8 E(32554): 8.6e-82
Smith-Waterman score: 1681; 99.2% identity (99.6% similar) in 260 aa overlap (88-347:21-280)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 QWHMEDVIEDIIGMESSFKEEGADSPLLMQRTLSGSILDVYSGEQGISPINMGLTSASCP
. ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MMKEKEKTIAIVKVIDTSKLKLLSGSILDVYSGEQGISPINMGLTSASCP
10 20 30 40 50
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 SSLPMKREITETDTRALAKERQKKDNHNLIERRRRYNINYRIKELGTLIPKSNDPDMRWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 SSLPMKREITETDTRALAKERQKKDNHNLIERRRRYNINYRIKELGTLIPKSNDPDMRWN
60 70 80 90 100 110
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 KGTILKASVEYIKWLQKEQQRARELEHRQKKLEQANRRLLLRIQELEIQARTHGLPTLAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 KGTILKASVEYIKWLQKEQQRARELEHRQKKLEQANRRLLLRIQELEIQARTHGLPTLAS
120 130 140 150 160 170
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 LGTVDLGAHVTKQQSHPEQNSVDYCQQLTVSQGPSPELCDQAIAFSDPLSYFTDLSFSAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LGTVDLGAHVTKQQSHPEQNSVDYCQQLTVSQGPSPELCDQAIAFSDPLSYFTDLSFSAA
180 190 200 210 220 230
300 310 320 330 340
pF1KB7 LKEEQRLDGMLLDDTISPFGTDPLLSATSPAVSKESSRRSSFSSDDGDEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LKEEQRLDGMLLDDTISPFGTDPLLSATSPAVSKESSRRSSFSSDDGDEL
240 250 260 270 280
>>CCDS34738.1 TFEC gene_id:22797|Hs108|chr7 (318 aa)
initn: 1679 init1: 1679 opt: 1681 Z-score: 1581.1 bits: 300.9 E(32554): 9.5e-82
Smith-Waterman score: 2024; 91.6% identity (91.6% similar) in 347 aa overlap (1-347:1-318)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTLDHQIINPTLKWSQPAVPSGGPLVQHAHTTLDSDAGLTENPLTKLLAIGKEDDNAQWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MTLDHQIINPTLKWSQPAVPSGGPLVQHAHTTLDSDAGLTENPLTKLLAIGKEDDNAQWH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MEDVIEDIIGMESSFKEEGADSPLLMQRTLSGSILDVYSGEQGISPINMGLTSASCPSSL
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 -----------------------------LSGSILDVYSGEQGISPINMGLTSASCPSSL
70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 PMKREITETDTRALAKERQKKDNHNLIERRRRYNINYRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PMKREITETDTRALAKERQKKDNHNLIERRRRYNINYRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGT
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ILKASVEYIKWLQKEQQRARELEHRQKKLEQANRRLLLRIQELEIQARTHGLPTLASLGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ILKASVEYIKWLQKEQQRARELEHRQKKLEQANRRLLLRIQELEIQARTHGLPTLASLGT
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 VDLGAHVTKQQSHPEQNSVDYCQQLTVSQGPSPELCDQAIAFSDPLSYFTDLSFSAALKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VDLGAHVTKQQSHPEQNSVDYCQQLTVSQGPSPELCDQAIAFSDPLSYFTDLSFSAALKE
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340
pF1KB7 EQRLDGMLLDDTISPFGTDPLLSATSPAVSKESSRRSSFSSDDGDEL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EQRLDGMLLDDTISPFGTDPLLSATSPAVSKESSRRSSFSSDDGDEL
280 290 300 310
>>CCDS46866.2 MITF gene_id:4286|Hs108|chr3 (357 aa)
initn: 883 init1: 648 opt: 972 Z-score: 918.8 bits: 178.5 E(32554): 7.4e-45
Smith-Waterman score: 972; 57.9% identity (79.5% similar) in 297 aa overlap (60-343:59-352)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 HTTLDSDAGLTENPLTKLLAIGKEDDNAQWHMEDVIEDIIGMESSFKEE--G-ADSPLLM
.:.:::.:::..:::..:: : : : :
CCDS46 RQQGFYKFEEQNRAESECPGMNTHSRASCMQMDDVIDDIISLESSYNEEILGLMDPALQM
30 40 50 60 70 80
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 QRTL--SGSILDVYSGEQGISPINMGLT-SASCPSSLP-MKREITETDTRALAKERQKKD
:: ::...:.: :.::. : ::: : :::..:: .:::.::...:::::::::::
CCDS46 ANTLPVSGNLIDLY-GNQGLPPP--GLTISNSCPANLPNIKRELTESEARALAKERQKKD
90 100 110 120 130 140
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 NHNLIERRRRYNINYRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVEYIKWLQKEQQRAREL
::::::::::.::: :::::::::::::::::::::::::::::.::. ::.:::::.::
CCDS46 NHNLIERRRRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQREQQRAKEL
150 160 170 180 190 200
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 EHRQKKLEQANRRLLLRIQELEIQARTHGLPTLASLG--TVDLGAHVTKQQSHPEQNSVD
:.::::::.:::.:::::::::.:::.::: . : : . :: .. ::. :. : :
CCDS46 ENRQKKLEHANRHLLLRIQELEMQARAHGLSLIPSTGLCSPDLVNRIIKQEPVLENCSQD
210 220 230 240 250 260
270 280 290 300 310
pF1KB7 YCQQLT-VSQGPSPELCDQAIAFSDPLSYFTDLS--FSAALKEEQRLDGMLLDDTISPFG
:. . .. . .: : .:.:.. :. :. . .:. : ..:. .:.:::.:: :
CCDS46 LLQHHADLTCTTTLDLTDGTITFNNNLGTGTEANQAYSVPTKMGSKLEDILMDDTLSPVG
270 280 290 300 310 320
320 330 340
pF1KB7 -TDPLLSATSPAVSKESSRRSSFSSDDGDEL
::::::..::..:: ::::::.: ..
CCDS46 VTDPLLSSVSPGASKTSSRRSSMSMEETEHTC
330 340 350
>>CCDS43107.1 MITF gene_id:4286|Hs108|chr3 (413 aa)
initn: 883 init1: 648 opt: 972 Z-score: 917.9 bits: 178.6 E(32554): 8.3e-45
Smith-Waterman score: 972; 57.9% identity (79.5% similar) in 297 aa overlap (60-343:115-408)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 HTTLDSDAGLTENPLTKLLAIGKEDDNAQWHMEDVIEDIIGMESSFKEE--G-ADSPLLM
.:.:::.:::..:::..:: : : : :
CCDS43 EKEGFYKFEEQNRAESECPGMNTHSRASCMQMDDVIDDIISLESSYNEEILGLMDPALQM
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 QRTL--SGSILDVYSGEQGISPINMGLT-SASCPSSLP-MKREITETDTRALAKERQKKD
:: ::...:.: :.::. : ::: : :::..:: .:::.::...:::::::::::
CCDS43 ANTLPVSGNLIDLY-GNQGLPPP--GLTISNSCPANLPNIKRELTESEARALAKERQKKD
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 NHNLIERRRRYNINYRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVEYIKWLQKEQQRAREL
::::::::::.::: :::::::::::::::::::::::::::::.::. ::.:::::.::
CCDS43 NHNLIERRRRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQREQQRAKEL
210 220 230 240 250 260
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 EHRQKKLEQANRRLLLRIQELEIQARTHGLPTLASLG--TVDLGAHVTKQQSHPEQNSVD
:.::::::.:::.:::::::::.:::.::: . : : . :: .. ::. :. : :
CCDS43 ENRQKKLEHANRHLLLRIQELEMQARAHGLSLIPSTGLCSPDLVNRIIKQEPVLENCSQD
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310
pF1KB7 YCQQLT-VSQGPSPELCDQAIAFSDPLSYFTDLS--FSAALKEEQRLDGMLLDDTISPFG
:. . .. . .: : .:.:.. :. :. . .:. : ..:. .:.:::.:: :
CCDS43 LLQHHADLTCTTTLDLTDGTITFNNNLGTGTEANQAYSVPTKMGSKLEDILMDDTLSPVG
330 340 350 360 370 380
320 330 340
pF1KB7 -TDPLLSATSPAVSKESSRRSSFSSDDGDEL
::::::..::..:: ::::::.: ..
CCDS43 VTDPLLSSVSPGASKTSSRRSSMSMEETEHTC
390 400 410
>>CCDS54607.1 MITF gene_id:4286|Hs108|chr3 (468 aa)
initn: 883 init1: 648 opt: 972 Z-score: 917.2 bits: 178.6 E(32554): 9.1e-45
Smith-Waterman score: 972; 57.9% identity (79.5% similar) in 297 aa overlap (60-343:170-463)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 HTTLDSDAGLTENPLTKLLAIGKEDDNAQWHMEDVIEDIIGMESSFKEE--G-ADSPLLM
.:.:::.:::..:::..:: : : : :
CCDS54 EKEGFYKFEEQNRAESECPGMNTHSRASCMQMDDVIDDIISLESSYNEEILGLMDPALQM
140 150 160 170 180 190
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 QRTL--SGSILDVYSGEQGISPINMGLT-SASCPSSLP-MKREITETDTRALAKERQKKD
:: ::...:.: :.::. : ::: : :::..:: .:::.::...:::::::::::
CCDS54 ANTLPVSGNLIDLY-GNQGLPPP--GLTISNSCPANLPNIKRELTESEARALAKERQKKD
200 210 220 230 240 250
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 NHNLIERRRRYNINYRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVEYIKWLQKEQQRAREL
::::::::::.::: :::::::::::::::::::::::::::::.::. ::.:::::.::
CCDS54 NHNLIERRRRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQREQQRAKEL
260 270 280 290 300 310
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 EHRQKKLEQANRRLLLRIQELEIQARTHGLPTLASLG--TVDLGAHVTKQQSHPEQNSVD
:.::::::.:::.:::::::::.:::.::: . : : . :: .. ::. :. : :
CCDS54 ENRQKKLEHANRHLLLRIQELEMQARAHGLSLIPSTGLCSPDLVNRIIKQEPVLENCSQD
320 330 340 350 360 370
270 280 290 300 310
pF1KB7 YCQQLT-VSQGPSPELCDQAIAFSDPLSYFTDLS--FSAALKEEQRLDGMLLDDTISPFG
:. . .. . .: : .:.:.. :. :. . .:. : ..:. .:.:::.:: :
CCDS54 LLQHHADLTCTTTLDLTDGTITFNNNLGTGTEANQAYSVPTKMGSKLEDILMDDTLSPVG
380 390 400 410 420 430
320 330 340
pF1KB7 -TDPLLSATSPAVSKESSRRSSFSSDDGDEL
::::::..::..:: ::::::.: ..
CCDS54 VTDPLLSSVSPGASKTSSRRSSMSMEETEHTC
440 450 460
>>CCDS46865.1 MITF gene_id:4286|Hs108|chr3 (504 aa)
initn: 883 init1: 648 opt: 972 Z-score: 916.7 bits: 178.6 E(32554): 9.7e-45
Smith-Waterman score: 972; 57.9% identity (79.5% similar) in 297 aa overlap (60-343:206-499)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 HTTLDSDAGLTENPLTKLLAIGKEDDNAQWHMEDVIEDIIGMESSFKEE--G-ADSPLLM
.:.:::.:::..:::..:: : : : :
CCDS46 EKEGFYKFEEQNRAESECPGMNTHSRASCMQMDDVIDDIISLESSYNEEILGLMDPALQM
180 190 200 210 220 230
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 QRTL--SGSILDVYSGEQGISPINMGLT-SASCPSSLP-MKREITETDTRALAKERQKKD
:: ::...:.: :.::. : ::: : :::..:: .:::.::...:::::::::::
CCDS46 ANTLPVSGNLIDLY-GNQGLPPP--GLTISNSCPANLPNIKRELTESEARALAKERQKKD
240 250 260 270 280 290
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 NHNLIERRRRYNINYRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVEYIKWLQKEQQRAREL
::::::::::.::: :::::::::::::::::::::::::::::.::. ::.:::::.::
CCDS46 NHNLIERRRRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQREQQRAKEL
300 310 320 330 340 350
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 EHRQKKLEQANRRLLLRIQELEIQARTHGLPTLASLG--TVDLGAHVTKQQSHPEQNSVD
:.::::::.:::.:::::::::.:::.::: . : : . :: .. ::. :. : :
CCDS46 ENRQKKLEHANRHLLLRIQELEMQARAHGLSLIPSTGLCSPDLVNRIIKQEPVLENCSQD
360 370 380 390 400 410
270 280 290 300 310
pF1KB7 YCQQLT-VSQGPSPELCDQAIAFSDPLSYFTDLS--FSAALKEEQRLDGMLLDDTISPFG
:. . .. . .: : .:.:.. :. :. . .:. : ..:. .:.:::.:: :
CCDS46 LLQHHADLTCTTTLDLTDGTITFNNNLGTGTEANQAYSVPTKMGSKLEDILMDDTLSPVG
420 430 440 450 460 470
320 330 340
pF1KB7 -TDPLLSATSPAVSKESSRRSSFSSDDGDEL
::::::..::..:: ::::::.: ..
CCDS46 VTDPLLSSVSPGASKTSSRRSSMSMEETEHTC
480 490 500
>>CCDS43106.1 MITF gene_id:4286|Hs108|chr3 (520 aa)
initn: 883 init1: 648 opt: 972 Z-score: 916.5 bits: 178.6 E(32554): 9.9e-45
Smith-Waterman score: 972; 57.9% identity (79.5% similar) in 297 aa overlap (60-343:222-515)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 HTTLDSDAGLTENPLTKLLAIGKEDDNAQWHMEDVIEDIIGMESSFKEE--G-ADSPLLM
.:.:::.:::..:::..:: : : : :
CCDS43 EKEGFYKFEEQNRAESECPGMNTHSRASCMQMDDVIDDIISLESSYNEEILGLMDPALQM
200 210 220 230 240 250
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 QRTL--SGSILDVYSGEQGISPINMGLT-SASCPSSLP-MKREITETDTRALAKERQKKD
:: ::...:.: :.::. : ::: : :::..:: .:::.::...:::::::::::
CCDS43 ANTLPVSGNLIDLY-GNQGLPPP--GLTISNSCPANLPNIKRELTESEARALAKERQKKD
260 270 280 290 300
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 NHNLIERRRRYNINYRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVEYIKWLQKEQQRAREL
::::::::::.::: :::::::::::::::::::::::::::::.::. ::.:::::.::
CCDS43 NHNLIERRRRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQREQQRAKEL
310 320 330 340 350 360
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 EHRQKKLEQANRRLLLRIQELEIQARTHGLPTLASLG--TVDLGAHVTKQQSHPEQNSVD
:.::::::.:::.:::::::::.:::.::: . : : . :: .. ::. :. : :
CCDS43 ENRQKKLEHANRHLLLRIQELEMQARAHGLSLIPSTGLCSPDLVNRIIKQEPVLENCSQD
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270 280 290 300 310
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]